matlab编译addpath出错

我在程序里面有一些文件夹存放不同模块的.m函数，程序运行的时候使用addpath（）来找到需要的m文件并运行。我现在打包发布为exe，目前知道的是打包会把不同路径下的.m文件都打包到一个工程文件目录中，以前的不同路径下的文件可能重名，运行就会出错，我想问，如何在打包的时候也保留以前的模块目录结构打包子函数，这样就不会混到一起出错。