关于Media Encoder 9界面与命令行区别的问题

公司需要做一套视频切割软件，为了能高速切割，决定使用asfbin来切割，由于输入的wmv格式多种来源，导致直接使用asfcut或asfbin切割不准确，于是我们想出一个办法，将所有视频通过windows media encoder 9进行再次编码，然后再用asfbin进行切割，但是问题出来了，如果我使用encoder的界面方式，选择视频音频全高质量VBR100（文件方式保存），其他参数全部使用默认，转换出来的视频能够被非常精确的切割，但是一旦使用命令行方式，转换出来的wmv切割后总会有2到3秒的误差，比如我要切2分04秒到4分05秒的内容，但是切出来的实际内容是2分06到4分07之类，有明显的误差，我查询了命令行的说明文档，但是看不出还有什么地方有问题，还请这里的前辈指教，以下是我使用的命令行指令

cscript.exe C:\Encoder\wmcmd.vbs -input "D:\@F-202@127578.wmv" -output "C:\@F-202@127578-pro2.wmv" -v_mode 2 -v_quality 100 -v_framerate 29.97 -v_bitrate 100000 -a_mode 2 -v_width 720 -v_height 576 -v_keydist 2 -v_peakbitrate 0 -v_peakbuffer 0 -a_codec WMA9LSL -a_setting Q100_44_2_16

另外一个是我在使用界面后保存的视频转换会话文件的内容

<?xml version="1.0"?>



<WMEncoder major_version="9"

    minor_version="0"

    Name="WMEncoder14920"

    SynchroniesOperation="0" >

    <Description />

    <SourceGroups >

        <SourceGroup Name="转换" >

            <Source Type="WMENC_AUDIO"

                Scheme="file"

                InputSource="D:\@F-202@127578.wmv" >

                <UserData >

                </UserData>



            </Source>



            <Source Type="WMENC_VIDEO"

                Scheme="file"

                InputSource="D:\@F-202@127578.wmv" >

                <UserData >

                </UserData>



            </Source>



            <EncoderProfile id="质量无损音频(VBR 100) / 最高质量视频(VBR 100)" />

            <UserData >

            </UserData>



        </SourceGroup>



    </SourceGroups>



    <File LocalFileName="D:\@F-202@127578-ppe.wmv" />

    <WMEncoder_Profile id="质量无损音频(VBR 100) / 最高质量视频(VBR 100)" >

    <![CDATA[        <profile version="589824" 

             storageformat="1" 

             name="质量无损音频(VBR 100) / 最高质量视频(VBR 100)" 

             description=""> 

                   <streamconfig majortype="{73647561-0000-0010-8000-00AA00389B71}" 

                   streamnumber="1" 

                   streamname="Audio Stream" 

                   inputname="Audio804" 

                   bitrate="128016" 

                   bufferwindow="-1" 

                   reliabletransport="0" 

                   decodercomplexity="" 

                   rfc1766langid="zh-cn" 

                           vbrenabled="1" 

                           vbrquality="100" 

                           bitratemax="0" 

                           bufferwindowmax="0"> 

             <wmmediatype subtype="{00000163-0000-0010-8000-00AA00389B71}"  

                   bfixedsizesamples="1" 

                   btemporalcompression="0" 

                   lsamplesize="13375"> 

           <waveformatex wFormatTag="355" 

                         nChannels="2" 

                         nSamplesPerSec="44100" 

                         nAvgBytesPerSec="2147483492" 

                         nBlockAlign="13375" 

                         wBitsPerSample="16" 

                         codecdata="1000030000000000000000000000A1010000"/> 

            </wmmediatype>

            </streamconfig>

                   <streamconfig majortype="{73646976-0000-0010-8000-00AA00389B71}" 

                   streamnumber="2" 

                   streamname="Video Stream" 

                   inputname="Video804" 

                   bitrate="100000" 

                   bufferwindow="-1" 

                   reliabletransport="0" 

                   decodercomplexity="" 

                   rfc1766langid="zh-cn" 

                           vbrenabled="1" 

                           vbrquality="100" 

                           bitratemax="0" 

                           bufferwindowmax="0"> 

                     <videomediaprops maxkeyframespacing="20000000" 

                                     quality="0"/> 

             <wmmediatype subtype="{33564D57-0000-0010-8000-00AA00389B71}"  

                   bfixedsizesamples="0" 

                   btemporalcompression="1" 

                   lsamplesize="0"> 

       <videoinfoheader dwbitrate="100000" 

                        dwbiterrorrate="0" 

                        avgtimeperframe="333667"> 

        <rcsource left="0" 

                  top="0" 

                  right="0" 

                  bottom="0"/> 

        <rctarget left="0" 

                  top="0" 

                  right="0" 

                  bottom="0"/> 

            <bitmapinfoheader biwidth="0" 

                              biheight="0" 

                              biplanes="1" 

                              bibitcount="24" 

                              bicompression="WMV3" 

                              bisizeimage="0" 

                              bixpelspermeter="0" 

                              biypelspermeter="0" 

                              biclrused="0" 

                              biclrimportant="0"/> 

       </videoinfoheader>

            </wmmediatype>

            </streamconfig>

     <streamprioritization>

      <stream number="1" mandatory="0"/>

      <stream number="2" mandatory="0"/>

     </streamprioritization>

    </profile> 

    ]]>

    </WMEncoder_Profile>



    <UserData >

        <WMENC_LONG Name="Encoding\Dest" Value="6" />

        <WMENC_STRING Name="Encoding\Audio0" Value="{FD8FDDF1-291C-4618-BED2-736F9411365A}" />

        <WMENC_STRING Name="Encoding\Video0" Value="{D8776CD5-F0A3-497E-AEE5-9F9503B9246C}" />

    </UserData>



</WMEncoder>

真的是奇怪了，为什么界面中的转换结果会与命令行不一样？到底还差什么参数呢？请各位指教啊。