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  • Python 中使用 ImageJ 详细教程

    千次阅读 热门讨论 2020-11-07 20:35:03
    ImageJ 中的很多操作都可以用宏(macro)简化,但宏毕竟不是脚本语言,很多 plugins 无法调用,而实际科研中 plugin 的使用有举足轻重的地位。从 ImageJ 1.41 开始,ImageJ 开始支持 Javascript,现在 ImageJ 支持很...

    ImageJ 中的很多操作都可以用宏(macro)简化,但宏毕竟不是脚本语言,很多 plugins 无法调用,而实际科研中 plugin 的使用有举足轻重的地位。从 ImageJ 1.41 开始,ImageJ 开始支持 Javascript,现在 ImageJ 支持很多种语言,包括 Python、Ruby、R、Java、MATLAB 等等。

    具体支持语言及相应调用方法可以参考 官方文档

    编写脚本语言最简便的方式是在 Fiji 中选择 Plugins>New,新建一个文本窗口进行编辑,并且可以在窗口的 Language 下任意选择合适的语言编写。详细内容

    但目前 ImageJ 的文本编辑器使用体验一般,这篇文章主要讲述如何正确配置环境来调用 API,在 Python 中使用 ImageJ,这样可以自由选择更适合自己的编辑器操作。本人实操中花了不少时间,也走了不少弯路,希望写下来让大家少踩坑,可以更快的使用。

    0 准备工作

    正确安装 Anaconda/ miniconda,并将 conda 加入到系统环境变量中。
    配置环境变量

    1 安装 pyimagej

    1.1 创建虚拟环境

    conda create -n pyimagej -c conda-forge pyimagej openjdk=8 python=3.7
    这里创建了 pyimagej 环境,OpenJDK 版本指定为 8,如果未指定应为 OpenJDK 默认是 11,但建议使用 8,更加稳定;Python 指定为 3.7,因为 3.8 之后的版本使用过程中会报错。

    在 jupyter notebook 中使用:
    import sys
    !conda install --yes --prefix {sys.prefix} -c conda-forge pyimagej openjdk=8

    1.2 切换到指定环境

    conda activate pyimagej

    这时在命令行应该能正常执行:
    python -c 'import imagej'

    更多内容可以参考 github 上介绍 https://github.com/imagej/imagej-server

    2 安装 imglyb

    conda install -c conda-forge -c hanslovsky imglyb

    这时很大可能是无法正常使用的,因为它同时依赖于:

    • Python 3
    • Java 8 JDK (JRE is not enough)
    • Apache Maven
    • PyJNIus with pyjnius.jar with appropriate environment variables
    • scyjava

    2.1 配置 PyJNIus

    Pyjnius is a Python library for accessing Java classes
    具体介绍请见:https://pyjnius.readthedocs.io/en/stable/

    在 windows 安装的方法是:(其他系统安装教程参考上面链接)

    1. 下载并安装 JDK(包含 JRE),已经有了可以跳过
      直接在下面链接找适合自己系统的版本下载安装即可
      https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jdk15-downloads.html

      jdk 从 11 开始安装默认没有 jre,安装后命令行进入安装 jdk 的文件,如 \Java\jdk-11.0.9,手动执行:
      bin\jlink.exe --module-path jmods --add-modules java.desktop --output jre
      即在文件夹下生成 jre 文件

    2. 下载并安装 C 语言编译器

      1. 先建议升级一下 setuptools
        pip install --upgrade setuptools
      2. 安装 Microsoft Visual C++ Build Tools,根据自己的 python 版本选择安装,我安装的环境是 python 3.7
        https://devblogs.microsoft.com/python/unable-to-find-vcvarsall-bat/
    3. 安装 Cython
      python -m pip install --upgrade cython

    4. 安装 Pyjnius
      pip install pyjnius

    至此 PyJNIus 应该已经配置完成。

    更多内容可以参考 github 上介绍https://github.com/imglib/imglyb

    2.2 配置 Maven

    http://maven.apache.org/download.cgi
    选择 apache-maven-3.6.3-bin.zip 即可(Windows)

    2.3 添加环境变量

    命令行添加 JAVA_HOME,具体看自己安装位置,下面是我的:
    SET "JAVA_HOME=C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_271"
    注意 JAVA_HOME 尽量不要加 \bin
    SET "JRE_HOME=C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_271\jre"
    SET "JDK_HOME=%JAVA_HOME%"

    添加 PATH 到系统环境变量,确保 server 里面有 jvm.dll,对后期使用 Pyjnius 很重要。
    SET PATH=%PATH%;C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_271\bin\server
    SET PATH=%PATH%;C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_271\bin

    同时在命令行配置:
    SET "PYJNIUS_JAR=C:\Users\username\.conda\envs\pyimagej\share\pyjnius"

    3 运行

    这时应该已经可以正常运行:

    import imagej
    import imglyb
    from imglyb import util
    import jnius
    from jnius import *
    

    这里要注意 import imglyb 是要在下面其他之前的,可以参照 imglyb-examples

    3.1 异常情况处理

    如果仍有报错显示环境变量不正确,可以在代码中加入:

    import imagej
    import os
    os.environ["JAVA_HOME"] = "C:/Program Files/Java/jdk1.8.0_271"
    os.environ["JDK_HOME"] = "C:/Program Files/Java/jdk1.8.0_271"
    os.environ["JRE_HOME"] = "C:/Program Files/Java/jdk1.8.0_271/jre"
    os.environ["PYJNIUS_JAR"] = "C:/Users/username/.conda/envs/pyimagej/share/pyjnius/pyjnius.jar"
    os.getenv("JAVA_HOME")
    os.getenv("JDK_HOME")
    os.getenv("JRE_HOME")
    os.getenv("PYJNIUS_JAR")
    
    展开全文
  • ImageJ下载安装使用

    千次阅读 2020-11-04 17:05:06
    ImageJ下载安装前言1 下载安装2 使用 前言 ImageJ是一款基于 java的,由 National Institutes of Health(NIH)开发的一款功能强大的图像处理软件,在科研中应用极为广泛。ImageJ可对图像进行各种操作,可...


    前言

    ImageJ是一款基于 java的,由 National Institutes of Health(NIH)开发的一款功能强大的图像处理软件,在科研中应用极为广泛。ImageJ可对图像进行各种操作,可Windows,MacOS,Linux等不同操作系统平台上工作。

    ImageJ有着很强大的图像处理能力,它能够显示、编辑、分析、处理、保存、打印8位、16位和32的图片,支持TIFF、JPEG、BMP、DICOM和FITS等多种格式。另外ImageJ还支持图像巧及超找和虚拟找)操作,就是通过一个窗口中多线程的层叠多个图像,并行间时对多幅图像或者图像序列进行操作。在内存足够的情况下,ImageJ能读取任意数量的图像,并实行操作。


    1 下载安装

    下载地址:https://imagej.net/Fiji/Downloads
    在这里插入图片描述
    根据电脑的环境选择对应的安装包下载。

    ImageJ需要Java环境,可以在https://www.oracle.com/java/technologies/javase-downloads.html下载jdk。

    在这里插入图片描述
    ImageJ解压后就能使用。
    在这里插入图片描述
    第一次安装需要更新插件。

    2 使用

    在这里插入图片描述
    magej菜单栏列出了ImageJ的所有命令:
    File:基本的文件操作,包括打开、保存、创建新图片,大多数命令看名字就知道什么意思
    Edit:编辑和绘制操作,以及全局设定
    Image:图像显示,包括图像格式的转化、怎样显示等
    Process:图像处理,包括点操作、过滤器和算术运算
    Analyze:图像分析,统计测量、直方图绘制和其他与图像分析有关的操作
    Plugins:创建、编辑和管理插件,列出了用户安装的所有宏、脚本和插件。
    Window:已打开的窗口的选择和管理
    Help:升级,文档资源和版本信息

    2.1图片导入

    导入图片:File>open>选择图片>打开

    在这里插入图片描述

    2.2 预处理

    在这里插入图片描述
    中值滤波:
    Procsaa>Noise>Despeckle
    在这里插入图片描述

    2.3 二值化

    二值化:
    Procsaa>Binary>Make Binary
    在这里插入图片描述
    开操作,即先腐蚀后膨胀。这将平滑对象及去除独立的像素点
    Procsaa>Binary>Open
    在这里插入图片描述

    闭操作,即先膨胀后腐蚀。这将平滑对象及填充小洞
    Procsaa>Binary>Close
    在这里插入图片描述

    3.其它

    遇到困难可以查看官方文档:https://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/index.html


    版权声明:本文为博主原创文章,遵循 CC 4.0 BY-NC-SA 版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明。
    本文链接:https://blog.csdn.net/weixin_44037272/article/details/109485964

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  • ubuntu 安装 imagej

    2020-06-30 13:42:24
    很多人发现安装imagej之后,打不开,是因为没有安装对应的java环境。 在安装Java之前,让我们快速地了解JRE、JDK、OpenJDK和Oracle JDK之间的不同之处: JRE(Java Runtime Environment),它是你运行一个基于...

    很多人发现安装了imagej之后,打不开,是因为没有安装对应的java环境。

    在安装Java之前,让我们快速地了解JRE、JDK、OpenJDK和Oracle JDK之间的不同之处:

    1. JRE(Java Runtime Environment),它是你运行一个基于Java语言应用程序的所正常需要的环境。如果你不是一个程序员的话,这些足够你的需要。

    2. JDK代表Java开发工具包,如果你想做一些有关Java的开发(阅读程序),这正是你所需要的。

    3. OpenJDK是Java开发工具包的开源实现。

    安装:

    sudo apt-get install default-jre
    sudo apt-get install default-jdk
    sudo apt-get install imagej
    

    特定版本:1

    sudo apt-get install openjdk-8-jre
    sudo apt-get install openjdk-8-jdk
    

    1. https://blog.csdn.net/u013932745/article/details/80936816 ↩︎

    展开全文
  • image_J使用教程

    2014-01-01 10:48:13
    图像处理软件image J的使用教程,简明
  • ImageJ -介绍与安装

    万次阅读 2018-05-19 09:21:53
    写在开头ImageJ,一款免费却又极其强大的图像处理软件。百科但很不幸的是,这款软件对于电脑小白而言,可能并不容易上手。看一下这个软件的界面就知道了。...软件安装ImageJ貌似也有好几个distrib...
    写在开头

    ImageJ,一款免费却又极其强大的图像处理软件。百科

    但很不幸的是,这款软件对于电脑小白而言,可能并不容易上手。

    看一下这个软件的界面就知道了。


    反正我第一打开的时候就直接想关掉,这些个 icon 根本不知道干嘛的好吧。

    但是后来,大量的图像不得不用 ImageJ 分析,只有硬着头皮好好学习。

    所以说,学点什么,都是被逼出来的,主动学习反而效率不高。


    软件安装

    ImageJ貌似也有好几个distribution,我们实验室普遍选择 Fiji,因为插件比较齐全。

    Fiji 下载地址:http://imagej.net/Fiji/Downloads

    下载之后直接解压就可以用,非常方便。


    帮助文档

    这种开源软件,要用肯定是得多看官方帮助文档的

    好在用户界面上入口也很好找


    嗯,没错,帮助文档【链接】当然是全英文的

    但,现在这年头,各种翻译工具让语言障碍几乎为0

    当然了,你需要用什么就看什么,就像查字典一样。


    展开全文
  • ImageJ安装与简单使用

    万次阅读 2017-04-20 17:35:30
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