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  • 安装Image J 插件

    千次阅读 2020-10-13 15:51:43
    1.下载imageJ,网址:https://imagej.net/Fiji/Downloads 2.解压 3.安装插件 (1)https://imagej.nih.gov/ij/plugins/index.html这个网址下载你需要的插件。打开toolsets或者tools。 ![在这里插入图片描述]...

    1.下载imageJ,网址:https://imagej.net/Fiji/Downloads

    2.解压
    在这里插入图片描述
    3.安装插件
    (1)https://imagej.nih.gov/ij/plugins/index.html这个网址下载你需要的插件。打开toolsets或者tools。

    ![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/20201013153831165.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3dlaXhpbl80MTI0MjEyOA==,size_16,color_FFFFFF,t_70#pic_center)
    

    在这里插入图片描述
    (2)点击打开需要的插件:复制内容;
    在这里插入图片描述
    (3)在macros文件夹下创建一个.txt文件;
    在这里插入图片描述
    打开image j,单击顶部plugins-new-macro,
    在Macro界面打开刚刚创建的.txt文件
    复制之前的txt内容到打开的.txt空白界面
    在这里插入图片描述

    (4)ImageJ菜单栏单击 Plugins-Macros-Install;选择刚刚创建的.txt文件,打开,安装完毕!
    

    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述

    标题长期安装(Plugins -> Macros -> Startup Macros)

    如果要想每次打开ImageJ,就能在Plugins -> Macros找到这个Macro,需要其它手段。

    打开StartupMacros.fiji.ijm文件,把该Macro的代码添加到文件的末尾:
    注意:一定要有macro “title” { …//Your code },这样的结构。

    这样每次打开ImageJ,就能有XXX这个Macro了

    展开全文
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    imageJ插件开发失败经验

    我了解到的imageJ(java语言开发)的插件的开发方法有三个:
    ①编写c++程序,编译生成dll文件,然后通过java语言调用
    ②imageJ宏语言开发,算是imageJ的集成语言,调用imageJ的库
    ③java语言直接开发

    网盘资料:(里面只有一个ij.jar以及一个imageJ的小部分中文教程,需要可以下载)
    链接:https://pan.baidu.com/s/1JK4vvdLP76QqjOVQof0yfg
    提取码:d94i

    开发的思路

    我实验的是第一种方法,也就是c++编译生成dll文件的那种,由于我所拥有的是matlab代码,要做成插件,然后在将matlab代码转成c++代码的时候发现太麻烦了,然后想走捷径,就想到了混合matlab与vs2019的混合编译,因为matlab也能生成dll文件,并且c++能够调用,并且在后续的实验中也发现了java程序也一样能够调用,但是结果就是能够实现,但是就是需要matlab的安装环境,也就是说需要安装matlab,不符合项目的要求,所以最后放弃了。

    插件开发思路

    创建一个class类(我使用的是Apache NetBeans IDE 12.4)

    代码来自jni开发教程

    创建一个Java工程
    在这里插入图片描述
    把它放在你的文件夹里面,然后添加一个类
    在这里插入图片描述
    输入以下代码

    public class test_Plugin_four_ {
        public static native String sayHello(String name); 
        
        public static void main(String[] args) {
          System.load("F:\\310project\\HNwork\\plugin\\test_Plugin_four\\test_dll_four\\x64\\Debug\\test_dll_four.dll"); 
            System.out.println("Strat to work");
            String text = sayHello("xiaoming");
            System.out.println(text);
        }
    

    其中加载dll库的句子可以先不加,不影响,主要是后面调用的。
    记得修改以下类名称就行,保存
    在这里插入图片描述

    生成c++头文件

    windows + r 然后输入cmd
    在这里插入图片描述
    然后进入到你创建的java文件的目录下
    在这里插入图片描述
    然后编译java程序

    javac test_hello.java
    

    再编译生成头文件:

    javah -jni test_hello
    

    注意不要后缀class
    在这里插入图片描述
    然后你的文件夹下面就会有c++的头文件了
    在这里插入图片描述

    创建c++ 项目

    直接选空项目就行
    在这里插入图片描述
    右键源文件,添加一个c++文件
    在这里插入图片描述
    修改名称后确定

    然后将刚刚生成的头文件复制到你创建的c++项目的文件夹下:
    在这里插入图片描述
    然后添加以下代码:

    #include "test_hello.h"
    
    #ifdef __cplusplus
    extern "C"
    {
    #endif
    	/*
    	* Class: com_study_jnilearn_HelloWorld
    	* Method: sayHello
    	* Signature: (Ljava/lang/String;)Ljava/lang/String;
    	*/
    	JNIEXPORT jstring JNICALL Java_test_1hello_sayHello(
    		JNIEnv* env, jclass cls, jstring j_str)
    	{
    		const char* c_str = NULL;
    		char buff[128] = { 0 };
    		c_str = (*env).GetStringUTFChars(j_str, 0);
    		if (c_str == NULL)
    		{
    			printf("out of memory.\n");
    			return NULL;
    		}
    		(*env).ReleaseStringUTFChars(j_str, c_str);
    		printf("Java Str:%s\n", c_str);
    
    		//		sprintf_s(buff, "hello %s", c_str);
    		printf("hello :%s\n", c_str);
    
    		return (*env).NewStringUTF("Hello,I am xiaoming");
    	}
    #ifdef __cplusplus
    }
    #endif
    

    然后你会发现一大堆错误,不要慌,我们首先将工程修改为x64工程,如下:
    在这里插入图片描述
    然后再右击项目,点击属性,进入到属性页面:
    在这里插入图片描述
    中间有个配置类型,修改为dll文件
    在这里插入图片描述
    再将java的环境添加进去,点击vc++目录,包含目录,添加你的java环境
    在这里插入图片描述
    按确认,应用然后错误就消失了,然后生成解决方案,你就会发现在你的c++项目的文件夹下就可以看见生成的dll文件了
    在这里插入图片描述
    然后复制路径,和名称,写入你的java程序里面
    在这里插入图片描述
    然后运行,出现
    在这里插入图片描述
    那么恭喜你,已经成功第一步了。完成了Java和c++的通信,接下来就是生成插件了。

    生成imageJ插件

    在imageJ的菜单栏的那一项,点击plugin里面,你会发现有一个new,里面提供有imageJ插件开发的例程,例程里面有三个选项,具体选哪个,我们可以根据自己的需求来,我们在这里选择的是有界面的
    在这里插入图片描述
    这个是官方提供的例程,我们加点控件啥的,如下,创建了三个控件,然后是点击step1 会加载我们生成的dll库,然后接收返回的值,作为log打印:

    import static ij.IJ.log;
    import static ij.IJ.showMessage;
    import ij.process.*;
    import ij.gui.*;
    import java.awt.*;
    import ij.plugin.frame.*;
    import java.awt.event.ActionEvent;
    import java.awt.event.ActionListener;
    import javax.swing.JButton;
    import static javax.swing.JFrame.EXIT_ON_CLOSE;
    import javax.swing.JLabel;
    
    public class test_hello extends PlugInFrame{
        Panel panel;
        
        public static native String sayHello(String name); 
        
        public test_hello() {
            super("test_Plugin_four_");
            panel = new Panel();
            panel.setLayout(new GridLayout(3,1,15,50));
                    
            Button btn1 = new Button("Step 1");
            panel.add(btn1);
            btn1.addActionListener(new ActionListener(){
            public void actionPerformed(ActionEvent e){
    
            System.load("F:\\test_hello\\test_hello_dell\\x64\\Debug\\test_hello_dell.dll"); 
                    
            log("star to work");
    //                System.load("D:\\fiji-win64\\Fiji.app\\test_dll_four.dll"); 
            String text = sayHello("xiaoming");
            log (text);
                        }
                    });
                    
            Button btn2 = new Button("Step 2");
            panel.add(btn2);
                    
            Button btn3 = new Button("Step 3");
            panel.add(btn3);
                    
            add(panel);
            pack();
            GUI.center(this);
            setVisible(true);
        }
    }
    

    当我们把代码加进去,会发现有很多错误,如下:
    在这里插入图片描述
    那是因为我们没有导入imageJ的包,当时为了尽快验证,所以就直接下了ij.jar文件然后导入就算了,没有进行太多的操作,懂的小伙伴可以自己试试。
    将ij.jar放在目录下面:
    在这里插入图片描述
    然后在你的java项目下面添加进去就可以了
    在这里插入图片描述
    右击Libraries然后选着Add jar,然后选择你ij.jar放置的目录下就行了,
    在这里插入图片描述
    错误解决后,更改以下system.load()函数的路径就可以了。
    然后如下:
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
    就表明已经生成了插件,插件的位置在你的java目录下的dist文件里面:
    在这里插入图片描述

    将插件放入到你的imageJ的目录下的plugin里面就行了
    在这里插入图片描述
    接着打开你的imageJ,在plugin下面能找到你的插件的名字了,运行效果如下:
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
    这样子插件就已经完成了,需要的话根据项目修改就可以了。

    一些小知识

    ①网上的资料很多,其实真的也很杂,所以看到一个完整的教程不容易,所以需要不断的尝试。
    ②你创建的插件一定要带下划线_,你可以生成后再修改也行,但是这是imageJ里面规定的
    ③如果你的生成插件里面有package(java导包的语句),imageJ是不会识别到你的插件的,其实你按照流程走,不自己创建文件夹,是不需要要package语句的
    ④可以学习以下jni的相关知识,里面有很多包括native的一些说法,以及很多函数

    最后

    如果有大佬是做过我的那个方法的话,可以评论留下联系方式,我联系你,我讲一下我的那个思路和目前做到的步骤。
    (想法:Java既然能够调用c++生成的dll文件,而vs2019和matlab也是可以混合编程的,那么理论上这种方法做的插件应该是可以的,但是事实上也是,但是需要依赖matlab的环境,也就是说在计算机的环境里面添加matlab
    目前的步骤:Java调用没问题,插件也没问题,除了出不了matlab的窗口,但是可以调用matlab的引擎,但是还是那句话需要用到matlab的安装环境,其实尝试过将matlab的安装文件复制出来试一下调用了那些库,但是最后放弃了,因为初衷已经不一样了。

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  • /* * Macro to count nuclei in multiple images in a folder/subfolders. */ #@File(label = "Input ... // clear ROI Manager for next image } http://imagej.github.io/presentations/fiji-scripting/#/6/2
    /*
    * Macro to count nuclei in multiple images in a folder/subfolders.
    */
    
    #@File(label = "Input directory", style = "directory") input
    #@File(label = "Output directory", style = "directory") output
    #@String(label = "File suffix", value = ".tif") suffix
    #@int(label = "Minimum size") minSize
    
    processFolder(input);
    	
    // function to scan folders/subfolders/files to find files with correct suffix
    function processFolder(input) {
    	list = getFileList(input);
    	for (i = 0; i < list.length; i++) {
    		if(File.isDirectory(input + File.separator + list[i]))
    			processFolder("" + input + File.separator + list[i]);
    		if(endsWith(list[i], suffix))
    			processFile(input, output, list[i]);
    	}
    	//saves results for all images in a single file
    	saveAs("Results", output + "/All_Results.csv"); 
    }
    
    function processFile(input, output, file) {
    	setBatchMode(true); // prevents image windows from opening while the script is running
    	// open image using Bio-Formats
    	run("Bio-Formats", "open=[" + input + "/" + file +"] autoscale color_mode=Default rois_import=[ROI manager] view=Hyperstack stack_order=XYCZT");
      id = getImageID(); // get original image id
    	run("Duplicate...", " "); // duplicate original image and work on the copy
    	
    	// create binary image
    	run("Gaussian Blur...", "sigma=2");
    	setAutoThreshold("Default dark");
    	//run("Threshold...");
    	run("Create Mask");
    	run("Watershed");
    	// save current binary image
    	save(output + "/Binary_OUTPUT_" + file);
    	
    	run("Analyze Particles...", "size=" + minSize + "-Infinity exclude add");
      selectImage(id); // activate original image
      roiManager("Show All with labels"); // overlay ROIs
    	roiManager("Deselect");
    	roiManager("Measure"); // measure on original image
    	
    	// save ROIs for current image
    	roiManager("Deselect");
    	roiManager("Save", output+ "/" + file + "_ROI.zip"); // saves Rois zip file
    	roiManager("Deselect");
    	roiManager("Delete"); // clear ROI Manager for next image
    }

    http://imagej.github.io/presentations/fiji-scripting/#/6/2

    展开全文
  • 您可以在以下网站找到斐济: ://imagej.net/Fiji插件的安装:解压缩您获取的插件文件,然后将内容提取到斐济的plugins文件夹中(例如:'C:\ Fiji.app \重新启动斐济,然后该插件将显示在斐济的插件菜单中。...
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