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  • 其实使用OpenCV也可以方便的进行图像读取,但是这里暂时只学习Nibabel这个库,后面有时间的话再研究OpenCV在python中的使用。 Nibabel的安装 可以通过pip进行安装 pip install nibabel 简单的图像读取和存储操作 ...
  • nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式,python中可用nibabel和sitk来读取保存。 使用nibabel 由于使用nibabel图像会旋转90度,所以读取保存的时候还得保存映射信息,3维图像格式为(z, y, x) 读取nii.gz文件 img = ...
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  • anaconda 安装 nibabel

    2021-11-07 11:06:54
    anaconda 安装 nibabel 直接使用 conda install nibabel 是没法安装的,查阅官网(https://anaconda.org/conda-forge/nibabel)可知,应当运行以下四个命令中的任意一个即可。 conda install -c conda-forge nibabel...

    anaconda 安装 nibabel

    直接使用

    conda install nibabel
    

    是没法安装的,查阅官网(https://anaconda.org/conda-forge/nibabel)可知,应当运行以下四个命令中的任意一个即可。

    conda install -c conda-forge nibabel
    conda install -c conda-forge/label/gcc7 nibabel
    conda install -c conda-forge/label/cf201901 nibabel
    conda install -c conda-forge/label/cf202003 nibabel
    
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  • NiBabel 使用

    万次阅读 2019-03-25 12:16:57
    NiBabel包是可以对常见的医学和神经影像文件格式进行读写。 安装 pip install nibabel 加载相关库 import os import numpy as np import nibabel as nib 载入图像 example_filename = os.path.join(data_path, '...

    NiBabel包是可以对常见的医学和神经影像文件格式进行读写。

    安装

    pip install nibabel
    

    加载相关库

    import os
    import numpy as np
    import nibabel as nib
    

    载入图像

    example_filename = os.path.join(data_path, 'example.nii.gz')
    img = nib.load(example_filename)
    

    查看图像形状

    img.shape
    (611, 512, 512)
    

    获取图像数据

    img.get_data()
    

    图像进行仿射变换

    img.affine.shape
    (4, 4)
    

    将ndarray文件保存到nii.gz

    img = nib.Nifti1Image(img, np.eye(4))
    nib.save(img, os.path.join('output', 'img.nii.gz')
    

    图像保存

    img.to_filename(os.path.join('output', 'test.nii.gz')
    

    nib.save(img, os.path.join('output', 'test.nii.gz')
    
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  • conda安装nibabel命令

    2021-01-07 22:16:23
    使用pip安装nibabel包时出错(pip install nibabel) 可以在conda官网查命令: https://anaconda.org/conda-forge/nibabel 任意一个命令: conda install -c conda-forge nibabel conda install -c conda-forge/label...

    使用pip安装nibabel包时出错(pip install nibabel)
    可以在conda官网查命令:
    https://anaconda.org/conda-forge/nibabel

    任意一个命令:

    conda install -c conda-forge nibabel
    conda install -c conda-forge/label/gcc7 nibabel
    conda install -c conda-forge/label/cf201901 nibabel
    conda install -c conda-forge/label/cf202003 nibabel
    

    在这里插入图片描述

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  • nibabel库 - 初步

    千次阅读 2019-08-22 15:57:45
    我的目的主要是利用 nibabel 这个库来处理一些 NIFTI 格式的 医学方面的数据。 官方的网址如下: https://nipy.org/nibabel/nibabel_images.html#the-image-object 首先, 自然是安装库, 然后我们使用 load ...

     

    我的目的主要是利用 nibabel 这个库来处理一些 NIFTI 格式的  医学方面的数据。

    官方的网址如下:

    https://nipy.org/nibabel/nibabel_images.html#the-image-object

     

    首先, 自然是安装库, 然后我们使用 load 函数来读取一个 nii.gz格式的文件,

    它 return 的是一个  <class 'nibabel.nifti1.Nifti1Image'>   类型的 object

    import nibabel as nib
    img = nib.load(example_file)

     

    关于 这个return 回来的数据类型, 我们要知道如下的三点:  

    (n维数组, 代表图像,  仿射变换  , meta_data)

    A nibabel image object is the association of three things:

    • an N-D array containing the image data;

    • a (4, 4) affine matrix mapping array coordinates to coordinates in some RAS+ world coordinate space (Coordinate systems and affines);

    • image metadata in the form of a header.

     

    #  demo 

    简单的读取,  查看return 的 object 的类型 和 shape 

    if __name__ == '__main__':
    
        demo_img, demo_seg = load_case(cid=123)
        print(type(demo_img))
        print(demo_img.shape
    
    --------------- output  ----------
    
    <class 'nibabel.nifti1.Nifti1Image'>
    (61, 512, 512)

     

    #  使用 get_fdata , 就可以转为float 为 dtype 的 ndarray类型的 object 

        hu_data = demo_img.get_fdata()
        print(hu_data.shape)
        print(type(hu_data))
        print(hu_data.dtype)
    
    
    ——————————————--------output-- - - -----------
    
    <class 'nibabel.nifti1.Nifti1Image'>
    (61, 512, 512)
    <class 'numpy.ndarray'>
    float64
    

    #  你可能也见过这个函数 get_data 缺少了一个‘ f ’ , 

     

    I'm working with Nibabel to read some .nii files.
     I came across different examples and some of them use get_data() function
     while some of them use get_fdata() function.
     I could not find what the difference is in their documentation (nibabel manuel).
     Can anyone explain?

    在这里可以找到 https://nipy.org/nibabel/reference/nibabel.dataobj_images.html
    (也就是get_data 和 get_fdata 的一些区别)

    二者的一些说明如下:

    get_data(caching='fill')
    
    Return image data from image with any necessary scaling applied
    get_fdata(caching='fill', dtype=)
    
    Return floating point image data with necessary scaling applied

    简单的来说, 一个是返回原数据, 一个则是返回浮点数。

    就是这么点区别

    不过有一点需要注意 , 这个get_data 函数要被取缔了:

    We recommend you use the get_fdata method instead of the get_data method,
     because it is easier to predict the return data type. 
    We will deprecate the get_data method around April 2018, 
    and remove it around April 2020.
    
    If you don’t care about the predictability of the return data type, 
    and you want the minimum possible data size in memory, 
    you can replicate the array 
    that would be returned by img.get_data() by using np.asanyarray(img.dataobj).

     

     

     

     

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  • 所有的文件格式都可以使用SimpleITK进行处理,但是也可以使用nibabel处理.nii(.gz)格式的图像,pydicom可以对.dcm文件图像进行读取和修改。本文将讲述如何使用conda安装这三类图像处理库。     自己使用python...
  • Conda安装nibabel

    千次阅读 2020-04-16 10:37:46
    conda install -c conda-forge nibabel
  • python——nibabel包的使用

    千次阅读 2019-12-30 16:44:50
    NiBabel包是可以对常见的医学和神经影像文件格式进行读写,如.nii格式。 Nibabel的安装 pip install nibabel 图像的加载 example_filename = os.path.join(data_path, 'example.nii.gz') img = nib.load(example_...
  • 【5】nibabel三维显示

    2021-05-14 21:05:41
    【1】参考代码 #!/usr/bin/env python # -*- encoding: ...from matplotlib import pylab as plt import nibabel as nib from nibabel import nifti1 from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D ''' nibabel三维显示 ...
  • nibabel读取.nii或.nii.gz import nibabel as nib file_path = '/home/.../motion_102_0000.nii.gz' # file suffix can also be .nii data = nib.load(file_path) voxel_ndarray = data.get_fdata() #读取成...
  • nibabel文件存储和读取header

    千次阅读 2019-04-17 16:42:34
    神经图像NIBABEL官网: https://nipy.org/nibabel/gettingstarted.html 读取 import nibabel as nib img = nib.load('image_path+filename).get_fdata() 存储 img.tofile('save_path+filename') 头文件 ds...
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  • Nibabel.jl-源码

    2021-03-29 14:53:02
    尼巴​​伯
  • 用于Python的神经科学库,旨在补充现有的nibabel库。 有关其他文档,尤其是用法文档,请参阅和 。 作者 诺亚·本森(Noah < > 安装 Neuropythy库在上可用,可以通过pip安装: pip install neuropythy 依赖项...
  • Nibabel库对nii格式图像的读写

    千次阅读 2019-01-24 21:40:20
    Nibabel库对nii格式图像的读写 因为后期主要的研究方向是医学图像处理,而现有手头的大部分数据都是nii格式或者是hdr,img格式的数据,所以首先第一步我们需要解决图像的读写问题。 其实使用OpenCV也可以方便的进行...
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  • 但是Nifti数据本身是除了矩阵信息(也就是图像信息之外),还有和物理坐标相关的仿射矩阵以及Header头文件信息,但是nibabel的获取数据的方法get_data()是一个单向操作,只可以获取数据,并不能把数据直接存到一个...
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空空如也

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