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2019-08-01 15:52:09
示例代码:
import numpy as np from skimage import measure list0 = [0,0,0,0,2,0,0,3,0,0,0,0,3,3,0,0,0,0,3,0,0,0,0,0,0,3,0,0,0,0,3,3,0,0,0,0] testa0 = np.array(list0).reshape(6,6)+1 #0会被忽略掉,但是我这里会要使用,所以+1 testa1 = measure.label(testa0, connectivity = 2)#8连通 testa2 = measure.label(testa0, connectivity = 1)#4连通 #如果想分别对每一个连通区域进行操作,比如计算面积、外接矩形、凸包面积等,则需要调用#measure子模块的regionprops()函数 props = measure.regionprops(testa1) numPix = [] for ia in range(len(props)): numPix += [props[ia].area] #像素最多的连通区域及其指引 maxnum = max(numPix) index = numPix.index(maxnum) #最大连通区域的bounding box minr, minc, maxr, maxc = props[index].bbox#[minr, maxr),[minc, maxc) #最大连通区域中的原始值 classPlat = testa0[minr,minc]-1 print(props[index].bbox) print(classPlat)
可以自行输出每步的结果查看
skimage.measure.regionprops(label_image)
属性名称 类型 描述 area int 区域内像素点总数 bbox tuple 边界外接框(min_row, min_col, max_row, max_col) centroid array 质心坐标 convex_area int 凸包内像素点总数 convex_image ndarray 和边界外接框同大小的凸包 coords ndarray 区域内像素点坐标 Eccentricity float 离心率 equivalent_diameter float 和区域面积相同的圆的直径 euler_number int 区域欧拉数 extent float 区域面积和边界外接框面积的比率 filled_area int 区域和外接框之间填充的像素点总数 perimeter float 区域周长 label int 区域标记 更多相关内容 -
鹅妹子的skimage.measure.regionprops
2019-07-04 19:55:20参考:https://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.measure.html#skimage.measure.regionprops skimage的强大无需多言,但是木有想到厉害成这个亚子!简直是宝藏函数! 今天简单记录skimage.measure使用中遇到的...参考:https://scikit-image.org/docs/dev/api/skimage.measure.html#skimage.measure.regionprops
skimage的强大无需多言,但是木有想到厉害成这个亚子!简直是宝藏函数!
今天简单记录skimage.measure使用中遇到的惊喜。一、汇总
函数 功能 skimage.measure.find_contours(array, level) Find iso-valued contours in a 2D array for a given level value. skimage.measure.regionprops(label_image[, …]) Measure properties of labeled image regions. skimage.measure.regionprops_table(label_image) Find image properties and convert them into a dictionary skimage.measure.perimeter(image[, neighbourhood]) Calculate total perimeter of all objects in binary image. skimage.measure.approximate_polygon(coords, …) Approximate a polygonal chain with the specified tolerance. skimage.measure.subdivide_polygon(coords[, …]) Subdivision of polygonal curves using B-Splines. skimage.measure.ransac(data, model_class, …) Fit a model to data with the RANSAC (random sample consensus) algorithm. skimage.measure.block_reduce(image, block_size) Down-sample image by applying function to local blocks. skimage.measure.moments(image[, order]) Calculate all raw image moments up to a certain order. skimage.measure.moments_central(image[, …]) Calculate all central image moments up to a certain order. skimage.measure.moments_coords(coords[, order]) Calculate all raw image moments up to a certain order. skimage.measure.moments_coords_central(coords) Calculate all central image moments up to a certain order. skimage.measure.moments_normalized(mu[, order]) Calculate all normalized central image moments up to a certain order. skimage.measure.moments_hu(nu) Calculate Hu’s set of image moments (2D-only). skimage.measure.marching_cubes_lewiner(volume) Lewiner marching cubes algorithm to find surfaces in 3d volumetric data. skimage.measure.marching_cubes_classic(volume) Classic marching cubes algorithm to find surfaces in 3d volumetric data. skimage.measure.mesh_surface_area(verts, faces) Compute surface area, given vertices & triangular faces skimage.measure.profile_line(image, src, dst) Return the intensity profile of an image measured along a scan line. skimage.measure.label(input[, neighbors, …]) Label connected regions of an integer array. skimage.measure.points_in_poly(points, verts) Test whether points lie inside a polygon. skimage.measure.grid_points_in_poly(shape, verts) Test whether points on a specified grid are inside a polygon. skimage.measure.compare_ssim(X, Y[, …]) Compute the mean structural similarity index between two images. skimage.measure.compare_mse(im1, im2) Compute the mean-squared error between two images. skimage.measure.compare_nrmse(im_true, im_test) Compute the normalized root mean-squared error (NRMSE) between two images. skimage.measure.compare_psnr(im_true, im_test) Compute the peak signal to noise ratio (PSNR) for an image. skimage.measure.shannon_entropy(image[, base]) Calculate the Shannon entropy of an image. skimage.measure.LineModelND() Total least squares estimator for N-dimensional lines. skimage.measure.CircleModel() Total least squares estimator for 2D circles. skimage.measure.EllipseModel() Total least squares estimator for 2D ellipses. 下面捡两个自己用的比较多的函数记录一下,后续用到其他会继续更新。
二、skimage.measure.find_contours
对于给定的水平值,在二维数组中找到等值的轮廓,可以用来检测二值图像的边缘轮廓。
skimage.measure.find_contours(array, level, fully_connected='low', positive_orientation='low')
参数
数组:2D输入数据的二维图像,用于查找轮廓。
level:其中查找数组中的轮廓的值。
fully_connected:str,{‘low’,‘high’}指示给定级别值以下的数组元素是否被视为完全连接(并且因此值之上的元素将仅面向连接),反之亦然。(详情请参见下面的注释。)
positive_orientation:‘low’或’high’表示输出轮廓是否会在低或高值元素的岛周围产生正向多边形。如果’低’,那么等高线将围绕低于等值的元素逆时针旋转。或者,这意味着低值元素总是在轮廓的左侧。返回
轮廓:(n,2)列表的列表每个轮廓都是形状(n,2)的状态,由沿着轮廓的n(行,列)坐标组成。 |三、skimage.measure.regionprops
skimage.measure.regionprops(label_image, intensity_image=None, cache=True)
测量标记的图像区域的属性。
参数
label_image:(N,M)ndarray标记的输入图像。值为0的标签将被忽略。intensity_image:(N,M)ndarray,可选强度(即输入)与标记图像大小相同的图像。缺省值是None。
cache:bool,可选确定是否缓存计算的属性。缓存属性的计算速度要快得多,而内存消耗增加。返回
属性:RegionProperties列表每个项目描述一个带标签的区域,并且可以使用下面列出的属性进行访问。以下是可以访问的属性
area : int
区域的像素数
bbox : tuple
Bounding box(min_row, min_col, max_row, max_col)
.
Pixels belonging to the bounding box are in the half-open interval
[min_row; max_row)
and[min_col; max_col)
.
bbox_area : int
Number of pixels of bounding box.
centroid : array
质心坐标 tuple(row, col)
.
convex_area : int
凸包图像的像素数
convex_image : (H, J) ndarray
Binary convex hull image which has the same size as bounding box.
coords : (N, 2) ndarray
Coordinate list(row, col)
of the region.
eccentricity : float
Eccentricity of the ellipse that has the same second-moments as the
region. The eccentricity is the ratio of the focal distance
(distance between focal points) over the major axis length.
The value is in the interval [0, 1).
When it is 0, the ellipse becomes a circle.
equivalent_diameter : float
The diameter of a circle with the same area as the region.
euler_number : int
Euler characteristic of region. Computed as number of objects (= 1)
subtracted by number of holes (8-connectivity).
extent : float
Ratio of pixels in the region to pixels in the total bounding box.
Computed asarea / (rows * cols)
filled_area : int
Number of pixels of filled region.
filled_image : (H, J) ndarray
Binary region image with filled holes which has the same size as
bounding box.
image : (H, J) ndarray
Sliced binary region image which has the same size as bounding box.
inertia_tensor : (2, 2) ndarray
Inertia tensor of the region for the rotation around its mass.
inertia_tensor_eigvals : tuple
The two eigen values of the inertia tensor in decreasing order.
intensity_image : ndarray
Image inside region bounding box.
label : int
The label in the labeled input image.
local_centroid : array
Centroid coordinate tuple(row, col)
, relative to region bounding
box.
major_axis_length : float
The length of the major axis of the ellipse that has the same
normalized second central moments as the region.
max_intensity : float
Value with the greatest intensity in the region.
mean_intensity : float
Value with the mean intensity in the region.
min_intensity : float
Value with the least intensity in the region.
minor_axis_length : float
The length of the minor axis of the ellipse that has the same
normalized second central moments as the region.
moments : (3, 3) ndarray
Spatial moments up to 3rd order::m_ji = sum{ array(x, y) * x^j * y^i } where the sum is over the `x`, `y` coordinates of the region. **moments_central** : (3, 3) ndarray Central moments (translation invariant) up to 3rd order:: mu_ji = sum{ array(x, y) * (x - x_c)^j * (y - y_c)^i } where the sum is over the `x`, `y` coordinates of the region, and `x_c` and `y_c` are the coordinates of the region's centroid. **moments_hu** : tuple Hu moments (translation, scale and rotation invariant). **moments_normalized** : (3, 3) ndarray Normalized moments (translation and scale invariant) up to 3rd order:: nu_ji = mu_ji / m_00^[(i+j)/2 + 1] where `m_00` is the zeroth spatial moment. **orientation** : float 与该区域具有相同二阶矩的椭圆的x轴与主轴之间的夹角。 Angle between the X-axis and the major axis of the ellipse that has the same second-moments as the region. Ranging from `-pi/2` to `pi/2` in counter-clockwise direction. **perimeter** : float Perimeter of object which approximates the contour as a line through the centers of border pixels using a 4-connectivity. **solidity** : float Ratio of pixels in the region to pixels of the convex hull image. **weighted_centroid** : array Centroid coordinate tuple ``(row, col)`` weighted with intensity image. **weighted_local_centroid** : array Centroid coordinate tuple ``(row, col)``, relative to region bounding box, weighted with intensity image. **weighted_moments** : (3, 3) ndarray Spatial moments of intensity image up to 3rd order:: wm_ji = sum{ array(x, y) * x^j * y^i } where the sum is over the `x`, `y` coordinates of the region. **weighted_moments_central** : (3, 3) ndarray Central moments (translation invariant) of intensity image up to 3rd order:: wmu_ji = sum{ array(x, y) * (x - x_c)^j * (y - y_c)^i } where the sum is over the `x`, `y` coordinates of the region, and `x_c` and `y_c` are the coordinates of the region's weighted centroid. **weighted_moments_hu** : tuple Hu moments (translation, scale and rotation invariant) of intensity image. **weighted_moments_normalized** : (3, 3) ndarray Normalized moments (translation and scale invariant) of intensity image up to 3rd order:: wnu_ji = wmu_ji / wm_00^[(i+j)/2 + 1] where ``wm_00`` is the zeroth spatial moment (intensity-weighted area).
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skimage.measure.label和skimage.measure.regionprops()
2019-06-29 22:25:39skimage.measure.label()函数 对二值图像进行连通区域进行标记,它的返回值就是标记,并没有对二值图像进行改变 在二值图像中,如果两个像素点相邻且值相同(同为0或同为1),那么就认为这两个像素点在一个相互...原博客
https://www.cnblogs.com/denny402/p/5166258.html
skimage.measure.label()函数
对二值图像进行连通区域进行标记,它的返回值就是标记,并没有对二值图像进行改变
在二值图像中,如果两个像素点相邻且值相同(同为0或同为1),那么就认为这两个像素点在一个相互连通的区域内。而同一个连通区域的所有像素点,都用同一个数值来进行标记,这个过程就叫连通区域标记。在判断两个像素是否相邻时,我们通常采用4连通或8连通判断。在图像中,最小的单位是像素,每个像素周围有8个邻接像素,常见的邻接关系有2种:4邻接与8邻接。4邻接一共4个点,即上下左右,如下左图所示。8邻接的点一共有8个,包括了对角线位置的点,如下右图所示。
在skimage包中,我们采用measure子模块下的label()函数来实现连通区域标记。
函数格式:
skimage.measure.label(image,connectivity=None)
参数中的image表示需要处理的二值图像,connectivity表示连接的模式,1代表4邻接,2代表8邻接。
输出一个标记数组(labels), 从0开始标记。
#coding=utf-8 import numpy as np import scipy.ndimage as ndi from skimage import measure,color import matplotlib.pyplot as plt #编写一个函数来生成原始二值图像 def microstructure(l=256): n = 5 x, y = np.ogrid[0:l, 0:l] #生成网络 mask = np.zeros((l, l)) generator = np.random.RandomState(1) #随机数种子 points = l * generator.rand(2, n**2) mask[(points[0]).astype(np.int), (points[1]).astype(np.int)] = 1 mask = ndi.gaussian_filter(mask, sigma=l/(4.*n)) #高斯滤波 return mask > mask.mean() data = microstructure(l=128)*1 #生成测试图片 labels=measure.label(data,connectivity=2) #8连通区域标记 dst=color.label2rgb(labels) #根据不同的标记显示不同的颜色 print('regions number:',labels.max()+1) #显示连通区域块数(从0开始标记) fig, (ax1, ax2) = plt.subplots(1, 2, figsize=(8, 4)) ax1.imshow(data, plt.cm.gray, interpolation='nearest') ax1.axis('off') ax2.imshow(dst,interpolation='nearest') ax2.axis('off') fig.tight_layout() plt.show()
skimage.measure.regionprops()函数
如果想分别上面的的每一个连通区域进行操作,比如计算面积、外接矩形、凸包面积等,则需要调用measure子模块的regionprops()函数。该函数格式为:
返回所有连通区块的属性列表,常用的属性列表如下表:
属性名称 类型 描述 area int 区域内像素点总数 bbox tuple 边界外接框(min_row, min_col, max_row, max_col) centroid array 质心坐标 convex_area int 凸包内像素点总数 convex_image ndarray 和边界外接框同大小的凸包 coords ndarray 区域内像素点坐标 Eccentricity float 离心率 equivalent_diameter float 和区域面积相同的圆的直径 euler_number int 区域欧拉数 extent float 区域面积和边界外接框面积的比率 filled_area int 区域和外接框之间填充的像素点总数 perimeter float 区域周长 label int 区域标记 代码
#coding=utf-8 import numpy as np import scipy.ndimage as ndi from skimage import measure,color import matplotlib.pyplot as plt #编写一个函数来生成原始二值图像 def microstructure(l=256): n = 5 x, y = np.ogrid[0:l, 0:l] #生成网络 mask = np.zeros((l, l)) generator = np.random.RandomState(1) #随机数种子 points = l * generator.rand(2, n**2) mask[(points[0]).astype(np.int), (points[1]).astype(np.int)] = 1 mask = ndi.gaussian_filter(mask, sigma=l/(4.*n)) #高斯滤波 return mask > mask.mean() data = microstructure(l=128)*1 #生成测试图片 labels = measure.label(data,connectivity=2) # #筛选连通区域大于500的 properties = measure.regionprops(labels) valid_label = set() for prop in properties: if prop.area > 500: valid_label.add(prop.label) current_bw = np.in1d(labels, list(valid_label)).reshape(labels.shape) dst = color.label2rgb(current_bw) #根据不同的标记显示不同的颜色 print('regions number:', current_bw.max()+1) #显示连通区域块数(从0开始标记) fig, (ax1, ax2, ax3) = plt.subplots(1, 3, figsize=(8, 4)) ax1.imshow(data, plt.cm.gray, interpolation='nearest') ax1.axis('off') ax2.imshow(current_bw, plt.cm.gray, interpolation='nearest') ax2.axis('off') ax3.imshow(dst,interpolation='nearest') ax3.axis('off') fig.tight_layout() plt.show()
skimage.segmentation.clear_border函数
https://blog.csdn.net/qq_36401512/article/details/88252649
clear_border(labels, buffer_size=0, bgval=0, in_place=False)主要作用是清除二值图像中边界的1值。例如
>>> import numpy as np >>> from skimage.segmentation import clear_border >>> labels = np.array([[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0], ... [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], ... [1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], ... [0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0], ... [0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0], ... [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]]) >>> clear_border(labels) array([[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0], [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0], [0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0], [0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0], [0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0], [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]])
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图像分析函数:skimage.measure中的label、regionprops
2020-11-25 03:43:09measure.label操作后,会将二值化(全True或Flase)的图片值全部重新赋值,当做为一种标记,具体赋值方式是:比如二值化图像中,有8个单独的连通区域,那么第一个连通区域内所有像素点值变为1,第二个连通区域内...算法解释详细,有算法执行过程动态GIF图的:https://blog.csdn.net/icvpr/article/details/10259577
算法文字解释的简介易懂的:https://www.cnblogs.com/ryuasuka/p/4932239.html
regionprops函数一些属性的效果演示:https://www.cnblogs.com/nktblog/archive/2012/06/13/2547938.html
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我的一些测试:
其中,.area函数意思是统计某连通区域中,总像素点个数。如下:
上述二值化图像中,共有14个区域(第一个区域为全黑区域),.area函数能够统计每个区域中像素点个数。
.bbox:囊括该连通区域内所有像素点的最小矩形。其返回值有4个,分别是
,其值都是具体的图像坐标位置。
measure.label操作后,会将二值化(全True或Flase)的图片值全部重新赋值,当做为一种标记,具体赋值方式是:比如二值化图像中,有8个单独的连通区域,那么第一个连通区域内所有像素点值变为1,第二个连通区域内所有像素点值变为2,依次类推。如下图:
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2017-11-16 17:27:45可以用来做图像做处理的模块有很多,不过对于使用python不熟悉,或者刚使用python做图像处理的时候,经常不知道应该选择...from skimage import data 例图: data里面会有样图,如data.camera()是一张(512, 512) -
【Python】使用skimage完成二值图像连通区域标记及属性提取
2017-01-12 22:35:33本文介绍了使用skimage完成二值图像连通区域标记及属性计算的过程,并给出了详细的文档。 -
图像处理中媲美matlab的python包——scikit-image(skimage)包的用法详解
2018-04-28 17:29:31这里需要注意的是:measure.label函数获取的连通域背景是0,前景的连通域其实是从1开始计算,而measure.regionprops函数获取的连通域不包含背景,前景的连通域属性就是从0开始的。 下面举一个例子: 随便找... -
scikit-image(Scikit-image 是用于图像处理的 Python 包,使用原生的 NumPy 数组作为图像对象)
2020-11-01 16:13:53skimage.measure.approximate_polygon(coords,...) 近似具有指定公差的多边形链。 skimage.measure.block_reduce(image,block_size) 通过对局部块应用函数来下采样图像。 -
【Python】scikit-image的measure,morphology,io,filters等
2020-09-01 15:00:13函数格式: from skimage import measure labels = measure.label(二值图像,connectivity=None) connectivity表示连接的模式,1代表4邻接,2代表8邻接。 返回一个与图像同样大小的数组,背景都是0,对于前景的连... -
python数字图像处理(18):高级形态学处理
2018-10-15 16:25:24形态学处理,除了最基本的膨胀、腐蚀、开/闭运算、黑/白帽处理外,还有一些更高级的运用,如凸包,连通区域标记,删除小块区域等。 1、凸包 凸包是指一个凸多边形,这个...skimage.morphology.convex_hull_image... -
skimage包的小优化(2):模仿remove_small_objects()函数保留图片中连通域最大的区域
2018-06-05 19:00:10skimage包的morphology子模块中,提供了一个remove_small_objects()函数,可以通过自己设定的连通域面积阈值有效去掉图片中的噪点,但是在具体使用过程中会发现:这个函数使用起来还有诸多的不便,好在这个函数的源...