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  • divs-de-bismark-medrano
  • bismark_v0.19.0.tar.gz

    2019-05-29 14:07:02
    bismark是用于二代甲基化数据的mapping,计算时间与其他软件相比比较长。
  • <div><p>I am having a strange issue that I cannot figure out how to resolve with the newer versions of Bismark. My system has 1 head compute node and 2 sub-nodes. I am able to run Bismark on the head ...
  • bismark判断甲基化的比对原理

    千次阅读 2019-09-28 14:18:35
    bismark判断甲基化的比对原理bismark判断甲基化的比对原理参考 bismark判断甲基化的比对原理 我第一次看这个原理时看懂似懂非懂,就是感觉这个算法很巧妙很nb,后来自己一边画图一边想才理解这个算法的意思。 ...

    bismark判断甲基化的比对原理

    bismark判断甲基化的比对原理

    我第一次看这个原理时看懂似懂非懂,就是感觉这个算法很巧妙很nb,后来自己一边画图一边想才理解这个算法的意思。
    废话不多言,咱们就直接看比对的原理的理解图吧。
    大写的是改变的,橘色为甲基化的
    在这里插入图片描述在这里插入图片描述在这里插入图片描述在这里插入图片描述

    参考

    官网:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/

    https://blog.csdn.net/qq_29300341/article/details/53302961

    使用教程
    https://github.com/FelixKrueger/Bismark/tree/master/Docs
    http://www.zxzyl.com/archives/759
    http://www.novelbio.com/blog/c5/19.html

    展开全文
  • BISmark Simulcast:并行安装固件 斯蒂芬·伍德罗 要求 支持802.1Q(VLAN)的以太网交换机 VirtualBox或其他x86桌面虚拟化应用程序(VMware工作站等) Ubuntu Server 11.04安装映像(.iso) 入门 首先阅读doc / ...
  • DNA甲基化比对:Bismark

    千次阅读 2020-01-09 22:25:52
    建立基因组索引 ...bismark_genome_preparation --path_to_bowtie /usr/local/bowtie/ <path_to_genome_folder> 参考基因路径 --verbose 输出log信息 比对 bismark --bowtie2 -N 0 允许...

    建立基因组索引
    调用bowtie2,因为bowtie2支持插入缺失。

    bismark_genome_preparation
    		--path_to_bowtie /usr/local/bowtie/
    		<path_to_genome_folder> 参考基因路径
     		--verbose 输出log信息
    

    比对

    bismark --bowtie2 
    	    -N 0      允许错配数
    	    -L 20    seed大小
    	    --quiet 
    	    --un      过滤多处匹配reads
    	    --ambiguous   多处匹配reads信息独立记录
    	    --sam   输出格式为sam
    	    -o  输出目录
    	    <genome_folder>
    	    -1 read_1.fq
    	    -2 read_2.fq
    

    在这里插入图片描述

    去重复
    duplicate_bismark -p <input.sam>

    提取甲基化位点

    bismark_methylation_extractor
    	-P pair-end
    	--comprehensive    输出CHG CHH CpG的甲基化信息
    	--no-overlap 
    	--bedGraph   输出bedGraph文件
    	--counts 每个C上甲基化reads和非甲基化reads的数目
    	--buffer_size 20G
    	--report  一个甲基化summay
    	--cytosine_report  报道全基因组所有CpG
    	--genome_folder  <path_to_reference_genome>
    	input.sam
    	-o output_dir
    

    在这里插入图片描述
    解读甲基化信息
    bismark2report --dir <output_dir> --alignment_repot <report_path>
    针对所有样本进行汇总.
    bismark2summary sample_bismark_bt2.bam

    结果解读在这里插入图片描述
    CpG:甲基化C下游是个G碱基。
    CHH:甲基化C下游的2个碱基都是H(A、C、T)。
    CHG:甲基化的C下游的2个碱基是H和G。

    col1 : 比对上的序列ID
    col2 : 基因组正负链:+ -
    col3 : 染色体编号
    col4 : 染色体位置
    col4 : 甲基化C的状态(XxHhZzUu)
    
    X 代表CHG中甲基化的C
    x  代笔CHG中非甲基化的C
    H 代表CHH中甲基化的C
    h  代表CHH中非甲基化的C
    Z  代表CpG中甲基化的C
    z  代表CpG中非甲基化的C
    U 代表其他情况的甲基化C(CN或者CHN)
    u  代表其他情况的非甲基化C (CN或者CHN)
    

    在这里插入图片描述
    记录样本甲基化的汇总信息。
    在这里插入图片描述

    col1 : position
    col2 : 甲基化count
    col3 : 非甲基化count
    col4 : 甲基化率(beta)
    col5 : coverage
    

    在这里插入图片描述

    col1 : 染色体编号
    col2 : 染色体起始位置
    col3 : 染色体终止位置
    col4 : 甲基化率 (5/5+6)
    col5 : 甲基化数目
    col6 : 非甲基化数目 
    

    在这里插入图片描述

    col1 : 染色体编号
    col2 : 染色体起始位置
    col3 : 正负链信息
    col4 : 甲基化碱基数目
    col5 : 非甲基化碱基数目
    col6 : CG
    col7 : CG背景(CG+一个碱基) 
    
    展开全文
  • bismark中,根据甲基化的C所处的上下文环境,分成以下3类;CpGCHGCHHp代表磷酸二酯键,CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基,即A, C...

    bismark中,根据甲基化的C所处的上下文环境,分成以下3类;

    1. CpG

    2. CHG

    3. CHH

    p代表磷酸二酯键,CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基,即A, C, T中的任意一种,CHG代表甲基化的C下游的2个碱基是HG, CHH表示甲基化的C下游的两个碱基都是H

    bismark 比对完之后,会生成1个bam 文件。使用bismark_methylation_extractor命令可以从bam 文件中识别到甲基化的C,命令如下

    bismark_methylation_extractor —comprehensive test/test_data_bismark_bt2.bam

    只有1个参数,这个bam 文件是bimark比对生成的bam文件,每个样本一个bam文件。

    默认情况下,软件会自动根据两个因素生成结果文件

    1. 甲基化的C的类型
      就是前面提到的CpG, CHG, CHH 3种类型

    2. 比对情况
      包括比对到四条链上OT, OB, CTOT, CTOB 4种情况
      所以会生成 3 X 4 = 12 个文件,对于链特异性文库来说,会生成3 X 2 = 6 个文件,这6个文件内容是类似的,都是记录了甲基化的C的染色体位置。

    comprehensive选项的作用就是在生成最终文件时,只考虑3种甲基化类型,将所有的比对情况进行合并,这样最终只会生成3个文件.

    CpG_context_test_data_bismark_bt2.txt
    CHG_context_test_data_bismark_bt2.txt
    CHH_context_test_data_bismark_bt2.txt

    CpG_context_test_data_bismark_bt2.txt为例,内容如下:

    Bismark methylation extractor version v0.19.0
    SRR15024317_length=86   -       1       57798691        z
    SRR15024319_length=86    +       2       10166600        Z
    SRR15024331_length=86  +       11      77736289        Z
    SRR15024338_length=86  +       3       197272186       Z

    共5列,第一列为比对上的序列ID,第二列为基因组的正负链信息,第三列为染色体编号,第四列染色体上的位置,第5列为甲基化的C的状态。

    不同字母表示不同的甲基化C:

    X 代表CHG中甲基化的C
    x  代笔CHG中非甲基化的C
    H 代表CHH中甲基化的C
    h  代表CHH中非甲基化的C
    Z  代表CpG中甲基化的C
    z  代表CpG中非甲基化的C
    U 代表其他情况的甲基化C(CN或者CHN)
    u  代表其他情况的非甲基化C (CN或者CHN)

    对于CpG, 采用字母X的大小写来表征甲基化状态;对于CHG, 采用字母H的大小写来表征甲基化状态;对于CHH, 采用字母Z 的大小写来表征甲基化状态。

    上面的文件是methylation calling 最直接的证据,但是对于甲基化水平的定量来说,缺少了相关信息。运行bismark_methylation_extractor时,除了生成上述文件之外,还会有下列3个文件

    test_data_bismark_bt2_splitting_report.txt
    test_data_bismark_bt2.M-bias.txt
    test_data_bismark_bt2.M-bias_R1.png

    test_data_bismark_bt2_splitting_report.txt

    记录了该样本甲基化的汇总信息

    Final Cytosine Methylation Report
    Total number of C’s analysed:    40348
    Total methylated C’s in CpG context:    1365
    Total methylated C’s in CHG context:    21
    Total methylated C’s in CHH context:    103
    Total C to T conversions in CpG context:    678
    Total C to T conversions in CHG context:    10076
    Total C to T conversions in CHH context:    28105
    C methylated in CpG context:    66.8%
    C methylated in CHG context:    0.2%
    C methylated in CHH context:    0.4%

    test_data_bismark_bt2.M-bias.txt

    定义了每一个甲基化位点的详细信息,%methylation就是我们定量常用的beta 值
    部分文件内容如下

    CpG context
    position        count methylated        count unmethylated      % methylation   coverage
    1       42      13      76.36   55
    2       31      9       77.50   40

    test_data_bismark_bt2.M-bias_R1.png

    双坐标轴图,左侧的纵轴代表甲基化比例,右侧的纵轴代表甲基化的数目,横坐标代表测序读长。

    展开全文
  • bismark 软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点,首先需要对基因组建立索引,建好索引之后,就可以开始比对了。我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试, 命令如下bismark...

    bismark  软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点,首先需要对基因组建立索引,建好索引之后,就可以开始比对了。

    我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试, 命令如下

    bismark hg19_bismark_db/  test_data.fastq -o test

    第一个参数为bismark_genome_preparation命令构建的基因组索引所在的目录,第二个参数为需要比对的序列, -o参数指定输出的目录

    bismark的参数很多,通常情况下,采用默认参数就好。其他参数全部默认的情况下:bismark 比对的过程分为以下几步:

    1 . 将输入序列进行C->T的转换

    软件在运行过程中的log信息如下:

    Input file is in FastQ format
    Writing a C -> T converted version of the input file test_data.fastq to test_data.fastq_C_to_T.fastq
    Created C -> T converted version of the FastQ file test_data.fastq (10000 sequences in total)
    Input file is test_data.fastq_C_to_T.fastq (FastQ)

    2 . 将C-> 转换好的序列分别与 C->T 转换的基因组和G->A 转换的基因组进行比对

    Now starting the Bowtie 2 aligner for CTreadCTgenome
    Using Bowtie 2 index: hg19_bismark_db/CT_conversion/BS_CT
    Using Bowtie 2 index: hg19_bismark_db/GA_conversion/BS_GA

    我用的是 1.9.0 版本的bismark, 现在绝大多数的BS-seq的文库构建都是采用illumina提供的的标准protocol, 构建出来的文库都是链特异性的文库,所以从0.7.0版本之后的bismark, 默认只做两次比对,但是这个默认情况只适合链特异性文库,如果你的文库不是链特异性的,那么就需要添加--non_directional选项。

    何为链特异性文库,就是说链是由方向性的。对于普通的文库,测序的插入片段都是双链,但是链特异性文库是单链。通过在反向互补时添加特定的标记,在双链合成后,将第二条链去除,最后用于测序的就只有一条链了。如果一个甲基化位点发生在基因组的正链上,那么这段区域在测序时插入序列就只有正链上的序列,如果发生在负链上,则只有负链作为插入序列。

    bismark中,将基因组的正链定义为top strand , 简称OT, 负链定义为bottom strand, 简称OB; 亚硫酸氢盐处理后,正负链之间并不是完全的反向互补的,将OT链的反向互补链定义为CTOT, 将OB链的反向互补链定义为CTOB

    对于链特异性文库而言,由于插入序列为单链,只需要比对OTOB两条链即可,大大减少了运算量,所以目前illumina的标准BS-seq protocol构建的文库都是链特异性文库,新版的bismark默认的运行方式也是针对链特异性文库的。

    放一张bismark的原理图:

    图中展示了bismark比对的过程, 包括了原始序列转换和比对两个过程:
    原始序列转换包括两种方式:

    1. C->T 的转换

    2. G->A 的转换

    比对也包括两种基因组:

    1. C->T 转换的基因组

    2. G->A 转换的基因组

    所以每条reads 最多会有 2 X 2 = 4 种比对情况,对于链特异性的文库,只有C->T  转换,所以只有2种比对情况。

    展开全文
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    万次阅读 2016-11-23 11:46:02
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  • Coverage result

    2020-12-09 02:54:46
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  • DSS:甲基化差异分析

    千次阅读 2020-01-17 17:28:28
    输入数据格式 上游分析进行bismark_methylation_extractor
  • 该存储库当前不包含任何自己的代码——它是一个用于存储项目范围问题和 wiki 页面的容器。 代码存储在许多 bismark-* 存储库中。 维基: : 项目范围的问题: : 整体问题仪表板: : 项目页面和数据集: :
  • Random error during pipeline

    2020-12-09 02:54:47
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    2021-02-16 09:44:29
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    2014-05-05 19:15:00
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空空如也

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