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  • canoco 教程

    2013-07-22 10:55:43
    教程,丰富的辅导基于CANOCO的数据统计分析.ppt基于CANOCO的数据统计分析.ppt
  • CANOCO使用说明

    2018-04-27 00:38:02
    CANOCO使用说明;英文版;对CANOCO软件最为详细的说明,但是可能有点长,需要耐心看
  • canoco教程

    2014-12-18 10:32:50
    生态软件canoco教程,作者沈会涛,内容:一,群落的排序;二,canoco软件的简介;三,数据的分析。谢谢!
  • CANOCO 下载安装包

    2019-04-12 09:28:30
    Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。Canoco最近版本(4.0和4.5)的用户指导在过去16年(1999-2014,ISI Web of Knowledge)中已经被引用达6800次。 Canoco...
  • Window版CANOCO 4.5 软件由几个相关程序组合成。在这一节我们将简单介绍一下各个程序的功能。然后再接着介绍这些程序的具体使用方法。这一章不能代替CANOCO软件的自带说明书,但对于初学者使用CANOCO还是很有帮助的...
  • CANOCO4.5PPT

    2018-12-14 17:09:02
    该ppt是基于canoco4.5版本制作的,其中主要讲基本操作步骤和基本原理。
  • Canoco 使用说明

    2013-08-08 20:58:44
    Canoco 使用说明
  • canoco4.5 升级包

    2016-11-04 18:21:28
    canoco4.5 升级包
  • canoco中文简明教程

    2018-04-14 16:45:17
    Canoco for Windows 是新一代的 CANOCO 软件,是生态学应用软件中用于约束与非约 束排序的最流行工具。Canoco for Windows 整合了排序以及回归和排列方法学,以便得到健 全的生态数据统计模型。Canoco for Windows ...
  • canoco4.5破解版

    2018-04-19 20:20:50
    破解版canoco生态学排序软件加学习资料。canoco5也在软件包里面,只要改变电脑日期就可以使用。
  • canoco5+教程

    2019-03-03 11:21:36
    生 态 学 软 件 canoco 5 运行INSTALL.EXE安装,使用以下试用许可证: Name: Any Comany: Any License code: c599999 根据系统位数选择Runasdate_x64或者Runasdate_x86,复制到某个软件存放位置 在需要运行的程序...
  • Canoco_18928.zip

    2020-01-05 20:35:45
    Canoco是主要用来解决统计分析的小软件,能方便解决统计问题,非常实用,此版本可以方便的解决主成分分析、统计结果可视化的工作。
  • canoco 5 教程.pdf

    2020-01-23 19:42:30
    canoco是一款生态数据处理软件,这是一款专业性极强的软件,一般的不从事生态研究的人,也不会用到该软件。而在生态研究上,该软件表现得非常专业,它能够对生态学方面的数据进行专业处理,同时涉及的领域也是非常...
  • Canoco5_5.02.zip

    2021-08-21 13:58:59
    生态学冗余分析、主成分分析软件canoco5
  • CANOCO之CCA排序中文.doc

    2021-10-08 21:33:09
    CANOCO之CCA排序中文.doc
  • canoco 4.5 统计学软件

    2015-05-18 23:14:26
    canoco4.5,可用于生物统计学PCA,CCA,CA,RDA等多种分析。试用于windows xp及以下版本。
  • CANOCO-CCA分析简明教程

    2017-12-14 01:39:57
    CCA分析简明教程,详细介绍了如何用CANOCO进行CCA分析
  • Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图

    万次阅读 多人点赞 2018-12-13 21:43:22
    文章目录利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图准备物种和环境数据根据前向选择的结果重分析根据Effects重分析参考文献猜你喜欢写在后面 利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图 作者:中国科学院天津工业生物技术研究所...


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    利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图

    作者:中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬

    Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。Canoco常用的版本1998和2002(4.0和4.5)的文章在过去20年引用高达11,469次,历史上主要版本(前10篇文章)引用达21,700次。
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    Canoco 5是一套全新的,几乎完全重构的Canoco软件版本,在2012年10月发布。Canoco 5在Canoco 4.5基础上做了很多改进,并增加一些新的分析方法(比如PCNM)和完善了绘图功能。

    本文以土壤理化因子和微生物物种数据为例,简要示范DCA的绘制流程。由于认识不深,不足、错误之处还望大家多提宝贵意见。

    软件测试版安装包、安装说明和测试数据,后台回复"canoco5"获取。

    准备物种和环境数据

    物种数据(Phylum.xlsx),门水平(任何层面读者任选,自行准备),MT处理组3个重复,HY处理组3个重复

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    环境数据(SP.xlsx),理化因子,MT处理3个重复,HY处理3个重复

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    点击“File”,选择“Import project”-"from excel …"弹出对话框。点击“Add files…”选择物种数据(phylum.xlsx)和环境数据(SP.xlsx)。

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    点击“Next”,出现新的对话框,将“Selected worksheets will define…project tables“中的数字改为2。

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    点击“Next”,出现新的对话框,在“Choose sheet with data”中选中物种数据,在“Table name”中输入命名(Microbe)。
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项。
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    点击“Next”,出现新的对话框,在“Choose sheet with data”中选中环境数据,在“Table name”中输入命名(Env)。
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项。
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    点击“Finish”,出现新的对话框,选择第三项“constrained ordination of species, with selection of environmental variables”
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    点击“Yes”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Finish”,出现新的对话框
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    点击“Yes”,出现新的对话框
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    点击“Yes”,出现新的对话框,连续点击“Include”按扭,直到出现“No more variable to improve the fit!”对话框。
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    点击“OK”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Finish”,等待几分钟后,出现结果,如下,方法为PCA,调整后的解释度为0.0%
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    可以点击窗口中央的“Details”查看详细信息,可以点击左侧“Copy”复制结果。
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    即Forward Selection Results下面窗口中显示的结果,复制内容如下,如粘贴到其它文本编辑器内

    Analysis 'Interactive-forward-selection', step 'Forward Selection'
    Forward Selection Results:
    
    Name	Explains %	Contribution %	pseudo-F	P	P(adj)
    TN	55.7	55.7	5.0	0.004	0.014
    Salt	21.5	21.5	2.8	0.146	0.511
    TOC	16.9	16.9	5.7	0.074	0.259
    pH	3.9	3.9	2.0	0.298	0.4592
    SK	2.0	2.0	<0.1	1.	1.
    

    根据前向选择的结果重分析

    点击左下角的“New…”,出现对话框,默认选项

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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Next”,出现新的对话框,选择“Constrained (species ~ environmental variables)”
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    点击“Finish”,出现新的对话框,默认选项(此页可能没有,不用在意)
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项(此页可能没有,不用在意)
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    点击“Next”,出现新的对话框,根据前向选择的结果,去除环境因子,这里我们去除SN和SP,即之前分析结果中没有显示在表格中的环境因子。
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Next”,出现新的对话框,选择“Summarize effects of expl.variables”
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Yes”,出现新的对话框,默认选项

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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项

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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Next”,出现新的对话框,默认选项
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    点击“Finish”,等待几分钟后,出现结果,方法为PCA,调整解释方差为0.0%
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    根据Effects重分析

    根据“Term Effects”,选择“TN TOC PH SALT”重新进行分析,方法如上,点击New…等,结果如下所示,方法为RDA,调整后的方差解释度为90.2%
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    TN对物种的影响具有显著性。TN对群落变异的解释度为55.7%,可以认为是驱动群落变异的主要因子。
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    点击“Graph1”,“Graph2”,会出现环境因子和物种,环境因子和样方的RDA图。
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    还可以点击“Graph”–“Triplots”–“with environmental variables”制作包含样方、物种和环境因子的三元图。可以点击工具栏按扭 image
    进行颜色、形状、字体等的调整;可以点击image 调整位置;可以点击 image添加箭头;可以点击 image添加标题;可以点击 image添加直线。

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    参考文献

    Introduction Canoco 5 for Canoco 4.x users, 2013, Cajo J.F. ter Braak and Petr Smilauer

    Multivariate Analysis of Ecological Data using Canoco 5, 2014, Petr Šmilauer, Jan Lepš

    基于 CANOCO 的生态学数据的多元统计分析, 2009,赖江山

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    写在后面

    为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外2600+ 一线科研人员加入。参与讨论,获得专业解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主编好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。
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    学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
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    2012-12-01 15:57:44
    Canoco软件的PCA教程
  • canoco软件使用教程

    2012-04-03 20:20:20
    希望给大家带来方便 canoco的软件教程,方便大家快速掌握
  • CANOCO 4.5软件的使用

    2015-01-27 11:30:09
    Window版CANOCO 4.5 软件由几个相关程序组合成。将简单介绍一下各个程序的功能。然后再接着介绍这些程序的具体使用方法。
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    2010-05-27 21:04:49
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    2011-05-15 15:53:17
    经典生态学数据分析软件Canoco的中文简明教程,很适合初学者一步一步进行学习。
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