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  • 中科大material studio 教程_materialsstudio_materialstudio_教程_源码.zip
  • material studio 教程

    2010-06-03 21:20:29
    material studio 教程 material studio 教程 material studio 教程 material studio 教程
  • 中科大material studio 教程_materialsstudio_materialstudio_教程_源码.rar.rar
  • material studio tutorial
  • Material studio手册

    2011-10-21 10:51:18
    包括Material studio的详细内容
  • material studio许可文件

    2019-04-17 23:17:56
    material studio的许可证文件,用于安装软件时的注册。
  • 中科大关于materials studio的学习教程,内容很详细。
  • 实现material studio中替换的原子
  • material studio的license

    2014-10-16 12:00:03
    windows下的material studio的license文件,在安装后需要使用,用于认证,将附件中相应的文件代替对应文件夹中的文件
  • material studio中的应力应变
  • 实现material studio中的速度渗析
  • MaterialStudio2017破解文件,需要的同学可以看看,当前最新版本
  • material studio培训教程

    2011-12-18 22:35:22
    这是material studio 软件入门的一个很好的教程
  • 可以在material studio实现pull-out过程
  • Material Studio 是一款功能强大的软件其功能当然不仅仅限于构造模型在这里我们就牛刀小试用 Material Studio 来构建我们所感兴趣的吸附表面最简单的 (111)或者 (100)面比较容易但是稍微复杂点的比如 (110)面的构造...
  • material studio 的学习资料,计算物理的各位可以参考一下下
  • Material Studio 5.5 license

    2011-12-11 11:53:35
    目前能用的Material Studio 5.5 license. 用license administrator安装,之前用记事本将第一行的pc2958452613改为你的计算机名。转载网络资源仅供学习测试。
  • Material Studio讲义.pdf

    2014-05-06 20:03:31
    Material Studio 讲义是MS的培训教程
  • material_studio_scripts Perl 脚本可帮助 Material Studio 和 CASTEP 如果我能追踪到他们,我会添加更多 这个 repo 包含与 perl api for materials studio 和 CASTEP 一起使用的脚本,以快速找到模拟的最佳设置或...
  • material studio帮助文件

    2010-01-10 22:06:47
    material studio 是材料中一个优秀的软件,这是他的教材.简单易懂。。。。。
  • Material Studio的纳米科技应用简介
  • material studio的linux版安装问题

    千次阅读 2019-04-14 21:48:18
    19.4.14 尝试在deepin系统中安装material studio安装失败,百度后发现,在ubuntu下安装都会出错,会出现某个目录找不到的问题。

    19.4.14  尝试在deepin系统中安装material studio安装失败,百度后发现,在ubuntu下安装都会出错,会出现某个目录找不到的问题。

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  • Material Studio 安装过程中遇到的问题

    千次阅读 热门讨论 2020-02-22 02:07:23
    Material studio 作为材料界的大神级仿真软件,自不必本人在这里多言了。作为一个半导体材料入门级都不算的人,说话没有分量,所以,不如老老实实记录学习所踩过的坑,然后又怎么出的坑,既利益于他人,也方便自己...

       Material studio 作为材料界的大神级仿真软件,自不必本人在这里多言了。作为一个半导体材料入门级都不算的人,说话没有分量,所以,不如老老实实记录学习所踩过的坑,然后又怎么出的坑,既利益于他人,也方便自己总结。

       今天就向师弟讨要了软件和讨教怎么安装软件的教程,基本上按照安装步骤去做都能够顺利的安装下来。

    不过安装到最后的时候,给我出了一个小插曲(上图1)。(License file doesn't have a valid port number specified in SEVER line. blabla...)。当然大部软件安装都强调不要中文路径,所以,我在电脑买回来的时候,就开始分区一个给软件安装的d盘,并且所有文件夹都以英文命名,由此得出安装路径是没有问题,当然,如果安装路径带中文名称的话,则就要重新考虑卸载换盘再重装了。后来发现的问题是犯了一个导入证书的过程错误,msi_SSQ.lic的文件需要验证主机的IP,This_host 需要改变成自己电脑的名称。更改后,就可以完成这个证书安装了。

    重新弄好证书后,再次导入,又遇见下一个问题。

    这个问题由于是自己的电脑中设置了安装权限,所以,在设置系统访问权限后,就能够成功安装好了。

    但是在软件计算的时候,到最后一步要计算的时候,又被网关卡了卡了一下(上图)。图中显示 Can't create job for the server:CASTEP,即原因是gageway关闭了。解决办法就是到原来安装的文件中,找到文件BIOVIA Materials Studio Gateway Service (x64).msi文件,右击打开,让它自身对自己进行修复,然后,保存原来的文件,关掉重启,计算便可以了。 

    刚一上手就踩坑,就是一个磨练自己心性的过程,慢慢学习,踩过的坑,到最后会是自己人生路上不可多得的人生财富。加油吧,只要愿意去做,人生从来不迟。

     

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  • Material studio能方便的建立三维结构模型,并对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。可以从电子、原子以及高分子的角度去分析物质的结构与性质。 图1 水分子在不同键长,键角下得...

     Material studio能方便的建立三维结构模型,并对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。可以从电子、原子以及高分子的角度去分析物质的结构与性质。

                                      图1 水分子在不同键长,键角下得能量值,以及相对应的模型

    利用的主要方法为:以密度泛函为主的量子力学模拟方法、分子力学和分子动力学模拟方法、蒙特卡罗模拟方法等。

    主要运用的模块:Forcite、Dmol3、Sorption、Amorphous Cell等。

                                                   图2 Forcite模块建立的分子动力学模型

                                              图3 三种腐蚀介质粒子在缓蚀剂膜D中扩散模型

    工作室可计算和分析的内容大概如下:

    (1)搭建各种高分子、无定型聚合物、晶体以及界面模型,对小分子、高分子、晶体以及无定型聚合物等进行结构优化,得到合理的3D分子模型,键能、键长、键角以及相应的振动模式,HOMO和LUMO轨道,红外谱图和拉曼谱图等。

    (2)计算多个物质间(小分子间、无定型聚合物间、界面间等)的相互作用能、结合能,包括分子间相互作用(氢键、静电相互作用等),化学键相互作用(共价键、配位键、离子键等)。

    (3)对体系进行分子动力学模拟,体系平衡后,对体系中的物质进行RDF(径向分布函数)分析,MSD(均方根位移)分析,键长、键角以及末端距等结构变化分析等。

    (4)分析化学反应过程,搜索反应的过渡态,从化学反应的热力学和动力学角度去判断化学反应的过程、反应的难易程度等,计算化学反应的势能变化(△E),焓变(△H),自由能变化(△G)等。

    (5)模拟不同压力和温度等条件下,吸附剂骨架对吸附质分子的吸附过程,得到饱和吸附量、吸附的最佳位点、吸附能、吸附热等,判断骨架与分子的吸附形式(物理吸附与化学吸附)。

    最后,有MS相关需求可以通过微信公众号联系我们。

    微信公众号“320科技工作室”。

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  • Material Studio 5.0安装

    千次阅读 2010-11-23 22:18:00
    负责学校高性能计算平台,还在用盗版软件,前些天安装Material Studio4.4总是并行不了,前天朋友给了个5.0版本,...参考MaterialStudio v4.3安装手册1.用普通帐户安装ye@ ./Install –t cluster复制你的license文件到

    负责学校高性能计算平台,还在用盗版软件,前些天安装Material Studio4.4总是并行不了,前天朋友给了个5.0版本,安装试试。参考MaterialStudio v4.3安装手册

    1.用普通帐户安装

    ye@ ./Install –t cluster

    复制你的license文件到/../Accelrys/License_Pack/licenses 

    2.修改
    ~/Accelrys/MaterialsStudio50/share/data下的machines.LINUX,写上各节点的机器名:CPU数。修改~/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里两个文件里的CPU数为你各节点CPU总数。  

    否则在客户机上的job_control中只能看到安装节点上的cpu

    3.启动网关,进入~/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway,执行
    ./msgateway_control_18888 start 

    使用root账号进行配置: 使gateway自启动:

    #cp /../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.d

    #cd /../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/

    #/sbin/chkconfig --add msgateway_control_18888

     

    发现一些问题:

    1.用4.4的license也能启动5.0,由于先安装了4.4,不知怎么卸载,重新安装5.0,license用的是一个文件夹~/Accelrys/LicensePack/,直接就启动了。

    2.Gateway start failed - process 6194 is not running.
    装的时候不要用root帐户,用自己的帐户,并且装在自己的主目录里,再启动就不会有问题了。

    3.现在只用castep,要把~/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/root_default/dsd/servers/Castep.pl权限修改可读。

     

    简单试验时环境:

    有 .cell和.param文件

    PBS脚本

    ye@node1:~/test/ms> cat run.pbs
    #!/bin/sh
    #PBS -N castepjob
    #PBS -l nodes=2:ppn=4
    #PBS -q low

    cd ~/test/ms
    RunCASTEP.sh TiCl3-alpha
    ye@node1:~/test/ms> cat RunCASTEP.sh
    #!/bin/sh

    MS_INSTALL_ROOT=/public/home/ye/Accelrys/MaterialsStudio50
    export MS_INSTALL_ROOT
    server=Castep
    $MS_INSTALL_ROOT/share/bin/runMSserver.sh $server $*
    if [ $? != 6 ]; then
         exit $?
    fi

    cat $MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.Readme

     

     

    安装完Material Studio 5.0后一直在试验PBS脚本的编写,参考了网上普遍的脚本,根据自身情况试验几个可用的。

    1.首先是配置环境变量,.bashrc的内容如下:

    # User specific aliases and functions
    # Parallel Environment Setting for Materials Studio 5.0
    export MS_INSTALL_ROOT=/public/home/ye/Accelrys/MaterialsStudio50
    export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3
    export DMOL_TMP=~/scratch
    export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/public/home/ye/Accelrys/LicensePack/linux/lib
    export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib
    export TMPDIR=$DMOL_TMP
    export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin
    . ~/Accelrys/LicensePack/etc/lp_profile
    eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT/ -s sh`
    ############################################
    2.我试验的模型工程名称为TiCl3-alpha,有输入文件TiCl3-alpha.param和TiCl3-alpha.cell,执行完成之后出现TiCl3-alpha.castep等文件。

    脚本1

    #!/bin/sh
    #PBS -N castep-job
    #PBS -l nodes=2:ppn=4
    #PBS -q low

    cd ~/test/ms
    mpirun -np 8 -prot -ibv -cpu_bind=v $MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe TiCl3-alpha
    #RunCASTEP.sh TiCl3-alpha

    ############################################

    脚本2

    #PBS -N TiCl3-alpha
    #PBS -l nodes=2:ppn=4
    #PBS -q low

    ulimit -l unlimited
    ulimit -s unlimited
    project_name=TiCl3-alpha
    cd $PBS_O_WORKDIR
    rm .machine
    rm APPFILE
    rm $project_name.castep

    NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l`

    $MS_INSTALL_ROOT/share/bin/create_appfile.sh -np $NSLOTS -list $PBS_NODEFILE -command "$MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe $project_name"


    /opt/hpmpi/bin/mpirun  -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v -prot -f ./APPFILE
    #$MPI_ROOT/bin/mpirun  -f ./APPFILE

    ############################################
    脚本3

    #PBS -N TiCl3-alpha
    #PBS -l nodes=2:ppn=8
    #PBS -q low

    project_name=TiCl3-alpha
    cd $PBS_O_WORKDIR
    #cd ~/test/ms

    rm .machine
    for NODE in `cat $PBS_NODEFILE`
    do
       echo "-h $NODE -np 1 -e MPI_WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR /
       $MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe $project_name" >> .machine
    done
       $MS_INSTALL_ROOT/hpmpi/opt/hpmpi/bin/mpirun -f .machine

    ############################################

    展开全文
  • 解决Material Studio中不能显示化学键的问题 ###网上方法### 先把cif文件导入到vesta文件,然后保存成cif文件,最后导入到MS中即可。 本人测试后发现并没有用处,也有可能本人操作存在偏差 ##有效方法## 于是本人就...
  • Material studio切胞操作

    千次阅读 2020-12-29 18:00:33
    Materials studio进行切胞操作: 以以下结构为例 沿其001晶面切胞 选择build > surface > cleave surface 输入晶面 0 0 1, 点击cleave, 则沿着晶格的(001)晶面进行切割 效果: 可见切割后的...
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