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  • PBS

    2019-09-23 19:38:06
    赞同,已经试验成功。后来查手册: $man qdel-p 的功能是强制净化队列。这个 “p” 可能是“purge” 的缩略形式 ...PBS是公开源代码的作业管理系统,在此环境下运行,用户不需要指定程序在哪些节点上运行...PBS...

     

    赞同,已经试验成功。
    后来查手册: $man qdel
    -p 的功能是强制净化队列。
    这个 “p” 可能是  “purge” 的缩略形式

    qsub,qdel,qmgr,qstat,qhost

    PBS 是公开源代码的作业管理系统,在此环境下运行,用户不需要指定程序在哪些节点上运行,程序

    所需的硬件资源由PBS 管理和分配。

    1、PBS 命令

    PBS 提供4 条命令用于作业管理。

    (1)

     qsub 命令—用于提交作业脚本

    命令格式:

    qsub [-a date_time] [-c interval] [-C directive_prefix]

    [-e path] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options]

    [-M user_list][-N name] [-o path] [-p priority] [-q destination] [-r c]

    [-S path_list] [-u user_list][-v variable_list] [-V]

    [-W additional_attributes] [-z]

    [script]

    参数说明:因为所采用的选项一般放在pbs 脚本中提交,所以具体见PBS 脚本选项。

    例:# qsub aaa.pbs 提交某作业,系统将产生一个作业号

    qsub -cwd -S /bin/bash -l vf=1.5G,p=8,h=compute-0-15 -P project -q all.q -p 100 -N test -o std.o -e std.e 

    run.sh

    -cwd            #

    指定当前路径为工作目录,

    sge

    的日志会输出到当前路径。

    -S              #

    指定远程计算节点的

    shell

    路径

    -l              #

    指定资源请求,多个请求用逗号

    (,)

    隔开

    vf=1.5G         #

    任务的预估内存,内存估计的值应稍微大于真实的内存,内存预估偏小可能会导致节点跑挂。

    h=compute-0-15  #

    指定任务跑在

    compute-0-15

    节点上

    p=8             #

    指定要申请的

    CPU

    核心数

    -q              #

    指定要投递到的队列,如果不指定的话,

    SGE

    会在用户可使用的队列中选择一个。

    -P              #

    参数指明任务所属的项目

    -p              #

    设置优先级,优先级高的优先执行

    -N              #

    指定任务名称

    -o              #

    指定标准输出路径

    -e              #

    指定标准错误路径

    run.sh          #

    为任务脚本

    (2) 

    qdel 命令—用于删除已提交的作业

    命令格式:qdel [-W 间隔时间] 作业号

    命令行参数:

    例:# qdel -W 15 211 15 秒后删除作业号为211 的作业

    (3)

     qmgr 命令—用于队列管理

    qmgr -c "create queue batch queue_type=execution"

    qmgr -c "set queue batch started=true"

    qmgr -c "set queue batch enabled=true"

    qmgr -c "set queue batch resources_default.nodes=1"

    qmgr -c "set queue batch resources_default.walltime=3600"

    qmgr -c "set server default_queue=batch"

    (4) 

    qstat 命令—用于查询作业状态信息

    命令格式:qatat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]

    参数说明:

    -f jobid 列出指定作业的信息

    -a 列出系统所有作业

    -i 列出不在运行的作业

    -n 列出分配给此作业的结点

    -s 列出队列管理员与scheduler 所提供的建议

     

    -R 列出磁盘预留信息

    -Q 操作符是destination id,指明请求的是队列状态

    -q 列出队列状态,并以alternative 形式显示

    -au userid 列出指定用户的所有作业

    -B 列出PBS Server 信息

    -r 列出所有正在运行的作业

    -Qf queue 列出指定队列的信息

    -u 若操作符为作业号,则列出其状态。

    若操作符为destination id,则列出运行在其上的属于user_list 中用户的作业状态。

    例:# qstat -f 211 查询作业号为211 的作业的具体信息。

    这个命令默认显示当前用户的任务状态(r/qw/Eqw),不显示资源消耗情况

    $ qstat -u zhandl

    job-ID  prior   name       user         state submit/start at     queue                          slots 

    ja-task-ID

    --------------------------------------------------------------------------------------------

     591148 0.55000 test.sh    zhandl       r     01/27/2016 08:54:16 rna.q@compute-0-26.local           1

    如果要查看任务详细信息可以使用

    qstat -j job-ID

    参数或者

    qsee

    (之前分享的脚本)

    $ qsee -u zhandl

    job-name   job-ID  node@queue               memory_host                  memory_job                   

    cpu_time     pro_code

    --------   ------  ----------               -----------                  ----------                   

    test.sh    591148  compute-0-26@rna.q       (3.9G/62.8G, 17.5M/62.5G)    vmem=1.2G/1.2G (VF=15G)      

    01:28:49

    可以看到消耗的资源、cpu时间等。另

    qstat -f

    可以查看节点状态(a/au/o)和load信息

    $ qstat -f|grep compute-0-1

    reseq.q@compute-0-1.local      BIP   0/5/38         28.63    linux-x64

    reseq.q@compute-0-10.local     BIP   0/10/38        19.23    linux-x64

    reseq.q@compute-0-11.local     BIP   0/5/38         35.23    linux-x64

    reseq.q@compute-0-12.local     BIP   0/6/38         35.39    linux-x64

    reseq.q@compute-0-13.local     BIP   0/6/38         28.47    linux-x64

    reseq.q@compute-0-14.local     BIP   0/5/38         30.65    linux-x64

    reseq.q@compute-0-15.local     BIP   0/4/38         27.32    linux-x64

    rna.q@compute-0-16.local       BIP   0/21/38        -NA-     linux-x64     au

    rna.q@compute-0-17.local       BIP   0/8/38         31.26    linux-x64

    rna.q@compute-0-18.local       BIP   0/9/38         25.13    linux-x64

    rna.q@compute-0-19.local       BIP   0/10/38        7.09     linux-x64

    如上面看到

    compute-0-16

    已被跑挂,状态为

    au

    ,load为

    -NA-

    .

    qstat -f 结果中的states

    (a)larm, (u)nreachable, (E)rror

    state (au) whenever:

      - A node is down

      - A node is hung/frozen

      - Network problems

    (4) 

    qhost 命令—用于看集群资源

    这个命令是查看集群资源的,如直接

    qhost

    会列出节点信息

    $ qhost|tail -n 5

    compute-0-8             linux-x64      40 28.80   63.0G   28.3G   62.5G   23.3M

    compute-0-9             linux-x64      40 23.98   63.0G   16.2G   62.5G   20.9M

    mysql                   linux-x64      12  4.01   63.0G    9.8G   62.5G   78.6M

    super-0-1               linux-x64      80 10.13 1009.9G  227.0G  128.0G     0.0

    test                    linux-x64      12 12.74   63.0G   17.0G   62.5G    8.5M

    也可以查看节点的任务信息

    $ qhost -j |grep super

    super-0-1               linux-x64      80  9.40 1009.9G  227.1G  128.0G     0.0

        585895 0.55000 denovo.sh  fufangni     r     01/26/2016 16:51:06 super.q@su MASTER

        587179 0.55000 denovo.sh  fufangni     r     01/26/2016 16:52:25 super.q@su MASTER

        591156 0.55000 denovo_lat yukaicheng   r     01/27/2016 09:17:48 super.q@su MASTER

     

    PBS 是公开源代码的作业管理系统,在此环境下运行,用户不需要指定程序在哪些节点上运行,程序
    所需的硬件资源由PBS 管理和分配。
    1、PBS 命令
    PBS 提供4 条命令用于作业管理。
    (1) qsub 命令—用于提交作业脚本
    命令格式:
    qsub [-a date_time] [-c interval] [-C directive_prefix]
    [-e path] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options]
    [-M user_list][-N name] [-o path] [-p priority] [-q destination] [-r c]
    [-S path_list] [-u user_list][-v variable_list] [-V]
    [-W additional_attributes] [-z]
    [script]
    参数说明:因为所采用的选项一般放在pbs 脚本中提交,所以具体见PBS 脚本选项。
    例:# qsub aaa.pbs 提交某作业,系统将产生一个作业号
    (2) qstat 命令—用于查询作业状态信息
    命令格式:qatat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]
    参数说明:
    -f jobid 列出指定作业的信息
    -a 列出系统所有作业
    -i 列出不在运行的作业
    -n 列出分配给此作业的结点
    -s 列出队列管理员与scheduler 所提供的建议
    -R 列出磁盘预留信息
    -Q 操作符是destination id,指明请求的是队列状态
    -q 列出队列状态,并以alternative 形式显示
    -au userid 列出指定用户的所有作业
    -B 列出PBS Server 信息
    -r 列出所有正在运行的作业
    -Qf queue 列出指定队列的信息
    -u 若操作符为作业号,则列出其状态。
    若操作符为destination id,则列出运行在其上的属于user_list 中用户的作业状态。
    例:# qstat -f 211 查询作业号为211 的作业的具体信息。
    (3) qdel 命令—用于删除已提交的作业
    命令格式:qdel [-W 间隔时间] 作业号
    命令行参数:
    例:# qdel -W 15 211 15 秒后删除作业号为211 的作业
    (4) qmgr 命令—用于队列管理
    qmgr -c "create queue batch queue_type=execution"
    qmgr -c "set queue batch started=true"
    qmgr -c "set queue batch enabled=true"
    qmgr -c "set queue batch resources_default.nodes=1"
    qmgr -c "set queue batch resources_default.walltime=3600"
    qmgr -c "set server default_queue=batch"
    2、PBS 脚本文件
    PBS 脚本文件由脚本选项和运行脚本两部分组成。
    (1) PBS 作业脚本选项 (若无-C 选项,则每项前面加‘#PBS’)
    -a date_time : date_time 格式为:[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS]
    表示经过date_time 时间后作业才可以运行。
    -c interval : 定义作业的检查点间隔,如果机器不支持检查点,则忽略此选项。
    -C directive_prefix :在脚本文件中以directive_prefix 开头的行解释为qsub 的命
    令选项。(若无此选项,则默认为’#PBS’ )
    -e path :将标准错误信息重定向到path
    -I :以交互方式运行
    -j join :将标准输出信息与标准错误信息合并到一个文件join 中去。
    -k keep :定义在执行结点上保留标准输出和标准错误信息中的哪个文件。
    keep 为o 表示保留前者,e 表示后者,oe 或eo 表示二者都保留,
    n 表示皆不保留。若忽略此选项,二者都不保留。
    -l resource_list : 定义资源列表。以下为几个常用的资源种类。
    cput=N : 请求N 秒的CPU 时间; N 也可以是hh:mm:ss 的形式。
    mem=N[K|M|G][B|W]:请求N {kilo|mega|giga}{bytes|words} 大小的内存。
    nodes=N:ppn=M :请求N 个结点,每个结点M 个处理器。
    -m mail_options :mail_option 为a:作业abort 时给用户发信;为b:作业开始运行发信;为e:
    作业结束运行时发信。若无此选项,默认为a。
    -M user_list : 定义有关此作业的mail 发给哪些用户。
    -N name : 作业名,限15 个字符,首字符为字母,无空格。
    -o path : 重定向标准输出到path。
    -p priority : 任务优先级,整数,[-1024,1023],若无定义则为0.
    -q destination : destination 有三种形式: queue , @server,queue@server。
    -r y|n : 指明作业是否可运行,y 为可运行,n 为不可运行。
    -S shell : 指明执行运行脚本所用的shell,须包含全路径。
    -u user_list : 定义作业将在运行结点上以哪个用户名来运行。
    -v variable_list : 定义export 到本作业的环境变量的扩展列表。
    -V : 表明qsub 命令的所有环境变量都export 到此作业。
    -W additional_attributes : 作业的其它属性。
    -z : 指明qsub 命令提交作业后,不在终端显示作业号。
    (2) 运行脚本同LINUX 下一般的运行脚本文件。
    [注]:脚本文件中的mpirun_rsh 命令行中的节点列表文件要用环境变量表示
    $PBS_NODEFILE,这个环境变量表示由pbs 自动分配给作业的节点列表;
    节点数为命令行中指定的进程数。
    格式如下:
    mpirun_rsh –np 进程数 –hostfile $PBS_NODEFILE 可执行程序名
    3、PBS 环境下运行示例
    (1)脚本文件编辑示例
    实例1:运行mpi 程序
    命令行:#vi aaa.pbs
    编辑的内容:
    #PBS -N myjob
    #PBS -o /home/jz/my.out
    #PBS -e /home/jz/my.err
    #PBS –l nodes=2:ppn=2
    cd 目录(你们原来直接在节点上运行时所在的目录)
    mpirun_rsh –np 4 –hostfile $PBS_NODEFILE /home/jz/helloworld
    解释:原先大家都是在中断输入 mpirun_rsh…..这些命令执行程序的,现在只要把这些提交命令放
    在.pbs 配置文件的最后,由PBS 来调度执行(自动分配节点和其它资源)。
    Myjob 是为你此次要运行的程序起的任务名,可以改成你自己想要的名字
    原先输出信息都是直接在屏幕上显示的,现在屏幕上的显示全部输出到文件中,上例中输出文
    件是/home/jz/my.out 文件,大家可以根据自己的需要修改(目录,文件名)。程序运行时遇到的一些错误会
    记录在.err 文件中。好处:因为对每个任务都设定了不同的输出文件,所以看结果只要打开相应文件看就可
    以了,不需要开多个终端,而且里面有任务的详细信息,比如实际分配的是哪些节点计算,运行时间等。
    #PBS –l nodes=2:ppn=2,你们程序需要几个节点只要修改nodes 后的数字就可以了,ppn=2 保持
    不变,因为我们的机器每个节点都是双cpu 的。
    mpirun_rsh –np 4 –hostfile $PBS_NODEFILE /home/jz/helloworld
    此例中-np 后的4 是并行数(2 × 2 = 4 个cpu ), –hostfile $PBS_NODEFILE 不需要改变。
    /home/jz/helloworld 是你编译好的可执行文件名,需修改。
    对于每个你要运行的mpi 程序都需要这样一个.pbs 配置文件
    也就是说大家原来的操作是:mpirun…………
    现在改成2 步走:1)写个pbs 配置文件(比如xxx.pbs);2)向pbs 提交(qsub xxx.pbs)
    实例2:运行非mpi 程序
    有些用户并不是自己编写mpi 程序,同样也可以用pbs 提交。
    比如物理系运行程序时一般输入的命令是 RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt ,那么配置文件可以
    这样写:
    命令行:#vi job.pbs
    编辑的内容:
    #PBS -N physics_job
    #PBS -o /home/physics/physics_job.out
    #PBS -e /home/physics/physics_job.err
    #PBS -l nodes=1:ppn=2
    #PBS -r y
    cd 目录(你们原来直接在节点上运行时所在的目录)
    RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt
    解释:也就是说把原来在终端直接输入的命令RunDMol3.sh TiFeCp2-pbe-dspp-m=1-opt 放到pbs 配置
    文件中,因为你们只要一个节点,所以nodes=1,至于用哪个节点系统自动分配,你们肯定很关心是分配
    了哪个节点给你们,那么可以用qstat 命令查询(比如qstat -n)。
    (2) 提交作业示例
    命令行:#qsub aaa.pbs
    显示结果:
    (3) 作业状态查询示例
    Qstat 后加不同参数可以查看不同的信息(各参数的意思,上面有详细的说明,你们可以一个个试验一
    下,以后就知道查看哪些信息,需要哪些参数)
    实例:
    命令行:#qstat –a (查看作业的状态)
    显示结果:
    解释:Job id 211 是给你提交的任务分配的任务号,S(任务状态,R 表示正在运行,Q 表示正在排
    队等候调度)
    8
    命令行:#qstat –n (查看作业使用的节点)
    显示结果:
    解释:blade32 就是分给你这个任务的节点
    命令行:#qstat –f 211 (查看有关作业运行具体信息)
    显示结果:
    解释:exec_host 显示的是实际执行该任务的节点
     
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    2020-06-16 14:45:34
    一个PBS脚本模板 #!/bin/bash #PBS -q q_queue #PBS -V #PBS -N job_name #PBS -l nodes=1:ppn=24 #PBS -o /home/murphystar/log/log #PBS -j oe cd ~/test/ bash your_script.sh

    一个PBS脚本模板

    1. 以下是一个简单的pbs脚本的模板,test.qsub
    #!/bin/bash
    #PBS -q q_queue
    #PBS -V
    #PBS -N job_name
    #PBS -l nodes=1:ppn=24
    #PBS -o /home/murphystar/log/log
    #PBS -j oe
    cd ~/test/
    bash your_script.sh
    
    1. 编辑结束后赋予操作权限
    chmod + x test.qsub
    
    1. qsub提交pbs作业
    qsub test.qsub
    

    提交后获得一个Job ID

    1. qstat查看已提交作业的运行状态
    qstat job_id
    
    1. qdel删除已经运行的作业
    qdel job_id
    
    展开全文
  • PBS Cluster Viz-开源

    2021-07-01 04:48:27
    PBS Cluster Viz 是一个项目,用于显示对管理员和用户有用的有关由 PBS 兼容的资源管理器管理的计算集群的信息。 信息包括负载和作业分布。 可以使用交互式和静态输出。
  • PBS 安装

    2016-09-26 11:53:00
    How to install PBS Pro using the configure script. 1. Install the prerequisite packages for building PBS Pro. For CentOS systems you should run the following command as root: yum inst...
    How to install PBS Pro using the configure script.
    
    1. Install the prerequisite packages for building PBS Pro.
    
      For CentOS systems you should run the following command as root:
    
        yum install -y gcc make rpm-build libtool hwloc-devel \
          libX11-devel libXt-devel libedit-devel libical-devel \
          ncurses-devel perl postgresql-devel python-devel tcl-devel \
          tk-devel swig expat-devel openssl-devel libXext libXft \
          autoconf automake
    
      For openSUSE systems you should run the following command as root:
    
        zypper install gcc make rpm-build libtool hwloc-devel \
          libX11-devel libXt-devel libedit-devel libical-devel \
          ncurses-devel perl postgresql-devel python-devel tcl-devel \
          tk-devel swig libexpat-devel libopenssl-devel libXext-devel \
          libXft-devel fontconfig autoconf automake
    
      For Debian systems you should run the following command as root:
    
        sudo apt-get install gcc make libtool libhwloc-dev libX11-dev \
          libXt-dev libedit-dev libical-dev ncurses-dev perl \
          postgresql-server-dev-all python-dev tcl-dev tk-dev swig \
          libexpat-dev libssl-dev libxext-dev libxft-dev autoconf \
          automake
    
    2. Install the prerequisite packages for running PBS Pro. In addition
      to the commands below, you should also install a text editor of
      your choosing (vim, emacs, gedit, etc.).
    
      For CentOS systems you should run the following command as root:
    
        yum install -y expat libedit postgresql-server python \
          sendmail sudo tcl tk libical
    
      For openSUSE systems you should run the following command as root:
    
        zypper install expat libedit postgresql-server python \
          sendmail sudo tcl tk libical1
    
      For Debian systems you should run the following command as root:
    
        apt-get install expat libedit2 postgresql python sendmail-bin \
          sudo tcl tk libical1a
    
    3. Open a terminal as a normal (non-root) user, unpack the PBS Pro
      tarball, and cd to the package directory.
    
        tar -xpvf pbspro-14.0.1.tar.gz
        cd pbspro-14.0.1
    
    4. Generate the configure script and Makefiles. (See note 1 below)
    
        ./autogen.sh
    
    5. Display the available build parameters.
    
        ./configure --help
    
    6. Configure the build for your environment. You may utilize the
      parameters displayed in the previous step. (See note 2 below)
    
      For CentOS and Debian systems you should run the following
      command:
    
        ./configure --prefix=/opt/pbs
    
      For openSUSE systems (see note 3 below) you should run the
      following command:
    
        ./configure --prefix=/opt/pbs --libexecdir=/opt/pbs/libexec
    
    7. Build PBS Pro by running "make". (See note 4 below)
    
        make
    
    8. Configure sudo to allow your user account to run commands as
      root. Refer to the online manual pages for sudo, sudoers, and
      visudo.
    
    9. Install PBS Pro. Use sudo to run the command as root.
    
        sudo make install
    
    10. Configure PBS Pro by executing the post-install script.
    
        sudo /opt/pbs/libexec/pbs_postinstall
    
    11. Edit /etc/pbs.conf to configure the PBS Pro services that
      should be started. If you are installing PBS Pro on only
      one system, you should change the value of PBS_START_MOM
      from zero to one. If you use vi as your editor, you would
      run:
    
        sudo vi /etc/pbs.conf
    
    12. Some file permissions must be modified to add SUID privilege.
    
        sudo chmod 4755 /opt/pbs/sbin/pbs_iff /opt/pbs/sbin/pbs_rcp
    
    13. Start the PBS Pro services.
    
        sudo /etc/init.d/pbs start
    
    14. All configured PBS services should now be running. Update
      your PATH and MANPATH variables by sourcing the appropriate
      PBS Pro profile or logging out and back in.
    
      For Bourne shell (or similar) run the following:
        . /etc/profile.d/pbs.sh
    
      For C shell (or similar) run the following:
        source /etc/profile.d/pbs.csh
    
    15. You should now be able to run PBS Pro commands to submit
      and query jobs. Some examples follow.
    
    bash$ qstat -B
    Server             Max   Tot   Que   Run   Hld   Wat   Trn   Ext Status
    ---------------- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- -----------
    host1                0     0     0     0     0     0     0     0 Active
    bash$ pbsnodes -a
    host1
         Mom = host1
         ntype = PBS
         state = free
         pcpus = 2
         resources_available.arch = linux
         resources_available.host = host1
         resources_available.mem = 2049248kb
         resources_available.ncpus = 2
         resources_available.vnode = host1
         resources_assigned.accelerator_memory = 0kb
         resources_assigned.mem = 0kb
         resources_assigned.naccelerators = 0
         resources_assigned.ncpus = 0
         resources_assigned.netwins = 0
         resources_assigned.vmem = 0kb
         resv_enable = True
         sharing = default_shared
         license = l
    
    bash$ echo "sleep 60" | qsub
    0.host1
    bash$ qstat -a
    
    host1:
                                                                Req'd  Req'd   Elap
    Job ID          Username Queue    Jobname    SessID NDS TSK Memory Time  S Time
    --------------- -------- -------- ---------- ------ --- --- ------ ----- - -----
    0.host1         mike     workq    STDIN        2122   1   1    --    --  R 00:00
    
    bash$
    
    --------------------------------------------------------------------
    
    NOTES:
    
    Note 1: If you modify configure.ac or adjust timestamps on any files
      that are automatically generated, you will need to regenerate them
      by re-running autogen.sh.
    
    Note 2: It is advisable to create a simple shell script that calls
      configure with the appropriate options for your environment. This
      ensures configure will be called with the same arguments during
      subsequent invocations. If you have already run configure you can
      regenerate all of the Makefiles by running "./config.status".
      The first few lines of config.status will reveal the options that
      were specified when configure was run. If you set envirnment
      variables such as CFLAGS it is best to do so as an argument to
      configure (e.g. ./configure CFLAGS="-O0 -g" --prefix=/opt/pbs).
      This will ensure consistency when config.status regenerates the
      Makefiles.
    
    Note 3: The openSUSE rpm package expands %_libexecdir to /opt/pbs/lib
      rather than /opt/pbs/libexec which causes problems for the post-
      install scripts. Providing the --libexecdir value to configure
      overrides this behavior.
    
    Note 4: You need to use a POSIX (or nearly POSIX) make. GNU make
      works quite well in this regard; BSD make does not. If you are
      having any sort of build problems, your make should be a prime
      suspect. Tremendous effort has been expended to provide proper
      dependency generation and makefiles without relying on any
      non-POSIX features. The build should work fine with a simple call
      to make, however, complicating things by using various make flags
      is not guaranteed to work. Don't be surprised if the first thing
      that make does is call configure again.

     

    转载于:https://www.cnblogs.com/similarface/p/5908629.html

    展开全文
  • 服务器pbs傻瓜操作

    千次阅读 2018-06-19 20:55:26
    在服务器pbs提交R程序的步骤: 1. 编写Rscript.R文件 2. 在当前.R目录下生成一个.sh文件,如命名为sub.sh,内容如下: #PBS -N jobname #PBS -l nodes=cnode2:ppn=1 cd $PBS_O_WORKDIR R CMD BATCH --...

    在服务器pbs提交R程序的步骤:

    编写Rscript.R文件

    在当前.R目录下生成一个.sh文件,如命名为sub.sh,内容如下:

    #PBS -N jobname
    #PBS -l nodes=cnode2:ppn=1
    cd $PBS_O_WORKDIR
    R CMD BATCH --no-save Rscript.R
    

    (以上jobname为自定义的任务名称,第二行代码指定把任务提交到node2,占用其中1个节点。还有其他PBS参数指定如walltime,后面的案例中都会有所说明。)


    提交任务:qsub sub.sh

    说明:服务器上装了两套R,一套使用gcc编译器,另一套使用icc编译器,默认的为icc,调用gcc的方法为:/public/software/R-3.3.3/gcc/bin/R

    或者通过qsub -l提交
    qsub -l nodes=cnode2:ppn=1


    查看任务:qstat与pestat

    qstat是查看所有任务的排队以及运行情况,通常在需要删除或者看自己的程序是否进行运行的时候,会使用这个命令进行查看。

    pestat则是可以在提交代码之前,查看哪些节点有空闲,或者占用率比较小,这样提交的时候就可以选择负荷比较小的节点进行提交。


    删除任务:del 编号(四位数)

    首先使用qstat查看你的提交的任务的编号,然后使用del 四位数编号,即可进行删除。

    1、批量删除同一个用户的任务

    如果要删除一个用户所有的作业,可以使用qselect结合xargs命令,进行作业编号的提取和对指定编号作业的删除

    qselect -u user_id | xargs qdel
    

    其中,xargs命令的作用是对读入标准输入的内容分行,并对其中每一行的内容都执行相同的命令,在这里xargs读入了前面管道中qselect命令得到的某用户的所有作业编号,对于每个编号执行了qdel命令,起到了删除该用户名下所有作业的效果

    2、进一步缩小删除范围

    利用qselect命令,我们可以增加参数进一步缩减选择的作业范围,详细信息可以参考man qselect中的说明

    参数说明
    -N指定作业名字
    -s指定状态
    -u指定用户列表

    例如,删除某用户所有正在排队的任务我们可以使用如下命令:

    qselect -u user_name -s Q | xargs qdel
    

    实际案例说明

    下面用两个实际的提交方式来进行说明讲解。

    1、Python代码提交

    #!/bin/sh -x
    #PBS -l nodes=cnode2:ppn=10
    #PBS -N mytask1
    #PBS -l walltime=30000:00:00       
    #PBS -o stdout_file
    #PBS -e stderr_file
    #PBS -m abe
    #PBS -M mymail@qq.com
    
    cd $PBS_O_WORKDIR
    date
    hostname
    /public/home/name/python36/Python-3.6.5/python36 /public/home/name/code.py 
    date
    

    上述代码表示:

    • 使用第二节点,10个线程;
    • 任务名为:mytask1;
    • 输出信息文件名:stdout_file;
    • 错误信息文件名:stderr_file;
    • 开始运行,或者运行完成时发送邮箱提醒,邮箱名:mymail@qq.com;
    • Python安装位置:/public/home/name/python36/Python-3.6.5/python36
    • 代码位置:/public/home/name/code.py

    2、R代码提交

    #!/bin/sh -x
    #PBS -l nodes=1:ppn=30
    #PBS -N mytask2
    #PBS -l walltime=30000:00:00       
    #PBS -o stdout_file
    #PBS -e stderr_file
    #PBS -m abe
    #PBS -M mymail@qq.com
    
    cd $PBS_O_WORKDIR
    date
    hostname
    /public/home/name/R-3.2.5/bin/R CMD BATCH /public/home/name/code.R /public/home/name/code.Rout
    date
    

    这个与上述不同的主要是:

    • 使用一个节点(自动排队分配,任意一个),30个线程;
    • 任务名为:mytask2;
    • R安装位置:/public/home/name/R-3.2.5/bin/R
    • 代码位置:/public/home/name/code.R
    • R代码输出信息:/public/home/name/code.Rout

    参考:

    展开全文
  • PBS查看历史作业

    千次阅读 2016-10-11 19:06:23
    PBS查看历史作业PBS默认情况下使用qstat查看作业时是看不到历史作业的,如果需要查询历史作业,需要修改pbs的配置,设置job_history_enable=True,具体命令如下:# qmgr Qmgr: set server job_history_enable=True ...
  • 国外用的PBS模板,可以参考。 是PBS(项目分解结构),应该与WBS(作业分解结构)意义是一样的,运行后,感觉效果不错,是跟踪目标与实际对比的好工具。可以下载试试
  • PBS作业调度系统

    2021-06-16 10:54:04
    PBS安装 postgres数据库用户名&密码 [root@mgmt server_priv]# pwd /var/spool/pbs/server_priv [root@mgmt server_priv]# cat db_user postgres[root@mgmt server_priv]# [root@zw-master server_priv]# pbs...
  • VASP_job_relax.pbs

    2021-03-04 23:34:51
    VASP_job_relax.pbs
  • PBS调度服务崩溃

    2021-07-13 10:07:00
    使用dpdispatcher大批量提交任务时,PBS调度服务崩溃。 具体表现是可以提交xtb任务,但不吃CPU,只吃内存。 程序进入了类似无限等待的状态。 qstat -a查看队列信息: 发现全是Q 意思是这些队列仍在运行中。 技术...
  • pbs任务调度系统

    2020-08-18 23:00:20
    问题 最近服务器突然出现pbs队列光排队,不运行的问题。 初步查看 [root@master ~]# ps -e | grep pbs_ 5521 ?...正常运行时,应该是pbs_server 和pbs_sched都在服务中,其中pbs_server 是资源管
  • DRMAA for Torque/PBS Pro 库是 OGF DRMAA 1.0(分布式资源管理应用程序 API)规范的实现,用于向 Torque 和 PBS Professional 系统提交作业。 更多:http://apps.man.poznan.pl/trac/pbs-drmaa
  • Smart PBS CrewID-crx插件

    2021-04-03 23:08:48
    改善对UAL导频PBS竞标屏幕的访问 使用新的“智能筹集搜索”是一个巨大的时间保护人员,用于帮助其他竞标的其他飞行员的UAL PBS教师。在进入导频文件号时,它通过自动格式化interbids中的“机组人员ID”字段的内容来...
  • pbs文件撰写详解

    2013-09-18 17:18:05
    详细描述了集群上提交作业的PBS文件各个部分的功能 提供了一个完整的模板 验证可用
  • 串行程序PBS脚本

    2019-09-26 01:07:45
    #!/bin/bash#PBS -N EXCMG32#PBS -l vmem=63gb ...#PBS -q smp#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -j oe#PBS -M kjpan@yahoo.cnecho "This jobs is on " $PBS_O_HOSTcd $PBS_O_WORKDIRifort Console1.f90 -heap-arrays ...
  • PBS 命令

    2014-08-13 08:12:38
    PBS 查考: 1. http://lynn56.blog.163.com/blog/static/138187862010104113934423/
  • PBS error

    2015-08-03 16:44:00
    PBS脚本中的walltime要是设置得太小,有可能程序还没跑完时间已经到了,那这会就会自动跳出程序,之前跑的都浪费掉了。跳出程序时系统会发出一条信息,提醒你去查看邮件 转载于:...
  • 针对靶场试验与测试中由于枪口火焰不稳定,从而难以对其信号准确扑捉的问题,分析了枪口火焰的红外光谱特性,以PbS探测器为核心,设计了一种红外枪口信号探测系统。采用抛物面聚能方式增加系统的红外目标探测能力;...
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