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  • Maxent

    千次阅读 2012-08-19 21:48:41
    Maxent(最大熵工具) 2008-05-19 18:07 Maxent最大熵工具是由中科院软件所张乐博士开发的。该工具提供了python接口,使用起来非常方便。 详细文档可以参考maxent主页中的manual,这里只是简单的作一个介绍。 ...
    Maxent(最大熵工具)
    2008-05-19 18:07

    Maxent最大熵工具是由中科院软件所张乐博士开发的。该工具提供了python接口,使用起来非常方便。 详细文档可以参考maxent主页中的manual,这里只是简单的作一个介绍。

    作者主页:Zhang Le
    安装工具

    假设下载的压缩包为maxent-20061005.tar.bz2

    解压缩

    $ tar jxvf maxent-20061005.tar.bz2

    执行configure

    $ cd maxent-20061005
    $ ./configure

    如果这里出错,会提示哪里有错,如果没有错误,就可以make了

    $ make

    make install, 需要root权限

    $ make install

    单元测试,此步可以不做

    $ make unittest

    测试软件是否被完全安装, 此步可以不做

    $ cd test
    $ python runall.py

    安装Python接口

    $ cd python
    $ python setup.py build
    $ python setup.py install

    如果没有问题,则可以进行测试

    $ python test_pyext.py

    如果一切正常就可以开始使用了
    需要注意的是,我在ubuntu 7.10上没有安装成功,在ubuntu 6.10上也没安装成功,编译器版本都是GCC4.1.2,还未找到原因。在Red Hat的Fedora Core 8上安装成功了。

    Python接口使用

    1. importmaxent模块

    from maxent import MaxentModel

    2. 建立工具对象

    maxent = MaxentModel()

    3. 声明开始添加实例

    maxent.begin_add_event()

    4. 添加实例

    maxent.add_event(item,'yes',1)

    其中item是一个list,list的内容是特征。如item = [‘yes’,’no’,’yes’],第二个参数是结果,第三个参数表示这样的实例有几个,一般为1

    5. 声明实例添加完毕

    maxent.end_add_event()

    6. 开始训练

    maxent.train()

    7. 保存模型

    maxent.save('mresult')

    8. 载入模型

    Maxent.load(‘mresult’)

    9. 使用模型

    result = maxent.eval(item,'yes')

    这里的result是一个0-1之间的小数,表示在特征item下,被模型判定为yes的概率。
    展开全文
  • MaxEnt

    千次阅读 2016-09-19 11:28:11
    http://homepages.inf.ed.ac.uk/lzhang10/maxent_toolkit.html http://glacier.iego.net/%E6%9C%80%E5%A4%A7%E7%86%B5%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E5%8F%8A%E5%BA%94%E7%94%A8%E7%AE%80%E4%BB%8B/

    最大熵原理

    当我们需要对一个随机事件的概率分布进行预测时,我们的预测应当满足全部已知的条件,而对未知的情况不要做任何主观假设。(不做主观假设这点很重要。)

    在这种情况下,概率分布最均匀,预测的风险最小。因为这时概率分布的信息熵最大,所以人们称这种模型叫"最大熵模型"。

    我们常说,不要把所有 的鸡蛋放在一个篮子里,其实就是最大熵原理的一个朴素的说法,因为当我们遇到不确定性时,就要保留各种可能性。[数学之美


    例子

    一个军事、政治和科技的3类文本分类问题,我们得知,出现“飞机”这个词的80%的文档属于军事类别,对于“飞机”这个词在其他两类中的分布未知”根据最大熵原则,如果给定一个包含“飞机”这个词文档,那么认为文档以0.8的概率属于军事类别,分别以0.1的概率属于其他两类;如果文档中不包含“飞机”这个词,那么认为文档分别以相同的1/3的概率属于每一个类”,即在符合已知约束的情况下,使未知事件的分布尽可能均匀。


    模型定义:

    目标函数就是给定特征X下该样本属于类别Y的条件概率,实际是一个条件熵H(P)。 我们要在约束条件下,最大化H(P)。

    学习:

    学习过程:(为了先求出拉格朗日乘子,我们要将原始问题变为 min问题)

    1、将最大值问题改写成等价的最小值问题;

    2、将约束最优化的原始问题转换成无约束最优化的对偶问题:

         a、引入拉格朗日乘子,定义拉格朗日函数L(P,w)

         

          b、

          c、通过求偏导数,求出P、w。

          d、w带入P的公式中,即可得到对偶问题的解,也是原始问题的解。



    算法:

    最大熵模型学习归结为以似然函数为目标函数的最优化问题。如果是光滑的凸函数,有:

    1、改进的迭代尺度法 (IIS)

    2、梯度下降法 (SGD)

    3、牛顿法或拟牛顿法(一般收敛速度更快)L-BFGS

    这些方法,保证可以找到全局最优解。

    IIS:

    思想:通过每次迭代新的参数向量w+a,使得模型的对数似然函数值增大(极大似然估计)。

    1、建立对数似然函数该变量的下界:

    如果能找到适合的迭代步长a,使得下界A(a|w)提高,那么对数似然函数也会提高。IIS试图一次只优化a向量的一个变量ai,而固定其他变量aj,i <> j

    IIS对下界进一步优化:

    实现:

    Python:

    工具包:http://ir.hit.edu.cn/~taozi/ME.htm

    案例:

    http://blog.csdn.net/on_1y/article/details/9769919

    https://github.com/minixalpha/PyCWS/blob/master/src/cwsMaxEn-13f.py


    R语言:

    https://github.com/txHe/R-TextClassification


    优缺点:

    优点:模型形式简单

    缺点:训练复杂


    总结:

    最大熵模型是一个概率模型,而且它对于未知数据有自己的假设,即未知情况的分布情况是均匀的。

    特征工程之后,找到一些特征函数f,利用拉格朗日函数进行转换对偶问题求解,或者 利用极大似然函数转换为最大值优化问题。

    机器学习算法很难说一个模型一定优于另一个模型,只能说某些任务上某个模型可能更加适合。然而,实际上很多系统的提升不在模型上而是在特征提取上,这也就是为何深度学习能突然火起来的原因之一吧,因为它能自主学习到抽象的特征表示,不再需要费劲的构建特征了。


    参考文献:

    http://homepages.inf.ed.ac.uk/lzhang10/maxent.html

    http://homepages.inf.ed.ac.uk/lzhang10/maxent_toolkit.html

    http://glacier.iego.net/%E6%9C%80%E5%A4%A7%E7%86%B5%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E5%8F%8A%E5%BA%94%E7%94%A8%E7%AE%80%E4%BB%8B/

    展开全文
  • maxent3.4.1.zip

    2021-03-19 22:11:53
    maxent3.4.1.zip
  • MaxEnt improvements

    2020-12-09 02:21:15
    <div><p>Adds some improvements to <code>MaxEnt</code>. <p><strong>To test: 1. Run the following script: <pre><code> Load(Filename=r'EMU00020884.nxs', OutputWorkspace='ws') ...
  • maxent.jar

    2020-04-03 06:41:25
    Maxent软件基于最大熵方法来建模物种生态位和分布,广泛应用于物种地理分布预测中。软件在虽然官网可以下载,但会存在连接失败的情况
  • Maxent 模型代码

    2019-01-14 17:41:14
    maxent代码code是张博士所编写的,有python和c++接口。
  • maxent postager model

    2017-10-23 10:07:30
    基于maxent 的 english postager model,包含feature文件和最后的模型文件
  • maxent tutorial slides

    2018-04-07 14:22:43
    Maxent Models , Conditional Estimation, and Optimization Dan Klein and Chris Manning Stanford University http : //nlp.stanford.edu/ HLT-NAACL2003 and ACL2003 Tutorial Without Magic That is,With Math!
  • <div><p>A muon-specific maxent+extra algorithm has been translated from fortran to python (by instrument scientist James Lord) and is available from the script repository: <p><code>...
  • MaxEnt文本分类

    2016-12-10 21:31:00
    根据李航的统计学习方法,实现了最大熵模型新闻文本分类,里面包含的数据集,数据预处理,MaxEnt模型实现代码,用于教学目的。
  • Maxent v3.4.4.rar

    2020-12-03 14:28:10
    maxent最大熵模型软件,版本信息V3.4.4。Maxent软件利用最大信息熵模型(Maximum Entropy Model),通过已知的物种分布地和多种环境数据预测物种的可能分布范围即生境适宜度(HSI),该软件由Phillips等在2004年第一...
  • Maxent_tutorial2017.pdf

    2020-07-29 10:51:55
    Maxent_tutorial2017.pdf是开源软件maxent 最大熵模型的 最新详细教程,主要用于物种引进、作物区划等工作,maxent 模型在广大科研工作者中广泛使用。
  • <div><p>Make the alg return the correct number of maxent iterations when running the maxent alg with multiple input datasets. <p>When running the script: <p><a href=...
  • Adding Muon Maxent

    2020-12-09 13:30:51
    Maxent code to the Mantid code base. This has included: <ul><li>creating tests (unit and system)</li><li>fixing warnings/errors (including reducing the complexity of the code)</li><li>adding ...
  • Maxent模型预测

    2021-02-09 19:24:40
    前言 近日,笔者学习了Maxent模型预测,在这里做一个总结和分享。

    前言

    近日,笔者学习了Maxent模型预测,在这里做一个总结和分享。


    一、数据处理

    1.已知物种及其经纬度地理位置,保存为csv格式文件。
    新建表格,三列分别为‘name’,‘longitude’,‘latitude’如图;
    (本文以美国华盛顿州Vespa mandarinia已被证实目击报告数据为例)

    name longitude latitude
    Vespa mandarinia -122.6613 48.9392
    Vespa mandarinia -122.3544 48.723779

    文件“另存为”——选择.csv文件格式——“保存”。

    2.环境数据:世界气候数据网站下载 (http:// www.worldclim. org)19 个气象数据变量。下载格式一般为tif格式,需要转换为asc格式

    二、Maxent软件

    1.下载Maxent生态位模型软件

    (需Java运行环境,请先去Java官网(http://java.com)下载好)
    链接:https://pan.baidu.com/s/1HFU6D8lOmqOFsAX1QyTSJg
    提取码:0209

    2.Maxent的使用

    1.打开Maxent
    在这里插入图片描述
    2.Samples输入csv格式文件,Environmental layers输入环境变量;
    环境变量更改Continuous—Categorical;
    选择合适的Output directory(注意:目录尽量全英文);
    在这里插入图片描述

    3.Settings设置:
    Randon test percentage设置为25;Test sample file选择csv文件。
    在这里插入图片描述
    4.关闭Setting窗口,点击‘Run’,输出结果。

    三、结果分析

    1.文件夹结果如图所示,打开网页可以查询结果。(尽量不要随意更改结果所在文件夹,否则网页图片无法显示。)
    在这里插入图片描述

    2.plots输出图片结果,其中‘Vespa_mandarinia’地图色彩划分潜在生存概率;‘Vespa_mandarinia_roc’中,采用ROC曲线分析方法来测试Vespa mandarinia可能传播的最大预测模型的准确性。 在ROC曲线下的面积被称为AUC值,它通常被用作模型预测精度的指标。 它的值越接近1.0,模型的预测结果就越准确。
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述

    展开全文
  • maxent适生区预测软件, java安装包一起,安装好后设置完环境直接运行即可。基于最大熵MAXENT模型预测模拟地理分布,arcgis软件图层处理,环境因子贡献率计算等!
  • maxent / mallet dependencies

    2020-12-08 22:03:37
    which OpenNLP MaxEnt and Mallet both depend on. The classes compile and testes run because trove is tucked away in mallet-deps.jar. This may prove rather confusing if someone is trying to use ClearTK ...
  • R maxent

    千次阅读 2014-12-03 10:06:19
    > library(maxent) > data data 大体是这样的   Article_ID Date Title Subject Topic.Code 1 41246 1-Jan-96 Nation's Smaller Jails Struggle T

    只是简单走一遍

    > library(maxent)
    > data<-read.csv(system.file("data/NYTimes.csv.gz",package="maxent"))

    data 大体是这样的

     

    Article_ID

    Date

    Title

    Subject

    Topic.Code

    1

    41246

    1-Jan-96

    Nation's Smaller Jails Struggle To Cope With Surge in Inmates

    Jails overwhelmed with hardened criminals

    12

    2

    41257

    2-Jan-96

    FEDERAL IMPASSE SADDLING STATES WITH INDECISION

    Federal budget impasse affect on states

    20

    3

    41268

    3-Jan-96

    Long, Costly Prelude Does Little To Alter Plot of Presidential Race

    Contenders for 1996 Presedential elections

    20

    4

    41279

    4-Jan-96

    Top Leader of the Bosnian Serbs Now Under Attack From Within

    Bosnian Serb leader criticized from within

    19

    5

    41290

    5-Jan-96

    BATTLE OVER THE BUDGET: THE OVERVIEW; LEADERS IN HOUSE DROP G.O.P. PLAN ON U.S. WORKERS

    Battle over budget: Republican leaders abandon strategy of using closed Government offices

    1

    6

    41302

    7-Jan-96

    South African Democracy Stumbles on Old Rivalry

    political violence in south africa

    19

    7

    41314

    8-Jan-96

    Among Economists, Little Fear on Deficit

    economists not afraid of a deficit

    1


    > corpus<-Corpus(VectorSource(data$Title[1:150]))

    > matrix<-DocumentTermMatrix(corpus)

    >sparse<-as.compressed.matrix(matrix)

    > model<-maxent(sparse[1:100],data$Topic.Code[1:100])

    > results<-predict(model,sparse[101:150])
    results如下

     

    labels

    19

    16

    24

    20

    1

    12

    5

    2

    6

    15

    3

    10

    30

    7

    17

    26

    4

    28

    13

    1

    19

    0.457087826659217

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    0.031094676823177

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    0.0876652559145207

    0.104528072777158

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    0.0213082778550618

    2

    17

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.117486554487558

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.248875785414505

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727

    0.0372728035351727



    展开全文
  • Checks in muon maxent

    2020-12-08 23:22:46
    <div><p>In the MaxEnt transform when 0 is entered as the lagrange multiplier for chi^2 it return an uncaught exception Uncaught error when 0 is used for inner iterations Uncaught error when 0 is used ...
  • Port MaxEnt from fortran

    2020-12-08 23:12:27
    <p>This is a first version of MaxEnt. There are many things that can be improved and are likely to be changed. <p>No mention in the release notes for the moment.</p><p>该提问来源于开源项目:...
  • 这个开放源代码存储库使Maxent社区可以使用Maxent的Java源代码并为之做出贡献。 有关更多信息和最新的Maxent软件版本,请访问美国自然历史博物馆的Maxent主页: : 。 如果您正在寻找实现Java应用程序许多功能的R包...
  • ENMTools教程-基于R语言对MaxEnt模型优化-MaxEnt调参教程 055B-1 视频附带资料下载和密码:软件-数据-文献下载-持续更新 055B-2 ENMTools软件下载安装 分布数据的格式说明和准备 055B-3 基于ENMTools筛选分布数据...
  • MaxEnt软件的使用

    千次阅读 2020-09-25 20:22:36
    说明:“MaxEnt软件的下载与安装”请查看该博文,下面讲述MaxEnt软件的使用 1、打开软件,界面如下所示。     2、其中,对于第四步“导入‘.csv’格式的点数据作为检验数据集”,点击“Settings”,会弹...
  • 全球植被覆盖率原始数据:arcgis加载后可以直接转格式使用。主页有ENMTools教程-基于R语言对MaxEnt模型优化-MaxEnt调参教程
  • a-maxent-model-v8.pdf

    2020-07-21 10:34:28
    最大信息熵模型Maxent软件基于 Java平台设计的一款用于预测物种潜在分布软件。
  • maxent最大熵生态位模拟

    千次阅读 2019-11-04 10:53:27
    maxent生态位模拟 详细word版
  • MaxEnt报错处理方法

    2020-10-05 20:37:08
    MaxEnt在处理环境变量时,要求环境变量有相同的边界轮廓,相同的坐标系和相同的分辨率,因此需要对环境变量进行如下处理: (注:以下操作均在ArcGIS内即可完成) 1.用同一边界对所有环境变量进行裁剪。 2.将裁剪后...
  • 参考论文 https://www.docin.com/p-1506185737.html( MAXENT最大熵模型在预测物种潜在分布范围方面的应用_张路) 双击.bat 文件就可以使用,只需要传入 物种和坐标的 csv 文件 和 生物气候变量地图.asc 文件就可以...
  • Try to make MaxEnt faster

    2020-12-31 22:12:47
    <p>Made some changes to the MaxEnt code that make sense to me. <h4>Reviewer <p>Please comment on the following (<a href="http://www.mantidproject.org/Individual_Ticket_Testing">full description): ...

空空如也

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maxent