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  • ImageJ使用教程

    2009-09-10 21:22:00
    ImageJ使用教程 视频教程 教你使用ImageJ分析电泳条带灰度比
  • image_J使用教程

    2014-01-01 10:48:13
    图像处理软件image J使用教程,简明
  • image j教程

    2013-11-13 11:31:29
    imagej基础使用教程 其中内容是新手快速入门的捷径。包括如何计数细胞
  • Python 中使用 ImageJ 详细教程

    千次阅读 热门讨论 2020-11-07 20:35:03
    ImageJ 中的很多操作都可以用宏(macro)简化,但宏毕竟不是脚本语言,很多 plugins 无法调用,而实际科研中 plugin 的使用有举足轻重的地位。从 ImageJ 1.41 开始,ImageJ 开始支持 Javascript,现在 ImageJ 支持很...

    ImageJ 中的很多操作都可以用宏(macro)简化,但宏毕竟不是脚本语言,很多 plugins 无法调用,而实际科研中 plugin 的使用有举足轻重的地位。从 ImageJ 1.41 开始,ImageJ 开始支持 Javascript,现在 ImageJ 支持很多种语言,包括 Python、Ruby、R、Java、MATLAB 等等。

    具体支持语言及相应调用方法可以参考 官方文档

    编写脚本语言最简便的方式是在 Fiji 中选择 Plugins>New,新建一个文本窗口进行编辑,并且可以在窗口的 Language 下任意选择合适的语言编写。详细内容

    但目前 ImageJ 的文本编辑器使用体验一般,这篇文章主要讲述如何正确配置环境来调用 API,在 Python 中使用 ImageJ,这样可以自由选择更适合自己的编辑器操作。本人实操中花了不少时间,也走了不少弯路,希望写下来让大家少踩坑,可以更快的使用。

    0 准备工作

    正确安装 Anaconda/ miniconda,并将 conda 加入到系统环境变量中。
    配置环境变量

    1 安装 pyimagej

    1.1 创建虚拟环境

    conda create -n pyimagej -c conda-forge pyimagej openjdk=8 python=3.7
    这里创建了 pyimagej 环境,OpenJDK 版本指定为 8,如果未指定应为 OpenJDK 默认是 11,但建议使用 8,更加稳定;Python 指定为 3.7,因为 3.8 之后的版本使用过程中会报错。

    在 jupyter notebook 中使用:
    import sys
    !conda install --yes --prefix {sys.prefix} -c conda-forge pyimagej openjdk=8

    1.2 切换到指定环境

    conda activate pyimagej

    这时在命令行应该能正常执行:
    python -c 'import imagej'

    更多内容可以参考 github 上介绍 https://github.com/imagej/imagej-server

    2 安装 imglyb

    conda install -c conda-forge -c hanslovsky imglyb

    这时很大可能是无法正常使用的,因为它同时依赖于:

    • Python 3
    • Java 8 JDK (JRE is not enough)
    • Apache Maven
    • PyJNIus with pyjnius.jar with appropriate environment variables
    • scyjava

    2.1 配置 PyJNIus

    Pyjnius is a Python library for accessing Java classes
    具体介绍请见:https://pyjnius.readthedocs.io/en/stable/

    在 windows 安装的方法是:(其他系统安装教程参考上面链接)

    1. 下载并安装 JDK(包含 JRE),已经有了可以跳过
      直接在下面链接找适合自己系统的版本下载安装即可
      https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jdk15-downloads.html

      jdk 从 11 开始安装默认没有 jre,安装后命令行进入安装 jdk 的文件,如 \Java\jdk-11.0.9,手动执行:
      bin\jlink.exe --module-path jmods --add-modules java.desktop --output jre
      即在文件夹下生成 jre 文件

    2. 下载并安装 C 语言编译器

      1. 先建议升级一下 setuptools
        pip install --upgrade setuptools
      2. 安装 Microsoft Visual C++ Build Tools,根据自己的 python 版本选择安装,我安装的环境是 python 3.7
        https://devblogs.microsoft.com/python/unable-to-find-vcvarsall-bat/
    3. 安装 Cython
      python -m pip install --upgrade cython

    4. 安装 Pyjnius
      pip install pyjnius

    至此 PyJNIus 应该已经配置完成。

    更多内容可以参考 github 上介绍https://github.com/imglib/imglyb

    2.2 配置 Maven

    http://maven.apache.org/download.cgi
    选择 apache-maven-3.6.3-bin.zip 即可(Windows)

    2.3 添加环境变量

    命令行添加 JAVA_HOME,具体看自己安装位置,下面是我的:
    SET "JAVA_HOME=C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_271"
    注意 JAVA_HOME 尽量不要加 \bin
    SET "JRE_HOME=C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_271\jre"
    SET "JDK_HOME=%JAVA_HOME%"

    添加 PATH 到系统环境变量,确保 server 里面有 jvm.dll,对后期使用 Pyjnius 很重要。
    SET PATH=%PATH%;C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_271\bin\server
    SET PATH=%PATH%;C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_271\bin

    同时在命令行配置:
    SET "PYJNIUS_JAR=C:\Users\username\.conda\envs\pyimagej\share\pyjnius"

    3 运行

    这时应该已经可以正常运行:

    import imagej
    import imglyb
    from imglyb import util
    import jnius
    from jnius import *
    

    这里要注意 import imglyb 是要在下面其他之前的,可以参照 imglyb-examples

    3.1 异常情况处理

    如果仍有报错显示环境变量不正确,可以在代码中加入:

    import imagej
    import os
    os.environ["JAVA_HOME"] = "C:/Program Files/Java/jdk1.8.0_271"
    os.environ["JDK_HOME"] = "C:/Program Files/Java/jdk1.8.0_271"
    os.environ["JRE_HOME"] = "C:/Program Files/Java/jdk1.8.0_271/jre"
    os.environ["PYJNIUS_JAR"] = "C:/Users/username/.conda/envs/pyimagej/share/pyjnius/pyjnius.jar"
    os.getenv("JAVA_HOME")
    os.getenv("JDK_HOME")
    os.getenv("JRE_HOME")
    os.getenv("PYJNIUS_JAR")
    
    展开全文
  • ImageJ 中文教程(细胞计数)

    万次阅读 多人点赞 2019-04-09 13:43:21
    ImageJ 中文教程下载使用打开软件图形处理灰度变换灰度阈值设定手动去噪自动去噪比例尺设定计数并计算粒径指令总结 下载 地址:https://imagej.nih.gov/ij/download.html 输入网址后页面内包括以下下载地址,点击与...

    下载

    地址:https://imagej.nih.gov/ij/download.html

    输入网址后页面内包括以下下载地址,点击与操作系统对应的版本即可;图 1.1 下载地址

    使用

    打开软件

    单击下载完成的包内如图2.1所示图标
    图2.1 软件图标
    出现如图2.2界面
    图2.2 软件界面
    点击File->open,或者快捷键ctrl+o,打开所要编辑的图片打开完成后如图2.3所示:
    图2.3 打开完成界面

    图形处理

    灰度变换

    为方便接下来对图中细胞核进行提取并计数,需要对图像进行灰度变换,变换方式为:选择菜单栏中的Image->Type->8-bit,将要处理的图片转换为8位的灰度图像,并输出,输出图片如下:
    图2.4 灰度变换

    灰度阈值设定

    根据图片的灰度值配置需要提取图中最大最小灰度值的阈值,主要原理是根据细胞内不同部位对染色剂的吸收能力不同,导致染色完成后呈现出来的颜色深浅来对细胞进行提取,其中细胞核对染色剂的吸收能力最强,使得其呈现出来的颜色最深,经过灰度变换后,他的灰度值越高,并且集中在一个稳定的范围,因此可以根据此特性来对细胞核进行提取从而得到细胞的个数;

    配置方法是Image->Adjust->Threshold或者快捷键ctrl+shift+T:

    图2.5 阈值选择界面
    拖动灰度选择条,选择合适的灰度值范围,使得图中仅剩用来计数的细胞核,并且使得每个细胞核与其他细胞核的分离度尽可能的高;设置完灰度上下限的图形如图2.6所示:

    图2.6 灰度上下限设定完成

    手动去噪

    可见图形中仍有很多噪点,例如图2.7中红色圆圈内部分为培养皿中的气孔:
    图2.7 噪点示例
    此时需要手动对图片进行矫正,或者通过滤波,平滑图像的方式去除这些噪点;下面首先是手动对图片进行矫正的方法:首先根据图片中需要处理部分形状选择绘图工具,以任意曲线为例;使用裁剪工具对图片中需要处理的部分进行裁剪,如图2.8:
    图2.8 自由形状裁剪工具
    黄线内即为需要裁剪区域,选择完成后点击Edit->fill或者快捷键ctrl+f,即可将黄圈内所用噪点以255灰度值覆盖,覆盖完成后的图片如下图:

    图2.9 裁剪并填充完成

    自动去噪

    此方式需要手动将图片内所有噪点画出并去除,较为繁琐,因此考虑此方法可以用来去除图像大范围内有噪点的部分,之后再用ImageJ提供的去除离群点,以及图像平滑与阈值设定配合等手段去除其他噪点,具体操作如下:
    去除离群点:Process->Noise->Despekle
    去除离群点前 去除离群点后重复去除离群点多次
    可见图片中细小的颗粒数量变少,但是还是不能满足要求,因此重复多次,直到图片内仅剩较大噪点;
    图像平滑:Process->Smooth;
    平滑前多次平滑后
    经过图像平滑处理后,绝大部分噪点已被去除,处理完成后的图形如图2.10

    图2.10 处理后图形

    比例尺设定

    使用此图作为细胞计数用图片,需首先进行比例尺设定,设定布置如下;选择直线绘图工具,在图上绘制直线,如图2.11红色圆圈内所示:

    图2.11:比例尺设定
    因为已知图片真实比例尺为100um,所以根据真实比例尺对图片进行比例尺设定,设定步骤:在图像上绘制完长度后选择:Analyze->Measure,出现图2.12所示界面:
    图2.12 测量
    最后一项Length即为此黄色线段对应像素长度(非真实长度);

    设置比例尺:Analyze->Set Scale;出现图2.13所示界面:
    图2.13 比例尺设定
    Known distance一项上填上对应黄色线段真实物理世界中已知长度100um,Unit of length填上单位um,并将复选框Global勾上,即可完成比例尺设定;

    计数并计算粒径

    设定完成比例尺后即可进行细胞计数,选择Analyze->Analyze Particles,出现图2.14所示界面:
    图2.14 分析界面
    其中Size一项为需要提取的细胞粒径的上下限,可使用测量工具Analyze->Measure(使用见比例尺设定)简单测量细胞粒径,因提取算法的原因,出现多个个细胞核重叠部分面积如果超出Size的上限将不进行计数,因此细胞密度较大的图像对图片处理步骤要求较高;
    设置完Size后需要配置一下Show,在下拉菜单内选择Outline,即可在输出的提取完图片内看到提取出的细胞核边缘。同时选择下面复选框中的Display resultsSummarize即可在输出提取结果图片的同时得到提取结果和总结,如下图所示:
    图2.15 提取结果
    图2.16 提取信息(部分)
    图2.17 提取总结

    指令总结

    1. File->open,或者快捷键ctrl+o,打开所要编辑的图片
    2. Image->Type->8-bit,灰度变换
    3. Image->Adjust->Threshold,灰度阈值设定
    4. Process->Noise->Despekle,去除离群点
    5. Process->Smooth,图像平滑
    6. Analyze->Measure,长度测量
    7. Analyze->Set Scale,比例尺设定
    8. Analyze->Analyze Particles,计数
    展开全文
  • [Packt Publishing] ImageJ 图片处理教程 英文版 [Packt Publishing] Image Processing with ImageJ E Book ☆ 图书概要:☆ Discover the incredible possibilities of ImageJ from basic image processing to...
  • ImageJ中文开发教程

    2011-04-07 12:46:38
    介绍图像处理软件ImageJ下的插件开发,ImageJ内部结构,主要的类关系,和方法介绍。是开发的入门教程
  • 介绍图像处理软件ImageJ下的插件开发,ImageJ内部结构,主要的类关系,和方法介绍。是开发的入门教程
  • image-J教程

    2015-05-21 10:33:52
    image-J教程电泳蛋白条带分析,完成刁大勇蛋白分析结果处理。
  • imageJ中文开发教程

    2013-05-24 22:42:51
    imageJ是一个开源的用java语言编写的图像处理软件,可以方便快捷的处理图像,并易于开发新的插件,扩展用途,本文档对其主要内容进行讲解。
  • ImageJ 绿色简洁的图像软件,入门轻松,易懂!
  • imageJ常用功能的例子,可以帮助大家更有效率地学习这个软件。
  • ImageJ工具使用简介

    万次阅读 2016-08-18 17:19:31
    ImageJ工具使用简介 在以前的博文中也介绍过看Raw图的方法,自己平常也使用windows上的一些插值工具来看raw图,最近发现了一个宝贝----ImageJ,最让我惊喜的是它可以完美的在Windows以及Ubuntu中使用,避免了我...

    ImageJ工具使用简介


    在以前的博文中也介绍过看Raw图的方法,自己平常也使用windows上的一些插值工具来看raw图,最近发现了一个宝贝----ImageJ,最让我惊喜的是它可以完美的在Windows以及Ubuntu中使用,避免了我抓取Raw图之后拷贝到windows才能用工具打开的尴尬。。。。。


    1 下载

    可以在如下地址下载各个平台的版本,我下载的是Ubuntu和Windows 64bit的免安装版:

    https://imagej.nih.gov/ij/download.html


    另外可以从一下地址下载官方文档,里面详细介绍了ImageJ的使用方法:

    https://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/user-guide.pdf


    2 安装

    解压即可,点击ImageJ.exe(windows),或者./ImageJ  xxx.raw  (ubuntu).


    3 打开raw图

    File--->Open 选择文件,注意后缀名需要是xxx.raw


    填写对应的信息:

    Image type:数据类型,一般每个pixel使用两个Bytes表示;

    width/height:宽、高;

    offset to first image:可以理解为header,有些平台会在raw图前面加入一个header,用来保存此图片的一些信息;

    Number of image:文件中包含的图片的张数,此工具支持打开raw序列;

    Gap between images:不同图片之间的偏移,用于raw序列文件;

    Little-endian byte order:小端,根据raw文件的数据高位对齐还是低位对齐选择;



    当打开文件为raw序列时,需要通过拉动滑块来预览图片。


    通过查看红色方框中的内容,可以实时得到当前鼠标所在的位置以及像素的值。觉得不好的地方就是像素值没有做归化处理,所以对看到的值没有一个直观的感觉,当然数学大神除外~~~~~

    刚开始玩的时候,可能会去这儿点点,那儿画画,最后想还原的时候发现Undo都回不去了。。。这是因为ImageJ的CMD buffer比较小,所以当你想回到原始状态的时候,可以执行以下命令:

    File ----->Revert

    展开全文
  • ImageJ下载安装使用

    千次阅读 2020-11-04 17:05:06
    ImageJ下载安装前言1 下载安装2 使用 前言 ImageJ是一款基于 java的,由 National Institutes of Health(NIH)开发的一款功能强大的图像处理软件,在科研中应用极为广泛。ImageJ可对图像进行各种操作,可...


    前言

    ImageJ是一款基于 java的,由 National Institutes of Health(NIH)开发的一款功能强大的图像处理软件,在科研中应用极为广泛。ImageJ可对图像进行各种操作,可Windows,MacOS,Linux等不同操作系统平台上工作。

    ImageJ有着很强大的图像处理能力,它能够显示、编辑、分析、处理、保存、打印8位、16位和32的图片,支持TIFF、JPEG、BMP、DICOM和FITS等多种格式。另外ImageJ还支持图像巧及超找和虚拟找)操作,就是通过一个窗口中多线程的层叠多个图像,并行间时对多幅图像或者图像序列进行操作。在内存足够的情况下,ImageJ能读取任意数量的图像,并实行操作。


    1 下载安装

    下载地址:https://imagej.net/Fiji/Downloads
    在这里插入图片描述
    根据电脑的环境选择对应的安装包下载。

    ImageJ需要Java环境,可以在https://www.oracle.com/java/technologies/javase-downloads.html下载jdk。

    在这里插入图片描述
    ImageJ解压后就能使用。
    在这里插入图片描述
    第一次安装需要更新插件。

    2 使用

    在这里插入图片描述
    magej菜单栏列出了ImageJ的所有命令:
    File:基本的文件操作,包括打开、保存、创建新图片,大多数命令看名字就知道什么意思
    Edit:编辑和绘制操作,以及全局设定
    Image:图像显示,包括图像格式的转化、怎样显示等
    Process:图像处理,包括点操作、过滤器和算术运算
    Analyze:图像分析,统计测量、直方图绘制和其他与图像分析有关的操作
    Plugins:创建、编辑和管理插件,列出了用户安装的所有宏、脚本和插件。
    Window:已打开的窗口的选择和管理
    Help:升级,文档资源和版本信息

    2.1图片导入

    导入图片:File>open>选择图片>打开

    在这里插入图片描述

    2.2 预处理

    在这里插入图片描述
    中值滤波:
    Procsaa>Noise>Despeckle
    在这里插入图片描述

    2.3 二值化

    二值化:
    Procsaa>Binary>Make Binary
    在这里插入图片描述
    开操作,即先腐蚀后膨胀。这将平滑对象及去除独立的像素点
    Procsaa>Binary>Open
    在这里插入图片描述

    闭操作,即先膨胀后腐蚀。这将平滑对象及填充小洞
    Procsaa>Binary>Close
    在这里插入图片描述

    3.其它

    遇到困难可以查看官方文档:https://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/index.html


    版权声明:本文为博主原创文章,遵循 CC 4.0 BY-NC-SA 版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明。
    本文链接:https://blog.csdn.net/weixin_44037272/article/details/109485964

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空空如也

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