-
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1907)
2018-06-30 08:12:32宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。...展开全文文章目录
欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们！
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强宏基因组学技术和成果交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前分享900+篇原创文章，48000+小伙伴在这里一起交流学习，欢迎投稿，感兴趣的赶快关注吧！
征稿、转载、合作
欢迎同行投稿分享您的科研成果、对本领域科研有帮助的经验、技术和科研思路，多帮助别人，自己也更容易获得帮助。
诚邀广大同行分享成果文章解读，即有利于交流和宣传，又提高文章的影响和引用，宣传平台很重要。
人才是团队发展最关键因素，欢迎本领域科研院所和高校的团队在本平台免费发布招聘广告。
欢迎对本平台文章转载和进一步合作感兴趣的朋友联系我们。
后台回复“合作”，获取投稿、转载、合作相关事宜的详细说明。
文章分类导航目录
注：所有蓝字均为文章链接，点击阅读原文
精选文章推荐
10000+
- 这就是我的研究生生活
- 人体上的生命：看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来
- Science：科学家亲眼看到细菌产生耐药性的全过程（视频）
- Nature综述：微生物构成的氮循环网络
- Microbiome：鸡肠道宏基因集的构建(张和平、魏泓、秦楠点评)
- Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少
- DNA提取也能发Nature？
- 再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！
- Nature综述：手把手教你分析菌群数据
- 这种本该消失的恐怖传染病卷土重来，背后是一场反智的人祸
- 一席-赵立平-大树细菌
- 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
- NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用
- 专家点评Science：中英合作揭示拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组
- 宏基因组分析教程
- 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
- 学术论文图表基本规范大全
- 一片看懂肠道菌群在人体中的作用
- 岛国科普—生命大跃进
- 3分和30分文章差距在哪里？
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 测序发展史，150年的风雨历程 (第二版)
5000+
- 下次诺贝尔奖会是他吗？肠道微生物组领域开创者Jeffrey Gordon
- 导师太牛而自己很水，是一种怎样的体验？
- 你想要的生信知识全在这—生信宝典
- NBT：实验vs分析，谁对结果影响大
- NC：16S序列预测培养基配方
- Cell：人与肠道菌群休戚与共的一生
- 35张图，看懂肠道和大脑的魔性关系
- 深度好文—我们的未来在哪里？
- 宏基因组领域杂志简介及最新影响因子
- 学术图表的基本配色方法
- 手把手带你重现菌群封面文章图表
- 79个超强微生物知识助你孕育超优宝宝
- 漫谈16S的前世今生
- 16S+功能预测发Sciences：尸体降解过程
- Nature：宏基因组关联分析(1) (2)
- Nature：肠道菌群如何划分肠型
- 一条命令绘制CNS配图-ggpubr
- 网络图在R中的实现-igraph
3000+
- NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究
- 一文读懂宏基因组分析套路
- 简单漂亮的在线生信绘图工具imageGP
- 一文读懂微生物组
- 进化树 一文读懂 Evolview基础 进阶 iTOL美化 进阶
- 自学生信-biostar handbook
培训会议、招聘广告
培训
会议
招聘
- 还在为投文章发愁吗，也许你更适合审别人的文章——JGG期刊专职编辑招聘（IF>4）
- 南科大翟继先组招聘，博士生8万+，博后34万+
- 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
- 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
- 中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化
- 德国马普育种所植物与微生物互作方向招收博士博后
- 诚招培训招生主管、招生助理、公众号编辑
广告
- 给你的数据一个家，一个有DOI的地方 | 生物数据库承建
- 清华社《晓肚知肠：肠菌的小心思》荣获“2018年度中国好书”奖
- 五折预售：新书-R语言数据可视化之美|ggplot2作者推荐
- 宏基因组测序分析大促销！全包最低只需1700元！
- 微生物绝对定量or相对定量,你选对了吗
- 专属含PCR抑制剂的环境样本微生物拷贝数定量的最佳解决方案!
- 16s测序 | 如何轻松发表文章
送书
- 5月21日【送书福利】66本包邮给您，Python从入门到大数据分析总有一本适合你
- 5月24日，66本图书包邮送:深度学习,Python,Linux,Docker等，还有购书“买100减50元” 双重福利来！
科研经验
- Nature：给博士研究生的四条箴言Four golden lessons，颜宁推荐
- 为什么我参加了那么多学术会议依旧一无所获？
- 终极大招——怎么在学术会议上有所收获？
- AI学习三步曲 1基本图形绘制 2模式图 3排版
- 如何优雅的提问
- 公众号搜索方法大全
- 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
- 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
- 生信编程模板 Perl Shell R
- 生物信息之程序学习
- 论文Figures，你不能不知道的秘密
- 图表色彩运用原理的全面解析
- 原始数据极速上传NCBI SRA教程
- Endnote X8云同步：有网随时读文献
- Excel绘图新高度-EasyCharts
- 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
- Windows10远程桌面Ubuntu
- 为何新刊物Microbiome影响因子这么高？主编Jacques Ravel教授来告诉你
- SCI论文写作1.论文的三段式结构 2.引言的逻辑解析
软件流程
- Graphpad经典绘图工具初学
- GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件
- BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式
- Gephi轻松绘制超美网络图
- 在线浏览器，在线PS，在线AI，在线编程
- STAMP——微生物组间差异统计分析 简明教程 中文帮助文档
- 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
- Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
- Cytoscape的GIANT增强包分析网络图的Z、P-score
- Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
- FUNGuild：真菌功能注释
- 在线RaxML构建系统发育树
- MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
- Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
- psRobot：植物小RNA分析系统
- RepeatMasker：基因组重复序列注释
- 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka
- GraPhlAn：最美进化树或层级分类树学习笔记
- 一个细菌基因组完整分析脚本
软件基础必学系列
- Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网
- 玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南
- Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼
- 数据的质量控制软件——fastQC
- 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
扩增子分析
史上最完整扩增子教程
- 扩增子图表解读-理解文章思路
- 扩增子分析流程-把握分析细节
- 扩增子统计绘图-冲击高分文章
- QIIME2中文教程(2017.6)-把握分析趋势
- 16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
- PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍
- 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归
- 9个模块＋40余款软件＋老司机辣评 | 16S信息分析流程软件和数据库合集
- Nature Method ：Striped UniFrac算法分析微生物组大数据
QIIME 2最新教程中文(2018.11)
- QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程
- 1简介和安装Install
- 2插件工作流程概述Workflows
- 3老司机上路指南Experienced
- 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures
- 5粪菌移植分析练习FMT
- 6沙漠土壤分析Atacama soil
- 7差异丰度分析gneiss
- 8数据导入Importing
- 9数据导出Exporting
- 10元数据Metadata
- 11数据筛选Filtering
- 12训练特征分类器Training
- 13数据评估和质控Evaluating
- 14机器学习分类和回归预测Classifier
- 15进行纵向和成对样本比较Longitudinal
- 16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
- 17序列双端合并read-joining
- 18使用q2-vsearch聚类OTUs
- ANCOM：找出微生物群落中的差异物种
易生信-扩增子教程
Webserver在线分析平台
- MicrobiomeAnalyst：可视化微生物组网页工具
- NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
- NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库
- METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
- SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
- 微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线
相关软件和数据库教程
- 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core
- 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档
- Nature Methods：快速准确的微生物来源追溯工具FEAST
- SourceTracker—微生物来源分析
- 如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图
- DADA2中文教程v1.8
- 微生物扩增子数据库大全
- NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库
宏基因组分析
教程系列
- 宏基因组分析教程
- 1简介-定义、方法和数据库
- 2扩增子-微生物群落多样性
- 3PICRUSt功能预测
- 4宏基因组物种组成和分箱
- 5宏基因组功能数据库与通路
- 6宏转录组流程和功能
- 7挖掘微生物组生物标记
- 4500元的微生物组培训资料
- 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
- GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
- 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
- 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下
- 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组
- Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架
有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- Nature Method：HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)
De novo
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
功能注释数据库
- KEGG在线数据库使用攻略
- NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
- EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
- antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测
- NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测
- Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展
- WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具
分箱专题
- Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读
- NBT：宏基因组"读云"建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
- DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组
- 一文读懂宏基因组binning
统计分析及可视化
- Krona绘制物种或功能组成圈图
- microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram
- Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率
- 一个 R 包带你挖掘宏基因组公共数据库
Linux与Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Perl
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
- 开启win10内置Linux子程序
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
- linux 极简统计分析工具 datamash
R统计绘图
R语言基础系列：
- 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
- R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 数据可视化基本套路总结
- 你知道R中的赋值符号箭头
<-和等号=的区别吗？ - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
ggplot2绘图基础系列：
- ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
- ggplot2地理信息可视化 上 下
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
- ggThemeAssist：鼠标调整ggplot2主题，不用再记这些代码啦！
高级统计绘图：
- 50个ggplot2可视化案例
- R语言大会：宏基因组数据分析和可视化套路总结
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 热图绘制
- 获取pheatmap聚类后和标准化后的结果
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- R语言一键批量完成差异统计和可视化
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA
- circlize包绘制circos-plot
- R语言搭建炫酷的线上博客系统
- 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
- R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图
实验设计与技术
- 微生物组取样和DNA提取建议
- 微生物常见20种培养基配方
- 微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型
- 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
- 样品命名 注意事项 实例
- 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
- 海洋可培养微生物的鉴定与分类
- 怎么取粪便样品
- 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
- Microbiome: 室温存储样本方法比较
- NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长
- Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响
- Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法
- Rob Knight: PCR不需要做三个平行再混合！
基础知识
- 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
- Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
- Microbiome：微生物组名词定义
- 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性
- 16S测序，不知道OTU你就out了！
- 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
- 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
- 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
- Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
- PCoA距离算法大全
- 二代测序数据统计分析中为什么是负二项分布？
- 读懂PCA和PCoA
- LEfSe分析，你真的懂了么
- 宏基因组基础知识梳理
- 功能基因多样性研究概述
- 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
- 环境因子关联分析—CCA还是RDA
- P值背后那些事儿
- 轻松看懂机器学习十大常用算法
- 一文读懂随机森林在微生态中的应用
- 你想知道的ROC曲线
- 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
- 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq
- 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用
作者解读
作者解读专栏，由论文作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。
- Nat. Biotechnol.：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用
- 专家点评Science：中英合作揭示拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组
- Sciences：用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌！
- Cell Research封面 | 刘志华组揭示肠道菌群可促进胰岛素的分泌
- Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布
- Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌
- Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展
- Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？
- Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)
- Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关
- Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组
- Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康 孕期健康对孩子至关重要
- Gut：人体口腔菌群的稳定性和动态变化规律
- Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
- BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
- PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
- SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
- SCLS：水稻微生物组时间序列分析
- 中国科学：中科院遗传发育所揭示拟南芥二半萜对根系微生物组的调控机制
- 中国微生物组计划—农作物微生物组
- 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较
- EID：宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用
- GPB：农业生产活动对水体微生态的重要影响
- GPB：菊粉改善糖脂代谢紊乱作用的机制
- Current Biology: 微生物所白逢彦组段守富揭示酿酒酵母通过基因网络的逆向进化适应环境的新机制
文献精读
精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万
- Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄
- Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用
- 10篇Nature专题报导人类微生物组计划2(iHMP)成果及展望
- Nature：iHMP之“微生物组与炎症性肠病”
- Nat. Med.：iHMP之“微生物组与早产”
- Nat. Med. ：婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态
- Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”
- Nature：人体菌群研究的25个里程碑
- Nature：首个肠道微生物对药物代谢影响的系统性研究
- Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
- Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
- Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
- NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
- NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
- NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
- NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
- NRM：多年冻土的微生物组
- Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下
- NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性
- NC：蜜蜂肠道微生物的多样性
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象
- Microbiome：野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应
- NAR：MicrobiomeAnalyst——统计、可视化微生物组数据
- Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
- Nature综述：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用
- Nat. Ecol. Evol.：不想当化学家的物理学家不是好的生物学家
- NM：微生物组数据系统发育分析的方法
- NM：全球污水处理厂细菌群落揭秘！
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
- Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
- CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
- CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
- CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关
- 对菌群影响药效和毒性的全面总结
- ISME：病原菌介导植物根际有益微生物群落组装
- ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
- ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识
- FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪
- FM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力
- NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库
- TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁
- MER：1.8万字带你系统了解宏组学实验与分析
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
- Molecular Plant：微生物跨界平衡维持植物健康
- 淡水：21世纪的分子微生物生态学
- NewPhy.-揭秘优势种dominant species
- ARM：植物微生物组的生态学与进化
科普视频-寓教于乐
- 一人一天发两篇Science，配视频揭秘：植物如何在与病菌的斗争中取胜？
- 肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络
- CCTV9让尸体说话-法医密档
- 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
- 走进科学：锄禾者新说
- NHK再造人类生命的神奇细胞
- NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用
- NHK生命大跃进
- BBC人体奥秘之细胞的暗战
- BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
- NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
- NGC子宫日记Womb
- 脱口秀《娶妻当娶女博士》续集《娶妻别娶女博士》北大生物女博士的自白，爆笑加泪点
- 地球5000年变化全景动画——看完叹了口气：整个世界安静了
- 东北大米为何如此好吃
- 人类的体温为何是37度
- 龙的简史
- 美国人眼中的中国崛起，15分钟让你明白美国对中国打贸易战的真相！
- 89岁屠呦呦再次震惊世界！视频介绍疟疾、青蒿素和背后的故事
科普图文
原创
- 原来益生菌是这么搞定致病菌的
- CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇
- 从几十人小药厂走出的惊天抗癌神药
- 漱口水增加糖尿病，高血压风险
- NEJM | 益生菌LGG治疗肠胃炎无效，Immunity|LGG促进生骨
- Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎
- 口腔菌群让你心口一致——牙疼和心脏病都会犯
- 一些你可能忽略的护牙小技巧
- 过年了，少喝点酒，多喝点茶—绿茶不仅仅是你想的那么简单
漫画科普
- 你看的每一篇Nature论文，都是这样出炉的！
- Nature审了个稿，却卷进一桩诺贝尔奖的公案！
- 起源、进化、创造、探索——穿越138亿年的时间之旅
- 染上艾滋的第22个小时，我完成了自救
- 艾滋病交响诗
- 被传染艾滋
- 生命简史
- 梅毒狂想曲
- 气候创造历史
- 厌氧君和好氧君谁是明日之子
- 疯狂的消化之旅——消化系统简介
- 生物学家也要了解的物理
- 真菌其实是长歪了的动物
- 那些不回微信的人，都在想什么？
其它
- 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之刷牙篇
- 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之牙线篇
- Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
- Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重
- 在Cell、Science、Nature发表一篇论文究竟有多难？
- 怎么跑都不累？自然医学揭秘微生物组提升运动表现
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
旧文删除
综述泛读
- Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
- NRM：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
- NRM：真菌的多样性的高通量测序及鉴定
- NP: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
- Cell：代谢控制中的脑肠轴
- Cell：人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
- COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
- ARG：植物微生物组—系统见解与展望
- ARGHG：微生物组与人
- ARPB：微生物组学与植物病害微生物防治
- PNAS：组学重建真菌现有分类系统
- FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
- PC：解析宿主基因组和微生物的复杂互作
- Microbiome：植物内部微生物的相互作用
- Microbiome综述：脊椎动物的皮肤微生物
- mBio：微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
- TPS：植物相关微生物群在传统草药中的作用
- NM：微生物与海洋全球变化
- NRG：发表房刚组细菌表观组综述论文
- TM：宿主-细菌界面的MicroRNA：宿主防御或细菌攻击
- NRM： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度
- NRM：宏基因组时代的病毒分类
- 叶际微生物定殖模型研究进展
高分文章套路解读
- Nature：益生菌清除致病菌的机制 原来益生菌是这么搞定致病菌的
- Nature: 高通量细菌分离培养鉴定
- Nature：肠道细菌能够调节果蝇运动行为
- Nature：肠道内微生物合作方式的探究
- Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
- Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
- Nature：环境vs基因，谁对肠道菌群影响更大？
- Nature：人类肠道微生物组的肠型
- Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
- Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
- Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
- Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
- Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
- Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
- Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
- Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
- Nature：抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
- Nature: 生物多样性既会增加、也会降低生态系统稳定性
- Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
- Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
- Science：微生物群落的构建过程具有趋简性
- NBT：根际微生物组抗番茄枯萎病 PPT思路梳理
- NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
- NBT：超高速细菌基因组检索技术
- NBT：宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性
- NG：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
- NM:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
- Gut菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解
- Gut-口腔微生物可以预测直肠癌
- CHM：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解 看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪
- CHM：新生儿肠道微生物菌群研究
- CHM:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
- Nmeth: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- NC.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
- NC：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
- Nature Commun. | 假单胞和芽孢杆菌互作共存于寄主的机制，为生物防治提供新思路
- Nmicrobiol：植物根系分泌物影响菌群结构
- Nmicrobiol：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
- Nmicrobiol: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
- Nmicrobiol: 西农大许金荣课题组在小麦赤霉病研究领域取得重要突破
- Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
- Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
- Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
- Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
- Microbiome：芝麻菜中肠杆菌科主导核心微生物组并贡献抗生素抗性组(简单套路16S+meta+培养组发高分文章)
- Nat Micro | 沈建忠团队发现新型可转移的替加环素高水平耐药机制
- Microbiome: 植物杨树生态位和基因型对微生物的影响
- Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome：重新定义“卫生”概念
- Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
- Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
- Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
- Microbiome: 黄龙病破坏柑橘根部相关微生物菌群从根际到根面的富集过程
- Microbiome：在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
- GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- PNAS：水稻微生物组
- PNAS：病原菌在植物免疫下的转录组
- PNAS：根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
- PNAS：玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读
- PNAS：人工构建玉米极简微生物组
- PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿？
- ISME：宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
- ISME：基因组和转录组分析深海古菌Thermoprofundales
- PB: 发现一种固氮玉米
- PB：如何设计可预测植物表型的微生物组
- npjsba：用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎
- SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程
- BFS：不同真菌物种注释数据库对群落组成的影响
- CR：潘涛/骆观正合作团队揭示肠道菌群调控宿主RNA甲基化和基因表达新机制
- Cell重磅发布15万人体微生物基因组！超大规模宏基因组研究揭示数千计人体微生物新物种
- EL：重金属的污染可导致铁载体生产菌的增加
- PNAS：亚马逊雨林向农业的转变导致土壤细菌群落的生物均质化
- TM：宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学
SME科学故事
- 当它们在吃屎时，它们在吃什么？——童子屎居然延年益寿
- 致命病毒为何疯狂袭击人类？
- 马铃薯晚疫病：引发百万人死亡和逃难
- 看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！
- 考拉：你以为我想呆萌？幼年吃屎长大磕毒，差点就没活下来
- 盘尾丝虫病——河盲症
- 结核菌——抗药性的严峻形式
- 粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
- 水痘痊愈就能终生免疫？其实病毒仍潜伏在神经
- 噬菌体的前世今生
- 乙肝疫苗的故事，居然有人体实验
- 他发现了疟疾的元凶，开创了致病生物研究新时代
- 谁来养活中国人？他用小麦增产千亿斤让中国成为粮食大国
- 感染这种随处可见的“食脑虫”，你可能必死无疑
- 机洗内裤容易得暗病？这个锅我们袜子不背！
- 西游记里河水让人怀孕的秘密：是寄生虫！
- 超级细菌事不关己？看完它才发现我们都在自己身体里养蛊
- 抠出来的鼻屎不要丢，隔壁家的小孩都馋哭了
- 谁说被吃是鸡的宿命？这只鸡长了个价值三个诺奖的肿瘤
- 3个月近30万上海人被感染，真相是潜伏已久的“吃祸”
- 大肠杆菌O157:H7——仅次于霍乱的致命腹泻，正跟着“吃草”潮流全球“开花”
- 科学养猪的真正奥义，培养拯救人类的医学英雄
- 三个学生开发的学术钓鱼软件，成功忽悠了整个学术圈
- 如果丧尸病毒真的爆发了……那一定会被人类虐到灭绝
- 欧洲人几乎杀光美洲土著，美洲葡萄几乎摧毁欧洲红酒
- 关于卖卵、代孕，黑中介绝对不会告诉你这些黑幕
- 人类对蛔虫的研究，是靠一次次蛔虫盛宴推动的！
态昌基因
热心肠先生说
- 想更易怀孕，生更多娃？男人去打猎，女人靠蛔虫？！
- 吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！
- 减肥难？别急，精准调控细菌的方法已横空出世！
- 想知道自己能不能长命百岁？窝个粑粑测个菌？
- 饮食、生物钟、肠道菌群的“三角恋”
资料下载专区
- SCI-HUB客户端（文献神器V4.0）——下载文献如此简单
- 微生物学（全美经典学习指导系列）中文版
- 255套绝美ppt模板！适用于总结汇报、形象宣传、授课培训、项目介绍、毕业答辩等
- 生化医学文章模式图素材
- 中文版美国国家综合癌症网络NCCN指南PPT
宏基因组软件评估
-
微生物生态精选30篇——本领域最早的中文干货
-
学习生信的系列教程——纯生信一作发IF>20的大神
-
生信媛公众号文章目录——美女就是受欢迎
后台关键字列表
- 征稿、招聘、转载、合作：https://mp.weixin.qq.com/s/-Sk-Zvlb0JCRNUQUyg8iuQ
- 培训、会议：https://mp.weixin.qq.com/s/5_7mkRE0giwSLebtNsYtJQ
- 目录、导航、索引：https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA
- 科普、视频：
- 科普长图：
人物
- 刘永鑫
- 葛德燕
- 焦硕
- 文涛
- 秦媛
- 周欣
- 陈亮
- 郑伟
- 吴季秋
- 谭玉龙
- 白洋
专题
- 水稻微生物组、时间序列
- 微生物组
- 植物微生物组
- Linux
- QIIME2
- R
- 功能预测、扩增子数据库
- Microbiome
- USEARCH
- 宏基因组
- 宏基因组有参
- 分箱
- 圈图
- NBT
- 一作解读
- 招聘
- 在线分析、云平台、在线流程
- 地理
测试数据和代码
- graphlan：测试数据和代码下载链接: https://github.com/YongxinLiu/Note/tree/master/WenTao/190303GraPhlAn
《生信宝典》联合《宏基因组》，在北京鼓楼将举办《扩增子分析》、《宏基因组》、《转录组》和《生物信息通识》等专题培训，想自己动手分析数据、提高文章图表B格的小伙伴，赶快访问报名网站报名吧！ www.ehbio.com/Training/
在线绘图网站，鼠标点击轻松绘制各种R语言高颜值矢量图 www.ehbio.com/ImageGP
-
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1906)
2019-05-31 12:36:52文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识作者解读文献精读科普视频-寓教于乐科普图文写在后面...展开全文文章目录
欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们！宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强宏基因组学技术和成果交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前分享800+篇原创文章，43000+小伙伴在这里一起交流学习，欢迎投稿，感兴趣的赶快关注吧！
征稿、转载、合作
欢迎同行投稿分享您的科研成果、对本领域科研有帮助的经验、技术和科研思路，多帮助别人，自己也更容易获得帮助。
诚邀广大同行分享成果文章解读，即有利于交流和宣传，又提高文章的影响和引用，宣传平台很重要。
人才是团队发展最关键因素，欢迎本领域科研院所和高校的团队在本平台免费发布招聘广告。
欢迎对本平台文章转载和进一步合作感兴趣的朋友联系我们。
后台回复“合作”，获取投稿、转载、合作相关事宜的详细说明。
文章分类导航目录
注：所有蓝字均为文章链接，点击阅读原文
精选文章推荐
10000+
- 这就是我的研究生生活
- 人体上的生命：看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来
- Nature综述：微生物构成的氮循环网络
- Microbiome：鸡肠道宏基因集的构建(张和平、魏泓、秦楠点评)
- Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少
- DNA提取也能发Nature？
- 再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！
- Nature综述：手把手教你分析菌群数据
- 这种本该消失的恐怖传染病卷土重来，背后是一场反智的人祸
- 一席-赵立平-大树细菌
- 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
- Nature Biotechnology：中科院揭示籼粳稻根系微生物组与氮肥利用效率关系
- 专家点评Science：中英合作揭示拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组
- 宏基因组分析教程
- 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
- 学术论文图表基本规范大全
- 一片看懂肠道菌群在人体中的作用
- 岛国科普—生命大跃进
- 3分和30分文章差距在哪里？
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 测序发展史，150年的风雨历程 (第二版)
5000+
- 下次诺贝尔奖会是他吗？肠道微生物组领域开创者Jeffrey Gordon
- 导师太牛而自己很水，是一种怎样的体验？
- 你想要的生信知识全在这—生信宝典
- NBT：实验vs分析，谁对结果影响大
- NC：16S序列预测培养基配方
- Cell：人与肠道菌群休戚与共的一生
- 35张图，看懂肠道和大脑的魔性关系
- 深度好文—我们的未来在哪里？
- 宏基因组领域杂志简介及最新影响因子
- 学术图表的基本配色方法
- 手把手带你重现菌群封面文章图表
- 79个超强微生物知识助你孕育超优宝宝
- 漫谈16S的前世今生
- 16S+功能预测发Sciences：尸体降解过程
- Nature：宏基因组关联分析(1) (2)
- Nature：肠道菌群如何划分肠型
- 一条命令绘制CNS配图-ggpubr
- 网络图在R中的实现-igraph
3000+
- NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究
- 一文读懂宏基因组分析套路
- 简单漂亮的在线生信绘图工具imageGP
- 一文读懂微生物组
- 进化树 一文读懂 Evolview基础 进阶 iTOL美化 进阶
- 自学生信-biostar handbook
培训会议、招聘广告
培训
会议
- 5月4-6日，北京，中国肠道大会 | 日程及嘉宾(4月16日更新)
- 5月18-19日，北京，第七届“数学、计算机与生命科学交叉研究” 青年学者论坛
- 5月24-26日，第12届中国R会议（北京）可视化专场
- 7月26-30日，第十四届全国菌根学术研讨会
- 10月15-26日，云南，包吃包住包机票的培训-高通量条形码培训班|截止5月31日
招聘
- 南科大翟继先组招聘，博士生8万+，博后34万+
- 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
- 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
- 中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化
- 德国马普育种所植物与微生物互作方向招收博士博后
- 诚招培训招生主管、招生助理、公众号编辑
广告
- 清华社《晓肚知肠：肠菌的小心思》荣获“2018年度中国好书”奖
- 五折预售：新书-R语言数据可视化之美|ggplot2作者推荐
- 宏基因组测序分析大促销！全包最低只需1700元！
- 微生物绝对定量or相对定量,你选对了吗
送书
- 5月21日【送书福利】66本包邮给您，Python从入门到大数据分析总有一本适合你
- 5月24日，66本图书包邮送:深度学习,Python,Linux,Docker等，还有购书“买100减50元” 双重福利来！
科研经验
- Nature：给博士研究生的四条箴言Four golden lessons，颜宁推荐
- 为什么我参加了那么多学术会议依旧一无所获？
- AI学习三步曲 1基本图形绘制 2模式图 3排版
- 如何优雅的提问
- 公众号搜索方法大全
- 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
- 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
- 生信编程模板 Perl Shell R
- 生物信息之程序学习
- 论文Figures，你不能不知道的秘密
- 图表色彩运用原理的全面解析
- 原始数据极速上传NCBI SRA教程
- Endnote X8云同步：有网随时读文献
- Excel绘图新高度-EasyCharts
- 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
- Windows10远程桌面Ubuntu
- 为何新刊物Microbiome影响因子这么高？主编Jacques Ravel教授来告诉你
软件流程
- Graphpad经典绘图工具初学
- GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件
- BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式
- Gephi轻松绘制超美网络图
- 在线浏览器，在线PS，在线AI，在线编程
- STAMP——微生物组间差异统计分析 简明教程 中文帮助文档
- 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
- Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
- Cytoscape的GIANT增强包分析网络图的Z、P-score
- Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
- FUNGuild：真菌功能注释
- 在线RaxML构建系统发育树
- MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
- Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
- psRobot：植物小RNA分析系统
- RepeatMasker：基因组重复序列注释
- 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka
- GraPhlAn：最美进化树或层级分类树学习笔记
- 一个细菌基因组完整分析脚本
软件基础必学系列
- Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网
- 玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南
- Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼
- 数据的质量控制软件——fastQC
- 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
扩增子分析
史上最完整扩增子教程
- 扩增子图表解读-理解文章思路
- 扩增子分析流程-把握分析细节
- 扩增子统计绘图-冲击高分文章
- QIIME2中文教程(2017.6)-把握分析趋势
- 16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
- PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍
- 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归
- 9个模块＋40余款软件＋老司机辣评 | 16S信息分析流程软件和数据库合集
- Nature Method ：Striped UniFrac算法分析微生物组大数据
QIIME 2最新教程中文(2018.11)
- QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程
- 1简介和安装Install
- 2插件工作流程概述Workflows
- 3老司机上路指南Experienced
- 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures
- 5粪菌移植分析练习FMT
- 6沙漠土壤分析Atacama soil
- 7差异丰度分析gneiss
- 8数据导入Importing
- 9数据导出Exporting
- 10元数据Metadata
- 11数据筛选Filtering
- 12训练特征分类器Training
- 13数据评估和质控Evaluating
- 14机器学习分类和回归预测Classifier
- 15进行纵向和成对样本比较Longitudinal
- 16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
- 17序列双端合并read-joining
- 18使用q2-vsearch聚类OTUs
易生信-扩增子教程
Webserver在线分析平台
- MicrobiomeAnalyst：可视化微生物组网页工具
- NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
- NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库
- METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
- SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
相关软件和数据库教程
- 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core
- 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档
- NAR：扩增子OTU聚类软件SeekDeep方法解读
- SourceTracker—微生物来源分析
- 如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图
- DADA2中文教程v1.8
- 微生物扩增子数据库大全
- NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库
宏基因组分析
教程系列
- 宏基因组分析教程
- 1简介-定义、方法和数据库
- 2扩增子-微生物群落多样性
- 3PICRUSt功能预测
- 4宏基因组物种组成和分箱
- 5宏基因组功能数据库与通路
- 6宏转录组流程和功能
- 7挖掘微生物组生物标记
- 4500元的微生物组培训资料
- 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
- GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
- 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
- 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下
- 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组
- Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架
有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- Nature Method：HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)
De novo
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
功能注释数据库
- KEGG在线数据库使用攻略
- NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
- EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
- antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测
- Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展
- WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具
分箱专题
- Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读
- NBT：宏基因组"读云"建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
- DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组
- 一文读懂宏基因组binning
统计分析及可视化
Linux与Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Perl
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
- 开启win10内置Linux子程序
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
R统计绘图
R语言基础系列：
- 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
- R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 数据可视化基本套路总结
- 你知道R中的赋值符号箭头
<-和等号=的区别吗？ - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
ggplot2绘图基础系列：
- ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
- ggplot2地理信息可视化 上 下
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
高级统计绘图：
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 热图绘制
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA
- circlize包绘制circos-plot
- R语言搭建炫酷的线上博客系统
- 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
- R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图
实验设计与技术
- 微生物组取样和DNA提取建议
- 微生物常见20种培养基配方
- 微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型
- 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
- 样品命名 注意事项 实例
- 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
- 海洋可培养微生物的鉴定与分类
- 怎么取粪便样品
- 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
- Microbiome: 室温存储样本方法比较
- NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长
- Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响
- Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法
基础知识
- 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
- Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
- Microbiome：微生物组名词定义
- 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性
- 16S测序，不知道OTU你就out了！
- 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
- 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
- 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
- Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
- PCoA距离算法大全
- 读懂PCA和PCoA
- LEfSe分析，你真的懂了么
- 宏基因组基础知识梳理
- 功能基因多样性研究概述
- 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
- 环境因子关联分析—CCA还是RDA
- P值背后那些事儿
- 轻松看懂机器学习十大常用算法
- 一文读懂随机森林在微生态中的应用
- 你想知道的ROC曲线
- 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
- 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq
- 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用
作者解读
作者解读专栏，由论文作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。
- Nat. Biotechnol.：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用
- 专家点评Science：中英合作揭示拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组
- Sciences：用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌！
- Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布
- Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌
- Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展
- Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？
- Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)
- Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关
- Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组
- Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康 孕期健康对孩子至关重要
- Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
- BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
- PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
- SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
- SCLS：水稻微生物组时间序列分析
- 中国科学：中科院遗传发育所揭示拟南芥二半萜对根系微生物组的调控机制
- 中国微生物组计划—农作物微生物组
- 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较
- EID：宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用
- GPB：农业生产活动对水体微生态的重要影响
- GPB：菊粉改善糖脂代谢紊乱作用的机制
- Current Biology: 微生物所白逢彦组段守富揭示酿酒酵母通过基因网络的逆向进化适应环境的新机制
文献精读
精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万
- Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄
- Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用
- 10篇Nature专题报导人类微生物组计划2(iHMP)成果及展望
- Nature：iHMP之“微生物组与炎症性肠病”
- Nat. Med.：iHMP之“微生物组与早产”
- Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”
- Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
- Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
- Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
- NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
- NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
- NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
- NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
- NRM：多年冻土的微生物组
- Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下
- NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性
- NC：蜜蜂肠道微生物的多样性
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象
- Microbiome：野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应
- NAR：MicrobiomeAnalyst——统计、可视化微生物组数据
- Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
- Nature综述：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用
- Nat. Ecol. Evol.：不想当化学家的物理学家不是好的生物学家
- NM：微生物组数据系统发育分析的方法
- NM：全球污水处理厂细菌群落揭秘！
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
- Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
- CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
- CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
- CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关
- 对菌群影响药效和毒性的全面总结
- ISME：病原菌介导植物根际有益微生物群落组装
- ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
- ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识
- FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪
- FM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力
- NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库
- TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁
- MER：1.8万字带你系统了解宏组学实验与分析
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
- Molecular Plant：微生物跨界平衡维持植物健康
科普视频-寓教于乐
- 一人一天发两篇Science，配视频揭秘：植物如何在与病菌的斗争中取胜？
- 肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络
- CCTV9让尸体说话-法医密档
- 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
- 走进科学：锄禾者新说
- NHK再造人类生命的神奇细胞
- NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用
- NHK生命大跃进
- BBC人体奥秘之细胞的暗战
- BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
- NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
- NGC子宫日记Womb
- 脱口秀《娶妻当娶女博士》续集《娶妻别娶女博士》北大生物女博士的自白，爆笑加泪点
- 地球5000年变化全景动画——看完叹了口气：整个世界安静了
- 东北大米为何如此好吃
- 人类的体温为何是37度
- 龙的简史
科普图文
原创
- 原来益生菌是这么搞定致病菌的
- CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇
- 从几十人小药厂走出的惊天抗癌神药
- 漱口水增加糖尿病，高血压风险
- NEJM | 益生菌LGG治疗肠胃炎无效，Immunity|LGG促进生骨
- Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎
- 口腔菌群让你心口一致——牙疼和心脏病都会犯
- 一些你可能忽略的护牙小技巧
- 过年了，少喝点酒，多喝点茶—绿茶不仅仅是你想的那么简单
漫画科普
- 你看的每一篇Nature论文，都是这样出炉的！
- Nature审了个稿，却卷进一桩诺贝尔奖的公案！
- 起源、进化、创造、探索——穿越138亿年的时间之旅
- 艾滋病交响诗
- 被传染艾滋
- 生命简史
- 梅毒狂想曲
- 气候创造历史
- 厌氧君和好氧君谁是明日之子
- 疯狂的消化之旅——消化系统简介
- 生物学家也要了解的物理
- 真菌其实是长歪了的动物
其它
- 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之刷牙篇
- 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之牙线篇
- Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
- Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重
- 在Cell、Science、Nature发表一篇论文究竟有多难？
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
旧文删除
综述泛读
- Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
- NRM：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
- NRM：真菌的多样性的高通量测序及鉴定
- NP: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
- Cell：代谢控制中的脑肠轴
- Cell：人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
- COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
- ARG：植物微生物组—系统见解与展望
- ARGHG：微生物组与人
- ARPB：微生物组学与植物病害微生物防治
- PNAS：组学重建真菌现有分类系统
- FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
- PC：解析宿主基因组和微生物的复杂互作
- Microbiome：植物内部微生物的相互作用
- mBio：微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
- TPS：植物相关微生物群在传统草药中的作用
- NM：微生物与海洋全球变化
- NRG：发表房刚组细菌表观组综述论文
- TM：宿主-细菌界面的MicroRNA：宿主防御或细菌攻击
- NRM： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度
- NRM：宏基因组时代的病毒分类
- 叶际微生物定殖模型研究进展
高分文章套路解读
- Nature：益生菌清除致病菌的机制 原来益生菌是这么搞定致病菌的
- Nature: 高通量细菌分离培养鉴定
- Nature：肠道细菌能够调节果蝇运动行为
- Nature：肠道内微生物合作方式的探究
- Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
- Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
- Nature：环境vs基因，谁对肠道菌群影响更大？
- Nature：人类肠道微生物组的肠型
- Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
- Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
- Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
- Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
- Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
- Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
- Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
- Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
- Nature：抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
- Nature: 生物多样性既会增加、也会降低生态系统稳定性
- Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
- Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
- Science：微生物群落的构建过程具有趋简性
- NBT：根际微生物组抗番茄枯萎病 PPT思路梳理
- NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
- NBT：超高速细菌基因组检索技术
- NBT：宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性
- NG：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
- NM:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
- Gut菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解
- Gut-口腔微生物可以预测直肠癌
- CHM：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解 看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪
- CHM：新生儿肠道微生物菌群研究
- CHM:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
- Nmeth: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- NC.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
- NC：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
- Nature Commun. | 假单胞和芽孢杆菌互作共存于寄主的机制，为生物防治提供新思路
- Nmicrobiol：植物根系分泌物影响菌群结构
- Nmicrobiol：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
- Nmicrobiol: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
- Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
- Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
- Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
- Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
- Microbiome：芝麻菜中肠杆菌科主导核心微生物组并贡献抗生素抗性组(简单套路16S+meta+培养组发高分文章)
- Microbiome: 植物杨树生态位和基因型对微生物的影响
- Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome：重新定义“卫生”概念
- Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
- Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
- Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
- Microbiome: 黄龙病破坏柑橘根部相关微生物菌群从根际到根面的富集过程
- Microbiome：在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
- GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- PNAS：水稻微生物组
- PNAS：病原菌在植物免疫下的转录组
- PNAS：根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
- PNAS：玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读
- PNAS：人工构建玉米极简微生物组
- PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿？
- ISME：宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
- ISME：基因组和转录组分析深海古菌Thermoprofundales
- PB: 发现一种固氮玉米
- PB：如何设计可预测植物表型的微生物组
- npjsba：用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎
- SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程
- BFS：不同真菌物种注释数据库对群落组成的影响
- CR：潘涛/骆观正合作团队揭示肠道菌群调控宿主RNA甲基化和基因表达新机制
- Cell重磅发布15万人体微生物基因组！超大规模宏基因组研究揭示数千计人体微生物新物种
- EL：重金属的污染可导致铁载体生产菌的增加
- PNAS：亚马逊雨林向农业的转变导致土壤细菌群落的生物均质化
- TM：宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学
SME科学故事
- 当它们在吃屎时，它们在吃什么？——童子屎居然延年益寿
- 致命病毒为何疯狂袭击人类？
- 马铃薯晚疫病：引发百万人死亡和逃难
- 看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！
- 考拉：你以为我想呆萌？幼年吃屎长大磕毒，差点就没活下来
- 盘尾丝虫病——河盲症
- 结核菌——抗药性的严峻形式
- 粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
- 水痘痊愈就能终生免疫？其实病毒仍潜伏在神经
- 噬菌体的前世今生
- 乙肝疫苗的故事，居然有人体实验
- 他发现了疟疾的元凶，开创了致病生物研究新时代
- 谁来养活中国人？他用小麦增产千亿斤让中国成为粮食大国
- 感染这种随处可见的“食脑虫”，你可能必死无疑
- 机洗内裤容易得暗病？这个锅我们袜子不背！
- 西游记里河水让人怀孕的秘密：是寄生虫！
- 超级细菌事不关己？看完它才发现我们都在自己身体里养蛊
- 抠出来的鼻屎不要丢，隔壁家的小孩都馋哭了
- 谁说被吃是鸡的宿命？这只鸡长了个价值三个诺奖的肿瘤
- 3个月近30万上海人被感染，真相是潜伏已久的“吃祸”
- 大肠杆菌O157:H7——仅次于霍乱的致命腹泻，正跟着“吃草”潮流全球“开花”
- 科学养猪的真正奥义，培养拯救人类的医学英雄
- 三个学生开发的学术钓鱼软件，成功忽悠了整个学术圈
- 如果丧尸病毒真的爆发了……那一定会被人类虐到灭绝
- 欧洲人几乎杀光美洲土著，美洲葡萄几乎摧毁欧洲红酒
- 关于卖卵、代孕，黑中介绝对不会告诉你这些黑幕
态昌基因
热心肠先生说
- 想更易怀孕，生更多娃？男人去打猎，女人靠蛔虫？！
- 吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！
- 减肥难？别急，精准调控细菌的方法已横空出世！
- 想知道自己能不能长命百岁？窝个粑粑测个菌？
- 饮食、生物钟、肠道菌群的“三角恋”
资料下载专区
- SCI-HUB客户端（文献神器V4.0）——下载文献如此简单
- 微生物学（全美经典学习指导系列）中文版
- 255套绝美ppt模板！适用于总结汇报、形象宣传、授课培训、项目介绍、毕业答辩等
- 生化医学文章模式图素材
- 中文版美国国家综合癌症网络NCCN指南PPT
宏基因组软件评估
-
微生物生态精选30篇——本领域最早的中文干货
-
学习生信的系列教程——纯生信一作发IF>20的大神
-
生信媛公众号文章目录——美女就是受欢迎
后台关键字列表
- 征稿、招聘、转载、合作：https://mp.weixin.qq.com/s/-Sk-Zvlb0JCRNUQUyg8iuQ
- 培训、会议：https://mp.weixin.qq.com/s/5_7mkRE0giwSLebtNsYtJQ
- 目录、导航、索引：https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA
- 科普、视频：
- 科普长图：
人物
- 刘永鑫
- 葛德燕
- 焦硕
- 文涛
- 秦媛
- 周欣
- 陈亮
- 郑伟
- 吴季秋
- 谭玉龙
- 白洋
专题
- 水稻微生物组、时间序列
- 微生物组
- 植物微生物组
- Linux
- QIIME2
- R
- 功能预测、扩增子数据库
- Microbiome
- USEARCH
- 宏基因组
- 宏基因组有参
- 分箱
- 圈图
- NBT
- 一作解读
- 招聘
- 在线分析、云平台、在线流程
- 地理
测试数据和代码
- graphlan：测试数据和代码下载链接: https://github.com/YongxinLiu/Note/tree/master/WenTao/190303GraPhlAn
《生信宝典》联合《宏基因组》，在北京鼓楼将举办《扩增子分析》、《宏基因组》、《转录组》和《生物信息通识》等专题培训，想自己动手分析数据、提高文章图表B格的小伙伴，赶快访问报名网站报名吧！ www.ehbio.com/Training/
在线绘图网站，鼠标点击轻松绘制各种R语言高颜值矢量图 www.ehbio.com/ImageGP
-
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190301)
2019-03-01 08:29:31宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的科研成果和技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流...展开全文欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们！
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的科研成果和技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
本公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前己分享600+篇原创文章，有36000+小伙伴在这里一起交流学习，感兴趣的赶快关注吧。
征稿、转载、合作
欢迎同行投稿分享对本领域科研有帮助的经验、技术和科研思路，多帮助别人，自己也更容易获得帮助。
诚邀广大同行分享成果文章解读，即有利于交流和宣传，又提高文章的影响和引用，宣传平台很重要。
人才是团队发展最关键因素，欢迎本领域科研院所和高校的团队在本平台免费发布招聘广告。
欢迎对本平台文章转载和进一步合作感兴趣的朋友联系我们。
后台回复“合作”，获取投稿、转载、合作相关事宜的详细说明。
文章分类导航目录
注：所有蓝字均为文章链接，点击阅读原文
精选文章推荐
10000+
- 宏基因组分析教程
- 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
- Nature综述：Rob Knight手把手教你分析菌群数据(全文翻译1.8万字)
- Nature综述：微生物构成的氮循环网络
- Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少
- 再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！
- DNA提取也能发Nature？
- 学术论文图表基本规范大全
- Microbiome：中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建(张和平、魏泓、秦楠点评)
- 一片看懂肠道菌群在人体中的作用
- 岛国科普—生命大跃进
- 人体上的生命：看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来
- 3分和30分文章差距在哪里？
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 测序发展史，150年的风雨历程 (第二版)
5000+
- 你想要的生信知识全在这—生信宝典
- NB：实验vs分析，谁对结果影响大
- NC：16S序列预测培养基配方
- Cell：人与肠道菌群休戚与共的一生
- 35张图，看懂肠道和大脑的魔性关系
- 深度好文—我们的未来在哪里？
- 宏基因组领域杂志简介及最新影响因子
- 学术图表的基本配色方法
- 手把手带你重现菌群封面文章图表
- 79个超强微生物知识助你孕育超优宝宝
- 漫谈16S的前世今生
- 16S+功能预测发Sciences：尸体降解过程
- Nature：宏基因组关联分析
- Nature: 宏基因组关联分析-深入研究微生物组
- Nature：肠道菌群如何划分肠型
- 一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr
- Co-occurrence网络图在R中的实现
3000+
- NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究
- 一文读懂宏基因组分析套路
- 简单漂亮的在线生信绘图工具
- 一文读懂微生物组
- 生信9天速成班—成为团队不可或缺的人
- 进化树 一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化 iTOL进阶
- 自学生信-biostar handbook
培训、会议、招聘
- 3月22-24日，北京，宏基因组分析培训
- 4月12-14日，北京，扩增子分析和功能预测
- 生物信息3天速成班—成为团队不可或缺的人
- 诚招培训招生主管、招生助理、公众号编辑（后两者可兼职）
- 电子科大邹权组招聘博后、科研助理和访问学生（生物信息学方向）
- 中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
- 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
- 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
- 中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化
- 德国马普育种所植物与微生物互作方向招收3名博士1名博后
- 南方科技大学环境学院夏雨教授诚聘博士后一名（环境微生物方向）
- 16S扩增子绝对定量测序检测新模式创双赢！
- 微生太宏基因组和扩增子测序大促销！宏基因组最低600元，扩增子180！
科研经验
- AI学习三步曲 1基础入门和基本图形绘制 2模式图 3排版
- 如何优雅的提问
- 公众号搜索方法大全
- 如何第一时间了解研究领域最新动态?
- 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
- 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
- 生信编程模板 Perl Shell R
- 生物信息之程序学习
- 论文Figures，你不能不知道的秘密
- 图表色彩运用原理的全面解析
- 原始数据极速上传NCBI SRA教程
- Endnote X8云同步：有网随时读文献
- Excel绘图新高度-EasyCharts
- 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
- Windows10远程桌面Ubuntu
- R，Git和Github代码备份和版本管理 上 下
- 2018谷歌学术指数——综合、生物、生信、微生物领域高引文章和杂志
- Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及
- 适合做生物信息的笔记本推荐
- 求求你使用Tab键好吗
- 魏泓手把手教你利用无菌动物，提高国自然中标率！
软件和数据库
- Graphpad经典绘图工具初学
- GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件
- BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式
- Gephi轻松绘制超美网络图
- 在线浏览器，在线PS，在线AI，在线编程
- 微生物组间差异分析神器-STAMP简明教程 中文帮助文档
- 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
- Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
- Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
- FUNGuild：真菌功能注释
- 在线RaxML构建系统发育树
- MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
- Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
- psRobot：植物小RNA分析系统
- RepeatMasker：基因组重复序列注释
- 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka
软件基础必学系列
- Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网
- Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼
- 数据的质量控制软件——fastQC
- 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
资料下载专区
- SCI-HUB客户端（文献神器V4.0）——下载文献如此简单
- 微生物学（全美经典学习指导系列）中文版
- 255套绝美ppt模板！适用于总结汇报、形象宣传、授课培训、项目介绍、毕业答辩等
- 生化医学文章模式图素材
- 中文版美国国家综合癌症网络NCCN指南PPT
扩增子分析
史上最完整扩增子教程
- 扩增子图表解读-理解文章思路
- 扩增子分析流程-把握分析细节
- 扩增子统计绘图-冲击高分文章
- QIIME2中文教程(2017.6)-把握分析趋势
- 16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
- 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归
- 9个模块＋40余款软件＋老司机辣评 | 16S信息分析流程软件和数据库合集
- Nature Method ：Rob Knight发布Striped UniFrac算法轻松分析微生物组大数据
QIIME 2最新教程中文(2018.11)
- QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程
- 1简介和安装Install
- 2插件工作流程概述Workflows
- 3老司机上路指南Experienced
- 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures
- 5粪菌移植分析练习FMT
- 6沙漠土壤分析Atacama soil
- 7差异丰度分析gneiss
- 8数据导入Importing
- 9数据导出Exporting
- 10元数据Metadata
- 11数据筛选Filtering
- 12训练特征分类器Training
- 13数据评估和质控Evaluating
- 14机器学习分类和回归预测Classifier
- 15进行纵向和成对样本比较Longitudinal
- 16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
- 17序列双端合并read-joining
- 18使用q2-vsearch聚类OTUs
易生信-扩增子教程
Webserver在线分析平台
- MicrobiomeAnalyst：可视化微生物组网页工具
- NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
- NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库
- METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
- SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
相关软件和数据库教程
- 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core
- 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档
- 微生物扩增子数据库大全
- SourceTracker—微生物来源分析
- 如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图
- DADA2中文教程v1.8
宏基因组分析
教程系列
- 宏基因组分析教程
- 1简介-定义、方法和数据库
- 2扩增子-微生物群落多样性
- 3PICRUSt功能预测
- 4宏基因组物种组成和分箱
- 5宏基因组功能数据库与通路
- 6宏转录组流程和功能
- 7挖掘微生物组生物标记
- 4500元的微生物组培训资料
- 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
- GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
- 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
- 一文读懂宏基因组binning
- 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下
- 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组
- Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架
有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- Nature Method：HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)
De novo
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
功能注释数据库
分箱专题
- Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读
- NBT：宏基因组"读云"建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
- DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组
统计分析及可视化
- Krona绘制物种或功能组成圈图
- microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram
- MMinte：预测微生物群体内代谢物互作
- Nature Method：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率
Linux与Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Perl
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
- 开启win10内置Linux子程序
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
R统计绘图
R语言基础系列：
- 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
- R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 数据可视化基本套路总结
- 你知道R中的赋值符号箭头
<-和等号=的区别吗？ - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
ggplot2绘图基础系列：
- ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
- 创建属于自己的调色板
高级统计绘图：
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 热图绘制
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA
- circlize包绘制circos-plot
- R语言搭建炫酷的线上博客系统
- 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
实验设计与技术
- 微生物组取样和DNA提取建议
- 微生物常见20种培养基配方
- 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
- 样品命名 注意事项 实例
- 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
- 海洋可培养微生物的鉴定与分类
- 怎么取粪便样品
- 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
- Microbiome: 室温存储样本方法比较
- Nat. Biotechnol.：高通量测序16S及18S rRNA全长
- 两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法
- MiBioGen联盟倡议：综合分析人类基因组与菌群关系研究
- Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响
- Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法
- Ecol. Lett. | 生态学实验设计中“梯度实验”和“重复实验”的抉择
- 生态统计学里的数据转化与标准化
基础知识
- 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
- Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
- 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性
- 16S测序，不知道OTU你就out了！
- 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
- 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
- 计量宏基因组学数据分析的方法及进展
- 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
- Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
- PCoA距离算法大全
- 读懂PCA和PCoA
- LEfSe分析，你真的懂了么
- 宏基因组基础知识梳理
- 功能基因多样性研究概述
- 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
- 环境因子关联分析—CCA还是RDA
- P值背后那些事儿
- 轻松看懂机器学习十大常用算法
- 一文读懂随机森林在微生态中的应用
- 你想知道的ROC曲线
- 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
- 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq
- 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用
一作解读
一作解读专栏，由论文第一，或共同第一作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。
- Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展
- Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？
- Microbiome：中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建(张和平、魏泓、秦楠点评)
- Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关
- Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康 孕期健康对孩子至关重要
- Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
- BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
- PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
- SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
- SCLS：水稻微生物组时间序列分析
- 中国微生物组计划—农作物微生物组
- 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较
- Sciences：用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌！
- EID-2017-宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用
文献精读
精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万
- Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄
- Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
- Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
- NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
- NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
- NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
- NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
- NRM：多年冻土的微生物组
- Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象
- NAR：MicrobiomeAnalyst微生物组分析师——统计、可视化和元分析微生物组数据的网页工具
- Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
- 微生物组数据系统发育分析的方法
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
- Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
- Cell Host综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
- Cell子刊：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
- 对菌群影响药效和毒性的全面总结
- ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
- ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识
- FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪
- FM-2018-大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力
- 免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库
综述泛读
- Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
- Nat Rev Microbiol：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
- Nature综述——真菌的多样性：真菌的高通量测序及鉴定
- Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
- Cell：代谢控制中的脑肠轴
- Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
- COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
- Ann. Rev.：植物微生物组—系统见解与展望
- Ann. Rev.：微生物组与人
- 微生物组学与植物病害微生物防治
- 组学重建真菌现有分类系统
- FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
- Nature Microbiology: 微生物数据的系统发育分析方法
- Protein&Cell|解析宿主基因组和微生物的复杂互作
- Microbiome|植物内部微生物的相互作用
- 微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
- TPS：植物相关微生物群在传统草药中的作用
- Nature Microbiology：微生物与海洋全球变化
- Nat Rev Genet发表房刚组细菌表观组综述论文
- TM：宿主-细菌界面的MicroRNA：宿主防御或细菌攻击
- Nature综述： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度
高分文章套路解读
- Nature：益生菌清除致病菌的机制 科普：原来益生菌是这么搞定致病菌的
- Nature: 高通量细菌分离培养鉴定
- Nature：肠道细菌能够调节果蝇运动行为
- Nature：肠道内微生物合作方式的探究
- Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
- Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
- Nature：环境vs基因，谁对肠道菌群影响更大？
- Nature：人类肠道微生物组的肠型
- Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
- Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
- Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
- Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
- Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
- Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
- Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
- Nature综述：宏基因组时代的病毒分类
- Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
- Nature：抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
- NBT：根际微生物组抗番茄枯萎病 PPT思路梳理
- NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
- NBT：超高速细菌基因组检索技术
- NBT：宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性
- Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
- NM: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- NC.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
- NC：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
- NM：植物根系分泌物影响菌群结构
- NM：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
- CHM:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
- GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
- Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
- Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
- Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
- Microbiome: 植物生态位和基因型对微生物的影响
- Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome：重新定义“卫生”概念
- Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
- Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
- Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
- Microbiome: 黄龙病破坏柑橘根部相关微生物菌群从根际到根面的富集过程
- Microbiome：在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究
- Nat. Med.:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
- NM: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
- Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
- Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
- Science：微生物群落的构建过程具有趋简性
- Gut-2018-菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解
- Gut-口腔微生物可以预测直肠癌
- Cell子刊：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解 看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪
- CHM：新生儿肠道微生物菌群研究
- PNAS：水稻微生物组
- PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组
- PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
- PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读
- PNAS-2017-人工构建玉米极简微生物组
- PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿？
- ISME：宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
- ISME：基因组和转录组分析深海古菌Thermoprofundales
- PLOS Biology: 发现一种固氮玉米
- PBio-2018：如何设计可预测植物表型的微生物组
- npjsba-2018-用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎
- SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程
- 不同真菌物种注释数据库对群落组成的影响
- Cell Research丨潘涛/骆观正合作团队揭示肠道菌群调控宿主RNA甲基化和基因表达新机制
- PNAS | 菌群大战：“单打独斗之殇”与“分而治之之利”
- Cell重磅发布15万人体微生物基因组！超大规模宏基因组研究揭示数千计人体微生物新物种
- Ecology Letters：重金属的污染可导致铁载体生产菌的增加
- PNAS：亚马逊雨林向农业的转变导致土壤细菌群落的生物均质化
- TM：宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学
科普视频-寓教于乐
- 一席-赵立平-大树细菌
- 肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络
- CCTV9让尸体说话-法医密档
- 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
- 走进科学：锄禾者新说
- NHK再造人类生命的神奇细胞
- NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用
- NHK生命大跃进
- BBC人体奥秘之细胞的暗战
- BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
- NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
- NGC子宫日记Womb
- 脱口秀《娶妻当娶女博士》续集《娶妻别娶女博士》北大生物女博士的自白，爆笑加泪点
- 地球5000年变化全景动画——看完叹了口气：整个世界安静了
科普图文
原创
- 原来益生菌是这么搞定致病菌的
- CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇
- 从几十人小药厂走出的惊天抗癌神药
- 漱口水增加糖尿病，高血压风险
- NEJM | 益生菌LGG治疗肠胃炎无效，Immunity|LGG促进生骨
- Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎
- 口腔菌群让你心口一致——牙疼和心脏病都会犯
- 一些你可能忽略的护牙小技巧
- 过年了，少喝点酒，多喝点茶—绿茶不仅仅是你想的那么简单
SME科学故事
- 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
- 当它们在吃屎时，它们在吃什么？——童子屎居然延年益寿
- 致命病毒为何疯狂袭击人类？
- 马铃薯晚疫病：引发百万人死亡和逃难
- 看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！
- 考拉：你以为我想呆萌？幼年吃屎长大磕毒，差点就没活下来
- 盘尾丝虫病——河盲症
- 结核菌——抗药性的严峻形式
- 粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
- 水痘痊愈就能终生免疫？其实病毒仍潜伏在神经
- 噬菌体的前世今生
- 乙肝疫苗的故事，居然有人体实验
- 他发现了疟疾的元凶，开创了致病生物研究新时代
- 谁来养活中国人？他用小麦增产千亿斤让中国成为粮食大国
- 感染这种随处可见的“食脑虫”，你可能必死无疑
- 机洗内裤容易得暗病？这个锅我们袜子不背！
- 西游记里河水让人怀孕的秘密：是寄生虫！
- 超级细菌事不关己？看完它才发现我们都在自己身体里养蛊
- 抠出来的鼻屎不要丢，隔壁家的小孩都馋哭了
- 谁说被吃是鸡的宿命？这只鸡长了个价值三个诺奖的肿瘤
- 3个月近30万上海人被感染，真相是潜伏已久的“吃祸”
- 大肠杆菌O157:H7——仅次于霍乱的致命腹泻，正跟着“吃草”潮流全球“开花”
- 科学养猪的真正奥义，培养拯救人类的医学英雄
态昌基因
热心肠先生说
- 想更易怀孕，生更多娃？男人去打猎，女人靠蛔虫？！
- 吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！
- 减肥难？别急，精准调控细菌的方法已横空出世！
- 想知道自己能不能长命百岁？窝个粑粑测个菌？
- 饮食、生物钟、肠道菌群的“三角恋”
漫画科普
其它
- 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之刷牙篇
- 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之牙线篇
- Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
- Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重
- 高山仰止 | “利他主义者”乔治·普莱斯的一生
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
-
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1904)
2019-03-31 08:54:20文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读文献精读综述泛读高分文章套路解读科普...展开全文文章目录
欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们！宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强宏基因组学技术和成果交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前分享600+篇原创文章，38000+小伙伴在这里一起交流学习，欢迎投稿，感兴趣的赶快关注吧！
征稿、转载、合作
欢迎同行投稿分享您的科研成果、对本领域科研有帮助的经验、技术和科研思路，多帮助别人，自己也更容易获得帮助。
诚邀广大同行分享成果文章解读，即有利于交流和宣传，又提高文章的影响和引用，宣传平台很重要。
人才是团队发展最关键因素，欢迎本领域科研院所和高校的团队在本平台免费发布招聘广告。
欢迎对本平台文章转载和进一步合作感兴趣的朋友联系我们。
后台回复“合作”，获取投稿、转载、合作相关事宜的详细说明。
文章分类导航目录
注：所有蓝字均为文章链接，点击阅读原文
精选文章推荐
10000+
- 宏基因组分析教程
- 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
- Nature综述：手把手教你分析菌群数据
- Nature综述：微生物构成的氮循环网络
- Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少
- 再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！
- DNA提取也能发Nature？
- 学术论文图表基本规范大全
- Microbiome：鸡肠道宏基因集的构建(张和平、魏泓、秦楠点评)
- 一片看懂肠道菌群在人体中的作用
- 岛国科普—生命大跃进
- 人体上的生命：看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来
- 3分和30分文章差距在哪里？
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 测序发展史，150年的风雨历程 (第二版)
5000+
- 你想要的生信知识全在这—生信宝典
- NBT：实验vs分析，谁对结果影响大
- NC：16S序列预测培养基配方
- Cell：人与肠道菌群休戚与共的一生
- 35张图，看懂肠道和大脑的魔性关系
- 深度好文—我们的未来在哪里？
- 宏基因组领域杂志简介及最新影响因子
- 学术图表的基本配色方法
- 手把手带你重现菌群封面文章图表
- 79个超强微生物知识助你孕育超优宝宝
- 漫谈16S的前世今生
- 16S+功能预测发Sciences：尸体降解过程
- Nature：宏基因组关联分析(1) (2)
- Nature：肠道菌群如何划分肠型
- 一条命令绘制CNS配图-ggpubr
- 网络图在R中的实现-igraph
3000+
- NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究
- 一文读懂宏基因组分析套路
- 简单漂亮的在线生信绘图工具imageGP
- 一文读懂微生物组
- 进化树 一文读懂 Evolview基础 进阶 iTOL美化 进阶
- 自学生信-biostar handbook
培训会议、招聘广告
培训
- 4月12-14日，北京，16S扩增子分析培训第四期
- 4月19-21日，北京，GEO/TCGA专题课程 - 挖掘公共数据，发表自己文章
- 5月10-12日，北京，群体和单细胞转录组专题培训
- 6月21-23日，北京，宏基因组分析技术研讨会第四期
会议
招聘
- 诚招培训招生主管、招生助理、公众号编辑
- 电子科大邹权组生物信息学方向招聘博后、科研助理和访问学生
- 中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
- 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
- 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
- 中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化
- 德国马普育种所植物与微生物互作方向招收博士博后
- 南方科技大学夏雨组环境微生物方向诚聘博士后一名
广告
科研经验
- AI学习三步曲 1基本图形绘制 2模式图 3排版
- 如何优雅的提问
- 公众号搜索方法大全
- 如何第一时间了解研究领域最新动态?
- 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
- 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
- 生信编程模板 Perl Shell R
- 生物信息之程序学习
- 论文Figures，你不能不知道的秘密
- 图表色彩运用原理的全面解析
- 原始数据极速上传NCBI SRA教程
- Endnote X8云同步：有网随时读文献
- Excel绘图新高度-EasyCharts
- 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
- Windows10远程桌面Ubuntu
- R，Git和Github代码备份和版本管理 上 下
- 2018谷歌学术指数——综合、生物、生信、微生物领域高引文章和杂志
- Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及
- 适合做生物信息的笔记本推荐
- 求求你使用Tab键好吗
- 魏泓手把手教你利用无菌动物，提高国自然中标率！
- Ecol. Lett.：写给实践生态学家的β多样性分析指南
软件和数据库
- Graphpad经典绘图工具初学
- GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件
- BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式
- Gephi轻松绘制超美网络图
- 在线浏览器，在线PS，在线AI，在线编程
- STAMP——微生物组间差异统计分析 简明教程 中文帮助文档
- 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
- Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
- Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
- FUNGuild：真菌功能注释
- 在线RaxML构建系统发育树
- MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
- Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
- psRobot：植物小RNA分析系统
- RepeatMasker：基因组重复序列注释
- 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka
- GraPhlAn：最美进化树或层级分类树学习笔记
软件基础必学系列
- Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网
- Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼
- 数据的质量控制软件——fastQC
- 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
资料下载专区
- SCI-HUB客户端（文献神器V4.0）——下载文献如此简单
- 微生物学（全美经典学习指导系列）中文版
- 255套绝美ppt模板！适用于总结汇报、形象宣传、授课培训、项目介绍、毕业答辩等
- 生化医学文章模式图素材
- 中文版美国国家综合癌症网络NCCN指南PPT
扩增子分析
史上最完整扩增子教程
- 扩增子图表解读-理解文章思路
- 扩增子分析流程-把握分析细节
- 扩增子统计绘图-冲击高分文章
- QIIME2中文教程(2017.6)-把握分析趋势
- 16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
- 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归
- 9个模块＋40余款软件＋老司机辣评 | 16S信息分析流程软件和数据库合集
- Nature Method ：Striped UniFrac算法分析微生物组大数据
QIIME 2最新教程中文(2018.11)
- QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程
- 1简介和安装Install
- 2插件工作流程概述Workflows
- 3老司机上路指南Experienced
- 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures
- 5粪菌移植分析练习FMT
- 6沙漠土壤分析Atacama soil
- 7差异丰度分析gneiss
- 8数据导入Importing
- 9数据导出Exporting
- 10元数据Metadata
- 11数据筛选Filtering
- 12训练特征分类器Training
- 13数据评估和质控Evaluating
- 14机器学习分类和回归预测Classifier
- 15进行纵向和成对样本比较Longitudinal
- 16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
- 17序列双端合并read-joining
- 18使用q2-vsearch聚类OTUs
易生信-扩增子教程
Webserver在线分析平台
- MicrobiomeAnalyst：可视化微生物组网页工具
- NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
- NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库
- METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
- SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
相关软件和数据库教程
- 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core
- 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档
- SourceTracker—微生物来源分析
- 如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图
- DADA2中文教程v1.8
- 微生物扩增子数据库大全
- NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库
宏基因组分析
教程系列
- 宏基因组分析教程
- 1简介-定义、方法和数据库
- 2扩增子-微生物群落多样性
- 3PICRUSt功能预测
- 4宏基因组物种组成和分箱
- 5宏基因组功能数据库与通路
- 6宏转录组流程和功能
- 7挖掘微生物组生物标记
- 4500元的微生物组培训资料
- 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
- GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
- 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
- 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下
- 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组
- Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架
有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- Nature Method：HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)
De novo
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
功能注释数据库
分箱专题
- Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读
- NBT：宏基因组"读云"建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
- DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组
- 一文读懂宏基因组binning
统计分析及可视化
宏基因组软件评估
Linux与Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Perl
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
- 开启win10内置Linux子程序
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
R统计绘图
R语言基础系列：
- 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
- R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 数据可视化基本套路总结
- 你知道R中的赋值符号箭头
<-和等号=的区别吗？ - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
ggplot2绘图基础系列：
- ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
高级统计绘图：
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 热图绘制
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA
- circlize包绘制circos-plot
- R语言搭建炫酷的线上博客系统
- 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
- R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图
实验设计与技术
- 微生物组取样和DNA提取建议
- 微生物常见20种培养基配方
- 微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型
- 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
- 样品命名 注意事项 实例
- 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
- 海洋可培养微生物的鉴定与分类
- 怎么取粪便样品
- 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
- Microbiome: 室温存储样本方法比较
- NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长
- Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响
- Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法
基础知识
- 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
- Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
- Microbiome：微生物组名词定义
- 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性
- 16S测序，不知道OTU你就out了！
- 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
- 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
- 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
- Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
- PCoA距离算法大全
- 读懂PCA和PCoA
- LEfSe分析，你真的懂了么
- 宏基因组基础知识梳理
- 功能基因多样性研究概述
- 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
- 环境因子关联分析—CCA还是RDA
- P值背后那些事儿
- 轻松看懂机器学习十大常用算法
- 一文读懂随机森林在微生态中的应用
- 你想知道的ROC曲线
- 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
- 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq
- 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用
一作解读
一作解读专栏，由论文第一，或共同第一作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。
- Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布
- Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌
- Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展
- Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？
- Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)
- Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关
- Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康 孕期健康对孩子至关重要
- Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
- BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
- PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
- SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
- SCLS：水稻微生物组时间序列分析
- 中国微生物组计划—农作物微生物组
- 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较
- Sciences：用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌！
- EID-2017-宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用
文献精读
精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万
- Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄
- Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
- Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
- Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
- NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
- NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
- NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
- NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
- NRM：多年冻土的微生物组
- Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象
- NAR：MicrobiomeAnalyst——统计、可视化微生物组数据
- Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
- Nature综述：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用
- NM：微生物组数据系统发育分析的方法
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
- Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
- CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
- CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
- CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关
- 对菌群影响药效和毒性的全面总结
- ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
- ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识
- FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪
- FM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力
- NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库
- TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁
- MER：1.8万字带你系统了解宏组学实验与分析
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
综述泛读
- Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
- NRM：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
- NRM：真菌的多样性的高通量测序及鉴定
- NP: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
- Cell：代谢控制中的脑肠轴
- Cell：人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
- COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
- ARG：植物微生物组—系统见解与展望
- ARGHG：微生物组与人
- ARPB：微生物组学与植物病害微生物防治
- PNAS：组学重建真菌现有分类系统
- FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
- PC：解析宿主基因组和微生物的复杂互作
- Microbiome：植物内部微生物的相互作用
- mBio：微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
- TPS：植物相关微生物群在传统草药中的作用
- NM：微生物与海洋全球变化
- NRG：发表房刚组细菌表观组综述论文
- TM：宿主-细菌界面的MicroRNA：宿主防御或细菌攻击
- NRM： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度
- NRM：宏基因组时代的病毒分类
- 叶际微生物定殖模型研究进展
高分文章套路解读
- Nature：益生菌清除致病菌的机制 科普：原来益生菌是这么搞定致病菌的
- Nature: 高通量细菌分离培养鉴定
- Nature：肠道细菌能够调节果蝇运动行为
- Nature：肠道内微生物合作方式的探究
- Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
- Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
- Nature：环境vs基因，谁对肠道菌群影响更大？
- Nature：人类肠道微生物组的肠型
- Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
- Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
- Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
- Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
- Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
- Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
- Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
- Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
- Nature：抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
- Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
- Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
- Science：微生物群落的构建过程具有趋简性
- NBT：根际微生物组抗番茄枯萎病 PPT思路梳理
- NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
- NBT：超高速细菌基因组检索技术
- NBT：宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性
- NG：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
- NM:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
- Gut菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解
- Gut-口腔微生物可以预测直肠癌
- CHM：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解 看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪
- CHM：新生儿肠道微生物菌群研究
- CHM:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
- Nmeth: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- NC.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
- NC：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
- Nmicrobiol：植物根系分泌物影响菌群结构
- Nmicrobiol：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
- Nmicrobiol: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
- Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
- Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
- Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
- Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
- Microbiome：芝麻菜中肠杆菌科主导核心微生物组并贡献抗生素抗性组(简单套路16S+meta+培养组发高分文章)
- Microbiome: 植物生态位和基因型对微生物的影响
- Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome：重新定义“卫生”概念
- Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
- Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
- Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
- Microbiome: 黄龙病破坏柑橘根部相关微生物菌群从根际到根面的富集过程
- Microbiome：在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
- GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- PNAS：水稻微生物组
- PNAS：病原菌在植物免疫下的转录组
- PNAS：根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
- PNAS：玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读
- PNAS：人工构建玉米极简微生物组
- PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿？
- ISME：宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
- ISME：基因组和转录组分析深海古菌Thermoprofundales
- PB: 发现一种固氮玉米
- PB：如何设计可预测植物表型的微生物组
- npjsba：用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎
- SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程
- 不同真菌物种注释数据库对群落组成的影响
- CR：潘涛/骆观正合作团队揭示肠道菌群调控宿主RNA甲基化和基因表达新机制
- Cell重磅发布15万人体微生物基因组！超大规模宏基因组研究揭示数千计人体微生物新物种
- EL：重金属的污染可导致铁载体生产菌的增加
- PNAS：亚马逊雨林向农业的转变导致土壤细菌群落的生物均质化
- TM：宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学
科普视频-寓教于乐
- 一席-赵立平-大树细菌
- 肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络
- CCTV9让尸体说话-法医密档
- 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
- 走进科学：锄禾者新说
- NHK再造人类生命的神奇细胞
- NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用
- NHK生命大跃进
- BBC人体奥秘之细胞的暗战
- BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
- NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
- NGC子宫日记Womb
- 脱口秀《娶妻当娶女博士》续集《娶妻别娶女博士》北大生物女博士的自白，爆笑加泪点
- 地球5000年变化全景动画——看完叹了口气：整个世界安静了
- 东北大米为何如此好吃
- 人类的体温为何是37度
科普图文
原创
- 原来益生菌是这么搞定致病菌的
- CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇
- 从几十人小药厂走出的惊天抗癌神药
- 漱口水增加糖尿病，高血压风险
- NEJM | 益生菌LGG治疗肠胃炎无效，Immunity|LGG促进生骨
- Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎
- 口腔菌群让你心口一致——牙疼和心脏病都会犯
- 一些你可能忽略的护牙小技巧
- 过年了，少喝点酒，多喝点茶—绿茶不仅仅是你想的那么简单
SME科学故事
- 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
- 当它们在吃屎时，它们在吃什么？——童子屎居然延年益寿
- 致命病毒为何疯狂袭击人类？
- 马铃薯晚疫病：引发百万人死亡和逃难
- 看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！
- 考拉：你以为我想呆萌？幼年吃屎长大磕毒，差点就没活下来
- 盘尾丝虫病——河盲症
- 结核菌——抗药性的严峻形式
- 粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
- 水痘痊愈就能终生免疫？其实病毒仍潜伏在神经
- 噬菌体的前世今生
- 乙肝疫苗的故事，居然有人体实验
- 他发现了疟疾的元凶，开创了致病生物研究新时代
- 谁来养活中国人？他用小麦增产千亿斤让中国成为粮食大国
- 感染这种随处可见的“食脑虫”，你可能必死无疑
- 机洗内裤容易得暗病？这个锅我们袜子不背！
- 西游记里河水让人怀孕的秘密：是寄生虫！
- 超级细菌事不关己？看完它才发现我们都在自己身体里养蛊
- 抠出来的鼻屎不要丢，隔壁家的小孩都馋哭了
- 谁说被吃是鸡的宿命？这只鸡长了个价值三个诺奖的肿瘤
- 3个月近30万上海人被感染，真相是潜伏已久的“吃祸”
- 大肠杆菌O157:H7——仅次于霍乱的致命腹泻，正跟着“吃草”潮流全球“开花”
- 科学养猪的真正奥义，培养拯救人类的医学英雄
态昌基因
热心肠先生说
- 想更易怀孕，生更多娃？男人去打猎，女人靠蛔虫？！
- 吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！
- 减肥难？别急，精准调控细菌的方法已横空出世！
- 想知道自己能不能长命百岁？窝个粑粑测个菌？
- 饮食、生物钟、肠道菌群的“三角恋”
漫画科普
其它
- 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之刷牙篇
- 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之牙线篇
- Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
- Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重
- 高山仰止 | “利他主义者”乔治·普莱斯的一生
- 战斗在生物信息学前沿的科学“游击战士”—— 纪念郝柏林院士
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
旧文删除
-
微生物生态精选30篇——本领域最早的中文干货
-
学习生信的系列教程——纯生信一作发IF>20的大神
-
生信媛公众号文章目录——美女就是受欢迎
后台关键字列表
- 征稿、招聘、转载、合作：https://mp.weixin.qq.com/s/-Sk-Zvlb0JCRNUQUyg8iuQ
- 培训、会议：https://mp.weixin.qq.com/s/5_7mkRE0giwSLebtNsYtJQ
- 目录、导航、索引：https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA
- 科普、视频：
- 科普长图：
人物
- 刘永鑫
- 葛德燕
- 焦硕
- 文涛
- 秦媛
- 周欣
- 陈亮
- 郑伟
- 吴季秋
- 谭玉龙
- 白洋
专题
- 水稻微生物组、时间序列
- 微生物组
- 植物微生物组
- Linux
- QIIME2
- R
- 功能预测、扩增子数据库
- Microbiome
- USEARCH
- 宏基因组
- 宏基因组有参
- 分箱
- 圈图
- NBT
- 一作解读
- 招聘
- 在线分析、云平台、在线流程
测试数据和代码
- graphlan：测试数据和代码下载链接: https://github.com/YongxinLiu/Note/tree/master/WenTao/190303GraPhlAn
《生信宝典》联合《宏基因组》，在北京鼓楼将举办《扩增子分析》、《宏基因组》、《转录组》和《生物信息通识》等专题培训，想自己动手分析数据、提高文章图表B格的小伙伴，赶快访问报名网站报名吧！ www.ehbio.com/Training/
在线绘图网站，鼠标点击轻松绘制各种R语言高颜值矢量图 www.ehbio.com/ImageGP
-
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1905)
2019-04-30 12:50:52文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读文献精读科普视频-寓教于乐科普图文写在后面... -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(181101)
2018-10-31 09:26:35文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面 ... -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190101)
2018-12-31 12:44:18文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读文献精读综述泛读高分文章套路解读科普... -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190201)
2019-01-31 15:08:39文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读文献精读综述泛读高分文章套路解读科普... -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(181001)
2018-09-30 09:28:34文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面 ... -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1909)
2019-08-31 10:25:27文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析宏基因组分析三代测序专题Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识作者解读文献精读科普视频-寓教于乐科普... -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1908)
2019-07-31 23:30:26文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识作者解读文献精读科普视频-寓教于乐科普图文写在后面... -
宏实现根据对象名创建对象
2006-07-13 14:47:001. 问题提出：C++ RTTI缺乏一些运行时信息，无法根据对象名直接创建对象。所以MFC为了实现序列化，从头构造了自己的RTTI信息，并定义了一整套宏。具体可以参考MFC源代中一下类和宏的实现：CRuntimeClass, CObject, ... -
Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼
2019-08-11 21:04:58文章目录宏基因组学物种分类工具评测日报摘要主要结果图1. 从宏基因组样本到物种组成图2. 评估分类表现的重要指标表1. 分类器评估指标汇总图3. 评估AUPR得分图4. 评估L2距离图5. 种水平分类比例图6. 在ATCC均匀样本... -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1910)
2019-10-07 11:12:35扩增子教程****Webserver在线分析平台****相关软件和数据库教程**宏基因组分析**软件评测和简介****教程系列****有参分析****无参De novo****功能注释数据库****分箱专题****统计分析及... -
word宏、宏编程以及VBA
2018-12-03 19:55:37整理自网络 word宏是什么呢？ 宏是一个批量处理程序命令，正确地运用它可以提高工作效率。微软的office软件允许用户自己编写，叫VBA的脚本来增加其灵活性，进一步扩充它...创建"按钮会打开visual basic编... -
使用宏定义对字符串进行处理#pragma
2017-11-24 20:23:28在宏定义的使用中有一个字符串化运算符即 “#”运算符，出现在宏定义之后的“#”运算符会把跟在其后得到参数转化为一个字符串，优势也称这种用法的“#”称之为字符串化 运算符。举例如下：#include #define PASTE(n... -
VxWorks BSP宏梳理
2013-05-09 17:59:22本文系统梳理了VxWorks BSP开发中涉及的宏，并结合关键编译链接流程阐述具体宏的要义。 -
微服务与宏服务
2020-04-19 13:55:10Uber 支付体验平台放弃了微服务，转而使用了宏服务，这一消息在网友中引起了热议。一向是微服务积极分子的 Uber 为什么突然改用宏服务了？以“简单”著称的微服务为什么又变得难以维护了呢？ 1 Uber 支付团队放弃... -
FreeRTOS（14）---FreeRTOS 任务创建分析
2018-10-11 19:17:19FreeRTOS 任务创建分析FreeRTOS 任务创建分析创建任务堆栈和任务TCB初始化任务TCB必要的字段初始化任务堆栈进入临界区当前任务数量增加1为第一次运行做必要的初始化更新当前正在运行的任务TCB指针将新创建的任务加入... -
EPLAN创建部件
2019-11-09 11:21:14下面通过创建新部件，对部件的结构和重要的功能进行讲解。在众多的部件属性中，我们重点介绍比较关键的20余个属性。 选择【工具】→【部件】→【管理】，进入部件管理对话框， 选择树标签，右击“电气工程... -
宏病毒的研究与实例分析01——基础篇
2019-03-10 19:45:02文章目录前言基础知识宏与宏病毒VB基础sub与functionVB基本函数对象宏病毒实例分析实例1oledump.py宏病毒的分析技巧自动执行隐秘执行调用外部例程和命令执行字符串隐写Chr（）函数Replace（）函数CallByname 函数... -
【UCOSIII】UCOSIII的事件标志组
2018-07-05 19:10:09UCOSIII事件标志组 前面讲述了UCOSIII的信号量、互斥信号量，它们都可以完成任务的同步。但是有时候一个任务可能需要和多个事件同步，这个时候就需要使用事件标志组。事件标志组与任务之间有两种同步机制： “或”... -
Excel-宏、VBA
2019-04-11 22:33:55文章目录1 什么是VBA2 宏2.1 打开Excel的开发工具功能2.2 初级宏2.3 使用相对引用2.4 制作工资条2.5 添加表单控件3 VBA3.1 VBA编码语法3.2 变量3.2.1 定义变量3.2.2 变量名的命名规则3.2.3 变量的赋值3.3 数据类型... -
创建进程
2011-07-11 14:10:52<!-- @page { margin: 2cm } P { margin-bottom: 0.21cm } --> Unix操作系统紧紧依赖进程创建来满足用户的需求...例如，只要用户输入一条命令，shell进程就创建一个新进程，新进程执行shell的另一个拷贝。传统的 -
KEIL软件使用方法，创建一个工程
2019-02-25 10:19:23Keil 提供了包括 C 编译器、宏汇编、连接器、库管理和一个功能强大的仿真调试器等在内的完整开发方案，通 过一个集成开发环境（uVision）将这些部份组合在一起。运行 Keil 软件需要 Pentium 或以 上的 CPU，16MB 或... -
纯新手DSP编程--5.15--代码创建
2012-05-17 11:14:53程，然后使用这些工程从属创建最终的工程。子工程通常首先编译，因为主工程依靠这些子工程。 1 创建工程从属（子工程） 有三种方法创建一个工程从属关系或子工程。 (1)、从工程视窗中拖拽。将子工程放入目标... -
ATL接口映射宏详解
2012-08-17 10:50:43ATL接口映射宏详解 -- lostall 序言： 这几天看了看ATL的接口映射宏，不知不觉看得比较深入了，突然就萌发了把它写出来的 想法。ATL中定义了很多接口映射宏，有几个还是比较重要的，虽然好象没有必要把它所 ... -
C语言程序中为什么要使用debug宏？
2014-04-18 18:09:56本文只是提供一种思路，一种个人经验，旨在用一种很粗俗也比较接地气的方式，提示菜鸟，为什么、以及怎样在C语言程序中引入debug宏，养成并保持良好习惯。
收藏数
24,482
精华内容
9,792