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数据库与应用上机实验6宏的创建与操作[参考].pdf
2020-11-22 15:26:08实验 6 宏的创建与操作 班 级 学 号 姓 名 实验日期 实验地点 成 绩 一实验目的 在 Access2010 中熟练掌握如下操作 1. 创建独立宏嵌入宏子宏条件宏及这几种宏的组合应用 二 实验内容 1. 在学籍管理数据库中创建一个... -
ida-climacros:在 IDA 的 CLI 中创建和使用宏-源码
2021-05-30 06:00:40它带有一组预定的宏： 要创建或编辑新宏，只需从“快速插件视图”窗口 (Ctrl-3) 调用宏编辑器。 静态宏 静态宏在 CLI 中按原样被替换。 例如下面的宏： 执行时输出以下内容： 动态宏 可以定义动态宏，这些宏作为... -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1907)
2019-06-30 07:04:11文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识作者解读文献精读科普视频-寓教于乐科普图文写在后面...展开全文文章目录
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- 宏基因组基础知识梳理
- 功能基因多样性研究概述
- 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
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- P值背后那些事儿
- 轻松看懂机器学习十大常用算法
- 一文读懂随机森林在微生态中的应用
- 你想知道的ROC曲线
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作者解读
作者解读专栏，由论文作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。
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文献精读
精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万
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- Nat. Med.：iHMP之“微生物组与早产”
- Nat. Med. ：婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态
- Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”
- Nature：人体菌群研究的25个里程碑
- Nature：首个肠道微生物对药物代谢影响的系统性研究
- Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
- Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
- Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
- NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
- NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
- NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
- NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
- NRM：多年冻土的微生物组
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- NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性
- NC：蜜蜂肠道微生物的多样性
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象
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- CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
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写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
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- Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康 孕期健康对孩子至关重要
- Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
- BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
- PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
- SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
- SCLS：水稻微生物组时间序列分析
- 中国科学：中科院遗传发育所揭示拟南芥二半萜对根系微生物组的调控机制
- 中国微生物组计划—农作物微生物组
- 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较
- EID：宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用
- GPB：农业生产活动对水体微生态的重要影响
- GPB：菊粉改善糖脂代谢紊乱作用的机制
- Current Biology: 微生物所白逢彦组段守富揭示酿酒酵母通过基因网络的逆向进化适应环境的新机制
文献精读
精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万
- Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄
- Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用
- 10篇Nature专题报导人类微生物组计划2(iHMP)成果及展望
- Nature：iHMP之“微生物组与炎症性肠病”
- Nat. Med.：iHMP之“微生物组与早产”
- Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”
- Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
- Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
- Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
- NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
- NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
- NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
- NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
- NRM：多年冻土的微生物组
- Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下
- NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性
- NC：蜜蜂肠道微生物的多样性
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象
- Microbiome：野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应
- NAR：MicrobiomeAnalyst——统计、可视化微生物组数据
- Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
- Nature综述：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用
- Nat. Ecol. Evol.：不想当化学家的物理学家不是好的生物学家
- NM：微生物组数据系统发育分析的方法
- NM：全球污水处理厂细菌群落揭秘！
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
- Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
- CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
- CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
- CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关
- 对菌群影响药效和毒性的全面总结
- ISME：病原菌介导植物根际有益微生物群落组装
- ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
- ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识
- FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪
- FM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力
- NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库
- TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁
- MER：1.8万字带你系统了解宏组学实验与分析
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
- Molecular Plant：微生物跨界平衡维持植物健康
科普视频-寓教于乐
- 一人一天发两篇Science，配视频揭秘：植物如何在与病菌的斗争中取胜？
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- Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重
- 在Cell、Science、Nature发表一篇论文究竟有多难？
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
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综述泛读
- Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
- NRM：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
- NRM：真菌的多样性的高通量测序及鉴定
- NP: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
- Cell：代谢控制中的脑肠轴
- Cell：人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
- COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
- ARG：植物微生物组—系统见解与展望
- ARGHG：微生物组与人
- ARPB：微生物组学与植物病害微生物防治
- PNAS：组学重建真菌现有分类系统
- FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
- PC：解析宿主基因组和微生物的复杂互作
- Microbiome：植物内部微生物的相互作用
- mBio：微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
- TPS：植物相关微生物群在传统草药中的作用
- NM：微生物与海洋全球变化
- NRG：发表房刚组细菌表观组综述论文
- TM：宿主-细菌界面的MicroRNA：宿主防御或细菌攻击
- NRM： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度
- NRM：宏基因组时代的病毒分类
- 叶际微生物定殖模型研究进展
高分文章套路解读
- Nature：益生菌清除致病菌的机制 原来益生菌是这么搞定致病菌的
- Nature: 高通量细菌分离培养鉴定
- Nature：肠道细菌能够调节果蝇运动行为
- Nature：肠道内微生物合作方式的探究
- Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
- Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
- Nature：环境vs基因，谁对肠道菌群影响更大？
- Nature：人类肠道微生物组的肠型
- Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
- Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
- Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
- Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
- Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
- Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
- Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
- Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
- Nature：抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
- Nature: 生物多样性既会增加、也会降低生态系统稳定性
- Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
- Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
- Science：微生物群落的构建过程具有趋简性
- NBT：根际微生物组抗番茄枯萎病 PPT思路梳理
- NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
- NBT：超高速细菌基因组检索技术
- NBT：宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性
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- Gut-口腔微生物可以预测直肠癌
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- SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程
- BFS：不同真菌物种注释数据库对群落组成的影响
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- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
功能注释数据库
分箱专题
- Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读
- NBT：宏基因组"读云"建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
- DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组
- 一文读懂宏基因组binning
统计分析及可视化
宏基因组软件评估
Linux与Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Perl
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
- 开启win10内置Linux子程序
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
R统计绘图
R语言基础系列：
- 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
- R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 数据可视化基本套路总结
- 你知道R中的赋值符号箭头
<-和等号=的区别吗？ - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
ggplot2绘图基础系列：
- ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
高级统计绘图：
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 热图绘制
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA
- circlize包绘制circos-plot
- R语言搭建炫酷的线上博客系统
- 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
- R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图
实验设计与技术
- 微生物组取样和DNA提取建议
- 微生物常见20种培养基配方
- 微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型
- 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
- 样品命名 注意事项 实例
- 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
- 海洋可培养微生物的鉴定与分类
- 怎么取粪便样品
- 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
- Microbiome: 室温存储样本方法比较
- NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长
- Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响
- Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法
基础知识
- 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
- Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
- Microbiome：微生物组名词定义
- 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性
- 16S测序，不知道OTU你就out了！
- 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
- 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
- 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
- Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
- PCoA距离算法大全
- 读懂PCA和PCoA
- LEfSe分析，你真的懂了么
- 宏基因组基础知识梳理
- 功能基因多样性研究概述
- 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
- 环境因子关联分析—CCA还是RDA
- P值背后那些事儿
- 轻松看懂机器学习十大常用算法
- 一文读懂随机森林在微生态中的应用
- 你想知道的ROC曲线
- 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
- 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq
- 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用
一作解读
一作解读专栏，由论文第一，或共同第一作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。
- Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布
- Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌
- Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展
- Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？
- Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)
- Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关
- Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康 孕期健康对孩子至关重要
- Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
- BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
- PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
- SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
- SCLS：水稻微生物组时间序列分析
- 中国微生物组计划—农作物微生物组
- 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较
- Sciences：用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌！
- EID-2017-宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用
文献精读
精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万
- Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄
- Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
- Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
- Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
- NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
- NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
- NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
- NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
- NRM：多年冻土的微生物组
- Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象
- NAR：MicrobiomeAnalyst——统计、可视化微生物组数据
- Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
- Nature综述：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用
- NM：微生物组数据系统发育分析的方法
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
- Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
- CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
- CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
- CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关
- 对菌群影响药效和毒性的全面总结
- ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
- ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识
- FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪
- FM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力
- NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库
- TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁
- MER：1.8万字带你系统了解宏组学实验与分析
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
综述泛读
- Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
- NRM：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
- NRM：真菌的多样性的高通量测序及鉴定
- NP: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
- Cell：代谢控制中的脑肠轴
- Cell：人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
- COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
- ARG：植物微生物组—系统见解与展望
- ARGHG：微生物组与人
- ARPB：微生物组学与植物病害微生物防治
- PNAS：组学重建真菌现有分类系统
- FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
- PC：解析宿主基因组和微生物的复杂互作
- Microbiome：植物内部微生物的相互作用
- mBio：微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
- TPS：植物相关微生物群在传统草药中的作用
- NM：微生物与海洋全球变化
- NRG：发表房刚组细菌表观组综述论文
- TM：宿主-细菌界面的MicroRNA：宿主防御或细菌攻击
- NRM： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度
- NRM：宏基因组时代的病毒分类
- 叶际微生物定殖模型研究进展
高分文章套路解读
- Nature：益生菌清除致病菌的机制 科普：原来益生菌是这么搞定致病菌的
- Nature: 高通量细菌分离培养鉴定
- Nature：肠道细菌能够调节果蝇运动行为
- Nature：肠道内微生物合作方式的探究
- Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
- Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
- Nature：环境vs基因，谁对肠道菌群影响更大？
- Nature：人类肠道微生物组的肠型
- Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
- Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
- Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
- Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
- Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
- Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
- Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
- Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
- Nature：抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
- Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
- Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
- Science：微生物群落的构建过程具有趋简性
- NBT：根际微生物组抗番茄枯萎病 PPT思路梳理
- NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
- NBT：超高速细菌基因组检索技术
- NBT：宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性
- NG：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
- NM:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
- Gut菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解
- Gut-口腔微生物可以预测直肠癌
- CHM：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解 看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪
- CHM：新生儿肠道微生物菌群研究
- CHM:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
- Nmeth: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- NC.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
- NC：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
- Nmicrobiol：植物根系分泌物影响菌群结构
- Nmicrobiol：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
- Nmicrobiol: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
- Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
- Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
- Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
- Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
- Microbiome：芝麻菜中肠杆菌科主导核心微生物组并贡献抗生素抗性组(简单套路16S+meta+培养组发高分文章)
- Microbiome: 植物生态位和基因型对微生物的影响
- Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome：重新定义“卫生”概念
- Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
- Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
- Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
- Microbiome: 黄龙病破坏柑橘根部相关微生物菌群从根际到根面的富集过程
- Microbiome：在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
- GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- PNAS：水稻微生物组
- PNAS：病原菌在植物免疫下的转录组
- PNAS：根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
- PNAS：玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读
- PNAS：人工构建玉米极简微生物组
- PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿？
- ISME：宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
- ISME：基因组和转录组分析深海古菌Thermoprofundales
- PB: 发现一种固氮玉米
- PB：如何设计可预测植物表型的微生物组
- npjsba：用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎
- SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程
- 不同真菌物种注释数据库对群落组成的影响
- CR：潘涛/骆观正合作团队揭示肠道菌群调控宿主RNA甲基化和基因表达新机制
- Cell重磅发布15万人体微生物基因组！超大规模宏基因组研究揭示数千计人体微生物新物种
- EL：重金属的污染可导致铁载体生产菌的增加
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- TM：宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学
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为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
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微生物生态精选30篇——本领域最早的中文干货
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人物
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- 葛德燕
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- 秦媛
- 周欣
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- 白洋
专题
- 水稻微生物组、时间序列
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- 宏基因组
- 宏基因组有参
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- 一作解读
- 招聘
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测试数据和代码
- graphlan：测试数据和代码下载链接: https://github.com/YongxinLiu/Note/tree/master/WenTao/190303GraPhlAn
《生信宝典》联合《宏基因组》，在北京鼓楼将举办《扩增子分析》、《宏基因组》、《转录组》和《生物信息通识》等专题培训，想自己动手分析数据、提高文章图表B格的小伙伴，赶快访问报名网站报名吧！ www.ehbio.com/Training/
在线绘图网站，鼠标点击轻松绘制各种R语言高颜值矢量图 www.ehbio.com/ImageGP
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你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1905)
2019-04-30 12:50:52文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读文献精读科普视频-寓教于乐科普图文写在后面...展开全文文章目录
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- 进化树 一文读懂 Evolview基础 进阶 iTOL美化 进阶
- 自学生信-biostar handbook
培训会议、招聘广告
培训
会议
- 5月4-6日，北京，中国肠道大会 | 日程及嘉宾(4月16日更新)
- 5月18-10日，北京，第七届“数学、计算机与生命科学交叉研究” 青年学者论坛
- 10月15-26日，云南，包吃包住包机票的培训-高通量条形码培训班|截止5月31日
招聘
- 诚招培训招生主管、招生助理、公众号编辑
- 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
- 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
- 中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化
- 德国马普育种所植物与微生物互作方向招收博士博后
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科研经验
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- 如何优雅的提问
- 公众号搜索方法大全
- 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
- 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
- 生信编程模板 Perl Shell R
- 生物信息之程序学习
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软件流程
- Graphpad经典绘图工具初学
- GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件
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- RepeatMasker：基因组重复序列注释
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QIIME 2最新教程中文(2018.11)
- QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程
- 1简介和安装Install
- 2插件工作流程概述Workflows
- 3老司机上路指南Experienced
- 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures
- 5粪菌移植分析练习FMT
- 6沙漠土壤分析Atacama soil
- 7差异丰度分析gneiss
- 8数据导入Importing
- 9数据导出Exporting
- 10元数据Metadata
- 11数据筛选Filtering
- 12训练特征分类器Training
- 13数据评估和质控Evaluating
- 14机器学习分类和回归预测Classifier
- 15进行纵向和成对样本比较Longitudinal
- 16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
- 17序列双端合并read-joining
- 18使用q2-vsearch聚类OTUs
易生信-扩增子教程
Webserver在线分析平台
- MicrobiomeAnalyst：可视化微生物组网页工具
- NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
- NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库
- METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
- SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
相关软件和数据库教程
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- DADA2中文教程v1.8
- 微生物扩增子数据库大全
- NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库
宏基因组分析
教程系列
- 宏基因组分析教程
- 1简介-定义、方法和数据库
- 2扩增子-微生物群落多样性
- 3PICRUSt功能预测
- 4宏基因组物种组成和分箱
- 5宏基因组功能数据库与通路
- 6宏转录组流程和功能
- 7挖掘微生物组生物标记
- 4500元的微生物组培训资料
- 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
- GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
- 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
- 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下
- 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组
- Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架
有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- Nature Method：HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)
De novo
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
功能注释数据库
- KEGG在线数据库使用攻略
- NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
- EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
- antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测
- Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展
- WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具
分箱专题
- Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读
- NBT：宏基因组"读云"建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
- DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组
- 一文读懂宏基因组binning
统计分析及可视化
Linux与Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Shell
- 生信人值得拥有的编程模板-Perl
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
- 开启win10内置Linux子程序
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
R统计绘图
R语言基础系列：
- 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
- R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 数据可视化基本套路总结
- 你知道R中的赋值符号箭头
<-和等号=的区别吗？ - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
ggplot2绘图基础系列：
- ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
高级统计绘图：
- 28个实用绘图包，总有几个适合你
- 热图绘制
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA
- circlize包绘制circos-plot
- R语言搭建炫酷的线上博客系统
- 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
- R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图
实验设计与技术
- 微生物组取样和DNA提取建议
- 微生物常见20种培养基配方
- 微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型
- 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
- 样品命名 注意事项 实例
- 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
- 海洋可培养微生物的鉴定与分类
- 怎么取粪便样品
- 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
- Microbiome: 室温存储样本方法比较
- NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长
- Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响
- Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法
基础知识
- 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
- Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
- Microbiome：微生物组名词定义
- 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性
- 16S测序，不知道OTU你就out了！
- 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
- 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
- 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
- Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
- PCoA距离算法大全
- 读懂PCA和PCoA
- LEfSe分析，你真的懂了么
- 宏基因组基础知识梳理
- 功能基因多样性研究概述
- 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
- 环境因子关联分析—CCA还是RDA
- P值背后那些事儿
- 轻松看懂机器学习十大常用算法
- 一文读懂随机森林在微生态中的应用
- 你想知道的ROC曲线
- 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
- 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq
- 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用
一作解读
一作解读专栏，由论文第一，或共同第一作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。
- Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布
- Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌
- Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展
- Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？
- Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)
- Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关
- Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组
- Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康 孕期健康对孩子至关重要
- Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
- BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
- PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
- SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
- SCLS：水稻微生物组时间序列分析
- 中国微生物组计划—农作物微生物组
- 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较
- Sciences：用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌！
- EID-2017-宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用
文献精读
精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万
- Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄
- Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用
- Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育
- Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
- Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
- NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
- NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
- NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
- NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
- NRM：多年冻土的微生物组
- Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下
- NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性
- PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
- PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象
- Microbiome：野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应
- NAR：MicrobiomeAnalyst——统计、可视化微生物组数据
- Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
- Nature综述：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用
- Nat. Ecol. Evol.：不想当化学家的物理学家不是好的生物学家
- NM：微生物组数据系统发育分析的方法
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
- Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
- CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
- CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
- CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关
- 对菌群影响药效和毒性的全面总结
- ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
- ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识
- FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪
- FM：大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力
- NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库
- TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁
- MER：1.8万字带你系统了解宏组学实验与分析
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
- Molecular Plant：微生物跨界平衡维持植物健康
科普视频-寓教于乐
- 一人一天发两篇Science，配视频揭秘：植物如何在与病菌的斗争中取胜？
- 一席-赵立平-大树细菌
- 肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络
- CCTV9让尸体说话-法医密档
- 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
- 走进科学：锄禾者新说
- NHK再造人类生命的神奇细胞
- NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用
- NHK生命大跃进
- BBC人体奥秘之细胞的暗战
- BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
- NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
- NGC子宫日记Womb
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- 人类的体温为何是37度
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科普图文
原创
- 原来益生菌是这么搞定致病菌的
- CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇
- 从几十人小药厂走出的惊天抗癌神药
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漫画科普
其它
- 哈佛牙学院博士后：教你口腔保健基本功之刷牙篇
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- Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
- Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重
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- 战斗在生物信息学前沿的科学“游击战士”—— 纪念郝柏林院士
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
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综述泛读
- Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
- NRM：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
- NRM：真菌的多样性的高通量测序及鉴定
- NP: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
- Cell：代谢控制中的脑肠轴
- Cell：人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
- COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
- ARG：植物微生物组—系统见解与展望
- ARGHG：微生物组与人
- ARPB：微生物组学与植物病害微生物防治
- PNAS：组学重建真菌现有分类系统
- FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
- PC：解析宿主基因组和微生物的复杂互作
- Microbiome：植物内部微生物的相互作用
- mBio：微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
- TPS：植物相关微生物群在传统草药中的作用
- NM：微生物与海洋全球变化
- NRG：发表房刚组细菌表观组综述论文
- TM：宿主-细菌界面的MicroRNA：宿主防御或细菌攻击
- NRM： 地球上细菌和古菌的生物膜丰度
- NRM：宏基因组时代的病毒分类
- 叶际微生物定殖模型研究进展
高分文章套路解读
- Nature：益生菌清除致病菌的机制 科普：原来益生菌是这么搞定致病菌的
- Nature: 高通量细菌分离培养鉴定
- Nature：肠道细菌能够调节果蝇运动行为
- Nature：肠道内微生物合作方式的探究
- Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
- Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
- Nature：环境vs基因，谁对肠道菌群影响更大？
- Nature：人类肠道微生物组的肠型
- Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
- Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
- Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
- Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
- Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
- Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
- Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
- Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
- Nature：抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
- Nature: 生物多样性既会增加、也会降低生态系统稳定性
- Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
- Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
- Science：微生物群落的构建过程具有趋简性
- NBT：根际微生物组抗番茄枯萎病 PPT思路梳理
- NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
- NBT：超高速细菌基因组检索技术
- NBT：宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性
- NG：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
- NM:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
- Gut菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解
- Gut-口腔微生物可以预测直肠癌
- CHM：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解 看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪
- CHM：新生儿肠道微生物菌群研究
- CHM:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
- Nmeth: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- NC.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
- NC：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
- Nmicrobiol：植物根系分泌物影响菌群结构
- Nmicrobiol：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
- Nmicrobiol: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
- Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
- Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
- Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
- Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
- Microbiome：芝麻菜中肠杆菌科主导核心微生物组并贡献抗生素抗性组(简单套路16S+meta+培养组发高分文章)
- Microbiome: 植物生态位和基因型对微生物的影响
- Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome：重新定义“卫生”概念
- Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
- Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
- Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
- Microbiome: 黄龙病破坏柑橘根部相关微生物菌群从根际到根面的富集过程
- Microbiome：在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究
- Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力
- GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- PNAS：水稻微生物组
- PNAS：病原菌在植物免疫下的转录组
- PNAS：根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
- PNAS：玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读
- PNAS：人工构建玉米极简微生物组
- PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿？
- ISME：宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
- ISME：基因组和转录组分析深海古菌Thermoprofundales
- PB: 发现一种固氮玉米
- PB：如何设计可预测植物表型的微生物组
- npjsba：用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎
- SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程
- 不同真菌物种注释数据库对群落组成的影响
- CR：潘涛/骆观正合作团队揭示肠道菌群调控宿主RNA甲基化和基因表达新机制
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- EL：重金属的污染可导致铁载体生产菌的增加
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- TM：宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学
SME科学故事
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热心肠先生说
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- 征稿、招聘、转载、合作：https://mp.weixin.qq.com/s/-Sk-Zvlb0JCRNUQUyg8iuQ
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- 科普长图：
人物
- 刘永鑫
- 葛德燕
- 焦硕
- 文涛
- 秦媛
- 周欣
- 陈亮
- 郑伟
- 吴季秋
- 谭玉龙
- 白洋
专题
- 水稻微生物组、时间序列
- 微生物组
- 植物微生物组
- Linux
- QIIME2
- R
- 功能预测、扩增子数据库
- Microbiome
- USEARCH
- 宏基因组
- 宏基因组有参
- 分箱
- 圈图
- NBT
- 一作解读
- 招聘
- 在线分析、云平台、在线流程
测试数据和代码
- graphlan：测试数据和代码下载链接: https://github.com/YongxinLiu/Note/tree/master/WenTao/190303GraPhlAn
《生信宝典》联合《宏基因组》，在北京鼓楼将举办《扩增子分析》、《宏基因组》、《转录组》和《生物信息通识》等专题培训，想自己动手分析数据、提高文章图表B格的小伙伴，赶快访问报名网站报名吧！ www.ehbio.com/Training/
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你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(181101)
2018-10-31 09:26:35文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在后面 ... -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190201)
2019-01-31 15:08:39文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读文献精读综述泛读高分文章套路解读科普... -
EPLAN快速创建部件、端子、宏
2021-01-26 16:44:54值集宏，对于值集宏，我的理解是，带有数值的集合的宏，比如我们可以创建一个三相电机运行的主电路，它们可以分为，保护器、接触器、热继电器、端子、电机等，每一个部件都有各自的部件值可以选择，那么把它们集合... -
CorelDRAW VBA - 创建和使用命令组
2018-01-20 01:25:18目的 本文介绍CorelDRAW VBA命令组的使用，命令组可以使得操作被记录，允许撤销(Undo)...创建命令组可以使你编写的宏程序看起来完全集成到应用程序中。 下面代码演示了命令组的基本使用方法： Dim sh As Shape ... -
C#中编程创建、调用Excel 宏
2008-12-02 17:12:00C#中编程创建、调用Excel 宏Wonsoft在面向Office应用开发中，有时需要在C#中执行 VBA 宏，甚至有时还需要在执行了 VBA 宏之后，获取返回值再进行相应的处理。文章收集了一些在 Excel 中处理宏的操作为实例，供参考。... -
宏基因组实战9. 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi'o
2017-11-21 09:22:15宏基因组分析理论教程 微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程 1背景知识-Shell入门与本地blast实战 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer 3组装拼接MEGAHIT和评估quast 4基因注释Prokka 5基于Kmer比较数据... -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1909)
2019-08-31 10:25:27文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析宏基因组分析三代测序专题Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识作者解读文献精读科普视频-寓教于乐科普... -
FreeRTOS事件组之事件组的创建（xEventGroupCreate()）
2017-05-12 09:08:36使用事件组的前提： ... 与互斥量、队列集等其他内核资源不同，想要使用事件组(xEventGroup)重点不在宏定义上是否配置为1,重点在组织程序以及程序编译的时候是否包括event_groups.c源代码以及event_groups.h头文件。 -
Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼
2019-08-11 21:04:58文章目录宏基因组学物种分类工具评测日报摘要主要结果图1. 从宏基因组样本到物种组成图2. 评估分类表现的重要指标表1. 分类器评估指标汇总图3. 评估AUPR得分图4. 评估L2距离图5. 种水平分类比例图6. 在ATCC均匀样本... -
有关Word创建英语练字模板的宏
2009-12-16 18:25:00宏代码如下==============================================================Sub Add4line() 注意录入的字体必须设置为"Times New Roman",字号为13.5号,并且每一行为一个段落 Dim i As Paragraph, MyLine As Shape... -
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1910)
2019-10-07 11:12:35扩增子教程****Webserver在线分析平台****相关软件和数据库教程**宏基因组分析**软件评测和简介****教程系列****有参分析****无参De novo****功能注释数据库****分箱专题****统计分析及... -
word宏、宏编程以及VBA
2018-12-03 19:55:37整理自网络 word宏是什么呢？ 宏是一个批量处理程序命令，正确地运用它可以提高工作效率。微软的office软件允许用户自己编写，叫VBA的脚本来增加其灵活性，进一步扩充它...创建"按钮会打开visual basic编... -
PICRUSt：预测宏基因组功能—16S扩增子分析锦上添花
2017-10-13 19:49:10PICRUSt就是让16S扩增子分析锦上添花的工具，可以基于OTU表预测宏基因组的功能基因组成。该软件2013年发表在Nature Biotechnology上，截止17年9月11日引用1098次，由Curtis Huttenhower团队开发。 -
创建桌面快捷方式放到启动与注册表启动方式
2012-02-24 11:09:16注册表启动： ...//开机启动 注册表方式 TRegistry *Reg=new TRegistry; Reg-> RootKey=HKEY_LOCAL_MACHINE; if(Reg-> OpenKey( "\\Software\\Microsoft\\Windows\\CurrentVersion\\Run",true)) { R -
如何创建组播应用程序(一)
2012-01-06 10:25:14本文试图成为学习TCP/IP网络组播技术的入门材料。...在文章的最后给出了一个简单的C语言套接字编程例子，说明如何创建组播应用程序。 一、导言 在网络中，主机间可以用三种不同的地址进行 -
Viral-genome-and-metagenomic-database:创建重叠群和基因组序列信息数据库-源码
2021-06-21 03:13:19该软件程序自动创建一个包含病毒基因组的数据库和微生物宏基因组表达序列数据来自各种公共生物数据库。 可以使用 SQL 查询查看数据库GUI 界面或直接在 Unix、linux 或 PC 内核上。 ##这个程序是如何运作的？## 该... -
PICRUSt2分析实战：16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组EC、通路、KO(200806更新)
2020-08-10 07:00:00PICRUSt2分析实战：16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组更新时间：2020年8月6日PICRUSt推出了近7年，引用4000余次。现推出PICRUSt2，再次霸气发表于顶级期刊N... -
宏定义详解
2017-08-29 15:32:09宏定义的黑魔法 - 宏菜鸟起飞手册 宏定义在C系开发中可以说占有举足轻重的作用。底层框架自不必说，为了编译优化和方便，以及跨平台能力，宏被大量使用，可以说底层开发离开define将寸步难行。而在更高层级进行... -
使用宏定义对字符串进行处理#pragma
2017-11-24 20:23:28在宏定义的使用中有一个字符串化运算符即 “#”运算符，出现在宏定义之后的“#”运算符会把跟在其后得到参数转化为一个字符串，优势也称这种用法的“#”称之为字符串化 运算符。举例如下：#include #define PASTE(n... -
Access宏学习总结
2017-03-20 18:00:13详细了解access中的宏 什么是宏 到底什么是宏呢？ 我们把那些能自动执行某种操作的命令统称为“宏”。 宏也是一种操作命令，它和菜单操作命令都是一样的，只是它们对数据库施加作用的时间有所不同，作用... -
C/C++ 宏定义
2013-07-16 11:24:37简单宏定义带参数的宏运算符运算符宏的通用属性宏定义中圆括号创建较长的宏 较长的宏中的逗号运算符宏定义中的do-while循环do 空操作的定义 预定义宏C语言中常用的宏 1. 简单宏定义 简单的宏定义有如下... -
FANUC机器人示教编程：宏指令功能介绍与使用方法
2020-07-18 17:12:44FANUC机器人支持记录150个宏指令，可以将现有的程序记录为宏指令，也可以单独创建宏程序，然后再将其记录为宏指令。 使用宏指令时可以按如下步骤进行： 1.创建一个程序作为宏程序，并对程序进行示教编程。 2.将所... -
宏定义的黑魔法 - 宏菜鸟起飞手册
2014-01-24 09:46:36宏定义的黑魔法 - 宏菜鸟起飞手册 Happy define :) 宏定义在C系开发中可以说占有举足轻重的作用。底层框架自不必说，为了编译优化和方便，以及跨平台能力，宏被大量使用，可以说底层开发离开define将...
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