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  • Dynamic networks reveal key ...网络的度:whole network connectivity (degree),节点度是指和该节点相关联的边的条数,又称关联度。特别地,对于有向图,节点的入度 是指进入该节点的边的条数;节点的出度是...

    Dynamic networks reveal key players in aging

    系统生物学中的网络分析

     

    网络的拓扑结构:topological properties,

    网络的度:whole network connectivity (degree),节点度是指和该节点相关联的边的条数,又称关联度。 特别地,对于有向图, 节点的入度 是指进入该节点的边的条数; 节点的出度是指从该节点出发的边的条数。



    intramodular connectivity:Intramodular connectivity measures how connected, or co-expressed, a given gene is with respect to the genes of a particular module. Thus, intramodular connectivity is also the connectivity in the subnetwork defined by the module. The intramodular connectivity may be interpreted as a measure of module membership.
    topological overlap:Topological overlap can serve as an important filter to counter the effects of spurious or missing connections between network nodes.
    clustering coefficient:a measure of the degree to which nodes in a graph tend to cluster together.
    density:The mean adjacency (connection strength) among all nodes in the network.

     

    An Introduction to Graph Theory and Network Analysis (with Python codes)

    Networks analysis bioinformatics

     

    阅读文章:

    Gene network interconnectedness and the generalized topological overlap measure

    Overview of network terminology

     

    转载于:https://www.cnblogs.com/leezx/p/9436883.html

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  • 1.网络层的功能 1.1异构网络互联 网络互联:是指将两个以上的计算机网络,通过一定的...路由选择:根据特定的路由选择协议造出路由表,根据从各相邻路由器所得到的挂标语整个网络拓扑结构变化,动态地改变所选择的路.

    1.网络层的功能

    1.1异构网络互联

    网络互联:是指将两个以上的计算机网络,通过一定的方法,用一种或多种通信处理设备(即中间设备)相互连接起来,以构成更大的网络系统。

    中间设备又称中间系统或中继系统,中继系统分为以下四种:

    • 物理层中继系统:中继器、集线器
    • 数据链路层中继系统:网桥或交换机
    • 网络层中继系统:路由器
    • 网络层以上的中继系统:网关

     1.2路由与转发

    路由器功能:

    • 路由选择:根据特定的路由选择协议造出路由表,根据从各相邻路由器所得到的挂标语整个网络拓扑结构变化,动态地改变所选择的路由。
    • 分组转发:处理通过路由器的数据流,关键操作是转发表查询、转发及相关的队列管理和任务调度。(根据转发表将用户ip数据包从何时的端口转发出去

     1.3拥塞控制

    1.概念:在通信子网中,因出现过量的分组而引起网络性能下降的现象称为拥塞

    2.结果:当分组到达路由器的速率接近R(最大值),平均时延急剧增加,并且会有大量分组将会被丢弃(路由器端口的缓冲区有限),整个网络的吞吐量会骤降,源于目的地之间的平均时延也会变得近乎无穷大。

    3.判断:

    如果网络的吞吐量随着网络负载增大而下降,那么网络肯已进入拥塞状态

    如网络的负载继续增大,而网络的吞吐量下降到零,那么网络进入死锁状态

    4.拥塞控制的方法:

    1. 开环控制:在设计网络时事先将有关发送拥塞控制的因素考虑周全,力求网络在工作中不产生阻塞。
    2. 闭环控制:采用监测网络系统瞿监视,及时检测哪里发送了故障,并及时调整。基于反馈环路的概念,是一种动态的方法
    • 拥塞控制与流量控制的区别:

    拥塞控制是确保子网能够承载所达到的流量,这是一个全局性的过程,设计各方面的行为:主机、路由器及路由器内部的转发过程等,单一的增加资源,并不能解决拥塞。

    流量控制往往是指在发送端和接收端之间的点对点通信量的控制。流量控制所要做的事抑制发送端发送数据的速率,以便接受端来得及接收。

    2.路由算法

    2.1静态路由和动态路由

    • 静态路由算法:(非自适应路由算法)由网络管理员手工配置的路由信息。工作难度和复杂程度高(优:简便、可靠)
    • 动态路由算法:(自适应路由算法)通过互相连接的路由器之间彼此交换信息,然后根据一定的算法优化出来,适应不断变化的网络,以随时获得最优的寻路效果

                            动态路由包括距离--向量路由算法  和链路状态路由算法

    2.2距离-向量路由算法 

    • 每条路径的目的地(另一个结点)
    • 路径的代价(也称距离)

    实质:迭代计算一条路由中的站端数或延迟时间,从而得到到达一个目标的最短(最小代价)的通路。RIP算法。采用“跳数”作为距离的度量

    缺点:容易遇到路由环路的问题

    2.3链路状态路由算法

     1.要求每个参与该算法的结点都具有完全的网络拓扑信息。OSPF

    1. 主动测试所有邻接结点的状态
    2. 定期地将链路状态传播给所有其他结点

     2.特征:

    • 向本自治系统值班费的所有路由器发送信息,泛洪法
    • 发送的信息是与路由器相邻的所有路由器的链路状态(表示费用、距离、时延、带宽等)
    • 只有当链路状态发送变化时,路由器才向所有路由器发送此消息

    3.优点:

    • 每个路由结点都使用同样的原始状态数据独立地计算路径,而不依赖中间结点的计算
    • 链路状态报文不加改变的传播,故采用该算法易于查找故障
    • 由于链路状态报文近运载来自单个结点关于直接链路的信息,其大小与网络中的路由结点数目无关,更好的规模延展性。 

    2.4层次路由 

    1. 内部网关协议(IGP):域内路由选择:RIP/OSPF
    2. 外部网关协议(EGP):域间路由选择  :BGP
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  • 答:网关(Gateway)又称网间连接器、协议转换器。网关在网络层以上实现网络互连,是复杂的网络互连设备,仅用于两个高层协议不同的网络互连。网关既可以用于广域网互连,也可以用于局域网互连。 网关是一种充当转换...

    什么是微服务中的网关

    1.1为什么要使用网关?

    答:网关(Gateway)又称网间连接器、协议转换器。网关在网络层以上实现网络互连,是复杂的网络互连设备,仅用于两个高层协议不同的网络互连。网关既可以用于广域网互连,也可以用于局域网互连。 网关是一种充当转换重任的计算机系统或设备。使用在不同的通信协议、数据格式或语言,甚至体系结构完全不同的两种系统之间,网关是一个翻译器。与网桥只是简单地传达信息不同,网关对收到的信息要重新打包,以适应目的系统的需求。同层--应用层。

    1.2网关解决了什么问题?

    答:

    1.统一入口:为全部微服务提供唯一入口点,网关起到外部和内部隔离,保障了后台服务的安全性

    2.鉴权校验:识别每个请求的权限,拒绝不符合要求的请求

    3.动态路由:动态的将请求路由到不同的后端集群中

    4.减少客户端与服务的耦合,服务可以独立发展,通过网关层来做映射。

    网关服务入门

    2.1 @EnableZuulProxy注解的作用是什么?

    答:@EnableZuulProxy注解的作用是开启zuul网关代理

    2.2添加网关服务后,访问服务的URL格式是什么?

    答:

    使用网关服务访问服务URL格式:

    http://网关服务地址:网关服务端口/访问的服务的名称/访问的服务中的接口的地址

    2.3创建一个Maven的jar工程。

    2.4修改POM文件,添加相关坐标。

    2.5修改POM文件,添加网关启动器。

    <dependencies>
        <dependency>
            <groupId>org.springframework.boot</groupId>
            <artifactId>spring-boot-starter-web</artifactId>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>org.springframework.cloud</groupId>
            <artifactId>spring-cloud-starter-netflix-eureka-client</artifactId>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>org.springframework.cloud</groupId>
            <artifactId>spring-cloud-starter-netflix-zuul</artifactId>
        </dependency>
    </dependencies>

    2.6修改配置文件,添加服务相关配置。

    spring.application.name=gl-zuul-gateway
    server.port=9020
    
    #设置服务注册中心地址,指向另一个注册中心
    eureka.client.service-url.defaultZone=http://admin:1234@192.168.41.242:5050/eureka/,http://admin:1234@192.168.41.242:5051/eureka/

    2.7创建启动类。开启网关代理。

    @SpringBootApplication
    @EnableZuulProxy  //开启zuul网关代理
    public class Application {
        public static void main(String[] args) {
            SpringApplication.run(Application.class, args);
     }
    }

    2.8测试通过网关请求服务。

    f2ad016a4f0ba159f3cf3c064251a43a.png

    采用URL指定路由方式

    3.1路由器中支持几种路由规则?

    答:路由器中支持4种路由规则

    3.2 URL指定路由是什么规则?

    答:URL指定路由规则是在配置文件中使用path给服务起个名称,使用url指定访问url,当使用zuul访问指定服务时,直接映射到指定服务,让指定服务处理请求。

    3.3通配符?表示的含义是什么?

    答:通配符?表示匹配任意单个字符

    3.4通配符*表示的含义是什么?

    答:通配符*表示匹配任意数量的字符,但是只能在指定地址后面使用一个“/”

    3.5通配符**表示的含义是什么?

    答:通配符**表示匹配任意数量的字符,可以在指定地址后面使用多个“/”

    3.6修改配置文件配置URL路由规则。

    spring.application.name=gl-zuul-gateway-route
    server.port=9021
    
    #设置服务注册中心地址,指向另一个注册中心
    eureka.client.service-url.defaultZone=http://admin:1234@192.168.41.242:5050/eureka/,http://admin:1234@192.168.41.242:5051/eureka/
    
    #路由指定:URL指定
    #URL匹配关键字,如果包含关键字就跳转到指定的url中
    zuul.routes.gl-ego-book-product-provider.path=/gl-ego-book-product-provider/**
    zuul.routes.gl-ego-book-product-provider.url=http://localhost:9001/
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  • 16.1.1 动态数据 634 16.1.2 静态数据 635 16.1.3 手动应用加密 638 16.1.4 Oracle钱夹 639 16.1.5 透明列级加密 641 16.1.6 透明表空间加密 644 16.2 加密不是访问控制 646 16.3 实现手动应用加密 647 ...
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  • 1、图模型的树形结构分类: a)动态贝叶斯网络(DBN):用于处理随时间变化的动态系统中的推断和...b)马尔科夫网络又称马尔科夫随机场。 马尔科夫网络下的条件随机场(CRF)广泛应用于自然语言处理中的序列标注、特

    1、图模型的树形结构分类:


    a)动态贝叶斯网络(DBN):用于处理随时间变化的动态系统中的推断和预测问题。

    其中因马尔科夫模型(HMM)在语音识别、汉语自动粉刺与词性标注和统计机器防疫等若干语音语言处理任务中得到了广泛应用。

    卡尔曼滤波器则在信号处理领域有广泛的用途。

    b)马尔科夫网络又称马尔科夫随机场。

    马尔科夫网络下的条件随机场(CRF)广泛应用于自然语言处理中的序列标注、特征选择、机器翻译等任务。

    玻尔兹曼机近年来被用于依存句法分析和语义角色标注等。

    2、从纵横两个维度诠释自然语言处理中概率图模型的演变过程:


    3、生成模型的介绍:



    4、判别模型的介绍:


    //2017/4/5

    1、构造贝叶斯网络是一项复杂的任务,涉及表示、推断和学习三个方面的问题。

    a)表示:在某一随机变量的集合x={X(1),L,X(n)}上给出其联合概率分布P。

    b)推荐:由于贝叶斯网络是变量及其关系的完整模型,因此可以回答关于变量的询问,如当观察到某些变量(证据变量)时,推断另一些变量子集的变化。

    另:在已知某些证据的情况下计算变量的后验分布的过程称作概率推理。

    常用的精确推理方法包括变量消除法和团树法。

    变量消除法的基本任务是计算条件概率。

    团树法使用更全局化的数据结构调度各种操作,以获得更加有益的计算代价。

    常用的近似推理算法有:重要性抽样方法、随机马尔科夫链蒙特卡罗模拟法、循环信念传播法和泛化信念传播法等。

    c)学习:参数学习的目的是决定变量之间的相互关联的量化关系,即依存强度估计。

    另:常用的参数学习方法包括最大似然估计法、最大后验概率法、期望最大化方法和贝叶斯估计方法,并且在贝叶斯模型中使用较多的是贝叶斯估计法。

    2、贝叶斯网络的特点及应用:


    3、马尔科夫模型:

    马尔科夫模型可以看做是一个转移弧上有概率的非确定的有限状态自动机:


    4、隐马尔科夫模型:

    可视马尔科夫模型:每个状态代表了一个可观察的事件,在某种程度上限制了模型的适应性。

    隐马尔科夫模型:不知道模型所经过的状态序列,只知道状态的概率函数,也就是说,观察到的事件是状态的随机函数,因此,该模型是一个双重的随机过程。其中,模型的状态转换过程是不可观察的,即隐蔽的,可观察事件的随机过程是隐蔽的状态转换过程的随机函数。

    5、隐马尔科夫模型应用典型事件:

    当考虑潜在事件随机地生成表面事件时,HMM是非常有用的。

    //2017/4/6

    1、

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