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如何用JAVA版的netcdf读取nc文件中的二维数据
2020-06-12 10:33:01我用上面的方法读取NC文件中的二维数据swh,但是这一行代码 Array data2D = varBean.read(origin, size); 报错  请教一下各位... -
MATLAB读取nc文件信息和作图的一些基础操作
2020-02-16 01:15:49先搞清楚怎么读数据,怎么处理三维二维一维数组和转换 sst= ncread(source1,'sst'); %温度,三维 time=ncread(source1,'time'); %时间,一维 sst2 =sst(6,17,:); %确定时间的两个维度 (经lat,纬lon,时间从始到终...先搞清楚怎么读数据,怎么处理三维二维一维数组和转换
sst= ncread(source1,'sst'); %温度,三维 time=ncread(source1,'time'); %时间,一维 sst2 =sst(6,17,:); %确定时间的两个维度 (经lon,纬lat,时间从始到终) sst2=sst2(:); %转换成一维,方便结合时间做出二维图像 %plot(time,sst2); %做出全部时间-温度二维图 plot(time(1:100),sst2(1:100)); %做出区间时间-温度二维图
画出地理范围温度图
note. 注意里面的for循环是把 -1e9的数据赋值为Nan 因为有的nc图sst值为空时的值是-1e9(忘了,反正就是可小)clc; clear; %输入文件 %%%%!boundary = input('输入绘图范围,格式:[起始经度 终止经度 起始纬度 终止纬度]\n'); boundary =[290 360 32 72]; %文件打开与数据载入 source1 = "C:\Users\Administrator\Desktop\ERsst.mnmean.nc"; %打开源文件 %%%%%!ncdisp(source1); %查阅NC文件信息!重要,先清楚包含的数据类型和范围 lon = ncread(source1,'lon'); %查阅经度信息 loncount = length(lon); %查阅经度的精度(有多少格点) lat = ncread(source1,'lat'); %查阅纬度信息 latcount = length(lat); %查阅纬度精度(有多少格点) time = ncread(source1,'time'); %查阅时间层数信息 ticount = length(time); %查阅时间层数 disp('时间层数为:') disp(ticount); %显示时间层数 t = input('输入绘制的时间层:'); %%%!varname = input('输入变量:','s'); %根据ncdisp显示的变量输入绘图 varname = 'sst'; %查找绘制范围对应的所在矩阵的位置,相当于截取一小段矩阵 lon_scope = find(lon >= boundary(1) & lon<=boundary(2)); lat_scope = find(lat >= boundary(3) & lat<=boundary(4)); %绘制范围的数据量 lon_number = length(lon_scope); lat_number = length(lat_scope); start = [lon_scope(1),lat_scope(1),1]; %初始位置 count = [lon_number,lat_number,ticount]; %读取范围 stride1 = [1,1,1]; %读取步长 sst1 = ncread(source1,varname ,start,count,stride1); sst_plot = imrotate(sst1(:,:,t), 90); %旋转矩阵,因为matlab是列优先 [r,c] = size(sst_plot) % 读取行r、列c for i = 1:r % 建立for循环嵌套 for k = 1:c if sst_plot(i,k)<-100 % 读取矩阵每个位置数据,先行后列 sst_plot(i,k)=NaN; end end end %墨卡托投影,规定绘制范围 m_proj('Mercator','lat',[boundary(3) boundary(4)],'lon',[boundary(1) boundary(2)]); %生成网格 lat_1=linspace(boundary(3),boundary(4),lat_number); lon_1=linspace(boundary(1),boundary(2),lon_number); [plon,plat]=meshgrid(lon_1,lat_1); hold on %绘制图形 m_pcolor(plon,plat,sst_plot) %添加我们要画的内容 m_coast('color',[0 0 0],'linewidth',2); %绘制海岸线,填充陆地 m_grid('box','fancy') %添加边框 hold on %添加标题 title('1988-SST','fontsize',15) %标题 %添加色标 h = colorbar('h'); set(get(h,'title'),'string','degC'); hold on
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visual数据结构结构怎么读取文件_从xarray走向netCDF处理(一):数据结构及数据读取...
2020-11-27 04:50:01想如今气象数据netCDF(.nc)为盛,用者甚多,初学者见之仰天长啸,倘若再由Python经手,netCDF4-python...说人话就是,经学前班大队长亲测利用Python中的xarray库处理nc数据非常方便。安装 xarray的安装依旧推荐使用...想如今气象数据netCDF(.nc)为盛,用者甚多,初学者见之仰天长啸,倘若再由Python经手,netCDF4-python,Iris,xarray,UV-CDAT选择众多,劳心伤神事小,逼出选择困难症事大。多番比对,选用xarray,解查安抚,化繁为简,最为称心。
说人话就是,经学前班大队长亲测利用Python中的xarray库处理nc数据非常方便。
安装
xarray的安装依旧推荐使用conda,还不会的小伙伴移步:一文教你解决Python所有安装配置
conda install xarray
在终端里输入如上命令,之后输入y,等待安装结束就好了。
数据结构
xarray有两大数据类型:DataArray、Dataset。
DataArray
一个带有标签的多维数组,它有如下几个重要的属性
values
获取数组的具体数值dims
获取维度的名字,如('x', 'y', 'z')
coords
获取一个类似于字典的结果,里面包含各个坐标attrs
获取原始数据的属性,比如变量的名字、单位等
Dataset
Dataset可以简单的理解为由多个DataArray组成的集合,它有如下几个重要的属性
dims
获取维度的名字,结果类似于字典,如{'x': 6, 'y': 6, 'time': 8}
data_vars
获取物理量的名字coords
获取一个类似于字典的结果,里面包含各个坐标attrs
获取原始数据的属性,比如变量的名字、单位等数据结构图示
数据类型的使用
读取数据:
xarray.open_dataset()读取Dataset类型数据,即能读取多个物理量。
xarray.open_dataarray()读取DataArray类型数据,即只能读取单个物理量。
如果nc文件中含有多个物理量,用open_dataarray()读取会报错,因此建议统一都用open_dataset()来读取文件。
提取物理量
从文件中读取数据
ds = xarray.open_dataset()
假如数据中含有一个名为var的物理量可以通过ds.var
或ds[var]
来获取实例
此处使用的是ERA-Interim中2018年的月数据,包含10米的径向风、纬向风和2米气温,在ECMWF注册过的都可以直接下载。下面代码部分建议大家横屏阅读。
>>>import xarray as xr# 由于数据包含了多个物理量(u10,v10,t2m),所以要用open_dataset来读取数据>>>ds = xr.open_dataset('EC-Interim_monthly_2018.nc')# ds的类型为Dataset,里面包含u10,v10,t2m三个物理量,每个物理量都有经度、纬度、时间三个坐标系>>>dsDimensions: (latitude: 241, longitude: 480, time: 12)Coordinates: * longitude (longitude) float32 0.0 0.75 1.5 2.25 .. 357.75 358.5 359.25 * latitude (latitude) float32 90.0 89.25 88.5 87.75 .. -88.5 -89.25 -90.0 * time (time) datetime64[ns] 2018-01-01 2018-02-01 .. 2018-12-01Data variables: u10 (time, latitude, longitude) float32 .. v10 (time, latitude, longitude) float32 .. t2m (time, latitude, longitude) float32 ..Attributes: Conventions: CF-1.6 history: 2019-03-28 02:03:39 GMT by grib_to_netcdf-2.12.0: grib_to_n...# 取出ds中名为t2m的物理量,可以看到它的维度,坐标系,以及t2m有单位和名字两个属性>>>ds['t2m']'t2m' (time: [13e88160 values with dtype=float32]Coordinates: * longitude (longitude) float32 0.0 0.75 1.5 2.25 ... 357.75 358.5 359.25 * latitude (latitude) float32 90.0 89.25 88.5 87.75 ... -88.5 -89.25 -90.0 * time (time) datetime64[ns] 2018-01-01 2018-02-01 ... 2018-12-01Attributes: units: K long_name: 2 metre temperatur
通过xarray可以清晰的了解nc数据中的维度、坐标、物理量以及各种属性等信息。清晰的数据结构是准确、高效地分析数据的基础
简单的可视化
了解完数据结构,再来看一看数据可视化的结果。xarray封装了matplotlib的部分绘图函数,一行代码就可以将数据画出来,不过作为一个负责的公众号,还是用cartopy顺带加载了地图。
import numpy as npimport xarray as xrimport cartopy.crs as ccrsimport cartopy.feature as cfeatfrom cartopy.mpl.gridliner import LONGITUDE_FORMATTER, LATITUDE_FORMATTERimport matplotlib.pyplot as plt# 数据读取及时间平均处理ds = xr.open_dataset('EC-Interim_monthly_2018.nc')temp = (ds['t2m'] - 273.15).mean(dim='time') #把温度转换为℃并对其时间纬求平均temp.attrs['units'] = 'deg C' #温度单位转换为℃# 创建画图空间proj = ccrs.PlateCarree() #创建投影fig = plt.figure(figsize=(9,6)) #创建页面ax = fig.subplots(1, 1, subplot_kw={'projection': proj}) #子图# 设置地图属性:加载国界、海岸线、河流、湖泊ax.add_feature(cfeat.BORDERS.with_scale('50m'), linewidth=0.8, zorder=1)ax.add_feature(cfeat.COASTLINE.with_scale('50m'), linewidth=0.6, zorder=1) ax.add_feature(cfeat.RIVERS.with_scale('50m'), zorder=1) ax.add_feature(cfeat.LAKES.with_scale('50m'), zorder=1) # 设置网格点属性gl = ax.gridlines(crs=ccrs.PlateCarree(), draw_labels=True, linewidth=1.2, color='k', alpha=0.5, linestyle='--')gl.xlabels_top = False #关闭顶端标签gl.ylabels_right = False #关闭右侧标签gl.xformatter = LONGITUDE_FORMATTER #x轴设为经度格式gl.yformatter = LATITUDE_FORMATTER #y轴设为纬度格式# 设置colorbarcbar_kwargs = { 'orientation': 'horizontal', 'label': '2m temperature (℃)', 'shrink': 0.8, 'ticks': np.arange(-30,30+5,5)}# 画图levels = np.arange(-30,30+1,1)temp.plot.contourf(ax=ax, levels=levels, cmap='Spectral_r', cbar_kwargs=cbar_kwargs, transform=ccrs.PlateCarree())fig.show()
后面还有一些与nc数据相关的操作和画图,感兴趣的伙计们赶快关注我们。
本文数据
https://apps.ecmwf.int/datasets/data/interim-full-moda/levtype=sfc/
往期回顾:
背向NCL,面向对象
气象数据的常用格式以及处理的工具
使用Python处理NetCDF格式文件
如何用python画图——带你入门matplotlib
如何用python画图--matplotlib实例与补充
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不知道数据文件格式,怎么读取Netcdf文件
2018-08-23 13:25:26之前写过怎么用JAVA读nc文件,https://blog.csdn.net/touziss/article/details/81908606 假如不知道文件格式,怎么先看一看,有哪些变量什么的呢? 我的nc文件700多M,word和notepad++都没办法打开,UltraEdit打开...之前写过怎么用JAVA读nc文件,https://blog.csdn.net/touziss/article/details/81908606
假如不知道文件格式,怎么先看一看,有哪些变量什么的呢?
我的nc文件700多M,word和notepad++都没办法打开,UltraEdit打开乱码,心烦意乱。
非常感谢一篇文章,真是专业人有专业的办法http://blog.163.com/jey_df/blog/static/18255016120121029471299/
超级感谢!
好了,接下来说那个特别好用的软件,Panoply
- 首先要求电脑配置了Java SE 8的运行环境。cmd输入命令java -version看一下,没有装的话装一下
正常
- 官网下载https://www.giss.nasa.gov/tools/panoply/download/
- 直接运行exe,打开文件就能看到,列出了文件里的变量名,并且在旁边有大概信息和记录条数和之前用java打开,输出的记录条数是一致的
这个软件真的是超级好用的了
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c fscanf 按行读取文件_教程合集 | MATLAB文件读写(以nc与txt为例)
2020-11-22 19:29:14以txt和nc文件做引子,欢迎各位拍砖~No.1基础通用知识读写文件时有一些由c语言衍生出来的读取数据的相关知识,它们大都是相通的。1.1 文件打开模式读取数据第一步!先打开一个数据文件。文件可以根据自己需要的不同...周一到!我们又和大家见面啦!最近几周的主题是,有了数据,那我们怎么读写数据文件呢?气象中的特殊资料又有哪些处理方法呢?以txt和nc文件做引子,欢迎各位拍砖~
No.1
基础通用知识
读写文件时有一些由c语言衍生出来的读取数据的相关知识,它们大都是相通的。
1.1 文件打开模式
读取数据第一步!先打开一个数据文件。文件可以根据自己需要的不同,通过单个或组合使用以下符号的方式,在代码中使用。
打开模式
执行操作
'r'
以只读方式打开文件(默认)
'w'
以写入的方式打开文件,会覆盖已存在的文件
'x'
如果文件已经存在,使用此模式打开将引发异常
'a'
以写入模式打开,如果文件存在,则在末尾追加写入
'b'
以二进制模式打开文件
't'
以文本模式打开(默认)
'+'
可读写模式(可添加到其他模式中使用)
'U'
通用换行符支持
例如,小明想以二进制的形式打开一个已存在的文件,在读入数据后,在文件中再持续写入数据,则查一查表中相对应的符号,他可以:
f = fopen('write_data.txt','ab+')
1.2 格式化文本
在将处理好的数据输出为其他格式的文件时,尤其要注意文件的写法。
要将数据转换为文本输出并控制其格式,可以将格式化操作符与常见的转换函数(如 num2str 、sprintf)结合使用。这些操作符可控制记数法、对齐方式、有效位数以及其他内容。其典型用途包括用于显示和输出文件的文本。
转换说明符:
占位符,它会被后面表达式(变量、常量、数字、字符串、加减乘除等各种形式)的值代替。
符 号
说 明
%c
格式化字符及其ASCII码
%s
格式化字符串
%d
格式化整数
%o
格式化无符号八进制数
%x
格式化无符号十六进制数
%X
格式化无符号十六进制数(大写)
%f
格式化定点数,可指定小数点后的精度
%e
用科学计数法格式化定点数
%E
作用同%e,用科学计数法格式化定点数
%g
根据值的大小决定使用%f或者%e
%G
作用同%g,根据值的大小决定使用%F或者%E
如果没有子类型字段,转换字符 %o、%x、%X 和 %u 会将输入数据按整数进行处理。要将输入数据按浮点值进行处理,并将它们转换为八进制、十进制或十六进制表示形式,请使用:
b
输入数据为双精度浮点值,而不是无符号整数。例如,要以十六进制格式输出双精度值,请使用类似 %bx 的格式。
t
输入数据为单精度浮点值,而不是无符号整数。
精度与字符宽度设置:
例如,在操作符%7.2f 中,7表示字段宽度,2表示精度。综合本部分前述内容,对圆周率pi进行格式转换:
txt = sprintf('%7.2f',pi)
得到结果:
标志
可选项,用于控制输出文本的其他格式:
字符
说明
示例
减号 (-)
在字段中左对齐转换后的参数。
%-5.2d
加号 (+)
对于数值,始终输出前导的符号字符(+ 或 -)。
对于文本值,在字段中右对齐转换后的参数。
%+5.2d
%+5s
空格
在值之前插入空格。
% 5.2f
零 (0)
用零而不是空格进行填充。
%05.2f
井号 (#)
改选定的数值转换:
· 对于 %o、%x 或 %X,将输出 0、0x 或 0X 前缀。
·对于 %f、%e 或 %E,即使精度为零也将输出小数点。
· 对于 %g 或 %G,不删除尾随零或小数点。
%#5.0f
除此之外,实际编程中还常用转义字符控制输出文件的格式:\n为换行符,\t为水平制表符,表示同一行中的间隔,与一般打字时使用的Tap键功能类似。
No.2
txt文件的读写
你可能用到的函数:fopen、fwrite、fread、fscanf、importdata、load、save、textread等。(csv、xls等文件的读取方式均有类似的特殊函数,可用搜索引擎或MATLAB官网文档查阅~)
读写方法一:
load('file.txt','r')save('filename.txt',a)%a为需储存的变量名
读写方法二:
fid = fopen('filename.txt')[A,COUNT]=fscanf(fid,format,size)
其中A用来存放读取的数据,COUNT返回所读取的数据元素个数,fid为文件句柄,format用来控制读取的数据格式,size为可选项,决定矩阵A中数据的排列形式,它可以取下列值:N(读取N个元素到一个列向量)、inf(读取整个文件)、[M,N](读数据到M×N的矩阵中,数据按列存放)
fprintf函数可以将数据按指定格式写入到文本文件中。其调用格式为:
fprintf(fid,format,A)fcolse(fid) %最后不要忘记关闭文件
读取方法三:
[A,B,C,…] = textread(filename,format,N)
括号中变量的个数必须和format中定义的个数相同。如果每N行相同格式的数据,可采用[A,B,C,…] = textread(filename,format,N)的语法,读取N次。
或
[C,position] = textscan(fid, 'format', N, 'param', value)
在扫描结束时返回文件或字符向量中的位置作为第二个输出参数。对于文件,该值等同于调用 textscan 后再运行 ftell(fileID) 所返回的值。对于字符向量,position 指示 textscan 读取了多少个字符
或
A = importdata(filename)
No.3
nc文件的读写
读入:
A=ncread('filename.nc','Name',[1 1 1 1],[X Y 1 1]);%[1 1 1 1]为起始位置,X、Y为读取终点位置。
写入:
在写入nc文件时,要尤其注意在自己定义各项变量名、变量属性后再给变量进行赋值操作:
例如论坛里小伙伴threetee给出的示例截取(原贴链接在后方):
varid2 = netcdf.defVar(ncid,'lat','double',[dimidx]);%定义新变量netcdf.putAtt(ncid,varid2,'long_name','Latitude');%设定变量属性netcdf.endDef(ncid);netcdf.putVar(ncid,varid2,lat);%给新变量赋值netcdf.close(ncid);
也可以用read_grib工具包进行读写,在这里就不过多展开了,感兴趣的小伙伴可以去气象家园里自行探索:
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=47599
其他关于nc文件读写的讨论如下:
NC文件读取教学(某一经纬度范围):(drx)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=89683
分享一个用MATLAB将数据写nc格式文件的程序:(threetee)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=28875
MATLAB批量读取nc文件,并进行数据处理,绘图:(吴东佑)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=52026
关于MATLAB读取nc数据并绘制风场:(zhangxk14)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=94405
nc数据全解读-3 数据处理:月数据变季度数据,年数据,数据标准化:(652554221)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=95001
用MATLAB读取和编写nc文件:(是兜兜啊)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=94319
nc文件与对应头文件的生成:(容与)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=37866
!!手把手教会!!读取nc文件变量到excel,再输出数据合成nc:(叮当卖卖猫)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=47365
No.4
关于读写文件的其他讨论
其他部分文件读写方法见下方链接内的论坛讨论:
微信不能添加外部超链接,请复制链接至浏览器食用!
关于用MATLAB一站式读取NetCDF, OPeNDAP, HDF5, GRIB, GRIB2, HDF4等等:
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=47599
MATLAB对于文本文件(txt)数据读取的技巧总结:
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=626
MATLAB读取grads数据的函数:(firenix)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=54519
MATLAB处理后的数据写为二进制用于GrADS画图——fwrite函数使用:(Aires)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=20308
MATLAB数据转grads格点数据函数:(斥鷃)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=12711
分享一个自己编的关于cmip5数据提取以及插值的程序:(lancerv8)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=53380
MATLAB读取卫星hdf数据步骤总结:(windprofiler)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=10454
MATLAB读取SA雷达基数据文件并进行显示:(又是那隻貓)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=14628
MATLAB自动读取micaps数据并存储为结构数组程序:(雪お轩漠)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=28016
MATLAB读取MICAPS数据源程序:(雪お轩漠)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=31259
读取MICAPS tlogp格式数据:(daveryjl)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=89801
分享一个读取.he5文件并画图的例子:(大物小子)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=95949
MATLAB读取AWX文件(TBB):(二爷名声在外)
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=51535
利用MATLAB提取图图片中的数据:
http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5784
参考资料:
[1]MATLAB官网字符串格式化部分:https://ww2.mathworks.cn/help/matlab/matlab_prog/formatting-strings.html
[2]小甲鱼教程:https://fishc.com.cn/
本期内容到此结束!意犹未尽?
欢迎到家园MATLAB板块,一起玩耍吧!
http://bbs.06climate.com/
排版:自古以来没头发
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