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  • conda卸载失败

    千次阅读 2019-09-10 09:56:17
    今天使用conda卸载软件失败,代码为000 后来在家目录里 把.condarc文件里的–default删除 一切恢复正常

    今天使用conda卸载软件失败,代码为000
    后来在家目录里
    把.condarc文件里的–default删除
    一切恢复正常

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  • conda是一个非常好的python包管理软件,但是它的Minicoda是一个非常好的生信软件包管理软件,更多conda介绍多google。 Miniconda简直就是生信人的福音,尤其是像我这种传统生物实验转生信的人。具体使用方法如下: ...

    conda是一个非常好的python包管理软件,但是它的Minicoda是一个非常好的生信软件包管理软件,更多conda介绍多google。

    Miniconda简直就是生信人的福音,尤其是像我这种传统生物实验转生信的人。具体使用方法如下:

    一、安装Miniconda

       1.1下载

          进入linux系统的目录下,从https://conda.io/miniconda.html下载Miniconda安装包。

                          下载命令:wget -c  https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

         然后在对应目录下看到 miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh文件

                      

         或者  :从https://conda.io/miniconda.html下载适用的Miniconda安装包,下载到自己window电脑上,然后用Winscp软件上传的到linux对应目录下,也一样。
      2.2 安装

          由于这是bash文件,所以用bash命令安装。

                     安装命令 :bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

         安装过程出现如下信息:

          

       中间有个步骤需要填 “”“yes”

          

     然后需要确认安装地址,我按了ENTER继续

          

    安装完毕后会问要不要配置环境变量,填“”yes“”。随后信息报出安装完毕。

        

    安装完毕后在目录下有新的目录 miniconda3

        

      最后source命令

                     命令:source   .bashrc 

      完毕后发现conda就可以用,输入conda命令,出现反馈信息,表明conda正式安装完毕:

        

    二、使用

        2.1 增加 channels

         此时仍不能使用conda安装软件生信软件,需要添加channels。

           添加bioconda频道 的命令:  conda config --add channels bioconda

           添加  r 语言频道的命令 : conda config --add channels r

         2.2 使用

          经过添加channels后,就可以安装生信软件了。先安装常用的 fastqc:

                     安装命令 : conda install fastqc

       conda自动寻找,结果如下:

      

    conda自动默认安装软件最新版本。询问要不要安装?这时候填 “”y“”,程序继续自动安装

    完毕后进入miniconda3目录下,发现有FastQC目录:

    说明安装成功

     

    三、其它命令

            查询库中软件的版本: conda search 软件名

            安装指定版本:conda install 软件名=版本号  (conda会卸载之前安装的版本,再重新安装)

            更新版本 :conda update 软件名

            卸载软件  :conda remove 软件名

            激活软件 : source activate 软件名  (把目录添加进环境变量)

            钝化软件: source deactivate  (从环境变量里面 删去 )

           查看添加的频道 :conda config --get channels

           

          

     

     

     

     

               

                    

     

    转载于:https://www.cnblogs.com/zdwu/p/8715806.html

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  • Python Conda 软件包升级

    2021-04-08 19:24:44
    conda: 以管理员身份启动Anaconda Prompt: 升级conda(升级Anaconda前需要先升级conda):conda update conda 升级anaconda:conda update anaconda 升级spyder:conda update spyder 更新所有包:conda update --all...

    conda:

    以管理员身份启动Anaconda Prompt:

    升级conda(升级Anaconda前需要先升级conda):conda update conda
    升级anaconda:conda update anaconda
    升级spyder:conda update spyder
    更新所有包:conda update --all
    安装包:conda install package
    更新包:conda update package

    查询某个conda指令使用-h后缀,如conda update -h

    pip:

    升级pip

    python -m pip install --upgrade pip

    pip升级包

    pip install --upgrade 要升级的包名

    pip --help

    Usage:
    pip[options]

    Commands:
    install 安装包.
    uninstall 卸载包.
    freeze 按着一定格式输出已安装包列表
    list 列出已安装包.
    show 显示包详细信息.
    search 搜索包,类似yum里的search.
    wheel Buildwheelsfromyourrequirements.
    zip 不推荐.Zipindividualpackages.
    unzip 不推荐.Unzipindividualpackages.
    bundle 不推荐.Createpybundles.
    help 当前帮助.

    pip list --outdate 查看可以升级的包

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  • Ubuntu18.06 + Conda 安装,软件包管理,环境管理命令总结

    一、什么是 conda ?

    conda 是开源包(packages)和虚拟环境(environment)的管理系统。

    1. packages 管理:可以使用 conda 来安装、更新 、卸载工具包 ,并且它更关注于数据科学相关的工具包。在安装 anaconda 时就预先集成了像 Numpy、Scipy、 pandas、Scikit-learn 这些在数据分析中常用的包。另外值得一提的是,Conda 是为 Python 程序创建的(所以 conda对python的版本非常敏感,尤其是base环境下的python版本,conda的启动依赖于base环境下的python版本,所以安装软件或者更新python版本,建议仅仅在env中进行操作),适用于 Linux,OS X 和Windows,也可以打包和分发其他软件。比如在新版的 Anaconda 中就可以安装R语言的集成开发环境 Rstudio

    2. environment管理:在conda中可以建立多个虚拟环境,用于隔离不同项目所需的不同版本的工具包,以防止版本上的冲突。对纠结于 Python 版本的同学们,我们也可以建立 Python2 和 Python3 两个环境,来分别运行不同版本的 Python 代码。

    3. 版本: conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本(包括numpy, sklearn, pandas等),miniconda则是精简版,需要啥装啥,所以推荐使用miniconda。

    二、minconda安装与管理

    1. miniconda版本选择

    miniconda官网:https://conda.io/miniconda.html

    1. 选择适合自己的版本,用wget命令下载
    wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    这个版本是适合于linux的,要看清楚噢。这里选择的是latest-Linux版本,所以下载的程序会随着python的版本更新而更新(现在下载的版本默认的python版本已经是3.8了)
    
    1. 安装
    chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行
    

    如果此时输入conda提示没有此命令的时候,可以通过执行

    source ~/.bashrc
    

    来更新系统索引。由于系统默认是打开base环境,如果想关闭自启动的base环境可以执行

    conda config --set auto_activate_base false
    

    注意,如果是第一次安装,则一路yes下来就可以。如果之前conda安装过软件,则一路yes下来是会有隐患。conda会污染你原来的环境,把你原来设置好的东西进行更改。所谓的会污染环境等等问题可能都是将大量的软件直接安装在conda的base环境中引起的,只要养成好的使用习惯,灵活使用conda create 命令将不同的软件安装到自己单独的虚拟环境中就可以了。把conda这条蟒蛇关进一个一个的笼子里,才能更好的为我们的科研服务~

    1. conda安装好后会多几个软件

    Anaconda Navigtor :用于管理工具包和环境的图形用户界面,后续涉及的众多管理命令也可以在 Navigator 中手工实现。
    Jupyter notebook :基于web的交互式计算环境,可以编辑易于人们阅读的文档,用于展示数据分析的过程。
    qtconsole :一个可执行 IPython 的仿终端图形界面程序,相比 Python Shell 界面,qtconsole 可以直接显示代码生成的图形,实现多行代码输入执行,以及内置许多有用的功能和函数。
    spyder :一个使用Python语言、跨平台的、科学运算集成开发环境。

    1. 添加channel

    这个道理跟家里的电视机是一样一样的,安装conda就相当于买了一台电视机,但是有电视了不意味着你就能看节目了,你要手动添加频道才能看你想看的电视节目。

    # 官方channel: 
    conda config --add channels bioconda
    conda config --add channels conda-forge
    # 清华镜像channels:
    # 默认只需要添加清华的channel就可以
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    # 查看已经添加的channels,下面2条命令均可以
    conda config --get channels
    vim ~/.condarc
    
    1. conda版本查看
    conda -V
    conda --version 
    
    1. conda更新
    conda update conda           #更新conda
    conda update anaconda        #更新anaconda
    conda update anaconda-navigator    #update最新版本的anaconda-navigator   
    

    三、packages 管理

    1. 查看已安装的包
    # 查看当前环境下已安装的包
    conda list
    # 查看某个指定环境(xxxxx)下已安装的包
    conda list -n xxxxx
    # 查找package信息,例如查找numpy包信息,会列numpy的所有版本
    conda search numpy
    
    1. 安装package
    conda install -n xxxxx numpy pandas
    

    安装多个包用空格隔开
    如果不用-n指定环境名称,则被安装在当前环境
    也可以通过-c指定通过某个channel安装

    1. 更新package
    conda update numpy           # 更新numpy(当前活跃的环境)  
    conda update -n xxxxx numpy  # 更新指定xxxxx环境下的numpy
    conda update python          # 假设当前环境是python3.4, conda会将python升级为3.4.x系列的最新版本
    
    1. 删除package
    conda remove numpy           # 删除numpy包(当前活跃的环境)
    conda remove -n xxxxx numpy  # 删除xxxxx环境下的包
    

    四、environment 管理

    1. 查看已创建的虚拟环境
    conda env list 
    conda info -e
    conda info --env
    
    1. 环境启动和关闭
    conda activate xxxx           #开启xxxx环境
    conda deactivate              #关闭环境
    
    1. 创建虚拟环境
    conda create -n env_name list_of_packages
    env_name是需要创建的环境名称,list_of_packages是在新环境中需要安装的工具包,有多个时用空格隔开创建一个名为的环境,指定Python版本是3.5(conda会自动寻找3.5.x中的最新版本)
    conda create -n xxxx python=3.5
    conda create --name xxxx python=3.5  
    
    1. 删除虚拟环境
    conda remove -n xxxx --all  #删除一个已有的环境
    
    1. 克隆虚拟环境
    conda create -n BBB --clone AAA   # 克隆环境,我想创建一个新环境BBB,完全克隆AAA的环境配置
    
    1. 环境重命名
    conda没有重命名的命令,所以可以先 clone 一个环境,然后删除原有的环境
    
    1. 环境导入与导出
    # 如果想要导出当前环境的包信息可以用
    conda env export > environment.yaml  # 将包信息存入yaml文件中.
    # 当需要重新创建一个相同的虚拟环境时可以用
    conda env create -f environment.yaml
    

    五、conda,anaconda,pip的关系

    • conda和anaconda的区别在于:anaconda是一套整体的软件包管理和环境管理系统,里面包含了虚拟环境,仓库,第三方软件等,而conda仅仅是其中的核心,位于anaconda/lib/conda,是一个执行命令的工具。广义上认为conda等价于anaconda。

    • conda与pip都是软件包管理工具,但是区别在于:
      在这里插入图片描述

    1. conda将下载的第三方软件包安装在anaconda/pkgs,而pip将软件安装在anaconda/bin/site-packdge
    2. pip是用来安装python包的,安装的是python wheel或者源代码的包。从源码安装的时候需要有编译器的支持,pip也不会去支持python语言之外的依赖项。
    3. conda是用来安装conda package,虽然大部分conda包是python的,但它支持了不少非python语言写的依赖项,比如mkl cuda这种c c++写的包。然后,conda安装的都是编译好的二进制包,不需要你自己编译。所以,pip有时候系统环境没有某个编译器可能会失败,conda不会。这导致了conda装东西的体积一般比较大,尤其是mkl这种,动不动几百兆甚至一G多。
    4. 然后,conda功能其实比pip更多。pip几乎就是个安装包的软件,conda是个环境管理的工具。conda自己可以用来创建环境,pip不能,需要依赖virtualenv之类的。意味着你能用conda安装python解释器,pip不行。这一点我觉得是conda很有优势的地方,用conda env可以很轻松地管理很多个版本的python,pip不行。
    5. 然后是一些可能不太容易察觉的地方。conda和pip对于环境依赖的处理不同,总体来讲,conda比pip更加严格,conda会检查当前环境下所有包之间的依赖关系,pip可能对之前安装的包就不管了。这样做的话,conda基本上安上了就能保证工作,pip有时候可能装上了也不work。不过我个人感觉这个影响不大,毕竟主流包的支持都挺不错的,很少遇到broken的情况。这个区别也导致了安装的时候conda算依赖项的时间比pip多很多,而且重新安装的包也会更多(会选择更新旧包的版本)。
    6. 最后,pip的包跟conda不完全重叠,有些包只能通过其中一个装。

    如有任何问题,欢迎留言。

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