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  • DCMTK:压缩DICOM文件

    2021-05-14 18:54:09
    DCMTK:压缩DICOM文件压缩DICOM文件 压缩DICOM文件 #include "dcmtk/config/osconfig.h" #include "dcmtk/dcmdata/dctk.h" #include "dcmtk/dcmdata/cmdlnarg.h" #include "dcmtk/ofstd/ofconapp.h" #include ...

    DCMTK:压缩DICOM文件

    压缩DICOM文件

    #include "dcmtk/config/osconfig.h"    
    #include "dcmtk/dcmdata/dctk.h"
    #include "dcmtk/dcmdata/cmdlnarg.h"
    #include "dcmtk/ofstd/ofconapp.h"
    #include "dcmtk/dcmdata/dcu
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  • GDCM:压缩DICOM影像文件的测试程序GDCM:压缩DICOM影像文件的测试程序 GDCM:压缩DICOM影像文件的测试程序 #include "gdcmImageReader.h" #include "gdcmImage.h" #include "gdcmWriter.h" #include "gdcmAttribute...

    GDCM:压缩DICOM影像文件的测试程序

    GDCM:压缩DICOM影像文件的测试程序

    #include "gdcmImageReader.h"
    #include "gdcmImage.h"
    #include "gdcmWriter.h"
    #include 
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  • DICOM文件压缩与离线存储平台研究
  • DCMTK:解压缩DICOM文件

    2021-05-14 21:03:38
    DCMTK:解压缩DICOM文件压缩DICOM文件压缩DICOM文件 #include "dcmtk/config/osconfig.h" #include "dcmtk/dcmdata/dctk.h" #include "dcmtk/dcmdata/cmdlnarg.h" #include "dcmtk/ofstd/ofconapp.h" #include...

    DCMTK:解压缩DICOM文件

    解压缩DICOM文件

    #include "dcmtk/config/osconfig.h"    
    #include "dcmtk/dcmdata/dctk.h"
    #include "dcmtk/dcmdata/cmdlnarg.h"
    #include "dcmtk/ofstd/ofconapp.h"
    #include "dcmtk/dcmdata/
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  • 有些DICOM文件光从文件名上是看不出它是否为压缩的。在我实际处理数据的过程中,发现有时候程序无法处理压缩DICOM图。 这里先介绍一下我要完成的一个小任务:我的目标是从压缩DICOM文件中提取感兴趣的像素,...

    DICOM是医疗领域一种常用的保存图片的格式。有些DICOM文件光从文件名上是看不出它是否为压缩的。在我实际处理数据的过程中,发现有时候程序无法处理压缩的DICOM图。

    这里先介绍一下我要完成的一个小任务:我的目标是从压缩的DICOM文件中提取感兴趣的像素,然后将这些提取的像素另存为非压缩的DICOM图片。具体示例如下:

    有一张非压缩的dicom图片(standard_dicom.dcm), 作为将提取的像素进行保存的模板。需要将压缩的dicom文件中的一些必要信息拷贝到该模板中,也即覆盖该模板中相应的信息。具体代码如下:


    # -*- coding: utf-8 -*-
    
    import pydicom
    import SimpleITK as sitk
    import numpy as np
    import os
    import cv2
    
    orig_dcm_root_path = './dcm_origin/'
    mask_path = './tif_mask/'
    new_dcm_path = './extracted_dcm/'
    
    for root, dirs, files in os.walk(mask_path):
        lines = files
    
    for line in lines:
        
        dcm = pydicom.dcmread('./standard_dicom.dcm') # 建立非压缩文件的标准
        
        # 读入某个mask
        mask = cv2.imread(mask_path+line.strip())//255 # 必须用'//', 否则数据类型变了后dcm图像出错
        
        #读入相应的原始DICOM文件
        orig_dcm = line.strip().split('.')[0] + '.dcm'
        image = sitk.ReadImage(orig_dcm_root_path+orig_dcm)
        image_array = sitk.GetArrayFromImage(image)
        np_array = np.int16(image_array)
        data = np.squeeze(np_array)
        
        # 将压缩文件的信息拷贝要前面的标准文件中
        dataset = pydicom.dcmread(orig_dcm_root_path+orig_dcm)
        dcm.data_element('SOPInstanceUID').value = dataset.data_element('SOPInstanceUID').value
        dcm.data_element('InstanceNumber').value = dataset.data_element('InstanceNumber').value
        dcm.data_element('Columns').value = dataset.data_element('Columns').value
        dcm.data_element('Rows').value = dataset.data_element('Rows').value
        dcm.data_element('SeriesInstanceUID').value = dataset.data_element('SeriesInstanceUID').value
        dcm.data_element('WindowCenter').value = dataset.data_element('WindowCenter').value  
        dcm.data_element('WindowWidth').value = dataset.data_element('WindowWidth').value   
        dcm.data_element('RescaleIntercept').value = dataset.data_element('RescaleIntercept').value 
        dcm.data_element('RescaleSlope').value = dataset.data_element('RescaleSlope').value 
        dcm.data_element('ImagePositionPatient').value = dataset.data_element('ImagePositionPatient').value #3D显示关键参数
        
        # 利用mask提取数据
        new_data = data.copy()*mask[:,:,0]
        dcm.PixelData = new_data.tobytes()
        dcm.Rows, dcm.Columns = new_data.shape
           
        #保存提取的像素到新的DICOM文件
        new_dcm_name = 'new_' + orig_dcm
        dcm.save_as(new_dcm_path+new_dcm_name)
    

    在程序中的mask是要提取的像素的区域,它是一张二值图像,尺寸和要提取的图像相同。

    这里的窗宽(WindowWidth)和窗位(WindowCenter)两个参数对于提取的像素的值很关键,否则新生成的dicom图的像素值与原始图的像素会有很大的不同。 而 'ImagePositionPatient' 这个参数对于三维显示是个关键的参数。

    因为,在这个任务中,我只关心提取的图像的像素,所以dicom中的其他信息对我而言并不需要。如果大家需要其他的信息,则可以按照上面的代码,将压缩的文件中的其他信息也拷贝进模板中。

    如果本文能帮到您,请点个赞。谢谢!

    本文参考资料如下:https://blog.csdn.net/weixin_42663215/article/details/90899819
      

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  • 压缩压缩dicom文件,待开发你看见你姐夫地方记录的减肥两地分居两地分居目录递看美剧老地方大浪明领导看嘛
  • 医学dicom图像文件

    2017-07-18 20:27:18
    这是几个dicom文件,其中大部分是没有压缩图片dicom文件,但是test2和test5是压缩图片的dicom文件压缩格式是:JPEG
  • DCMTK:使用RLE传输语法压缩DICOM文件使用RLE传输语法压缩DICOM文件 使用RLE传输语法压缩DICOM文件 #include "dcmtk/config/osconfig.h" #include "dcmtk/dcmdata/dctk.h" #include "dcmtk/dcmdata/cmdlnarg.h" #...
  • DICOM 压缩格式读取

    千次阅读 2018-04-22 23:25:04
    Howto: Accessing Compressed DataIf compressed DICOM images are loaded, DCMTK most of the time does the job of decompressing the image data itself, e.g. when the user feeds it into the DicomImage ...
  • Dicom文件的无损压缩

    千次阅读 2020-04-16 15:43:55
    在进行无损压缩的主题之前,先说一下什么是传输语义吧!毕竟是否进行压缩最直接的观察点就在传输语义;...Transfer Syntax is the language used in DICOM to describe the DICOM file format a...
  • 我使用DcmSnd工具在远程Dicom服务器上推送压缩的CT文件。问题是在使用DcmQr从同一服务器中检索未压缩文件时,我得到的所有文件都是以图像的形式出现的,它使我获得所有文件的失败状态。如何在远程dicom服务器上推...
  • DCMTK:使用JPEG-LS传输语法压缩DICOM文件使用JPEG-LS传输语法压缩DICOM文件 使用JPEG-LS传输语法压缩DICOM文件 #include "dcmtk/config/osconfig.h" #include "dcmtk/dcmdata/dctk.h" #include "dcmtk/dcmdata/...
  • DICOM测试文件

    2014-11-27 16:01:23
    DICOM 测试文档 包括显式/隐式/RLE压缩/JPG Lossless压缩/多帧/单帧/PalleteColor/Monochrome等各种DCM测试文件 都进行了分类 并且每张都配有详细的信息说明
  • 可以利用该工具对JPEG2000压缩DICOM文件进行解压缩,另外一个功能就是对一个文件夹内的不同序列DICOM文件按照序列进行分类,分类后文件目录结构为:病人--study-serial
  • 打开 DICOM zip文件

    2021-02-04 20:07:29
      小蚂蚁有一个功能,导入文件时支持DICOM zip文件,一般DICOM文件数量都比较多,大家相互拷贝的时候常常压缩成zip文件。小蚂蚁可以直接打开zip文件(读取里边所有的DICOM文件并显示)。小蚂蚁那么高的效率应该是...
  • DCM4CHE解压缩DICOM文件

    千次阅读 2020-02-05 15:03:51
    是针对未压缩dicom文件的显示处理,那对于压缩dicom文件该怎样处理呢? 本文就介绍带压缩协议的dicom文件处理。 一.查看dicom压缩协议 (也可以通过第三方dicom查看软件查看,tag:0020,0010) ...
  • DCM4CHE压缩DICOM文件

    2020-02-07 16:32:02
    影像设备拍摄的图像越来越大,越来越多,但医疗影像的存储成本是很高的(云存储就更不用说了),所以在存储的时候会先将医疗影像压缩,之后再存储,以节省存储成本,本文主要介绍dicom医疗影像的压缩。 一般来说dicom...
  • 安装好GDCM后,可以用gdcmconv命令对未压缩过的DICOM文件进行压缩,或者对压缩过的DICOM文件进行解压,可以用如下命令查看gdcmconv的使用方法: gdcmconv --help 或者
  • DCMTK:使用JPEG-LS传输语法解压缩DICOM文件使用JPEG-LS传输语法解压缩DICOM文件 使用JPEG-LS传输语法解压缩DICOM文件 #include "dcmtk/config/osconfig.h" #include "dcmtk/dcmdata/dctk.h" #include "dcmtk/...
  • DICOM文件.rar

    2021-06-02 20:34:29
    JPEG压缩DICOM文件格式;LittleEndian格式DICOM文件
  • 在处理dicom转jpg的时候,发现dcm文件分为压缩与非压缩两种类型,而对于dcm4che中给到的dcm转jpg都是对非压缩dcm的处理,而对于压缩的dcm文件需要先解压,再做图像转换。 1.查看dcm4che/dcm4che-tool工具类...
  • MATLAB读取dicom格式文件

    千次阅读 2018-08-13 13:17:53
    MATLAB读取dicom格式文件 %Image 为读取文件的名字 str='Image'; Image_dicom=dicomread(str); Image_dicom=double(Image_dicom); figure;imshow(Image_dicom, 'DisplayRange',[]); title('dicom图像');...
  • Dicom文件解析DLL

    2018-10-10 16:50:24
    资源为Dicom源码DLL,支持标准Dicom文件的解析,压缩处理的相关格式。
  • JPEG2000压缩DICOM文件的解压(一)

    千次阅读 2012-05-24 21:10:55
    JPEG2000压缩DICOM文件的解压(一)  这几天写了一个JPEG2000压缩DICOM解压的下程序  DICOM文件中如果标签如下:  0002,0010里的值为 1.2.840.10008.1.2.4.90 或 1.2.840.10008.1.2.4.91 则该文件是 jpeg ...
  • 项目中使用了DICOM文件保存图像,之前经常遇到DICOM内放置的是short类型或者float类型的二维图像,按照之前的代码处理JEPG压缩DICOM文件,当然会出现问题;从网上查到资料,是由于JEPG需要解码器; 把我处理的过程...
  • dicom文件tag详解

    万次阅读 多人点赞 2017-07-14 18:00:33
    dicom文件tag详解Dicom全称是医学数字图像与通讯,这里讲diocm格式文件的tag标记做详细解读。 dicom中文协议文档:http://download.csdn.net/download/wenzhi20102321/9897014dicom文件结构:dicom文件,整体结构...

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