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  • H5文件(官网) H5文件是层次数据格式第5代的版本(Hierarchical Data Format,HDF5。不与 HDF 版本 4 及早期版本兼容),它是用于存储科学数据的一种文件格式和库文件。它是由美国超级计算与应用中心研发的文件...
     
    

    H5文件是层次数据格式第5代的版本(Hierarchical Data Format,HDF5。不与 HDF 版本 4 及早期版本兼容),它是用于存储科学数据的一种文件格式和库文件。它是由美国超级计算与应用中心研发的文件格式,用以存储和组织大规模数据。目前由非营利组织HDF小组提供支持。

    H5将文件结构简化成两个主要的对象类型:

    1. 数据集( dataset ),就是同一类型数据的多维数组。
    2. 组( group ),是一种容器结构,可以包含数据集和其他组。可以类比于字典,有键(key,组成员的名称)和值(value,组成员对象本身(组或者数据集))。group中可以存放dataset或者其他的group。

    在Python中,主要使用h5py模块来操作相关格式。

    • h5py模块

    # h5py模块读、写hdf5文件
    # -*- coding: utf-8 -*-
    
    import h5py
    import numpy as np
    
    #HDF5的写入:
    imgData = np.zeros((2,4))
    f = h5py.File('HDF5_FILE.h5','w')   #创建一个h5文件,文件指针是f
    f['data'] = imgData                 #将数据写入文件的主键data下面
    f['labels'] = np.array([1,2,3,4,5])            #将数据写入文件的主键labels下面
    f.close()                           #关闭文件
    
    #HDF5的读取:
    f = h5py.File('HDF5_FILE.h5','r')   #打开h5文件
    # 可以查看所有的主键
    for key in f.keys():
        print(f[key].name)
        print(f[key].shape)
        print(f[key].value)
    

    .
    .
    .
    2019-02-27 19:50:00写于太阳花咖啡馆

    展开全文
  • python库——h5py读取h5文件

    万次阅读 多人点赞 2019-01-15 17:36:20
    h5py读取h5文件 h5文件像文件像,可以在组里新建子组,最后子组里新建dataset 现在我们来读取h5文件中的各级组名称和dataset #打开文件 f = h5py.File('E:\PICGUI\RBWO.h5','r') #遍历文件中的一级组 for ...

    h5py读取h5文件
    h5文件像文件夹一样,可以在组里新建子组,最后子组里新建dataset
    现在我们来读取h5文件中的各级组名称和dataset

    #打开文件
    f = h5py.File('E:\PICGUI\RBWO.h5','r')
    #遍历文件中的一级组
    for group in f.keys():
        print (group)
        #根据一级组名获得其下面的组
        group_read = f[group]
        #遍历该一级组下面的子组
        for subgroup in group_read.keys():
            print subgroup     
            #根据一级组和二级组名获取其下面的dataset          
            dset_read = f[group+'/'+subgroup]                           
            #遍历该子组下所有的dataset
            for dset in dset_read.keys():
                #获取dataset数据
                dset1 = f[group+'/'+subgroup+'/'+dset]
                print dset1.name
                data = np.array(dset1)
                print data.shape
                x = data[...,0]
                y = data[...,1]        
    
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  • h5py is a thin, pythonic wrapper around HDF5, which runs on Python 3 (3.6+). Websites Main website: https://www.h5py.org Source code: https://github.com/h5py/h5py Mailing list: ...
  • 今天小编就为大家分享一篇python中利用h5py模块读取h5文件中的主键方法,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看
  • 成功解决 File "h5py\h5t.pxd", line 14, in init h5py._conv (D:\Build\h5py\h5py-2.7.0\h5py\_conv.c:7539) 目录 解决问题 解决思路 解决方法 解决问题 File "h5py\h5t.pxd", line 14, in ...

    成功解决 File "h5py\h5t.pxd", line 14, in init h5py._conv (D:\Build\h5py\h5py-2.7.0\h5py\_conv.c:7539)

     

     

     

    目录

    解决问题

    解决思路

    解决方法


     

     

     

     

    解决问题

     File "h5py\h5t.pxd", line 14, in init h5py._conv (D:\Build\h5py\h5py-2.7.0\h5py\_conv.c:7539)
      File "h5py\numpy.pxd", line 66, in init h5py.h5t (D:\Build\h5py\h5py-2.7.0\h5py\h5t.c:22512)
    AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'dtype'

     

     

    解决思路

    属性错误:模块“numpy”没有属性“dtype”

     

     

     

     

     

    解决方法

    将h5py库函数文件进行替换,利用Anaconda代替原先python下载下来的库。

    哈哈,大功告成!

     

     

     

     

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  • python 【1】h5py模块读取*.h5文件

    千次阅读 2020-11-17 22:39:46
    本文只是简单读取示例,非函数详细讲解。 格式使用起来较简单,为键值对形式。 import h5py h5f = h5py.File("C:\\aaa.h5", "r") # 可以遍历所有keys ...以nyudepthv2中任意一个*.h5文件为例 import h5py

    本文只是简单读取示例,非函数详细讲解。

    格式使用起来较简单,为键值对形式。

    import h5py
    h5f = h5py.File("C:\\aaa.h5", "r")
    # 可以遍历所有keys
    list(h5f.keys())
    # 取值(假设存在‘keys1’,‘keys2’两个key用于示例)
    val1 = h5f['keys1']
    val2 = h5f['keys2']
    # 最后释放
    h5f.close()
    

    【sample】
    以nyudepthv2中任意一个*.h5文件为例

    import h5py
    h5f = h5py.File("C:\\00001.h5", "r")
    list(h5f.keys()) ==> ['depth', 'rgb']
    depth = h5f['depth']
    rgb   = h5f['rgb']
    h5f.close()
    
    展开全文
  • h5py文件使用

    千次阅读 2018-09-13 21:48:00
    转:https://blog.csdn.net/qq_34859482/article/details/80115237 h5py文件介绍、写入数据、读取数据、存储字符串和ASCII,详解上面博客
  • 今天小编就为大家分享一篇解决Python 使用h5py加载文件,不到keys()的问题,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看
  • 将图片保存为h5py文件

    千次阅读 2017-10-03 20:57:31
    将图片存为h5py文件直接代码比较清晰from scipy import misc X = misc.imresize(misc.imread('xx.jpg' % i), image_size) h = h5py.File('pic.h5') h.create_dataset("picture",data=X)该段代码第一句是导入scipy...
  • python 读取H5PY文件并保存为图像

    千次阅读 2019-12-31 16:17:53
    hr_dataset = h5py.File('fuzzy.h5')['data']//此文件下的data数据 label = h5py.File('fuzzy.h5')['lable']//此文件下的lable数据 lenght=len(hr_dataset)//获取数据的长度 for i in range(len(hr_datas...
  • Py之h5py:Python库之h5py库的简介、安装、使用方法详细攻略 目录 h5py的简介 Websites Installation Reporting bugs h5py的安装 h5py的使用方法 1、写入数据 2、读取数据 h5py的简介 ...
  • 近期在使用tensorflow2.0的keras模块,训练的模型权重保存格式是.h5(Hierarchical Data Format,HDF5),然后遇到了个bug,一直无法载入权重,总提示shape不匹配,然后就想下这个h5文件的内容。在网上了搜了各种...
  • 成功解决问题"h5py\h5r.pyx", line 145, in init h5py.h5r AttributeError: type object 'h5py.h5r.Reference' ha 目录 解决问题 解决方法 解决问题 File "f:\program files\python\python36\lib\...
  • Python 从 mat 文件读写 到 h5py 文件

    万次阅读 2015-07-27 20:47:53
    但,针对大文件(有网友睁着直径为8848米的小眼睛说的大小的分界点在2GB)以及存储版本在“matlab-v7.3”以上的文件就拙计了,这里分享一种刚刚学到处理方式,用h5py模块,详细介绍以及Python源码详见本文。...
  • h5py兼容
  • h5py

    2020-09-20 21:47:48
    h5py文件是存放两类对象的容器,数据集(dataset)和组(group),dataset类似数组类的数据集合,和numpy的数组差不多。group是像文件夹一样的容器,它好比python中的字典,有键(key)和值(value)。group中可以存放...
  • 读取图像,生成h5py文件 我编辑了一个保存生成h5py文件 from scipy import misc import imageio #content_image = imageio.imread import h5py import numpy as np f = h5py.File(“myh5py.h5”,“w”) #创建h5py...
  • 1、创建引入库并创建h5文件 import h5py import numpy as np file_name='data.h5' h5f=h5py.File(file_name) 2、批量写入数据的方法(支持任意维度的数据)一直追加数据到h5文件中 def save_h5(h5f,data,...
  • 报错 from . import h5 as _h5 File “h5py\h5.pyx”, line 41, in init h5py.h5 AttributeError: type object ‘h5py....H5py找不到 h5.pyx文件 解决:直接去pypi网站重新下载一个whl文件 重新pip一下 解决了! ...
  • import h5py import numpy as np #HDF5的写入: ...f = h5py.File('HDF5_FILE.h5','w') #创建一个h5文件,文件指针是f f['data'] = imgData #将数据写入文件的主键data下面 f['labels'] = np.array([1
  • 最近在提取一些 .mat文件中的数据时,其实是一些跟踪算法的结果,用scipy.io处理不了,得用h5py解析,但是通过一些博客去解析发现解析不了,然后研究了一下h5py这个数据结构: 文件链接,一个跟踪算法生成的结果...
  • h5py存取简例

    2021-05-27 21:42:17
    ),scipy.io.savemat 会报错,考虑换用 h5py。 Code import numpy as np import h5py a = np.arange(12).reshape(3, 4) print("a:", a) # 保存 with h5py.File("test.h5", "w") as f: f.create_dataset("images...
  • python库——h5py入门讲解

    万次阅读 多人点赞 2017-06-15 13:02:39
    本文只是简单的对h5py库的基本创建文件,数据集和读取数据的方式进行介绍,作者刚接触h5py,完全靠文档自学,如果哪里说的不对,欢迎纠正!如果读者需要进一步详细的学习h5py的更多知识,请参考h5py的官方文档。h5...
  • h5py学习

    2020-09-28 10:14:37
    h5py学习 一、基础知识 (一)安装 【Anaconda3安装】 conda install h5py 【Miniconda安装】 enpkg h5py 【pip安装】 pip install h5py 【MacOS】:使用brew 安装 【源码安装】 安装组件:python的...
  • HDF5 文件h5py

    千次阅读 2018-04-24 21:24:36
    在上一篇中我们介绍了 caput 中另一个模块 miarray 提供的建立在 numpy array 基础上的并行分布式数组 MPIArray,其中也提到了 HDF5 文件及其操作,我们将在后面介绍并行分布式的 HDF5 相关操作,在此之前我们先介绍...
  • h5py用法

    2020-12-23 11:09:22
    h5py 文件介绍 一个h5py文件是 “dataset” 和 “group” 二合一的容器。 1. dataset : 类似数组组织的数据的集合,像 numpy 数组一样工作 2. group : 包含了其它 dataset 和 其它 group ,像字典一样工作 下图...

空空如也

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