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  • R语言文件操作

    千次阅读 2014-07-30 12:19:31
    path = 'J:/lab/EX29 --在R语言中进行文件(夹)操作' setwd(path) cat("file A\n", file="A") #创建一个文件A,文件内容是'file A','\n'表示换行,这是一个很好的习惯 cat("file B\n", file="B") #创建一个文件...
    path = 'J:/lab/EX29 --在R语言中进行文件(夹)操作'
    setwd(path)
    cat("file A\n", file="A") #创建一个文件A,文件内容是'file A','\n'表示换行,这是一个很好的习惯
    cat("file B\n", file="B")  #创建一个文件B
    file.append("A", "B")  #将文件B的内容附到A内容的后面,注意没有空行
    file.create("A")  #创建一个文件A, 注意会覆盖原来的文件
    file.append("A", rep("B", 10)) #将文件B的内容复制10便,并先后附到文件A内容后
    file.show("A")  #新开工作窗口显示文件A的内容
    file.copy("A", "C") #复制文件A保存为C文件,同一个文件夹
    dir.create("tmp")  #创建名为tmp的文件夹
    file.copy(c("A", "B"), "tmp") #将文件夹拷贝到tmp文件夹中
    list.files("tmp")  #查看文件夹tmp中的件名
    unlink("tmp", recursive=F) #如果文件夹tmp为空,删除文件夹tmp
    unlink("tmp", recursive=TRUE) #删除文件夹tmp,如果其中有文件一并删
    file.remove("A", "B", "C")  #移除三个文件
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  • R语言文件操作

    万次阅读 2018-02-03 22:04:04
    在批量处理数据时,通常需要对文件或文件夹进行操作,下面将R语言中处理文件和文件夹的常用函数整理一下。 1、工作路径 getwd() 列出当前工作路径; setwd(dir) 设置工作路径,参数dir是要设置的路径。 2...

      在批量处理数据时,通常需要对文件或文件夹进行操作,下面将R语言中处理文件和文件夹的常用函数整理一下。

    1、工作路径

    getwd()        列出当前工作路径;

    setwd(dir)    设置工作路径,参数dir是要设置的路径。


    2、列出目录下文件

    函数list.filesdir用法完全一样,可以列出路径下所有文件(包括目录);函数list.dirs只列出路径下所有目录。

    list.files(path =".", pattern = NULL, all.files = FALSE,

               full.names = FALSE, recursive =FALSE,

               ignore.case = FALSE, include.dirs =FALSE, no.. = FALSE)

    dir(path =".", pattern = NULL, all.files = FALSE,

        full.names = FALSE, recursive = FALSE,

        ignore.case = FALSE, include.dirs = FALSE,no.. = FALSE)

    list.dirs(path =".", full.names = TRUE, recursive = TRUE)

    参数:

    path              路径,如不填则默认为当前工作路径,即getwd()得到的路径;

    pattern          正则表达式,若pattern不为NULL,返回文件(目录)名满足该正则表达式的文件(目录);

    all.files   若为FALSE则不显示隐藏文件(目录),若为TRUE则返回所有文件(目录);

    full.names     若为FALSE则只返回文件(目录)名,若为TRUE则返回文件(目录)路径;

    recursive       若为FALSE则只返回该路径的子级文件(目录),若为TRUE则返回所有子、孙文件(目录);

    ignore.case   若为TRUE则在匹配pattern时不区分大小写;

    include.dirs  recursiveTURE,即显示所有子、孙文件时,若include.dirsFALSE则只列出最终端的文件名,而不列出中间层级的目录名;

    no..               若为TRUE,则不显示“.”“..”

     

    3、新建目录

    dir.create用于新建目录

    dir.create(path, showWarnings = TRUE, recursive = FALSE,mode = "0777")

    函数默认recursiveFALSE,即只新建path中的第一级子目录,而当recursiveTRUE时可以新建多级子目录。

    值得注意的是,当目录已存在时不会新建目录覆盖原先的目录,此时如果showWarningsTRUE,则会提醒该目录已存在,为FALSE时不会提醒。

    另外,参数mode是个Unix-alike参数。


    4、复制

    file.copy用于复制文件

    file.copy(from, to, overwrite = recursive, recursive = FALSE,
              copy.mode = TRUE, copy.date = FALSE)

    from是原始文件(目录)名,to是新文件(目录)名,二者可以是vector,但是长度需相同;

    overwrite 若为TRUE,则文件被覆盖;

    recursive 复制目录时recursive需为TRUE

    copy.mode若为TRUEpermission bits一并复制过来;

    copy.date若为TRUE,文件日期一并复制过来。


    5、删除

    函数unlink可以用来删除文件或目录,函数file.remove可以用来删除文件。

    unlink(x, recursive = FALSE, force = FALSE)

    x是要删除的文件或目录,可以是vector(即批量删除);当删除目录时,recursive应为TRUE,表示目录内文件一并删除。


    6、重命名

    file.rename用于重命名

    file.rename(from, to)

    from是原始文件(目录)名,to是新文件(目录)名,二者可以是vector,但是长度需相同。


    7、查看文件是否存在

    dir.exists(paths)

    file.exists(paths)

    参数paths可以是vector,即可以批量查看文件(目录)是否存在。

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  • Linux文件操作高频使用命令

    万次阅读 多人点赞 2019-08-28 16:47:38
    新建操作:1.查看操作2.删除操作3.复制操作4.移动操作:5.重命名操作:6.解压压缩操作 0.新建操作: mkdir abc #新建一个文件夹 touch abc.sh #新建一个文件 1.查看操作 查看目录: ll #显示目录文件...

    0.新建操作:

    mkdir abc #新建一个文件夹
    touch abc.sh #新建一个文件
    echo "abc" > test.txt #新建一个文件,并将abc写入。这里用到了重定向符
    

    1.查看操作

    • 查看目录:
    ll #显示目录文件详细信息
    du -h 文件/目录  #查看大小
    pwd #显示路径
    
    • 查看文件内容:

      cat|head|tail命令

    cat abc.txt #查看abc的内容
    head -5 abc.txt #查看abc前5行内容。默认是10行
    
    tail [选项] 文件名
    各选项的含义如下:
    +num:从第num行以后开始显示
    -num:从距文件尾num行处开始显示。如果省略num参数,系统默认值为10.
    -f: 循环读取,例如查看服务器日志时,可以实时观察
    #filename 文件里的最尾部的内容显示在屏幕上,并且不断刷新。
    tail -f filename 
    #查看最后20行
    tail -f filename
    
    
    
    

    ​ more命令:

    more命令一次显示一屏信息,若信息未显示完屏幕底部将出现“-More-(xx%)”。
    
    此时按Space键,可显示下一屏内容;
    
    按“回车”键,显示下一行内容;
    
    按B键,显示上一屏;
    
    按Q键,可退出more命令。
    

    ​ less命令:和more命令类似,但是比more命令更强大。在很多时候,必须使用less,比如管道。例如:

    ll /etc | less
    
    • 查看状态或文件类型:
      stat 命令:
      查看文件的详细信息,比如创建修改时间,大小等
    [root@localhost zx]# stat index.html 
      文件:"index.html"
      大小:29006     	块:64         IO 块:4096   普通文件
    设备:fd00h/64768d	Inode:17589607    硬链接:1
    权限:(0644/-rw-r--r--)  Uid:(    0/    root)   Gid:(    0/    root)
    环境:unconfined_u:object_r:home_root_t:s0
    最近访问:2019-09-02 21:47:41.824053666 +0800
    最近更改:2019-09-02 21:44:33.588587500 +0800
    最近改动:2019-09-02 21:44:33.588587500 +0800
    创建时间:-
    
    

    file命令: Linux中后缀并没有实际约束意义。

    file test.txt #查看test.txt的文件类型
    

    du 命令:
    选项:-h 以合适的单位显示(会根据文件的大小自动选择kb或M等单位)

    [root@localhost zx]# du -h index.html 
    32K	index.html
    

    2.删除操作

    rm -f  aa.txt #强制删除aa.txt
    rm -rf fileDir #强制删除fileDir文件夹和里边的所有文件
    

    3.复制操作

    • 同一机器的复制:
    cp:复制文件或目录
    语法:
    cp [options] source dest
    
    -a:此选项通常在复制目录时使用,它保留链接、文件属性,并复制目录下的所有内容。其作用等于dpR参数组合。
    -d:复制时保留链接。这里所说的链接相当于Windows系统中的快捷方式。
    -f:覆盖已经存在的目标文件而不给出提示。
    -i:与-f选项相反,在覆盖目标文件之前给出提示,要求用户确认是否覆盖,回答"y"时目标文件将被覆盖。
    -p:除复制文件的内容外,还把修改时间和访问权限也复制到新文件中。
    -r:若给出的源文件是一个目录文件,此时将复制该目录下所有的子目录和文件。
    -l:不复制文件,只是生成链接文件。
    
    举例:
    #将../html/index.html 复制到当前目录
    cp ../html/index.html .    
    #将../html/ 目录下的文件及子目录复制到当前的tt目录下,如果tt不存在,会自动创建
    cp -r ../html/  tt/       
    #将文件file复制到目录/usr/men/tmp下,并改名为file1
    cp file /usr/men/tmp/file1  
        
    #如果dir2目录已存在,则需要使用
    cp -r dir1/. dir2
    #如果这时使用cp -r dir1 dir2,则也会将dir1目录复制到dir2中,明显不符合要求。
    ps:dir1、dir2改成对应的目录路径即可。
    
    • 远程复制
    #将当前目录下的test.txt复制到远程111.12机器的/zx目录下
    scp test.txt root@192.168.111.12:/zx
    
    #将test.txt复制到远程用户的根目录,并命名为textA.txt
    scp test.txt root@192.168.111.12:testA.txt
    
    #也可以不指定用户,在后续提示中再输入,如下:
    scp test.txt 192.168.111.12:/zx
    
    #从远程复制到本地: -r用于递归整个目录
    scp -r remote_user@remote_ip:remote_folder local_path
    

    4.移动操作:

    移动操作可以理解成复制文件后,删除原文件。

    eg1:

    mv /zx/soft/* . #复制/zx/soft目录中的所有文件到当前目录
    mv a.txt ./test/a.txt  #复制当前目录a.txt到当前的test目录下。
    mv a.txt ./test/ -f  #移动到test目录,如果存在就覆盖
    mv /zx/soft/  /tmp/soft  #复制文件夹到/tmp/下,必须保证tmp是存在的文件夹
    

    5.重命名操作:

    重命名还是用的移动操作命令,比如:

    #将目录(文件)A重命名为B
    mv A B
    #将/a目录(文件)移动到/b下,并重命名为c。要保证b目录存在。
    mv /a /b/c
    #将当前test1目录移动到当前的test目录并命名为b
    mv ./test1 ./test/b 
    

    6.解压压缩操作

    tar
    -c: 建立压缩档案
    -x:解压
    -t:查看内容
    -r:向压缩归档文件末尾追加文件
    -u:更新原压缩包中的文件
    这五个是独立的命令,压缩解压都要用到其中一个,可以和别的命令连用但只能用其中一个。下面的参数是根据需要在压缩或解压档案时可选的。
    
    -z:有gzip属性的
    -j:有bz2属性的
    -Z:有compress属性的
    -v:显示所有过程
    -O:将文件解开到标准输出
    
    下面的参数-f是必须的
    -f: 使用档案名字,切记,这个参数是最后一个参数,后面只能接档案名。
    
    三、举例说明:
    tar -cf all.tar *.jpg
    这条命令是将所有.jpg的文件打成一个名为all.tar的包。-c是表示产生新的包,-f指定包的文件名。
    tar -tf all.tar
    这条命令是列出all.tar包中所有文件,-t是列出文件的意思
    tar -xf all.tar
    这条命令是解出all.tar包中所有文件,-x是解开的意思
    压缩
    tar –cvf jpg.tar *.jpg //将目录里所有jpg文件打包成jpg.tar
    eg2:
        tar -xzf nginx-1.14.0.tar.gz //解压到当前目录
        tar -zxf nginx-1.14.0.tar.gz -C /usr/local/nginx  #解压到对应目录
     eg3:
     	tar -zxvf nginx...tar.gz #解压并显示过程
     	
    注意:有些压缩程序提示命令找不到,需要进行安装,例如:
    yum install unzip
    或在ubuntu上:
    apt-get install unzip
    
    四、总结
    1、*.tar 用 tar –xvf 解压
    2、*.gz 用 gzip -d或者gunzip 解压
    3、*.tar.gz和*.tgz 用 tar –xzf 解压
    4、*.bz2 用 bzip2 -d或者用bunzip2 解压
    5、*.tar.bz2用tar –xjf 解压
    6、*.Z 用 uncompress 解压
    7、*.tar.Z 用tar –xZf 解压
    8、*.rar 用 unrar e解压
    9、*.zip 用 unzip 解压  
    
    解压的时候,有时候不想覆盖已经存在的文件,那么可以加上-n参数
    unzip -n test.zip
    unzip -n -d /temp test.zip
    只看一下zip压缩包中包含哪些文件,不进行解压缩
    unzip -l test.zip
    查看显示的文件列表还包含压缩比率
    unzip -v test.zip
    检查zip文件是否损坏
    unzip -t test.zip
    如果已有相同的文件存在,要求unzip命令覆盖原先的文件
    unzip -o test.zip -d /tmp/
    示例:
     eg1:  unzip mydata.zip -d mydatabak #解压到mydatabak目录
     eg2 :zip -r xxx.zip ./*  #压缩当前目录下的内容为一个xxx.zip
     eg3: zip xx.zip  a.txt b.txt c.txt #将abc三个文件压缩为xx.zip
    10. xz
    	这是两层压缩,外面是xz压缩方式,里层是tar压缩,所以可以分两步实现解压
    	$ xz -d node-v6.10.1-linux-x64.tar.xz
        $ tar -xvf node-v6.10.1-linux-x64.tar
    

    7.上传文件工具

    从本地windows上传一些文件到远程Linux服务器可以通过xshell的xftp也可以通过下面这个小工具lrzsz,使用更加方便。

    yum install lrzsz #安装工具
    
    常用命令:
    sz dist.zip #下载文件dist.zip到本地
    rz #会打开窗口,上传文件到远程服务器
    

    8.ln、file和touch命令

    • ln命令:名用于创建链接文件,包括硬链接(Hard Link)和符号链接(Symbolic Link) 。我们常用的是符号链接,也称软连接。软连接就类似windows里的快捷方式。

      示例:

      #在当前目录创建一个软连接,指向/etc/fastab,名称也是fastab
      ln -s /etc/fastab
      
      #在当前目录创建一个指向/boot/grub的软连接,命名为gb
      ln -s /boot/grub gb
      

      注意:删除软连接 正确方式是:

      rm -rf ./gb
      

      错误方式:

      rm -rf ./gb/
      

      这样会删除了原有grub下的内容。特别是针对系统文件的软连接,删除一定要慎重。

    • file命令 用于识别文件的类型

    Linux中文件后缀只是方便使用者识别,没有实质的约束作用。file命令可以查看文件的实质类型:

    file [-bcLz] 文件|目录
    

    选项说明:

    • 文件|目录:需要识别的文件或目录
    • -b: 显示识别结果时,不显示文件名
    • -c: 显示执行过程
    • -L: 直接显示符号链接文件指向的文件类型
    • -z: 尝试去解读压缩文件的内容

    示例: 可以看出,index.mp4本质是一个HTML而非一个mp4文件

    [root@VM_0_13_centos soft]# file index.mp4 
    index.mp4: HTML document, UTF-8 Unicode text, with very long lines
    
    • touch命令: 用于改变文件或目录的访问时间和修改时间。

      touch [-am] [-t<日期时间>] [目录|文件]
      

      如果指定目录文件不存在,则会直接创建一个空文件,所以touch也常用来创建一个空白文件

      #创建一个新文件aa.txt
      touch aa.txt
      

      选项说明:

      • -a: 只修改访问时间
      • -m : 只修改 修改时间
      • -t : 使用指定日期时间,而非系统时间 。例如要修改为2019年10月20日16:38分13秒。参数就是:‘20191020163813’

      示例:

      修改之前可以先查看文件的时间戳: 用stat 命令查看

      [root@VM_0_13_centos soft]# stat index.html 
        File: ‘index.html’
        Size: 17215     	Blocks: 40         IO Block: 4096   regular file
      Device: fd01h/64769d	Inode: 529352      Links: 1
      Access: (0644/-rw-r--r--)  Uid: (    0/    root)   Gid: (    0/    root)
      Access: 2019-10-23 15:15:37.280616254 +0800
      Modify: 2019-10-23 15:15:37.280616254 +0800
      Change: 2019-10-23 15:15:37.290616257 +0800
       Birth: -
      
      

      开始修改:将index.html文件的访问和修改时间修改成当前系统的时间。

      touch index.html
      

    9.查找操作命令:

    对于要用到的文件,目录等,经常有忘记的时候,所以查找命令就显得极为必要:

    • find: 查找文件或目录 (常用)

      语法如下:

      find [目录…] [-amin <分钟>] [-atime <24小时数>] [-cmin <分钟>] [-ctime<24小时数>][-empty][-exec<执行命令>][-fls<列表文件>][-follow]
          [-fstype <系统文件类型>] [-gid <组编号>] [-group <组名称>] [-nogroup] [-mmin <分钟>]  [-mtime
          <24小时数>] [-name <查找内容>] [-nogroup] [-nouser] [-perm <权限数值>] [-size <文件大小>] [-uid
          <用户编号>] [-user <用户名称>] [-nouser]
      
      
      

      几个常用选项说明:

      • -size <文件大小>:查找符合指定大小的文件。文件大小单位可以是“c”表示Byte;“k”表示KB。如配置为“100k”,find命令会查找文件大小正好100KB的文件;配置为“+100k”,find命令会查找文件大小大于100KB的文件;配置为“-100k”,find命令会查找文件大小小于100KB的文件。
      • -user<用户名称>:查找所有者是指定用户的文件或目录,也能以用户编号指定
      • -name <查找内容>:查找指定的内容,在查找内容中使用“*” 表示任意个字符;使用“?”表示任何一个字符
      • -mtime <24小时数>:查找在指定时间曾更改过内容的文件或目录,单位以24小时计算。如配置为2,find命令会查找刚好在48小时之前更改过内容的文件;配置为+2,find命令会查找超过在48小时之前更改过内容的文件;配置为-2,find命令会查找在48小时之内更改过内容的文件。
      • -mmin <分钟>:查找在指定时间曾被更改过内容的文件或目录,单位以分钟计算。
      • cmin <分钟>:查找在指定时间曾被更改过权限属性的文件或目录,单位以分钟计算。-ctime对应小时。
      • -amin <分钟>:查找的是指定时间访问过的文件或目录。-atim对应小时。
      • -perm <权限数值>:查找符合指定权限数值(有关权限数值见第6章)的文件或目录。如配置为“0700”,find命令会查找权限数值正好是“0700”的文件或目录;配置为“+0700”,find命令会查找权限数值大于 “0700”的文件或目录;配置为“-0700”,find

      选项大概有以下几类:

      1.按时间范围查找

      2.按文件大小查找

      3.按文件名称查找

      4.按其他:比如权限、用户组、类型等

      示例:

      #从根目开始,查找名称以nginx开头的目录和文件
      find / -name nginx*  
      
      #查找文件大小超过100M的文件
      find / -size +100M
      
      #查找/home/zx目录下,10分钟内被修改过的文件和目录
      find /home/zx/  -mmin -10
      
    • locate: 查找文件或目录(不常用)

      locate 查找内容
      

      例如:locate nginx 会将所有包含nginx的目录和文件都列出来。可以用* 或?等匹配符。

      locate的查找速度非常快,因为该命令查找的是数据库,所以有些刚修改的文件和目录,可能无法找到。可以采用:updatedb 命令更新数据库。

    • which: 查找文件(不常用)

      which [文件]
      

      which命令只会在PATH环境变量定义的路径及命令别名中查找,所以范围有限。

    • whereis : 查找文件(不常用)

      whichis [-bu] [-B<目录>] [-M<目录>] [-S<目录>] [文件]
      

      常用选项:

      文件:要查找的命令

      -b: 只查找二进制文件

      -u: 查找不包含指定类型的文件

      -B<目录>: 只在指定目录下查找二进制文件

      -M<目录>:只在指定目录查找帮助文件

      -S<目录>:只在指定目录查找源码目录

      例如: 默认只会在指定目录查找(/bin ,/etc ,/usr)

      [root@VM_0_13_centos soft]# whereis nginx
      nginx: /usr/local/nginx /usr/local/nginx/sbin/nginx /usr/local/nginx/sbin/nginx.bak
      
      
    展开全文
  • R语言开发之XML文件处理操作

    千次阅读 2018-09-19 09:46:39
    XML是万维网上使用标准ASCII文本,内部网和其他地方共享文件格式和数据的文件格式,它代表可扩展标记语言(XML)。 与HTML类似,它包含标记标签,但与标记标签描述页面结构的HTML不同,标记标签描述了文件中包含的数据...

    XML是万维网上使用标准ASCII文本,内部网和其他地方共享文件格式和数据的文件格式,它代表可扩展标记语言(XML)。 与HTML类似,它包含标记标签,但与标记标签描述页面结构的HTML不同,标记标签描述了文件中包含的数据的含义。在R中,我们可以使用“XML”包读取R中的xml文件。

    我们接下来通过将以下数据复制到文本编辑器(如记事本)中来创建XMl文件,并且使用.xml扩展名保存文件,并将文件类型选为所有文件(*.*),内容如下:

    <RECORDS>
       <EMPLOYEE>
          <ID>1</ID>
          <NAME>Rick</NAME>
          <SALARY>623.3</SALARY>
          <STARTDATE>1/1/2012</STARTDATE>
          <DEPT>IT</DEPT>
       </EMPLOYEE>
    
       <EMPLOYEE>
          <ID>2</ID>
          <NAME>Dan</NAME>
          <SALARY>515.2</SALARY>
          <STARTDATE>9/23/2013</STARTDATE>
          <DEPT>Operations</DEPT>
       </EMPLOYEE>
    
       <EMPLOYEE>
          <ID>3</ID>
          <NAME>Michelle</NAME>
          <SALARY>611</SALARY>
          <STARTDATE>11/15/2014</STARTDATE>
          <DEPT>IT</DEPT>
       </EMPLOYEE>
    
       <EMPLOYEE>
          <ID>4</ID>
          <NAME>Ryan</NAME>
          <SALARY>729</SALARY>
          <STARTDATE>5/11/2014</STARTDATE>
          <DEPT>HR</DEPT>
       </EMPLOYEE>
    
       <EMPLOYEE>
          <ID>5</ID>
          <NAME>Gary</NAME>
          <SALARY>843.25</SALARY>
          <STARTDATE>3/27/2015</STARTDATE>
          <DEPT>Finance</DEPT>
       </EMPLOYEE>
    
       <EMPLOYEE>
          <ID>6</ID>
          <NAME>Nina</NAME>
          <SALARY>578</SALARY>
          <STARTDATE>5/21/2013</STARTDATE>
          <DEPT>IT</DEPT>
       </EMPLOYEE>
    
       <EMPLOYEE>
          <ID>7</ID>
          <NAME>Simon</NAME>
          <SALARY>632.8</SALARY>
          <STARTDATE>7/30/2013</STARTDATE>
          <DEPT>Operations</DEPT>
       </EMPLOYEE>
    
       <EMPLOYEE>
          <ID>8</ID>
          <NAME>Guru</NAME>
          <SALARY>722.5</SALARY>
          <STARTDATE>6/17/2014</STARTDATE>
          <DEPT>Finance</DEPT>
       </EMPLOYEE>
    
    </RECORDS>
    

    在R中,使用xmlParse()函数来读取xml文件,它作为列表存储在R中,如下:

    # Load the package required to read XML files.
    library("XML")
    
    # Also load the other required package.
    library("methods")
    
    # Give the input file name to the function.
    result <- xmlParse(file = "input.xml")
    
    # Print the result.
    print(result)
    

    接下来,我们再看下对XML数据的处理,如下:

    library("XML")
    library("methods")
    
    #获取XML文件中存在的节点数
    result <- xmlParse(file = "input.xml")
    rootnode <- xmlRoot(result)
    rootsize <- xmlSize(rootnode)
    print(rootsize)
    
    #第一个节点的详细信息
    print(rootnode[1])
    
    #获取节点的其它元素
    # Get the first element of the first node.
    print(rootnode[[1]][[1]])
    
    # Get the fifth element of the first node.
    print(rootnode[[1]][[5]])
    
    # Get the second element of the third node.
    print(rootnode[[3]][[2]])
    
    #XML转到数据帧
    xmldataframe <- xmlToDataFrame("input.xml")
    print(xmldataframe)

    通过最后一个实例,我们可以把数据转为数据帧,所以我们可以使用数据帧相关函数来读取和操作文件。

    好啦,本次记录就到这里了。

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