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  • 2019-11-07 17:14:55

    文档在此 https://open-babel.readthedocs.io/en/latest/UseTheLibrary/PythonInstall.html

     

    首先,pip install pybel安装的是 pyBEL,是不相干的另外一个库,所以不要这么做。

    需要安装的是openbabel这个库,但是,pip install openbabel安装的其实只是一个python接口,实际程序需要另行安装。

     

    流程:

    首先安装系统对应版本的openbabel,可以选择源码安装(版本新,可以一步到位),或者二进制文件安装(适合懒人?)。

    源码安装可以参考此文https://www.linuxidc.com/Linux/2017-01/139569.htm。需要注意的是,如果选择不装在/usr/local/lib里,需要自行将openbabel的头添加到PYTHONPATH中。

    二进制文件安装就不讲了。装好二进制文件以后安装对应版本的openbabel(python)就行。

     

    如果你发现,你系统提供的openbabel文件和python提供的openbabel版本没一个对得上或者对得上的版本都太老了,又或者你的系统里有多个python环境,怎么办?

    建议

    1.查看pip安装的openbabel版本是什么

    2.到这里查找对应版本的源码,并编译安装在本机(不要设定安装python bindings)

    3.pip install openbabel

     

    出现 ImportError: libopenbabel.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory 

    就在~/.bashrc最后加一句

    export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib/:$LD_LIBRARY_PATH"
    # 这里的/usr/local/lib/ 需要换成你的openbabel安装地址
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  • babel安装和使用

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    babel安装和使用一、babel安装1.babel简介2.babel安装二、babel的使用1.babel的使用2.babel的配置 一、babel安装 官网:https://babeljs.io/ 民间中文网:https://www.babeljs.cn/ 1.babel简介 babel一词...

    一、babel的安装

    官网:https://babeljs.io/
    民间中文网:https://www.babeljs.cn/

    1.babel简介

    babel一词来自于希伯来语,直译为巴别塔
    在这里插入图片描述

    巴别塔象征的统一的国度、统一的语言

    而今天的JS世界缺少一座巴别塔,不同版本的浏览器能识别的ES标准并不相同,就导致了开发者面对不同版本的浏览器要使用不同的语言,和古巴比伦一样,前端开发也面临着这样的困境。

    babel的出现,就是用于解决这样的问题,它是一个编译器,可以把不同标准书写的语言,编译为统一的、能被各种浏览器识别的语言
    在这里插入图片描述
    由于语言的转换工作灵活多样,babel的做法和postcss、webpack差不多,它本身仅提供一些分析功能,真正的转换需要依托于插件完成
    在这里插入图片描述

    2.babel的安装

    babel可以和构建工具联合使用,也可以独立使用

    如果要独立的使用babel,需要安装下面两个库:

    • @babel/core:babel核心库,提供了编译所需的所有api
    • @babel/cli:提供一个命令行工具,调用核心库的api完成编译
    npm i -D @babel/core @babel/cli
    

    在这里插入图片描述

    二、babel的使用

    1.babel的使用

    @babel/cli的使用极其简单

    它提供了一个命令babel

    # 按文件编译
    babel 要编译的文件 -o 编辑结果文件
    // npx babel a.js -o c.js 
    
    # 按目录编译
    babel 要编译的整个目录 -d 编译结果放置的目录
    // npx bael js -d dist
    // npx bael js -d dist -w(实时监控)
    

    2.babel的配置

    可以看到,babel本身没有做任何事情,真正的编译要依托于babel插件babel预设来完成

    babel预设和postcss预设含义一样,是多个插件的集合体,用于解决一系列常见的兼容问题

    如何告诉babel要使用哪些插件或预设呢?需要通过一个配置文件.babelrc

    {
        "presets": [],
        "plugins": []
    }
    
    展开全文
  • Open Babel 是一个化学工具箱,旨在讲化学数据的多种语言。这是一个开放的协作项目,允许任何人搜索、转换、分析或存储来自分子建模、化学、固态材料、生物化学或相关领域的数据。 安装环境 OS :Redhat 6 gcc ...

    软件简介

    Open Babel 是一个化学工具箱,旨在讲化学数据的多种语言。这是一个开放的协作项目,允许任何人搜索、转换、分析或存储来自分子建模、化学、固态材料、生物化学或相关领域的数据。

    安装环境

    • OS :Redhat 6
    • gcc 4.4.7 (系统默认版本)

    安装依赖库

    可以先 跳过 该步骤,后续出现对应的问题再来重新安装

    swig 4.0.1 (optional)

    由于系统自带的 swig 工具版本太低,在安装时没法正确的识别新语法,故这里需要先安装 swig ,如果你执行 swig -version 查看的版本高于 3.x 即可跳过该步骤

    cd /path/to/swig-4.0.1
    ./configure --prefix=/path/to/install
    make -j 8 && make install
    

    安装完成后需要添加到系统变量里

    export PATH=/path/to/install/bin:$PATH
    

    boost 1.73.0 库(optional)

    系统中自带的 boost 有问题,只能手动重新安装,安装方法参考以前的文章

    zlib 1.2.3 库(optional)

    使用 conda 安装

    libxm2 库(optional)

    使用 conda 安装

    cairo库(optional)

    使用 conda 安装

    上述三个库一般系统都会自带,如果提示缺失可以使用 conda 或者系统自带的命令安装 (yum、apt-get 等等)

    安装 openbabel 3.1.1

    安装包下载

    github 上下载源码包

    编译

    # 我这里使用了 gcc 7 的版本,如果有编译器语法的问题可以尝试切换编译器
    cd /path/to/openbabel-3.1.1
    mkdir _build
    cmake .. \
    	-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/install \
    	-DBoost_DIR:PATH=/path/to/soft/boost/1.73.0/lib/cmake/Boost-1.73.0 \
    	-DBoost_INCLUDE_DIR:FILEPATH=/path/to/soft/Boost/1.73.0/include  \
    	-DBoost_LIBRARY_DIR_DEBUG:PATH=/path/to/soft/Boost/1.73.0/lib \
    	-DBoost_LIBRARY_DIR_RELEASE:PATH=/path/to/soft/Boost/1.73.0/lib \
    	-DBoost_SYSTEM_LIBRARY_DEBUG:FILEPATH=/path/to/soft/Boost/1.73.0/lib/libBoost_system.so \
    	-DBoost_SYSTEM_LIBRARY_RELEASE:FILEPATH=/path/to/soft/Boost/1.73.0/lib/libBoost_system.so \
    	-DCAIRO_INCLUDE_DIR:PATH=/path/to/anaconda3/include/cairo \
    	-DCAIRO_LIBRARY:FILEPATH=/path/to/anaconda3/lib/libcairo.so \
    	-DLIBXML2_INCLUDE_DIR:PATH=/path/to/anaconda3/include \
    	-DLIBXML2_LIBRARY:FILEPATH=/path/to/anaconda3/lib/libxml2.so
    
    make -j 8 && make install
    

    因为我这里加载了 conda 环境,而 cmake 会从系统自带的库中查找 boost、libxml2、zlib 这些库,所以需要在这里手动指定这些库的位置

    如果你都是使用的系统命令(yum、apt-get 等)安装,这里就不需要后面的指定路径的命令,只需要指定一个安装路径即可

    安装 python openbabel 3.1.1.1

    安装包下载

    点击该 链接 即可 python openbabel 3.1.1.1 包

    编译

    python setup.py build_ext -I/path/to/openbabel-3.1.1/install/include -L/path/to/openbabel-3.1.1/install/lib
    python setup.py install --prefix=/path/to/python/libs/install
    

    主要是需要指定一下刚才安装的 openbabel 3.1.1 的位置,install 时,如果不需要指定安装位置,会自动安装在 python 默认的 libs 里

    系统配置

    上述软件都安装完成后需要加载环境变量后才能正常使用

    export PYTHONPATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/lib:$PYTHONPATH
    export PATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/bin:$PATH
    export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/lib:$LD_LIBRARY_PATH
    

    FAQs

    下面是技术总结 / 安装过程中出现的问题

    1. 安装 openbabel-3.1.1 时,cmake 提示有关 boost / zlib / libxml2 的 error

    参考上面的方法安装对应的依赖库后,在 cmake 时指定它们的位置

    2. 安装 openbabel-3.1.1 时 fatal error: cairo.h: No such file or directory

    cmake 时指定 cairo 头文件的位置错误,仔细对照 cmake 的命令

    -DCAIRO_INCLUDE_DIR:PATH=/path/to/anaconda3/include/cairo 
    
    3. 安装 python openbabel 3.1.1.1 时 Error: Unable to find ‘openbabel/babelconfig.h’

    如果你是直接 pip install openbabel 会出现该错误,因为系统的库文件路径中没有 openbabel 3,需要先安装 openbabel 3.1.1

    4. 安装 python openbabel 3.1.1.1 时 openbabel/openbabel-python.i:79: Error: Syntax error in input(1).

    安装新版本的 swig ,这是因为旧版本 swig 不兼容新语法

    5. 安装完成后 import openbabel 出错 cannot import name ‘_openbabel’

    需要在系统环境变量里加载之前安装的 openbabel 3

    export PYTHONPATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/lib:$PYTHONPATH
    export PATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/bin:$PATH
    export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/lib:$LD_LIBRARY_PATH
    
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    一、安装Anaconda或Miniconda二、利用conda安装openbabelconda install -c openbabel openbabel


    一、安装Anaconda或Miniconda

    Win或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装,不赘述,网上很多教程。

    二、利用conda安装openbabel install -c openbabel 

    conda install -c openbabel openbabel


    三、测试安装是否成功

    obabel


    openbabel
    或
    pybel



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