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2019-11-07 17:14:55
文档在此 https://open-babel.readthedocs.io/en/latest/UseTheLibrary/PythonInstall.html
首先,pip install pybel安装的是 pyBEL,是不相干的另外一个库,所以不要这么做。
需要安装的是openbabel这个库,但是,pip install openbabel安装的其实只是一个python接口,实际程序需要另行安装。
流程:
首先安装系统对应版本的openbabel,可以选择源码安装(版本新,可以一步到位),或者二进制文件安装(适合懒人?)。
源码安装可以参考此文https://www.linuxidc.com/Linux/2017-01/139569.htm。需要注意的是,如果选择不装在/usr/local/lib里,需要自行将openbabel的头添加到PYTHONPATH中。
二进制文件安装就不讲了。装好二进制文件以后安装对应版本的openbabel(python)就行。
如果你发现,你系统提供的openbabel文件和python提供的openbabel版本没一个对得上或者对得上的版本都太老了,又或者你的系统里有多个python环境,怎么办?
建议
1.查看pip安装的openbabel版本是什么
2.到这里查找对应版本的源码,并编译安装在本机(不要设定安装python bindings)
3.pip install openbabel
出现 ImportError: libopenbabel.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
就在~/.bashrc最后加一句
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib/:$LD_LIBRARY_PATH" # 这里的/usr/local/lib/ 需要换成你的openbabel安装地址
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官网:https://babeljs.io/
民间中文网:https://www.babeljs.cn/1.babel简介
babel一词来自于希伯来语,直译为巴别塔
巴别塔象征的统一的国度、统一的语言
而今天的JS世界缺少一座巴别塔,不同版本的浏览器能识别的ES标准并不相同,就导致了开发者面对不同版本的浏览器要使用不同的语言,和古巴比伦一样,前端开发也面临着这样的困境。
babel的出现,就是用于解决这样的问题,它是一个编译器,可以把不同标准书写的语言,编译为统一的、能被各种浏览器识别的语言
由于语言的转换工作灵活多样,babel的做法和postcss、webpack差不多,它本身仅提供一些分析功能,真正的转换需要依托于插件完成
2.babel的安装
babel可以和构建工具联合使用,也可以独立使用
如果要独立的使用babel,需要安装下面两个库:
- @babel/core:babel核心库,提供了编译所需的所有api
- @babel/cli:提供一个命令行工具,调用核心库的api完成编译
npm i -D @babel/core @babel/cli
二、babel的使用
1.babel的使用
@babel/cli的使用极其简单
它提供了一个命令
babel
# 按文件编译 babel 要编译的文件 -o 编辑结果文件 // npx babel a.js -o c.js # 按目录编译 babel 要编译的整个目录 -d 编译结果放置的目录 // npx bael js -d dist // npx bael js -d dist -w(实时监控)
2.babel的配置
可以看到,babel本身没有做任何事情,真正的编译要依托于babel插件和babel预设来完成
babel预设和postcss预设含义一样,是多个插件的集合体,用于解决一系列常见的兼容问题
如何告诉babel要使用哪些插件或预设呢?需要通过一个配置文件
.babelrc
{ "presets": [], "plugins": [] }
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Open Babel 是一个化学工具箱,旨在讲化学数据的多种语言。这是一个开放的协作项目,允许任何人搜索、转换、分析或存储来自分子建模、化学、固态材料、生物化学或相关领域的数据。
安装环境
- OS :Redhat 6
- gcc 4.4.7 (系统默认版本)
安装依赖库
可以先 跳过 该步骤,后续出现对应的问题再来重新安装
swig 4.0.1 (optional)
由于系统自带的 swig 工具版本太低,在安装时没法正确的识别新语法,故这里需要先安装 swig ,如果你执行 swig -version 查看的版本高于 3.x 即可跳过该步骤
cd /path/to/swig-4.0.1 ./configure --prefix=/path/to/install make -j 8 && make install
安装完成后需要添加到系统变量里
export PATH=/path/to/install/bin:$PATH
boost 1.73.0 库(optional)
系统中自带的 boost 有问题,只能手动重新安装,安装方法参考以前的文章
zlib 1.2.3 库(optional)
使用 conda 安装
libxm2 库(optional)
使用 conda 安装
cairo库(optional)
使用 conda 安装
上述三个库一般系统都会自带,如果提示缺失可以使用 conda 或者系统自带的命令安装 (yum、apt-get 等等)
安装 openbabel 3.1.1
安装包下载
从 github 上下载源码包
编译
# 我这里使用了 gcc 7 的版本,如果有编译器语法的问题可以尝试切换编译器 cd /path/to/openbabel-3.1.1 mkdir _build cmake .. \ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/install \ -DBoost_DIR:PATH=/path/to/soft/boost/1.73.0/lib/cmake/Boost-1.73.0 \ -DBoost_INCLUDE_DIR:FILEPATH=/path/to/soft/Boost/1.73.0/include \ -DBoost_LIBRARY_DIR_DEBUG:PATH=/path/to/soft/Boost/1.73.0/lib \ -DBoost_LIBRARY_DIR_RELEASE:PATH=/path/to/soft/Boost/1.73.0/lib \ -DBoost_SYSTEM_LIBRARY_DEBUG:FILEPATH=/path/to/soft/Boost/1.73.0/lib/libBoost_system.so \ -DBoost_SYSTEM_LIBRARY_RELEASE:FILEPATH=/path/to/soft/Boost/1.73.0/lib/libBoost_system.so \ -DCAIRO_INCLUDE_DIR:PATH=/path/to/anaconda3/include/cairo \ -DCAIRO_LIBRARY:FILEPATH=/path/to/anaconda3/lib/libcairo.so \ -DLIBXML2_INCLUDE_DIR:PATH=/path/to/anaconda3/include \ -DLIBXML2_LIBRARY:FILEPATH=/path/to/anaconda3/lib/libxml2.so make -j 8 && make install
因为我这里加载了 conda 环境,而 cmake 会从系统自带的库中查找 boost、libxml2、zlib 这些库,所以需要在这里手动指定这些库的位置
如果你都是使用的系统命令(yum、apt-get 等)安装,这里就不需要后面的指定路径的命令,只需要指定一个安装路径即可
安装 python openbabel 3.1.1.1
安装包下载
点击该 链接 即可 python openbabel 3.1.1.1 包
编译
python setup.py build_ext -I/path/to/openbabel-3.1.1/install/include -L/path/to/openbabel-3.1.1/install/lib python setup.py install --prefix=/path/to/python/libs/install
主要是需要指定一下刚才安装的 openbabel 3.1.1 的位置,install 时,如果不需要指定安装位置,会自动安装在 python 默认的 libs 里
系统配置
上述软件都安装完成后需要加载环境变量后才能正常使用
export PYTHONPATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/lib:$PYTHONPATH export PATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/lib:$LD_LIBRARY_PATH
FAQs
下面是技术总结 / 安装过程中出现的问题
1. 安装 openbabel-3.1.1 时,cmake 提示有关 boost / zlib / libxml2 的 error
参考上面的方法安装对应的依赖库后,在 cmake 时指定它们的位置
2. 安装 openbabel-3.1.1 时 fatal error: cairo.h: No such file or directory
cmake 时指定 cairo 头文件的位置错误,仔细对照 cmake 的命令
-DCAIRO_INCLUDE_DIR:PATH=/path/to/anaconda3/include/cairo
3. 安装 python openbabel 3.1.1.1 时 Error: Unable to find ‘openbabel/babelconfig.h’
如果你是直接 pip install openbabel 会出现该错误,因为系统的库文件路径中没有 openbabel 3,需要先安装 openbabel 3.1.1
4. 安装 python openbabel 3.1.1.1 时 openbabel/openbabel-python.i:79: Error: Syntax error in input(1).
安装新版本的 swig ,这是因为旧版本 swig 不兼容新语法
5. 安装完成后 import openbabel 出错 cannot import name ‘_openbabel’
需要在系统环境变量里加载之前安装的 openbabel 3
export PYTHONPATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/lib:$PYTHONPATH export PATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/openbabel-3.1.1/install/lib:$LD_LIBRARY_PATH
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二、利用conda安装openbabel install -c openbabel
conda install -c openbabel openbabel
三、测试安装是否成功
obabel
openbabel 或 pybel
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