定义和用法
 
 
array_udiff() 函数用于比较两个（或更多个）数组的键值 ，并返回差集。
 
 
注释：该函数使用用户自定义函数来比较键值！
 
 
该函数比较两个（或更多个）数组的键值，并返回一个差集数组，该数组包括了所有在被比较的数组（array1）中，但是不在任何其他参数数组（array2 或 array3 等等）中的键值。
 
 
说明
 
 
array_udiff() 函数返回一个数组，该数组包括了所有在被比较数组中，但是不在任何其它参数数组中的值，键名保留不变。
 
 
array_udiff() 函数与  array_diff() 函数 的行为不同，后者用内部函数进行比较。
 
 
数据的比较是用 array_udiff() 函数的 myfunction 进行的。myfunction 函数带有两个将进行比较的参数。如果第一个参数小于第二个参数，则函数返回一个负数，如果两个参数相等，则要返回 0，如果第一个参数大于第二个，则返回一个正数。
 
 

 
 
 
示例: 
 
 
 
array_udiff($class_teacher, $class_teacher_list, function ($a, $b) {
             if ($a === $b) {
                 return 0;
             }
             return ($a > $b) ? 1 : -1;
 
 
 
}
 
 
 
语法
 
array_udiff(array1,array2,array3...,myfunction)
 
参数
描述
array1
必需。与其他数组进行比较的第一个数组。
array2
必需。与第一个数组进行比较的数组。
array3,...
可选。与第一个数组进行比较的其他数组。
myfunction
 
必需。字符串值，定义可调用的比较函数。
 
如果第一个参数小于等于或大于第二个参数，则比较函数必须返回小于等于或大于 0 的整数。
 

以下操作全部基于R中的DESeq2函数包
 
使用DESeq2的两点要求：
 
DEseq2要求输入数据是由整数组成的矩阵。
DESeq2要求矩阵是没有标准化的。
 
下面是基本流程：
 
一、准备工作：
 确定工作路径，以确保上传文件时无误
 
getwd()  #显示当前工作目录
setwd()  #设置工作目录
 
操作实例：
 
> getwd()
[1] "C:/Users/Larkin/Documents"
> setwd("C:/Users/Larkin/Desktop")
> getwd()
[1] "C:/Users/Larkin/Desktop"
 
二、数据上传及初步求整和整理
 
database <- read.table(file = "文件路径", sep = "\t", header = T, row.names = 1)	 #上传文件时，文件路径一定用“/”
database <- round(as.matrix(database))  #使用“round”函数，对数据求整；as.matrix()可将table转为matrix格式
 
其中，read.table() 函数中
 参数sep = “\t"代表上传文件中将每列分隔的分隔符为”;”
 参数header = T 代表上传文件中第一行的列数比其余行列数少一（header = F 代表所有行的列数都一样）
 参数row.names = 1 代表将每一行以第一列中元素命名。
 
操作实例：
 
> database <- read.table(file = "C:/Users/Larkin/Desktop/48h.matrix", sep = "\t", header = T, row.names = 1)
 
得到下表：
 
 继续运行
 
> database <- round(as.matrix(database))
 
则得到下表：
 
 备注：
 read.table()函数详细用法，请参考：
 
 
 
https://www.jianshu.com/p/90e1d430c9ef
 
 
三、构建dds矩阵
 
dds构建前准备：
 
condition <- factor(c(rep("control",i),rep("exp",j)))  #构建condition因子，作为基因差异表达的自变量（即实验组和对照组的对比）。i和j分别为control和exp的个数
coldata <- data.frame(row.names =colnames(database),condition)  #将database中各个实验名称加上condition标签，即说明是control还是exp
library(DESeq2)  #加载DESeq2包
 
其中，
 rep(“ ”，i)代表将“”里元素重复i次。
 data.frame( ， ，) 代表将以逗号分隔开的几个元素放在一个dataframe里面
 
操作实例：
 
> condition <- factor(c(rep("control",3),rep("exp",3)))  #3个对照，3个实验
> coldata <- data.frame(row.names = colnames(database),condition)
> coldata
                                       condition
mus.48h.control1.results.genes.results   control
mus.48h.control2.results.genes.results   control
mus.48h.control3.results.genes.results   control
mus.48h.exp1.results.genes.results           exp
mus.48h.exp2.results.genes.results           exp
mus.48h.exp3.results.genes.results           exp
> library(DESeq2)
 
构建dds及利用results函数得到最终结果：
 
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = database,colData = coldata,design = ~condition)  #countData用于说明数据来源，colData用于说明不同组数据的实验操作类型，design用于声明自变量，即谁和谁进行对比
dds <- DESeq(dds)	#用于对dds数据进行运算及分析
res <- results(dds2,contrast = c("condition","control","exp"))	#生成结果文件
 
具体操作请注意大小写
 
操作实例：
 
> dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = database_1,colData = coldata,design = ~condition)
converting counts to integer mode

> dds2 <- DESeq(dds)
estimating size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing
> res <- results(dds2,contrast = c("condition","control","exp"))
> res
log2 fold change (MLE): condition control vs exp 
Wald test p-value: condition control vs exp 
DataFrame with 42202 rows and 6 columns
                                 baseMean     log2FoldChange             lfcSE                stat
                                <numeric>          <numeric>         <numeric>           <numeric>
gene:ENSMUSG00000000001  4975.47463350681   0.40129412229032 0.158622834629876    2.52986351698155
gene:ENSMUSG00000000003                 0                 NA                NA                  NA
gene:ENSMUSG00000000028  1354.30376755978 0.0279337153287204 0.145918838510525   0.191433235172753
gene:ENSMUSG00000000037 0.167499533540566  0.850236344411763   4.0804728567969   0.208367111913393
gene:ENSMUSG00000000049                 0                 NA                NA                  NA
...                                   ...                ...               ...                 ...
gene:ENSMUSG00000118636 0.342472921967151 -0.111544335017095   4.0804728567969 -0.0273361296427433
gene:ENSMUSG00000118637                 0                 NA                NA                  NA
gene:ENSMUSG00000118638                 0                 NA                NA                  NA
gene:ENSMUSG00000118639                 0                 NA                NA                  NA
gene:ENSMUSG00000118640  24.0588804554878   1.73883481104997 0.503013829968203    3.45683300826916
                                      pvalue                padj
                                   <numeric>           <numeric>
gene:ENSMUSG00000000001   0.0114106903449377  0.0366334294881918
gene:ENSMUSG00000000003                   NA                  NA
gene:ENSMUSG00000000028    0.848186183621707   0.912698954692459
gene:ENSMUSG00000000037    0.834942333626489                  NA
gene:ENSMUSG00000000049                   NA                  NA
...                                      ...                 ...
gene:ENSMUSG00000118636    0.978191640340057                  NA
gene:ENSMUSG00000118637                   NA                  NA
gene:ENSMUSG00000118638                   NA                  NA
gene:ENSMUSG00000118639                   NA                  NA
gene:ENSMUSG00000118640 0.000546563433122328 0.00292742174196498
 
至此，分析过程结束
 
四、结果文件整理及输出
 
res <- res[order(res$padj),]	#将结果文件按照res文件中的padj这一列进行降序排列，其中$符号表示res中的padj这一列
resdata <- merge(as.data.frame(res),as.data.frame(counts(dds,normalized = TRUE)),by = "row.names",sort =FALSE)	#合并结果文件res和构建的数据帧文件dds
write.csv(resdata,file = "结果文件名.csv")	#在工作目录中生成结果文件
 
操作实例：
 

> res <- res[order(res$padj),]
> resdata <- merge(as.data.frame(res),as.data.frame(counts(dds,normalized = TRUE)),by = "row.names",sort =FALSE)
> write.csv(resdata,file = "48h_results.csv")
 
备注：
 write.csv函数详细用法，请参考：
 
 
 
https://blog.csdn.net/u013421629/article/details/72771241
 
 
以上是做基因差异表达分析的基本流程
 完成！

一、视图和存储过程比较
【原理】利用系统表“sysobjects"和系统表“syscomments”，将数据库中的视图和存储过程进行对比。系统表"sysobjects"之前有详细介绍过，有兴趣可以看看：SQL Server系统表sysobjects介绍与使用

 
  width="728" height="90" frameborder="0" marginwidth="0" marginheight="0" vspace="0" hspace="0" allowtransparency="true" scrolling="no" id="aswift_0" name="aswift_0" style="left: 0px; position: absolute; top: 0px;">【代码】


 

  

      

       

        /*--调用示例 
       
       

        exec p_compdb 'DBNAME1','DBNAME2' 
       
       

        exec p_compdb 'DBNAME2','DBNAME3' 
       
       

        --*/
       
       

         
       
       

        CREATE 
        proc p_compdb 
       
       

        @db1 sysname, 
        --第一个库 
       
       

        @db2 sysname 
        --第二个库 
       
       

        as
       
       

        exec
        (
        ' 
       
       

        select 类型=case isnull(a.xtype,b.xtype) when '
        'V'
        ' then '
        '视图'
        ' else '
        '存储过程'
        ' end 
       
       

        ,匹配情况=case 
       
       

        when a.name is null then '
        '库 ['
        +@db1+
        '] 中无'
        ' 
       
       

        when b.name is null then '
        '库 ['
        +@db2+
        '] 中无'
        ' 
       
       

        else '
        '结构不同'
        ' end 
       
       

        ,对象名称=isnull(a.name,b.name),a.text as atext, b.text as btext
       
       

        from( 
       
       

        select a.name,a.xtype,b.colid,b.text 
       
       

        from ['
        +@db1+
        ']..sysobjects a,['
        +@db1+
        ']..syscomments b 
       
       

        where a.id=b.id and a.xtype in('
        'V'
        ','
        'P'
        ') and a.status>=0 
       
       

        )a full join( 
       
       

        select a.name,a.xtype,b.colid,b.text 
       
       

        from ['
        +@db2+
        ']..sysobjects a,['
        +@db2+
        ']..syscomments b 
       
       

        where a.id=b.id and a.xtype in('
        'V'
        ','
        'P'
        ') and a.status>=0 
       
       

        )b on a.name=b.name and a.xtype=b.xtype and a.colid=b.colid 
       
       

        where a.name is null 
       
       

        or b.name is null 
       
       

        or isnull(a.text,'
        ''
        ') <>isnull(b.text,'
        ''
        ') 
       
       

        --group by a.name,b.name,a.xtype,b.xtype 
       
       

        --order by 类型,匹配情况,对象名称'
        ) 
       
      
 

【执行结果】
 
二、数据表结构比较
【原理】利用系统表“sysobjects"、"sysindexes"、"sysindexkeys"、“syscomments”、"sysclumns"、"systypes"、"extended_properties"，将数据库中的表结构进行对比。（涉及到系统表比较多。就不一一介绍。直接上代码。）
【代码】

 

  

      

       

        /*--比较两个数据库的表结构差异--*/
       
       

          
       
       

        /*--调用示例 
       
       

        exec p_comparestructure 'DBNAME1','DBNAME2' 
       
       

        exec p_comparestructure 'DBNAME2','DBNAME3' 
       
       

        --*/
       
       

        create 
        proc p_comparestructure 
       
       

        @dbname1 
        varchar
        (250),
        --要比较的数据库名1 
       
       

        @dbname2 
        varchar
        (250) 
        --要比较的数据库名2 
       
       

        as
       
       

        create 
        table 
        #tb1(表名1 
        varchar
        (250),字段名 
        varchar
        (250),序号 
        int
        ,标识 
        bit
        ,主键 
        bit
        ,类型 
        varchar
        (250), 
       
       

        占用字节数 
        int
        ,长度 
        int
        ,小数位数 
        int
        ,允许空 
        bit
        ,默认值 sql_variant,字段说明 sql_variant) 
       
       

          
       
       

        create 
        table 
        #tb2(表名2 
        varchar
        (250),字段名 
        varchar
        (250),序号 
        int
        ,标识 
        bit
        ,主键 
        bit
        ,类型 
        varchar
        (250), 
       
       

        占用字节数 
        int
        ,长度 
        int
        ,小数位数 
        int
        ,允许空 
        bit
        ,默认值 sql_variant,字段说明 sql_variant) 
       
       

          
       
       

        --得到数据库1的结构 
       
       

        exec
        (
        'insert into #tb1 SELECT 
       
       

        表名=d.name,字段名=a.name,序号=a.colid, 
       
       

        标识=case when a.status=0x80 then 1 else 0 end, 
       
       

        主键=case when exists(SELECT 1 FROM '
        +@dbname1+
        '..sysobjects where xtype='
        'PK'
        ' and parent_obj=a.id and name in ( 
       
       

        SELECT name FROM '
        +@dbname1+
        '..sysindexes WHERE indid in( 
       
       

        SELECT indid FROM '
        +@dbname1+
        '..sysindexkeys WHERE id = a.id AND colid=a.colid 
       
       

        ))) then 1 else 0 end, 
       
       

        类型=b.name,占用字节数=a.length,长度=a.prec,小数位数=a.scale,允许空=a.isnullable, 
       
       

        默认值=isnull(e.text,'
        ''
        '),字段说明=isnull(g.[value],'
        ''
        ') 
       
       

        FROM '
        +@dbname1+
        '..syscolumns a 
       
       

        left join '
        +@dbname1+
        '..systypes b on a.xtype=b.xusertype 
       
       

        inner join '
        +@dbname1+
        '..sysobjects d on a.id=d.id  and d.xtype='
        'U'
        ' and  d.name <>'
        'dtproperties'
        ' 
       
       

        left join '
        +@dbname1+
        '..syscomments e on a.cdefault=e.id 
       
       

        left join sys.extended_properties g 
       
       

        ON 
       
       

        a.ID=g.major_id AND a.COLID=g.minor_id
       
       

        order by a.id,a.colorder'
        ) 
       
       

          
       
       

        --得到数据库2的结构 
       
       

        exec
        (
        'insert into #tb2 SELECT 
       
       

        表名=d.name,字段名=a.name,序号=a.colid, 
       
       

        标识=case when a.status=0x80 then 1 else 0 end, 
       
       

        主键=case when exists(SELECT 1 FROM '
        +@dbname2+
        '..sysobjects where xtype='
        'PK'
        ' and parent_obj=a.id and name in ( 
       
       

        SELECT name FROM '
        +@dbname2+
        '..sysindexes WHERE indid in( 
       
       

        SELECT indid FROM '
        +@dbname2+
        '..sysindexkeys WHERE id = a.id AND colid=a.colid 
       
       

        ))) then 1 else 0 end, 
       
       

        类型=b.name,占用字节数=a.length,长度=a.prec,小数位数=a.scale,允许空=a.isnullable, 
       
       

        默认值=isnull(e.text,'
        ''
        '),字段说明=isnull(g.[value],'
        ''
        ') 
       
       

        FROM '
        +@dbname2+
        '..syscolumns a 
       
       

        left join '
        +@dbname2+
        '..systypes b on a.xtype=b.xusertype 
       
       

        inner join '
        +@dbname2+
        '..sysobjects d on a.id=d.id  and d.xtype='
        'U'
        ' and  d.name <>'
        'dtproperties'
        ' 
       
       

        left join '
        +@dbname2+
        '..syscomments e on a.cdefault=e.id 
       
       

        left join sys.extended_properties g 
       
       

        ON 
       
       

        a.ID=g.major_id AND a.COLID=g.minor_id 
       
       

        order by a.id,a.colorder'
        ) 
       
       

        --and not exists(select 1 from #tb2 where 表名2=a.表名1) 
       
       

        select 
        比较结果=
        case 
        when 
        a.表名1 
        is 
        null 
        and 
        b.序号=1 
        then 
        '库1缺少表：'
        +b.表名2 
       
       

        when 
        b.表名2 
        is 
        null 
        and 
        a.序号=1 
        then 
        '库2缺少表:'
        +a.表名1 
       
       

        when 
        a.字段名 
        is 
        null 
        and 
        exists(
        select 
        1 
        from 
        #tb1 
        where 
        表名1=b.表名2) 
        then 
        '库1 ['
        +b.表名2+
        '] 缺少字段：'
        +b.字段名 
       
       

        when 
        b.字段名 
        is 
        null 
        and 
        exists(
        select 
        1 
        from 
        #tb2 
        where 
        表名2=a.表名1) 
        then 
        '库2 ['
        +a.表名1+
        '] 缺少字段：'
        +a.字段名 
       
       

        when 
        a.标识 <>b.标识 
        then 
        '标识不同'
       
       

        when 
        a.主键 <>b.主键 
        then 
        '主键设置不同'
       
       

        when 
        a.类型 <>b.类型 
        then 
        '字段类型不同'
       
       

        when 
        a.占用字节数 <>b.占用字节数 
        then 
        '占用字节数'
       
       

        when 
        a.长度 <>b.长度 
        then 
        '长度不同'
       
       

        when 
        a.小数位数 <>b.小数位数 
        then 
        '小数位数不同'
       
       

        when 
        a.允许空 <>b.允许空 
        then 
        '是否允许空不同'
       
       

        when 
        a.默认值 <>b.默认值 
        then 
        '默认值不同'
       
       

        when 
        a.字段说明 <>b.字段说明 
        then 
        '字段说明不同'
       
       

        else 
        '' 
        end
        , 
       
       

        * 
       
       

        from 
        #tb1 a 
       
       

        full 
        join 
        #tb2 b 
        on 
        a.表名1=b.表名2 
        and 
        a.字段名=b.字段名 
       
       

        where 
        a.表名1 
        is 
        null 
        or 
        a.字段名 
        is 
        null 
        or 
        b.表名2 
        is 
        null 
        or 
        b.字段名 
        is 
        null
       
       

        or 
        a.标识 <>b.标识 
        or 
        a.主键 <>b.主键 
        or 
        a.类型 <>b.类型 
       
       

        or 
        a.占用字节数 <>b.占用字节数 
        or 
        a.长度 <>b.长度 
        or 
        a.小数位数 <>b.小数位数 
       
       

        or 
        a.允许空 <>b.允许空 
        or 
        a.默认值 <>b.默认值 
        or 
        a.字段说明 <>b.字段说明 
       
       

        order 
        by 
        isnull
        (a.表名1,b.表名2),
        isnull
        (a.序号,b.序号)
        --isnull(a.字段名,b.字段名) 
       
       

        go 
       
      
 

【执行结果】

 ps：以上SQL执行请采用系统管理员（sysadmin）角色账号。其他角色我没有试过，有时间可以尝试一下。当我采用只映射了库”owner"权限的账号测试时，报如下错误：拒绝了对对象 'p_compdb' (数据库 'master'，架构 'dbo')的 EXECUTE 权限。
本文写作时，采用的是SQL SERVER 2005版本,不保证其他版本也能正常运行。如其他版本有问题，可以留言，共同学习探讨。调试环境明细如下：
Microsoft SQL Server Management Studio 9.00.1399.00
Microsoft Analysis Services 客户端工具 2005.090.1399.00
Microsoft 数据访问组件 (MDAC) 6.1.7600.16385 (win7_rtm.090713-1255)
Microsoft MSXML 3.0 4.0 6.0 
Microsoft Internet Explorer 8.0.7600.16385
Microsoft .NET Framework 2.0.50727.4984
操作系统   6.1.7600

一、前言
 
git分支之间的差异提交对比，可以让我们更清晰的认识到两个分支之间的差异，比如在合并完分支后，对比一下分支是否没有差异来确定合并完成；在开发完成之后，执行分支差异对比来看需要有多少个合并提交等等。
 
二、正文
 
其中使用git log去查询对比两个分支提交的差集，可以看两个分支的差异，以及在合并完分支后确认是否所有的提交已经被包含，而不是用肉眼去查看代码。
 
如图所示，是从master拉出的两个分支。
 
 
我们使用本地两个不同分支对比
 
git log ^1-F 2-F ——以本地1-F为基础，查看2-F多出的commit log：5，6。
 
远程相同分支对比
 
git log 1-F ^origin/1-F——以远程1-F为基础，查看本地1-F多出的commit log：3，4。
 
三、结语
 
以上是对git log使用来获取分支间差异提交的一个小总结，这个git系列就先更新到这里，以后还会有对git更多更深入的学习，共同期待一下子。
 
其中一些参考资料如下：
 
廖雪峰git讲解——图文并茂的讲解git使用
 
https://www.liaoxuefeng.com/wiki/0013739516305929606dd18361248578c67b8067c8c017b000
 
git官方解释文档——讲解git命令多场景使用
 
https://git-scm.com/book/zh/v2
 
《git权威指南》——较为深入讲解git原理