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  • https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
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  • wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ##然后在该目录下bash 该文件 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 将进入miniconda的界面如下 键入yes...

    在linux下安装miniconda首先选择清华的镜像

    wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
    ##然后在该目录下bash  该文件
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    

    将进入miniconda的界面如下
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述

    键入yes后,进入miniconda3的安装

    在这里插入图片描述

    但是昨天不知道为什么,我的安装一直报错,然后我今天在昨天安装的文件夹下,把安装的文件夹删除了,重新安装

    报错
    在这里插入图片描述
    删除安装文件

    在这里插入图片描述
    进行下一步的重新安装

    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    
    

    可以看到各个安装的包的位置

    在这里插入图片描述
    然后切换目录到miniconda3的bin

    cd /root/miniconda3/bin
    
    cat ~/.bashrc
    查看bashrc  结果如下
    
    

    在这里插入图片描述
    然后把红框框里的路径加入环境变量,然后再执行conda

    在这里插入图片描述

    然后在此配置BWA的环境

    conda  create -n wes  python=2 bwa
    
    

    在这里插入图片描述
    尽管在上面的过程安装好了miniconda3,但是在创建bwa的环境的时候,还是会报错,说当前的channels不可用。

    于是在老哥的指点下,我用conda安装了bioconda,然后安装了bwa

    conda install -c bioconda bwa
    
    

    在此目录下,可以直接运行bwa
    在这里插入图片描述

    注意目录
    在这里插入图片描述

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  • Python Miniconda

    2020-10-16 17:26:40
    找到"Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。 " Miniconda: https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html conda与anaconda、miniconda的区别: C...

    miniconda下载

    1. 百度搜索conda 清华
    2. 进入Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua...
    3. 找到"Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。
      "
    4. Miniconda:     https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

    conda与anaconda、miniconda的区别:

    • Conda是一个包管理器;Anaconda是一个发行包
      conda可以理解为一个工具,也是一个可执行命令,其核心功能是包管理与环境管理。包管理与pip的使用类似,环境管理则允许用户方便地安装不同版本的python并可以快速切换
    • Anaconda是一个打包的集合器皿,里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等,所以也称为Python的一种发行版。也可以理解:conda是包的管理,可以安装包(conda install samtools),删除环境(),查找等用法。
    • 其实还有Miniconda,顾名思义,它只包含最基本的内容——python与conda,以及相关的必须依赖项,对于空间要求严格的用户,Miniconda是一种选择
    # 第一步下载
    
    # 第二步安装
    Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh 
    # 按enter--三下空格--输入yes--按enter--输入yes
    source  ~/.bashrc
    # 激活配置
    
    # 第三步:配置镜像
    # 配置镜像(安装一次,镜像也只配置一次,注意不要复制错误!!!)
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    conda config --set show_channel_urls yes
    # 执行完上述命令后,会生成~/.condarc
    
    # 第四步:创建小环境并安装软件
    # 创建名为rna的软件安装环境,同时安装python=2版本的软件
    conda create -n rna python=2
    # 出现三个done
    
    # 查看当前conda环境
    # 可以看到成功建立的rna
    conda info --envs
    
    # 激活/进入conda的rna环境,避免安装软件时安装到大环境
    source activate rna
    # 小环境创建成功,可以随便安装软件到小环境里啦
    
    # 尝试
    # 安装 sra-tools软件
    conda search sra-tools  
    conda install -y sra-tools  # done正确安装,且能调出软件help
    ......
    source deactivate # 退出当前环境
    

    --------------------------------------------------------------------------------------------------------------

    1. conda 激活名称为 myenv 的环境

    $ conda activate myenv
    

    2. conda 退出当前环境

    $ conda deactivate
    

    将退出当前环境,回到终端命令行

    3. 列出环境列表

    $ conda env list
    

     

    base                  *  /Users/xxx/miniconda3
    myenv                    /Users/xxx/miniconda3/envs/myenv
    

    * 号所在行为当前环境

    4. 创建环境

    在终端输入命令,稍等片刻,输入 y

    $ conda create -n myenv python
    或者指定Python的版本
    $ conda create -n myenv python=2.7

    5.conda 安装包

    $ sudo pip install opencv-python
    或者
      conda install numpy scipy pandas
    # 安装指定版本的包
      conda install numpy=1.1
    

    6. 导出环境

    先进入当前环境,输入命令

    $ conda env export > environment.yaml
    

    此命名只导出通过conda install 安装的包,需要导出pip install 安装的包,在终端执行命令

    $ pip freeze > requirements.txt 
    

    7. 从导出的 environment.yaml 文件创建环境

    conda create -f environment.yaml -n myenv
    

    8. pip 删除全部包

    $ pip uninstall -r requirements.txt -y -v
    

    -r 包列表文件, -y 不提示是否删除, -v 输出日志

    9. conda 删除环境

    $ conda env remove -n myenv
    

    当前环境的包也全部被删除

    10. 解决终端自动激活基本环境(base),在终端输入

    	conda config --set auto_activate_base false
    

    如果需要每次都自动激活,在终端输入

    	conda config --set auto_activate_base true

    安装Anaconda/Miniconda以后无法识别conda命令

     

    1. 修改环境变量

      vim ~/.bashrc
      在最后添加:
      export PATH=~/miniconda2/bin:$PATH
      注意具体的路径需要根据实际情况添加

    2. 重启环境变量:

      source ~/.bashrc

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  • Centos7部署Miniconda以及配置Jupyter Anaconda下载地址: ...Miniconda 下载地址: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 一、安装Miniconda   本文以CentOS...

    Centos7部署Miniconda以及配置Jupyter


    一、安装Miniconda

      本文以CentOS Linux release 7.2.1511 (Core)系统为例,一步步在Centos7中部署Python环境。

    1.1、下载 Miniconda

      打开 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ ,选择最新的Miniconda 版本,使用wget + 下载地址 下载在Linux服务器, 如下:
    在这里插入图片描述
    .sh 结尾的文件是shell脚本,下载到linux本地只需要执行就可以了。若没有wget命令可以通过yum install wget下载wget命令。如下:(安装wget命令)
    在这里插入图片描述
    下载Miniconda
    在这里插入图片描述

    点击右键->复制链接地址,通过wget + 链接地址进行下载,如下:
    在这里插入图片描述

    1.2、安装 Miniconda

      下载完成后在wget的当前位置会存在Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shshell脚本,只需要sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh运行即可,安装过程如下:
    在这里插入图片描述
    执行此脚本可能需要unzip2依赖包,检测到系统没有,安装bunzip2

    [root@yankerp ~]# yum install bzip2 -y
    

    在这里插入图片描述
    在第一次运行脚本的时候已经报错,但是在目录中会生成一个miniconda3目录,这时候需要删除miniconda3目录,再次执行脚本, 过程如下:
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
    安装结束后执行source /root/.bashrc使配置生效…
    在这里插入图片描述

    添加Anaconda仓库镜像源

    [root@yankerp ~]# conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    [root@yankerp ~]# conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    [root@yankerp ~]# conda config --set show_channel_urls yes
    
    1.3、搭建属于自己的python环境

    在这里以我自己的为例,创建一个叫yankerp的虚拟环境,Python版本为:3.6

    [root@yankerp ~]# conda create -n yankerp python=3.6
    

    在这里插入图片描述

    1.4、验证Python环境并安装Jupyter

    验证Python环境
    在这里插入图片描述
    安装Jupyter notebook

    (yankerp) [root@yankerp ~]# pip install jupyter
    

    在这里插入图片描述

    安装成功如下:

    (yankerp) [root@yankerp ~]# pip freeze | grep jupyter
    

    在这里插入图片描述

    1.5、Jupyter的相关配置

    生成Jupyter配置文件

    (yankerp) [root@yankerp ~]# jupyter notebook --generate-config
    Writing default config to: /root/.jupyter/jupyter_notebook_config.py
    

    设置Jupyter密码

    (yankerp) [root@yankerp ~]# 
    Enter password: 
    Verify password: 
    [NotebookPasswordApp] Wrote hashed password to /root/.jupyter/jupyter_notebook_config.json
    (yankerp) [root@yankerp ~]# cat /root/.jupyter/jupyter_notebook_config.json
    {
      "NotebookApp": {
        "password": "sha1:c523071916ab:d840a18687820537c490c1130196be0bff42f2d3"
      }
    }(yankerp) [root@yankerp ~]# 
    

    在这里插入图片描述
    打开Jupyter配置文件,在按shirt+G,末尾添加如下配置

    (yankerp) [root@yankerp ~]# vi /root/.jupyter/jupyter_notebook_config.py
    # 是否允许notebook在root用户下运行.
    c.NotebookApp.allow_root = True
    # notebook服务监听IP地址, 默认是 localhost 修改为本机IP地址
    c.NotebookApp.ip = '192.168.1.103' 
    # notebook 工作目录,前提是得先创建
    c.NotebookApp.notebook_dir = '/root/yankerp_data'
    # notebook的密码 用来登陆时验证,密码在以上设置密码生成的json文件中...
    c.NotebookApp.password = u'sha1:c523071916ab:d840a18687820537c490c1130196be0bff42f2d3'
    

    在这里插入图片描述

    配置完成后启动jupyter Notebook

    启动Jupyter notebook时,若出现root警告信息导致启动失败,请设置:c.NotebookApp.allow_root = True,或者:jupyter notebook --allow-root方式启动,若还不能正常访问则:systemctl stop firewalld 关闭防火墙,访问如下:
    在这里插入图片描述
    输入设置的密码,并登陆
    在这里插入图片描述
    运行代码
    在这里插入图片描述

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  • Miniconda安装

    2021-03-18 10:51:07
    文章目录前言二、使用步骤1.下载, 使用清华下载源,进入miniconda下载页面2.安装3.使用 前言 安装环境miniconda。 # 一、Miniconda 是什么?...Miniconda 是一个 ...​ https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help
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    [yff@SMART-SIT-APP-01 ~]$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.7.12-Linux-x86_64.sh [yff@SMART-SIT-APP-01 ~]$ sudo sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  • ubuntu安装与卸载miniconda

    千次阅读 2020-09-01 16:03:27
    下载minconda 下载有两种方式: 1.去清华镜像下载对应的版本的miniconda,注意不要下载太新的,太新的不再支持镜像源安装第三方库。...wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Minic
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  • miniconda换源

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  • miniconda3安装及换国内源

    千次阅读 2020-08-13 14:47:39
    wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 安装时许可协议可打yes,默认目录为~/miniconda3,默认不运行conda...
  • 我们直接去国内的清华源下载,下面是链接地址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载完之后,我们开始安装 2.安装Miniconda 首先进入~/Downloads目录 我们完成了安装 执行换源操作 ...
  • linux安装或卸载miniconda ...在linux在使用以下命令下载miniconda # 在linux在使用以下命令下载miniconda wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linu...
  • 在清华源选择需要的conda版本 ...wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda-1.6.0-Linux-x86_64.sh 安装 bash Miniconda-1.6.0-Linux-x86_64.sh #根据提示安装即可 ...
  • 安装miniconda第一步:下载 miniconda3wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh第二步:配置执行权限#7=4+2+1 r=4,w=2,x=1 可读可写可运行 chmod 777 ...
  • 快速安装miniconda3并配置国内源

    千次阅读 2020-08-30 16:10:01
    wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 安装时许可协议可打yes,默认目录为~/miniconda3,默认不运行...
  • Miniconda3的环境配置

    2021-02-03 22:59:44
    写在这里的初衷,一是备忘,二是希望得到高人指点,三是希望能遇到志同道合的朋友。 ... 目录一、Miniconda简介二、配置教程 一、Miniconda简介 ...Anaconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsi.
  • Miniconda3换源(清华源)

    万次阅读 2019-03-14 19:51:24
    更换miniconda3的源,以清华的源为例: 清华源地址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ 安装完miniconda3之后,执行下列命令即可(一行一行复制执行) conda config --add channels ...

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