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R语言 iterativeBMAsurv包 crossVal()函数中文帮助文档(中英文对照)
(出处: 生物统计家园)
crossVal(iterativeBMAsurv)
crossVal()所属R语言包：iterativeBMAsurv
                                    Cross Validation for Iterative Bayesian Model Averaging
交叉验证的迭代贝叶斯模型平均

译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------
This function performs k runs of n-fold cross validation on a  training dataset for survival analysis on microarray data, where
这个函数执行ķ运行n倍交叉验证，对微阵列数据的生存分析的训练集，其中
用法----------Usage----------
crossVal(exset, survTime, censor, diseaseType=“cancer”, nbest=10, maxNvar=25, p=100, cutPoint=50, verbose=FALSE, noFolds=10, noRuns=10)
参数----------Arguments----------
参数：exset
Data matrix for the training set where columns are variables  and rows are observations. In the case of gene expression data,  the columns (variables) represent genes, while the rows  (observations) represent samples. The data is not assumed to be pre-sorted by rank.
数据为训练集，列变量和行矩阵意见。在基因表达数据的情况下，列（变量）代表的基因，而行（意见）代表样品。不承担由排名预先排序的数据。
参数：survTime
Vector of survival times for the patient samples in the  training set. Survival times are assumed to be presented  in uniform format (e.g., months or days), and the length  of this vector should be equal to the number of rows in  exset.
矢量病人在训练集样本的存活时间。假设存活时间要统一格式（例如，数月或数天），这个向量的长度应该是平等的行在exset数。
参数：censor
Vector of censor data for the patient samples in the  training set. In general, 0 = censored and 1 = uncensored.  The length of this vector should equal the number of rows  in exset and the number of elements in survTime.
向量的病人在训练集样本的数据进行审查。在一般情况下，0 =审查，1 =未经审查的。这个向量的长度应等于行在exset元素在survTime的数量。
参数：diseaseType
String denoting the type of disease in the training dataset  (used for writing to file). Default is ‘cancer’.
字符串，表示在训练集（用于写入文件）的疾病类型。默认为“癌症”。
参数：nbest
A number specifying the number of models of each size  returned to bic.surv in the BMA package.  The default is 10.
返回一个数字，指定每个大小的模型bic.survBMA包。默认为10。
参数：maxNvar
A number indicating the maximum number of variables used in each iteration of bic.surv from the BMA package. The default is 25.
一个数字，指示中用于bic.survBMA包的每个迭代变量的最大数目。默认值为25。
参数：p
A number indicating the maximum number of top univariate genes used in the iterative bic.surv algorithm.  This number is  assumed to be less than the total number of genes in the training data. A larger p usually requires longer computational time as more iterations  of the bic.surv algorithm are potentially applied. The default is  100.
一个数字，指示迭代bic.surv算法中使用的顶级单因素基因的最大数量。这个数字被认为是比在训练数据的基因总数少。一个更大的P级通常需要更长的计算时间bic.surv算法迭代潜在应用。默认是100。
参数：cutPoint
Threshold percent for separating high- from low-risk groups.  The default is 50.
分离高从低风险群体的阈值％。默认值是50。
参数：verbose
A boolean variable indicating whether or not to print interim  information to the console. The default is FALSE.
一个布尔变量，表示是否打印到控制台的临时信息。默认值为FALSE。
参数：noFolds
A number specifying the desired number of folds in each cross validation run. The default is 10.
一个数字，指定在每个交叉验证运行所需数量的褶皱。默认为10。
参数：noRuns
A number specifying the desired number of cross validation runs. The default is 10.
运行一个数字，指定交叉验证所需数量。默认为10。
Details
详情----------Details----------
This function performs k runs of n-fold cross validation, where k and n are specified by the user through the noRuns and noFolds  arguments respectively. For each run of cross validation, the training set, survival times, and censor data are re-ordered according to a  random permutation. For each fold of cross validation, 1/nth of the data  is set aside to act as the validation set. In each fold, the  iterateBMAsurv.train.predict.assess function is called in order  to carry out a complete run of survival analysis. This means the  univariate ranking measure for this cross validation function is Cox  Proportional Hazards Regression; see iterateBMAsurv.train.wrapper  to experiment with alternate univariate ranking methods. With each run  of cross validation, the survival analysis statistics are saved and
这个函数执行k的n倍交叉验证，K和N通过noRuns和noFolds参数分别指定用户运行。对于每个交叉验证，训练集，存活时间，检查员运行数据重新排序，根据随机排列。对于每个倍交叉验证，1/n日的数据是预留作为验证集。在每个倍，被称为iterateBMAsurv.train.predict.assess功能以进行生存分析的一个完整的运行。这意味着这种交叉验证功能的排名措施是单因素Cox比例风险回归;看到iterateBMAsurv.train.wrapper候补单因素的排名方法与实验。每个交叉验证的运行，生存分析统计资料保存和
值----------Value----------
The output of this function is a series of files giving information on cross validation results. The file beginning with ‘foldresults’ contains information for every fold in the form of a 2 x 2 table indicating the  number of test samples in each category (high-risk or censored,  high-risk or uncensored, low-risk or censored, low-risk or uncensored). This file also gives the accumulated percentage of  uncensored statistic from each run. The file beginning with ‘runresults’ gives the total number of test samples assigned to each category along with percentage uncensored across the entire run. The end of  this file contains this same information, averaged across all runs. The  file beginning with ‘stats’ gives the statistics from each fold, including  the p-value, chi-square statistic, and variance matrix. Finally, the file  beginning with ‘avg_p_value_chi_square’ gives the overall means and standard  deviations of the p-values and chi-square statistics across all runs and all
这个函数的输出是一系列文件，提供交叉验证结果的资料。的foldresults文件的开头包含在一个2×2表表明在每个类别中的试验样品的数量（高风险或审查，高风险或未经审查的，低风险或审查，低的形式为每倍的信息风险或未经审查的）。该文件还提供未经审查的统计，从每次运行的累计百分比。该文件的开头runresults“给出了随着整个运行未经审查的百分比分配给每个类别的测试样品总数。这个文件包含此相同的信息，平均在所有运行。与“统计”的文件开始给每个倍数的统计，包括p值，卡方统计，方差矩阵。最后，“AVG \ _p \ _value \ _chi \ _square”给人的整体手段和P-值的标准偏差和卡方统计，在所有运行和所有文件的开头
注意----------Note----------
The BMA package is required. Also, smaller training sets may lead to cross validation folds where all test samples are assigned to one risk group  or all samples are in the same censor category (all samples are either censored or uncensored). In this case, the fold is skipped, and cross validation proceeds  from the next fold. This particular error will be evidenced by a missing fold  result in the output files. All averages will be calculated as if this fold had
BMA包是必需的。此外，较小的训练集，可能会导致交叉验证所有测试样品被分配到一个危险群或全部样品的褶皱是在同一检查员类别（所有样品被审查或审查）。在这种情况下，被跳过倍，从下折交叉验证的收益。这个特殊的错误，将在输出文件丢失倍，结果证明。将计算所有平均值，如果这一倍
参考文献----------References----------
Iterative Bayesian Model Averaging for Survival Analysis. Manuscript in Progress.
Bayesian model selection in social research (with Discussion). Sociological Methodology 1995 (Peter V. Marsden, ed.), pp. 111-196, Cambridge, Mass.: Blackwells.
Bayesian Model Averaging in Proprtional Hazard Models: Assessing the Risk of a Stroke.  Applied Statistics 46: 433-448.
Bayesian Model Averaging: Development of an improved multi-class, gene selection and classification tool for microarray data.  Bioinformatics 21: 2394-2402.
iterateBMAsurv.train.predict.assess iterateBMAsurv.train.wrapper,   iterateBMAsurv.train, singleGeneCoxph, predictBicSurv, predictiveAssessCategory, trainData, trainSurv,  trainCens
iterateBMAsurv.train.predict.assessiterateBMAsurv.train.wrapper，iterateBMAsurv.train，singleGeneCoxph，predictBicSurv，predictiveAssessCategory，trainData，trainSurv，
举例----------Examples----------
library (BMA)
library(iterativeBMAsurv)
data(trainData)
data(trainSurv)
data(trainCens)
Perform 1 run of 2-fold cross validation on the training set, using p=10 genes and nbest=5 for fast computation[＃1 2倍交叉验证的训练集上运行，使用快速计算P = 10基因和nbest的= 5]
cv <- crossVal (exset=trainData, survTime=trainSurv, censor=trainCens, diseaseType=“DLBCL”, noRuns=1, noFolds=2, p=10, nbest=5)
Upon completion of this function, all relevant output files will be in the working R directory.[＃此功能完成后，所有相关的输出文件将在r目录的工作。]
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。


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• <div><p>如题，请各位高手赐教，谢谢！</p><p>该提问来源于开源项目：YCG09/chinese_ocr</p></div>
• 前言 在使用keras时候报错Keyerror ‘acc’，这是一个keras版本问题，acc和accuracy本意是一样的，但是不同keras版本使用不同命名，因此需要更换。...冒号中英文切换的问题 即使是在 ‘ ‘ 里的，也要
• val 类似于java中final修饰变量 val 修饰的变量，引用地址值不可变。 是英文单词value常量的缩写 val修饰的变量，.class文件中只有getter()方法，没有setter()方法 var 是英文单词variable变量的缩写 var 修饰的...
val 类似于java中final修饰变量

val 修饰的变量，引用地址值不可变。
是英文单词value常量的缩写
val修饰的变量，.class文件中只有getter()方法，没有setter()方法

var 是英文单词variable变量的缩写

var 修饰的变量是引用地址值可变。
.class文件有getter()和setter()方法，
如果修饰引用变量，var person:Person，person指向的地址值可以变。

immutable 值不可变的包，对比java中的常量池

体现在集合中，在具体的包中
如果经过操作后，只能形成新的集合(引用中的值不可以被改变)
经过运算操作后，只能形成新的集合。

mutable 可变的，对比java中的StringBuilder/StringBuffer

此包下的集合，值的内容可以改变，改变后还能指向本引用
经过运算操作后，可以形成新的集合(集合中的引用地址值发生了修改)，也可以不形成新的集合(集合中的引用地址值没有发生变化了，知识内容值发生了改变)


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• 现在主要是从《Scala 编程》（原书名为《Programming in Scala》，网上找一找就有得下载英文原版的）这本国内翻译仍不完整（但也已经够我探索的了）的 pdf 文档了解、学习一下关于 Scala 语言的细节。 一边看书一边...

近来 Scala 语言受到挺大的关注，我这个后知后觉者也来尝一下鲜。现在主要是从《Scala 编程》（原书名为《Programming in Scala》，网上找一找就有得下载英文原版的）这本国内翻译仍不完整（但也已经够我探索的了）的 pdf 文档了解、学习一下关于 Scala 语言的细节。
一边看书一边尝试着验证一下书中所说的 Scala 语言细节特性方面的内容。就如同作者所说“尝试自己输入是一个强迫你的大脑思考每一行代码的方式。尝试各种各样的变化是让它们变得更有趣也是让你确信你已真正明白它们如何工作的方法。”
1、用 val 关键字来定义一个不可变的变量，其效果如同 Java 中的 final 修饰的变量不可被重新赋值。例如，val msg = "hello everybody !" 相当于把字符串 "hello everybody !" 绑定到变量名 msg 当中，以后使用 msg 则对应将操作应用在 "hello everybody !" 字符串上。
但是，在《Programming in Scala》中的第 51 页的注释中说到“In the interpreter, however, you can de?ne a new val with a name that was already usedbefore. ”即在解释器中，我们可以使用已经存在的 val 变量名来重新定义另一个val 变量。如下图：

很明显，直接打开 %SCALA_HOME%\bin\scala.bat 启动交互式的解释器模式键入这些语句，是不会出错的，即可以将一个已存在的 val 变量名重新定义为另一个新的 val 变量，这样不属于重新赋值。但是，当我把这几个语句写在脚本文件 step03.scala 中，并在命令行提示符窗口进入到该文件目录下使用 scala 命令（我已经配置好了 Scala 环境变量）执行该脚本时，发现情况有所不同。
脚本文件内容如下图：

试图执行该脚本时控制台发出下面的错误提示：

看到这样的错误信息，很容易让我们觉得《Programming in Scala》中作者的注释有点儿模糊，我很奇怪为什么两种不同的执行情况下（相同的代码）会有不同的结果。其实，书中 51 页对此的注释中还提示说关于重新使用 val 变量名的细节将在 4.3 节中说明，那是关于变量作用范围的讲解。我稍微看了一下，然后把脚本文件修改如下，其实就是对后面两个语句加上一对大括号 { 。

再次执行该脚本，结果如下图：

其实，这样子的“试验”还是不能让我明白到底是怎样的具体情况，因为加上大括号之后不过就是跟我们平时使用其他语言编程时缩小了变量 msg 的作用域，并把较大作用域的 msg 给覆盖掉而已。只能读到相关的那一章才能明白作者的这一句注释是什么意思、在什么情况下使用。而且，注释中还有一句“In the interpreter”这个前提，这应该也是一个关注点所在。

转载于:https://blog.51cto.com/haolloyin/384173
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• 写作本篇文章的意义：jQuery的教程千千万，却没有英文版的API讲的系统、到位，一些话用中文翻译过来味道就变了，所以我将英文版的API的一些常用的方法单独提出来放在这里，并用自己的实践+理解陈述，在大家懒得查看...
@@@@属性篇：
写作本篇文章的意义：jQuery的教程千千万，却没有英文版的API讲的系统、到位，一些话用中文翻译过来味道就变了，所以我将英文版的API的一些常用的方法单独提出来放在这里，并用自己的实践+理解陈述，在大家懒得查看官网的时候可以做为参考。
属性的作用的原文描述：These methods get and set DOM attributes of elements.即用来获取/设置DOM元素的属性的值；我们经常需要在页面中从元素中取值和设值，这些方法使用频次“非常高”！所以掌握它是成为牛逼工程师必须的基本功啦！

Description: Adds the specified class(es) to each element in the set of matched elements.
添加指定的类到匹配元素集合中的每一个元素。
类型：String
一个或多个类（用空格隔开）添加到匹配的元素的class属性。
类型：Function（Integer index , String currentClassName)==>String
一个函数返回一个或多个空格分隔的类名称添加到现有的类名(s)。 接收元素的索引位置的设置和现有的类名(s)作为参数。 在函数内this是指当前元素的集合。
3、examples:
①一次添加多个类：

$("p").addClass("myClass yourClass");  ②切换元素的类从一个到另一个： $("p").removeClass("myClass noClass").addClass("yourClass");


所有p段落中的myClass和noClass都被移除，yourClass则被加入到所有匹配的p元素中。
③接收一个function函数：

$("ul li").addClass(function( index ){ return "item-"+index; })  如果给定无序列表中的两个<li>元素，那么上面的函数的作用是将在第一个<li>中加入item-0类，第二个<li>中加入item-1类。 |||||| .attr() Description：Get the value of an attribute for the first element in the set of matched elements or set one or more attributes for every matched element. 获取匹配元素集合的属性的第一个元素的值，或者设置一个或多个属性给匹配的每个元素。 .attr(attributeName);//只获取匹配元素集合的第一个元素的属性值，想要获取多个值可以利用jQuery的.each()或.map()方法 .attr(attributeName,value);//给制定的属性设置值 ①获取属性值： <body> <input id="check1" checked="checked" type="checkbox" /> <label for="check1" >check me</label> <script>$("input").change(function(){
var $input=$("input[id='check1']");
$("p").html("通过.attr('checked')获取checked的值:"+$input.attr("checked")+<br>
"通过.prop('checked')获取checked的属性值："+$input.prop("checked")+<br> "通过.is(':checked')获取checked的属性值："+$input.is(":checked")+<br>
}
</script>
</body>

结果： Check me

.attr( 'checked' ): checked//取值
.prop( 'checked' ): true//判断
.is( ':checked' ): true//判断


上面针对checkbox的情况，相对比较特殊，.attr()是取得属性的值，.prop()在checked, selected,  disabled三个DOM元素属性取值时，返回的结果是布尔型，其他情况下都是返回属性值。
示例：

  <style>
em {
color: blue;
font-weight: bold;
}
div {
color: red;
}
</style>
<script src="https://code.jquery.com/jquery-1.10.2.js"></script>
<body>
<p>Once there was a <em title="huge, gigantic">large</em> dinosaur...</p>
The title of the emphasis is:<div></div>
<script>
var title = $( "em" ).attr( "title" ); //var title=$("em").prop("title");与.attr()效果一样
$( "div" ).text( title ); </script>  当设置checkbox的选中情况时：  <body> <input type="checkbox" checked="checked"> <input type="checkbox"> <input type="checkbox"> <input type="checkbox" checked="checked"> <script>$( "input[type='checkbox']" ).attr("checked",false);
$("input[type='checkbox']").prop("checked",false);//与.attr()效果一样 </script> </body>  ②设置属性值： .attr(attributeName,value):这种方法设置属性值非常方便，且看： <img id="greatPhoto" src="1.jsp" alt="this is a photo" /><script>$("#greatPhoto").attr("alt","come form my world!");</script>

设置多个属性值：

$( "#greatPhoto" ).attr({ alt: "Beijing Brush Seller", title: "photo by Kelly Clark" });  用函数来设置值： <scirpt>$("#greatephoto").attr(function( i , val){//获取第i个id值为greatphoto的变量值val，此处的i即是id的索引值，val为其对应的id值
return val+"change";
})
</script>


设置id的div基于页面中的位置：

<body>

<div>Zero-th <span></span></div>
<div>First <span></span></div>
<div>Second <span></span></div>

<script>
$("div").attr("id".function(arr){//设置id的属性值，arr的值即是id属性的值，此处没有用变量i来对应，因为下面用了.each()来循环设置 return arr+"div-id"; }).each(function(){//循环追加信息$("span",this).html("id='<b>"+this.id+"</b>'");//this指代当前循环的"span"对象
})
</script>

</body>


|||||| .hasClass()
Description: Determine whether any of the matched elements are assigned the given class.
用来判断是否有匹配的类。应用相对比较简单，看例即知：

 <div id="mydiv" class="foo bar"></div>
//判断是否含有类
$( "#mydiv" ).hasClass( "foo" )  |||||| .html() Description: Get the HTML contents of the first element in the set of matched elements. 用来获取匹配的元素集合的第一个元素的文本内容。 <div class="demo-container"> <div class="demo-box">Demonstration Box</div> </div> //获取div中的内容$( "div.demo-container" ).html();


当.html()方法中输入内容时，则会改变对应元素的文本内容。

|||||| .removeAttr()
Description: Remove an attribute from each element in the set of matched elements.
清除所有匹配的元素集合的元素。
.removeAttr()方法是从javascript中的.removeAttribute()继承过来，但是jQuery的此方法可以在不同版本的浏览器上运行。
.removeAttr(attributeName)需要的类型是String类型：
下面这个例子比较经典，略带一点逻辑：

<button>Change title</button>
<input type="text" title="hello there">
<div id="log"></div>

<script>
(function() {
var inputTitle = $( "input" ).attr( "title" );$( "button" ).click(function() {
var input = $( this ).next();//选择同级元素的下一个元素，也就是下面那个div标签对象 if ( input.attr( "title" ) == inputTitle ) {//如果div对象的title值与input对象的title值相同就清除div对象的title属性值，不相同的情况下则添加input对象的title属性值给div对象 input.removeAttr( "title" ) } else { input.attr( "title", inputTitle ); }$( "#log" ).html( "input title is now " + input.attr( "title" ) );
});
})();
</script>


.removeAttr()与.removeProp()的作用基本相似。

|||||| .val()
Description: Get the current value of the first element in the set of matched elements.
获取匹配元素集合的第一个元素的值。
注意事项：The .val() method is primarily used to get the values of form elements such as input, select and textarea. When called on an empty collection, it returns undefined.
通常用于input、select、textarea。

//获取下拉框的foo类中被选中的项的值
$( "select.foo option:selected").val(); // 获取所有foo类的下拉框的值$( "select.foo" ).val();

// 获取被选中的复选框的值
$( "input:checkbox:checked" ).val(); // 获取被选中的单选按钮的值$( "input:radio[name=bar]:checked" ).val();


下面的例子实现：单选下拉框显示选项的值，多选下拉框显示选中项的值：

<p></p>

<select id="single">
<option>Single</option>
<option>Single2</option>
</select>

<select id="multiple" multiple="multiple">
<option selected="selected">Multiple</option>
<option>Multiple2</option>
<option selected="selected">Multiple3</option>
</select>

<script>
function displayVals(){
var singleVal=$("#single").val(); var multipleVals=$("#multiple").val()|| [];//这样写也可以：var multipleVals=$("#multiple").val();$("p").html(singleVal+"  "+multipleVals.join(","));
}

displayVals();//调用displayVal()方法

$("select").change(displayVals);//当select对象的选项改变时，调用change方法，调用displayVals()方法，如果不加此行，则在变换的时候，不会调用displayVal()这个方法。 </script>  从input对象中取值： <div> <input type="text" value="some words" /> <p></p> </div> <script>$("input").keyup(function(){
var inputValue=$(this).val();$("p").text(inputValue);
}).keyup();
</script>


||| .val(value)、.val(function)
Description: Set the value of each element  in the set of matched elements.
给匹配元素集合的每一个元素设值。

① 点击各个button后将其文本值赋给input对象的文本域：

<div>
<button>Filed1</button>
<button>Filed0</button>
<button>Filed1</button>
<input type="text" />
</div>
<script>
$("button").click(function(){$("input").val($(this).text()); }) </script>  ②使用函数声明修改Input对象的值： <div> <input type="text" value="do something"/> <input type="text" value="do something"/> <input type="text" value="do something"/> </div> <script>$("input").blur(function(){//当Input对象失去焦点的时候，函数开始
$(this).val(function(i,val){//取得第i个input对象的value值 return val.toUpperCase();//把这个值转换成大写 }) ; }) </script>  至此，所有jQuery的常用属性类方法已经整理完毕。 转载于:https://www.cnblogs.com/bossen/p/5920975.html 展开全文 • 今天无意间发现使用jquery的val()方法获取textarea的值时，获取出来的值末尾少了一个汉字，如果末尾是英文字符则不会少 看了会没找到问题，换一个思路，发现textarea有一个innerText属性，于是改为下面这种实现，未... • // 正则提取数字英文 regular(val) { var number = val.replace(/[^0-9]/gi, ""); var english = val.replace(/[^a-z]+/gi, ""); val = number + english; return val; }, • php中英文符号替换的方法：1、简单替换，代码为【$val1=str_replace('，',',',$val1);】；2、全部字符替换，即规律替换，代码为【c[i]=(char)(c[i]-65248);】。php中英文符号替换的方法：一、方法总... • 因数据中outPlace值存在英文“”，从而导致js报错，求大神指教一下该如何解决，谢谢！ js代码如下：${businessData.prLegalList}" var="nre" varStatus="c"> var y=$("select[id^='outTime_']").size(); if(${c....
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• 限制textarea只能输入多个id用英文半角逗号（,） 使用jQuery // 处理textarea 只能输入多个id用英文半角逗号 $("textarea").on("input", function(e){ var nval =$(this).val(); $(this).val(nval.replace(/[^\d,... • 英文混合数据长度的判断： if($("#content2").val().replace(/[\u0391-\uFFE5]/g,"aa").length &gt;400){ layer.msg("内容不能超过200个字！", {  icon: 0  });  } &lt...
• function binaryAgent(str) { var arr=str.split(' ');//将字符串转为数组处理 function change(val){ var sum=0; for(var i in val){ sum+=val[i]*Math.pow(2,7-i);//根据位数转为十进制 } return s...
• 表 sales如下 product_id day_val price 01 2020-03-11 568 02 2020-01-10 458 需要变为如下格式： product_id day_val price 01 Mar-20 568 02 ...

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