文章来源：“分子动力学”公众号
 
链接：https://mp.weixin.qq.com/s/rpLeA1K5A7eTmeguzFHeAQ
 
vasp做分子动力学的好处，由于vasp是近些年开发的比较成熟的软件，在做电子scf速度方面有较好的优势。缺点：可选系综太少。尽管如此，对于大多数有关分子动力学的任务还是可以胜任的。主要使用的系综是 NVT 和 NVE。下面我将对主要参数进行介绍！
 
一般做分子动力学的时候都需要较多原子，一般都超过100个。当原子数多的时候，k点实际就需要较少了。有的时候用一个k点就行，不过这都需要严格的测试。通常超过200个原子的时候，用一个k点，即Gamma点就可以了。
 
INCAR：
 
EDIFF 一般来说，用1E-4 或者1E-5都可以，这个参数只是对第一个离子步的自洽影响大一些，对于长时间的分子动力学的模拟，精度小一点也无所谓，但不能太小。
 
IBRION=0 分子动力学模拟
 
IALGO=48 一般用48，对于原子数较多，这个优化方式较好。
 
NSW=1000 多少个时间步长。
 
POTIM=3 时间步长,单位fs, 通常1到3.
 
ISIF=2 计算外界的压力.
 
NBLOCK= 1 多少个时间步长，写一次CONTCAR，CHG和CHGCAR，PCDAT.
 
KBLOCK=50 NBLOCK*KBLOCK 个步长写一次 XDATCAR.
 
ISMEAR=-1 费米迪拉克分布.
 
SIGMA =0.05 单位:电子伏
 
NELMIN=8 一般用6到8, 最小的电子scf数.太少的话,收敛的不好.
 
LREAL=A
 
APACO=10 径向分布函数距离, 单位是埃.
 
NPACO=200 径向分布函数插的点数.
 
LCHARG=F 尽量不写电荷密度,否则CHG文件太大.
 
TEBEG=300 初始温度.
 
TEEND=300 终态温度。不设的话，等于TEBEG.
 
SMASS -3 NVE ensemble;-1 用来做模拟退火。大于0 NVT 系综。
 
This file determines the kind of job which VASP will perform; single point energy calculation (SPE), geometry
 
optimisation (GO - coarse/fine), molecular dynamics (MD - nve/nvt), spin polarised calculation (mag).
 
Examples can
 
be found in /home/cs/model/vasp_util.
 
Example; INCAR.spe
 
$system = single point energy calc
 
NELMIN = 4 minimum number of electronic SCF cycles
 
EDIFF = 1E-6 stooping criterion for electronic convergence
 
NSW = 0 number of ionic shifts
 
ISMEAR = 0 treatment of partial occupancies of electronic levels
 
Example; INCAR.coarse
 
$system = coarse geom optimisation
 
NELMIN = 4
 
EDIFF = 1E-2
 
EDIFFG = -1E-2 stopping criterion for forces Fmax < 0.01 eV/A
 
IBRION = 2 minimisation method, good away from minimum
 
ISIF = 3 optimise coords and cell pars
 
LREAL =.TRUE. do calc in real space - quicker
 
ISTART = 0 start with a random wavefunction
 
NSW = 20 maximum of 20 ionic shifts
 
ISMEAR = 0
 
LCHARG =.FALSE. don’t write CHG and CHGCAR files
 
Example; INCAR.fine
 
$system = geom optimisation
 
NELMIN = 4
 
EDIFF = 1E-6
 
EDIFFG = -1E-4
 
PREC = high increase energy cut-off by 25%
 
IBRION = 1 minimisation method, good close to minimum
 
ISIF = 3
 
NSW = 50
 
ISMEAR = 0
 
LCHARG=.FALSE.
 
Example; INCAR.mag
 
$system = collinear mag structure calc
 
IBRION = 1
 
ISIF = 3
 
NPAR = 1 forces mag structure to be written in output file
 
EDIFF = 1E-6
 
EDIFFG = -1E-3
 
PREC = high
 
RWIGS = 1.376 0.900 1.233 1.302 radii for spherical integration of spin density, 1 per atom
 
ISPIN = 2 do spin polarised calc
 
MAGMOM = 24*0 5 -5 -5 5 initial mag moments for 28 atoms
 
NSW = 20
 
Example; INCAR.nve
 
$system = molecular dynamics
 
ALGO = V
 
MAXMIX = 40
 
IBRION = 0 do molecular dynamics
 
NSW = 6000 number of time steps
 
NBLOCK = 1 store structure every time step
 
POTIM = 3.0 time step 3fs
 
TEBEG = 673 target temperature
 
ISYM = 0 turn off symmetry
 
SMASS = -3 NVE ensemble
 
LREAL =.TRUE.
 
LCHARG =.FALSE.
 
NELMIN = 4
 
PREC = LOW reduce energy cut-off by 25% for MD
 
ISTART = 0
 
ISMEAR = 0; SIGMA=0.1
 
Example; INCAR.nvt
 
$system = molecular dynamics
 
ALGO = V
 
MAXMIX = 40
 
IBRION = 0
 
NSW = 6000
 
NBLOCK = 1
 
POTIM = 3.0
 
TEBEG = 673
 
ISYM = 0
 
SMASS = 2 NVT ensemble, value determines frequency of coupling to heat bath
 
LREAL =.TRUE.
 
LCHARG =.FALSE.
 
NELMIN = 4
 
PREC = LOW
 
ISTART = 0
 
ISMEAR = 0; SIGMA=0.1
 
Example; INCAR.scale
 
$system = molecular dynamics quench
 
ALGO = V
 
MAXMIX = 40
 
IBRION = 0
 
NSW = 50
 
NBLOCK = 5 rescale temperature every 5 steps
 
POTIM = 3.0
 
TEBEG = 683 initial temp
 
TEEND = 673 final temp
 
ISYM = 0
 
SMASS = -1 MD with velocity scaling
 
LREAL =.TRUE.
 
LCHARG =.FALSE.
 
NELMIN = 4
 
PREC = LOW
 
ISTART = 0
 
ISMEAR = 0; SIGMA=0.1

分子动力学lammps核心实战班对知识进行系统讲解，由浅入深，配合案例解析边讲边练，让学员能
 运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作；授课老师和助教现场解决学员提出
 的各种专业问题，针对性的分析学员需求并提供指导，从而更好地满足学员不同方面的科研需求
 
联系方式：
 
联系人: 吴老师 手机（微信同号）：15830760614
 
E_mail：w15830760614@163.com QQ：694844420
 各有关单位:
 分子动力学模拟、第一性原理计算被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学、电子学等领域。由于传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，能有效提高科研效率；分子动力学模拟、第一性原理计算能在很大程度上进行预测指导实验，在各领域的研究中发挥越来越重要的作用，相关的理论与计算方法也日益丰富，成为21世纪材生命科学、化学工程、料科学、物理科学及医药研究中的重要战略前沿和主要突破口, 目前高校开设的有关计算生物、计算物理、计算化学类课程主要侧重基础理论，对有关理论、方法的程序实现讨论较少，相关理论、方法的文献也较为分散。应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究院特举办“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”及“第一性原理计算方法及应用”培训班，本次培训由互动派（北京）教育科技有限公司具体承办，通过本次培训，能够了解LAMMPS、GROMACS、VASP是什么？能干什么？怎么用？以及如何从简单的例子开始学起，做出能够发表的结果，具体相关事宜通知如下
 一，培训特色
 小班授课，培训教室配备有服务器、投影
 课堂上建立专属班级交流平台，学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题，巩固学习内容。参加一次培训，后期可以免费再参加一次
 通过本次为期四天的特训，能够了解gromacs-lammps-vasp是什么？能干什么？怎么用？以及如何从简单的例子开始学起，做出能够发表的结果。不论你从事计算化学，生物医学或者其他领域的研究, 理解并实践分子模拟都能给你一些新的思考方式，增强你对新问题的分析力与洞察力，并在科研路上祝你一臂之力
 二、课程目标：
 
LAMMPS分子动力学理论与软件操作培训，边讲解边实践操作。
 
通过本课程的学习，学员熟练掌握LAMMPS分子动力学的原理、方法、软件操作。
 
学员基本具备独立完成LAMMPS分子动力学的论文及实际科研工程的能力。
 三，时间地点
 （时间安排：第一天报到、授课四天）
 GROMACS培训班 2019年10月24日——10月28日 北京
 LAMMPS培训班 2019年10月31日——11月04日 北京
 VASP培训班 2019年11月7日——11月11日 北京
 四，参会人员：
 
本次培训课程针对全国高校及各省市、自治区从事材料科学、分子模拟、力学、生物与医学、化学与化工、机械与自动化、物理、能源与环境等相关的科研单位技术骨干、科研院所研究人员和高等院校相关专业教学人员及在校研究生、硕士、博士等相关人员，以及分子模拟计算的广大爱好者
 五，课程大纲简介
 “GROMACS分子动力学仿真技术与应用”培训班大纲
 课程 授课内容
 第一天上午
 GROMACS基础 1. 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有余
 2. 1.1 基本假设
 3. 1.2 主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法
 4. 1.3 积分步长的选取
 5. 1.4 温度和压力控制
 6. 1.5 周期性边界条件
 7. 1.6 分子动力学模拟流程
 第一天下午
 GROMACS入门操作 1. 2 GROMACS入门操作基础
 2. 2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令
 3. 2.2 GROMACS的win版linux版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件
 4. 2.3 GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍
 5. 2.4 GROMACS力场介绍——深度探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备OPLS为例，力场的各种参数说明
 6. 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础
 7. 3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模软件的使用
 8. 3.2 建立各种体系模型
 混合模型、界面模型、球体模型等
 9. 3.3 小分子各种力场TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB,itp, top的结构以及参数说明
 10. 3.4 建立均相、多相体系
 11. 3.5 如何修改力场参数
 第二天上午
 GROMACS建模计算 1. 4 GROMACS计算实例——熟练掌握GROMACS计算一整套流程
 2. 4.1 纯相、多相混合体系模拟计算
 冰、水、甲烷等、超临界二氧化碳等
 乙醇等极性溶剂
 石油化工领域等、聚合物分子等
 3. 4.2 界面模拟计算
 气液界面、固液界面、油水界面
 表面活性剂的界面模拟
 4. 4.3 物理场下的模拟计算
 静电场、微波场、高斯脉冲场
 5. 4.4 石墨烯、纳米管的模拟
 6. 5 使用AmberTools建立分子GAFF力场（力场的精确构建方法）
 第二天下午
 GROMACS初级数据分析 1. 6 GROMACS数据分析
 2. 6.1 GROMACS分析工具运用
 径向分布函数（RDF）/ 离子配位数 / 扩散系数 / 介电常数
 3. 6.2 各种能量性质计算
 各个方向密度、压力、表面张力、势能
 4. 6.3 氢键相关性质计算
 平均氢键个数 / 平均氢键寿命 / 氢键自相关函数
 5. 6.4 结构分布、四面体参数
 6. 6.5 计算键角和二面角的分布
 用make_ndx建立索引
 7. 6.6 计算二维的平面或轴径向密度
 8. 6.7 空间分布函数的绘制
 第三天上午
 复杂体系建模分析 1. 7 蛋白体系、生物大分子建模仿真
 2. 8 复杂体系建模仿真：蛋白配体复合物
 3. 9 伞形采样——计算结合自由能
 4. 10 使用g_MMPBSA计算结合自由能
 5. 10.1 编译安装APBS、g_mmpbsa
 6. 10.2 通过g_mmpbsa计算分子间结合自由能
 7. 11 表面活性剂构建和模拟
 8. 12 生物膜构建和模拟
 9. 13 固/晶体建模仿真
 第三天下午
 数据分析 1. 14 GROMACS高级分析工具运用
 2. RMSD分析 / 抽取性质数据 / 计算回转半径 / 计算平均结构等
 轨迹的处理: trajconv、g_traj (重点，为以后写代码分析提供支持)
 3. 15 分析轨迹代码编写
 4. bash脚本/ python脚本
 第四天
 专题剖析讲解 1. 专题一：非标准残基力场构建
 2. rtp文件构建方法
 掌握atp文件书写方法
 非标准氨基酸top文件构建
 3. 专题二：高分子聚合物的TOP文件构建
 4. 构建高分子聚合物结构
 高分子单元rtp文件构建
 5. 专题三：粗粒化模型建立
 6. 由于计算量限制，学术界提出了粗粒化方法， 本专题讲解大到蛋白、高分子聚合物、磷脂膜，小到有机分子的粗粒化模型的建立使用大量python代码，可供学员参考学习
 
LAMMPS分子动力学模拟课程大纲
 日期 授课题目 授课内容
 第一天 上午
 LAMMPS基础 1. 课程1 分子动力学模拟入门理论
 2. ——掌握lammps的in文件中各命令的意义
 3. 1.1 系综理论
 4. 1.2 主要算法介绍
 5. 1.3 积分步长的选取
 6. 1.4 温度和压力控制
 7. 1.5 周期性边界条件
 8. 1.6 分子动力学模拟流程
 下午
 LAMMPS入门学习 1. 课程2 LAMMPS入门操作基础
 2. 2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令
 3. 2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装
 4. 2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件。 认识makefile文件。
 5. 2.4 LAMMPS的in文件结构格式及常用命令讲解、data文件格式。
 6. 2.5 LAMMPS实例讲解。
 实例操作：编译安装自己的LAMMPS可执行程序
 第二天 上午
 LAMMPS进阶学习 1. 课程3 LAMMPS各种参数计算
 2. 3.1 in文件基本语法。
 3. 3.2 颗粒模拟。
 4. 3.3 可视化快照。
 5. 3.4 弹性常数模拟解。
 6. 3.5 计算热导率。
 7. 3.6 计算粘度。
 8. 3.7 计算均方位移。
 9. 3.8 计算径向分布函数。
 10. 3.9 计算扩散系数。
 11. 3.10 计算能量数据。
 12. 3.11 Lammps常见错误解决途径。
 实例操作：学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子
 下午
 LAMMPS的建模（一） 1. 课程4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程（一）
 2. 4.1 lattice命令语法学习及建模实操
 3. 4.2 Packmol建模语法学习及案例实操。
 4. 4.3 Material Studio建模学习及案例实操
 5. 4.4 VMD建模学习及案例实操
 实例操作：指导实现上述环节的每个模型操作过程，并转换成lammps的data文件
 第三天 上午
 LAMMPS的建模（二） 1. 课程4 LAMMPS建模——掌握基本操作流程（二）
 2. 4.3 Material Studio建模学习及案例实操
 3. 4.4 VMD建模学习及案例实操
 实例操作：指导实现上述环节的每个模型操作过程，并转换成lammps的data文件
 下午
 从examples的简单例子，到完成自己的科研课题 1. 课程5 通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义。
 2. 5.1 运行examples\flow 两个例子并做可视化处理
 练习与思考：
 3. 5.1.1 把二维couette流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布
 4. 5.1.2 把二维poiseuille流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布
 5. 5.1.3 建立三维管道内的poiseuille流动
 6. 5.1.4 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟
 7. 5.1.5 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响
 8. 5.1.6 模拟体系中水更改为KCl溶液
 9. 5.2 运行examples\shear 到石墨烯/铝的力学性质模拟
 10. 5.3 运行examples\friction 到金属/合金的摩擦模拟
 第四天 上午
 夹层结构(graphene/C60/graphene)
 摩擦性质模拟（AIREBO力场） 1. 课程6 夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度条件下的摩擦性能研究
 2. 模拟过程
 3. 6.1 建立夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度的初始模型
 4. 6.2 夹层结构的应力-应变曲线性能研究
 5. 6.3 夹层结构摩擦性质研究
 6. 
 下午
 环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力场) 1. 课程7 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响
 2. 
 3. 模拟过程
 4. 7.1 建立模拟体系的初始模型
 5. 7.2 运行能量最小化及体系的预松弛
 6. 7.3 压缩盒子达到指定的密度 （针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据）
 7. 7.4 模拟步骤：包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的 性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。
 8. 7.5 查看动态轨迹和特殊帧的图片显示 (采用VMD软件做出漂亮的图片和视频，学会用tcl脚本控制输出)
 9. 7.6 数据分析 （origin软件的使用）
 10. 7.6.1 MSD分析
 11. 7.6.2 计算RDF
 12. 7.6.3 计算密度分布
 
第一性原理vasp基础到进阶实战课程大纲
 日期 授课内容
 一、VASP基本原理及计算准备（基础篇） 1. 课程1 VASP原理及Linux入门基本介绍
 2. 1.1 密度泛函理论和VASP基本原理简介
 3. 1.2 Xshell远程登陆服务器的操作技术
 4. 1.3 Linux下常用命令(包含bash编程基础)
 5. 1.4 Linux下常用编译器安装方法
 6. 课程2 Linux常用命令与VASP输入出输出文件介绍
 7. 2.1 Linux常用命令(文本查找，批量提交任务，grep/sed/awk等)
 8. 2.2 VASP输入输出文件介绍(INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTCAR，OUTCAR等)
 9. 2.3 与VASP相关搭配常用辅助软件介绍
 10. 课程3 VASP编译安装及结构建模介绍
 11. 3.1 VASP编译安装（vaspkit安装，qvasp安装及其它常用工具）
 12. 3.2 利用Materials Studio软件或者数据库建立乙醇分子模型和Si模型
 13. 3.3 界面模型搭建技巧：晶格匹配
 14. 3.4 通用手绘计算模型技巧（专题）15. 
 二、VASP相关参数置技巧及参数收敛性测试（升阶篇） 1. 课程4 VASP输入参数设置技巧
 2. 4.1 INCAR参数的设置 （ISPIN, ENCUT, ISIF, EDIFF, EDIFFG, HSE06, LDA+U等）
 3. 4.2 K点的设置方案 (Mesh, Line-Mode以及Rec直接标注权重)
 4. 4.3赝势的选择及快速生成方法
 5. 课程5 VASP结构优化
 6. 5.1 晶体结构的优化设置：实例解析VASP的参数设置
 7. 5.2 设置参数的最简易方法，以及归类、总结和技巧
 8. 5.3 自洽、非自洽、电荷密度文件、波函数文件、总能的相关解释及用途。
 9. 课程6 VASP收敛性测试
 10. 6.1 测试脚本的编写及介绍 （测试的目的，意义）
 11. 6.2 截断能收敛性测试
 12. 6.3 K点收敛性测试
 13. 6.4 其他收敛性测试（表面层数，sigma等）14. 
 三、电子结构、弹性模量、声子谱、分子动力学
 （实战篇：材料计算专题） 1. 课程7 VASP材料理化性质计算及结果分析
 
7.1 VASP能带结构与态密度计算
 
7.1.1 能带基础知识介绍
 
7.1.2 Si能带计算(PBE和HSE)与分析
 
7.1.3 Si态密度计算与分析
 
7.1.4 电子有效质量计算
 
7.2 VASP弹性常数计算
 
7.2.1 弹性常数基础知识介绍
 
7.2.2 Si弹性常数计算与分析
 
7.3分子动力学（MD）模拟简介
 H2O分子动力学模拟
 
7.4 VASP光学性质计算
 Si的光学性质计算与分析(PBE与HSE)
 
7.5 VASP声子谱计算
 Si的光学性质计算与分析(PBE与HSE)
 
7.6 特殊体系体系的设置方案
 
7.6.1 HSE06杂化泛函的设置方法
 
7.6.2 强关联体系的设置方法（LDA+U）
 
7.6.3 范德华力参数的设置
 
7.7 VASP对缺陷、掺杂体系的处理
 
7.7.1 位错形成能的计算
 
7.7.2 杂质能级的引入
 实例解析：钙钛矿（二维材料）在能源材料方面的应用
 
四、吸附、过渡态以及电荷分析（实战篇：催化反应专题） 1. 课程8 VASP表面催化反应计算及结果分析
 2. 8.1 固体表面具有催化活性的本质原因解析
 3. 8.2 基元反应和复杂反应在固体表面催化反应研究中的关系
 4. 8.3 VASP表面吸附
 CO吸附在Pt表面计算（吸附能模型和吸附能）
 
8.4 VASP电荷分析
 
8.4.1电荷拆分；
 
8.4.2Bader电荷计算与结果处理；
 
8.4.3ELF计算与结果处理
 
8.5 VASP过渡态搜索
 8.5.1 插点和过渡态搜索
 8.5.2 频率分析及零点能矫正方案
 8.5.3 消虚频的方法
 实例解析：Pd(111)表面用H2催化消除NO的第一性原理研究
 
五、实例解析（一）
 （巩固提升篇） 1. 课程9 复习实例巩固一：体弹性常数及特定体系计算
 2. 9.1 体相弹性常数计算
 3. 9.2 特殊体系（杂化泛函和强关联体系）计算
 不同类型泛函的计算结果对比
 稀土材料CeO2结构优化及电子结构分析
 4. 9.3 分子物、分子表面和微孔吸附结构、表面催化反应
 铜表面BTAH 分子吸附与腐蚀抑制机理
 方钠石结构的SO2分子吸附
 
（六）实例解析（二）
 （巩固提升篇） 1. 课程10 复习巩固二：表面与界面体系计算
 
10.1 表面体系计算
 金属和氧化物表面结构、表面态、表面能、表面相图、氢化相图、纳米颗粒形貌预测
 
10.2 界面体系计算
 立方晶系和密排六方晶系金属的晶界结构与性能
 界面结构、界面相图、元素界面偏聚、界面强度/韧性
 面向界面的合金优化设计
 
案例解析：基于第一性原理的航空发动机热障涂层界面结合强度设计
 案例解析：基于第一性原理计算揭示ODS合金的内氧化制备科学
 案例解析：基于第一性原理计算揭示第四代核堆用纳米结构合金的高耐氦性能
 报名电话：18600921351（微信同号）
 联 系 人：赵老师
 【培训特色】
 1、课程讲解由浅入深、理论+实践、边讲边练； 帮助所有学员快速上手，逐步进阶提高，力求在短时间内掌握程序的运用， 并顺利迁移至目标研究体系，解决实际模拟计算难题。
 2、课堂上邀请学员进入专属班级交流群，分享内部资料， 学员学完后可以继续在班级群与老师同学交流问题。 另外随着课程的不断优化，我们为老学员提供了专属增值服务， 参加一次培训，后期本人可以免费再参加一次。
 【报名费用】
 1、gromacs分子动力学模拟班每人￥4300元；
 2、lammps分子动力学模拟班每人￥4300元；
 3、第一性原理vasp班每人￥4300元； ；
 4、如需开具会议费的单位请联系招生老师索要会议邀请函
 【付款方式】
 现金、支票、银行转账、银行汇款、现场刷卡、支付宝
 户名：互动派（北京）教育科技有限公司
 账号：11020101040010540
 开户银行：中国农业银行股份有限公司北京金融大街支行
 （汇款信息里 备注上：“您的单位——您的姓名”）
 【注意事项】
 • 1、教室机位按报名先后顺序安排；预报名学员请及时联系招生部老师进行报名并确认是否报名成功
 • 2、培训报道时统一开具增值税普通发票和盖章邀请函，如需开具增值税专用发票请提前告知招生部老师； 汇款后如需提前开票也请及时告知招生部老师；
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 版权声明：本文为CSDN博主「Z9929」的原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。
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来源：“分子动力学”公众号
 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/zvOJk-4tt7LrTKqZlUuaqA
 
分子动力学是一个交叉学科，需要掌握很多内容，下面大致整理了一些。
 
理论
 
分子动力学：这个是最基础的了，不了解就没法往下走了；
 
力场：任何计算都要用到，所以最好能够熟悉一些常见的力场模型；
 
系综：这个东西可以说很复杂，需要学习统计力学，如果掌握对于计算过程会理解更透彻。
 
基础环境
 
linux：一些基本的命令是必须要学的；
 
bash：如果能编写一些简单的bash程序，会大大提高工作效率；
 
python：bash只适合文件操作，如果涉及到数学运算，最好还是会python。
 
连接软件
 
Mobaxterm：这个软件功能很强大，支持SSH、FTP以及GUI窗口弹出；
 
putty：功能虽然有限，但很小巧，只有1M不到；
 
Filezilla：FTP神器；
 
WinSCP：有一款常用的FTP软件。
 
计算软件
 
lammps：使用最多的分子动力学软件，应用与各种领域；
 
Gromacs：也有很多人使用，主要用于高分子的模拟；
 
vasp：最专业的第一性原理计算软件；虽然是搞分子动力学计算，但肯定还是少不了第一性原理的；
 
建模软件
 
Materials studio：应该是最强大的建模软件了；
 
Python：前面已经提到了；有很多复杂的模型需要编程实现。
 
可视化软件
 
VESTA：老牌软件，可以在win和linux下使用，功能很多；
 
OVITO：后起之秀，可以在win和linux下使用，支持文件类型多，可视化速度快，渲染效果好；
 
VMD：可以在linux环境下实现文件的快速可视化；
 
atomeye：可以在linux下快速可视化cfg格式的文件。
 
绘图软件
 
Origin：搞科研必备软件，绝大部分论文里面的图都是用这个画的；
 
gnuplot：linux系统自带，可以快速绘制曲线，也有一些数学处理功能。
 
Excel：微软的产品，虽然不能用于最终绘图，平时用起来还是很好的。
 
文档编辑软件
 
Notepad++：windows下功能强大的文本编辑软件；
 
vi/vim：linux下功能强大的文本编辑软件；
 
latex：写论文用，特别是公式比较多的时候，学习成本有点高，学会了很好用。
 
学习建议
 
不要看到列了一堆软件就吓到了，实际上有很多软件都很简单，安装上就会用，学习成本几乎为0（当然如果要擅长使用还是需要花个把小时摸索一下）
 
比如连接类软件（Mobaxterm, putty, filezilla, WinSCP）、可视化软件（OVITO、VESTA、VMD）、绘图类软件（Origin、Excel）、文档编辑类软件（Notepad++、vi/vim）。
 
对于新手入门的一些简单的建议：
 
首先，要对分子动力学基本原理有一些基本的了解，知道它到底是在干什么，找一本相关的书读一下就可以了。
 
然后，要对Linux基本操作有一些掌握，熟悉一些常用的命令。
 
再就是学习一款分子动力学软件，比如lammps。
 
到这你就算入门了！
 
但这只是一个开始，更多的时间可能要花在如何将分子动力学应用到你的研究中。

利用amber的cpptraj求动力学轨迹的平均结构（蛋白核酸复合物）：
 
先导入轨迹
 
然后有下面三种叠合（align）方式
 
 
1. rms first mass @所有蛋白核酸复合物的骨架原子
 
2. rms first
 
3. rms first mass @所有核酸骨架原子（没有蛋白的骨架原子）
 
 
图中红色复合物构象（对应方法1）最扁，深蓝色的（方法2）次之，浅蓝色（方法3）的是正常的，说明三种叠合方式里面方法3最为可信一点。
 
叠合之后的步骤是： average abc.pdb pdb   --->  得到平均结构