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  • VASP安装教程(centos)

    2021-01-19 23:22:40
    VASP安装教程(centos)
  • 本文是针对vasp初学者的安装教程编译器以及VASP都已编译号直接解压到系统中即可用,故不用配置其它的库文件以及环境;本教程适用于任意平台安装centos7的服务器以及pc机(若在其它linux发行版本中安装请咨询小编)。一...

    本文是针对vasp初学者的安装教程编译器以及VASP都已编译号直接解压到系统中即可用,故不用配置其它的库文件以及环境;本教程适用于任意平台安装centos7的服务器以及pc机(若在其它linux发行版本中安装请咨询小编)。

    一、VASP安装需要的软件

    本教程相关使用软件下载链接:

    centos任意版本intel编译器以及License文件vasp安装包vasp测试算例二、安装过程

    1、使用ftp上传下载的intel-all.tar.gz/vasp.5.4.4-ok-6-201901.tar.bz2

    2、使用xshell登录服务器进入intel-all.tar.gz/vasp.5.4.4-ok-6-201901.tar.bz2所在的目录使用root执行:

    tar -xvf intel-all.tar.gz -C /opt/

    mkdir /opt/software

    tar -xvf vasp.5.4.4-ok-6-201901.tar.bz2 -C /opt/software

    三、环境变量设置

    终端下使用root编辑/etc/profile

    vim /etc/profile

    至文档末尾处,按o进入写入模式加入以下语句:

    #vasp

    export PATH=$PATH:/opt/software/vasp.5.4.4/bin

    #intel-all

    source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/compilervars.sh intel64

    source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/iccvars.sh intel64

    source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/ifortvars.sh intel64

    source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/bin/mklvars.sh intel64

    source /opt/intel/impi/5.0.1.035/bin64/mpivars.sh

    按ESC退出,输入wq!保存退出

    :wq!

    回车后,再输入以下代码更新环境变量设置。

    source /etc/profile

    四、验证是否安装成功

    1、输入which icc ifort icpc mpiifort vasp_gam vasp_std vasp_ncl 检查环境变量是否设置成功,成功则显示路径。

    which icc ifort icpc mpiifort vasp_gam vasp_std vasp_ncl

    2、任意准备四个输入文件INCAR、KPOINTS、POTCAR、POSCAR,在该目录下运行mpirun -np 8 vasp_std进行计算(vasp测试算例可@小编)。

    mpirun -np 8 vasp_std

    输出如上图则并行安装成功。

    学术讨论或技术交流

    @小编即可

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  • 本次安装需要所有文件已在此链接中,请先下载本链接下的整个文件夹 “Linux上编译vasp全程0_1”,里面有两个共8G多的文件因网盘限制,无法上传,只提供了下载的网址和方法。
  • 最近咨询VASP软件编译问题的朋友比较多,所以笔者总结了网上的编译教程,给大家出一期编译VASP软件的教程,主要参考Sobereva的帖子,相关链接附在文后。准备工作Sobereva原帖是在CentOS系统下编译VASP软件的,但是...

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    最近咨询VASP软件编译问题的朋友比较多,所以笔者总结了网上的编译教程,给大家出一期编译VASP软件的教程,主要参考Sobereva的帖子,相关链接附在文后。

    准备工作Sobereva原帖是在CentOS系统下编译VASP软件的,但是笔者比较习惯用Ubuntu系统,而且笔者对CentOS系统不够熟悉,所以笔者的教程是在Ubuntu系统下编译VASP 5.4.4,编译器和MPI/MKL库是Intel Parallel Studio XE 2019 Update 3 Cluster EditionSobereva的方法编译的VASP运行效率很高,笔者参照Sobereva的方法在Ubuntu系统成功的编译了VASP 5.4.4,在编译VASP之前需要准备好Intel Parallel Studio XE 2019 Update 3VASP 5.4.4安装包,并将安装包拷贝至Ubuntu系统,通过‘tar -xzf’命令进行解压缩。编译过程使用的是root账户,Ubuntu系统可以设置开机默认进入root账户,设置方法附在文后。安装Intel编译器进入Intel_parallel_studio_xe_2019_update3_cluster_edition文件夹,在此文件夹下打开终端,运行‘./install_GUI.sh’命令,启动图形界面的安装程序(此前我都是默认安装,这里是参照Sobereva教程,进行自定义安装)。之后弹出图形界面,前几步直接选择默认,直到License Activation选项时,按照‘Choose alternative activation->Activateoffline->Activate offline using a license file’的顺序进行选择,将license file文件的路径粘贴到对话框中点击Next即可激活。然后继续进行安装,安装路径默认即可(root 用户默认路径为/opt/intel),在‘Installation summary’选项选择‘Customize…’选项,选择编译计算化学程序必须安装的组件(IA-32版的组件都不装),组件列表如下:Intel C++ Compiler 19.0 Update 3Intel Fortran Compiler 19.0 Update 3Intel Math Kernel Library 2019 Update 3 for C/C++(Intel MKL core libraries for C/C++Cluster support for C/C++)Intel Math Kernel Library 2019 Update 3 for Fortran(Intel MKL core libraries for FortranFortran 95 interfaces for BLAS and LAPACKCluster support for Fortran)Intel Threading Building Blocks 2019 Update 4(这是Intel C++ Compiler必须依赖的)Intel MPI Library 2019 Update 3

    39d6fb94a7367faa71857053e5929fad.png

    以上操作完成后继续安装即可完成Intel编译器的安装。安装完后,通过‘gedit ~/.bashrc’命令编辑当前用户目录下的.bashrc文件,在文件的末尾加入下面这行,用来自动配置Intel Parallel Studio XE的运行环境:source/opt/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh重新进入终端,运行ifort -V,检验编译器是否安装成功。

    74e0335e378f5b2a20fcaa08cfe5349c.png

    显示出了编译器的版本,说明编译器安装成功,可以正常使用。编译libfftw3xf_intel.a进入/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.3.199/linux/mkl/interfaces/fftw3xf目录,运行make libintel64命令,稍等片刻,就会在此目录下生成libfftw3xf_intel.a库文件,libfftw3xf_intel.a编译完成。编译VASP进入vasp.5.4.4目录,arch/makefile.include.linux_intel拷到上一级目录下改名为makefile.include,打开此文件,把其中的OFLAG参数里加入-xhost,这样编译器会使得编译出的程序能够利用当前机子CPU能支持的最高档次的指令集以加速计算。

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    然后运行make all命令开始编译,用时大约一个小时。编译完成后,在vasp.5.4.4/bin目录下出现了vasp_gamvasp_nclvasp_std三个可执行文件,分别是Gamma only版,非共线版和标准版,我们用的最多的是vasp_std标准版(可以将vasp_std改名为vasp,方便使用)。通过‘gedit ~/.bashrc命令编辑.bashrc文件,将下面这行加入.bashrc文件的末尾,export PATH=$PATH:/sgq/vasp.5.4.4/bin目的是将此目录加入到操作系统寻找可执行文件的路径中。此时重新进入终端,就可以使用VASP了。大家可以用一个比较小的任务来测试(文后附有测试任务包下载地址),看看VASP是否可以正常工作。没有异常就说明VASP已经编译好了。编译VASP+VTST如果需要用CI-NEB方法计算过渡态,则需要重新编译VASP,这里我们来讲一下如何编译支持CI-NEB方法的VASP。在这里需要准备三个安装包:VASP 5.4.4vtstcode-179.tgzvtstscripts.tgz,使用‘tar–xvzf’命令解压缩。vtstcode-179.tgzvtstscripts.tgz需要在VTST·Tools网站下载,下载连接附在文后。设置VTSTvtstcode-179文件夹目录下所有文件复制到vasp.5.4.4/src/中(替换chain.F)打开并修改src文件夹中的main.F,将CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR,&        LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)替换为CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &        TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)打开并修改src文件夹中的.objects,在chain.o(第一个,约第70行)前添加以下内容:bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \注意 \ 后不要有空格。makefile 文件如果当前目录下编译过VASP,并且编译后的makefile.include文件没有改动过,则不需要重复设置makefile.include文件。如果当前目录没有编译过VASP则需要按照编译VASP部分的教程设置makefile.include文件。编译VASP+VTST如果已经编译过VASP,为防止以前编译好的.o.a文件与新修改的编译配置冲突,可通过以下命令清除以前编译文件:make veryclean然后运行make all命令开始编译,用时大约一个小时。用时大约一个小时。编译完成后,在vasp.5.4.4/bin目录下出现了vasp_gamvasp_nclvasp_std三个可执行文件(可以将vasp_std改名为vasp,方便使用)。通过‘gedit ~/.bashrc命令编辑.bashrc文件,将下面这行加入.bashrc文件的末尾,export PATH=$PATH:/sgq/vasp.5.4.4/bin目的是将此目录加入到操作系统寻找可执行文件的路径中。添加vtstscripts将解压vtstscripts生成的vtstscripts-957文件夹移动到vasp.5.4.4/中,然后通过‘gedit ~/.bashrc命令编辑.bashrc文件,将下面这行加入.bashrc文件的末尾,export PATH=$PATH:/sgq/vasp.5.4.4/vtstscripts-940这样,nebmake.pl nebavoid.pl nebefs.pl nebresults.pl等脚本就可以正常使用了。安装常用软件VESTAVESTA软件不需要安装,只需要在VESTA官网下载Linux版的软件包(下载地址附在文后),并且解压缩,然后‘gedit ~/.bashrc命令编辑.bashrc文件,将下面这行加入到.bashrc文件中即可使用。export PATH=$PATH:/sgq/VESTA-x86_64只需要在终端中输入VESTA,然后回车,即可运行软件。p4vaspUbuntu系统安装p4vasp十分简单,只需要一条命令即可完成安装,即‘apt-get install p4vasp’。在终端中输入p4v,然后回车,即可运行软件。Phonopy安装软件之前需要在Phonopy官网下载安装包,下载视频附在文后。在安装Phonopy之前需要一些‘pythonlibraries’如下:apt-get install python-devapt-get install python-numpy apt-get install python-matplotlibapt-get install python-yamlapt-get install python-h5py然后进入phonopy的安装包,通过‘pythonsetup.py install’命令安装phonopy。安装结束后在终端输入‘which phonopy’检验是否安装成功。出现下面的画面证明安装成功。

    ad6ebae2646a9d846df4602d8250a921.png

    参考资料:Ubuntu下设置默认以root账户登录:https://blog.csdn.net/xiangwanpeng/article/details/54615000Sobereva编译VASP教程:http://sobereva.com/455Sobereva帖子里面的测试任务包:http://sobereva.com/attach/455/benchmark.Hg.tar.gzVTST·Tools网站:http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/download.html编译VASP+VTSThttp://cyh.wiki/VESTA下载地址:http://jp-minerals.org/vesta/en/download.htmlPhonopy下载连接:https://pypi.org/project/phonopy/#filesPhonopy安装:http://blog.sciencenet.cn/blog-3222255-1068177.html

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  • VASP(Vienna Ab-inito Simulation Package)作为目前最流行的计算软件之一,在科研界用户甚广,大势所趋,高水平的文章需要理论计算来助力,更多的科研工作者选择功能强大,性能稳定VASP软件来进行材料模拟以及预测...
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    VASP(Vienna Ab-inito Simulation Package)作为目前最流行的计算软件之一,在科研界用户甚广,大势所趋,高水平的文章需要理论计算来助力,更多的科研工作者选择功能强大,性能稳定VASP软件来进行材料模拟以及预测材料的电子性质,每年有上千篇使用了VASP计算软件的文章发表在国际核心期刊上(诸如ScienceNatureJACSAngew.Chem.等)。VASP这么受科研人员青睐主要还是因为其拥有较高的计算效率,VASP是目前做固体材料第一性原理计算效率最高的商用软件之一,可以使用较小的内存就能实现大规模的高效率并行计算并且VASP能够实现大规模的高效率并行计算,支持多核多节点并行计算,对核数和节点数均没有限制,支持单用户多用户同时使用。

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    本教程主要是为了帮助各位刚刚接触VASP并且还没有入门的朋友快速入门,少走弯路,笔者在学习VASP的时候比较艰难,初期没有人带,主要是从网上查找一些教程,但是网上的教程比较零散,而且每个人写的教程都不相同,对于初学者来讲很难分辨对错,这样的结果就导致尝试了很多都没有得到好的结果,容易产生负面情绪,丧失信心。同时有些教程写的又过于深入,不适合初学者学习,因此,笔者决心自己写一份针对于初学者的教程,帮助大家避开VASP学习雷区,顺利入门VASP。下面先简单的介绍一下VASP软件的基本原理以及一些重要参数的含义。

    • 基本原理

    VASP是一款基于第一性原理的软件包,基本原理就是近似求解薛定谔方程,进而得到体系的电子态和能量。VASP是基于赝势平面波基组的密度泛函理论(DensityFunctional TheoryDFT)的程序,通过VASP进行模拟计算的过程就是在DFT框架内求解Kohn-Sham方程。

    VASP采用赝势平面波的方法,即采用赝势近似的模拟原子实势场,以平面波为基组,将单电子波函数表示为平面波叠加形式,平面波基组不需要进行BSSE校正。VASP采用投影缀加波贋势(Projector Augmented WavePAW),用来近似地处理原子电子间相互作用。VASP软件支持多种基于局域密度近似(LDA)与广义梯度近似(GGA)两种方法的混合泛函,以及由DFT的交换作用能和Hartree-Fock(HF)中的精确交换作用能按一定比例结合形成的杂化泛函(hybrid functional)。杂化泛函在后面的精确计算材料的禁带宽度章节会用到。

    通过VASP软件进行模拟计算主要包括几何结构优化和静态计算两个部分,几何结构优化主要是采用周期性边界条件, 基于密度泛函理论对原子、分子、表面、团簇等多种体系进行几何结构优化得到稳定构型,进而获得各种结构参数,包括稳定构型的晶格常数、各原子的位置、原子间的键长和键角。而静态计算是指在几何结构优化的基础之上,以更高的精度计算优化后的体系的能量,并且计算该结构的各种性质。

    • 准备工作

    通过VASP软件提交计算任务时,我们需要准备四个输入文件,即INCARKPOINTSPOSCARPOTCARINCAR文件是用来设置计算参数的文件。KPOINTSK点定义文件,记录了倒空间的取样的方法。POSCAR是构型描述文件,主要包括平移矢量、原子类型和数目、以及原子坐标。POTCAR是个原子的赝势定义文件,记录了所需要的赝势,这里需要注意的是,赝势的种类和顺序都必须和POSCAR中原子种类和顺序一致。

    通过VASP进行理论计算时,我们需要通过一些其他软件进行辅助。首先说准备结构文件需要的软件,笔者在这里推荐Material Studio(MS),MS是一款商业软件,网上有很多安装教程,大家自行检索下载安装。通过MS可以很方便

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    MS软件欢迎界面

    的进行建模,包括一维、二维和三维结构。具体的建模方法我们再后期的POSCAR文件准备的章节再给大家演示。POSCAR文件需要通过VESTA文件生成,VESTA是一款优秀的免费的可视化软件,我们需要通过VESTA将用MS软件建模后生成的

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    VESTA软件

    cif文件转化成POSCAR,具体操作都将在后面的教程里给出。同时建议大家安装p4vasp软件,WindowsLinux系统都可以安装p4vasp软件,p4vasp包是一组用于处理XML格式的VASP的输出(即vasprun.xml文件)的工具,可以通过p4vasp绘制能带图和态密度图,以及模拟STM图像。INCAR文件、KPOINTS文件以及POTCAR文件都可以通过一些免费的小工具生成,比如VASPKITqvasp,笔者极力推荐VASPKITVASPKIT是一款容易上手,功能强大的预-后处理软件,由王伟老师、许楠、刘锦程、唐刚和李强共同开发的。该软件可以生成不同计算任务的INCAR文件,查找结构的对称性,生成倒空间K点网格以及晶体的能带路径(包括杂化泛函),并处理能带数据、态密度DOS和投影态密度PDOS、电荷密度、静电势,绘制实空间波函数,建议大家下载安装,VASPKIT在后期计算过程中会发挥巨大的作用。VASP计算所用的输入文件必须是没有后缀的文本文件,推荐大家在Windows系统下使用Sublime Text编辑器编辑输入文件,AtomVS Code也是很好的选择,主要看自己的习惯和喜好。如果VASP输入文件在Windows下用记事本或者写字板编辑过,需要在Linux系统下执行dos2unix命令将文件转化成Linux文件格式,避免计算过程中出现错误。Linux系统下需要掌握Vim编辑器的用法。

    • 其他问题

    关于VASP软件编译问题,网上有很多教程,大家自行编译,如果编译过程中遇到问题不能解决,可以给笔者发邮件或者加笔者微信,邮箱:shiguoqiang_hit@163.com,微信:qiangs0508

    文中提到的软件下载链接如下:

    VESTAhttp://jp-minerals.org/vesta/en/

    p4vasphttp://www.p4vasp.at/

    VASPKIThttp://vaspkit.sourceforge.net/

    qvasphttps://sourceforge.net/projects/qvasp/

    Sublime Texthttps://www.sublimetext.com/ (sublime text2 以前是免费的,sublimetext3以后是版权收费的,但不是强制收费。)

    Atomhttps://www.atom.io/

    VS Codehttps://code.visualstudio.com/

    (文章主要参考大师兄科研网、侯柱峰老师的教程以及笔者师兄所写教程)


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  • Spglib安装教程基于Ubuntu18.04系统、Python3.6环境软件下载地址官网:https://atztogo.github.io/spglib/index.html C版本下载:https://github.com/atztogo/spglib python版本下载:...

    Spglib安装教程

    基于Ubuntu18.04系统、Python3.6环境

    软件下载地址

    官网:https://atztogo.github.io/spglib/index.html

    C版本下载:https://github.com/atztogo/spglib

    python版本下载:https://pypi.org/project/spglib/

    安装编译

    C版本安装编译

    Cmake方法

    1 解压进入文件夹

    tar xvfz spglib-1.9.8.tar.gz
    cd spglib-1.9.8

    2 建立_build文件夹

    mkdir _build 
    cd _build
    cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX="" ..
    make
    sudo make DESTDIR=/usr/local install
    #路径根据需要设置

    注:头文件spglib.h在安装路径include文件夹,如果include文件夹中没有spglib文件夹,建议手动建立一个并复制spglib.h文件到里面。这在后面的安装thirdorder软件时是有用的。

    Python库版本安装

    #在线安装
    pip install spglib
    
    #手动安装
    tar -zxvf  spglib-1.14.1.post0.tar.gz
    cd ./spglib-1.14.1.post0
    python setup.py install

    Spglib的具体使用方法详见官网介绍,主要是作为库来调用

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  • VASP安装与运行

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    千次阅读 2019-01-24 17:44:50
    因为要做过渡态计算,所以编译安装了VTST,下边简单介绍以下其过程,主要参考资料为VASP 5.4.1+VTST编译安装和大师兄网部分教程,之前自己也写过安装VASP的全过程,这部分是接着之前的安装做得所以很多修改介绍的...
  • 首先感谢sob老师提供的CentOS 7.6版本下VASP 5.4.4安装教程VASP的最简单的安装方法 由于操作系统不同,安装的时候出现了一些问题,因此在老师的教程基础上做一个补充。 系统:Ubuntu 20.04; VASP版本:5.4.4; ...
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    千次阅读 2018-12-19 14:48:05
    VMware 虚拟机安装VASP全过程 楼主也是第一次安装,感觉安装起来特别的麻烦,并且在安装的过程中参考了很多别人的经验,所以把自己的安装过程分享给大家,希望对大家有所帮助。另外,其中很多设置楼主也不是很懂,也...
  • 我主要遵循的安装教程是《教你从头编译vasp-5.4.1》,但是这个对于没有接触过linux系统和计算的人来说还是有点摸不着头脑。我就再给补充一点,而且这个用的系统是CENTOR6.5.我用的是ubuntu16.04所以有些地方也不一样...
  • 注:本文是天河2号BIGDATA1区的vasp安装,其他的基金账户和WORK账户万不可使用本教程(需要修改makefile.include内容) 在天河2号上安装vasp时,主要是makefile.include的设置,系统变量啥的什么都不用管;其中的...
  • VASP-5.2version

    2018-06-15 10:35:36
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  • 在wsl2 Ubuntu上编译VASP

    2020-04-29 18:52:43
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  • 之前一直用的是CPU版本的...登录之后,发现系统是Ubuntu 16.04,CUDA10.2,按照sobereva老师的b站教程VASP 5.4.4极简安装方法(CentOS 7.6+ifort 19),先装好Intel 19编译器,相关路径放到~/.bashrc中,接下来开始编
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    2020-12-07 21:03:21
    安装教程: https://pymatgen.org/installation.html?highlight=potcar 需要在Linux环境下安装,可在虚拟机终端里面输教程里的代码。 先要把赝势文件夹(使用potpaw_PBE文件夹,不带52,54)copy到电脑里,然后拖到...
  • 本篇教程特别适用于想自学第一性原理计算,在自己PC机上练习相关编程,但对安装双系统和虚拟机感到麻烦的同学。 比起VASP,Quantum Espresso 是开源的,下载更方便,同样需要linux环境。QE 6.5的用户手册里说可以在...
  • 前言昨天把自己的VASP文件处理库进行了打包并上传到PyPI,现在可以直接通过pip和easy_install来安装VASPy啦(同时欢迎使用VASP做计算化学的童鞋们加星和参与进来),VASPy的GotHub地址:...
  • 这里写自定义目录标题一、安装linux Centos 7二、配置固定IP1、修改ip1、关闭SElinux三、...青椒,没有钱,3.8W买了服务器作为VASP计算服务器, 选取《development and Creative workstation》 简单勾选compatibility

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