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    原标题:MDPI News | Entropy期刊被PubMed数据库收录

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    Entropy

    2020年12月,MDPI期刊Entropy (ISSN 1099-4300, IF 2.494) 被PubMed数据库收录。在本期刊上发表的论文现已被编入索引,目前可以在PubMed检索到自第20卷开始的全部文章,这些论文的全文本均会被存档在PubMed Central中。在此,Entropy向为期刊发展作出巨大贡献的主编、编委、客座编辑、审稿专家和作者表示衷心的感谢,向长期关注期刊发展的读者致以最真诚的谢意!

    期刊介绍

    Entropy 作为开放获取型国际期刊,主要发表熵和信息论的相关论文。其所涵盖的学科领域有:热力学、统计力学、信息论、生物物理学、天体物理学及宇宙学、量子信息和复杂体系等。Entropy采取单盲同行评审,一审平均周期约为17天,文章从接收到发表上线仅需3天 (来自2020年上半年期刊统计数据)。除PubMed之外,目前Entropy还被Science Citation Index Expanded (SCIE) , MathSciNet (AMS), Scopus,Inspec (IET)等重要数据库收录。

    主编介绍

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    研究领域:熵;概率论;贝叶斯;基础问题;晶格理论;数据分析;机器学习;机器人学;信息论;基于熵的实验设计

    Section介绍

    基于目前生物领域内的研究热点,Entropy邀请Prof. Dr. William B. Sherwin作为Section主编创建了“熵与生物”Section,旨在展示生物学方向的重大新进展。欢迎相关领域的学者提交实验论文、通讯和综述类文章于“熵与生物”Section。

    Section主编

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    研究领域:分子生态学;进化遗传学;生物多样性;基因组学,转录组学;预测和测量生物多样性数学;保护遗传学和人口学;濒危物种保护;亲缘关系和群体形成的进化生态学

    佳文荐读

    1. Entropy, or Information, Unifies Ecology and Evolution and Beyond

    熵或信息统一了生态学,进化论及其他学科

    William Bruce Sherwin

    2f3d2bc9f069f958cee1eb57c1dd4d32.pngDNA和量子计算的相似性

    宏观生态学家研究不同物种的组合,而微观进化生物学家研究物种内可遗传信息的变体,如DNA和表观遗传修饰。这两种不同的变化模式都是由相同的四个基本过程驱动的,但是对这些过程的处理方法有时会有很大的不同。进化生物学家在推导和测试数学遗传预测方面有着悠久的研究历史。宏观生态学称之为基尼-辛普森,并借用了基因预测的方法,但有时这种方法也会存在缺陷。因此,基于香农熵和互信息的分子多样性预测方程的推导尤为重要。本文讨论了熵/信息方法如何适用于分析和预测创新、传播、运动和适应四个过程,这四个过程是生态学和进化的共同基础,因此,我们现在可以预测所有主要类型的熵/信息,为生态学和进化中的四个基本过程创建一个通用的预测方法。此外,这些方法的使用将与其他研究 (如物理环境) 无缝贴合,甚至可以扩展到辅助进化算法的领域中。

    2. Information-Geometric Optimization with Natural Selection

    基于自然选择的信息几何优化

    Jakub Otwinowski et al.

    903a80de2891052335050931e0d4bd1e.png(A) 二次适应度景观上二维表型空间中100个变体的例子。(B) 根据方程,频率随时间变化

    寻找高维函数的最优参数是许多领域的一个普遍问题。本文详细阐述了经典数量性状群体遗传学与进化优化的关系,并提出了一种新的进化算法。连续目标函数的优化类似于在适应度景观上寻找高适应度表型。本研究描述了自然选择是如何沿着种群在适应度景观 (自然梯度) 上诱导的非欧几里德梯度移动种群的,并展示了在二次适应度景观下,选择与牛顿优化方法的关系,以及选择如何以减少多样性为代价增加适应度。本文还描述了新表型的产生,并引入了一个算子来重组整个群体以产生变体。最后文章还介绍了一种结合自然选择的原理证明算法。研究者通过重组算子以及增加选择来寻找最优的自适应方法。该算法易于实现,无需矩阵求逆或分解,也无需存储协方差矩阵,即可以形成基于模型的自然梯度优化算法的基础。

    3. Optimal Microbiome Networks: Macroecology and Criticality

    最佳微生物群网络:宏观生态学和临界性

    Jie Li et al.

    eb2e1bce1fa2994b63adb8af998096bc.png网络熵模式和推断的最佳微生物群网络

    由于菌种类数量、相互作用及其在空间和时间上的可变性,人类微生物群落是一个极其复杂的生态系统。本文基于一种新的信息论网络推理模型,检测到健康个体和不健康个体在功能和结构上存在差异的潜在物种相互作用网络,以及物种总输出信息流、节点交互作用的意义和物种相对丰度 (Relative Species Abundance, RSA) 之间存在反比例关系。这些研究结果支持了关于网络中心的作用正在减弱的观点,以及应该如何定义这些网络中心,而不是考虑节点的整体传出信息流。从宏观生态学角度看,健康微生物群落的帕累托总物种多样性增长率最高,物种更替率最低,RSA变异最小。此外,本文还展示了短暂微生物群的不稳定性,并发现微生物组的临界性不一定处于健康和不健康状态之间的相变阶段。微生物群落的宏观生态学特征有助于公共卫生、疾病诊断和病原学研究,而物种特异性分析则可检测到有益物种,从而实现预处理和益生菌治疗以及微生物工程的个性化设计。

    4. Entropy and Information within Intrinsically Disordered Protein Regions

    内在无序蛋白质区中的熵与信息

    Iva Pritišanac et al.

    2d2b7899d5063d0f9357c69e22a27863.png影响IDR构型和构象熵的功能相关过程的说明

    在目前对内在无序蛋白质和区域 (Intrinsically Disordered Regions, IDR) 的生物信息学和生物物理研究中我们可以发现,各个序列位置和溶液中采样的构象具有很高的熵。这阻碍了标准序列结构函数范式在IDR中的应用,并推动了从IDR序列中提取信息的新方法的发展。本文认为IDR序列中的信息不能通过位置守恒得到充分的揭示,位置守恒在很大程度上衡量了稳定的结构接触和相互作用模体。相反,考虑分子特征的进化守恒可以揭示IDR中的全部信息。IDRs的大构象熵的实验量化具有挑战性,但可以通过结合NMR波谱和低分辨率结构生物学技术测量的构象采样范围进行近似,这可以通过模拟进一步解释。构象熵和其他生物物理特征可以通过翻译后修饰进行调节,这些修饰通过调节IDR的能量分布来实现多种功能的相互作用,这一调节模式为IDR提供了功能优势。IDRs功能状态的多样性镶嵌及其在复合物中的构象特征要求新的信息度量,反映IDRs复杂的序列-构象-系综-功能关系。

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    版权声明:

    文案作者:Entropy Editorial Office

    本文内容由MDPI中国办公室编辑负责撰写,一切内容请以英文原版为准。如需转载,请邮件联系:mdpicnmarketing@mdpi.com返回搜狐,查看更多

    责任编辑:

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  • 原标题:PubMed快速检索文献,学学这些技巧!...对于文献列表显示的PMC Full text 图标的文章,可以直接到PMC 去阅读网页版的全文,或者网页版全文阅读页面找到PDF 下载链接进行下载。 另外,LinkO...

    原标题:PubMed快速检索文献,学学这些技巧!

    PubMed为科研路上必不可少的数据库,今天传授PubMed高手常用的7个技巧,让你快速找到自己想要的文献。

    1,获取全文技巧

    Pubmed提供的文献大多是摘要,并不提供文献全文服务。对于文献列表中显示的PMC Full text 图标的文章,可以直接到PMC 中去阅读网页版的全文,或者在网页版全文阅读页面找到PDF 下载链接进行下载。

    另外,LinkOut-more resources这里也可以链接到数据库,若数据库中的有全文链接,也可直接点击PDF进行下载。

    2,运用MeSH拓展关键词

    MeSH是Pubmed里的一款总结同义词的利器。可以避免同义词,简称都纳入搜索范围,以免多次检索漏掉想要的文献,大大提高搜索效率

    以liver cancer lncRNA为例,在MeSH里输入liver cancer,就会跳出主题词liver Neoplasms,这名词看上去可就高大上多了。

    点击第一个主题词liver Neoplasms后,可寻找相应的副题词并进行打钩后,点击右边上的“Add to Search builder”加到你的关键词构建(PubMed Search Builder)中。这样第一条关键词就是“肝肿瘤的遗传学分析”

    然后不要退出,继续输入关键词lncRNA,也通过“Addto Search builder”加到关键词构建中,这个时候需要注意的是,用“And”这种逻辑语言的话,就代表求交集了,当然还可以自主换别的逻辑语言。构建完你的关键词之后,点击了“SearchPubMed”就OK了。

    3,精确检索文章

    当然你要是有所针对的或特异性的搜索具体作者、杂志或者其他信息等,还可以进行更加高级的检索,点Advanced就可以了!

    进去之后是个这个界面,检索之后的步骤就是一样的了:

    又或者,在Pubmed的主页面中,点击Pubmed Tools中的Single Citation Matcher,进入以下界面,输入特定的杂志、日期、作者名字(第一作者或通讯作者)即可靶向某篇特定的文章。

    4,如何精确锁定关键词

    对于输入Pubmed的多词词组,它会查询词组索引,如果查到相应词组会将其作为一个检索词来检索,但如果没有查到相应词组,则会将其拆分成单个词分别检索。所以Inflammatory bowel disease TNF就相当于Inflammatory AND bowel AND disease AND TNF。

    如果不想把词组分开咋办?方法很简单,四个锦囊妙计送给你:

    1)加双引号:“Inflammatory bowel disease”TNF;

    2)加标段标识[tw]:Inflammatory bowel disease[tw] TNF;

    3)加短横线:Inflammatory-bowel-disease TNF;

    4)加截词符*:Inflammatory bowel disease* TNF

    5,如何快速检索临床研究文献

    一般,Pubmed检索出的整体结果是未经分类,研究者需自行阅读分类或使用filter(滤器)自行筛选。因而,若想查看具有针对性的临床研究文章,也需花费大量的时间和精力。但是Pubmed主页里Pubmed Tools中的Clinical Queries可让研究者简便快捷的找到相关文献。

    点击后,可进入以下界面,其中包括了三大板块:Clinical Study Categories(可选择病因、诊断、治疗、预后和临床预测指南等)、Systematic Reviews和Medical Genetics(临床遗传学)。

    选择右下的see all,回到PubMed主页。输入你的二级关键词:TNF,点击搜索文章即可。

    6,英文期刊查询

    当已知杂志名称或者杂志ISSN号(国际标准期刊编号)时,在Pubmed检索框分类选项中选择“NLM Catalog”,在检索内容框中输入杂志名称(用引号进行限制)或ISSN号,点击Search进行检索即可。

    当已知某篇英文文章时,以《Surgical treatment of pulmonary tuberculosis:the phoenix of thoracic surgery》为例,可在Pubmed中检索出该文章后,点击杂志名称J Thorac Dis,此时会跳出自动选择框,点击选择“Search in NLM Catalog”,即可进入杂志信息页面。

    7,Pubmed插件运用

    为了直接让Pubmed直接显示杂志的影响因子,可以通过以下两款神插件——pubmedy和“医学文献助手”来实现。将其安装至浏览器后,会在Pubmed搜索界面下直接查看IF、Cited、Citation以及FullText(PDF)/direct pdf等。对于pubmedy插件,目前支持以下8种浏览器,一般将插件直接拖入浏览器即可。

    以Google浏览器的安装为例,如下图所示:

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  • 大家使用外文文献数据库进行检索的时候可能想过一个问题:我们可以使用中文关键词进行检索...我们在PubMed的基本检索中搜索“补肾活血颗粒”,结果检索不到任何文献,系统提示:“No results were found. Your searc...

    104f120142d47a16b438cc8e58611fed.png

    大家使用外文文献数据库进行检索的时候可能想过一个问题:我们可以使用中文关键词进行检索吗?

    上文献检索课的老师可能会这样回答:在一般情况下,是不可以的。

    那么实际情况是怎样的呢?我们找几个外文文献数据库来验证一下。

    首先来看看著名的PubMed。我们在PubMed的基本检索中搜索“补肾活血颗粒”,结果检索不到任何文献,系统提示:“No results were found. Your search was processed without automatic term mapping because it retrieved zero results.” 意思是说,输入中文词组进行检索系统不会开启强大的“自动词语匹配”(automatic term mapping)功能 。

    0c12d440403654a0db6a5c02358238c5.png

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    再在PubMed的高级检索里使用“标题/摘要”(Title/Abstract)搜索一下“补肾活血颗粒看看。结果跟上面是一样的。

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    其实PubMed收录的文献中有些在标题中含有中文词(如“补肾活血颗粒),但就是不支持输入中文词进行检索所以,由此可见,PubMed确实是不能输入中文检索词进行检索的

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    我们再试一下SciFinder。我们到SciFinder的文献检索板块(Explore REFERENCES)用“研究主题”(Research Topic)途径检索“补肾活血颗粒”,也查不到任何结果。

    系统提示:“No candidates available. The following concepts or ideas were found in your input phrase: e¾ @ Unfortunately, none of these concepts could be found on the database. Please rephrase your input, using other similar terms or synonyms for the above concepts.” 由此看来,系统似乎根本就识别不了我们所输入的中文词。

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    著名的Elsevier ScienceDirect会如何呢?同样我们在关键词(Keywords)项检索“补肾活血颗粒”,结果找到两篇文献。一篇是期刊综述(Review article),一篇是图书章节(Book chapter)。可见Elsevier ScienceDirect支持使用中文关键词进行检索

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    此外,经过验证,德国著名的Springer数据库也支持中文关键词和中文作者姓名的检索

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    最后我们对ACS Publications(美国化学会出版物全文数据库)进行了测试,输入汉字“颗粒”进行检索,未检索到任何结果(Your search did not return any results)不过这一结果并不一定说明该系统不支持中文检索,可能只是因为该文献数据库中确实没有符合要求的文献而已。

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    外文文献数据库种类很多。其他的外文文献数据库是否支持中文词检索,大家如果有条件,也可以找个合适的例子去验证一下。

    最后回到开头的问题:外文文献数据库能用中文词进行检索吗?正确答案应该是:有的可以,有的不能,应视具体情况而定。(本文创意来自lc老师,谨此致谢)

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    护理SCI晨读:支持在住院儿童中使用疼痛量表和预后之间关系的证据:

    一项系统综述a88933581efb30c59331da1028b1a032.png

    e93d731b08cf45491e078962a718902e.png

    4fc30e3c1e7cc591eae4d664b1c36713.png摘要

    背景

    系统使用疼痛强度量表被认为是治疗住院儿童疼痛的先决条件,但早在10年前,人们就注意到缺乏强有力的证据支持使用疼痛强度量表与预期结果之间的假定正相关关系。

    目标

    重新评估支持在住院儿童中使用疼痛量表与患者结局之间关联的证据。

    设计

    系统文献回顾。

    数据源

    检索PubMed和CINAHL数据库,检索时间从建库到2020年4月15日。

    评价方法

    对所有文献进行了筛选,然后双人分别重复筛选感兴趣的全文。纳入对医院0-18岁儿童使用自我报告或基于行为的疼痛量表评估结果的研究,但排除紧急护理环境中的研究。

    结果

    在纳入的32项研究中,大多数研究都评估了包含一个或多个疼痛量表的复杂干预措施。过程结果(例如,记录)是最常被研究的。干预措施通常与改善疼痛评估文件有关,而对疼痛管理文件的影响是不一致的。然而,过程结果的改善并不一定导致更好的患者结果。关于患者的结果(例如,疼痛强度,副作用,或对治疗的满意度),一些作者报道群组水平的疼痛强度降低,但对其他功能结果,如儿童和家长的满意度,以及安全性方面的影响不一致。方法学方面也存在问题,例如单薄的研究设计和小样本,使结果存在偏差,而且由于疼痛量表是作为复杂干预措施的一部分进行研究,因此不可能确定疼痛量表对整体效果的影响。

    结论

    尽管有理论基础的对疼痛的理解和临床经验都表明,疼痛量表的使用将对有疼痛的住院儿童产生影响,但仍有有限的证据支持这一观点。由于疼痛量表几乎只被作为复杂干预的一个方面进行研究,因此迫切需要研究确定复杂干预中的活性成分及其对儿童有意义的联合和个体结果的影响(例如减轻疼痛强度或改善功能)。

    4fc30e3c1e7cc591eae4d664b1c36713.png英文摘要

    Background

    Systematic use of pain intensity scales is considered a prerequisite for treatment of pain in hospitalized children, but already a decade ago, attention was called to the lack of robust evidence supporting the presumed positive association between their use and desired outcomes.

    Objectives

    To re-evaluate the evidence supporting the association between the use of pain scales and patient and process outcomes in hospitalized children.

    Design

    Systematic literature review.

    Data sources

    The online databases PubMed and Cumulative Index of Nursing and Allied Health Literature (CINAHL) were searched from inception to April 15, 2020.

    Review methods

    We performed single screening of all records followed by duplicate screening of full texts of interest with a disagreement procedure in place. Studies where the authors evaluated outcomes from the use of self-report or behavioral-based pain scales in children 0–18 years in a hospital setting were included. Emergency care settings were excluded.

    Results

    In a majority of the 32 included studies, complex interventions that included one or more pain scales were evaluated. Process outcomes (e.g., documentation) were most frequently studied. Interventions were commonly associated with improved documentation of pain assessment, while the effect on pain management documentation was inconsistent. However, improvements in process outcomes did not necessarily result in better patient outcomes. In regard to patient outcomes (e.g., pain intensity, side effects, or satisfaction with treatment), some authors reported reduced pain intensity on group level, but the effect on other functional outcomes, child and parent satisfaction, and aspects of safety were inconsistent. Methodological issues, e.g., weak study designs and small samples, biased the results, and it was not possible to determine how pain scales contributed to the overall effects since they were studied as part of complex interventions.

    Conclusions

    Although both a theoretically founded understanding of pain and clinical experience suggest that the use of pain scales will make a difference for hospitalized children with pain, there is still limited evidence to support this notion.

    As pain scales have been almost exclusively studied as an aspect of complex interventions, research that determines the active ingredient(s) in a complex intervention and their joint and individual effects on outcomes that are meaningful for the child (for example reduced pain intensity or improved function) are urgently needed.

    原文链接:

    https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002074892030331X

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