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    Part One: VirtualBox虚拟机安装Ubuntu详细教程

    此部分可参考此文VirtualBox虚拟机安装Ubuntu详细教程

    Part Two: Ubuntu下如何安装最新的Node.js&npm包

    在Ubuntu Terminal中通过apt-get install可快速安装Node.js。安装好后,node -V 发现Node.js版本竟然是v4.2.6,虽然有点诧异,但是想着可以升级,也可通过版本管理器安装多个Node.js,就没多想,就继续安装npm,但是当Node.js和npm都安装好后,使用npm命令却报如下错误:

    ERROR: npm is known not to run on Node.js v4.2.6 Node.js 4 is supported but the specific version you're running has a bug known to break npm.

    问题很明朗,就是Node.js版本太低,那之前想通过npm安装Node.js版本管理器,再通过Node.js版本管理安装多个版本的Node.js的方法是行不通了。二话不说先卸载。

    卸载 nodejs & npm

    sudo apt remove nodejs npm

    尝试第二种方法:wget获取指定版本的Node.js进行安装

    sudo wget -qO- https://deb.nodesource.com/setup_8.x | sudo bash

    出现Permission denied错误(如下图)。
    image

    看错误是apt-get update获取最新软件包的时候,需要操作 /var/cache/apt/lists下的文件但是没有权限导致失败。通过chmod修改文件权限即可。

    sudo chmod -R 777 /var/lib/apt/lists/

    修改权限后再执行

    sudo wget -qO- https://deb.nodesource.com/setup_8.x | sudo bash

    即可获取到Node.js版本包,通过install安装

    sudo apt-get install nodejs

    命令行提示错误如下:
    image

    gnutls_handshake() failed: Error in the pull function.但最后提示我们:maybe run apt-get update or try with --fix-missing.通过运行apt-get update即可解决。

    sudo apt-get update

    另外,也可编译Node.js源码包安装。

    # wget http://nodejs.org/dist/v9.3.0/node-v8.9.3.tar.gz
    # tar xvf node-v8.9.3.tar.gz
    # cd node-v8.9.3.tar.gz
    # ./configure
    # make
    # make install
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  • 在虚拟机上装ubuntu系统 在正式装系统之前需要一个ubuntu系统: 官网官网 直接在官网上下载下来就可以了,下载下来的就是镜像,好像非常慢,有点大。 快速下载链接 我也没试,不过感觉应该会挺快的 直接查的...

    先装一个虚拟机

    大部分的都是使用的VMware的虚拟机
    VMware虚拟机安装教程

    在虚拟机上装ubuntu系统

    在正式装系统之前需要下一个ubuntu系统镜像:
    官网官网
    直接在官网上下载下来就可以了,下载下来的就是镜像,好像非常慢,有点大。
    快速下载链接
    我也没试,不过感觉应该会挺快的

    直接查的教程:
    安装ubuntu系统

    另外一个教程
    这两个都是安装ubuntu的教程,具体哪个好用取决于哪个可以解决你的问题,你的疑问有时候有的教程是一笔带过的,这就需要你一直查。嗯,学会自己查也很重要。


    安装VMware-tools(将linux与windows互联–就是可以复制内容共同使用,或者是互传文件)时遇到的问题:
    这时候任务栏的地方会有一个光盘模样的东西,点开可以,里面有需要的压缩包
    1.客户机操作系统已将 CD-ROM 门锁定问题(缩写的):给一个教程解决我觉着挺好的,不需要命令啥的,直接以不同方式提取:提取教程
    具体的安装教程:
    安装教程


    需要装两个软件:(最好最linux上安装,他有一定的优势)
    不分先后:
    AutoDock Vina下载链接:安装解压包链接
    AutoDock Vina的具体安装好像没有用上面下的解压包,直接在终端里面下就可以了:

    sudo apt install autodock-vina
    

    也找不到怎么着安装的了,好像就是这样提示的;(我是在终端直接输入的Vina,输了几次之后,然后他就有了提示,也就是上面的这个代码,接着他就自己在那里下载了)。多查,多试,多看吧!
    MGLtools下载链接:安装解压包链接
    MGLtools:自我认为是比较好的安装教程教程
    我下的是mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz
    注:1.中间查资料的时候遇到flash player没法用:普通教程就可以了
    2.其实关于压缩的直接提取就可以了,其实也就是解压。


    任务一:提取…_.pocket.pdb文件的x,y,z轴的最值,存到另外一个文件中
    任务二:用mgltools将…_ligand.mol2文件转为.pdbqt格式


    在终端里面直接输入就可以看出效果,要是想处理大量的文件,需要写一个脚本,然后用循环即可。(一定要知道你现在所处的位置进行操作–也就是知道你现在的所处路径)
    注:
    1.shell脚本如何读取一个文件夹下所有的文件名

    files=$(ls $folder)
    for file in $files
    do
      echo $file
    done
    

    2.遇到了一个问题,就是不能将变量名与字符串进行连接
    看一篇文章把:变量与字符串的连接知识点

    #file是一个循环变量: file_ligand.mol2是我想要访问的文件
    filename="$file"/"${file}_ligand.mol2"
    #最后使用这个的形式:
    $filename
    

    linux环境下:

    命令:

    /home/pfl/software/mgltools/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/python ../prepare_ligand4.py -l 1a0q_ligand.mol2 -A bonds -U lps
    

    注:
    1./home/pfl/software/mgltools/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/python
    这是你的python的路径
    2.../prepare_ligand4.py
    这个是你的prepare_ligand4.py包的路径(我写了一个相对路径)
    3.1a0q_ligand.mol2
    这个是mol2文件
    其他的直接用的老师给的


    PBS作业调度系统的使用技巧 —>PBS<—


    1.linux快捷键


    非常感谢以上大佬们的教程
    记录一下自己的学习过程

    展开全文
  • 安装了虚拟机,并在虚拟机下装了Ubuntu16.04系统。本文介绍在虚拟机的linux系统下安装caffe的过程。1.安装caffe;在终端复制如下命令即可,自动下载安装caffe;git clone https://github.com/BVLC/caffe.git2.安装...

    我的电脑是win10 64位,i5的笔记本;

    安装了虚拟机,并在虚拟机下装了Ubuntu16.04系统。本文介绍在虚拟机的linux系统下安装caffe的过程。

    1.安装caffe;在终端复制如下命令即可,自动下载安装caffe;

    git clone https://github.com/BVLC/caffe.git




    2.安装必要的相关依赖项;

    sudo apt-get install git cmake build-essential
    sudo apt-get install libprotobuf-dev libleveldb-dev libsnappy-dev libopencv-dev libhdf5-serial-dev protobuf-compiler   
    sudo apt-get install --no-install-recommends libboost-all-dev  
    sudo apt-get install libopenblas-dev liblapack-dev libatlas-base-dev  
    sudo apt-get install libgflags-dev libgoogle-glog-dev liblmdb-dev
    sudo apt-get install git cmake build-essential
    sudo apt-get install python-dev python-pip gfortran






    安装过程会提示选Y/N,当然选Y啦;

    有一定几率安装失败而导致后续步骤出现问题,所以要确保以上依赖包都已安装成功,验证方法就是重新运行安装命令,如验证 Git cmake build-essential是否安装成功共则再次运行以下命令:

    sudo apt-get install git cmake build-essential

    出现如下表示安装成功:


    3.进入caffe目录,拷贝一份配置文件

    cd caffe 
    sudo cp Makefile.config.example Makefile.config  


    4.修改Makefile.config配置为,在caffe目录下打开该文件:

    sudo gedit Makefile.config

    修改Makefile.config文件内容为:

    去掉CPU_ONLY前面的#号,使得CPU_ONLY := 1


    并增加配置引用文件路径,增加了如下内容

    1
    2
    /usr/include/hdf5/serial
    /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial


    5.执行编译

    sudo make all
    sudo make test
    sudo make runtest

    如果在编译过程中遇到权限不够的问题,请输入$ sudo su

    用超级管理员权限执行编译;

    6.编译Python接口

    1)Ubuntu16.04默认安装的是python2.7,没有pip,所以需要先安装pip

    1
    sudo apt-get install python-pip

     且由于下面执行的时候会提示pip版本问题,这里先执行版本升级安装

    1
    sudo pip install --upgrade pip

     

     2)在caffe根目录下,有个python文件夹,文件夹里面有个requirements.txt,里面有需要的依赖库和版本信息,按照其安装即可

    1
    2
    3
    sudo apt-get install gfortran
    cd ~/caffe/python
    for req in $(cat requirements.txt); do pip install $req; done

     安装结束后,可以执行如下语句验证:

    1
    sudo pip install -r requirements.txt

     即使有些没安装成功,在下面文件的时候会给予提示,到时候再安装也可以

    同样如果在安装过程中提示权限不够,请先用root登录,即sudo su后,再输入如上命令安装python需要的依赖库,我的requirements.txt内容和版本要求如下:


    3)将Caffe根目录下的python文件夹加入到环境变量

           先打开bashrc文件

    1
    sudo gedit ~/.bashrc

      在文件的最后,加入如下代码

    1
    export PYTHONPATH=/home/wy/caffe/python:$PYTHONPATH

      加入后,如下图所示:

      

     

    4)执行更新更新配置操作

    1
    sudo ldconfig

      执行完后,需要重启Ubuntu系统

     

    5)编译python接口

    1
    2
    cd ~/caffe/
    make pycaffe

    6)验证Caffe

    进入Python环境,import Caffe,如果没错,即表示安装正确,可以正常使用了


    展开全文
  • 1,准备工作-ubuntu下载 ubuntu官网下载 ...虚拟机安装ubuntu15.10 虚拟机安装ubuntu 详细完整教程 选择 自定义 然后一步 直接一步 浏览到自己的下载位置,选中 然后选择一步 设置好名字,...

    1,准备工作-ubuntu下载 ubuntu官网下载

    如何官网下载ubuntu 

    5ed2833e-2b8a-4a90-8e6a-f0f3d3710b02

    http://www.ubuntu.com/download/

    94b54663-6acc-4a38-a957-f9842ee4127c

    f729add3-e7e6-45a2-a32c-ccef691ca5a5

    7420b9bf-0506-4b7e-8f80-62d1ad45ab38

    461306fd-19db-403e-af7f-0a01e8434515

    f96ac837-7c39-448e-a83e-88a9d2a5547b

    2,打开虚拟机

    虚拟机安装ubuntu15.10 虚拟机安装ubuntu 详细完整教程

    fd21fed4-c995-4b77-a13f-66d948757773

    aa4c9fb3-ba00-4744-b57d-01b5e9f1e80a

    选择  自定义  然后下一步

    0974eb43-0803-485d-b1e9-86e799a21343

    直接下一步

    492bb074-c8c1-4e99-a4c2-0bce5cc32cef

    浏览到自己的下载位置,选中

    然后选择下一步

    1b1459cf-84c3-41ed-80d6-c87b914d3b4a

    fe435275-b3ec-48ef-807c-ea4a5077f6ab

    设置好名字,选择好文件位置

    点击下一步

    虚拟机安装ubuntu,处理器配置如何设置?处理器数量设置多少?

    f330f706-7f35-4aa7-8e2b-8a920e1c7f1d

    这一步一般这样子就可以了,也可以默认的1  1  一般都可以跑起来具体的看自身电脑的配置

    下一步

    9a95496b-febb-44e8-be29-c8f784203b59

    我内存比较大,选择2g,你可以使用推荐的内存

    下一步

    ced80cff-0363-4ca7-ad2b-c7439d0d711a

    这个类型 后续也可以修改

    下一步

    45e372f9-182f-4581-81fc-9fd1ab1fcbf6

    使用默认

    下一步

    3acbddbb-fe38-45f4-a13e-2ff0849e6a45

    默认

    下一步

    d4dd970e-8670-4c71-bf5a-a5c372cb68aa

    默认

    下一步

    c21aa1eb-7870-48d8-ae68-d52a037a6d0c

    硬盘大的给100g也没问题,

    建议立即分配

    我习惯单个文件

    设置后之后

    下一步

    9af1511b-7aba-49b3-a2ab-505dde6ce825

    设置好位置

    下一步

    ccb2f442-0c81-44c2-8af1-ccc1ab045ff4

    可以自定义硬件

    可以把不需要的去掉

    52b54e4f-6446-4aab-9d95-22b2814e028d

    9ad5b45e-a811-466b-868f-cfac2699c0cd

    8a177d32-1972-46d7-bc43-0f99efa6aba4

    dff26a69-8dfc-47e8-8f0f-b2fb9d1bcf9b

    17befc32-a93d-4825-987e-738a9e38d852

    9915d2c5-450c-466f-904b-bc9c0ddc3f6e

    这些个提示信息可以让她不再显示,就是指你的一些硬件设备比喻摄像头,手机等,是否连接到虚拟机

    a5a3c467-aa4d-400a-ad29-f91e7c149591

    da143a2e-3bd9-4e23-adb7-0f6b67474fbf

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    a77aee80-05e6-4f9f-b306-513bd5001927

    dfd99a75-6d5b-4a30-a1b9-1c210ab2804c

    此时已经安装好了,输入密码进入桌面

    ps:如果说你的网络不好,上面有的过程可能需要下载很久,你可以把你的网络断掉,终止掉他的下载过程

    等进入系统以后再重新更新软件

    f9220726-bc59-4364-9989-06b1c3c11d18

    如何设置虚拟机中ubuntu系统的语言?如何设置ubuntu为中文?

    61c5be48-0c3d-4f1b-91bc-cdfa9ae42b0c

    eb1e4e1c-da51-48d1-b732-e6fe90dc2907

    5482a6bf-102e-4238-8bbd-4e3c7cc766da

    6f9a40bb-102d-4659-945d-bed8d6456f8b

    ac2cfb52-2074-418f-854b-259f1a6d2f5e

    9f14c674-5fd2-44a8-9d1f-c1bc48dc4e4b

    55c91aea-4b58-48f9-8767-c2368b24e3c4

    95ed25f8-7c6d-4a6c-ba09-5442abe1d6b8

    我的网络不好,刚才安装系统的时候,语言支持没能下载好

    重新下载下

    ps:如果说此时还是一直失败,可以更改软件源

    ubuntu如何更改软件源?ubuntu下载软件总是失败怎么办?ubuntu更新语言,下载语言一直失败怎么解决

    7449e3fd-1afe-4e8c-aecd-01791f2e3d31

    7d33eb8c-c965-4d77-98fb-cd0078005dd3

    选择

    software source

    这个就是软件的下载源,选一个中国的,不行就在挨个的试试看,总有一个适合你!

    603d290d-f863-4545-bc2b-c663b32a5ba1

    ubuntu如何更改显示器的分辨率?

    设置里面的display就是了

    如果选不到合适的也不用怕,肯定是某些地方的设置没弄好,可以先把所有的软件更新下

    然后重启下ubuntu试试看

    更新软件命令

    打开终端

    右键菜单就有的哦

    sudo apt-get update

    sudo apt-get dist-upgrade

    按照提示信息输入密码,以及Y

    就可以更新下载了

    不行就换下载源!!!

    a9d44b1f-4f2e-4012-b4bf-a00fff7bae10

    ubuntu如何切换输入法

    ctrl + space(空格)切换输入法

    展开全文
  • 虚拟机安装Ubuntu教程

    千次阅读 2014-04-12 16:50:54
    虚拟机安装Ubuntu教程 一、下载wmware10.0软件 vmware下载地址http://pan.baidu.com/s/1eQIcJqM 二、安装vmware Windows安装软件一如既往的一步到死,有几点最好注意一下: 1、选择自定义安装而不是典型安装 ...
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  • 使用虚拟机安装Ubuntu

    2010-04-21 14:48:00
    我们今天的操作演示是Microsoft Windows XP操作系统,使用VMware 模拟虚拟机安装Ubuntu Linux 6.06(X86版本),并对其进行设置,让它达到最好状态。虚拟机模拟安装Ubuntu Linux的硬件要求不高,因为我们此...
  • VMware虚拟机安装Ubuntu操作系统教程 我们安装Ubuntu之前,首先要先完成VMware虚拟机安装。 我所使用的版本是VMware Workstation Pro 15.5的版本。 默认安装完成以后输入注册码即可使用。 下面开始安装...
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  • 虚拟机VMware+Ubuntu系统的安装教程本文介绍虚拟机上安装Ubuntu系统,适合程序员小白练手。 1、虚拟机VMware的下载和安装 2、Ubuntu的下载和安装 1、虚拟机的安装百度上搜索VMware即可下载,下载后为exe执行...
  • 1)创建新虚拟机:选择“新建”(快捷键Ctrl+N),然后弹出框如图所示,设置虚拟机名称,虚拟机存放文件夹、类型、版本信息,然后点击“一步”。 设置虚拟机内存大小:根据主机实际内存大小设定,然后点击...

空空如也

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在虚拟机下ubuntu安装教程