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  • 为保护野生翘嘴鳜(Sinipercachuatsi)的种质资源以及遗传育种,本研究从翘嘴鳜的EST文库中开发微卫星并筛选出22对具有多态性的微卫星标记,对来自陆水水库(赤壁)和沅江流域(常德、怀化)的3个野生群体进行了遗传多样性...
  • 选用40个随机引物对杉木属的两...两个杉木种的遗传相似度S=0.644 18,它们的遗传距离为0.355 802.杉木与德昌杉木的遗传相似度略低于我们所作的大陆其它杉木种源区间的平均遗传相似度.从两个种间的遗传相似度和遗传
  • 为了构建高密度遗传图谱并精细定位该主效位点 ,用 2DS参考遗传图谱上的14对 SSR标记 ,研究了59个育性正常的普通小麦品种与XND126的DNA多态性 ,筛选到不同生态型多态性较高的品种共12个 ,每个品种多态性标记达 12~13...
  • 使用线粒体细胞色素b基因片段序列为分子标记,分析了刀鲚和湖鲚的遗传多态性遗传关系。在两个群体中共检测到5种不同的单倍型。刀鲚和湖鲚的单倍型多样性指数分别为0.9000和0.7000;核苷酸多样性指数分别为0.3763%和...
  • 采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对中国6省(区)及印度尼西亚共8个麻疯树Jatrophacurcas种源样本进行研究,旨在阐明麻疯树种源间的遗传关系和遗传多样性。结果表明:麻疯树相关序列扩增多态性一聚合酶链式反应...
  • 为了满足对大规模遗传研究不断增长的需求,我们已经开发了一种新的固相单碱基扩展(SBE)协议,该协议针对磁性纳米颗粒(MNP),以衔接子聚合酶链React(PCR)产品为模板进行多重SNP检测。 延伸引物被共价固定在MNP...
  • 扩增片段长度多态性(AFLP)是一种有效的分子遗传标记方法,具有快速、经济、简便、模板需要量少、重复性高、结果可靠等优点。目前AFLP在动物方面的应用还不是很多,处于初级阶段。主要用于鉴定分类关系、种群遗传...
  • 单核苷酸多态性(simple nucleotide polymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 , 可以作为一种高通量的分子标记。本文主要介绍 SNP的定义、几种植物学中常用的检测 SNP方法及 SNP 标记在作物遗传育种中...
  • [目的]比较滩羊、蒙古羊和小尾寒羊INHA基因的多态性,分析不同基因型对产羔数的影响,为绵羊繁殖力标记的辅助选择提供理论依据。[方法]利用PCR-SSCP方法检测和分析3个绵羊品种INHA基因的多态性,通过最小二乘分析方法...
  • 方法:利用1 0 条 RAPD引物和 5 对 SRAP引物对 1 0 个不同地理种群柑桔大实蝇的基因组 DNA 进行扩增,统计多态性谱带,然后运用DPS统计分析软件进行遗传多态性及聚类分析.结果:1 0 条 RAPD 引物扩增产生 1
  • 遗传多态性,免疫相关基因,TCF4和ZNF804A与microRNA,神经调节蛋白基因,染色体13q32和11p15.4(通过精神分裂症和脑结构参与谷氨酸能基因)似乎与精神分裂症的发生有关。 结论:一些研究表明基因参与导致疾病发病...
  • [目的]比较滩羊、蒙古羊和小尾寒羊BMPR-IB基因的多态性,分析不同基因型对产羔数的影响,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。[方法]利用 PCR-RFLP方法检测和分析 BMPR-IB基因的多态性,通过最小二乘分析...
  • 微卫星DNA序列完整性对多态性的影响,郑燕,金谷雷,综微卫星序列(SSR)是指以1-6碱基为单位的串联重复序列。SSR包括完整SSR与不完整SSR。不完整SSR是指在重复序列中允许个别碱基不是重复
  • repens的SSRs能够揭示亚历山大草中的高种内多态性,并成功地区分了本研究中调查的不同物种。 本文确定的不同种质提供了进一步培育亚历山大草的优良资源。 T. alexandrinum与T. subterraneum和T.鲑科的高度等位基因...
  • 利用6对特异性引物,在3种斑纹泥鳅中共获得67个微卫星位点,其中在大花斑泥鳅中多态性位点为45个,多态性比例为67.16%,小花斑泥鳅的多态性位点为39个,多态性比例为58.21%,无花斑泥鳅多态性位点为15,多态性比例为...
  • 在两个标记系统中,多态性片段/引物的“多态性”分别为17和7.14。 另一方面,Triple-SCoT表现出阳性和阴性基因型特异性标记的最高平均数。 使用这些不同的标记系统对研究的基因型进行聚类分析,发现四个树状图的...
  • 利用KASP标记评价水稻品种多态性程萌杰1,闫双勇2,施利利1,3,孙宁1,张欣1,3,丁得亮1,3,边嘉宾1,3,通信作者,王松文1,3,通信作者【摘要】采用600个KASP标记对51个品种进行多态性评价。结果表明:373个标记可以...

    利用

    KASP

    标记评价水稻品种多态性

    程萌杰

    1

    ,闫双勇

    2

    ,施利利

    1,3

    ,孙宁

    1

    ,张欣

    1,3

    ,丁得亮

    1,3

    ,边嘉宾

    1,3,

    通信作者,王松文

    1,3,

    通信作者

    【摘

    要】

    采用

    600

    KASP

    标记对

    51

    个品种进行多态性评价。结果表明:

    373

    个标记可以准确判定种质的单倍型,制定

    DNA

    指纹图谱,鉴定染色体片

    段代换系,其中有两个染色体片段代换系分别携带

    NOG1

    基因和

    GS5

    基因。

    51

    个品种构成一个自然群体,其多样性为

    568.50

    ,粳型杂交稻保持系

    341B

    HC-66

    (籼稻)的多态性为

    0.82

    ,‘341B’与‘IPM’(籼稻)的多

    态性为

    0.80

    373

    个标记可用于设计育种与模块育种。

    【期刊名称】

    天津农学院学报

    【年

    (

    ),

    期】

    2018(025)004

    【总页数】

    5

    【关键词】

    水稻;

    KASP

    标记;多态性;染色体片段代换系

    https://www.zhangqiaokeyan.com/academic-journal-cn_journal-tianjin-agricultural-

    university_thesis/0201270698969.html

    水稻是最重要的粮食作物之一。

    1992

    年,美国、日本、中国几乎同时启动了水

    稻基因组计划(

    Rice

    Genome

    Program

    RGP

    )

    ,其基本策略是解析水稻

    (

    Oryza

    sativa

    )的基因组结构,在保持水稻高产、优质、抗病的基础上改良

    新品种。美国

    RGP

    率先绘制了遗传图

    [1]

    ,发展了

    SSR

    (

    Simple

    Sequence

    Repeat

    )标记

    [2]

    ,利用图位克隆法克隆了水稻抗白叶枯病基因

    Xa-21[3]

    。日

    本学者制备了遗传图、物理图、转录图、序列图

    [4-5]

    。中国

    RGP

    在早期就注

    RGP

    成果的应用,克隆了数百个重要农艺性状基因,启动了分子育种国家计

    展开全文
  • 表征了驯化的盐敏感性番茄品种(CA4)与天然耐盐的野生型番茄品种(LA1606)杂交后代的耐盐性。... RAPD标记OPX-17和MRTOMR-022表现出2种阳性分子标记多态性),仅在抗性亲本(LA1606)和抗性F2体中发现。
  • 这项研究的目的是通过使用分子标记(扩增片段长度多态性—AFLP)来估计当地品种当前的遗传变异水平。 我们选择在两个不同的微观区域中进行收集,以识别地理隔离和不同水平的市场需求对最大隐孢子虫遗传变异性保护的...
  • 为了获取中华绒鳌蟹群体遗传多态性的基本数据,寻找合适的遗传标记区分不同种类及不同水系的河蟹种群,采用微卫星DNA分型技术,对江苏地区两个地理种群(本地种与荷兰种)的中华绒鳌蟹共计140个样本,通过DNA提取,PCR扩增...
  • 结果表明,从35条引物中筛选出8条重复性好的多态性引物进行PCR扩增,共扩增出64条带,其中多态性条带50条,多态性比例为78.1%。应用其中3条多态性ISSR引物(UBC889、UBC812、UBC825)的12条特异性条带,可以有效区分供试的9...
  • 结果显示,9对AFLP引物共扩增出724条谱带,其中97条为多态性条带,占总条带数的13.40%.聚类分析表明,材料间遗传距离GD变幅为0.028~0.677,平均值为0.306;位点多态性信息含量PIC变l晤为0.157~0.399,平均...
  • 癌症是严重威胁人类生存与健康的恶性疾病...单核苷酸多态性(SNP)广泛存在于人类基因组中,可作为检测癌易感基因的一个有效遗传标记。通过检查病例-对照人群的SNP差异来确定易感癌症的高危人群,起到预防癌症的作用。
  • 从联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的30对微卫星引物中,筛选出6对多态性丰富的微卫星位点,对112个个体的DNA多样性进行了检测,结果共检测到101个基因座,每个座位的等位基因数范围为4-6个。...
  • SNP(单核苷酸多态性)准确性的验证,你造吗? 【2016-12-12】 SNP(全称Single Nucleotide Polymorphisms)即单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性,包括...

    SNP(单核苷酸多态性)准确性的验证,你造吗?

    【2016-12-12】
     
     
     

    SNP(全称Single Nucleotide Polymorphisms)即单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性,包括单个碱基的转换、颠换等。SNP定位分类:可分为基因编码区、基因周边以及基因间SNP等三类;SNP位置区域包括UTR区、编码区的外显子或内含子区 、可变剪切位点等等。

    SNP是人类可遗传变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上,所以SNP的应用范围较微卫星标记更加广泛,在群体遗传学、生态环境学、制药业、法医学、癌症及遗传性疾病甚至进化方面的研究都有不同程度的应用。研究人员希望通过SNP的研究,更深刻地认识癌症、糖尿病、血管性疾病和某些精神性疾病等多基因疾病的发生机制,主要应用有:

    1、确定基因多态性和疾病的关系   

    2、解释个体间的表型差异对疾病的易感程度 

    3、对未来疾病做出诊断 

    4、研究不同基因型个体对药物反应的差异,指导药物开发及临床合理用药 

    5、个体间SNP千差万别,通过SNP检测等技术进行法医鉴定及个体识别

     

    SNP的研究前期通常基于下一代测序(NGS)技术对大量样本进行全基因组测序,通过与参考序列的比对发现并构建SNP数据库,之后对数据库中大量的SNP进行验证,并经过统计学分析找到少量与疾病或性状关联的SNPs。目前对SNP进行验证检测的方法主要有:

     

    1、 扩增测序

        原理:Sanger测序

        特点:方法稳定,可靠,通量低,成本高

     

     

    2、SNaPshot 检测

        原理:基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序。在体系中加入测序酶,四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5,端的延伸引物和PCR产物模板,PCR扩增过程中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪电泳后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,根据峰移动的位置确定该延伸产物对应的SNP位点。


        特点:

    a)采用多重单碱基检测技术,每次可以检测10~20个位点,通量高,速度快;

    b)同时检测基因组任何位置上的SNP位点,且数据完整性高;

    c)基于3730xl测序仪平台的检测技术,直接得到位点的碱基组成,检测结果直观、稳定、可靠;

    d)价格比较低廉。

     

    3、Mass Array

        原理:该技术基于Sequenom质谱仪平台,通过PCR扩增出含有SNP位点的一段DNA(SNP位点前后各50bp左右),用SAP酶去除掉PCR 体系中剩余的脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP),加入一单碱基延伸引物,其3’末端碱基紧挨SNP位点,采用四种ddNTP替代dNTP,这样,探针在SNP位点处仅延伸一个碱基,连接上的ddNTP与SNP位点的等位基因对应,树脂交换,纯化延伸后产物,用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异,确定该点处碱基。

     

        特点:

    a) 一次可以检测20-40个位点;通量高,一次可以检测384个样本;

    b) 1管式操作,避免换管,降低被污染的概率;

    c)检测灵敏,可检测pmol级别的物质;

    d)适合大量样本检测,但是有一些SNP位点不适合设计延伸引物,无法检测,且缺失的数据难以补充。

     

     

    4、Taqman探针法

        原理:该技术基于实时荧光定量平台,每个SNP位点设计一对Taqman探针,分别标记不同的荧光。5’末端携有报告荧光基团,3’端标有荧光淬灭基团,Taq聚合酶具有外切活性,从而将探针5 ’端连接的荧光分子从探针上切割下来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光。


        特点:
    a)操作简单、检测速度快、灵敏度高;
    b)一次一般检测1个位点,两个SNP位点之间太近或者SNP序列附近有特殊结构,不易设计探针;
    c)少量样本检测费用高,适合位点少,样本量大的情况。

     

     

    除了上述几种方法,还有焦磷酸测序、HRM(高分辨率溶解曲线分析技术)、Microarray芯片法、MALDI-Tof、dHPLC(变性高效液相色谱技术)、RFLP、SSCP、DGGE等。

     

    阅微基因在SNP检测方面有丰富的经验,开展多种不同的检测方法,可根据客户的样本和位点的数量选择最合适的实验方法。每个项目的检出率不低于95%。针对有特殊结果的位点,我们会采用高效的DNA聚合酶,确保每个位点都有实验结果,进一步确保了客户数据的完整性。另外,阅微基因可以针对口腔拭子,唾液等样本提取DNA进行SNP检测分析。在此基础上提供基因分型分析、关联分析、聚类分析、遗传图谱等服务,使客户的研究更顺利。

    转载于:https://www.cnblogs.com/wangprince2017/p/9815384.html

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  • 本文还增加了新兴的分子标记(Single-Nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性),和ACGM标记(Amplified Consensus Sequence Genetic Marker,扩增共有遗传标记).最后,对分子标记的应用前景做了展望.
  • TORC2基因多态性与有氧耐力关联性研究,夏小慧,胡扬,目的:研究TORC2基因多态性分布特点与有氧耐力的关联性,寻找可以作为有氧耐力的遗传标记。方法:应用基质辅助激光解吸附电离飞�
  • 结果表明:利用31对SRAP引物共扩增出685个多态性条带,平均每个引物扩增出23.2条带,多态性比率为95.3%,各品种之间的遗传相似系数在0.3622~0.9475,平均相似系数为0.6549。通过UPGMA聚类分析将17个杨树材料分为4个...
  • 选择的30个SSR标记中,22个标记扩增良好且具有多态性,每位点检测出的等位基因数为2~15个,共检测出等位基因132个,平均6.0个;各多态位点检测出基因型为2~11种,多态信息指数为0.16~0.91,平均为0.65。这些表明...
  • 采用ISSR-PCR技术为分子标记,对不同地区金钱豹的分子遗传多态性进行研究。采用非损伤性取样方法采集血样或从死亡的样本中取内脏组织,提取基因组DNA,筛选合适的ISSR引物进行随机扩增,用PopGen、Ntsys等软件进行...

空空如也

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多态性遗传标记