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  • 现有两组数据长度L和弹性E,分析其相关性,想找到长度L为多少时,弹性值E最大,在graphpad中得到结果是线性相关,却无法给出想要的L最优值。用什么统计方法能解决此问题呢? Number of XY Pairs 5332 Pearson r -0....
  • RNA-seq:转录组数据分析处理(上)

    万次阅读 多人点赞 2019-01-26 17:04:52
    RNA-seq:转录组数据分析处理 、流程概括 RNA-seq的原始数据(raw data)的质量评估 raw data的过滤和清除不可信数据(clean reads) reads回帖基因组和转录组(alignment) 计数(count ) 基因差异分析(Gene ...

    RNA-seq:转录组数据分析处理(上)

    一、流程概括

    • RNA-seq的原始数据(raw data)的质量评估
    • linux环境和R语言环境
    • raw data的过滤和清除不可信数据(clean reads
    • reads回帖基因组和转录组(alignment
    • 计数(count
    • 基因差异分析(Gene DE
    • 数据的下游分析

    二、准备工作

    • 学习illumina公司测序原理
    • 测序得到的fastq文件
    • 注释文件和基因组文件的准备

    1. fastq测序文件

    在illumina的测序文件中,采用双端测序(paired-end),一个样本得到的是seq_1.fastq.gz和seq_2.fastq.gz两个文件,每个文件存放一段测序文件。在illumina的测序的cDNA短链被修饰为以下形式(图源见水印):
    inllumina公司测序的cDNA短链形式

    两端的序列是保护碱基(terminal sequence)、接头序列(adapter)、索引序列(index)、引物结合位点(Primer Binding Site):其中 adapter是和flowcell上的接头互补配对结合的;index是一段特异序列,加入index是为了提高illumina测序仪的使用率,因为同一个泳道可能会测序多个样品,样品间的区分就是通过index区分。参考:illumina 双端测序(pair end)双端测序中read1和read2的关系

    在illumina公司测得的序列文件经过处理以fastq文件协议存储为*.fastq格式文件。在fastq文件中每4行存储一个read。
    第一行:以@开头接ReadID和其他信息,分别介绍了
    第二行:read测序信息
    第三行:规定必须以“+”开头,后面跟着可选的ID标识符和可选的描述内容,如果“+”后面有内容,该内容必须与第一行“@”后的内容相同
    第四行:每个碱基的质量得分。记分方法是利用ERROR P经过对数和运算分为40个级别分别与ASCII码的第33号!和第73号I对应。用ASCII码表示碱基质量是为了减少文件空间占据和防止移码导致的数据损失。fastq文件预览如下:
    在这里插入图片描述

    2.注释文件和基因组文件的获取

    • 基因组获取方式:可以从NCBI、NCSC、Ensembl网站或者检索关键词“hg38 ftp UCSC” 人类基因组hg38.fa.gz大概是938MB左右。文件获取可以点击网站下载。可以通过云盘的离线下载来加速下载进程
    • 基因组的选择:以Ensembl网站提供的基因组为例,比对用基因组应该选择Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa
    • Ensembl基因组的不同版本详见README和高通量测序数据处理学习记录(零):NGS分析如何选择合适的参考基因组和注释文件

    三、软件安装

    • 安装方式:软件安装可以通过例如apt-getminiconda等方式来安装。由于miniconda的便捷行,使用conda进行如下软件的安装。
    • 软件列举
      质控:fastqc ,multiqc , trimmomatic, cutadapt, trim-galore
      比对:star , hisat2 , tophat , bowtie2 , bwa , subread
      计数:htseq , bedtools, salmon, featurecount
    • miniconda的安装:
    1. 可以通过点击清华大学开源软件站或者检索“清华大学 conda”访问镜像网站(清华镜像站因为服务器在中国访问速度比较快),点击Anoconda界面,选择Miniconda下载安装,windows在安装好需要设置环境变量。
    2. linux测试Miniconda的安装:conda -v
    3. 创建名为rna的环境变量:conda create -n rna python=2(许多软件依赖python2环境)环境退出:conda deactivate
    4. 配置conda,添加镜像源头:输入如下命令(更新:2019年05月06日)
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/msys2/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/menpo/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/peterjc123/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/pytorch/
    
    • 软件安装:conda install <software>会自动安装软件和软件环境。值得注意的是需要在rna的环境变量下安装以上软件。激活rna环境变量的代码:
    source activate rna
    

    四、质量汇报生成与读取

    1.fastq质量汇报

    使用命令fastqc -o <output dir> <seqfile1,seqfile2..>来进行质量报告。每个fastqc文件会获得一个质量分析报告,来描述此次RNA-seq的测序质量。
    获取质量报告如图:在这里插入图片描述

    Basic Statistics

    从read水平来总览,判断测序质量。
    Encoding :测序平台的版本,因为不同版本的 error p的计算方法不一样。
    Total sequence:测序深度。一共测序的read数。是质量分析的主要参数。
    Sequence length:测序长度。
    %GC:GC碱基含量比,一般是物种特异性,比如人类是42%左右。

    Perbase sequence quality

    横坐标: 第1-100个测序得到的碱基
    纵坐标: 测序质量评估。这里的Q=-10*lg10(error P),即20%代表1%的错误读取率,30%代表0.1%的错误读取率
    箱型图: 红色线,是某个顺序下测序碱基所有测序质量的中位数。黄色块,是测序质量在25%-75%区域。蓝色线,平均数。
    一般要求: 测序箱型图10%的线大于Q=20。Q20过滤法。

    per tail sequence quality

    横坐标:同上。
    纵坐标:tail的index编号。
    目的:防止测序过程中某些tail受不可控因素测序质量低。
    标准:蓝色表示质量高,浅色或暖色表示质量低,后续的分析可以去除低质量tail。
    在这里插入图片描述

    Per sequence quality scores

    从read的总体测序质量分布来判定此次的测序质量,是质量分析的重要标准之一。
    横坐标:表示read的测序质量Q=-10*lg10(error P)。
    纵坐标:表示在该Q值下的read 的数量
    标准:需要集中在高分区
    在这里插入图片描述

    Per base sequence content

    横坐标:1-100的测序碱基位置
    纵坐标:碱基百分比
    标准:理论上,ATCG碱基的分布应该差别不大,即四条线应该大致平行状态。如果AT或CG差异超过10%,此项检测是危险的。一般是测序机器前几个碱基测序时候因为状态调整导致测序略有偏差,如果前几个碱基偏差较大,可以在后期将前几个碱基切掉。
    在这里插入图片描述

    Sequence Length Distribution

    统计read的碱基长度,本例理论上测序应该全是100bp。
    横坐标:是read的碱基长度
    纵坐标:是该长度下的read数量
    在这里插入图片描述

    Per sequence GC content

    横坐标:每个read的平局GC含量占比
    纵坐标:一定GC比下的read数
    标准:蓝色是理论值,红色是真实值。两者接近是比较好的状态。如果有双峰,可能混有了其他物种的DNA序列。
    在这里插入图片描述

    Adapter Content

    一般测序在初步生成fastq文件时候,adapter会被去除,但是有的会没有去除或者遗漏部分adapter。所以这一步是检测RNA-seq测序过程中adapter是否去除。如果没有去除会严重影响后续的比对工作。没有去除的adapter在质量处理环节会被处理掉。
    在这里插入图片描述

    2. multiqc质量报告

    multiqc可以对几个fastqc报告文件进行总结并汇总到一个报告文件中,以更直观到防止展示。使用方法

    multiqc <analysis directory> 
    

    在这里插入图片描述

    五、数据处理

    数据处理内容:fiter the bad quality reads and remove adaptors.
    处理软件:数据到处理可以使用多款软件,trim_galore在各文献中表现良好。

    1.trim_galore 的使用方法

    trim_galore:可以处理illumina,nextera3,smallRNA测序平台的双端和单端数据,包括去除adapter和低质量reads。
    trim_galore的参数: trim_galore的参数在处理过程比较重要:

    trim_galore [options] <filename>
    --quality<int>  #设定phred quality阈值。默认20(99%的read质量),如果测序深度较深,可以设定25
    --phred33       #设定记分方式,代表Q+33=ASCII码的方式来记分方式。这是默认值。
    --paired          # 对于双端结果,一对reads中若一个read因为质量或其他原因被抛弃,则对应的另一个read也抛弃。
    --output_dir   #输出目录,需确保路径存在并可以访问
    --length        #设定长度阈值,小于此长度会被抛弃。这里测序长度是100我设定来75,感觉有点浪费
    --strency     #设定可以忍受的前后adapter重叠的碱基数,默认是1。不是很明白这个参数的意义
    -e<ERROR rate>  #设定默认质量控制数,默认是0.1,即ERROR rate大于10%的read 会被舍弃,如果添加来--paired参数则会舍弃一对reads
    <filename>  #如果是采用illumina双端测序的测序文件,应该同时输入两个文件。
    

    构建命令:

    trim_galore -output_dir clean --paired --length 75 --quality 25 --stringency 5 seq_1.fasq.gz seq_2.fastq.gz
    

    处理需要花上一定时间和磁盘空间。得到处理后数据
    在这里插入图片描述

    2. 整理后数据的质量分析。

    对过滤后对文件进行质量分析。观察过滤结果。同样使用fastqc和multiqc两个软件进行质量分析。得到结果如下:
    在这里插入图片描述

    ENCFF108UVC_val_1_fastqc的质量报告

    观察到总read数减小和总体read的质量变高,小部分adapter也被去除。更具体过滤和trim_galore的数据处理情况可以在seq_trimming_report.txt中查看。

    SUMMARISING RUN PARAMETERS
    ==========================
    Input filename: ENCFF108UVC.fastq.gz
    Trimming mode: paired-end
    Trim Galore version: 0.5.0
    Cutadapt version: 1.18
    Quality Phred score cutoff: 25
    Quality encoding type selected: ASCII+33
    Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' (Illumina TruSeq, Sanger iPCR; auto-detected)
    Maximum trimming error rate: 0.1 (default)
    Minimum required adapter overlap (stringency): 5 bp
    Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 75 bp
    Output file will be GZIP compressed
    
    
    This is cutadapt 1.18 with Python 2.7.6
    Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 25 -O 5 -a AGATCGGAAGAGC ENCFF108UVC.fastq.gz
    Processing reads on 1 core in single-end mode ...
    Finished in 1038.93 s (40 us/read; 1.50 M reads/minute).
    === Summary ===
    
    Total reads processed:              26,038,229
    Reads with adapters:                   714,205 (2.7%)
    Reads written (passing filters):    26,038,229 (100.0%)
    
    Total basepairs processed: 2,603,822,900 bp
    Quality-trimmed:              82,577,636 bp (3.2%)
    Total written (filtered):  2,513,138,030 bp (96.5%)
    
    

    由报告可以知道处理的具体详情。

    六、比对回帖

    概况:使用处理后的fastq文件和基因组与转录组比对,确定在转录组或者基因组中的关系。在转录组和基因组的比对采取的方案不同。分别是ungapped alignment to transcriptomeGapped aligenment to genome
    软件hisat2STAR在比对回帖上都有比较好的表现。有文献显示,hisat2在纳伪较少但是弃真较多,但是速度比较快。STAR就比对而言综合质量比较好,在长短reads回帖上都有良好发挥。由于hisat2的速度优势,选择hisat2作为本次比对的软件。
    在比对之前首先要先进行索引文件的获取或者制作。

    1. 索引文件的获取

    2. hisat2的比对回帖

    使用hisat2回帖

    公式构建根据hisat2 的使用说明书构建了以下公式:

    hisat2  -p 6    -x <dir of index of genome>  -1  seq_val_1.fq.gz   -2  seq_val_2.fq.gz  -S  tem.hisat2.sam
    

    参数说明:

    -p #多线程数
    -x #参考基因组索引文件目录和前缀
    -1 #双端测序中一端测序文件
    -2 #同上
    -S #输出的sam文件

    说明:在比对过程中,hisat会自动将双端测序匹配同一reads并在基因组中比对,最后两个双端测序生成一个sam文件。比对回帖过程需要消耗大量时间和电脑运行速度和硬盘存储空间。5G左右fastq文件比对回帖过程消耗大概一个小时,生成了17G的sam格式文件。回帖完成会生成一个回帖报告。
    在这里插入图片描述

    samtools 软件进行格式转换

    SAM文件和BAM文件
    samtools 是针对比对回帖的结果——sam和bam格式文件的进一步分析使用的软件。sam格式文件由于体量过大,一般都是使用bam文件来进行存储。由于bam文件是二进制存储所以文件大小比sam格式文件小许多,大约是sam格式体积的1/6 。
    samtools将sam转换bam文件

    
    samtools view -S seq.sam -b > seq.bam  #文件格式转换
    samtools sort seq.bam -0 seq_sorted.bam  ##将bam文件排序
    samtools index seq_sorted.bam  #对排序后对bam文件索引生成bai格式文件,用于快速随机处理。
    
    

    至此一个回帖到基因组对RNA-seq文件构建完成。这个seq_sourted.bam文件可以通过samtools或者IGV( Integrative Genomics Viewer)独立软件进行查看。在IGV软件中载入seq_sourted.bam文件。
    可以很直观清晰地观察到reads在基因组中的回帖情况和外显子与内含子的关系。
    在这里插入图片描述

    3.对回帖bam文件进行质量评估。

    **samtools falgstate **:统计bam文件中比对flag信息,然后输出比对结果。
    公式:

    samtools flagstate seq_sorted.bam > seq_sorted.flagstate
    

    结果如下

    47335812 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)
    3734708 + 0 secondary
    0 + 0 supplementary
    0 + 0 duplicates
    46714923 + 0 mapped (98.69% : N/A)
    43601104 + 0 paired in sequencing
    21800552 + 0 read1
    21800552 + 0 read2
    42216752 + 0 properly paired (96.82% : N/A)
    42879780 + 0 with itself and mate mapped
    100435 + 0 singletons (0.23% : N/A)
    337412 + 0 with mate mapped to a different chr
    308168 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)

    七、count

    计算RNA-seq测序reads对在基因组中对比对深度。
    计数工具feature counts
    公式构建

    feature counts -T 6 -t exon -g gene_id -a <gencode.gtf> -o seq_featurecount.txt <seq.bam>
    

    参数

    -g # 注释文件中提取对Meta-feature 默认是gene_id
    -t # 提取注释文件中的Meta-feature 默认是 exon
    -p #参数是针对paired-end 数据
    -a #输入GTF/GFF 注释文件
    -o #输出文件

    接下来是表达矩阵构建。在R语言环境下分析。

    共勉!欢迎大家踊跃交流,讨论,质疑,批评。

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  • 最近在做柯氏音的提取工作,由于提上来的波形显示不理想,想通过MATLAB对数据进行频谱分析,因而学习了MATLAB在这块的知识。 首先需要个有数据保存功能的串口助手,但大多数串口都是保存十六进制的数,现在介绍...

    最近在做柯氏音的提取工作,由于提上来的波形显示不理想,想通过MATLAB对数据进行频谱分析,因而学习了MATLAB在这一块的知识。
    首先需要一个有数据保存功能的串口助手,但大多数串口都是保存十六进制的数,现在介绍如何将串口保存的 txt 格式的数据(十六进制)导入到matlab中使用。
    桌面上有一个txt文件(以楼主的电脑为例),打开matlab,建立一个M文件,在里面输入:
    clear all;
    a=textread(‘C:\Users\Grimm\Desktop\keshiyin_moni.txt‘,’%s’)’;%以字符形式打开文件
    alpha=hex2dec(a)’; 进制转化为10进制数,存入alpha矩阵
    dlmwrite(‘C:\Users\Grimm\Desktop\b.txt’,alpha,’delimiter‘, ’ ‘) %将得出数据存入新的b.txt文档
    这里注意地址一定要写完整,楼主就是因为之前地址没有写完整,导致很长时间出不来结果。
    这时桌面上就会出现一个b.txt文件。下面将此文件导入matlab
    请参考 http://jingyan.baidu.com/article/b0b63dbfd5cd8b4a48307031.html

    下面就是对数据进行频谱分析了。
    通过matlab打开导入完成的数据,首先可以看这组数据的时域图:在workspace下右击文件名,然后单击plot,即可看见时域图。在 Command 区域输入以下代码:
    A=keshiyin_moni; %这里的A=后面写文件的名字
    FS=50;T=1/FS; % FS是采样率
    L=length(A);
    t=(0:L-1)*T;
    figure(1);
    plot(t,A);
    figure(6);
    NFFT = 2^nextpow2(L); % Next power of 2 from length of y
    Y = fft(A,NFFT)/L;
    f = FS/2*linspace(0,1,NFFT/2);
    plot(f,2*abs(Y(1:NFFT/2)));
    完成后即可看见数据的频谱分析结果

    展开全文
  • 相信不少人在做实验或者做嵌入式软件测试的时候会遇到需要利用FFT进行频谱分析的情况,我们通过Simulink仿真可以快速地进行简单的频谱分析,可以省去写堆代码(当然用matlab代码实现也利于我们理解FFT相关原理、...

    相信不少人在做实验或者做嵌入式软件测试的时候会遇到需要利用FFT进行频谱分析的情况,我们通过Simulink仿真可以快速地进行简单的频谱分析,可以省去写一堆代码(当然用matlab代码实现也利于我们理解FFT相关原理、参数和解算过程)。
    本文主要针对从实际示波器获取的数据或者从单片机/微控制器发送至电脑的数据进行分析,它们的共同特点是数据均来源于matlab外部。

    具体操作流程

    1.导入数据到工作区

    这里以单片机发送给电脑的数据为例,首先将接收到的采样值暂时存在EXCEL里面(这里只发送了采样值数据,已知采样频率)。然后打开MATLAB命令行建立两列数据(也可以创建一个.m文件),分别是采样时间点和每一个采样时刻对应的采样值。通过 ts=(0:0.00005:0.05)'可以建立一个时间值的列向量,其中0是起始时刻,0.00005是步进值(取决于我们的采样频率,此处20kHz),0.05是终止时刻,这些取值根据实际情况自行改动, ’ 是表示转置为列向量;然后建立采样值的列向量ia=0(任意给个初值),我们在工作区点开该变量,通过复制我们ECXEL里面的采样值到该变量的表格里完成其赋值(这里也可以通过“导入数据”进行)。
    将时间和数值导入工作区

    2.建立仿真模型

    创建一个simulink仿真模型并保存,在模型中导入“powergui”、示波器“scope”和“From Workspace”,使用“From Workspace”将数据ts和ia输入到示波器中。
    alt此时我们运行仿真便可在示波器上看到波形。
    alt

    3.设置示波器数据输出

    点击示波器左上角齿轮图标,设置‘Configuration Propeties’的Logging项,选中log data to workspace,创建变量名(自定义)和保存形式(设为Structure With Time)。保存simulink文件,并仿真一次。
    alt

    4.打开FFT分析工具

    双击powergui,选择FFT分析工具,在可用信号中选择刚刚自定义过名字的那个信号,设置好起始时间,周期数,最大频率等参数就可以点击Display就得到了FFT分析结果。
    在这里插入图片描述alt

    PS.

    当发现FFT工具下没有可用信号时需要设置一下菜单栏的*simulation>>model configuration parameters>>Data Import/Export>>single simulation output*,前面的勾勾取消掉,再重新仿真一次就可以在FFT工具的Available Signals窗口看到变量了。

    因为本例中信号值数据来源于仿真文件外部,所以要事先导入,示波器来源的数据也是类似的操作,只不过它既有时间也有采样值,都无需自己建立时间轴数据。如果是利用仿真框图搭建的电路,直接对电路中的信号进行FFT的话则从上面第3个步骤开始即可。
    本实验所用Matlab版本为2019a。以上内容由博主亲测有效,第一次写博客,疏漏出错之处望批评指正。

    致谢!本文参考的链接如下:
    [1] https://blog.csdn.net/tuxinbang1989/article/details/80593502.
    [2] https://blog.csdn.net/jiekencuo5135/article/details/97235233.
    [3] https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/answers/472454-fft-analysis-through-powergui-block-is-showing-empty-in-signal-options.
    [4] https://wenku.baidu.com/view/cc7fb7a6172ded630a1cb600.html.

    展开全文
  • 数据挖掘与数据分析

    万次阅读 多人点赞 2018-05-28 13:58:14
    数据挖掘和数据分析概述 数据挖掘和数据分析都是从数据中提取一些有价值的信息,二者有很多联系,但是二者的侧重点和实现手法有所区分。 数据挖掘和数据分析的不同之处: 1、在应用工具上,数据挖掘一般要通过...

    一、数据挖掘和数据分析概述

    数据挖掘和数据分析都是从数据中提取一些有价值的信息,二者有很多联系,但是二者的侧重点和实现手法有所区分。 
    数据挖掘和数据分析的不同之处: 
    1、在应用工具上,数据挖掘一般要通过自己的编程来实现需要掌握编程语言;而数据分析更多的是借助现有的分析工具进行。 
    2、在行业知识方面,数据分析要求对所从事的行业有比较深的了解和理解,并且能够将数据与自身的业务紧密结合起来;而数据挖掘不需要有太多的行业的专业知识。 
    3、交叉学科方面,数据分析需要结合统计学、营销学、心理学以及金融、政治等方面进行综合分析;数据挖掘更多的是注重技术层面的结合以及数学和计算机的集合 
    数据挖掘和数据分析的相似之处: 
    1、数据挖掘和数据分析都是对数据进行分析、处理等操作进而得到有价值的知识。 
    2、都需要懂统计学,懂数据处理一些常用的方法,对数据的敏感度比较好。 
    3、数据挖掘和数据分析的联系越来越紧密,很多数据分析人员开始使用编程工具进行数据分析,如SAS、R、SPSS等。而数据挖掘人员在结果表达及分析方面也会借助数据分析的手段。二者的关系的界限变得越来越模糊。

    二、数据挖掘

     

    1 数学预备知识 

    概率论:支撑整个数据挖掘算法和机器学习算法的数学基础,要熟悉常见的一些概率分布。 
    矩阵论:线性代数中对数据挖掘最有用的部分,还有一些线性空间相关知识也很重要。 
    信息论:将信息和数学紧密连接在一起并完美的表达的桥梁,需要掌握信息熵、信息增益等相关知识。 
    统计学:数据分析最早的依赖基础,通常和概率论一起应用,现在的机器学习和数据挖掘很多都是基于统计的,常见的均值、方差、协方差等都要熟练掌握。

     

    2 编程基础 

    数据挖掘需要一定的编程基础,因为要实现模型以及数据的处理很多工作都是需要程序来进行的,数据挖掘常用的编程语言如下: 
    SQL:数据库的熟练使用是任何数据挖掘人员必不可少的技能。 
    C++ :有很多的标准模板库以及机器学习模型库进行调用可以方便编程实现。 
    Python:对字符串处理有极大的优势,是解释型语言,实现简单,而且有很多开源的机器学习模型库的支持,可处理大规模数据。 
    Matlab:拥有强大的矩阵运算,也是解释型语言,有很多发展较成熟库可以直接调用,支持数据结果的可视化表示,但是处理数据量有限。 
    R:近年兴起的数据分析编程语言,数据可视化做的比较好,语法简单,学习成本很低,很多非程序设计人员都可以数量掌握。 
    Java:使用范围最广的编程语言,有很多社区进行交流,进行编程实现具有灵活高效的特点,不足之处就是实现功能的代码量较大(相对于其他数据挖掘编程语言)。 
    Scala: 一种具有面向对象风格、函数式风格、更高层的并发模型的编程语言。同时Scala是大数据处理平台Spark的实现语言。

     

    3 数据挖掘的模型知识 

    机器学习和数据挖掘是紧密相关的,要进行数据挖掘需要掌握一些机器学习所用的方法和模型知识,通过模型的训练可以得到处理数据的最优的模型。数据挖掘常用的模型如下:

     

    3.1 监督学习模型 

    就是人们常说的分类,通过已有的训练样本(即已知数据以及其对应的输出)去训练得到一个最优模型(这个模型属于某个函数的集合,最优则表示在某个评价准则下是最佳的),再利用这个模型将所有的输入映射为相应的输出,对输出进行简单的判断从而实现分类的目的,也就具有了对未知数据进行分类的能力。

     

    3.1.1决策树: 

    决策树是用于分类和预测的主要技术之一,决策树学习是以实例为基础的归纳学习算法,它着眼于从一组无次序、无规则的实例中推理出以决策树表示的分类规则。构造决策树的目的是找出属性和类别间的关系,用它来预测将来未知类别的记录的类别。它采用自顶向下的递归方式,在决策树的内部节点进行属性的比较,并根据不同属性值判断从该节点向下的分支,在决策树的叶节点得到结论。 
    主要的决策树算法有ID3、C4.5(C5.0)、CART、PUBLIC、SLIQ和SPRINT算法等。它们在选择测试属性采用的技术、生成的决策树的结构、剪枝的方法以及时刻,能否处理大数据集等方面都有各自的不同之处。

     

    3.1.2 贝叶斯方法: 

    贝叶斯(Bayes)分类算法是一类利用概率统计知识进行分类的算法,如朴素贝叶斯(Naive Bayes)算法。这些算法主要利用Bayes定理来预测一个未知类别的样本属于各个类别的可能性,选择其中可能性最大的一个类别作为该样本的最终类别。由于贝叶斯定理的成立本身需要一个很强的条件独立性假设前提,而此假设在实际情况中经常是不成立的,因而其分类准确性就会下降。为此就出现了许多降低独立性假设的贝叶斯分类算法,如TAN(Tree Augmented Native Bayes)算法,它是在贝叶斯网络结构的基础上增加属性对之间的关联来实现的。

     

    3.1.3 神经网络 

    神经网络是一种应用类似于大脑神经突触联接的结构进行信息处理的数学模型。在这种模型中,大量的节点(称”神经元”)之间相互联接构成网络,即”神经网络”,以达到处理信息的目的。神经网络通常需要进行训练,训练的过程就是网络进行学习的过程。训练改变了网络节点的连接权的值使其具有分类的功能,经过训练的网络就可用于对象的识别。目前,神经网络已有上百种不同的模型,常见的有BP神经网络、径向基RBF网络、Hopfield网络、随机神经网络(Boltzmann机)、竞争神经网络(Hamming网络,自组织映射网络)等。但是当前的神经网络仍普遍存在收敛速度慢、计算量大、训练时间长和不可解释等缺点。

     

    3.1.4 支持向量机(SVM) 

    支持向量机(SVM,Support Vector Machine)是根据统计学习理论提出的一种新的学习方法,它的最大特点是根据结构风险最小化准则,以最大化分类间隔构造最优分类超平面来提高学习机的泛化能力,较好地解决了非线性、高维数、局部极小点等问题。对于分类问题,支持向量机算法根据区域中的样本计算该区域的决策曲面,由此确定该区域中未知样本的类别。

     

    3.1.5 集成学习分类模型 

    集成学习是一种机器学习范式,它试图通过连续调用单个的学习算法,获得不同的基学习器,然后根据规则组合这些学习器来解决同一个问题,可以显著的提高学习系统的泛化能力。主要采用(加权)投票的方法组合多个基学习器,常见的算法有装袋(Bagging)、提升/推进(Boosting)、随机森林等。集成学习由于采用了投票平均的方法组合多个分类器,所以有可能减少单个分类器的误差,获得对问题空间模型更加准确的表示,从而提高分类器的分类准确度。

     

    3.1.6 其他分类学习模型 

    此外还有logistics回归模型、隐马尔科夫分类模型(HMM)、基于规则的分类模型等众多的分类模型,对于处理不同的数据、分析不同的问题,各种模型都有自己的特性和优势。

     

    3.2 无监督学习模型 

    在非监督式学习中,数据并不被特别标识,学习模型是为了推断出数据的一些内在结构,应用场景包括关联规则的学习以及聚类等。常见的聚类算法如下所示:

     

    3.2.1 K-means聚类 

    K-means算法的基本思想是初始随机给定K个簇中心,按照最邻近原则把待分类样本点分到各个簇。然后按平均法重新计算各个簇的质心,从而确定新的簇心。一直迭代,直到簇心的移动距离小于某个给定的值。

     

    3.2.2 基于密度的聚类 

    根据密度完成对象的聚类。它根据对象周围的密度(如DBSCAN)不断增长聚类。典型的基于密度方法包括:DBSCAN(Densit-based Spatial Clustering of Application with Noise):该算法通过不断生长足够高密度区域来进行聚类;它能从含有噪声的空间数据库中发现任意形状的聚类。此方法将一个聚类定义为一组“密度连接”的点集。OPTICS(Ordering Points To Identify the Clustering Structure):并不明确产生一个聚类,而是为自动交互的聚类分析计算出一个增强聚类顺序。

     

    3.2.3 层次聚类方法 

    层次聚类方法对给定的数据集进行层次的分解,直到某种条件满足为止。层次凝聚的代表是AGNES算法,层次分裂的代表是DIANA算法。具体又可分为凝聚的,分裂的两种方案。 
    凝聚的层次聚类是一种自底向上的策略,首先将每个对象作为一个簇,然后合并这些原子簇为越来越大的簇,直到所有的对象都在一个簇中,或者某个终结条件被满足,绝大多数层次聚类方法属于这一类,它们只是在簇间相似度的定义上有所不同。 
    分裂的层次聚类与凝聚的层次聚类相反,采用自顶向下的策略,它首先将所有对象置于同一个簇中,然后逐渐细分为越来越小的簇,直到每个对象自成一簇,或者达到了某个终止条件。

     

    3.2.4 谱聚类 

    谱聚类(Spectral Clustering, SC)是一种基于图论的聚类方法——将带权无向图划分为两个或两个以上的最优子图,使子图内部尽量相似,而子图间距离尽量距离较远,以达到常见的聚类的目的。其中的最优是指最优目标函数不同,可以是割边最小分割, 也可以是分割规模差不多且割边最小的分割。谱聚类能够识别任意形状的样本空间且收敛于全局最优解,其基本思想是利用样本数据的相似矩阵(拉普拉斯矩阵)进行特征分解后得到的特征向量进行聚类。 
    此外常用的聚类方法还有基于网格的聚类、模糊聚类算法、自组织神经网络SOM、基于统计学的聚类算法(COBWeb、AutoClass)等。

     

    3.3 半监督学习 
    3.3.1 半监督学习概述 

    半监督学习算法要求输入数据部分被标识,部分没有被标识,这种学习模型可以用来进行预测,但是模型首先需要学习数据的内在结构以便合理的组织数据来进行预测。应用场景包括分类和回归,算法包括一些对常用监督式学习算法的延伸,这些算法首先试图对未标识数据进行建模,在此基础上再对标识的数据进行预测。如图论推理算法(Graph Inference)或者拉普拉斯支持向量机(Laplacian SVM.)等。

     

    3.3.2 Multi-view algorithm(多视角算法) 

    一般多用于可以进行自然特征分裂的数据集中.考虑特殊情况(每个数据点表征两个特征):每一个数据点看成是两个特征的集合,然后利用协同训练(Co-training algorithm)进行处理.协同训练(co-training)算法,此类算法隐含地利用了聚类假设或流形假设,它们使用两个或多个学习器,在学习过程中,这些学习器挑选若干个置信度高的未标记示例进行相互标记,从而使得模型得以更新。

     

    3.3.3 Graph-Based Algorithms(基于图的算法) 

    基于图的算法是基于图正则化框架的半监督学习算法,此类算法直接或间接地利用了流形假设,它们通常先根据训练例及某种相似度度量建立一个图,图中结点对应了(有标记或未标记)示例,边为示例间的相似度,然后,定义所需优化的目标函数并使用决策函数在图上的光滑性作为正则化项来求取最优模型参数。

     

    **3.4 文本处理模型 
    3.4.1 分词模型** 

    分词模型主要在处理文本过程中使用,在此特指中文分词模型。中文分词算法现在一般分为三类:基于字符串匹配,基于理解,基于统计的分词。 
    基于字符串匹配分词: 
    机械分词算法。将待分的字符串与一个充分大的机器词典中的词条进行匹配。分为正向匹配和逆向匹配;最大长度匹配和最小长度匹配;单纯分词和分词与标注过程相结合的一体化方法。所以常用的有:正向最大匹配,逆向最大匹配,最少切分法。实际应用中,将机械分词作为初分手段,利用语言信息提高切分准确率。优先识别具有明显特征的词,以这些词为断点,将原字符串分为较小字符串再机械匹配,以减少匹配错误率;或将分词与词类标注结合。 
    基于理解分词: 
    分词同时进行句法语义分析等模拟人对句子的理解,包括分词子系统,句法语义系统,总控部分。总控部分协调下,分词字系统可以获得有关词,句子等的句法和语义信息对分词歧义进行判断。需要大量的语言知识信息。 
    基于统计分词: 
    相邻的字同时出现的次数越多,越有可能构成一个词语,对语料中的字组频度进行统计,不需要切词字典,但错误率很高。可以考虑:使用基本词典进行关键词分词,使用统计方法识别新词组,两者结合。

     

    3.4.2 TF-IDF模型 

    TF-IDF(term frequency–inverse document frequency)是一种用于资讯检索与资讯探勘的常用加权技术。TF-IDF是一种统计方法,用以评估一字词对于一个文件集或一个语料库中的其中一份文件的重要程度。字词的重要性随着它在文件中出现的次数成正比增加,但同时会随着它在语料库中出现的频率成反比下降。TF-IDF加权的各种形式常被搜寻引擎应用,作为文件与用户查询之间相关程度的度量或评级。除了TF-IDF以外,因特网上的搜寻引擎还会使用基于连结分析的评级方法,以确定文件在搜寻结果中出现的顺序。 
    TFIDF的主要思想是:如果某个词或短语在一篇文章中出现的频率TF高,并且在其他文章中很少出现,则认为此词或者短语具有很好的类别区分能力,适合用来分类。TFIDF实际上是:TF * IDF,TF词频(Term Frequency),IDF反文档频率(Inverse Document Frequency)。TF表示词条在文档d中出现的频率(另一说:TF词频(Term Frequency)指的是某一个给定的词语在该文件中出现的次数)。IDF的主要思想是:如果包含词条t的文档越少,也就是n越小,IDF越大,则说明词条t具有很好的类别区分能力。如果某一类文档C中包含词条t的文档数为m,而其它类包含t的文档总数为k,显然所有包含t的文档数n=m+k,当m大的时候,n也大,按照IDF公式得到的IDF的值会小,就说明该词条t类别区分能力不强。(另一说:IDF反文档频率(Inverse Document Frequency)是指果包含词条的文档越少,IDF越大,则说明词条具有很好的类别区分能力。)但是实际上,如果一个词条在一个类的文档中频繁出现,则说明该词条能够很好代表这个类的文本的特征,这样的词条应该给它们赋予较高的权重,并选来作为该类文本的特征词以区别与其它类文档。这就是IDF的不足之处.

     

    3.4.3 LDA模型 

    LDA(Latent Dirichlet Allocation)是一种文档主题生成模型,也称为一个三层贝叶斯概率模型,包含词、主题和文档三层结构。所谓生成模型,就是说,我们认为一篇文章的每个词都是通过“以一定概率选择了某个主题,并从这个主题中以一定概率选择某个词语”这样一个过程得到。文档到主题服从多项式分布,主题到词服从多项式分布。 
    LDA是一种非监督机器学习技术,可以用来识别大规模文档集(document collection)或语料库(corpus)中潜藏的主题信息。它采用了词袋(bag of words)的方法,这种方法将每一篇文档视为一个词频向量,从而将文本信息转化为了易于建模的数字信息。但是词袋方法没有考虑词与词之间的顺序,这简化了问题的复杂性,同时也为模型的改进提供了契机。每一篇文档代表了一些主题所构成的一个概率分布,而每一个主题又代表了很多单词所构成的一个概率分布。

     

    4 模型评价指标 
    4.1 模型评价概述 

    建模构建过程中会得出一系列的分析结果、模式或模型。同一个采样数据可以利用多种数据分析方法和模型进行分析,模型评价的目的之一就是从这些模型中自动找出一个最好的模型出来,另外就是要针对业务对模型进行解释和应用。 
    模型效果评价通常分两步,第一步是直接使用原来建立模型的样本数据来进行检验。假如这一步都通不过,那么所建立的决策支持信息价值就不太大了。一般来说,在这一步应得到较好的评价。这说明你确实从这批数据样本中挖掘出了符合实际的规律性。第一步通过后,第二步是另外找一批数据,已知这些数据是反映客观实际的、规律性的。这次的检验效果可能会比前一种差,差多少是要注意的,若是差到所不能容忍程度,那就要考虑第一步构建的样本数据是否具有充分的代表性,或是模型本身是否够完善。这时候可能要对前面的工作进行反思了。若这一步也得到了肯定的结果时,那所建立的数据挖掘模型应得到很好的评价了。

     

    4.2 常用的模型评价方法 
    4.2.1 预测准确率 

    预测准确率又称作精度是检索出相关文档数与检索出的文档总数的比率,衡量的是检索系统的查准率。取值在0和1之间,数值越接近1,查准率就越高。 
    计算公式:正确率 = 提取出的正确信息条数 / 提取出的信息条数

     

    4.2.2 召回率 

    召回率是指检索出的相关文档数和文档库中所有的相关文档数的比率,衡量的是检索系统的查全率。取值在0和1之间,数值越接近1,查全率就越高。 
    计算公式:召回率 = 提取出的正确信息条数 / 样本中的信息条数

     

    4.2.3 综合指标F值 

    F值为正确率和召回率的调和平均值,能够综合平衡的去表示模型的性能效果。 
    计算公式:F值 = 正确率 * 召回率 * 2 / (正确率 + 召回率)

     

    4.2.4 ROC曲线 

    受试者工作特性(Receiver Operating Characteristic,ROC)曲线是一种非常有效的模型评价方法,可为选定临界值给出定量提示。将灵敏度(Sensitivity)设在纵轴,1-特异性(1-Specificity)设在横轴,就可得出ROC曲线图。该曲线下的积分面积(Area)大小与每种方法优劣密切相关,反映分类器正确分类的统计概率,其值越接近1说明该算法效果越好。

     

    4.2.5 数据相似度 

    聚类分群效果可以通过向量数据之间的相似度来衡量,向量数据之间的相似度定义为两个向量之间的距离(实时向量数据与聚类中心向量数据),距离越近则相似度越大,即该实时向量数据归为某个聚类。常用的相似度计算方法有:欧几里得距离法(Euclidean Distance)、皮尔逊相关系数法(Pearson Correlation Coefficient)、Cosine相似度和Tanimoto系数法。

     

    4.2.6 其他的模型评价方法 

    除上述的模型评价方法外,还有一些较为详细的模型评价方法。如可以用相对绝对误差、平均绝对误差、根均方差、相对平方根误差等指标来衡量。此外模型的鲁棒性和容错性以及处理数据的速度、能够处理数据的规模等都是衡量一个模型的重要指标。

    5 数据挖掘开发平台

     

    5.1 单机模型开发平台 

    直接在单机上部署数据挖掘开发环境,比如说安装mysql+python就可以搭建一个数据挖掘环境。

     

    5.2分布式集群开发平台 
    5.2.1 Hadoop集群环境 

    Hadoop 是一个通过分布式集群技术,将多个物理机或虚拟机(VMware等厂商的虚拟化技术在一个物理机上运行多个虚拟机)当作一台机器运行。基于Hadoop的数据挖掘数据挖掘一旦完成,就会生成挖掘结果即模式。

     

    5.4.2 Spark集群环境 

    Spark是UC Berkeley AMP lab所开源的类Hadoop MapReduce的通用的并行,Spark,拥有Hadoop MapReduce所具有的优点;但不同于MapReduce的是Job中间输出结果可以保存在内存中,从而不再需要读写HDFS,因此Spark能更好地适用于数据挖掘与机器学习等需要迭代的map reduce的算法。 
    6 数据挖掘的开发流程 
    6.1 数据获取 
    6.2 数据清洗 
    6.3 数据变换 
    6.4 特征工程 
    6.5 模型训练 
    6.6 模型优化 
    6.7 结果分析

    三、数据分析

    相比于数据挖掘,数据分析更多在于利用一定的工具和一定的专业知识分析数据。最初的数据分析来源于统计学家和经济学家的一些理论,进而结合一定的实际应用场景解决问题。数据分析更多的是偏重于业务层次的,对于大多数非计算机相关专业人士来说,掌握一般的数据分析方法是十分有用的,入门上手也相对简单。

    1 数学和专业的预备知识

    概率论:数据分析的重要数学基础,要熟悉常见的一些概率分布。 
    统计学:数据分析最早的依赖基础,通常和概率论一起应用,数据分析要掌握常见的均值、方差、协方差等。 
    心理学:数据分析往往要结合不同的学科知识进行分析,在数据分析的过程中,分析人员往往要结合用户的心理进行结果的调整和分析。 
    专业知识:一般来说,数据分析人员是对某一特定领域进行分析,这就要求分析人员具备一定的行业的专业知识。

    2 使用数据分析软件

    SPSS:功能非常强大非常专业的数据统计软件,界面友好,输出结果美观漂亮。SPSS软件具有信息的采集、处理、分析进行全面评估和预测等功能。包含广义线性混合模型、自动线性模型、一个统计网页入口portal和直复营销direct marketing功能。 
    SAS: 是一个模块化、集成化的大型应用软件系统,由数十个专用模块构成,功能包括数据访问、数据储存及管理、应用开发、图形处理、数据分析、报告编制、运筹学方法、计量经济学与预测等等。 
    Excel:办公套件中最能胜任数据分析的软件,简单实用。 
    Sql:非计算机专业的数据分析人员要操作数据必备的数据库语言。 
    R: 近年兴起的数据分析编程语言,数据可视化做的比较好,语法简单,学习成本很低,很多非程序设计人员都可以数量掌握。

     

    3 数据分析模型选取 

    数据分析人员可以借助一些现场的分析软件进行分析,这些软件集成了一些良好的分析模型,分析人员可以根据自己的实际应用场景进行合适的模型选择。基本的分析方法有:对比分析法、分组分析法、交叉分析法、结构分析法、漏斗图分析法、综合评价分析法、因素分析法、矩阵关联分析法等。高级的分析方法有:相关分析法、回归分析法、聚类分析法、判别分析法、主成分分析法、因子分析法、对应分析法、时间序列等。

     

    4 分析结果展示 

    数据分析的结果通过一些可视化图形或者报表形式进行展示能够增强对分析结果的理解。常用的的分析结果展示方法有: 
    图表展示:用一些柱状图、饼图、盒图等进行展示。 
    曲线展示:运用走势曲线或者ROC曲线进行展示。 
    文字展示:通过语言文字描述进行结果的分析展示,但是不够直观。

     

    5 数据分析的流程 

    5.1 数据获取 
    5.2 数据清洗 
    5.3 分析工具选取 
    5.4 数据分析模型选择 
    5.5 数据处理 
    5.6 处理结果展示 
    5.7 结果数据分析


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