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  • 需要我们自己DIY处理一下,下面我们一一细说: 背景设置成无填充即可 坐标轴的标签位置设置为低,那么坐标轴标签就在左边了,顺手这些标签的颜色都调整成黑色 下面重点说说如何把上下调基因的颜色标注出来。...

    a2d4c427c0787b9e8af2b8c7a40c8367.png

    火山图是生物信息学中常见的图表类型之一,其作用是展示差异基因的分布情况,横轴表示差异基因表达变化的倍数(Fold change),一般常取以2为底的对数,表示为log2(FC),而纵轴则表示p-value,亦或是更为严格的筛选标准q-value(又称adjusted p-value),一般常取负的以10为底的对数,表示为-log10(p-value)。

    常用的火山图绘制方法包括R语言的ggplot2包,芯片测序平台自带的内置软件,亦或是在线工具比如ImageGP (http://www.ehbio.com/ImageGP/index.php/Home/Index/)。

    相关推文:自从用了它,导师被我的论文图片美哭

    如何看懂和绘制火山图?

    如果你不懂R语言,又不想让自己受到现成的软件作图时受到的格式上的束缚,那么你可以试一试EXCEL!

    首先我们得到绘制火山图的原始数据,即包括基因名称、P(value)和log(FC)的表格。

    16bf935e1c141f7abfc51432d5d0c6e0.png

    然后我们将ID、logFC和adjusted p-value三列单独拿出来,并把adjusted p-value的数据处理成负的以10为底的对数形式。

    8e53fdcd2d2676a60502e325e5858cf4.png

    以K、L、N三列作为数据来源创建散点图

    c62e78f33da2742c70ae8d8a87c778ff.png

    随后调整图表格式,比如我们换一个这种稍微浮夸一些的

    a031352661ebdd215feea232e9fb95a8.png

    当然了,目前这图肯定是还有一大堆问题的,黑色背景肯定是不行的,坐标轴的位置不好,刻度看不清,区分不出差异基因等等,需要我们自己DIY处理一下,下面我们一一细说:

    背景设置成无填充即可

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    坐标轴的标签位置设置为低,那么坐标轴标签就在左边了,顺手这些标签的颜色都调整成黑色

    cff1dd4594ad9acbee33c92ee24d07d1.png

    下面重点说说如何把上下调基因的颜色标注出来。

    首先我们要把差异基因从原始数据中挑出来,筛选标准为adjusted p-value<0.05且log2(FC)的绝对值超过1,上下调基因分开。右键散点图,选择数据,添加新的系列

    eb08140331f4cb4bb48b21c95c54a593.png

    我们先设置上调基因,系列名称随便填,X轴系列值设置为logFC那一列(不包括标题那一行),Y轴系列值设置为-log10(q-value)那一列(不包括标题那一行)。

    a89cc97273820fed4700fc73447d15f4.png

    左键随便选中一个点,便可更改该系列所有点的格式

    7aeee24ad76e01000665641c235f8e70.png

    图表中所有的格式选项都是这里,可以尽情发挥自己的想象力:

    bdd1efccae6bfc99f13b749f7fd3d26a.png

    另外我们还可以增加新的系列,来把我们想要展示的基因名称添加到火山图中

    5c9b3ddfe4501583bb0441222d0d6d8a.png

    最后另存为保存成PDF格式,结果如下:

    03c7bd4c7168c84c89cb390b62c9c618.png

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  • 回答:在Word直接画坐标非常麻烦,毕竟Word并不是画图工具,它的优势在于文字处理方面而不是图像处理方面,要画坐标,Office家族里已经有Visio 组件了,它跟Word、Excel、PowerPoint一样同属于Office家族的一员。...

    回答:

    在Word直接画坐标非常麻烦,毕竟Word并不是画图工具,它的优势在于文字处理方面而不是图像处理方面,要画坐标,Office家族里已经有Visio 组件了,它跟Word、Excel、PowerPoint一样同属于Office家族的一员。Visio的优势在于制作软件开发方面的系统流程图,当然也可以制作简单的坐标系,制作完之后可以复制粘贴到Word。

    如果一定要用Word画坐标图,只能用绘图工具实现,操作如下:

    1、绘图工具栏打开后,选“箭头”,用它横着拖出一条带箭头(它的形状、大小均可以在“设置图形格式”里面更改)的直线,要想拖得很直,拖动同时按住shift键。

    向左转|向右转

    2、用同样的方法拖出一条带箭头的竖线。

    向左转|向右转

    3、将两条线同时选中,点击绘图工具栏最左边的“绘图”按钮,分别使用“对齐与分布”中的“左对齐”、“底端对齐”将它俩的位置调整好。如果觉得大小合适,就在此时将它们“组合”起来。

    向左转|向右转

    4、用绘图中的“直线”拖出一条短竖线,觉得长短、粗细、颜色合适就复制若干个,再将它们全部选中,用刚才的方法将它们底端对齐而且“横向分布”。此时,横坐标上的刻度就初具雏形了,将它们组合,再选中刚才已经组合的坐标再将它们底端对齐,调整位置。

    向左转|向右转

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  • 双纵坐标需要有两个数据序列,下面以一个例子说明如何Excel 2007中做这样一个图表。 比如有下表这样的数据: 这是一个统计每一个stage有多少defect的表格,defect分为四个级别。下面我们就插入一个...

    在Excel中插入图表的时候,有时我们需要使用双纵坐标。比如一个纵坐标表示数量,一个纵坐标表示百分比。画双纵坐标需要有两个数据序列,下面以一个例子说明如何在Excel 2007中做这样一个图表。

    比如有下表这样的数据:

    这是一个统计每一个stage有多少defect的表格,defect分为四个级别。下面我们就插入一个图表来表示这个表格中的数据。

    1、先用defect count作为一个数据序列产生一个柱状图,这个就不用细说了,如下图:

    2、再加入百分比的数据序列。右键单击图表,select data,如下图:

    3、点击Add,Series name填Critical %,Series values可以通过选中Critical Percent从Stage_1到Total的整个序列。如下图:

    4、点击OK,然后继续按照此方法添加High Percent,Medium Percent和Low Percent序列,添加好后如下图:

    5、点击OK,我们发现图表中又多了一个数据序列,见红色框所示部分,这样我们就添加好了百分比的数据序列。

    6、接下来我们要为这个百分比序列加一个纵坐标,并且将这个序列换成线形图,以便于跟柱状序列区分开来。选中某一个百分比的数据序列,右键Format Data Series,在Series Options tab中选Secondary Axis,如下图:

    7、点击Close,然后将依次将Critical %, High %, Medium %和Low %由柱状图改成线装图,并都使用次坐标轴:

    8、完成之后,为了美观,我们将线的宽度设置成1.5pt,并设置有阴影等等。并且因为百分比不可能超过100%,所以我们可以把此坐标轴的范围改一下,把Maximum改成1,即100%,如下图:

    

    9、这些都做完了之后就大功告成了,再加个title,横纵坐标的说明,看看,还是很专业的吧?!

    在Excel中插入图表的时候,有时我们需要使用双纵坐标。比如一个纵坐标表示数量,一个纵坐标表示百分比。画双纵坐标需要有两个数据序列,下面以一个例子说明如何在Excel 2007中做这样一个图表。

    比如有下表这样的数据:

    这是一个统计每一个stage有多少defect的表格,defect分为四个级别。下面我们就插入一个图表来表示这个表格中的数据。

    1、先用defect count作为一个数据序列产生一个柱状图,这个就不用细说了,如下图:

    2、再加入百分比的数据序列。右键单击图表,select data,如下图:

    3、点击Add,Series name填Critical %,Series values可以通过选中Critical Percent从Stage_1到Total的整个序列。如下图:

    4、点击OK,然后继续按照此方法添加High Percent,Medium Percent和Low Percent序列,添加好后如下图:

    5、点击OK,我们发现图表中又多了一个数据序列,见红色框所示部分,这样我们就添加好了百分比的数据序列。

    6、接下来我们要为这个百分比序列加一个纵坐标,并且将这个序列换成线形图,以便于跟柱状序列区分开来。选中某一个百分比的数据序列,右键Format Data Series,在Series Options tab中选Secondary Axis,如下图:

    7、点击Close,然后将依次将Critical %, High %, Medium %和Low %由柱状图改成线装图,并都使用次坐标轴:

    8、完成之后,为了美观,我们将线的宽度设置成1.5pt,并设置有阴影等等。并且因为百分比不可能超过100%,所以我们可以把此坐标轴的范围改一下,把Maximum改成1,即100%,如下图:

    

    9、这些都做完了之后就大功告成了,再加个title,横纵坐标的说明,看看,还是很专业的吧?!

    楼上地址:http://www.jb51.net/office/excel/73302.html

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  • (举例来说:如果每1cm的长度都代表2,则刻度按照顺序0,2,4,6,8,10,12,14……)对数坐标坐标轴是按照相等的指数变化来增加的,(举例来说:如果每1cm代表10的1次方增加,则坐标轴刻度依次为1,10,100,1000,...

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    半对数坐标系统:只有一个坐标轴是对数坐标,另一个是普通算术坐标,如下图所示:

    首先,将数据整理好输入Excel,并选取完成的数据区,并点击图表向导,如下图所示。

    点击图表向导后会运行图表向导如下图,先在图表类型中选“XY 散点图”,并选了图表类型的“散点图”(第一个没有连线的)。

    点击“下一步”,出现如下图界面。如是输入是如本例横向列表的就不用更改,如果是纵向列表就改选“列”。

    如果发现图不理想,就要仔细察看是否数据区选择有问题,如果有误,可以点击“系列”来更改,如下图

    如果是X值错了就点击它文本框右边的小图标,结果如下图:

    出现上图后,如图在表上选取正确的数据区域。然后点击“下一步”出现图表选项界面,如下图,上应调整选项,以满足自己想要的

    效果。

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空空如也

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如何用excel画坐标