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  • Matlab--使用HeatMap画热图

    千次阅读 2020-07-22 13:39:01
    Matlab--使用HeatMap画热图

    注意:HeatMap和heatmap是不一样的!

    使用HeatMap画热图:

    clc; 
    clear; 
    data = [0,40,0,31,0,0,0,0;    
           30,0,40,0,2,0,1,0;       
           0,0,0,0,0,13,0,60;       
           39,0,31,0,1,0,0,0;        
           0,30,0,39,0,1,0,0;        
          1,0,1,0,56,0,12,0;       
          0,2,0,1,0,56,0,12;       
          0,0,0,0,12,0,59,0];
     xvalues = {'CNC1','CNC2','CNC3','CNC4','CNC5','CNC6','CNC7','CNC8'}; 
    yvalues = {'CNC1','CNC2','CNC3','CNC4','CNC5','CNC6','CNC7','CNC8'}; 
    yvalues=yvalues';
    h=HeatMap(data,'Colormap',redbluecmap,'ColumnLabels',yvalues,'RowLabels',xvalues); 
    h.Annotate = true;%在热图中显示数据值
     

    在这里插入图片描述

    颜色条可以使用GUI的界面插入colorbar

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  • 使用pheatmap画热图报错

    千次阅读 2020-07-09 18:41:22
    使用pheatmap画热图报错 报错内容: Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10) 此外: Warning messages: 1: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA 2: In ...

    使用pheatmap画热图报错

    报错内容:

    Error in hclust(d, method = method) :
    外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)
    此外: Warning messages:
    1: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA
    2: In dist(mat, method = distance) : 强制改变过程中产生了NA

    问题详述:

    笔者今天先学习了一下R语言和Rstudio的关系,并了解了RStudio是R语言的集成开发环境,一般的任务之间在RStudio中工作就行。本人用Rstudio导入的xls文件。

    // 导入excel数据
    > library(readxl)
    > heapmap <- read_excel("heapmap.xlsx", sheet = "Sheet3")
    //调取pheatmap
    > library(pheatmap)
    > pheatmap(heapmap)

    然后问题就出现了!!!

    报错
    报错在这里插入图片描述
    经过一下午的猜测搜索也没找到合适的答案,我猜测是excel的问题,就把随机生成的数据粘贴到新的文本文件,然后导入;
    发现问题解决了。

    // A code block
    final <- read.delim("E:/Shim/07.root_heatmap/heatmap/final.txt",row.names=1)
    
    主要是row.names=1这个参数必须有,不然会出现报错
    
    

    总结

    这个问题是导入数据的问题,需要row.names=1的这个参数。

    解决方案

    1:尽量不使用excel导入数据,转换成txt文件再导入;
    2:使用参数row.names=1的导入参数

    展开全文
  • 语言 ggplot 画热图 P值

    2020-08-17 11:06:08
    R语言 ggplot 画热图 P值 print(temp) #使用scales包中melt函数将矩阵转换为ggplot需要的data.frame。 #注意:若是所有行名列名都是数字就会转换成matrix 下面展示一些 代码。 // 使用scales包中melt函数将矩阵转换...

    R语言 ggplot 画热图 P值

    print(temp)
    数据矩阵
    #使用reshape2包中melt函数将矩阵转换为ggplot需要的data.frame。
    #注意:若是所有行名列名都是数字就会转换成matrix
    下面展示一些 代码

    // 使用scales包中melt函数将矩阵转换为ggplot需要的data.frame
    library(reshape2)
    temp_1<-melt(temp)
    
    // ggplot画图
    ggplot(temp_1, aes(as.factor(Var1), Var2)) + 
      	geom_tile(aes(fill = value),colour = "white") + 
      	scale_fill_gradient(name="p-value", low = "red",high = "white",breaks=c(0,0.05,1)) +
      	theme(axis.text.x = element_text(vjust = 0.5, hjust = 0.5, angle = 90))+
      	coord_fixed(ratio=1)+
      	theme(axis.text= element_text(size = 5,family="ARL"))+
      	theme(plot.margin = unit(c(0.1,0,0,0), unit="mm"))+
      	labs(x = "position", y = "motif", title = "difference distribution")+ ##调整坐标轴名字
      	theme(plot.title = element_text(size = 8,hjust = 0.5,family = "ARL" ))+
      	theme(legend.key.width=unit(3,'mm'),legend.key.height=unit(1,'cm'))+
      	theme(legend.title = element_text(size = 8)) #调整legend title的字号
    

    做出的图大概是这样,我是将p值大于0.05都调成白色,然后有个简单的排序
    在这里插入图片描述

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  • python 画热图方式

    2020-10-07 19:53:35
    im = plt.imshow(data, cmap=plt.cm.jet) plt.colorbar(im) plt.show() 最后热图的排序和data排序一致
    im = plt.imshow(data, cmap=plt.cm.jet)
    plt.colorbar(im)
    plt.show()
    

    最后热图的排序和data排序一致

    展开全文
  • 【execl画热图

    2020-10-18 10:16:59
    这就是用execl热图绘制步骤如下:    1、 首先把数据填充到execl表格中,在调整表格中每个单元格的宽度和高度让他们都成为一个正方形。 如上图所示,在开始菜单中有行列选线可以调整行高、列宽。   2、下面...
  • Python画热图之seaborn

    2020-07-06 16:56:11
    df = pd.DataFrame(np.random.random((100,5)), columns=["a","b","c","d","e"]) # 计算每对变量之间的相关性 corr_matrix=df.corr() # 半个矩阵 mask = np.zeros_like(corr_matrix) mask[np.triu_indices_from...
  • 利用插值法,绘画漂亮的热图,可以用于脑电或者近红外光学成像数据绘图
  • cellwidth = 15, cellheight = 12, fontsize = 8, filename = "test.pdf") 将热图结果按聚类后的顺序输出 aa=pheatmap(test,scale="row") #热图,归一化,并聚类 image.png # 简要查看热图对象的信息 summary(aa) #...
  • df<-read.csv("dataset1.csv",header = T,row.names = 1) df df1<-cor(qwe)#注意:每列值必须为数值# upper.tri(df1) #我们的目的:去除右上角的数值,保留左下角的数值。将右上角的内容去除。...
  • 教你快速的使用ggplot2画热图

    万次阅读 2016-10-14 16:17:07
    5.画热图 p ggplot(nba.m, aes(variable, Name) ) + geom_tile( aes(fill = rescale) ,colour = "white" ) + scale_fill_gradient(low = "white" ,high = "steelblue" ) p 6.结果展示 ...
  • 相信很多人都看到过上面这种方块图,有点像“华夫饼图”的升级版,也有点像“热图”的离散版。我在一些临床多组学的文章里面看到过好几次这种图,用它来展示病人的临床信息非常合适,我自己也用R包或者AI过类似的...
  • 如何画热图(heatmap)

    万次阅读 2012-06-20 14:05:15
    这里我介绍另外一个方法来绘制,采用现成的软件来,可能图的效果不是很清楚,但至少达到我要求的目的 这个软件叫HeatmapBuider 是由stanford大学用.net开发的一个gui的画图工具 在安装这个软件之前首先得...
  • 让我们用这些统计数据来一个热图,这样就可以大概知道哪个球员哪方面的得分比较高。   热图: ax.imshow(x,cmap=...)   代码如下: import numpy as np import pandas as pd from matplotlib ...
  • 聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式,在文章中出现的频率非常高,一般来说,这张图的每行对应一个基因,每列对应一个样本,行和列形成的是基因数*样本数的表格,接下来用不同的颜色代表基因在样本...
  • 网上找到的画热图的方法大部分跟我预期都有差距,最后找到了一个代码,然后经过改良可以用来画热图/分布图。 这个代码主要是用到通过hist3这个函数对数据进行分类,然后用scatter函数进行绘制。 以随机生成x和y成...
  • 相关性热图

    千次阅读 2019-06-12 16:24:00
    数据格式如下 Sample CM11 CM12 CM13 CM21 CM22 CM23 CM31 CM32 CM33 CM11 1 0.9627369 0.9884578 0.9841946 0.9762492 0.983613 0.9575127 0.743262 0.6178 CM12 0.9627369 1 0.9616447 0.9405868 0.9354329...
  • 轻轻松松热图

    2021-05-01 00:56:59
    热图是很常见的图形展示方式,在◾图形解读系列 | 给你5个示例,你能看懂常用热图使用吗?有详细描述。热图基本原则是用颜色代表数字,让数据呈现更直观、对比更明显。常用来表示不同样品组代表性基...

空空如也

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如何画热图