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  • 如果正确执行,则BCF的... 研究得出结论,偶极矩和电离势是多氯联苯生物富集因子与其电子结构相关性的可靠描述。 所得的QSAR模型(​​r2 = 0.9139,= 0.8986,k = 2,SE = 0.2668)可用于在化合物合成之前预测其BCF。
  • 适用场景富集性分析是各组学进行数据分析的必备分析项,其中,尤以GO和KEGG富集因子图最为常见,见封面图。这张图非常经典,相比于其他富集分析结果,它包含了基因数目、p值和富集因子三个维度的信息量,更全面,更...

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    适用场景

    富集性分析是各组学进行数据分析的必备分析项,其中,尤以GO和KEGG富集因子图最为常见,见封面图。这张图非常经典,相比于其他富集分析结果,它包含了基因数目、p值和富集因子三个维度的信息量,更全面,更能辅助下结论。

    得到这张图有两种方式:

    1. 从挑选基因开始做富集性分析,做完一套分析得到此图; 针对这个需求,出门左转,请使用【通用版富集分析】
    通用版富集性分析www.omicstudio.cn
    2. 在富集性分析的基础上进行调整,包括基于这个结果重新选择数据绘制(一般默认绘制p值最小的前20项),数据在图中的排布方式,以及颜色字号调整等美化方案:
    KEGG富集因子图www.omicstudio.cn

    本文主要基于第二种方式,关于第一种方式,刚刚进行了全面更新上线,增加了大量在线个性化调整的控件,后续会发文详细介绍,敬请期待哦。


    3种数据处理方式

    这张图的数据处理方案不是唯一的:比如默认是按p值从小到大前20项,那如果我关心的条目排位在第21个,是不是就不能画了呢?比如我不想按照p值来进行筛选,是否可以只画我关心的条目,即使他们的统计学条件并不显著?比如除了p值,就不能用富集因子来进行筛选了么?

    基于以上问题,本工具提供了3种数据处理方案:

    1.按输入顺序绘制;2.按阈值筛选:p值和富集因子;3.自定义通路:即在线筛选条目

    在实际应用场景中,如果想要绘制特定通路,自己整理数据是一个比较麻烦的过程,在这个云工具中省力很多,只要上传全表,在线填写您关注的条目,即可自行筛选绘制。

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    更详细内容的看视频即可:

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    3种排序方式

    排序方式看个人喜好和想表达的观点。本工具提供按p值排序(左)、按富集因子排序(右)和自定义排序三种方式。

    按p值排序的话,点的颜色按渐变方式排布;按富集因子排序的话,点的坐标轴位置是规整排布的。一般来说,p值比富集因子更重要一些,所以默认按p值排布。以富集因子排布也没问题,两张图所呈现的信息量是相同的,详细内容见视频。

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    本地交互图片

    此工具有在线互动图,点击图中【互动版】即可。如图,此模式下鼠标悬停可以看到点的更多信息。

    当然,考虑到每次想用互动版的时候都要用云工具重新作图非常不方便,这里也提供了本地互动模式:在下载的结果中找到html文件,无需联网也可互动。

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    上图是在线互动版,下图是本地互动版(下载结果中的html文件),看浏览器地址,与云平台无关,可离线调试:

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    这个模式的推荐打开方式是把所有通路都画出来。

    一般作为论文图片的要求,我们只能绘制部分主要结果,而在实际科研过程中,我们是先探索数据,有了结论最后再画图的。本地交互模式非常适合用于探索数据:数据太多可以缩放浏览器页面(Ctrl+滚动鼠标滚轮)进行调整,想看清局部数据可选中一块矩形区域,会自行放大,双击恢复。详细内容见视频。

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    本地互动版,推荐绘制所有数据
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  • 适用场景富集性分析是各组学进行数据分析的必备分析项,其中,尤以GO和KEGG富集因子图最为常见,见封面图。这张图非常经典,相比于其他富集分析结果,它包含了基因数目、p值和富集因子三个维度的信息量,更全面,更...

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    适用场景

    富集性分析是各组学进行数据分析的必备分析项,其中,尤以GO和KEGG富集因子图最为常见,见封面图。这张图非常经典,相比于其他富集分析结果,它包含了基因数目、p值和富集因子三个维度的信息量,更全面,更能辅助下结论。

    得到这张图有两种方式:

    1. 从挑选基因开始做富集性分析,做完一套分析得到此图; 针对这个需求,出门左转,请使用【通用版富集分析】
    通用版富集性分析www.omicstudio.cn
    2. 在富集性分析的基础上进行调整,包括基于这个结果重新选择数据绘制(一般默认绘制p值最小的前20项),数据在图中的排布方式,以及颜色字号调整等美化方案:
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    本文主要基于第二种方式,关于第一种方式,刚刚进行了全面更新上线,增加了大量在线个性化调整的控件,后续会发文详细介绍,敬请期待哦。


    3种数据处理方式

    这张图的数据处理方案不是唯一的:比如默认是按p值从小到大前20项,那如果我关心的条目排位在第21个,是不是就不能画了呢?比如我不想按照p值来进行筛选,是否可以只画我关心的条目,即使他们的统计学条件并不显著?比如除了p值,就不能用富集因子来进行筛选了么?

    基于以上问题,本工具提供了3种数据处理方案:

    1.按输入顺序绘制;2.按阈值筛选:p值和富集因子;3.自定义通路:即在线筛选条目

    在实际应用场景中,如果想要绘制特定通路,自己整理数据是一个比较麻烦的过程,在这个云工具中省力很多,只要上传全表,在线填写您关注的条目,即可自行筛选绘制。

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    3种排序方式

    排序方式看个人喜好和想表达的观点。本工具提供按p值排序(左)、按富集因子排序(右)和自定义排序三种方式。

    按p值排序的话,点的颜色按渐变方式排布;按富集因子排序的话,点的坐标轴位置是规整排布的。一般来说,p值比富集因子更重要一些,所以默认按p值排布。以富集因子排布也没问题,两张图所呈现的信息量是相同的,详细内容见视频。

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    本地交互图片

    此工具有在线互动图,点击图中【互动版】即可。如图,此模式下鼠标悬停可以看到点的更多信息。

    当然,考虑到每次想用互动版的时候都要用云工具重新作图非常不方便,这里也提供了本地互动模式:在下载的结果中找到html文件,无需联网也可互动。

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    上图是在线互动版,下图是本地互动版(下载结果中的html文件),看浏览器地址,与云平台无关,可离线调试:

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    这个模式的推荐打开方式是把所有通路都画出来。

    一般作为论文图片的要求,我们只能绘制部分主要结果,而在实际科研过程中,我们是先探索数据,有了结论最后再画图的。本地交互模式非常适合用于探索数据:数据太多可以缩放浏览器页面(Ctrl+滚动鼠标滚轮)进行调整,想看清局部数据可选中一块矩形区域,会自行放大,双击恢复。详细内容见视频。

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    本地互动版,推荐绘制所有数据
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  • 适用场景富集性分析是各组学进行数据分析的必备分析项,其中,尤以GO和KEGG富集因子图最为常见,见例图。这张图非常经典,相比于其他富集分析结果,它包含了基因数目、p值和富集因子三个维度的信息量,更全面,更能...

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    适用场景富集性分析是各组学进行数据分析的必备分析项,其中,尤以GO和KEGG富集因子图最为常见,见例图。这张图非常经典,相比于其他富集分析结果,它包含了基因数目、p值和富集因子三个维度的信息量,更全面,更能辅助下结论。得到这张图有两种方式:1.从挑选基因开始做富集性分析,做完一套分析得到此图;
    针对这个需求,出门左转,请使用【通用版富集分析】
    (https://www.omicstudio.cn/tool/22)。
    2.在富集性分析的基础上进行调整,包括基于这个结果重现选择数据绘制(一般默认绘制p值最小的前20项),数据在图中的排布方式,以及颜色字号调整等美化方案。https://www.omicstudio.cn/tool/11

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    本文主要基于第二种方式,关于第一种方式,刚刚进行了全面更新上线,增加了大量在线个性化调整的控件,后续会发文详细介绍,敬请期待哦。3种数据处理这张图的数据处理方案不是唯一的:比如默认是按p值从小到大前20项,那如果我关心的条目排位在第21个,是不是就不能画了呢?比如我不想按照p值来进行筛选,只画我关心的条目的就可以了,即使他们的统计学条件并不显著?比如除了p值,就不能用富集因子来进行筛选了么?基于以上问题,本工具提供了3种数据处理方案:按输入顺序绘制;2.按阈值筛选:p值和富集因子;3.自定义通路。在实际应用场景中,如果想要绘制特定通路,自己整理数据是一个比较麻烦的过程,在这个云工具中省力很多,只要上传全表,在线填写您关注的条目,即可自行筛选绘制。56f2a902a285b7f7379f710674f4597e.png      3种排序方式排序方式看个人喜好和想表达的观点。本工具提供按p值排序(左)、按富集因子排序(右)和自定义排序三种方式。79a47b003fa0c8ee8d264b4fce73c475.png按p值排序的话,点的颜色按渐变方式排布;按富集因子排序的话,点的坐标轴位置是规整排布的。一般来说,p值比富集因子更重要一些,所以默认按p值排布。以富集因子排布也没问题,两张图所呈现的信息量是相同的。79a47b003fa0c8ee8d264b4fce73c475.pngf5cbea663606a569442da76d38d93935.png本地交互图片79a47b003fa0c8ee8d264b4fce73c475.png此工具有在线互动图,点击图中【调制版】即可。如图,此模式下鼠标悬停可以看到点的更多信息。b67f1e779df6327f60cea5aacc811912.png3053c057c1a7a104538e28322fd6dde5.png2048d0b6e0408eaccf2c7afd9d712c88.png当然,考虑到每次想用互动版的时候都要用云工具重新作图非常不方便,这里也提供了本地互动模式:在下载的结果中找到html文件,无需联网也可互动。这个模式的推荐打开方式是把所有通路都画出来。一般作为论文图片的要求,我们只能绘制部分主要结果,而在实际科研过程中,我们是先探索数据,有了结论最后再画图的。本地交互模式非常适合用于探索数据:数据太多可以缩放浏览器页面(Ctrl+滚动鼠标滚轮)进行调整,想看清局部数据可选中一块矩形区域,会自行放大,双击恢复。2048d0b6e0408eaccf2c7afd9d712c88.png关于OmicStudio的更多在线工具学习资料

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  • 尽管有这个事实,但很少有研究真正涉及到NORM富集因子与所用煤炭质量之间的关系。 本文旨在将煤的质量与来自三个南非CFPP的燃煤残余物中感兴趣的放射性核素(K40,Ra226,Th232和Po210)的富集因子相关。 还考虑了...
  • GO富集分析 信号通路

    2019-09-29 13:35:00
    基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法...这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素、生长因子、细胞因子、神经递质以及其它小分子化合物等。  富集性分析应用范围非常广,从Disease Ontology,Gen...

      基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。

     

      信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素、生长因子、细胞因子、神经递质以及其它小分子化合物等。

     

      富集性分析应用范围非常广,从Disease OntologyGene Ontology, KEGG, 到Reactome Pathway等等。

     

      Go分析能够缩小查询基因的范围

     

      BINGO :  查询这条通路上的差异基因!!!

    转载于:https://www.cnblogs.com/wangshicheng/p/11263782.html

    展开全文
  • 通过建立煤层裂隙、含气性等与其弹性参数关系,进一步理清了瓦斯富集与储层...引入综合评价因子,建立其与4种岩性反演结果相关的一次线性函数,并绘制4弹性参数综合预测瓦斯富集区成果图,达到预测煤层瓦斯富集区的目的。
  • 一般的来说,目前发现的2000个转录因子一般是分为基础性和调控性的,基础性有1300;基础的转录因子与RNA聚合酶一起和启动子区域特异性结合,发挥作用,开始转录;而特异性的一般是和增强子一起结合形成增强体,进而...
  • 污染度DC(-13.53至-11.02),富集因子EF(0.26-35.47),生态风险因子Er(-29.92-7.04),潜在生态风险指数RI(-61.2-43.43),污染负荷指数PLI(- 0.01-0.04)和地理位置累积指数Igeo(4.8E-09-3.0)。...
  • 再通过OmicShare云平台、David分别进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共获得52个清肺排毒汤治疗新冠肺炎的潜在靶点,17个与炎症相关的核心靶点,主要包含有IL、IFN、TNF等细胞因子和趋化因子,和26个核心成分,...
  • 利用污染因子(CF),污染负荷指数(PLI)和地质累积指数(Igeo)评估了朱宁湖国家级自然保护区表层沉积物中重金属的分布和累积。该研究是从10个采样中收集的在雨季和旱季重复三遍。 测定的重金属为铁,铜,铬,镉,...
  • 根据富集因子(MoEF,VEF和UEF)和氧化还原敏感元素比率(Ni / Co,V / Cr,δU)等记录了氧化还原变化。在寒武纪早期,发生了海侵事件和海平面继续上升。 在基底寒武纪中,低TOC浓度的层状硅酸铝-亚磷酸酯聚集体...
  • 利用富集因子法分析演化过程中各重金属元素质量变化,发现其中元素As质量未变化;Hg质量一直增加,成土近1000年时其质量值是初始值的4.7倍;重金属元素Zn、Pb和Cd成土285年和近1000年时质量增加,而Cu、Ni和Cr成土285年时...
  • 选用富集因子法、相关系数分析法、聚类分析法和因子分析法等数学方法,对煤化工区土壤中的重金属进行污染评价和来源解析。结果表明:Cr、As、Se、Ag、Cd属于人为源,依据数据模型以及土壤、煤和煤灰中重金属迁移规律...
  • 生物富集因子(BCF)值表示金属从土壤到作物的转移水平; 表明萝卜中Cd的高转移价值,其次是白菜和菠菜。 在芥菜(8.13),卷心菜(4.18)和萝卜(3.07)中观察到较高的BCF值,以防止锌污染。 使用USEPA方法计算...
  • 正在进行外泌体研究的各位小伙伴可以学习一下相关的研究思路~~~01肝细胞来源的EVs通过miR-1促进内皮炎症和动脉粥样硬化的形成发表期刊:Journal of Hepatology影响因子:18.946发表单位:复旦大学附属中山医院测序...
  • 地球化学污染指数,例如地质累积指数(Igeo),富集因子(EF)和综合污染指数(IPI),被用于评估金属和痕量元素的污染。 研究区域土壤中铜,镍,铬,砷,钴和锌的平均金属浓度分别为109.8、107.1、72.0、2.3、7.8...
  • (2)单项污染指数、内梅罗综合污染指数及富集因子的计算结果显示,土壤污染程度由重到轻排名为人民公园>龙源湖公园>森林公园;(3)生态风险评价结果显示,公园土壤中Ni的生态风险指数最大,但从整体来看,3个公园的污染程度...
  • 前面我们通过RcisTarget包的 ...见:基因集的转录因子富集分析通过学习,我们知道这个RcisTarget包内置的motifAnnotations_hgnc是16万行,可以看到每个基因有多个motif。而且下载好的 hg19-tss-centered-10kb-7speci...
  • 在不到一个世纪的人类历史发展过程中,目前人类在城市集约化区域的两个温带湖相生态系统中的表面沉积物评估,通过对时空变化的光谱及其梯度进行时空监测来确定... 富集因子将每个微量元素分为“无富集”类别到“非常高
  • 在孟加拉国达卡对冰雹样品的化学成分和来源分配进行了综合分析。 pH,电导率(EC),总溶解固体(TDS),水溶性... 富集因子分析表明,Ca2 +,Mg2 +和K +主要来自地壳,而NO3-和SO42-主要归因于人为来源。 进一步的源
  • 在添加10%CIGS TFSP的商品土壤中生长的菜青菜中生物富集因子(BF)和Zn的浓度分别为3.61和296 mg / kg,而在Mollisol中生长的菜青菜中BF的In和浓度分别为3.80和13.72 mg / kg。 结果表明,土壤受到CIGS TFSP释放的...
  • 通过将测得的重金属浓度与澳大利亚和新西兰环境与自然保护理事会(ANZECC)和美国国家海洋与大气管理局(NOAA)淡水沉积物质量指南进行比较,并通过计算地质累积指数和富集因子,可以完成数据分析。 结果表明,除了...
  • 一、Metascape简介 高通量测序分析会产生数以百计的候选基因,但是只有少部分的基因能用于下游分析。研究基因的功能是生物医学研究的重要课题之一。...受一个或多个转录因子通过motif调控的多个...
  • 背景:转录因子(TFs)和组蛋白修饰(HMs)之间的相互作用在基因表达的精确调控中起着重要作用。 这些相互作用的背景特异性以及其在正常和疾病中的动态还很大程度上未知。 基因组学技术的最新发展实现了通过RNA-seq...
  • 为评估进口煤对国内环境的影响,采用原子荧光光谱、直接测汞仪、离子色谱、电位滴定等...用因子分析寻找和确定了整体的主要特征,主因子特征可描述为有机态砷伴生矿物因子、含氟矿物(氟磷灰石和硅铝酸盐)因子和硫因子
  • CHIPSeq的原理和应用

    千次阅读 2015-11-06 19:44:39
    染色质免疫共沉淀技术(CHIPSeq,也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将与第二代测序技术相结合的技术,能够高效地在全基因组范围...
  • 使用目标蛋白(如转录因子)的特异性抗体,选择性地富集染色体组分。富集目的蛋白后,可以使用下拉技术分离和蛋白相互作用的DNA区域,对下拉DNA进行测序ChIP-seq,或者将其用于qPCR(ChIP-PCR),以确定目的蛋白在基因...
  • 页岩气是易发现难开采的非常规低效气藏,基于地质选区理论预测的页岩气有利富集区的控制精度不能完全适应当前开发的空间尺度要求。通过对TOC含量、综合含烃指数、页岩层顶板砂岩孔渗特征建立测井解释模型,结合页岩层...
  • 在不同转录因子周围形成特定信号分布模式; 获得大量线粒体来源的测序读长; 不同细胞类型的艰苦条件需要进行摸索 基于表型预测调控关键分子 解析基因组开放区域 基于ATAC-seq的基因组调控网络研究 文章...

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