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canoco冗余分析_欧易云平台:点点鼠标,轻松完成RDA/CCA分析
2020-12-29 02:57:57?...RDA或者CCA是基于对应分析发展而来的一种排序方法,属于限制性排序,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因...?点击上方蓝字把我们设为星标吧✴
编者按
常规做RDA、CCA分析一般使用CANOCO软件或者R语言的Vegan包去做分析,前者太贵,后者复杂,肿么办?
欧易云平台小工具
别担心,欧易云平台小工具来帮您轻松完成分析。
RDA或者CCA是基于对应分析发展而来的一种排序方法,属于限制性排序,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接梯度分析。
RDA基于线性模型,CCA则是基于单峰模型。此分析是主要用来反映菌群与环境因子之间关系,可以检测环境因子、样本、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。
RDA或CCA模型的选择原则:先用Species Table数据做DCA分析,看分析结果中Axis Lengths of gradient的轴的大小,如果大于4.0,就应该选CCA,如果3.0-4.0之间,选RDA和CCA均可,如果小于3.0,RDA的结果要好于CCA。
云平台RDA/CCA小工具网址:
https://cloud.oebiotech.cn/task/cca_rda_env/
1
数据准备
需要的数据有物种的丰度数据、环境因子数据和分组信息数据,数据格式介绍如下:
1.物种相对丰度文件
物种相对丰度文件(tab分割文件)为必填参数。第一行为样本分析名,第一列为物种名,数值为物种在样本中的相对丰度。输入文件格式支持txt,xls和xlsx。
2.环境因子数据文件
环境因子数据文件(tab分割文件)为选填参数。第一行为样本分析名,第一列为环境因子信息名。输入文件格式支持txt,xls和xlsx。
3.样本分组信息文件
样本分组信息文件(tab分割文件)为选填参数。第一列为样本分析名,第二列为样本的分组名称(请注意表头Group大小写问题)。输入文件格式支持txt,xls和xlsx。
注:
1.输入的环境因子个数必须大于等于2,并且小于样本个数。
2.物种样本名称、环境因子样本名字和分组信息中样本名一定要保证一致。
2
小工具网页操作说明
点击提交稍等一下下后出结果哦,可以下载png与pdf格式图片~
就是这么简单,再也不用担心做不出RDA/CCA图啦!!
猜你想看
5分钟教你使用欧易云快速进行聚类热图绘制
欧易云 | 免费的聚类热图不试试吗?
END
不懂 撰文
本文系欧易生物原创
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转载请注明本文转自欧易生物
听说点了在看的人,都发了高分文章
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canoco冗余分析_欧易/鹿明生物云平台:点点鼠标,轻松完成RDA/CCA分析
2020-12-25 22:39:54RDA或者CCA是基于对应分析发展而来的一种排序方法,属于限制性排序,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接...编者按
常规做RDA、CCA分析一般使用CANOCO软件或者R语言的Vegan包去做分析,前者太贵,后者复杂,肿么办?
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RDA或者CCA是基于对应分析发展而来的一种排序方法,属于限制性排序,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析,将对应分析与多元回归分析相结合,每一步计算均与环境因子进行回归,又称多元直接梯度分析。
RDA基于线性模型,CCA则是基于单峰模型。此分析是主要用来反映菌群与环境因子之间关系,可以检测环境因子、样本、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系。
RDA或CCA模型的选择原则:先用Species Table数据做DCA分析,看分析结果中Axis Lengths of gradient的轴的大小,如果大于4.0,就应该选CCA,如果3.0-4.0之间,选RDA和CCA均可,如果小于3.0,RDA的结果要好于CCA。
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1.数据准备
需要的数据有物种的丰度数据、环境因子数据和分组信息数据,数据格式介绍如下:
1.物种相对丰度文件
物种相对丰度文件(tab分割文件)为必填参数。第一行为样本分析名,第一列为物种名,数值为物种在样本中的相对丰度。输入文件格式支持txt,xls和xlsx。
2.环境因子数据文件
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3.样本分组信息文件
样本分组信息文件(tab分割文件)为选填参数。第一列为样本分析名,第二列为样本的分组名称(请注意表头Group大小写问题)。输入文件格式支持txt,xls和xlsx。
注:
1.输入的环境因子个数必须大于等于2,并且小于样本个数。
2.物种样本名称、环境因子样本名字和分组信息中样本名一定要保证一致。
2小工具网页操作说明
点击提交稍等一下下后出结果哦,可以下载png与pdf格式图片~
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文章来源于鹿明生物
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R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境,属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
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作为当前在世界范围内最受欢迎的数据挖掘开发语言——R语言以其特有的开放性、高可扩展性以及顶尖的制图功能吸引了越来越多的数据分析爱好者。
课程目标
- 掌握R语言的使用以及实际的操作案例
适合人群
- 大数据学习者、开发者
课时列表
- 课时1:R语言是什么、R的优势、资源
- 课时2:R的安装、获取帮助、工作空间管理
- 课时3:R包的使用、结果的重用、如何处理大数据集
- 课时4:R数据集的概念、向量、矩阵和数组
- 课时5:R数据框、因子和列表
- 课时6:R的常用命令
- 课时7:R的list列表详解
- 课时8:R的数据源导入方法
- 课时9:R的用户自定义函数
- 课时10:R访问MySQL数据库
- 课时11:R的集成开发环境(IDE)--Rstudio
- 课时12:R如何画图,图形参数、符号、线条和颜色
- 课时13:R图形的文本属性、尺寸、标题和自定义坐标轴
- 课时14:R图形的次要刻度线、参考线、图例和文本标注
- 课时15:R的图形组合、图形布局的精细控制
- 课时16:R基本的数据管理--创建变量、变量重编码和重命名
- 课时17:R基本数据管理--如何处理缺失值、日期值得使用、数据类型转换
- 课时18:R基本数据管理--数据集合并、子集的提取以及随机抽样函数
- 课时19:R高级数据管理--数学函数、统计函数和概率函数
- 课时20:R高级数据管理--字符处理函数、将函数应用于矩阵和数据框
- 课时21:R高级数据管理--重复和循环、条件执行、转置
- 课时22:R基本图形--条形图(堆砌、分组、均值)、条形图的微调
- 课时23:R的基本图形——饼图
- 课时24:R基本图形--直方图
- 课时25:R基本图形--核密度图
- 课时26:R基本图形——箱线图
- 课时27:R实例——预测海藻数量之问题描述与目标、数据集格式
- 课时28:R实例——预测海藻数量之数据预处理
- 课时29:R实例——预测海藻数量之获取预测模型
- 课时30:R实例——预测海藻数量之模型的精简和调优
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