精华内容
下载资源
问答
  • 常用的比对软件列表 软件 发表年代 PMID SOAP 2008 18227114 Maq 2008 18714091 BWA 2009 19451168 Bowtie 2009 ...

    常用的比对软件列表

    软件

    发表年代

    PMID

    SOAP

    2008

    18227114

    Maq

    2008

    18714091

    BWA

    2009

    19451168

    Bowtie

    2009

    19261174

    NovoAlign

    2009

     

    Subread

    2013

    23558742

    转载于:https://www.cnblogs.com/xiaofeiIDO/p/6057529.html

    展开全文
  • 比对软件DNAssist

    2014-10-31 22:48:14
    生物信息学,生物学专业比对软件,安全无毒,敬请放心下载使用
  • 生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于短序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此...

           生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于短序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此它的默认输出格式还是有一定优势的,下面就来说明一下它的默认输出格式。

    example:

    说明:

    1. query id,也就是你自己用于比对的序列的ID。
    2. + 表示正向比对上这条reads;- 表示对反向比对上这条reads。
    3. 对应比对上的参考序列的ID,ref。
    4. 自己用于比对的reads比对到参考序列的起始位置,注意下标是从0开始计数,例如10代表从第11个碱基开始比对上。第2列为"+"时,表示query第一个碱基map到reference上的位置;第2列为"-"时,表示query的反向互补序列第一个碱基map到reference上的位置。
    5. 如果第2列为"+",则和query序列一致;否则,和query序列反向互补。
    6. 质量文件,如果query文件为fasta格式,则无法获取质量文件,用I代替,I的数量与query序列长度一致。
    7. 当前query能map到GENOME的4个不同位置
    8. 如果存在第8列,表示有错配,bowtie的mismatch最大可设置为3。第8列可以分为三个部分,最左端的数字,中间的碱基为reference碱基,最右端的碱基为query碱基,下面分情况讨论:
    第2列为"+"时:最左端的数字9表示query从5'端数起,第10个碱基为"T",而对应的reference为"G";
    第2列为"-"时:最左端的数字9表示query先作反向互补,然后从3'端数起,第10个碱基为"T",而对应的reference为"G";

     

    转载于:https://www.cnblogs.com/liyichen/p/10843855.html

    展开全文
  • 人脸识别票务软件使用技术原理:人脸识别应用分为人脸采集与人脸比对两个技术要素;人脸采集后将把照片解析成人脸特征值并保存在系统中;人脸比对时,将照片分析为特征值,然后自动与系统中存储的采集人脸的特征值...

    人脸识别票务软件使用技术原理:

    人脸识别应用分为人脸采集与人脸比对两个技术要素;人脸采集后将把照片解析成人脸特征值并保存在系统中;人脸比对时,将照片分析为特征值,然后自动与系统中存储的采集人脸的特征值进行比对,比对成功后,系统将判定比对的人脸与采集的人脸相同;

    f7cecd7bb1538b0214e9648231e384ff.png

    年卡次卡小程序:

    年卡办理时将不再发行专门的年卡,而是改为拍照,一张脸就是一个年卡身份;办卡时采集照片,并在系统输入姓名、有效期、联系方式等信息,完成年卡的注册;年卡游客进入景区时直接在闸机刷脸入园;

    游客多次重复进入:

    有些景区允许游客在一天内或者多天内本人重复进入,需要人脸识别确认是否本人;首次在闸机刷票时闸机拍摄照片并保存在系统数据库中,完成游客的人脸采集;后续重复进入直接在闸机刷脸,检票口将自动将检票口拍摄的照片与第一次刷票进站时采集的照片进行比对,比对成功;

    a504ec47ce28dfef8c144e3aaf4684d1.png

    识别效果:

    正常情况下,一次识别成功率大于99.5%,耗时不超过0.8秒;相机在强光和逆光下拍摄和识别会产生影响,因此要求门机摄像机不能面向太阳,以免在背光下拍照识别;另外,相机组不能露天使用,下雨会损坏相机和显示屏。如果安装在室外,必须在闸门上方安装雨棚;

    展开全文
  • 在人脸识别算法精度日益增强,人脸识别准确率接近99%的背景下,由于亿量级大规模人脸识别应用对后端比对库的数量规模以及识别实时性要求较高,相应应用面临瓶颈。我国人口、民族众多,在公安、安防等典型领域,数据...

    建设背景

    根据2017-2022年中国人脸识别行业市场规模预测,未来3年内,我国人脸识别市场将超过65亿元规模。在人脸识别算法精度日益增强,人脸识别准确率接近99%的背景下,由于亿量级大规模人脸识别应用对后端比对库的数量规模以及识别实时性要求较高,相应应用面临瓶颈。我国人口、民族众多,在公安、安防等典型领域,数据信息共享程度逐步提高,亿量ID规模的底库已开始出现,提升亿量级大规模人脸1:N高速识别比对能力对于人脸识别技术发展与应用的意义十分重大。

    245f89a450c061a0fa87929ff2fea932.png

    方案简介

    云创大规模人脸比对机解决方案,针对亿级大规模人脸1:N应用场景性能需求,自主研发亿量级大规模人脸特征高速比对系统,结合高密度混合服务一体机作为硬件支撑平台,实现软硬件一体化高性能大规模人脸比对解决方案。相较基于GPU集群的人脸特征比对技术,具有高集成度、高性能、高兼容性、成本低、性能可弹性分配调度等优势。

    52b838ec6d06becfe3b27fd5ec51d755.png

    云创大规模人脸比对机采用5U标准机架式结构设计,相当于60台普通服务器处理能力。相比传统机架服务器,该人脸比对机将能够在同一机柜部署多达300个处理节点,并通过分布式处理资源管理系统形成一个统一处理资源集群,实现单个机柜处理35亿特征值秒级比对能力。同时利用资源管理技术,根据处理任务实时状况,动态优化服务器能耗率,帮助用户大幅系统平台降低整体运维成本。

    总体架构

    云创大规模人脸比对机软件系统,基于特征数据比对算法及分布式集群处理资源调度管理技术,实现了海量特征库条件下1:N对比任务的高效分解与并行处理,将单个任务响应效率提升至秒级乃至毫秒级。

    技术优势

    1.单台支持1秒完成7亿次人脸比对,秒级响应性能

    云创大规模人脸比对机专门针对亿量级人脸特征数据比对效率需求进行了设计优化,仅使用单台设备,即可在7亿级模拟数据比对中实现秒级响应,在百万级真实数据环境下实现毫秒级响应。

    2.支持处理性能弹性配置,灵活满足多种应用场景

    对于不同数据规模需求的用户,该方案提供了弹性的性能资源配置模式,可以有效地控制系统建设成本,灵活满足亿级到数十亿级业务规模的性能需求和使用场景。

    3.支持对接多种特征算法,支撑前端应用的算法融合

    同时,针对行业内存在的各种人脸识别算法,该一方案提供了特征对比性能的资源化管理模式,通过数据接口可同时对接多种前端识别算法,提升处理平台资源的兼容使用能力,帮助前端应用同时集成多种人脸识别算法,进一步提升应用识别结果的准确性与可靠性。

    4.支持跨密级网间特征数据比对与交互

    公安行业典型的人脸识别应用场景往往需要跨多个密级网络进行数据信息的调用,该方案结合单向传输光闸节点,为跨密级网应用场景实现数据的安全交互。

    应用场景

    1.公安行业人脸识别应用场景

    公共场所治安巡逻、视频技侦、敏感人员布控等实战环境,都对人脸识别特别是在大规模底库中人脸比对识别具有强烈需求。云创超大规模人脸比对机解决方案可作为其底层基础设施,为公安上层业务应用提供高效的数据比对处理能力,为其实时反馈比对处理结果。

    196ecb45f4f03e596432afc4ee299562.png

      真实环境百万级规模1:N应用

    2.公共场所敏感人员识别

    公共场所人流量大,人脸特征比对任务并发压力高,将云创大规模人脸比对机解决方案与具有大规模人脸检测与采集的视频监控系统结合应用,可对人脸特征数据进行实时比对,及时发现敏感人员踪迹并实现预警。

    1d85bc87f4b63ba0d79c080cb954d5c4.png
    ab88a864fe26431eff10ba8700af2f56.png

    3.人员轨迹

    将云创大规模人脸比对机与公安雪亮工程等大规模视频监控基础设施结合,可形成亿量级人脸特征及其时空信息资源库。当需要针对特定人员进行历史轨迹追踪追溯,可通过高速特征比对,提取库内所有符合特征的人脸时空信息,通过系统辅助筛选与人工判别,形成人员轨迹,协助案件侦破。

    76e82ac72ec931e99fc04a252ba1e4bc.png

    4.处理性能弹性配置

    用户在不同的业务需求中,需要对不同规模的特征库进行不同算法的比对应用。云创大规模人脸比对机解决方案在硬件基础层面提供了多种灵活配置方式,同时在软件层面,利用分布式处理资源管理模块,实现了系统资源的弹性配置调度,可根据具体业务规模需求,灵活配置管理比对机处理资源。

    5.多算法综合比对算力支撑

    在对识别准确率要求更高的人脸识别应用场景中,用户往往会同时采用多种识别算法进行融合应用,通过多个识别结果的对比融合,来保障提高其业务可靠性。云创大规模人脸比对机解决方案在特征比对算法模块中提供了通用的API接口,用于支持各类第三方特征算法的对接集成,帮助用户完成多算法融合。

    6.密级网间特征数据交换

    公安行业人脸识别的应用过程中,后台识别业务系统一般部署在高密级的内网,而人脸数据可能在较低密级的外网采集,要完成完整的识别业务流程,必然存在数据由低密级网向高密级网传输的过程,也存在高密级网向低密级网反馈结果数据的需求。将云创大规模人脸比对机与物理隔离的单向光闸有机结合起来,配合中间缓冲服务器进行跨密级网间部署,既能够保障信息数据的单向传输安全性,又能够充分利用内网中特征对比一体机的高效比对处理能力支撑前端识别业务系统,实现数据的安全交互与应用。

    应用场景

    1.公安部门

    治安巡逻筛查、刑侦技侦比对、敏感人员布控等

    2.识别技术厂商

    大规模识别场景增速、多识别算法融合等

    3.交通管理

    车辆结构化特征识别比对、路况结构化特征识别比对等

    展开全文
  • Excel比对辅助工具使用说明书 1、 程序安装 双击前面图标可执行文件,可以直接运行使用。...6. 保存比对结果,错误位置(单元格)填充颜色(黄)批注错误信息; 7. IPAD2主题界面,隐藏式多功能按钮;
  • 智能手机和移动互联网的迅速发展与普及,带来了APP的繁荣,APP能够在一定程度上忽略地域及空间的障碍,整合碎片化的时间及信息,方便、实时地在受众之间进行互动传播。翻开历史的画卷,我们还能看到那些单色显示屏...
  • 2011, 35(4):315-317TXT2DNA: 基于DNA序列的文本编、解码及比对软件系统TXT2DNA是由我们实验室新近设计完成的一个能够将汉字等文本信息编码为DNA序列并可将后者解码还原为文本信息、同时可提供基于DNA序列比对技术...
  • muscle 软件进行多序列比对

    千次阅读 2017-06-27 14:20:00
    今天在使用muscle 软件进行多序列比对时,发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后,终于发现了问题 muscle 为了追求速度,对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话:...
  • 软件本身有部分, 1 socket 通讯,用来传输文件的信息。 2 通过文件信息比对,过滤不需要下载的文件 3 下载文件
  • 在此基础上,根据相似性信息数据识别结果,建立全新的比对矩阵模型,并以此为条件,对检测数据库进行定容处理,实现信息相似性检测系统软件运行环境搭建,结合相关硬件执行结构,完成基于比对矩阵模型的信息相似性...
  • 软件开发及相关活动的基准比对可采用如下3种形式: 1)外部基准比对。持续度量和比对业界领袖组织,从而获得信息来帮助组织采取行动以提高组织性能。 2)内部基准比对。可用于组织内部,允许组织内的不同部门或者...
  • 生物信息_Blast比对_blast

    千次阅读 2012-04-20 19:23:29
    生物信息_Blast比对_blast   先对ref建库 /bin/formatdb -i /dir/ref.fa -p F -o 进行blast比对,输出是m8格式,具体很多参数,参看《常用生物数据分析软件》 /bin/blastall -i input.fa -d /dir/ref.fa -o ...
  • 序列比对是生物信息学分析中的常见任务,包含局部比对和全局比对两大算法,局部比对最经典的代表是blast, 全局比对则用于多序列比对。在biopython中,支持对序列比对的结果进行读写,解析,以及运行序列比对的程序。...
  • MICIC BOM是一款专业的BOM管理软件,解决现代制造业因产品种类多,变化快而带来的产品信息维护复杂,容易出错等种种问题。 MICIC BOM管理系统主要特点 强大的编辑功能:支持BOM、子BOM(零部件)、...
  • 北京大学生物信息学公开课之动态规划进行2序列比对 掌握主流的生物信息学的原理,然后让生物信息学为你所用,,知其道用其妙 对当前流行的软件的分析 主要包括以下几方面 生物信息学分析 来自灵魂的拷问 1....
  • 生物信息学跟计算机一样,更新换代都是比较快的,还不能说当年我们用的经典软件,可能在现代来说已经过时了,因而与时俱进对于生物信息人员来说是很重要的。当我们尝试使用EBI上的在线工具ClustalW2进行比对时,我们...
  • 点击查看往期内容回顾生物信息学初识篇——第一章:生物数据库第二章:序列比对(1)生物序列有自己的书写格式,而且格式很多。不同的处理软件会用到不同的格式,但是最常用的,大多数软件都识别的格式是 FASTA 格式。...
  • 生物安装软件信息

    2019-10-06 22:14:52
    1.SNAP(可伸缩的核苷酸比对程序):https://github.com/chiulab/surpi SNAP是一种快速、准确的短DNA比对器。...2.GenomeTools(gt 通用的开源基因组分析软件):http://genometools.org/index.htm...
  • 常用生物信息软件介绍和文献依据名称简介参考文献备注ALINE?一个产生出版质量比对的“所见即所得”蛋白质-序列比对编辑器HYPERLINK "/index.php?doc-view-4637.html" \o ??AMDA用于自动微阵列数据分析的一个R包...
  • 比对软件介绍 目的:定位Iso-Seq分析得到的全长转录本在基因组中的位置,从而得到转录本结构和可变剪切等信息。 推荐比对软件:GMAP,minimap2,deSALT 参考网址:...
  • 主要内容 ...blast作为一种序列相似性比对工具,是生物信息分析最常用的一款软件,必须掌握。不管是做两序列相似性的简单比对,还是引物特异性、序列的来源等个性化分析,都会用到blast比对。许...
  • 生物信息百Jia软件(九):Mummer

    千次阅读 2019-08-05 19:44:56
    mummer具有一定的历史了,应该最早发表于1999年,是最早的全局比对软件,因为之前序列都比较短,以局部比对软件为主。mummer的出现,让我们第一次能够比较到不同物种两个完整基因组之间的差别。mummer里面的小工具...
  • 欢迎订阅WX众号:基因学苑,更多精彩内容等你发掘! 基因学苑Q群:32798724 通哥点评 clustalW是一款经典的多序列比对工具,在高...是一款需要掌握的生物信息工具。 一、功能分类: 多序列比对 二、软件官网: http...
  • 前言这是继从零开始生物信息学的的下一个学习模块,主要介绍近年来生物信息和深度学习领域的一些卓越的发展,今天,主要介绍DeepVariant是由谷歌Google基于深度卷积神经网络开发的一款突变检测软件,在2016 ...
  • 网站信息__软件下载

    2017-10-21 08:41:00
    软件下载一:...谷歌浏览器版本和驱动器配套比对及chromeDriver的下载 http://chromedriver.storage.googleapis.com/index.html 转载于:https://www.cnblogs.com/wujianbo123/p/7703571.html...
  • 现在的软件更新实在太快了,光是转录组用来比对软件就有很多,bowtie, tophat,star,现在又有hisat以及hisat2,这款软件居然不叫tophat3。又得重新学习,好在万变不离其宗,短序列比对如何变化,都离不开基本的...
  • blat也是学习生物信息需要掌握的一款工具。blat与blast其实是不同的,虽然都是局部比对工具,但是blat实现了“多对一”的比对,也就是能将不同的外显子定位到同一个基因上。我喜欢blat可以输出多种比对格式结果的...
  • 生物信息学常见的应用与软件PPT 序列数据的保存格式与相关数据库资源 在数据库中进行序列相似性搜索 多序列比对 进化树构建与分子进化分析 Motif的寻找与序列的模式识别 RNA二级结构,蛋白质二、三级结构的预测 基因...

空空如也

空空如也

1 2 3 4 5 ... 16
收藏数 312
精华内容 124
关键字:

信息比对软件