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  • 文献管理与信息分析

    千次阅读 2019-09-07 22:48:36
    文献管理与信息分析搜索引擎使用1.谷歌百度的高级搜索功能 中国大学慕课-罗昭锋 搜索引擎使用 1.谷歌百度的高级搜索功能


    中国大学慕课-罗昭锋

    一、搜索引擎使用

    1.谷歌百度的高级搜索功能

      (1)百度
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      (2)谷歌
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    2.命令搜索

      (1)常用命令
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      (2)site命令
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      (3)Filtetype使用及Filetype,site结合使用
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      (4)部分应用举例
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    3.图片搜索

      (1)搜图工具,google支持命令搜索图片
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      (2)以图搜图
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    4.语音搜索

    5.本地搜索工具Everything

      熟悉菜单栏,易上手使用,非常方便的进行本地搜索!
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    二、RSS-同步世界最新资讯

    1.RSS的意义及使用

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      推荐中间,注册即可使用,有移动端和网页版
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      推荐订阅:小木虫科研工具、科学网
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    2.订阅科技文献

      操作方法:视频最后

    三、为知笔记和思维导图

    1.为知笔记

    2.思维导图

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    3.快速学习某个主题知识的步骤

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    四、十大信息源及图书馆资源

    1.科研常用的十大信息源

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    国家科技报告服务系统国家自然科学基金:查询立项项目
    产品资料查询:命令搜索
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    2.文献调研起步

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    3.校内图书馆数据库资源使用

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    五、文献数据库

    1.数据库导航-应该了解的数据库

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    2.数据库使用(Web of Science)

    (1)Web of Science检索技巧
      用的不多
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    (2)插件技巧-辅助查找全文
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      小知识-期刊影响因子、h-index(h因子)
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    (3)基本操作界面
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      创建关键词跟踪,RSS订阅
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    3.前沿在哪里

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    六、文献管理软件EndNote使用

      手把手教你使用EndNote X9.pdf

    1.软件学习的万用思路

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    2.信息输入-导入文献

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      PDF导入识别信息不全:复制标题到Reference,右键更新Reference。
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      自动导入某文件夹的PDF
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    3.EndNote的功能

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      (1)去除重复文献
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      (2)排序:星标,作者名,年份等
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      (3)智能分组
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      (4)分享
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      (4)分析
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    4.编辑参考文献

      导入参考文献的四种方法
      (1)EndNote中操作:打开word定位光标,EndNote中选择文献插入
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      (2)Word中操作:EndNote中选择文献,打开word定位光标,插入。
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      (3)复制粘贴:EndNote中选择复制,word中粘贴
      (4)拖拽:EndNote中选择,拖到word中指定位置
      特殊格式:某作者说、网站下载其他格式
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      投稿之前转为plain text
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      编辑参考文献格式
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      EndNote中添加图片附件,word中插入,可以编号,自动修改图片位置等等。
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    5.高效阅读文献及高效的文献调研

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    七、快速锁定核心文献(HistCite)

    1.HistCite的功能

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    2.HistCite的使用(当前仅支持Web of Science)

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      (1)第一步,数据下载
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      (2)第二步,数据导入
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      (3)第三步,作图分析
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    3.HistCite pro使用

      开发者使用说明
      Web of Science核心合集,搜索结果导出“其他文件格式”,一次500条,“全记录与引用的参考文献”,“纯文本”,把所有txt放大HistCite pro的TXT文件夹下,运行main。
      重要参数
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      分析出开创性无关键词的文献
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      如果打开有误,进行下列操作
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      选择重要文献导入到EndNote
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    后缀修改为txt,导入EndNote
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      其他参数
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      一般建议:导出LCS高的30篇,LCR高的10篇,遗漏文献添加

    八、创新

    1.江雷院士“原创科研选题的八条原则”

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    2.科研选题的来源

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    3.老师的一些选题经验:

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    九、问题解决与头脑风暴

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    1.三种问题的解决及原则

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    2.问题解决的思路及科研问题解决方案

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    3.反馈式学习

      骑自行车,反馈明确。打台球,不进,找正确原因,错误原因不会对水平进步影响。1w小时能不能成为专家,关键在于找到正确问题并不断改进!
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    4.头脑风暴

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    5.NoteExpress(适合中文文献管理)

    6.一起写(多人共享协作平台)

    十、六顶思考帽与课程总结

    1.六顶思考帽

      (1)常见思维误区
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      (2)常见思维方法
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      (3)学习思维方法的必要性
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      (4)六顶思考帽的使用和应用
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    2.课程总结

      (1)快速学习能力
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      (2)快速学习能力
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      (3)创新思维的能力
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    3.个人感想和赠言

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  • 比较基因组学常用分析软件和分析方法 (1)同源基因的查找 OrthoMCL or Orthofinder; (2)多序列比对 Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee, Muscle 效果好点 (3)调取保守区域,并收尾连接,形成supergene ...

    比较基因组学常用分析软件和分析方法

    (1)同源基因的查找

    OrthoMCL or Orthofinder;

    (2)多序列比对

    Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee, Muscle 效果好点

    (3)调取保守区域,并收尾连接,形成supergene

    Gblocks

    (4)进化树构建

    RaxML MEGA 等, 很多文献用RaxML,PhyML或Mrbayes,因为ML树和贝叶斯进化树对核苷酸 / 氨基酸替代模型的选择非常敏感,故在进行进化树或分化时间构建之前,需对核苷酸 / 氨基酸替代模型进行选择。(jModelTest 对cDNA进行替代模型选择,ProtTest 对蛋白进行替代模型选择)

    构建树的教程:https://www.yuque.com/wusheng/gw7a9p/mcc73y

    (5)分化时间分析 divergence time

    mcmctree. PAML中的一个程序, BEAST2

    (6)基因扩张收缩分析

    CAFE

    (7)基因是否收到正选择

    codeML PAML中一个程序

    https://zhuanlan.zhihu.com/p/39992256

    一、为什么需要选择核苷酸替换模型

    构建进化树可以通过同源 DNA序列或蛋白质分子的氨基酸序列来实现,其具体的步骤基本上是先选取生物数据(同源 DNA 序列或蛋白质分子的氨基酸序列数据)与进化距离模型,然后对不同物种DNA 或蛋白质的序列进行比对,再应用距离模型和比对结果计算进化距离,最后通过进化距离构建进化树。

    因此,选择进化距离模型是构建进化树的基础,DNA分子中基因的进化距离是通过对核苷酸替代数进行估计获得的(当遗传信息从父代复制到子代时,往往会发生一些改变,这些改变称为突变。突变是DNA进化的动力。常见的突变模式有:替代,即一个核苷酸被另一个核苷酸所替代;插入,即插入一个或多个核苷酸;删除,即删除一个或多个核苷酸。但是在分析进化时,一般只考虑替代。),要估计核苷酸替代数,就必须应用核苷酸替代的数学模型。由于核苷酸替换模型的选择直接影响进化距离的计算,进而对所构建的系统树是否合理起决定作用。即本文中核苷酸替换模型选择的问题?

    二、核苷酸替换模型的选择

    选择模型涉及两个主要问题,一是采用什么标准判断模型与数据拟合好坏的问题,二是采用什么方法计算选择模型的目标函数。对于第一个问题,目前提出的方法有似然率检验、AIC信息标准(information criteria)、贝叶斯因子(BIC标准)和决策论法等。对于第二个问题,目前主要采用最大似然法和贝叶斯法两种方法计算模型在给定数据集和系统树上的似然值。

    有了核苷酸替代模型,我们就可以计算进化距离。在同一替代模型中,对核苷酸替代速率做不同假设就会得到不同的进化距离(不同的进化距离构建得到不同的进化树),常用的进化距离包括: p距离、替代率为常数的d 距离、替代数服从 [公式] 分布的 [公式] 距离 [公式] 。最后就可以通过进化距离构建系统树。目前比较常用的替代模型包括:JC69模型、K80模型、F81模型、TN93模型。由于核苷酸替换模型的选择直接影响进化距离的计算,进而对所构建的系统树是否合理起决定作用。

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  • 16种常用的数据统计分析方法汇总

    万次阅读 2019-04-24 16:43:00
    经常会有朋友问到一个朋友,数据分析常用分析方法有哪些,我需要学习哪个等等之类的问题,今天数据分析精选给大家整理了十六种常用的数据分析方法,供大家参考学习。 (注:这些统计分析方法基本都是统计学的方法...

    经常会有朋友问到一个朋友,数据分析常用的分析方法有哪些,我需要学习哪个等等之类的问题,今天数据分析精选给大家整理了十六种常用的数据分析方法,供大家参考学习。

    注:这些统计分析方法基本都是统计学的方法,统计学专业的同学对此应该都非常熟悉

    一、描述统计

    描述性统计是指运用制表和分类,图形以及计筠概括性数据来描述数据的集中趋势、离散趋势、偏度、峰度。

    1、缺失值填充:常用方法:剔除法、均值法、最小邻居法、比率回归法、决策树法。

    2、正态性检验:很多统计方法都要求数值服从或近似服从正态分布,所以之前需要进行正态性检验。常用方法:非参数检验的K-量检验、P-P图、Q-Q图、W检验、动差法。

    二、假设检验

    1、参数检验

    参数检验是在已知总体分布的条件下(一股要求总体服从正态分布)对一些主要的参数(如均值、百分数、方差、相关系数等)进行的检验 。

    1)U验   使用条件:当样本含量n较大时,样本值符合正态分布

    2)T检验 使用条件:当样本含量n较小时,样本值符合正态分布

    A  单样本t检验:推断该样本来自的总体均数μ与已知的某一总体均数μ0 (常为理论值或标准值)有无差别;

    B  配对样本t检验:当总体均数未知时,且两个样本可以配对,同对中的两者在可能会影响处理效果的各种条件方面扱为相似;

    C 两独立样本t检验:无法找到在各方面极为相似的两样本作配对比较时使用。

    2、非参数检验

    非参数检验则不考虑总体分布是否已知,常常也不是针对总体参数,而是针对总体的某些一股性假设(如总体分布的位罝是否相同,总体分布是否正态)进行检验。

    适用情况:顺序类型的数据资料,这类数据的分布形态一般是未知的。

    A 虽然是连续数据,但总体分布形态未知或者非正态;

    B 体分布虽然正态,数据也是连续类型,但样本容量极小,如10以下;

    主要方法包括:卡方检验、秩和检验、二项检验、游程检验、K-量检验等。

    三、信度分析

    检査测量的可信度,例如调查问卷的真实性。

    分类:

    1、外在信度:不同时间测量时量表的一致性程度,常用方法重测信度

    2、内在信度;每个量表是否测量到单一的概念,同时组成两表的内在体项一致性如何,常用方法分半信度。

    四、列联表分析

    用于分析离散变量或定型变量之间是否存在相关。

    对于二维表,可进行卡方检验,对于三维表,可作Mentel-Hanszel分层分析。

    列联表分析还包括配对计数资料的卡方检验、行列均为顺序变量的相关检验。

    五、相关分析

    研究现象之间是否存在某种依存关系,对具体有依存关系的现象探讨相关方向及相关程度。

    1、单相关: 两个因素之间的相关关系叫单相关,即研究时只涉及一个自变量和一个因变量;

    2、复相关 :三个或三个以上因素的相关关系叫复相关,即研究时涉及两个或两个以上的自变量和因变量相关;

    3、偏相关:在某一现象与多种现象相关的场合,当假定其他变量不变时,其中两个变量之间的相关关系称为偏相关。

    六、方差分析

    使用条件:各样本须是相互独立的随机样本;各样本来自正态分布总体;各总体方差相等。

    分类

    1、单因素方差分析:一项试验只有一个影响因素,或者存在多个影响因素时,只分析一个因素与响应变量的关系

    2、多因素有交互方差分析:一顼实验有多个影响因素,分析多个影响因素与响应变量的关系,同时考虑多个影响因素之间的关系

    3、多因素无交互方差分析:分析多个影响因素与响应变量的关系,但是影响因素之间没有影响关系或忽略影响关系

    4、协方差分祈:传统的方差分析存在明显的弊端,无法控制分析中存在的某些随机因素,使之影响了分祈结果的准确度。协方差分析主要是在排除了协变量的影响后再对修正后的主效应进行方差分析,是将线性回归与方差分析结合起来的一种分析方法,

    七、回归分析

    分类:

    1、一元线性回归分析:只有一个自变量X与因变量Y有关,X与Y都必须是连续型变量,因变量y或其残差必须服从正态分布。

    2、多元线性回归分析

    使用条件:分析多个自变量与因变量Y的关系,X与Y都必须是连续型变量,因变量y或其残差必须服从正态分布 。

    1)变呈筛选方式:选择最优回归方程的变里筛选法包括全横型法(CP法)、逐步回归法,向前引入法和向后剔除法

    2)横型诊断方法:

    A 残差检验: 观测值与估计值的差值要艰从正态分布

    B 强影响点判断:寻找方式一般分为标准误差法、Mahalanobis距离法

    C 共线性诊断:

    • 诊断方式:容忍度、方差扩大因子法(又称膨胀系数VIF)、特征根判定法、条件指针CI、方差比例
    • 处理方法:增加样本容量或选取另外的回归如主成分回归、岭回归等

    3、Logistic回归分析

    线性回归模型要求因变量是连续的正态分布变里,且自变量和因变量呈线性关系,而Logistic回归模型对因变量的分布没有要求,一般用于因变量是离散时的情况

    分类:

    Logistic回归模型有条件与非条件之分,条件Logistic回归模型和非条件Logistic回归模型的区别在于参数的估计是否用到了条件概率。

    4、其他回归方法 非线性回归、有序回归、Probit回归、加权回归等

    八、聚类分析

    样本个体或指标变量按其具有的特性进行分类,寻找合理的度量事物相似性的统计量。

    1、性质分类:

    Q型聚类分析:对样本进行分类处理,又称样本聚类分祈 使用距离系数作为统计量衡量相似度,如欧式距离、极端距离、绝对距离等

    R型聚类分析:对指标进行分类处理,又称指标聚类分析 使用相似系数作为统计量衡量相似度,相关系数、列联系数等

    2、方法分类:

    1)系统聚类法: 适用于小样本的样本聚类或指标聚类,一般用系统聚类法来聚类指标,又称分层聚类

    2)逐步聚类法 :适用于大样本的样本聚类

    3)其他聚类法 :两步聚类、K均值聚类等

    九、判别分析

    1、判别分析:根据已掌握的一批分类明确的样品建立判别函数,使产生错判的事例最少,进而对给定的一个新样品,判断它来自哪个总体

    2、与聚类分析区别

    1)聚类分析可以对样本逬行分类,也可以对指标进行分类;而判别分析只能对样本

    2)聚类分析事先不知道事物的类别,也不知道分几类;而判别分析必须事先知道事物的类别,也知道分几类

    3)聚类分析不需要分类的历史资料,而直接对样本进行分类;而判别分析需要分类历史资料去建立判别函数,然后才能对样本进行分类

    3、进行分类 :

    1)Fisher判别分析法 :

    以距离为判别准则来分类,即样本与哪个类的距离最短就分到哪一类, 适用于两类判别;

    以概率为判别准则来分类,即样本属于哪一类的概率最大就分到哪一类,适用于

    适用于多类判别。

    2)BAYES判别分析法 :

    BAYES判别分析法比FISHER判别分析法更加完善和先进,它不仅能解决多类判别分析,而且分析时考虑了数据的分布状态,所以一般较多使用;

    十、主成分分析

    将彼此梠关的一组指标变适转化为彼此独立的一组新的指标变量,并用其中较少的几个新指标变量就能综合反应原多个指标变量中所包含的主要信息 。

    十一、因子分析

    一种旨在寻找隐藏在多变量数据中、无法直接观察到却影响或支配可测变量的潜在因子、并估计潜在因子对可测变量的影响程度以及潜在因子之间的相关性的一种多元统计分析方法

    与主成分分析比较:

    相同:都能够起到済理多个原始变量内在结构关系的作用

    不同:主成分分析重在综合原始变适的信息.而因子分析重在解释原始变量间的关系,是比主成分分析更深入的一种多元统计方法

    用途:

    1)减少分析变量个数

    2)通过对变量间相关关系探测,将原始变量进行分类

    十二、时间序列分析

    动态数据处理的统计方法,研究随机数据序列所遵从的统计规律,以用于解决实际问题;时间序列通常由4种要素组成:趋势、季节变动、循环波动和不规则波动。

    主要方法:移动平均滤波与指数平滑法、ARIMA横型、量ARIMA横型、ARIMAX模型、向呈自回归横型、ARCH族模型

    十三、生存分析

    用来研究生存时间的分布规律以及生存时间和相关因索之间关系的一种统计分析方法

    1、包含内容:

    1)描述生存过程,即研究生存时间的分布规律

    2)比较生存过程,即研究两组或多组生存时间的分布规律,并进行比较

    3)分析危险因素,即研究危险因素对生存过程的影响

    4)建立数学模型,即将生存时间与相关危险因素的依存关系用一个数学式子表示出来。

    2、方法:

    1)统计描述:包括求生存时间的分位数、中数生存期、平均数、生存函数的估计、判断生存时间的图示法,不对所分析的数据作出任何统计推断结论

    2)非参数检验:检验分组变量各水平所对应的生存曲线是否一致,对生存时间的分布没有要求,并且检验危险因素对生存时间的影响。

    A 乘积极限法(PL法)

    B 寿命表法(LT法)

    3)半参数横型回归分析:在特定的假设之下,建立生存时间随多个危险因素变化的回归方程,这种方法的代表是Cox比例风险回归分析法

    4)参数模型回归分析:已知生存时间服从特定的参数横型时,拟合相应的参数模型,更准确地分析确定变量之间的变化规律

    十四、典型相关分析

    相关分析一般分析两个变里之间的关系,而典型相关分析是分析两组变里(如3个学术能力指标与5个在校成绩表现指标)之间相关性的一种统计分析方法。

    典型相关分析的基本思想和主成分分析的基本思想相似,它将一组变量与另一组变量之间单变量的多重线性相关性研究转化为对少数几对综合变量之间的简单线性相关性的研究,并且这少数几对变量所包含的线性相关性的信息几乎覆盖了原变量组所包含的全部相应信息。

    十五、R0C分析

    R0C曲线是根据一系列不同的二分类方式(分界值或决定阈).以真阳性率(灵敏度)为纵坐标,假阳性率(1-特异度)为横坐标绘制的曲线

    用途:

    1、R0C曲线能很容易地査出任意界限值时的对疾病的识别能力

    用途 ;

    2、选择最佳的诊断界限值。R0C曲线越靠近左上角,试验的准确性就越高;

    3、两种或两种以上不同诊断试验对疾病识别能力的比较,一股用R0C曲线下面积反映诊断系统的准确性。

    十六、其他分析方法

    多重响应分析、距离分祈、项目分祈、对应分祈、决策树分析、神经网络、系统方程、蒙特卡洛模拟等。

     

    参考文献

    http://www.cdadata.com/18530

    转载于:https://www.cnblogs.com/shujuxiong/p/10763234.html

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  • 阅读文献--常用方法总结

    千次阅读 多人点赞 2018-11-14 14:53:33
      总结一[1] (从phd到现在工作半年,发了12篇paper,7篇firstauthor.)  我现在每天还保持读至少2-3篇的...但最重要的自己总结概括这篇文献到底说了什么,否则就是白读,读的时候好像什么都明白,一合上就...

    转自  https://blog.csdn.net/a1456123a/article/details/70833125

     

    总结一[1]

    (从phd到现在工作半年,发了12篇paper,7篇firstauthor.)

             我现在每天还保持读至少2-3篇的文献的习惯。读文献有不同的读法。但最重要的自己总结概括这篇文献到底说了什么,否则就是白读,读的时候好像什么都明白,一合上就什么都不知道,这是读文献的大忌,既浪费时间,最重要的是,没有养成良好的习惯,导致以后不愿意读文献。

        1.每次读完文献(不管是细读还是粗读),合上文献后,想想看,文章最重要的take home message是什么,如果不知道,就从abstract,conclusion里找,并且从discuss里最好确认一下。这样一来,一篇文章就过关了。take home message其实都不会很多,基本上是一些concepts,如果你发现你需要记得很多,那往往是没有读到重点。

        2.扩充知识面的读法,重点读introduction,看人家提出的问题,以及目前的进展 类似的文章,每天读一两篇,一个月内就基本上对这个领域的某个方向有个大概的了解。读好的review也行,但这样人容易懒惰。

        3.为了写文章的读法,读文章的时候,尤其是看discussion的时候,看到好的英文句型,最好有意识的记一下,看一下作者是谁,哪篇文章,哪个期刊,这样以后照猫画虎写的时候,效率高些。比自己在那里半天琢磨出一个句子强的多。当然,读的多,写的多,你需要记得句型就越少。其实很简单,有意识的去总结和记亿,就不容易忘记。

     

    总结二:告诉研究生怎么看文献,怎么写论文[1]

    一、先看综述

        先读综述,可以更好地认识课题,知道已经做出什么,自己要做什么,还有什么问题没有解决。

        对于国内文献一般批评的声音很多.但它是你迅速了解你的研究领域的入口,在此之后,你再看外文文献会比一开始直接看外文文献理解的快得多。而国外的综述多为本学科的资深人士撰写,涉及范围广,可以让人事半功倍。

    二、有针对地选择文献

        针对你自己的方向,找相近的论文来读,从中理解文章中回答什么问题,通过哪些技术手段来证明,有哪些结论?从这些文章中,了解研究思路,逻辑推论,学习技术方法。

        1.关键词、主题词检索:

        关键词、主题词一定要选好,这样,才能保证你所要的内容的全面。因为,换个主题词,可以有新的内容出现。

        2.检索某个学者:

        查SCI,知道了某个在这个领域有建树的学者,找他近期发表的文章。

        3.参考综述检索:

        如果有与自己课题相关或有切入点的综述,可以根据相应的参考文献找到那些原始的研究论文

        4.注意文章的参考价值:

        刊物的影响因子、文章的被引次数能反映文章的参考价值。但要注意引用这篇文章的其它文章是如何评价这篇文章的

    三、如何阅读文献

        1.注重摘要:摘要可以说是一个论文的窗口。多数文章看摘要,少数文章看全文。真正有用的全文并不多,过分追求全文是浪费,不可走极端。当然只看摘要也是不对的。多数文章题目、摘要简单浏览后,直接把几个Figure及Title与legend一看,一般能掌握大部分。

        2.通读全文:读第一遍的时候一定要认真,争取明白每句的大意,能不查字典最好先不查字典。因为读论文的目的并不是学英语,而是获取信息,查了字典以后思维会非常混乱,往往读完全文不知所谓。可以在读的过程中将生字标记,待通读全文后再查找其意思。

        3.归纳总结:较长的文章,容易遗忘。好在虽然论文的句子都长,但每段的句数并不多,可以每一段用一个词组标一个标题。

        4.确立句子的架构,抓住主题:

        读英文原版文献有窍门的。我们每个单词都认识读完了却不知他在说什么,这是最大的问题。在阅读的时候一定要看到大量的关系连词,他们承上启下引领了全文。中国人喜欢罗列事实,给出一个观点然后就是大量的事实,这也是中文文献的特点,我们从小都在读这样的文章,很适应。西方人的文献注重逻辑和推理,从头到尾是非常严格的,就像GRE里面的阅读是一样的,进行的是大量重复、新旧观点的支持和反驳,有严格的提纲,尤其是好的杂志体现得越突出。读每一段落都要找到他的主题,往往是很容易的,大量的无用信息可以一带而过,节约你大量的宝贵时间和精力。

        5.增加阅读量:

        由于刚刚接触这一领域,对许多问题还没有什么概念,读起来十分吃力,许多内容也读不懂。后来随着阅读量的增加,最后可以融汇贯通。所以,对新手而言,应当重视阅读文献的数量,积累多了,自然就由量变发展为质变了。

    四、提高阅读的效率

        1.集中时间看文献:

        看文献的时间越分散,浪费时间越多。集中时间看更容易联系起来,形成整体印象。

        2.做好记录和标记:

        复印或打印的文献,直接用笔标记或批注。pdf或html格式的文献,可以用编辑器标亮或改变文字颜色。这是避免时间浪费的又一重要手段。否则等于没看。

        3.阅读顺序:

        根据阅读目的选择合适的顺序。一般先看abstract、introduction,然后看discussion,最后看result和method(结合图表)。

     

    五、文献的整理

        1.下载电子版文献时(caj,pdf,html),把文章题目粘贴为文件名(文件名不能有特殊符号)

        2.不同主题存入不同文件夹。文件夹的题目要简短,如:PD,LTP,PKC,NO。

        3.看过的文献归入子文件夹,最起码要把有用的和没用的分开。

        4.重要文献根据重要程度在文件名前加001,002,003编号,然后按名称排列图标,最重要的文献就排在最前了。而且重要文献要注意追踪。运气好,你可以得到更多的线索;运气不好,发现别人抢先了。据此修正你的实验。

     

    六、英文文章写作 (阅读文献的副产品)

        1.平时阅读文献,注意总结常用句型和常用短语(注意,文献作者必须是以英文为母语者,文献内容要与你的专业有关)。

        2.找3-5篇技术路线和统计方法与你的课题接近的文章,精读。

     

    总结三[1]

        本人英语基础不好,没过六级,所以在硕士的时候基本上看的外文文献很少,现在想想很后悔,2年的时间少学了很多东西。上了博士,自己给自己的定位也高一些了,开始打算硬着头皮咬着牙很不情愿的也要多看些外文文献,一开始看比较慢,有些很难理解,到现在大约仔细阅读了100篇外文文献,泛读了100篇外文文章,受益匪浅,现在基本不怎么看中文的了,确实也觉得外文的质量就是高(也有凑数的烂文章),现在自己写外文的也很顺手了。谈几点自己的体会。我是材料专业的。

        1.先找5篇跟自己论文最相关的外文文章,花一个月的时间认认真真的看,反复看,要求全部读懂,不懂的地方可以和同学和老师交流一下。一个月以后你已经上路了。

        2.如何读标题:不要忽视一篇论文的标题,看完标题以后想想要是让你写你怎么用一句话来表达这个标题,根据标题推测一下作者论文可能是什么内容。有时候一句比较长的标题让你写,你可能还不会表达。下次你写的时候就可以借鉴了。

        3.如何读摘要:快速浏览一遍,这里主要介绍这篇文章做了些什么。也许初看起来不好理解,看不懂,这时候不要气馁,不管它往下看,等你看完这篇文章的时候也许你都明白了。因为摘要写的很简洁,省略了很多前提和条件,在你第一眼看到摘要而不明白作者意图的时候看不懂是正常的。

        4.如何读引言(前言):当你了解了你的研究领域的一些情况,看引言应该是一件很容易的事情了,都是介绍性的东西,写的应该都差不多,所以看文献多了以后看这部分的内容就很快了,一扫而过。有些老外写得很经典得句子要记下了,下次你写就可以用了。

        5.如何读材料及试验:当你文献看多了以后,这部分内容也很简单了,无非就是介绍试验方法,自己怎么做试验的。很快就能把它看完了吧。

        6.如何看实验结果:看结果这部分一定要结合结果中的图和表看,这样看的快。主要看懂实验的结果,体会作者的表达方法(例如作者用不同的句子结构描述一些数字的结果)。有时看完以后再想想:就这么一点结果,别人居然可以大篇幅的写这么多,要是我可能半页就说完了?

        7.如何看分析与讨论:这是一篇文章的重点,也是最花时间的。我一般把前面部分看完以后不急于看分析讨论。我会想要是我做出来这些结果我会怎么来写这部分分析与讨论呢?然后慢慢看作者的分析与讨论,仔细体会作者观点,为我所用。当然有时候别人的观点比较新,分析比较深刻,偶尔看不懂也是情理之中。当你看的多了,你肯定会看的越来越懂,自己的idea越来越多。

        8.如何看结论:这个时候看结论就一目了然了,作后再反过去看看摘要,其实差不多

        9.把下载的论文打印出来,根据与自己课题的相关性分三类,一类要精读,二类要泛读,三类要选择性的读。分别装订在一起。

        10.看完的文献千万不要丢在一边不管,3-4个月一定要温习一遍,可以根据需要,对比自己的实验结果来看。

        11.学会记笔记,重要的结论,经典的句子,精巧的实验方案一定要记下来,供参考和学习

        12.有些实验方法相同,结论不同的文献,可以批判性的阅读。我想要是你自己做实验多的话,你应该有这个能力判断谁的更对一点。出现试验方法相同,结论不同的原因有下:实验方法描述不详细,可能方法有差别;实验条件不一样;某些作者夸大结果,瞎编数据。

        13.有时间还是多看点文献吧,最好定个目标:在学术上超过自己的老板。因为老板一般不看文献,他们都是凭经验做事,很多新东西他们都不知道,慢慢的你老板会觉得你很厉害

    反正我觉得多读了,读起来就快了,而且也会慢慢喜欢上看外文文献,收获自然也就多了。

     

    总结四:研究生如何做文献阅读笔记? [2]

             1.阅读文献,要力求对一个方面或一个主题,或者一个概念的历史发展都要搞清楚,清楚来龙去脉。文献有新有旧,有些学科或专题文献的半衰期很长,经典文献的阅读是很重要的,只下载几篇新文献是很难理解全貌的。

             2.要有意识阅读大家的文献,阅读某个领域或专题中程碑式的文献或文献综述。这些文献对于初学者了解一个学科或领域的发展很有帮助,对于某个阶段的重要文献提供了一个查找的捷径。从中可以很快了解一些相关理论和学说、重要结果的进展。

             3.要善于分析本领域一些代表性学者的论文,通过分析这些引领学科或领域发展的科学家的论文目录,同样可以看到他(她)个人研究兴趣和研究生涯的发展,以及他(她)所领导的研究团队的发展过程。

             4.最好不要看中文的文献。我从来没有看过中文的文献,可能有一个原因是我这个方向国内作的很少。我个人觉得中文的文献有很多漏洞甚至错误的地方,作为科普读物可能还算合格。但是作为一种参考好像是不太合适。

             5.看英文的文献不要怕难,要坚持下去。两三天才能看完一篇文献。我刚开始的时候坚信的“书读百遍,其意自现”,但是我后来发现是我一直在原地踏步。后来我发现我思考的结果是没有结果。于是我就再看另外的文献,就这样慢慢走来,速度越来越快。后来我发现我以前不会的东西差不多都明白了。我觉得《劝学》里面的一句话“吾尝终日而思矣,不如须臾之所学也”是多么的正确了。

             6.看文献要多多益善。我以前看到有的同学问看文献要看多少?我的回答是多多益善。试想一篇文献至少要有三两可取之处,看得多了你的水平自然就上来了。我自己从研一就开发新方向,没有什么人能帮助我,我靠的只有文献。我还记得我那半年每天至少3-5篇文献,后来略有小成。我师兄更牛--每天三篇文献。现在他才博士二年级(硕士读了两年),很多方面超过了我们老板,要知道我们老板也是 973首席!他现在体系是自己找的,这半年发了两篇 PRB(做物理的同学知道这个不是很容易的)、一篇 JPCM,其中 JPCM 被评为06年100 篇最佳文章之一,供全世界免费下载一年。他告诉我这些成果很多都是看文献得来的,其中包括做东西的思路写文章的英文表述等等。

             7.要批判的看文献。随着时间的增长,文献看得越来越多,我们会发现很多文献彼此是矛盾的。很多人不知道怎么办?这个就要要求我们要批判的看文献--用审稿人的眼光看他。他有那些可取之处,哪些不好。我们也不能极其推崇一个观点,要思考一下为什么有人支持另外的观点。忘记谁说的,比较牛的科研人员是能够同时容纳两种相左观点的人。这样我们才能学到更多的东西。

             6.阅读任何文献或专著,一定要记录清楚文献题目、出处、作者、发表年代、期卷、页码等等信息,这些信息是以后引文时必须的,不要嫌麻烦,如作者栏目是需要将所有作者都要记录全的。

             7.有些重要文献需要精读,读几遍是不行的,要很熟悉。这类文献在不同时期读有不同时期的理解,如开题阶段,可能比较注重某个方向或领域的理论和观点、实验方法和技术手段;在实验阶段,可能比较注意进行结果之间的比较,根据文献结果和变化规律,对自己的结果进行一些趋势预测;在论文写作阶段,可能会比较关注结果分析、理论学说的验证等等。与之相应,多数文献是需要泛读的,可能只需要读读题目,可能只看看摘要,也可能只浏览一下图表等等。

             8.要重视论文的题目和摘要,这是很重要和简洁、精炼的信息。一篇论文的精华部分都在这里了。

             9.阅读文献和专著是需要积累的,要坚持不懈,多研究和教学工作恐怕一生都要坚持阅读新文献和著作。读文献有个量变到质变的过程,阅读量大了,积累多了,需要总结的方面就多了。这样日久天长,通过知识的整合,知识框架会逐渐完善,自己肚子里的“货”就会感觉逐渐充实起来了,用和取的时候就会很自如。

             10.从初学者到专家的转变,只要有心,只是一个时间问题。信息就是资源,知识就是信息的积累和过滤、整合。无论参加学术会议,还是讨论会,有些人说了很多,占用很多时间,但你会感觉没有多少新的信息或知识,但有些人一开口,话不多,你马上就会感觉到人家肚子里知识的储存量,激烈争论的氛围,会立即安静下来,听众会被吸引,这就是所谓的专家了。专家不是万金油。博士毕业后,都应该成为一个领域的专家。再磨练积累几年,就一定会是名副其实的专家了。

     

    总结五:文献阅读与科研训练[3]

             下面言归正传,开始“文献阅读”专题的探讨。我把本次专题讨论的题目定为“文献阅读与科研训练”,内容主要针对硕士研究生,希望对在座的博士新生也会有所帮助。我主要讲三点:文献阅读的重要性与必要性,文献阅读的基本技巧,以及文献阅读需要注意的几点事项。

    (一)文献阅读的重要性与必要性

             研究生3年需要学习和培训的内容主要包括:基本礼仪与学术规范,基本实验技能(包括湿、干实验),阅读与写作能力,报告与答辩能力,提炼问题和解决问题的能力。其中,在研究生学习、研究过程中,文献阅读是一项必须掌握的基本技能,它几乎融汇于研究生培养的各个主要环节,与研究生各项能力的发展都有着直接或间接的关系。文献阅读能力的培养很重要!

             我们为什么要阅读文献?这个看似简单的问题你也许无法回答全面。其实,我也回答不全,这里我只能根据我多年来的体会简单地谈谈文献阅读的重要性与必要性。从大的方面讲,当代科学研究早已不同于牛顿、达尔文时代,从零(空白)建立科学大厦的可能性基本为零,我们从事的每一项研究都只能建立在前人的基础上。如果我们想要在科研上有所建树,我们必须站在巨人肩膀上才行。如果你没有大量文献阅读的积累,你肯定爬不上巨人的肩膀,更谈不上站在巨人的肩膀上采摘硕果或仰望星空。从小的方面来说,通过读文献可以让你充分了解研究小方向上的历史发展和前沿动态,能粗略判断自己的研究大致处于什么位置。人们常说,基础研究只有第一,没有第二,从科学研究的角度来看,每一项基础研究都应该是独一无二的,或多或少都是独特的。如果文献调研不充分,你就无法做出独特的研究。所以,文献阅读的一个作用是避免重复选题,避免重复研究。在研究生期间,文献阅读最直接的作用是模仿学习,在阅读中仔细体会别人论文的行文思路,既包括语言文字、句式的组织,也包括论文逻辑结构的组织和表达。此外,文献阅读可以体会如何提炼科学问题、如何解决科学问题等,在思维方式、研究方法等各个方面都能得到最直接的训练。这些就是我对文献阅读的重要性和必要性的理解。

    (二)文献阅读的基本技巧

             对于硕士新生,你们首先面临的问题就是如何提高阅读速度和理解能力。遗憾的是,我不能给你提供快速提升阅读速度和理解能力的捷径,我个人认为也没有什么捷径。具有四、六级水平不能保证一开始就能顺利阅读专业英文文献,因为专业文献有它自己的特点。掌握一定的专业词汇量、熟悉专业文献的特点,当你翻过这个门槛后,你就会发现专业文献的阅读其实很简单,相比于很多其他类型的英文文章,专业文献的阅读反而更为容易。这个过程你必须自己亲自经历,这是一个逐步提高的过程。下面给你们提供一些建议,你们可以选择性地采纳。

             文献阅读的第一个阶段就是跨门槛阶段,这个阶段你的阅读速度可能很慢,可能无法理解文章的全部内容,不要紧,这是正常现象,你要做的就是坚持去读。不过,我的建议是,刚开始阅读的文献最好是你导师提供给你的经典、高质量的文献,因为开始阅读必然是一种细嚼慢咽的精读,这些文献会给你留下经久难忘的印象,如果文献质量太差会给你造成不良的影响。

             当你跨过文献阅读的门槛后,建议你根据不同的目的,对不同的文献采取不同的阅读方法。跟你课题直接相关的高质量文献依然要采用精读的方式,对于其他更多的文献,建议采用泛读的方式。泛读就是快速浏览,对文章的重点有选择的进行跳读,泛读的目的就是获取信息,只需知道文章的主要发现和结论即可。对于重点文献要采用精读的方式,精读与泛读的本质差别不在于阅读速度的快与慢,而在于你是否将思考融入阅读过程。精读的主要目的是要把文章的内容真正消化掉,要转化为你自己可以运用的东西。我把精读的方式分为三种,它们包括“验证型阅读”、“挑刺型阅读”和“总结归纳型阅读”。

             什么是“验证型阅读”?就是拿到一篇好文章,暂不看文字内容,先把图和表挑出来,你根据图和表的内容想想你来写这篇文章,你会怎么写,包括大的结构框架、组织逻辑,以及如何引入问题,如何进行结果陈述,如何引申出结论等,然后再看作者是怎么做的,反复体会你想的和你看的有哪些不同。当你的想法和作者的雷同程度越来越高,你的水平也在不知不觉之中越来越高。这种“图表——思索——验证”的阅读对提升思维非常有效。你想,当你做实验后得到的就是几个表、几个图,如果有意识地经过了“验证型阅读”的训练,你就会知道该怎么从更高、更好的角度来写你的文章。同样的数据,有的人可以发10.0的文章,有的人可能只能发5.0的文章,为什么有这种差别?这种差别其实就是在平时阅读文献的过程中慢慢积累出来的。

             “挑刺型阅读”是一种更高层次的精读方式。挑刺就是找不足,能挑刺说明你不仅消化了文章的内容,而且还能比作者看得更深、更远。很多高档次杂志经常会刊出针对新文章的评论性短文,这实际上就是一种挑刺型阅读。“挑刺型阅读”可以提供新的研究思路,如果你立志于从事科学研究,撰写课题申请书是必须的能力之一。课题申请最重要的就是有新的idea,“挑刺型阅读”可以为你今后从事科学研究的选题提供良好的训练。

             “归纳总结型阅读”是一种宏观视野下阅读,是对多个“单”研究的归纳性思考,是对本领域的研究现状和发展趋势的总结和把握。每个人都可以总结,但要真正总结到位并对发展趋势进行合理、准确的预测却需要很强的能力,一般初涉研究的硕士很难达到这一水平,往往只有同学们常戏称的“大牛”才能很好地做到这一点。但是,我仍然鼓励你们对你阅读过的文献进行尝试性的总结分析,因为大牛不是天生的,也是从研究生开始慢慢炼出来的。我希望你们当中今后也能出几个大牛,让我们老师也沾沾光,万一大牛不行,出几个中牛也可以。

    另外,我还有几条建议:

    1、泛读与精读相结合;

    2、文献数据库搜索引擎相结合;

    3、对于应用研究和部分应用基础研究,还要结合专利数据库;

    4、杂志论文与书籍、学位论文相结合。

    (三)文献阅读的几点注意事项

    1、高水平的研究基本上都是英文的,所以你们要尽快完成从中文文献到英文文献的过渡;

    2、阅读文献的质量与档次决定你视野的深度与广度,精读必须读高档次的文章;

    3、不要将第一年课程学习与第二、三年截然分开,文献阅读应始于第一年;

    4、注意最新文献与实际实验有1-2年的时间滞后性

    5、忌用文献填充硬盘,不做收藏家;

    6、但是,有用的重点文献还是要分类保存,甚至做好总结和记录。

     

    总结六:文献应该如何整理?[4]

       人的大脑临时存储就像是电脑的内存,因人而异容量有所不同,但总是有限的,而且断电之后就会丢失——大部分人没有过目不忘的本事,没有温故的话,一个星期就会忘记。那么平日积累的文献资料,时间一长,很容易忘记内容,即便是有保存文档,也很容易忘记存放在哪里,即便记得存放在哪里,要寻找出来也是一件非常麻烦的事情——如果记住文件名或文件名的关键词——使用电脑资源管理器的搜索功能还是非常有效的。这样做的前提是,资料不能随便放置,最好是统一放在一个硬盘分区中的一个文件夹里。

        大文件夹中的文件是否应该分类为小文件夹,能分清楚的话,当然是有效的,但是如果分类不清的话,反而增加了查找的麻烦。最近看见有人将所有的文章通过统一重命名放在一个文件夹里,文献命名顺序一般是“作者+时间+文件标题+期刊缩写”。最重要的是作者和时间两项,同一作者的文章和发表日期排序后一目了然,特别是知名作者。这样做的不好首先是很麻烦——当然,比起找不着文献时的折腾应该算是“磨刀不误砍柴功”。其次,这样做没有按照主题分类,有些作者的文章涉及很多研究领域甚至是跨学科研究,很难归类研究主题,而且日久天长,这个文件夹下面的东西太多,寻找也很费劲。所以,把国内外研究知名学者、牛人大家的文章按照第一作者建立文件夹,可能会更方便。

        单纯按照主题来分类也有一些缺点,但是同样也很遇到文章多而乱的困难,且现在很多属于跨学科的文献较难区分。所以有人提出按照期刊分类了,因为每个学科需要看的重要期刊也就那么几种,其他期刊就完全可以放在other里面了。

        借助于文献管理软件,是目前时髦的做法,特别是在如医学、生物学等需要跟踪查阅大量前沿文献的学科。最有名的是国外的Endnote和国内的Noteexpress,网络上随便搜索能找到很好的免费或试用的版本,但是需要一段时间的摸索才能熟练使用,一般人对陌生电脑软件会有排斥心理,需要一定的耐心才能坚持并学会使用。有软件帮助,效率自然是最高的。最重要的是,在线数据库之间可以对接转化,如在Endnote和NoteExpress中就可以实现文献检索功能。

        如果研究方向非常明确,按主题分类是最有效率的文献管理方法,软件管理重要功能就是分类——可以有不同类型的排序分类和检索功能。用好Word和Excel也能实现文献收集工作,目的就是一个:需要的时候能找到需要的资料。具体做法,每个人都有自己的一套——够用就好——先前没有电脑的时候,用几千几万张分类读书笔记卡片也同样磨练出无数大学问家。电脑信息时代,已经很少有人使用纸笔记录文献资料,但很多人所习惯依赖的电脑管理方法,却没有能达到做读书卡片的效果。有时候,不与人交流,还津津自喜,以为自己的方法是最好的,尚不知道还可能有更好、更高效的方法。

        王洪才老师在博客上说,“学问的本质是方法”,至少在文献管理上,这句话是对的。

     

    其他小技巧:

    1. 下载电子版文献时(caj,pdf,html),把文章题目粘贴为文件名。注意,文件名不能有特殊符号,要把 \ / : * ? <| 以及换行符删掉。 每次按照同样的习惯设置文件名,可以防止重复下载。

    2. 重要文献根据重要程度在文件名前加 001,002,003编号,然后按名称排列图标,最重要的文献就排在最前了。

    3. 复印或打印的文献,用打孔器(¥10-15)打孔,装入硬质文件夹(¥10-20/个)。

    4. 摘要、引文、引用的主要信息,研究背景。

    5. 图表:了解主要数据和解释。

    6. 讨论和结论将图表和结论联系起来,根据图表判断结论是否恰当。

     

    参考文献:

    [1] http://bbs.sciencenet.cn/thread-523775-1-1.html

    [2]http://zhidao.baidu.com/link?url=DVfZ5mEnaV1eIbrCiLvuV61YzY4yzOI_mXwM805Jt0Aet96fwcsMv9dAMOCNdK1PBVwWu_4ayxENK8Rvbms-RHp_GXLUy8YiiuJiq1RE6nW

    [3] http://power.baidu.com/question/1731874477216289107.html?qbl=relate_question_4

    [4] http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c5dc8830100omcs.html

    [5]http://blog.csdn.net/zjxiaolu/article/details/45514127

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    千次阅读 2017-02-26 15:49:47
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  • 文献搜索方法(转载)

    千次阅读 2008-10-27 09:16:00
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  • 四大牛人看外国文献方法

    千次阅读 2014-04-05 00:04:24
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  • 文献密码搜索的方法大全

    千次阅读 2007-03-27 20:11:00
    一、文献密码搜索的方法概述文献密码搜索的方法精要总结如下: 1.google是密码搜索的利器 2.标准检索表达式:杂志名(数据库名)+password+username 3.检索表达式的变异(pw, pwd等衍生词) 4.冗余信息的去除(-NEED) 5....
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空空如也

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常用的文献信息分析方法