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  • 常用软件工具总结

    千次阅读 多人点赞 2019-07-16 08:18:04
    下面将分享一些自己常用工具,也欢迎其他同学分享交流。 1. 实用工具 1.1 Everything   自从安装了Everything,就可以快速的定位到文件和文件夹了。需要注意的是,它只能对NTFS格式的磁盘分区进行搜索,如果是...

    0. 写在前面的话

      工欲善其事,必先利其器。如果我们能用到一些好工具,必将提升自己的工作和学习效率。而腾出的时间,就可以做更有意义的事情了。下面将分享一些自己常用的工具,也欢迎其他同学分享交流。

    1. 实用工具

    1.1 Chrome

      切换标签页的快捷键是Ctrl+1、Ctrl+2等。

    1.2 Everything

      自从安装了Everything,就可以快速的定位到文件和文件夹了。需要注意的是,它只能对NTFS格式的磁盘分区进行搜索,如果是FAT32分区,那就无能为力了。我只用到了最基本的功能(搜索)。除了最基本的全字符匹配以外,它还支持正则搜索。不过在搜索之前,需要设置一下:
    在这里插入图片描述

    1.3 Ditto

      除了Everything以外,最常用的软件还有Ditto。它是一个粘贴板内容保存工具,而且它可以支持搜索,非常的方便快捷。可使用快捷键ctrl+`(1左边的按键)快速打开,内容如下所示:
    在这里插入图片描述
      点击其中某一条就相当于对某一条做了复制,然后直接ctrl+v到需要的地方即可。其中CF_DIB是图片,能保存图片是不是有点没想到啊,是真的强大哎。

    1.4 云笔记

      云笔记虽然写在了第三个,但是每天的使用频率也很高,而且非常重要。每个人必须形成自己的知识积累,打造自己的知识星球,才能体现出自己的价值。而不是每次遇到之前检索过的知识,都要重新谷歌或者百度,还要再去查找,费时费力。网上的云笔记软件很多,比如印象笔记、有道云笔记、为知笔记等等。选一个自己比较喜欢的,然后把重要内容记录到里面,也可以通过网页剪藏把笔记内容保存到笔记里面。如此一来,就能够快速的搜索到自己记录下的一些知识点了。

    1.5 大文本编辑器

      大于100MB使用Sublime Text(或者Notepad++)打开就很费劲,往往就会让软件卡死然后崩溃。但UltraEdit通过缓冲机制使得能够打开较大文件(个人打开过3G的文件),设置为不使用临时文件打开。

    1.6 winsshd

      安装了这个库以后就能实现Linux和Windows的互传文件。

    1.7 TeamViewer或者向日葵

      需要注意的是DNS必须是8.8.8.8或者114.114.114.114,不能是内网IP。如果TeamViewer不可用,则可使用向日葵。

    1.8 Sublime Text 3

      下面是把Sublime Text3添加到鼠标右键的注册表代码,将下列保存为sublime_addright.reg,然后运行即可。

    Windows Registry Editor Version 5.00
    
    [HKEY_CLASSES_ROOT\*\shell\SublimeText3]
    
    @="Sublime3"
    
    "Icon"="D:\\Program Files\\Sublime Text 3\\sublime_text.exe,0"
    
    [HKEY_CLASSES_ROOT\*\shell\SublimeText3\command]
    
    @="D:\\Program Files\\Sublime Text 3\\sublime_text.exe %1"
    
    [HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shell\SublimeText3]
    
    @="Sublime3"
    
    "Icon"="D:\\Program Files\\Sublime Text 3\\sublime_text.exe,0"
    
    [HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shell\SublimeText3\command]
    
    @="D:\\Program Files\\Sublime Text 3\\sublime_text.exe %1"
    

    1.8.1 将tab转换为4个空格

    打开菜单Preferences->Settings-User,打开用户配置文件,然后在大括号里加上下面两行代码(记得要在原有代码的最后一行加上英文逗号):

    "tab_size": 4,
    "translate_tabs_to_spaces": true
    

    ctrl+s保存文件,如果看到右下角显示 Space:4 就说明设置成功。

    1.9 photoshop

      在线ps链接为:https://ps.gaoding.com

      如何去掉水印呢?先使用套索工具,圈中对应位置,然后根据内容进行智能填充即可。

      使用笔刷功能把部分像素绘制成同一个颜色。

    1.10 其它

      还有比较常用的比如代码比较工具BeyondCompare等等,就不一一赘述了。

    Windows Registry Editor Version 5.00
    
    [HKEY_CLASSES_ROOT\*\shell\BeyondCompare]
    
    @="BeyondCompare"
    
    "Icon"="D:\\Program Files\\BeyondCompare\\BCompare.exe,0"
    
    [HKEY_CLASSES_ROOT\*\shell\BeyondCompare\command]
    
    @="D:\\Program Files\\BeyondCompare\\BCompare.exe %1"
    
    [HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shell\BeyondCompare]
    
    @="Sublime3"
    
    "Icon"="D:\\Program Files\\BeyondCompare\\BCompare.exe,0"
    
    [HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shell\BeyondCompare\command]
    
    @="D:\\Program Files\\BeyondCompare\\BCompare.exe %1"
    

      如果无法激活鼠标右键打开,可按照上述注册表代码进行注册。(如果两个要比较的文件在同一路径,可同时选择后打开,然后复制粘贴路径进行比较)

    2. 编程相关

    2.1 Python IDE

      Pycharm vs Jupyter Notebook,前者在做开发的时候更常用,后者在数据科学的一些工作,比如数据分析、可视化中比较常用。具体内容以后再介绍。

      假如只想查看ipynb文件内容,而不想先运行IDE,可使用nteract,下载地址为https://download.csdn.net/download/herosunly/14032542。

    2.2 Python常用库

      提一个最近比较火的一个:pysnooper,它是一个很好用的debug的工具。它可以打印出每个变量创建、修改的状态。

    import pysnooper
    
    @pysnooper.snoop() #如果括号内填写的内容是文件路径,则log信息保存在文件中。
    def number_to_bits(number):
        if number:
            bits = []
            while number:
                number, remainder = divmod(number, 2)
                bits.insert(0, remainder)
            return bits
        else:
            return [0]
    
    number_to_bits(6)
    

    打印的log信息如下所示(其中#创建变量、#修改变量是我添加的,目的只是为了方便大家查看,原log中并不包含此信息):

    Starting var:.. number = 6 #创建变量
    21:14:32.099769 call         3 @pysnooper.snoop()
    21:14:32.099769 line         5     if number:
    21:14:32.099769 line         6         bits = []
    New var:....... bits = []        #创建变量
    21:14:32.099769 line         7         while number:
    21:14:32.099769 line         8             number, remainder = divmod(number, 2)
    New var:....... remainder = 0 #创建变量
    Modified var:.. number = 3    #修改变量
    21:14:32.099769 line         9             bits.insert(0, remainder)
    Modified var:.. bits = [0]    #修改变量
    21:14:32.099769 line         7         while number:
    21:14:32.099769 line         8             number, remainder = divmod(number, 2)
    Modified var:.. number = 1    #修改变量
    Modified var:.. remainder = 1 #修改变量
    21:14:32.099769 line         9             bits.insert(0, remainder)
    Modified var:.. bits = [1, 0] #修改变量
    21:14:32.099769 line         7         while number:
    21:14:32.099769 line         8             number, remainder = divmod(number, 2)
    Modified var:.. number = 0   #修改变量
    21:14:32.099769 line         9             bits.insert(0, remainder)
    Modified var:.. bits = [1, 1, 0]  #修改变量
    21:14:32.099769 line         7         while number:
    21:14:32.099769 line        10         return bits
    21:14:32.099769 return      10         return bits
    

      Pysnooper还可以用于TensorFlow代码中,这样就能快速的打印出每个张量的维度。在Keras代码中不太需要,毕竟可以直接使用model.summary()打印出网络结构和张量维度。

      pprint可对容器中的单个对象进行分行显示。

    import pprint
    
    data = ("test", [1, 2, 3,'test', 4, 5], "This is a string!",
            {'age':23, 'gender':'F'})
    print(data)
    pprint.pprint(data)
    
    

    3. Chrome插件

    3.1 PDF Viewer

      链接为https://chrome.google.com/webstore/detail/pdf-viewer/oemmndcbldboiebfnladdacbdfmadadm/,使用该插件即能够对加密的PDF文档进行复制粘贴。

    https://www.cnblogs.com/zhengshize/p/6836885.html#mylink11

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  • 软件测试常用工具

    千次阅读 2019-04-07 11:12:16
    软件测试常用工具 1、基本测试工具:(所有测试都会用到) bug管理工具:ugfree、Bugzilla、TestLink、mantis 、禅道 数据库工具:plsql developer(Oracle)、Navicat(MySQL) 版本控制工具:SVN 、git 2、中级...

    软件测试常用工具
    1、基本测试工具:(所有测试都会用到)
    bug管理工具:ugfree、Bugzilla、TestLink、mantis 、禅道
    数据库工具:plsql developer(Oracle)、Navicat(MySQL)
    版本控制工具:SVN 、git

    2、中级测试:
    常用自动化测试工具:
    web端:RobotFramework、Selenium
    移动端:appium
    开发工具:java :eclipse 、myeclipse 、IDEA
    python :PyCharm 、eclipse

    3、高级测试
    常用性能测试工具:loadrunnerJmeter、Monkey(移动端)
    常用接口测试工具:loadrunnerJmeter、SoapUI
    抓包工具:fidder 、httpwatch、firebug、wireshark

    虚拟机:vm 、xshell
    单元测试:junit(java);unittest(python)

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  • 常用工具 1. PSi-blast Psi-balst是一种更加高灵敏的Blastp程序,对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效.多用于生成蛋白质的多序列比对(MSA)和PSSM(特异性位置打分矩阵)。相关指令和生成PSSM...

    常用工具

    1. PSi-blast

    Psi-balst是一种更加高灵敏的Blastp程序,对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效.多用于生成蛋白质的多序列比对(MSA)和PSSM(特异性位置打分矩阵)。相关指令和生成PSSM文件的代码参考:

    2.Clustal

    Clustal可以用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR引物,以及在分子进化分析方面均有很大帮助。Clustal包括Clustalx和Clustalw(前者是图形化界面版本后者是命令界面),是生物信息学常用的多序列比对工具。

    3. CD-HIT

    CD-HIT是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具,根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列,一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。官网链接(http://weizhongli-lab.org/cd-hit/)

    4. MMSeq2

    MMseqs2(多对多序列搜索)是一个软件套件(https://github.com/soedinglab/MMseqs2),用于搜索和聚类巨大的蛋白质和核苷酸序列集。 MMseqs2是开放源代码GPL许可的软件,以C ++实现,适用于Linux,MacOS和Windows(作为Beta版本,通过cygwin)。 该软件设计为可在多个内核和服务器上运行,并具有很好的可伸缩性。 MMseqs2的运行速度比BLAST快10000倍。 它以其速度的100倍达到了几乎相同的灵敏度。 它可以执行与PSI-BLAST相同灵敏度的配置文件搜索,速度是其400倍以上。


    常用数据库

    1. SCOP数据库

    SCOP数据库将蛋白质按照层级结构进行分类,其从高到低分别为类,折叠,超家族和家族。

    2. PROSITE数据库

    PROSITE收集了生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式,并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下,某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低,但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式,这样就可能通过PROSITE的搜索找到隐含的功能motif,因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等;除了序列模式之外,PROSITE还包括由多序列比对构建的profile,能更敏感地发现序列与profile的相似性。PROSITE的主页上提供各种相关检索服务。

    3. Uniprot

    Uniprot是一个全面的,高质量的,免费使用的蛋白质序列与功能信息数据库,许多内容来自基因组计划,它还包含了大量来自研究文献的关于蛋白的生物学功能信息。

    4. Pfam

    Pfam是一个蛋白质家族数据库。此数据库会利用隐马尔可夫模型进行多重序列比对以及加上蛋白脚注

    Pfam中所登录的每一个蛋白质家族可以:

    • 查询多重序列比对
    • 查看蛋白质主要结构
    • 检视物种演化树
    • 连结其他数据库
    • 查看已知的蛋白质结构

     

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  • 常用Petri网模拟软件工具简介

    万次阅读 2016-04-29 09:23:15
    常用Petri网模拟软件工具简介 首先要介绍的的一个非常有名的Petri 网网站--Petri Nets World: http://www.informatik.uni-hamburg.de/TGI/PetriNets/ 我这里介绍的软件大部分在该网站中的Tools and Software...

    常用Petri网模拟软件工具简介

          首先要介绍的的一个非常有名的Petri 网网站--Petri Nets World:

          http://www.informatik.uni-hamburg.de/TGI/PetriNets/

          我这里介绍的软件大部分在该网站中的Tools and Software中的Petri Nets Tool Database里可以找到相关的链接。

           Petri网的相关模拟仿真软件现在已经相当成熟了,在国外已经有很多投入商用的案例。但目前每年的国际性Petri网学术会议上都有一个专题就是:Petri Nets Tools的开发。也就是说Petri网界对于新的模拟软件的开发是十分重视。

          这里不是要跟大家说如何开发软件,而是想跟大家分享如何下载和使用适合我们自己的Petri网学习工具软件。

          下面介绍我比较熟悉的几款软件,大家不妨自己下载安装使用(注意,其中有些是要钱的,不管打不打折,对于我们来说肯定不会下):

    Visual Object Net ++

          Tool homepage: http://www.systemtechnik.tu-ilmenau.de/~drath/visual_E.htm

          Visual Object Net ++可以说是一款入门级的模拟软件了。我用得最多。具有非常直观的操作和非常强大的功能。支持时间以及混杂网,但是我们用得最多的还是使用它来队最普通的P/T网建模。这款软件虽然很好用,但感觉就是太普通、太普通了。

    Tina

          Tool homepage: http://www.laas.fr/tina

          Tina是一款对时间Petri网支持得比较好的软件,也是我用得较多的一款软件。它的运行程序是解压后/bin目录下的nd.exe文件(NetDraw),适用于Windows和Linux操作系统,也就是说他的移植性很好。

          Tina的操作也比较特别,很多操作需要借助键盘按键来完成,如:

          Ctrl + g用来切换软件背景网格线的有无;鼠标中键用来添加库所;Ctrl +鼠标中键用来添加变迁;用鼠标中键在库所与变迁间拖拽可以添加弧。

          它有专门的模拟模块,点击菜单的tools-stepper simulator可以切换到运行模拟器中,如图。其中Rand表示随机运行,完了之后可回复到初始状态进行单步运行分析等。

     

    CPNTools

          Tool homepage: http://www.daimi.au.dk/CPNTools/

          CPN Tools是颜色Petri网领域鼎鼎大名的建模软件,操作界面如下图所示。

          其操作也独具特色--添加库所、变迁以及弧的方法是使用鼠标右键点击不放,在出现的圆形弹出菜单内用左键选择相应的项目。

          下图大家一看就明白,乃是经典的哲学家进餐问题的CPN模型。

     

          更多的操作细则请参看在线帮助文档:

          http://wiki.daimi.au.dk/cpntools-help/cpntools-help.wiki

    JFern、PIPE

          Tool homepage: http://sourceforge.net/projects/jfern

          之所以放在一起讲是因为JFern和PIPE都是基于Java平台的Petri网模拟软件。所以不管是在Windows下还是Linux下都必需有JDK/JRE作为运行环境方可使用。

          JFern支持面向对象Petri网,目前支持OOPN的软件比较少,所以很有价值。

          PIPE 是Platform Independent Petri Net Editor的缩写,没有给下载地址因为Petri Nets World上没有。而我是从西北大学一位研究生处得到的,当我问起他们一般使用什么Petri网模拟软件时,他只说了PIPE,可见它还是很有影响力的。

          下载到JRE,并设置好PATH后运行PIPE软件包中的pipe.bat(Windows下,Linux下的启动程序是pipe.sh)文件就可以打开操作界面了(见图) 。

          可见其界面也很直观易懂,且采用分页结构。

          附:PNAE下载地址(点击下载)

          另外我想提出的一点说明是:在PIPE所建模型的库所属性框里可是有“Capacity”一栏的哦!这是我看到的第一个设置了库所容量的成熟软件。

    说了这么多,最后想说一点:Petri网模拟软件其实还有很多很多,只要是不要钱的大家都可以拿来下着玩玩,弄不好就被你发现点什么玄机了,呵呵。如果觉得这些软件的操作你不熟悉,拿着不知道怎么用,最有效也是最直接的办法是:看帮助文档或者说用户手册!

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  • centos7常用工具软件安装

    万次阅读 2016-02-26 18:58:18
    本文介绍了如何在centos下安装常用的一些软件,作为自己每一次探索的总结,避免以后再走弯路 。 最近centos7出了一款安装光盘,自带了很多软件包,感觉非常有用,但是还是有一些软件需要手动安装才能使用,下面就...

空空如也

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常用软件工具的使用