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  • 测序技术及常见的有几种平台类型

    千次阅读 2019-12-14 11:15:51
    测序技术及常见的有几种平台类型? 测序技术 测序平台 测序原理 一代测序 ABI3730、ABI3500 双脱氧终止法,毛细管电泳法 二代测序 GS 454、SoLiD、Illumina HiSeq 焦磷酸测序法、连接测序法...

    测序技术及常见的有几种平台类型

    测序技术测序平台测序原理
    一代测序ABI3730、ABI3500双脱氧终止法,毛细管电泳法
    二代测序GS 454、SoLiD、Illumina HiSeq焦磷酸测序法、连接测序法、测序边合成边测序法
    三代测序PacBio RS、Oxford Nan-opore Min-lon单分子测序、纳米孔测序

    测序技术迄今经历了三代的发展。

    其实,早在DNA双螺旋结构发现后不久,名为降解法(sequencing by degradation,SbD)的DNA测序技术便已经被发明出来,但是该方法操作复杂,结果不稳定,在当时没有被推广开来进行规模化的应用。紧接着,Sanger和Coulson在1975年发明了“Plus and Minus”测定DNA序列(Sangerand Coulson,1975);Maxam and Gilbert在1977年又发明了化学降解法测序。最终在同年,Sanger在核酸聚合反应中引入ddNTP(双脱氧核苷三磷酸),著名的双脱氧链终止法诞生(Sanger,Nicklen,and Coulson,1977)。此外在同一时期,其他的测序方法如连接酶测序法(sequencing by ligation,SbL)、焦磷酸测序法(pyrosequencing)、杂交测序法(sequencing by hybridization,SbH)(Drmanac R.et al.,2001;Drmanac R.et al,1989;Drmanac S.et al.,1998)等,由于技术条件的限制没有获得大规模的应用,这些技术统称为第一代测序技术


    第二代测序技术是伴随着人类基因组计划诞生的测序技术(Schuster,2008)。自1990年起,随着测序规模越来越大,高通量测序平台,即第二代测序技术应运而生(Fuller ef al.,2009;Mardis,2008;Shendureand Ji,2008;王曦等,2010)。第二代测序技术主要有三种测序方法:Ilumina公司的边合成边测序技术,在该技术基础之上开发了Genome Analyzer 测序平台;Roche公司的焦磷酸测序技术,也称为454测序技术,在该技术基础上,Roche公司开发了GSFLX、GSJunior测序平台;ABI公司使用连接技术开发了Solid测序平台。

    最近,第三代测序技术已经被开发出来,以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies公司的纳米孔单分子测序技术为代表(Klumpp,Fouts,and Sozhamannan,2012;Niedringhaus et al.,2011)。其中PacBio SMRT的基本原理:DNA聚合酶和模板结合,4色荧光标记4种碱基(dNTP),不同的荧光配对显不同的颜色。同时DNA聚合酶是实现超长读长的关键之一。尽管该技术测序速度很快,但是其测序错误率高,达到15%。目前只能通过多次测序来进行纠错。Oxford Nanopore Technologies公司的单纳米孔单分子测序技术与以往的测序技术不同之处在于,它是基于电信号的测序技术。该技术的关键在于一种特殊纳米孔的设计,当单链的DNA碱基通过纳米孔时,流过纳米孔的电流强度就会发生变化。从电流的变化来识别不同的碱基,以达到测序的目的。


     

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  • Torch7平台上显示图片的几种方法

    千次阅读 2015-10-17 11:28:59
    **Torch7平台上显示图片的几种方法**本文主要是个人总结的在Torch7平台上显示图片的几种方法, 欢迎补充!————————————————————————– 方法1: ————————————————————...

    **

    本文主要是个人总结的在Torch7平台上显示图片的几种方法, 欢迎补充!

    ————————————————————————–
    方法1:
    ————————————————————————–
    直接在terminal终端输入display即可:
    实例:
    $ display test.png
    注:所显示的图像会用ImageMagick打开,左键单击图片,会出现菜单栏,
    可以了解图像详细信息,以及对图像进行简单处理(如缩放、剪切、旋转等)
    ————————————————————————–
    方法2:
    ————————————————————————–
    在终端输入itorch notebook进入notebook mode,并输入以下内容:
    In [ ]: require ‘image’
    In [ ]: im=image.load(‘test.png’) –读取图片
    In [ ]: print(#im) –显示图片大小
    In [ ]: itorch.image(im) –显示图片
    注:image.load命令不能读取.bmp格式的图片
    读取.bmp格式会出现下列提示:
    unknown image type: bmp
    ————————————————————————–
    方法3:
    ————————————————————————–
    In [ ]: gm = require ‘graphicsmagick’
    In [ ]: image = gm.Image(‘test.jpg’)
    In [ ]: image:show() –显示图像

    参考网址:
    https://github.com/clementfarabet/graphicsmagick
    http://www.graphicsmagick.org/

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  • 几种高性能计算平台介绍

    千次阅读 2016-05-23 14:12:35
    目前高性能计算两大趋势,并行计算集群和CPU处理器GPU显卡的异构混合计算。下面做对这些名词进行一个简单的介绍: MPI-Message Passing Interface是一个并行计算的API,适合超级电脑,大规模集群。 OpenMPI是一...

    **MPI和openMPI的区别,或者CUDA和OpenCL的区别,这篇文章就是为了总结下高性能计算的相关知识。目前高性能计算有两大趋势,并行计算集群和CPU处理器GPU显卡的异构混合计算。下面做对这些名词进行一个简单的介绍:
    MPI-Message Passing Interface是一个并行计算的API,适合超级电脑,大规模集群。
    OpenMPI是一种高性能消息传递库,可以很方便的把串行程序,改为多线程并行程序,适合多核心电脑,可以和MPI搭配使用,对C语言和Fortran高性能计算支持很好。
    TBB-Intel Threading Building Blocks 线程构建模块,是Intel公司开发的并行编程开发的工具,能很好的支持C++并行计算编程。
    CUDA(Compute Unified Device Architecture),显卡厂商NVidia推出的运算平台,使用显卡和处理器进行异构并行计算,是比较高级的并行开发工具,不需要太多硬件知识。
    OpenCL (Open Computing Language) 是一个为异构平台编写程序的框架,属于API,和OpenGL架构类似,此异构平台可由CPU,GPU或其他类型的处理器组成。

    最近花了点时间,对OpenMP,OpenCL,MPI(有多种实现,如Open MPI)等,关于高性能计算的技术,做了一下简单的浏览,我把这次简单浏览所学习到的一点东西记录在此。这些总结和记录都比较半吊子,还需要更深入的学习和研究。
    首先,时下越来越热的GPU计算,随着中国天津的大型计算机拿到国际头把运算力交椅,不得不让人重视。现有的技术,从阵营上分,有NVidia的CUDA,AMD(ATI)的stream。还有一个开放标准:OpenCL。我是比较看好OpenCL的,因为他可以支持同时对不同品牌,不同核心CPU和GPU的优化和加速,特别适合异构环境。他的基本原理就是系统里边内置一个类似编译器,好像llvm,API的东西,软件写完的代码只有到最后的硬件执行的时候进行最终编译,这个编译过程似乎是通过系统里边的硬件驱动Driver,现在都还需要另外安装,intel,nvidia,amd提供的sdk中都分别包含有自己Driver,得以执行。所以OpenCL的程序主线程,会根据系统中是几个核的多核CPU,那种架构的CPU(arm或者x86),有没有GPU,哪种GPU? 来决定最后生成的工作线程的代码传递给哪个Driver编译执行。系统会自动保存编译后的二进制代码以备后用。这个过程看起来好像是一个动态语言的过程,但是实际上现在OpenCL还主要是底层的,经过扩展的c语言来写。不同硬件的Driver充当了runtime的角色。
    intel,nvidia,amd等多家硬件厂商支持OpenCL,但是同时也有自己的小九九,比如nvidia的cuda,就提供了针对自己的更多的功能,而且函数上据说也更为高级。所以说,如果是专门针对特定硬件环境下,比如开发大运算量的科学程序的话,最好使用专门硬件自己的GPU加速sdk开发。只有在要求通用性,比如商业软件上,才使用OpenCL开发。
    另外,一贯讨厌开放标准的微软这次又和当年对待OpenGL一样,用他的DirectorX来玩个性了。反正我是能不鸟他,就不鸟他!

    其次,OpenMP和MPI,这两个都是已经被广泛使用的并行程序开发库。他们的区别是:OpenMP是针对多核处理器,使用的是共享内存的并行方式,可以说更为线程一些;MPI是针对服务器中,多个对称并行CPU或者集群服务器的情况,内容共享方式是混合的,更为进程一些。
    从某种角度上说,OpenCL有代替OpenMP的可能和趋势,里边会包含针对多核心CPU的处理。现在的环境下,还是OpenMP更合适——可以直接发挥多核心处理器的能力,而且不需要图形开发的知识。这里是一篇关于OpenMP和OpenCL性能的测试。
    现在的并行开发,主要就是MPI+OpenMP,前者负责将运算通过进程分布到不同服务器的不同CPU上去,后者负责通过多线程,有效利用CPU中每个核心的效能。

    再次,有文章显示,为了最好的发挥线程的效能,在同样算法条件下,最好程序使用的线程和cpu提供的最大线程数一致,而且最好能够绑定程序执行线程和CPU核心。GPU对某些计算加速效果特别好,效率也不错,但是由于必须通过PCI用CPU进行调度,所以,实际程序设计的时候,要考虑这个通信过程的延时。

    最后,现有的几种并行计算技术:
    1、系统层面,使用进程迁移技术,从而让所有支持多进程的程序,实现并行,如openmosix,这需要经过patch过的操作系统;
    2、硬件层面,也就是OpenCL等GPU加速技术,需要相应的硬件支持;
    3、开发语言方面,现在erlang这种动态语言,就提供了对集群环境的支持,他会自动向加入集群的服务器分布运算进程。google Go语言可能也是类似的。

    PS: 开发方面,OpenCL现在用起来门槛还是很高的,不知道以后会不会提供更高层的抽象库。不过,我发现QT,现在可以支持OpenCL了,QTOpenCL虽然还没有放入主枝,需要自己编译开发包,但是文档上说,提供了QT模式的函数。QT在被诺基亚收购之后,改变授权为lgpl,加上技术越来越全面,的确成了一个跨平台开发很好的解决方案了。真眼馋。**

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  • 作为一个公司的技术部门,就会涉及到一些文档的对接,包括但不仅局限于 需求文档 会议记录 接口文档 切图标注 对接的部门,包括但不仅局限于 前端和后端 移动端和后端 设计和前端 设计和移动端 产品经理和开发...

    一、前言

    作为一个公司的技术部门,就会涉及到一些文档的对接,包括但不仅局限于

    • 需求文档
    • 会议记录
    • 接口文档
    • 切图标注

    对接的部门,包括但不仅局限于

    • 前端和后端
    • 移动端和后端
    • 设计和前端
    • 设计和移动端
    • 产品经理和开发
    • 老板和产品经理

    那么,在这些沟通中产生的文档,该怎么保存、归档,该怎么阅读、使用,就成了团队协作提升沟通效率中重要的一个环节。

    接下来,我列举了一些工具,供开发人员和项目管理人员选择,根据自己的实际情况选出对应的解决方案。

    二、接口文档在线平台

    这里处理的问题是前端和后端交互,产生的一些接口文档,这些文档格式统一,但变更很快,并且修改之后看起来并不明显,如果开发团队有异地协作和远程办公,沟通又是个问题。

    1.apizza

    apizza的定位是api协作管理工具 ,官网地址为 https://apizza.net/

    他的首页是这样的

    这里写图片描述

    实际使用界面是这样的

    这里写图片描述

    这里写图片描述

    emmmm,实际上就是一个线上版本的Postman…

    有几个亮点功能,如果你正好需要的话,可以酌情加分~

    1.1 文档导出html

    导出的样子是这样的

    这里写图片描述

    很方便前端和移动端的同学阅读,不知道比那些word文档强到哪里去了~

    1.2 导入Postman.json和Swagger.json文件

    如果团队内使用了Postman或者Swagger的话,就会让操作更加连贯。

    如果可以导出对应的文件就好了~

    2. YApi

    YApi旨在为开发、产品、测试人员提供更优雅的接口管理服务。可以帮助开发者轻松创建、发布、维护 API

    网站上的特性如下

    这里写图片描述

    他的界面是这样的

    这里写图片描述

    好吧,貌似开源的项目并不是都很好看…

    2.1 源码开源&免费&支持二次开发

    注意的是,这个项目是开放源代码的,也就意味着更安全,更可维护,你可以直接去反馈bug,让他做的更好。

    项目地址为 https://github.com/ymfe/yapi

    2.2 [只能]内网部署

    项目开源带来的好处就是可以自己部署到内网上,保证数据的安全性。

    同时YApi不提供公共的版本供大家注册使用,也就是需要我们自己的团队必须去部署。

    2.3 支持自动化测试

    这里写图片描述

    2.4 支持导入 Postman HAR Swagger JSON

    嗯!

    2.5 支持导出 html markdown json

    嗯!

    3. RAP 2

    为什么不是RAP呢,因为"RAP1功能不会再增加啦,新项目推荐使用RAP2哦"~
    RAP 2是一个可视化接口管理工具,淘宝团队做的。
    RAP1就不看了,直接看RAP2的网站。
    经过注册登录,RAP 2的结构更像是Github。

    这里写图片描述

    有一个单独的状态页面展示全网的活跃度,说明你并不孤独。

    这里写图片描述

    其中接口的返回值是通过填写对应的数据和规则生成的,而不是复制对应的json,这样做更有利于测试工作。

    这里写图片描述

    3.1 导出 Postman Collection

    看来大家都习惯于兼容Postman,这也间接说明了Postman这个工具的成功~

    3.2 支持 mockjs

    mockjs也是淘宝团队做的工具,“生成随机数据,拦截 Ajax 请求”。

    4. eolinker

    https://www.eolinker.com/

    免费使用,API文档管理、自动化测试、开发协作利器

    这里写图片描述

    在经历过 注册 -> 验证邮箱 -> 填写问卷 -> 帮助指南 之后,实例项目的接口编辑页面是这样的

    这里写图片描述

    从使用者的角度来讲,这个的操作更加便利,虽然也是按Postman的样式去做的~

    4.1 功能完善

    eolinker是一款完整的商业化的接口管理工具,基本用到的功能,在上面都能找到,并且操作和用户体验做的都不错。

    4.2 付费功能

    功能完善的代价就意味着,如果你想要使用全部完善的功能,就要付费购买。

    并且我们可以通过https://public.eolinker.com/index/EOLINKER%20AMS%20FUNCTION%20DETAIL%2020180520.pdf 来清晰的知道付费版的功能是哪些。

    三、文档在线平台

    上面的平台的针对性比较高,是专业的做接口文档的,还有一种是只做文档共享的,如果我们的目的是接口文档管理,针对性就会差一些。

    1. 语雀

    语雀 https://www.yuque.com/ 是蚂蚁金服做的一款文档编辑共享平台。

    这里写图片描述

    由于文档是可以全面公开的,所以,给我的感觉更像是简书。 😃

    语雀以知识库作为文档的载体,可以选择在线编辑和分享给其他用户,注意是不能导出文件的哦。

    这里写图片描述

    如果作为内部工具使用的话,不是很推荐。

    2. 石墨文档

    石墨文档的侧重点更倾向于大家一起修改文件。

    缺点也正是因为大家可以同时修改文件,造成的文件版本混乱。

    石墨文档更倾向于存储一些定值的项目资料,而不是注重版本和变更的接口文档。

    这里写图片描述

    3. Github的wiki

    wiki有天生的优点

    • 和项目绑定,这个项目的文档就写在这个项目的wiki中
    • 版本控制和历史回溯,因为和Github一样的管理方式,保证了良好的版本控制

    缺点也在于,如果这个文档覆盖了多个项目,就只好单独开一个文档的项目。

    这里写图片描述

    四、文件管理平台

    1. Github

    本文中按范围的涉及越来越广,从局限使用和格式的专业接口管理平台,到限制文字不限制内容的文档管理平台,最终就指向了不限制文件格式的文件管理平台,那么这个非Github莫属了~

    我们可以用于管理

    • 代码项目
    • 设计师设计和切图
    • 各种协议和文档

    限制越少,对应的复杂度也就越多,如果控制的接口文件格式排版不友好,带来的舒适度也会直线下降,不过这些都是没办法的。

    五、总结

    本文根据专业程度范围,讨论了这类在线管理平台的优缺点,列出了一些行业内常见的工具平台。

    工具各种各样,都有自己存在的价值,更重要的是根据我们自己的实际需求,选择最适合自己的产品。

    😃

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