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  • 原创微文,欢迎转发转载。只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢...现在,微生太免费向所有人分享Binning的整套分析流程,包含:生信分析代码和R语言绘图代码。我们一共设计了7个课时,每周一次,课表...

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    本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助。

    原创微文,欢迎转发转载。

    只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,“宏基因组”+“Binning”两种分析,微生太帮您一站式处理宏基因组难题。现在,微生太免费向所有人分享Binning的整套分析流程,包含:生信分析代码R语言绘图代码。我们一共设计了7个课时,每周一次,课表如下。

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    图1

    对Binning分析、R语言绘图感兴趣的朋友千万别错过。错过也没关系,每次课程不仅有回放,还有技术贴带您回顾课程内容。

    下面我们一起来回顾第一节课的主体内容吧。

    一,What:什么是Binning?

     1.1 Binning释义

    宏基因组分箱(Binning)是将宏基因组测序得到的混合了不同微生物的序列reads或序列组装得到的contigs或scaffolds按物种分开归类的过程。这些分开归类的序列被称为宏基因组组装基因组(metagenome-assembledgenomes,MAGs)。

    1.2 Binning图解

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    图2

    说明:

    菌群核酸经DNA提取,建库,测序后变成混合的短序列/reads。利用碱基互补配对的原理,将reads组装成更长的contigs。接着用Binning的算法可以把相同来源的contigs打包到一起。最后用可视化方法绘制基因组草图。

    二,Why & When:为何做Binning?

    2.1 比较:宏基因组分析VS Binning分析

    8ebc9e63c582f5567f99fe14de23f25a.png

    图3

    说明:

    二者都是基于菌群样品的二代测序数据分析,都能进行物种、功能注释,统计学分析。宏基因组依赖数据库,适合常见样品的分析,适用于基于已知(数据库)寻找与感兴趣指标有关的细菌和功能基因。Binning常用于分析罕见样品中未知且有特殊用途的细菌,是一种更有意义、难度更大的探索性研究。

    2.2 Binning的优势

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    图4

    2.3 Binning高分文献

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    图5

    说明:

    早在2011年Science就刊出了一篇利用牛瘤胃样品进行宏基因组Binning的文章。近几年,随着宏基因组的兴起,把Binning分析用到研究中的案例也越来越多。仅2019年就多篇高分文献发表。

    2.4 Binning文献举例

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    图6

    3ab29e2e009814c4b60f7ada0ea8fafd.png

    图7

    2.5 Binning/分箱:微生态文献解读

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    图8

    c4543df2859aa9ada9c9b95ffa83f0a3.png

    图9

     三,How:如何做Binning?

    3.1 微生太公司Binning标准分析流程

    50a601bbb3d421ffaba6c8ec34126037.png

    图10

    3.2 Binning原理

    21e69a6bf9f624d2440e3d04cd85fdc4.png

    图11

    说明:

    通过计算分析contigs的四核苷酸频率能有效区分不同物种来源的序列,再结合丰度变化模式区分近亲物种使Binning更加准确。

    3.3 Binning工具

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    图12

    说明:

    2015年的Metabat最受欢迎,2019年又出Metabat2。

    3.4 Metabat2引用

    fa167ba1b20d7728d4c9a5ccda0598ff.png

    图13

    说明:

    2019年多篇高分文献引用刚发表的Metabat2。

    3.5 Metabat2比拼

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    图14

    说明:

    从Bin数量、完成度、Bin纯度、精确度、效率上来看,Metabat2表现都十分出色。

    四,Bining报告展示

    Binning报告为网页版,篇幅较大,且包含大量的附件。对我们的Binning分析感兴趣的老师同学可以通过联系微生太免费获取。

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  • 如果您使用该包装,请将其引用为: 阿夫拉罕·阿德勒(2015)。 lamW:Lambert-W函数。 R软件包版本2.0.0。 LaTeX用户的BibTeX条目是: @Manual{, title = {lamW: Lambert-W Function}, author = {Avraham ...
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  • C++实验报告

    2018-04-30 12:56:44
    编写C++风格的程序,计算圆的面积和周长函数,通过引用计算圆的面积和周长#include "iostream"using namespace std;const double pi = 3.14;void GetL(double r){ cout << "圆的周长...

    编写C++风格的程序,计算圆的面积和周长函数,通过引用计算圆的面积和周长


    #include "iostream"
    using namespace std;
    const double pi = 3.14;
    void GetL(double r)
    {
     cout << "圆的周长为:" << 2 * pi*r << endl;
    }
    void GetS(double r)
    {
     cout << "圆的面积为:" << pi * r*r << endl;
    }
    int main()
    {
     double r;
     cout << "输入圆的半径 r:" ;
     cin >> r;
     GetL(r);
     GetS(r);
     system("pause");
     return 0;
    }



    展开全文
  • 结果,引用真实效果的参数现在被禁用。 使用以前版本的软件包获得的结果是不可复制的。 该软件包估计了一组荟萃分析模型(假设存在或不存在效应,异质性和出版偏向),并使用贝叶斯模型平均将它们组合在一起。 ...
  • 参考文献格式国外和国内是不一样的,一般你所投期刊都会对本刊的论文参考文献格式有详细说明,如果是国内参考文献格式...J—期刊文章 D—学位论文 C—论文集 M—专著 N——报纸文章 R——报告 不属于上述的文献...

    参考文献格式国外和国内是不一样的,一般你所投期刊都会对本刊的论文参考文献格式有详细说明,如果是国内参考文献格式一般还是有通用格式,

    --普刊学术中心

    www.eipaperfb.com 2015-01-23 19:13

     

    一、参考文献的类型以单字母方式标识,具体如下:

    J—期刊文章  D—学位论文  C—论文集  M—专著  N——报纸文章  R——报告      

    不属于上述的文献类型,采用字母“Z”标识。

    二、参考文献的格式及举例

    1.期刊类参考文献格式

     [序号]作者.篇名[J].刊名,出版年份,卷号(期号):起止页码.

    2.学位论文参考文献格式

     [序号]作者.篇名[D].出版地:保存者,出版年份:起始页码.

    3.论文集参考文献格式

     [序号]作者.篇名[C].出版地:出版者,出版年份:起始页码.

    4.专著类参考文献格式

     [序号]作者.书名[M].出版地:出版社,出版年份:起止页码.

    5.报纸类参考文献格式

     [序号]作者.篇名[N].报纸名,出版日期(版次)

    6.研究报告参考文献格式

     [序号]作者.篇名[R].出版地:出版者,出版年份:起始页码.

    7.条例参考文献格式

     [序号]颁布单位.条例名称.发布日期

    8.译著参考文献格式

     [序号]原著作者. 书名[M].译者,译.出版地:出版社,出版年份:起止页码.

    参考文献著录的条目以小于正文的字号编排在文末。文献的著录格式:

    ①专著: 作者. 书名[M]. 出版地: 出版社, 出版年.

    ②期刊: 作者.题名[J]. 刊名, 出版年, 卷(期): 起止页码.

    ③论文集: 作者. 论文集名[C]. 出版地: 出版社, 出版年. 起止页码.

    ④学位论文: 作者. 题名[D]. 保存地点: 保存单位, 年.

    ⑤专利文献: 专利所有者. 题名[P]. 专利国别: 专利号, 出版日期.

    ⑥电子文献: 责任者.电子文献题名[电子文献及载体类型标识]. 电子文献网址. 年-月-日. 文献作者3名以内的全部列出;3名以上则列出前3名,后加"等"(英文加"et al").

    参考文献类型,根据GB3469-83《文献类型与文献载体代码》规定,以单字母方式标识:M―专著,C―论文集,N―报纸文章,J―期刊文章,D―学位论文,R―研究报告,S―标准,P―专利;对于专著、论文集中的析出文献采用单字母“A”标识,其他未说明的文献类型,采用单字母“Z”标识。

     

    一般大学毕业论文的参考文献格式采用如下方式:

    一、进入知网,查找到自己需要的文章,点击文章右侧“引用”符号。

    二、直接复制知网提供的“GB/T 7714-2015 格式引文”格式即可,注意采用该格式后,文章中的所有参考文献都要用这个格式,保持文章格式一致。

    展开全文
  • 论文文献怎么引用

    千次阅读 2019-05-12 20:20:42
    常见参考文献格式: ①科技书籍和专著:编著者.译者.书名[M](文集用[C]).版本.出版地:出版者,出版年.页码. ②科技论文:作者.篇名[J].... 作者....报告 R;标准 S;专利 P;数据库 ...

    常见参考文献格式:

    ①科技书籍和专著:编著者.译者.书名[M](文集用[C]).版本.出版地:出版者,出版年.页码.

    ②科技论文:作者.篇名[J].刊名,出版年,卷号(期号):页码.

                作者.篇名.ⅹⅹ单位博(硕)论文,年.

     

    参考文献必须标明文献类型标志:普通图书 M;会议录 C;汇编 G;报纸 N;期刊 J;学位论文 D;报告 R;标准 S;专利 P;数据库 DB;计算机程序 CP;电子公告 EB。

    电子文献载体类型标志:磁带 MT;磁盘 DK;光盘 CD;联机网络 OL。

    注意:如果引用的论文是期刊文献[J],则一定要标注期刊刊号,出版日期、第几期期刊。这些信息一定要下载PDF文献来看,一般文献最上面都会标注这些信息。如果不想下载,可以在知网搜这篇期刊文献,点击HTML阅读,左上角会显示期刊编号等信息,如下图红色标注:

    例:袁利. 基于OpenCV的双目摄像机标定[J]. 现代科学仪器,2013,2(2):78-81.

    2013表示2013年出版,2表示第二卷,(2)表示第二期,78-81表示期刊起止页码。

    展开全文
  • 参考文献引用标注.doc

    2021-01-15 15:42:53
    参考文献引用标注 参考文献(即引文出处)的类型以单字母方式标识: m——专著,c——论文集,n——报纸*,j——期刊*,d——学位论文,r——报告,s——标准,p——专利;对于不属于上述的文献类型,采用字母“z”...
  • 引用 参考文献标注方法 参考文献(即引文出处)的类型以单字母方式标识: m——专著,c——论文集,n——报纸*,j——期刊*,d——学位论文,r——报告,s——标准,p——专利;对于不属于上述的文献类型,采用字母“z...
  • 引用参考文献标准格式

    万次阅读 2014-10-29 21:24:03
    M——专著,C——论文集,N——报纸文章,J——期刊文章,D——学位论文,R——报告,S——标准,P——专利;对于不属于上述的文献类型,采用字母“Z”标识。 参考文献的格式要求很多,一般来说参考文献的格式都要...
  • 引用文献代码及标注格式 一、参考文献著录格式 1 、期刊作者.题名〔J〕.刊名,出版年,卷(期)∶起止页码 2、 专著作者.书名〔M〕.版本(第一版不著录).出版地∶出版者,出版年∶起止页码 3、 论文集作者.题名〔C〕...
  • 论文文献引用格式总结整理

    万次阅读 2018-06-26 15:32:54
    毕业论文参考文献规范格式 ... J——期刊文章 D——学位论文 R——报告  对于不属于上述的文献类型,采用字母“Z”标识。  对于英文参考文献,还应注意以下两点:  ①作者姓名采用“姓在前名在后”原则...
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  • 关于查阅及引用参考文献的要求

    千次阅读 2016-12-01 14:52:11
    很多时间都要求查阅文献。作为参考文献的要求是什么呢? 1、参考文献要能提供支撑作用...5、类别避免单一,要有专著[M]、期刊论文[J]、(硕博)学位论文[D]、(会议)论文集 [C]、报纸文章[N]、报告[R]、标准[S]、专利
  • poj解题报告——1152

    2014-11-30 15:35:03
    题意还是很明确的,给你一个N进制的整数R,题目保证R能被N-1整除,让你求符合条件的最小的N。  但是这题的数论证明有点困难了,我在此引用一下别人的证明,没有证明真的不好做啊。  设输入的是abcd,假设其解是n...
  • 参考文献引用方法

    千次阅读 2010-11-10 11:15:00
    <br />一、参考文献的类型 参考文献(即引文出处)的类型以单字母方式标识,具体如下: M——专著 C——论文集 N——报纸文章  J——期刊文章 D——学位论文 R——报告  对于不属于...
  • r a=new StringBuffer("immutable"); 执行如下语句将报告编译期错误: a=new StringBuffer(""); 但是,执行如下语句则可以通过编译: a.append(&amp;quot; broken!&amp;quot;); 有人在...
  •  J——期刊文章 D——学位论文 R——报告  对于不属于上述的文献类型,采用字母“Z”标识。  对于英文参考文献,还应注意以下两点:  ①作者姓名采用“姓在前名在后”原则,具体格式是: 姓,名字的首字母. ...
  • 科技报告R;参考工具K;检索工具W;档案B;录音带A;图表Q;唱片L;产品样本X;录相带V;会议录C;中译文T;乐谱I;电影片Y;手稿H;微缩胶卷U;幻灯片Z;微缩平片F;其他E。电子文献类型标志:数据库(database):...
  • 一、参考文献的类型参考文献(即引文出处)的类型以单字母方式标识,具体如下:M——专著 C——论文集 N——报纸文章J——期刊文章 D——学位论文 R——报告对于不属于上述的文献类型,采用字母“Z”标识。...
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