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只做宏基因组太单调？为什么不试试宏基因组Binning呢？一次测序，“宏基因组”+“Binning”两种分析，微生太帮您一站式处理宏基因组难题。现在，微生太免费向所有人分享Binning的整套分析流程，包含：生信分析代码和R语言绘图代码。我们一共设计了7个课时，每周一次，课表如下。
图1
对Binning分析、R语言绘图感兴趣的朋友千万别错过。错过也没关系，每次课程不仅有回放，还有技术贴带您回顾课程内容。
下面我们一起来回顾第一节课的主体内容吧。
一，What：什么是Binning？
 1.1 Binning释义
宏基因组分箱(Binning)是将宏基因组测序得到的混合了不同微生物的序列reads或序列组装得到的contigs或scaffolds按物种分开归类的过程。这些分开归类的序列被称为宏基因组组装基因组(metagenome-assembledgenomes，MAGs)。
1.2 Binning图解
图2
说明：
菌群核酸经DNA提取，建库，测序后变成混合的短序列/reads。利用碱基互补配对的原理，将reads组装成更长的contigs。接着用Binning的算法可以把相同来源的contigs打包到一起。最后用可视化方法绘制基因组草图。
二，Why & When：为何做Binning？
2.1 比较：宏基因组分析VS Binning分析
图3
说明：
二者都是基于菌群样品的二代测序数据分析，都能进行物种、功能注释，统计学分析。宏基因组依赖数据库，适合常见样品的分析，适用于基于已知(数据库)寻找与感兴趣指标有关的细菌和功能基因。Binning常用于分析罕见样品中未知且有特殊用途的细菌，是一种更有意义、难度更大的探索性研究。
2.2 Binning的优势
图4
2.3 Binning高分文献
图5
说明：
早在2011年Science就刊出了一篇利用牛瘤胃样品进行宏基因组Binning的文章。近几年，随着宏基因组的兴起，把Binning分析用到研究中的案例也越来越多。仅2019年就多篇高分文献发表。
2.4 Binning文献举例
图6
图7
2.5 Binning/分箱：微生态文献解读
图8
图9
 三，How：如何做Binning？
3.1 微生太公司Binning标准分析流程
图10
3.2 Binning原理
图11
说明：
通过计算分析contigs的四核苷酸频率能有效区分不同物种来源的序列，再结合丰度变化模式区分近亲物种使Binning更加准确。
3.3 Binning工具
图12
说明：
2015年的Metabat最受欢迎，2019年又出Metabat2。
3.4 Metabat2引用
图13
说明：
2019年多篇高分文献引用刚发表的Metabat2。
3.5 Metabat2比拼
图14
说明：
从Bin数量、完成度、Bin纯度、精确度、效率上来看，Metabat2表现都十分出色。
四，Bining报告展示
Binning报告为网页版，篇幅较大，且包含大量的附件。对我们的Binning分析感兴趣的老师同学可以通过联系微生太免费获取。
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编写C++风格的程序，计算圆的面积和周长函数，通过引用计算圆的面积和周长

#include "iostream"
using namespace std;
const double pi = 3.14;
void GetL(double r)
{
 cout << "圆的周长为：" << 2 * pi*r << endl;
}
void GetS(double r)
{
 cout << "圆的面积为：" << pi * r*r << endl;
}
int main()
{
 double r;
 cout << "输入圆的半径 r:" ;
 cin >> r;
 GetL(r);
 GetS(r);
 system("pause");
 return 0;
}

参考文献格式国外和国内是不一样的，一般你所投期刊都会对本刊的论文参考文献格式有详细说明，如果是国内参考文献格式一般还是有通用格式，

--普刊学术中心

www.eipaperfb.com 2015-01-23 19:13

 

一、参考文献的类型以单字母方式标识，具体如下：

J—期刊文章  D—学位论文  C—论文集  M—专著  N——报纸文章  R——报告      

不属于上述的文献类型，采用字母“Z”标识。

二、参考文献的格式及举例

1.期刊类参考文献格式

 [序号]作者.篇名[J].刊名，出版年份，卷号（期号）：起止页码.

2.学位论文参考文献格式

 [序号]作者.篇名[D].出版地：保存者，出版年份：起始页码.

3.论文集参考文献格式

 [序号]作者.篇名[C].出版地：出版者，出版年份：起始页码.

4.专著类参考文献格式

 [序号]作者.书名[M].出版地：出版社，出版年份：起止页码.

5.报纸类参考文献格式

 [序号]作者.篇名[N].报纸名，出版日期（版次）

6.研究报告参考文献格式

 [序号]作者.篇名[R].出版地：出版者，出版年份：起始页码.

7.条例参考文献格式

 [序号]颁布单位.条例名称.发布日期

8.译著参考文献格式

 [序号]原著作者. 书名[M].译者，译.出版地：出版社，出版年份：起止页码.

参考文献著录的条目以小于正文的字号编排在文末。文献的著录格式:

①专著: 作者. 书名[M]. 出版地: 出版社, 出版年.

②期刊: 作者.题名[J]. 刊名, 出版年, 卷(期): 起止页码.

③论文集: 作者. 论文集名[C]. 出版地: 出版社, 出版年. 起止页码.

④学位论文: 作者. 题名[D]. 保存地点: 保存单位, 年.

⑤专利文献: 专利所有者. 题名[P]. 专利国别: 专利号, 出版日期.

⑥电子文献: 责任者.电子文献题名[电子文献及载体类型标识]. 电子文献网址. 年-月-日. 文献作者3名以内的全部列出；3名以上则列出前3名，后加"等"(英文加"et al").

参考文献类型，根据GB3469-83《文献类型与文献载体代码》规定，以单字母方式标识：M―专著，C―论文集，N―报纸文章，J―期刊文章，D―学位论文，R―研究报告，S―标准，P―专利；对于专著、论文集中的析出文献采用单字母“A”标识，其他未说明的文献类型，采用单字母“Z”标识。

 

一般大学毕业论文的参考文献格式采用如下方式：

一、进入知网，查找到自己需要的文章，点击文章右侧“引用”符号。

二、直接复制知网提供的“GB/T 7714-2015 格式引文”格式即可，注意采用该格式后，文章中的所有参考文献都要用这个格式，保持文章格式一致。

常见参考文献格式：

①科技书籍和专著：编著者．译者．书名[M]（文集用[C]）．版本．出版地：出版者，出版年．页码．

②科技论文：作者．篇名[J]．刊名，出版年，卷号（期号）：页码．

            作者．篇名．ⅹⅹ单位博（硕）论文，年．

 

参考文献必须标明文献类型标志：普通图书 M；会议录 C；汇编 G；报纸 N；期刊 J；学位论文 D；报告 R；标准 S；专利 P；数据库 DB；计算机程序 CP；电子公告 EB。

电子文献载体类型标志：磁带 MT；磁盘 DK；光盘 CD；联机网络 OL。

注意：如果引用的论文是期刊文献[J]，则一定要标注期刊刊号，出版日期、第几期期刊。这些信息一定要下载PDF文献来看，一般文献最上面都会标注这些信息。如果不想下载，可以在知网搜这篇期刊文献，点击HTML阅读，左上角会显示期刊编号等信息，如下图红色标注：



例：袁利. 基于OpenCV的双目摄像机标定[J]. 现代科学仪器，2013，2（2）:78-81.

2013表示2013年出版，2表示第二卷，（2）表示第二期，78-81表示期刊起止页码。