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引用另一模板的宏_技术贴 | 宏基因组分箱Binning(一)介绍和报告展示
2020-11-22 17:05:28原创微文,欢迎转发转载。只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢...现在,微生太免费向所有人分享Binning的整套分析流程,包含:生信分析代码和R语言绘图代码。我们一共设计了7个课时,每周一次,课表...点击蓝字↑↑↑“微生态”,轻松关注不迷路
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只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,“宏基因组”+“Binning”两种分析,微生太帮您一站式处理宏基因组难题。现在,微生太免费向所有人分享Binning的整套分析流程,包含:生信分析代码和R语言绘图代码。我们一共设计了7个课时,每周一次,课表如下。
图1
对Binning分析、R语言绘图感兴趣的朋友千万别错过。错过也没关系,每次课程不仅有回放,还有技术贴带您回顾课程内容。
下面我们一起来回顾第一节课的主体内容吧。
一,What:什么是Binning?
1.1 Binning释义
宏基因组分箱(Binning)是将宏基因组测序得到的混合了不同微生物的序列reads或序列组装得到的contigs或scaffolds按物种分开归类的过程。这些分开归类的序列被称为宏基因组组装基因组(metagenome-assembledgenomes,MAGs)。
1.2 Binning图解
图2
说明:
菌群核酸经DNA提取,建库,测序后变成混合的短序列/reads。利用碱基互补配对的原理,将reads组装成更长的contigs。接着用Binning的算法可以把相同来源的contigs打包到一起。最后用可视化方法绘制基因组草图。
二,Why & When:为何做Binning?
2.1 比较:宏基因组分析VS Binning分析
图3
说明:
二者都是基于菌群样品的二代测序数据分析,都能进行物种、功能注释,统计学分析。宏基因组依赖数据库,适合常见样品的分析,适用于基于已知(数据库)寻找与感兴趣指标有关的细菌和功能基因。Binning常用于分析罕见样品中未知且有特殊用途的细菌,是一种更有意义、难度更大的探索性研究。
2.2 Binning的优势
图4
2.3 Binning高分文献
图5
说明:
早在2011年Science就刊出了一篇利用牛瘤胃样品进行宏基因组Binning的文章。近几年,随着宏基因组的兴起,把Binning分析用到研究中的案例也越来越多。仅2019年就多篇高分文献发表。
2.4 Binning文献举例
图6
图7
2.5 Binning/分箱:微生态文献解读
图8
图9
三,How:如何做Binning?
3.1 微生太公司Binning标准分析流程
图10
3.2 Binning原理
图11
说明:
通过计算分析contigs的四核苷酸频率能有效区分不同物种来源的序列,再结合丰度变化模式区分近亲物种使Binning更加准确。
3.3 Binning工具
图12
说明:
2015年的Metabat最受欢迎,2019年又出Metabat2。
3.4 Metabat2引用
图13
说明:
2019年多篇高分文献引用刚发表的Metabat2。
3.5 Metabat2比拼
图14
说明:
从Bin数量、完成度、Bin纯度、精确度、效率上来看,Metabat2表现都十分出色。
四,Bining报告展示
Binning报告为网页版,篇幅较大,且包含大量的附件。对我们的Binning分析感兴趣的老师同学可以通过联系微生太免费获取。
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{
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参考文献格式详细解释和引用(常见)
2018-10-11 16:19:29参考文献格式国外和国内是不一样的,一般你所投期刊都会对本刊的论文参考文献格式有详细说明,如果是国内参考文献格式...J—期刊文章 D—学位论文 C—论文集 M—专著 N——报纸文章 R——报告 不属于上述的文献...参考文献格式国外和国内是不一样的,一般你所投期刊都会对本刊的论文参考文献格式有详细说明,如果是国内参考文献格式一般还是有通用格式,
--普刊学术中心
www.eipaperfb.com 2015-01-23 19:13
一、参考文献的类型以单字母方式标识,具体如下:
J—期刊文章 D—学位论文 C—论文集 M—专著 N——报纸文章 R——报告
不属于上述的文献类型,采用字母“Z”标识。
二、参考文献的格式及举例
1.期刊类参考文献格式
[序号]作者.篇名[J].刊名,出版年份,卷号(期号):起止页码.
2.学位论文参考文献格式
[序号]作者.篇名[D].出版地:保存者,出版年份:起始页码.
3.论文集参考文献格式
[序号]作者.篇名[C].出版地:出版者,出版年份:起始页码.
4.专著类参考文献格式
[序号]作者.书名[M].出版地:出版社,出版年份:起止页码.
5.报纸类参考文献格式
[序号]作者.篇名[N].报纸名,出版日期(版次)
6.研究报告参考文献格式
[序号]作者.篇名[R].出版地:出版者,出版年份:起始页码.
7.条例参考文献格式
[序号]颁布单位.条例名称.发布日期
8.译著参考文献格式
[序号]原著作者. 书名[M].译者,译.出版地:出版社,出版年份:起止页码.
参考文献著录的条目以小于正文的字号编排在文末。文献的著录格式:
①专著: 作者. 书名[M]. 出版地: 出版社, 出版年.
②期刊: 作者.题名[J]. 刊名, 出版年, 卷(期): 起止页码.
③论文集: 作者. 论文集名[C]. 出版地: 出版社, 出版年. 起止页码.
④学位论文: 作者. 题名[D]. 保存地点: 保存单位, 年.
⑤专利文献: 专利所有者. 题名[P]. 专利国别: 专利号, 出版日期.
⑥电子文献: 责任者.电子文献题名[电子文献及载体类型标识]. 电子文献网址. 年-月-日. 文献作者3名以内的全部列出;3名以上则列出前3名,后加"等"(英文加"et al").
参考文献类型,根据GB3469-83《文献类型与文献载体代码》规定,以单字母方式标识:M―专著,C―论文集,N―报纸文章,J―期刊文章,D―学位论文,R―研究报告,S―标准,P―专利;对于专著、论文集中的析出文献采用单字母“A”标识,其他未说明的文献类型,采用单字母“Z”标识。
一般大学毕业论文的参考文献格式采用如下方式:
一、进入知网,查找到自己需要的文章,点击文章右侧“引用”符号。
二、直接复制知网提供的“GB/T 7714-2015 格式引文”格式即可,注意采用该格式后,文章中的所有参考文献都要用这个格式,保持文章格式一致。
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论文文献怎么引用
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①科技书籍和专著:编著者.译者.书名[M](文集用[C]).版本.出版地:出版者,出版年.页码.
②科技论文:作者.篇名[J].刊名,出版年,卷号(期号):页码.
作者.篇名.ⅹⅹ单位博(硕)论文,年.
参考文献必须标明文献类型标志:普通图书 M;会议录 C;汇编 G;报纸 N;期刊 J;学位论文 D;报告 R;标准 S;专利 P;数据库 DB;计算机程序 CP;电子公告 EB。
电子文献载体类型标志:磁带 MT;磁盘 DK;光盘 CD;联机网络 OL。
注意:如果引用的论文是期刊文献[J],则一定要标注期刊刊号,出版日期、第几期期刊。这些信息一定要下载PDF文献来看,一般文献最上面都会标注这些信息。如果不想下载,可以在知网搜这篇期刊文献,点击HTML阅读,左上角会显示期刊编号等信息,如下图红色标注:
例:袁利. 基于OpenCV的双目摄像机标定[J]. 现代科学仪器,2013,2(2):78-81.
2013表示2013年出版,2表示第二卷,(2)表示第二期,78-81表示期刊起止页码。
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参考文献引用标注.doc
2021-01-15 15:42:53参考文献引用标注 参考文献(即引文出处)的类型以单字母方式标识: m——专著,c——论文集,n——报纸*,j——期刊*,d——学位论文,r——报告,s——标准,p——专利;对于不属于上述的文献类型,采用字母“z”... -
引用 参考文献标注方法.doc
2021-01-15 15:42:35引用 参考文献标注方法 参考文献(即引文出处)的类型以单字母方式标识: m——专著,c——论文集,n——报纸*,j——期刊*,d——学位论文,r——报告,s——标准,p——专利;对于不属于上述的文献类型,采用字母“z... -
引用参考文献标准格式
2014-10-29 21:24:03M——专著,C——论文集,N——报纸文章,J——期刊文章,D——学位论文,R——报告,S——标准,P——专利;对于不属于上述的文献类型,采用字母“Z”标识。 参考文献的格式要求很多,一般来说参考文献的格式都要... -
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