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  • 形成能与结合能
    千次阅读
    2020-04-04 20:30:31

    结合能描述的是核反应前后的能量变化(而不是核子本身具有的能量),并通过盒子的质量变化表现出来。
    平均结合能能够描述某种原子核发生核反应的难易程度。平均结合能越大,这个原子核就越难发生核反应,我们就说这个原子核更稳定。
    当不稳定的原子核发生核反应,变为较稳定的原子核时,放出能量,表现为质量亏损,生成的原子核的比结合能比原来的大。所以说发生质量亏损,比结合能变大

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    大家好,我是小马老师。
    在昨天的推文中,介绍了计算Cu间隙原子形成能的lammps模拟方法。
    与间隙原子相对应的另一种缺陷是空位缺陷,本文介绍计算空位形成能的模拟方法。
    空位形成能计算公式和间隙形成能类似:
    在这里插入图片描述

    主要模拟过程也差不多,间隙原子是额外插入了一个原子,而空位是指在原来的晶格中删除一个原子。
    假如体系共有N个原子,删除一个原子后原子总数为(N-1),空位形成能等于删除一个原子后的能量Ef减去(N-1)个原子的能量。
    在这里插入图片描述

    具体in文件如下,代码来源于网络,我进行了修改和简化,对原作者表示感谢。代码已经注释,仅供参考。

    #模型基本设置
    variable ao equal 3.615
    units   metal
    dimension   3
    boundary    p	p    p      
    atom_style  atomic
    #建模
    lattice fcc 3.615
    region  box block -4 4 -4 4 -4 4
    create_box  2 box
    lattice fcc 3.615
    create_atoms    1 box
    #力场参数设置
    pair_style	eam/alloy
    pair_coeff * * FeCuNi.eam.alloy Cu Cu
    #计算势能
    compute eng all pe/atom 
    compute eatoms all reduce sum c_eng
    #设置输出
    thermo 10
    thermo_style custom step pe c_eatoms 
    #能量最小化
    min_style cg
    minimize 1e-15 1e-15 5000 5000
    run 0
    #计算原子数量
    variable N equal count(all)
    variable No equal $N
    #计算初始能量E0
    variable E equal "c_eatoms"
    variable Ei equal $E
    #产生空位原子
    variable r2 equal sqrt(${ao}^2+${ao}^2)/4
    region select sphere 0 0 0 ${r2} units box
    delete_atoms region select compress yes
    write_data  cu.data
    #设置输出
    thermo 10
    thermo_style custom step pe lx ly lz press pxx pyy pzz c_eatoms 
    #再一次能量最小化
    min_style cg
    minimize 1e-15 1e-15 5000 5000
    write_data  cu2.data
    run 0
    #计算插入空位原子后的能量Ef
    variable Ef equal "c_eatoms"
    #计算空位原子形成能
    variable Ev equal (${Ef}-((${No}-1)/${No})*${Ei})
    #输出空位原子形成能
    print "Vacancy formation energy = ${Ev}"
    

    势函数和in文件可加QQ群下载:754749935
    在这里插入图片描述
    更多lammps案例,请扫码关注微信公众号:lammps加油站
    在这里插入图片描述

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  • CesiumEcharts的结合

    千次阅读 2019-07-12 18:10:08
    最近看群里好多小伙伴问cesium和mapV以及echarts的结合,mapV的结合暂时还不想放出来,先把和Echarts的结合的原理说下,后续会放出代码;经过修改,我叠加的echarts已经不会显得飘在地球上方。 说下我的实现过程,...

    最近看群里好多小伙伴问cesium和mapV以及echarts的结合,mapV的结合暂时还不想放出来,先把和Echarts的结合的原理说下,后续会放出代码;经过修改,我叠加的echarts已经不会显得飘在地球上方

    说下我的实现过程,我是通过在地图上叠加了一个全屏的div,然后在div里渲染Echarts的,这样做会导致当对地图进行操作时,会有一个延迟,显得体验不好。我的做法和其他人的做法有个共同的缺陷,就是形成的Echarts图中的图例是没法点击的,之前研究了一下,如果屏蔽了地图还是echarts的事件是可以达到点击图例的效果,但是这样cesium和echarts的结合又会出问题,后来有其他的事情,就没有再研究,回头抽时间再看下吧;

    现在说下针对结合要怎么对echarts进行修改。echarts是自带map的,这给和cesium的结合提供了机会,可以通过更改echarts的注册坐标系统来达到和cesium统一的目的,从而使得结合能够成功。当你正确地注册了echarts的坐标系统之后,还会遇到一个问题,就是当地球转到背面时,echarts的图形并不会消失,针对这个处理,可以参见我前面的气泡窗进行处理

     

    后续放出代码!

    如果有需要也可以联系我:q 951973194

    展开全文
  • 本文将带大家使用免费开源的PyMOL软件绘制D715-2441蛋白与与PB2cap配体分子的结合模式图。 我们先来看一张成品图: 研究背景 根据分析结果,我们获得以下相互作用: 1、化合物D715-2441的芳环夹在氨基酸残基H357...

    更好的阅读体验:使用PyMOL绘制蛋白与配体分子结合模式图

    摘要

    本文将带大家使用免费开源的PyMOL软件绘制D715-2441蛋白与与PB2cap配体分子的结合模式图。

    我们先来看一张成品图:
    在这里插入图片描述

    研究背景

    根据分析结果,我们获得以下相互作用:

    1、化合物D715-2441的芳环夹在氨基酸残基H357和F404之间并形成π-π堆积作用,还与F404形成疏水作用;

    2、化合物苯环上的羟基与E361的羧基和K376的N+原子形成氢键作用,另一个羟基与F404的O原子形成氢键作用;

    3、化合物吡喃酮环酯基与K339的N+原子和H357的咪唑基形成盐桥作用。

    操作步骤

    PyMOL作图通常是对特定对象进行展示形式、颜色、字体等方面的修饰。PyMOL的精髓在于命令行与鼠标的配合使用,本文高度依赖命令行,请做好心理准备。大多数命令格式较为一致,请注意总结归纳。

    PyMOL作图
    1 设定工作目录,打开文件
    打开PyMOL软件,导入刚才下载的复合物PDB文件(rli-D715-2441-1.pdb)。

    注意:有两种方法导入文件,一种是鼠标点击菜单栏File -> Open…,另一种是通过命令行。在这里,我们采用命令来操作,因为这样可以同时把工作目录设置好,方便后续保存文件。

    假设我们的工作目录为D:\demo。注意:路径中不要有中文和空格,这是导致很多计算类软件(尤其是免费软件)出现问题的原因。

    在PyMOL上界面或下界面的命令输入框输入以下命令(PyMOL>表示这是PyMOL的命令),每行输入完毕后按【Enter】键:
    在这里插入图片描述在这里插入图片描述
    2 设置操作对象

    结合模式图通常涉及到受体(蛋白)与配体(小分子化合物)两部分(有的还可能涉及水分子、金属离子、辅酶;等等),需为之分别设置对象,以便后续操作。设置配体对象:按照下图顺序,将配体设置为lig对象。在这里插入图片描述
    3 设置关键残基对象

    关键残基包括:A链的K339、H357、E361、K376和F404。由于该蛋白只有一条链,在使用命令选择残基时,可以不用指定链名。按照下图顺序,将关键残基设置为res对象。
    在这里插入图片描述
    4 显示所需,隐藏多余
    在PyMOL中输入以下命令:
    在这里插入图片描述
    然后,进行鼠标操作:
    在这里插入图片描述
    5 绘制相互作用力
    前面说过,命令行和鼠标的配合是很重要的。这里再简单讲讲鼠标的几个操作用法:

    A) 拖动鼠标左键:按住右键,任意方向拖动鼠标,使视图转动;

    B) 上下拖动鼠标右键:按住右键,上下拖动鼠标,使视图缩放;

    C) 拖动鼠标中间滚轮:按住滚轮,任意方向拖动鼠标,使视图移动;

    D)滚动鼠标中间滚轮:拉进或拉远镜头,使近处原子逐渐显示或隐藏。

    我们参照平台给出的结合模式图(本文第二张图),通过下面的键鼠操作来绘制相互作用力。

    · 绘制π-π堆积与盐桥作用

    首先,确保鼠标模式(Mouse Mode)为Viewing状态,选择(Selecting)模式为Atoms状态(位置在PyMOL右下方)。然后,按照下面步骤操作:在这里插入图片描述然后,点击PyMOL菜单栏的Wizard -> Measurement,然后根据示意图点击刚才创建的小球,两两一组,便画出虚线(相应地,生成对象measure01~05)。在这里插入图片描述
    · 绘制其他作用力

    采用相同的办法,把氢键和疏水作用也画出来。由于这些作用力的两端刚好落在原子上,因此,不用绘制小球。
    在这里插入图片描述
    6 最后加工
    为方便调整,也为图片规格符合要求(通常,出版社要求全版图片宽度≤2000像素,半版图片宽度≤1000像素,分辨率≥300 dpi),我们将PyMOL界面放大或靠边最大化,并将上半部分的对话框往上拉到最小,让视图最大。然后放大、摆动视图至合适的角度,使尽可能清晰地看到各关键细节。

    基本的创建工作已经完成,接下来进行细致的修饰。
    在这里插入图片描述我们还可按下图步骤微调cartoon样式:
    在这里插入图片描述
    还可移动label的位置(设置Mouse Mode为Editing模式后,按住Ctrl键,用鼠标左键或右键拖动label;必要时,可先将cartoo隐藏起来,等调整好label后,再显示出来),让视图更清晰。经过上述一系列操作,得到下图:
    在这里插入图片描述
    7 生成图片
    上面的图已经可以发表文章了,但为了更好看,还需要进行一步:光线追踪(Ray tracing)。

    继续使用命令:
    在这里插入图片描述
    至此,我们拿到3张图片:focus.png、label.png和overview.png。

    说明

    本文由 生化环材摘编自 高质量PyMOL作图教程,遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议
    展开全文
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