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  • python的h5py读取matlab生成的.mat文件 这次希望把matlab中保存的mat文件读取到python中,本来以为是要h5py很容易可以读取,但是发现还是遇到了坑 首先,看看报错OSError: Unable to open file (File signature not ...

    python的h5py读取matlab生成的.mat文件

    这次希望把matlab中保存的mat文件读取到python中,本来以为是要h5py很容易可以读取,但是发现还是遇到了坑

    首先,看看报错OSError: Unable to open file (File signature not found)

    不应该呀,在matlab中读取这个文件是没有问题的。于是,终于找到了解决方案,是由于matlab保存文件版本的问题。

    在matlab中保存该mat文件时,最后面要加一个version参数,该参数可以是‘-v4’,‘-v5’,‘-v6’,‘-v7’,‘-v7.3’

    将原来的

    save(filename,'nodule_candidates_features');
    

    改为

    save(filename,'nodule_candidates_features', '-v7.3');
    

    即可。

    然后可以使用,以下方法读取~~

    import h5py
    
    path = 'result/detection .mat'
    data = h5py.File(path,'r')
    print(list(data.keys()))
    
    展开全文
  • 可见:Python 从 mat 文件的读写和存储 到 h5py 文件包。 详址:http://blog.csdn.net/u013630349/article/details/47090299 但是,在读取matlab文件的时候,往往不是一层 .mat 就足以解决问题的,.mat 文件中可能

    采用 Python 读取 matlab 中 .mat文件的方法有很多,中外文的论坛上都不少,相关博文

    可见:Python 从 mat 文件的读写和存储 到 h5py 文件包

    详址:http://blog.csdn.net/u013630349/article/details/47090299

    但是,在读取matlab文件的时候,往往不是一层 .mat 就足以解决问题的,.mat 文件中可能是存放的 cell(100*200) 数据, cell(100*200)数据中又分为多个 cell 。那么,如何处理这样的数据结构,实现Python对matlab这一类型数据的读取呢,现对该问题,详解如下:

    【问题一】

    matlab之中有FEAT_Name.mat文件,该文件的形式如下

    FEAT_Name.mat <1x10 cell>	——>	each element is <600x5755 double>
    

    先要实现对FEAT_Name元组的首个矩阵的读取操作,代码实现如下

    myfile=h5py.File('F:\\wfpdm\\20150702_2105\\FEAT_Name.mat','r')
    data = [myfile[element[0]][:] for element in myfile['FEAT_Name']]
    print data[1].shape
    Out: (5755,600)

     
    

    解析

    1)for element in myfile['FEAT_Name'] 实现了对 myfile['FEAT_Name']  的 cell 的遍历;

    2)myfile[element[0]]恰好可以理解为myfile[element],即当前文件的当前cell;

    3)[myfile[element[0]][:] for element in myfile['FEAT_Name']],实现了将数据以list结构存入data之中;

    4)数据转置了600x5755变成了5755x600,需要实现再转置操作;

    【问题二】

    matlab之中有f.mat文件,该文件的形式如下

    		 ——> rank <1x454 cell>		——> each element is <53x50 double>
       f.mat
    		——> compare <1x454 cell>		——> each element is <53x50 double>

    要实现对rank元组的首个矩阵的操作,代码实现如下

    f = h5py.File("f.mat") 
    data = [f[element[0]][:] for element in f['rank']]
    
    result:
    
    In : data[0].shape
    Out: (50L, 53L)
    
    In : data[1].shape
    Out: (50L, 53L)

    解析

    这里只是多一步,将matlab数据的 cell.name 写入即可。至此,Python读取matlab的数据方法介绍完毕。

    【复盘】

    确实存在转置,只是一般的array结构的 .mat 文件不存在,但是针对cell结构的 .mat 文件 存在。需要进行再转置操作,还原数据。

    详见:Python 从 mat 文件的读写和存储 到 h5py 文件包

    详址:http://blog.csdn.net/u013630349/article/details/47090299

    这是笔者第一次完完全全通过外文网站论坛实现问题突破,一直到现在,完成了小结这个知识点的时候还是很兴奋。继续码去了,KK~ !~

    【参考】

    http://stackoverflow.com/questions/27670149/read-matlab-v7-3-file-into-python-list-of-numpy-arrays-via-h5py

    展开全文
  • Matlab调用.py文件

    万次阅读 2016-08-06 10:57:04
    下面的例子阐明了如何通过使用Python模块来调用python的方法,其中模块中包含着下面的例子中所使用的函数。...首先在MATLAB的Editor中创建一个文件,复制如下的命令并把这个文件保存为mymod.py。# mymod.py """Python

    下面的例子阐明了如何通过使用Python模块来调用python的方法,其中模块中包含着下面的例子中所使用的函数。
    这个例子解释了如何在MATLAB中创建模块。如果你使用Python的文本编辑器来编写mymod.py,首先要确保这个模块处理python搜索路径中。

    首先在MATLAB的Editor中创建一个文件,复制如下的命令并把这个文件保存为mymod.py。

    # mymod.py
    """Python module demonstrates passing MATLAB types to Python functions"""
    def search(words):
        """Return list of words containing 'son'"""
        newlist = [w for w in words if 'son' in w]
        return newlist
    
    def theend(words):
        """Append 'The End' to list of words"""
        words.append('The End')
        return words

    在MATLAB的命令提示行中,输入以下命令,来添加当前目录到Python搜索路径中。

    if count(py.sys.path,'') == 0
        insert(py.sys.path,int32(0),'');
    end
    
    
    Create an input argument, a list of names, in MATLAB.
    N = py.list({'Jones','Johnson','James'});

    在调用search函数时,在模块名字和函数名字前面键入“py.”。

    names = py.mymod.search(N);

    其中,names中保存有py.list类型的值。原先的输入N是没有变化的。

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  • 新版本的matlab生成的.mat文件似乎读起来比以前麻烦了,后来发现h5py库能好用一些。 import h5py data=h5py.File('xxx.mat','r') print(list(data.keys())) 这样就可以知道保存的mat文件都有哪些字段了,后面就...

    新版本的matlab生成的.mat文件似乎读起来比以前麻烦了,后来发现h5py库能好用一些。
    import h5py
    data=h5py.File('xxx.mat','r')
    print(list(data.keys()))
    这样就可以知道保存的mat文件都有哪些字段了,后面就慢慢试也行哈哈。

    展开全文
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    万次阅读 2017-11-29 20:45:29
    matlab把所有参数输出到一个文件里,然后用system命令调python脚本。python脚本读文件做计算结果再写文件。最后matlab再读文件得到结果。假设python脚本的用法是: python xxx.py in.txt out.txt则matlab调用的命令...
  • Matlab读取BMP文件代码
  • Pycharm如何运行.py文件

    万次阅读 多人点赞 2018-06-11 21:43:36
    这里需要说明一下Pycharm的作用,Pycharm并不是一个像matlab那样什么都自己提供的软件,它更像一个非常棒的搭桥软件:将Python和.py文件连接在一起。所以当你发现.py文件不能运行时,多半是因为.py文件的路径没有...
  • 这里需要说明一下Pycharm的作用,Pycharm并不是一个像matlab那样什么都自己提供的软件,它更像一个非常棒的搭桥软件:将Python和.py文件连接在一起。所以当你发现.py文件不能运行时,多半是因为.py文件的路径没有...
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  • Python 从 mat 文件读写 到 h5py 文件

    万次阅读 2015-07-27 20:47:53
    但,针对大文件(有网友睁着直径为8848米的小眼睛说的大小的分界点在2GB)以及存储版本在“matlab-v7.3”以上的文件就拙计了,这里分享一种刚刚学到处理方式,用h5py模块,详细介绍以及Python源码详见本文。...
  • % % A=[Anshun,Bijie,Duyun,Dushan,Guiyang,Libo,Liping,Luodian,... % end %%删除文件 for i=2:716 aa =avename(i); y=strcat('H:\yiruzhou\py2\LTDD\', aa ); copyfile(y,'H:\yiruzhou\py2\BEIFEN\'); delete(y); end
  • RD_Client_matlab.py

    2020-11-28 10:58:42
    该脚本用于解决windows远程桌面matlab无法启动问题。使用方法:把脚本放到matlab的licenses文件下,如Matlab2019a\licenses;然后通过cmd命令python RD_Client_matlab.py运行该脚本即可。
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