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  • R语言、R扩展以及RStudio安装

    千次阅读 2016-07-20 22:46:01
    R语言-1安装与试用 选用的参考书是高山主编的《R语言与生物信息学应用》,以及百度、必应……我会把书上的步骤、重点、还有自己的尝试的步骤写出来,以便巩固记忆,如果有误,请多多指教!给各位大佬递茶!  不说...

    R语言-1安装与试用

      选用的参考书是高山主编的《R语言与生物信息学应用》,以及百度、必应……我会把书上的步骤、重点、还有自己的尝试的步骤写出来,以便巩固记忆,如果有误,请多多指教!给各位大佬递茶! 
      不说废话了!开始第一篇博文!

    一、主程序的下载安装与安装

       R总体上分为主程序(含基础包)和扩展包两部分,前者官网下载,后者需要时再到官网上进行下载安装。
      1、官网:https://www.r-project.org
      选择download R
    这里写图片描述

      2、在这里选择China三个镜像的其中一个
    https://cran.r-project.org/mirrors.html

    https://cran.r-project.org/mirrors.html

      3、选择适合自己的系统安装包,(楼主Linux还没有正式开始用,等到熟练之后再开始在Linux安装R)

      4、选择第一次安装
    这里写图片描述

      5、终于下载了(第一次发博有点啰嗦o(╯□╰)o)
    这里写图片描述

    6、下载后安装,接下来各种点击下一步,并选择安装主程序的位置,安装完毕图标为
    这里写图片描述

      这两个图标中x64的是表示64位操作系统,另一个表示的是32位操作系统。

      7、点开x64的图标,R的控制台长这样。


      完成,主程序安装完毕,双击打开R控制台,R软件有两种方式来运行,交互模式只需要,在控制台输入命令,R就会立即返回结果。在批处理模式下,可以在控制台用Source函数来执行编写好的程序。

    二、扩展包的下载与安装

      编程语言的强大之处主要取决于函数库,其中R的函数库主要以R包的形式存在。R的突出特点就是有大量的扩展R包存在实现更为复杂的统计绘图。这里介绍3种不同的安装方式。
      R的来源一部分来自R的官方网站CRAN(前面有),另一个是第三方(CRAN)管理的,如生物数据分析包Bioconductor,也就是生信宝宝们经常要用的这个网站 https://www.bioconductor.org/

      1、在线安装
      打开x64的控制台
      英文中的packages,中文版的”程序包”,选择设定CRAN镜像

      选择中国的镜像

      接下来安装程序包,以ggplot2为例。

      然后选择ggplot2

      点击确定之后的开始安装的进度条(忽视后面背景乱七八糟的尝试)

      成功安装之后的控制台显示

      ps:彩蛋据说两行代码就能解决

    options(CRAN= "http://cran.r-project.org");#指定镜像网站
    install.packages("ggplot2movies");#因为已经安装了ggplot2那本次安装就选择ggplot2movies

      2、下载到本地安装
       需要从网上下载安装包,注意windows下类型必须是.zip格式。举个栗子从(https://cran.r-project.org/bin/windows/contrib/3.3/ISwR_2.0-7.zip)下载packages,以管理员身份打开Rgui.exe程序窗口->程序包->从本地zip文件安装程序包,就ok了,信息会在Rgui窗口中显示。 其他R包从官网下载。
       注意路径要用”\”或者“/”,这个“\”是不行的哟 。
       方案一:代码(这就是交互模式)
    install.packages("F:\\迅雷下载\\ggplot2_2.2.1.zip",contriburl = NULL)
      注意修改一下工作目录,安装R包,批处理R程序(写好之后用source函数执行程序),都要保证R文件和R包在工作目录下面,建议大家在官网安装R包,否则很容安装不成。

      安装成功

      方案二图形界面上面直接选择
     
     成功
     

    二、RStudio的下载与安装

      RStudio是语言集成开发环境,RStudio界面要更加直观简洁,还有多种编程辅助工具,所以还是安装比较好。此处安装的是RStudio-1.0.136 ,以下的说法针对此版本。

    1、下载与安装 

      在www.rstudio.org下载安装,很简单不赘述了,打开之后出现了warning
      
      
       解决方式:tools-> global options-> packages-> cran mirror,我选的是China Bejing
      
       问题解决
      

    2、界面简介

      右上角新建脚本,打开可以看到RStudio已经尽可能的将用到的窗口全部集成到一个界面当中,分为4个界面,功能如下图示意
     
      
      RStudio有自动补全功能,对于记不太清的函数可以用Tab键来获得函数名和参数的提示。export按钮帮助导出各种格式的图片。另外对于R包的操作可以在Tools中的packeage获得。
      
      补充一下RStudio的界面字体太小,而且是白底超级不爽,改变方法
      Tools->Global options->Appearance

    3、在文档中混编代码

      先排代码再将运行的结果导出图形的方法效率太低,容易出错,可以利用knir包在一个文档中混编文本、图形、源代码,分析结果自动插入,并以各种形式输出,方便研究过程。这里以R+Markdown即Rmd文档,后面需要doc再安装pandoc即可(等到后面用到的时候再详细说)。
      第一篇博文,希望自己能够坚持下去。

    展开全文
  • WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before ...已经安装Rtools,报错。发现RRtools要匹配。

    WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:
    已经安装了Rtools,报错。发现R与Rtools匹配在这里插入图片描述


    Bioconductor
    版本对照:

    在这里插入图片描述

    报错, unable to access index for repository https://cran.rstudio.com/src/contrib: 镜像外网无法访问

    R包本地安装

    https://cran.rstudio.com/src/contrib/BiocManager_1.30.16.tar.gz
    

    1.在这里插入图片描述
    2.
    在这里插入图片描述

    在这里插入图片描述

    在这里插入图片描述

    code:

    install.packages(“C:/Users/Administrator/Desktop/BiocManager_1.30.16.tar.gz”,repos = NULL, type = “source”)

    install.packages("C:/Users/Administrator/Desktop/devtools_2.4.2.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
    

    ERROR: dependencies ‘usethis’, ‘callr’, ‘cli’, ‘desc’, ‘ellipsis’,
    ‘fs’, ‘httr’, ‘lifecycle’, ‘memoise’, ‘pkgbuild’, ‘pkgload’,
    ‘rcmdcheck’, ‘remotes’, ‘rlang’, ‘roxygen2’, ‘rstudioapi’,
    ‘rversions’, ‘sessioninfo’, ‘testthat’, ‘withr’ are not available for
    package ‘devtools’

    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述

    options(repos=“http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)还是失败

    Rstudio更换镜像

    Tools–>Global options->Package->Change->Ok->Apply->OK

    展开全文
  • R语言Rstudio 导入

    千次阅读 2020-09-17 23:38:19
    查找 以readxl为例子 ...R语言的统计函数 graphics 基于base图形的R函数 grDevices 基于base和grid图形的图形设备 utils R语言常用工具函数 databases 基本R语言数据集 methods R对象.
    1. 查找
      在这里插入图片描述以readxl为例子

    在这里插入图片描述

    1. Rstudio代码操作
    install.packets("readxl") # " "引号内输入包名
    library() #查阅当前的库内有哪些的已安装的包

    安装成功在这里插入图片描述
    3. Rstudio自带的包:

    标准包说明
    statsR语言的统计函数
    graphics基于base图形的R函数
    grDevices基于base和grid图形的图形设备
    utilsR语言常用工具函数
    databases基本R语言数据集
    methodsR对象的一般定义方法和类,增加一些恶编程工具
    base基本R语言函数
    展开全文
  • 此文与笔者Hexo博客同步更新.前言由于网络安全、访问国外镜像网站速度较慢等原因,无法在线安装R包...方法1)下载所有R包本地#linux 终端(或windows cmd窗口)2)将所有下载的R包相关信息写到配置文件#R 终端path wr...

    此文与笔者Hexo博客同步更新.

    前言

    由于网络安全、访问国外镜像网站速度较慢等原因,无法在线安装R包以及依赖包,成为困扰R 用户(包括笔者在内)的一个问题。于是最近上网查询了一下相关的解决办法,并且实现了离线安装R包以及依赖包,具体方法如下,希望对大家有所帮助。

    方法

    1)下载所有R包到本地

    #linux 终端(或windows cmd窗口)

    2)将所有下载的R包相关信息写到配置文件

    #R 终端

    path

    write_PACKAGES(path,type="source")

    3)写一个安装R包的脚本

    为了方便批量安装多个R包,于是写一个简单的R脚本,install_Rpkg.R 脚本代码:

    library(tools)

    args=commandArgs(T)

    if(length(args) == 0 ){

    cat("Usage: Rscript install_Rpkg.R package1 package2 package3 ...")

    cat("\n")

    quit("no")

    }

    path

    install.packages(args, contriburl=paste("file:",path,sep=''),type="source")

    4)安装R包

    使用示例:

    $ Rscript install_Rpkg.R ggplot2

    * installing *source* package ‘ggplot2’ ...

    ** 成功将‘ggplot2’程序包解包并MD5和检查

    ** R

    ** data

    *** moving datasets to lazyload DB

    ** inst

    ** byte-compile and prepare package for lazy loading

    ** help

    *** installing help indices

    *** copying figures

    ** building package indices

    ** installing vignettes

    ** testing if installed package can be loaded

    * DONE (ggplot2)

    更新'.Library'里的HTML程序包列表

    Making 'packages.html' ... 做完了。

    参考:

    展开全文
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空空如也

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r语言如何本地安装r包