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  • plink工具

    2019-07-23 15:53:48
    plink.exe
  • plink.exe是一个网络模块,通过该程序你可以实现一些网络相关的命令等。plink.exe下载,plink.exe文件,plink.rar
  • PLINK-SETUP

    2018-11-27 16:14:28
    PLINK-SETUP
  • PLINK.jl 在Julia中处理模块。 该软件包为PLINK .bed文件提供了解压缩和压缩例程。压缩的基因型矩阵x存储为一串Int8组件,其中每个8位整数最多存储四个基因型。 PLINK.jl还提供了线性代数例程,可实时解压缩x ,...
  • plink 命令

    2020-02-18 22:08:03
    plink参数说明 Plink: command-line connection utility Release 0.67 Usage: plink [options] [user@]host [command] ("host" can also be a PuTTY saved session name) Options: -V print version in...

    plink参数说明

    Plink: command-line connection utility
    Release 0.67
    Usage: plink [options] [user@]host [command]
           ("host" can also be a PuTTY saved session name)
    Options:
      -V        print version information and exit  打印版本信息,并退出。
      -pgpfp    print PGP key fingerprints and exit  打印PGP指纹并退出。
      -v        show verbose messages   和其他选项联用,显示执行时的详细信息。
      -load sessname  Load settings from saved session    装载设定好的session,通过session名。
      -ssh -telnet -rlogin -raw -serial
                force use of a particular protocol                 强迫使用指定的协议。
      -P port   connect to specified port                         指定连接端口
      -l user   connect with specified username                指定连接的用户名
      -batch    disable all interactive prompts                   关闭所有的交互提示
      -sercfg configuration-string (e.g. 19200,8,n,1,X)
                Specify the serial configuration (serial only)
    The following options only apply to SSH connections:        下面的选项只适用于ssh连接
      -pw passw login with specified password              指定用户密码
      -D [listen-IP:]listen-port                                     指定监听的端口
                Dynamic SOCKS-based port forwarding
      -L [listen-IP:]listen-port:host:port
                Forward local port to remote address
      -R [listen-IP:]listen-port:host:port
                Forward remote port to local address
      -X -x     enable / disable X11 forwarding
      -A -a     enable / disable agent forwarding
      -t -T     enable / disable pty allocation
      -1 -2     force use of particular protocol version
      -4 -6     force use of IPv4 or IPv6
      -C        enable compression               开启压缩模式,加快传输速度
      -i key    private key file for user authentication               用于指定用户密钥
      -noagent  disable use of Pageant
      -agent    enable use of Pageant
      -hostkey aa:bb:cc:...
                manually specify a host key (may be repeated)
      -m file   read remote command(s) from file
      -s        remote command is an SSH subsystem (SSH-2 only)
      -N        don't start a shell/command (SSH-2 only)          不启动一个shell
      -nc host:port
                open tunnel in place of session (SSH-2 only)
      -sshlog file
      -sshrawlog file
                log protocol details to a file

    常用命令:

    plink -ssh -l root -pw 123456 192.168.1.1 -m "c:/scripts/shell.sh"

    -m表示执行的是win 本地的shell 脚本,不加则表示执行linux 下的shell脚本

    展开全文
  • plink-server是一个WebSocket服务器,可帮助plink客户端相互连接。 它是在之上的一小层)。 使用 安装节点0.10+ 执行npm install -g plink-server 执行plink-server 您可以通过-h [host]更改设置服务器的主机。 ...
  • PLink Toggle-crx插件

    2021-04-02 07:41:07
    语言:한국어 plink切换扩展。 控制NeoIz在Chrome中使用的PLINK plink toggle扩展。
  • plink 使用手册

    2018-02-04 14:02:18
    基因型数据的数据格式转换,plink是一个免费的全基因组关联分析,其分析的基础是基因型数据和表型数据,通过整合gplink和Haploview,使的结果可视化。(PLINK (1.07) Documentation 英文)
  • plink一键下载

    2017-06-14 16:34:28
    windows下使用plink实现全自动登陆ssh
  • plink命令

    2018-08-27 12:19:00
    plink远程登陆link主机执行脚本,但是...plink -l root 192.168.1.21 df -h plink.exe -ssh -pw aaaaaausername1@11.22.33.44'/home/username1/test.sh' 使用Putty提供的pscp.exe命令实现Linux文件上传与下载:...

    用plink远程登陆link主机执行脚本,但是无法执行sudo命令 完成后自己关闭

    plink   -l  root   192.168.1.21  df -h

    plink.exe  -ssh  -pw aaaaaa  username1@11.22.33.44  '/home/username1/test.sh'  

     使用Putty提供的pscp.exe命令实现Linux文件上传与下载:

    pscp localfile rootuser@remoteip:/fileDirectory

     

    转载于:https://www.cnblogs.com/huxl1/p/9541485.html

    展开全文
  • plink.exe

    2012-11-28 17:01:42
    plink.exe
  • PLINK pca

    2018-06-12 10:20:00
    #coding:utf-8 __author__ = 'similarface' import os import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt ...path='plink.eigenvec' def plinkPca(filepath,header=""): data=pd.read_table(pa...

     

    #coding:utf-8
    __author__ = 'similarface'
    import os
    import pandas as pd
    import matplotlib.pyplot as plt
    
    path='plink.eigenvec'
    
    def plinkPca(filepath,header=""):
        data=pd.read_table(path,header=None,sep=' ')
        filterdata=data.loc[:,0:5]
        label=filterdata[0].tolist()
        label_uniq = list(set(label))
        label_uniq.sort(key=label.index)
        filterdata.columns=['pop','human','pca0','pca1','pca2','pca3']
        colors=['gold', 'red', 'blue', 'green', 'black', 'yellow', 'orangered', 'sienna', 'tomato', 'silver', 'fuchsia', 'orange', 'coral', 'orchid', 'magenta', 'chartreuse', 'navy', 'violet', 'beige', 'khaki', 'tan', 'indigo', 'cyan', 'azure', 'teal']
        colors=colors[0:len(label_uniq)]
        markers = ['o', 'x', 's', 'p', '^', '>', '+', 'D', '*', '<', '2','_']*10
        markers=markers[0:len(label_uniq)]
        #调整画布大小
        fig = plt.figure(figsize=(8,8),dpi=100)
        plt.clf()
        for i,targer_name,color,marker in zip(range(len(label_uniq)),label_uniq,colors,markers):
            plt.scatter(filterdata[filterdata['pop']==targer_name]['pca0'],filterdata[filterdata['pop']==targer_name]['pca1'], s=20, edgecolor='k',c=color,marker=marker)
        plt.legend(labels = label_uniq, bbox_to_anchor=(1.0,0.95))
        plt.title(header)
        plt.show()
    
        
    plinkPca(path,header="EUR PCA")

     

     

    转载于:https://www.cnblogs.com/similarface/p/9171811.html

    展开全文
  • Plink模板资源toy.ped

    2021-06-03 14:44:05
    Plink模板资源toy.ped
  • plink的模板toy.map

    2021-06-03 14:43:11
    plink的模板toy.map
  • Plink提取tagSNPs

    2021-05-03 21:41:35
    Plink提取tagSNPs 1)识别haplotype block 在提取tagSNPs之前需要先识别haplotype block,这一步的代码很多教程里都给了出来: plink --file mydata --blocks 这里的mydata是由vcf文件经过plink转换来的, 如果是...

    Plink提取tagSNPs

    1)识别haplotype block

    在提取tagSNPs之前需要先识别haplotype block,这一步的代码很多教程里都给了出来:

    plink --file mydata --blocks
    

    这里的mydata是由vcf文件经过plink转换来的,
    如果是ped/map格式的文件(mydata.ped/mydata.map),就用**–file**
    如果是bed/fam格式的文件(mydata.bed/mydata.fam),就用**–bfile**

    当我自己运行的时候出现了小问题(好像是因为表型的问题),文件不能正确的输出,根据软件给出的的提示加入参数:no-pheno-req

    修改后的代码为:

    plink --file mydata --blocks no-pheno-req
    

    这一步输出两个文件,分别是plink.blocks和plink.blocks.det
    在这里插入图片描述plink.blocks文件(上图)

    在这里插入图片描述plink.blocks.det文件(上图)

    2)提取tagSNPs

    网上的教程和官方文档也给出了相应的代码:

    plink --bfile mydata --show-tags mysnps.txt
    

    这里的mysnps.txt是从plink.blocks文件中提取出来的snp编号(一行一个):
    在这里插入图片描述
    但是运行结束后只得到了一个plink.tag文件,以为是哪里出错了,于是查阅官网,官方的解释:

    plink.tags
    that lists all the SNPs in the dataset that tag the SNPs in mysnps.txt (including the SNPs in the original file). A
    message is also written to the LOG file that indicates how many new SNPs were added

    If the option
    –list-all
    is also added, then an additional file is generated that gives some more details for each target SNP (i.e. each SNP listed in mysnps.txt, in the above example) regarding how many and which tags were set for it. The file is named
    plink.tags.list

    就是说如果用上述代码,最后只会输出一个plink.tag文件,如果再加上–list-all,则会再输出一个plink.tags.list文件,修改后代码为:

    plink --file mydata --list-all --show-tags mysnps.txt
    

    plink.tag文件和mysnp.txt文件类似,plink.tag,list文件结果如下:
    在这里插入图片描述

    展开全文
  • plink示例学习

    2020-09-30 14:27:38
    安装好的plink带有一个Demo,输入下面语句执行: ./plink --file toy --freq --out toy_analysis --file 代表输入文件,只需要输入文件的前缀即可。 Input data : '--file toy' tells PLINK to use the ...
  • pscp+plink.txtpscp+plink.txtpscp+plink.txt pscp+plink.txt pscp+plink.txt pscp+plink.txt
  • 熟料 使用R中的PLINK 特征 []安装PLINK []卸载PLINK []确定是否安装了PLINK
  • plink.exe 工具

    2017-08-22 15:24:49
    通过plink可在windows下实现远程自动登录服务器并执行命令!
  • 主要应用是双重的:首先将基因型SNP数据转换为不同的插补工具(如PLINK MACH,IMPUTE,BEAGLE和BIMBBAM)的格式,其次将输入的数据转换成不同的文件格式(如PLINK,HAPLOVIEW,EIGENSOFT和SNPTEST)。 可读的文件...
  • Update plink 1.9

    2020-12-30 06:48:38
    <div><h2>Update plink 1.9 to most recennt <p>Please read the <a href="https://bioconda.github.io/contributor/guidelines.html">guidelines for Bioconda recipes</a> before opening a pull request (PR). ...
  • linux上安装Plink

    千次阅读 2020-09-30 11:53:14
    1. 进入plink官网,选择对应版本 http://www.cog-genomics.org/plink2/ 鼠标放置上面,右键->复制链接: 2. 下载安装包并解压 wget ...
  • plink.txt文档

    2013-02-28 23:31:26
    plink介绍 plink命令及操作介绍
  • plink:Flink平台-源码

    2021-05-14 10:57:05
    Plink Platform for 概述 旨在基于 封装构建上层平台。 提供常见的作业管理功能。如作业的创建,删除,编辑,更新,保存,启动,停止,重启,管理,多作业模板配置等。 (开发中)Flink SQL 编辑提交功能。如 SQL 的...
  • 实验室的电脑不能联网(数据库的原因)。所以我实验室的电脑安装了win10和ubuntu系统,...T,输入“./plink”可是提示“bash: ./plink:Permission denied”。折腾了都用不了。</p>
  • android下的 plink

    2013-07-30 10:11:13
    android 下使用的 plink, 可以用来测试串口 plink -serial /dev/ttyXXX -sercfg 115200,8,n,1,X
  • 叮铃声切换扩展。 Neowiz的PLink的Chrome浏览器的PLink切换扩展插件。 支持语言:한국어
  • 主要介绍了Shell中使用plink工具实现远程批量关机,Plink 是命令行工具,执行远程服务器上的命令,需要的朋友可以参考下
  • pageant+plink+puttygen

    2016-09-23 10:52:31
    svn ssh 需要的 pageant plink puttygen 很好用的三件套资源要的可以下载
  • Plink使网络浏览器更轻松 Plink是用于在两个浏览器之间创建数据通道的小型工具(位于之上的薄层)。 例子 这是两个应用程序的示例,这两个应用程序将使用相互建立对等连接,然后通过对等数据通道相互发送问候。 ...

空空如也

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