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  • 重复序列

    2015-10-06 10:00:00
    重复序列种类 Tandem repeats 串连重复 Satellite DNA 卫星DNA Variable number tandem repeat /Minisatellite 小卫星 Short tandem repeat(STR)/Microsatellite (Trinucleotide repeat disorders)微卫星 ...
    重复序列的种类
    
    Tandem repeats 串连重复
       Satellite DNA 卫星DNA
       Variable number tandem repeat /Minisatellite 小卫星
       Short tandem repeat(STR)/Microsatellite (Trinucleotide repeat disorders)微卫星
    
    Interspersed repeats 散落重复
       Transposon (Transposable elements (TEs) )转座子
          Retrotransposon 反转录转座子
             SINEs – Alu sequence, MIR 短散落元件
             LINEs – LINE1, LINE2 长散落元件
             LTRs – HERV, MER4, retroposon 长末端重复
          DNA transposon DNA转座子
             MER1, MER2, Mariners
             TIR(Terminal Inverted Repeat) 末端方向重复
    
    Genomic island
       Genomic island
    
    对于一个新基因组,标记重复序列的流程
    
    已知的转座子的鉴定;
    新的重复序列的预测;
    串连重复的鉴定;
    重复序列的特征分析
    
    重复序列占基因组的比例,不同类型重复序列的数目,比较不同物种之间的差异,描绘出该物种重复序列的特征。

    转载于:https://www.cnblogs.com/liuhui0622/p/4856754.html

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  • [Python] Python 循环种类

    千次阅读 2019-03-01 11:28:30
    Python 循环种类 Python中有两种循环,一种是for循环,一种是while循环。 它们的相同点在于都能循环做一件重复的事情, 不同点在于for循环会在可迭代的序列被穷尽的时候停止,while则是在条件不成立的时候停止,...

    Python 循环种类

    Python中有两种循环,一种是for循环,一种是while循环。
    它们的相同点在于都能循环做一件重复的事情
    不同点在于for循环会在可迭代的序列被穷尽的时候停止,while则是在条件不成立的时候停止,因此while的作用概括成一句话就是:只要…条件成立,就一直做…

    image_1d4pda1h13j4176s1m7b18h01qur9.png-54kB

    while循环语句

    Python 编程中 while 语句用于循环执行程序,即在某条件下,循环执行某段程序,以处理需要重复处理的相同任务。

    其基本形式为 :

    image_1d4pdl2vt4stucp6p3n3uecr2d.png-71.1kB

    其循环流程图为:

    image_1d4pdi4aq1pdm1p9kefo1tsu1s2313.png-83.2kB

    执行语句可以是单个语句或语句块。
    判断条件可以是任何表达式,任何非零、或非空(null)的值均为true。当判断条件假false时,循环结束。

    image_1d4pet6o016jq1s1j166m1e3m1tpd37.png-61.1kB

    注意:若没有把条件设置好,则容易造成无限循环

    image_1d4peq6dqj4mckm1lc5sbtsn12q.png-371kB

    • 如果while循环体中只有一条语句,可以将该语句与while写在同一行,不用缩进。
    • while … else 在循环条件为 false 时执行 else 语句块

    image_1d4q0bld61d8qq8o1qh2ifiu6k9.png-150.1kB

    num = 45 # 出题人给定的数字
    while num==45:
        a = int(input("请猜一个0-100的数字:")) # 游戏参与者所猜的游戏
        #以下设置是否猜对,数字偏大还是偏小
        if a == num:
            num = False # 如果猜对了,修改num值与原来的值不一样即可结束循环
            print("恭喜你,中奖了,请喝酒!")
        elif a > num:
            print("你猜的数字大了,下一位!")
    else:
        print("你猜的数字小了,下一位!")
    

    image_1d4q0fdke41dgku7m5a7q1vv219.png-133.3kB

    num = 45 # 出题人给定的数字
    while num==45:
        a = int(input("请猜一个0-100的数字:")) # 游戏参与者所猜的游戏
        #以下设置是否猜对,数字偏大还是偏小
        if a > num:
            print("你猜的数字大了,下一位!")
        if a < num:
            print("你猜的数字小了,下一位!")
        if a == num:
            num = False # 如果猜对了,修改num值与原来的值不一样即可结束循环
            print("恭喜你,中奖了,请喝酒!")
    

    for循环语句

    Python for循环可以遍历任何序列的项目,如一个列表或者一个字符串。
    for循环作为编程语言中最强力的特性之一,能够帮助我们做很多重复性的事情。比如批量命名、批量操作等等。
    把for循环所做的事情概括成一句话就是:于…其中的每一个元素,做…事情。

    其基本形式为:

    image_1d4q0npc81371onk1ag7ml8mb441.png-111kB

    其循环流程图为 :

    image_1d4q0ove01v5eu66te129m1g6h4e.png-109kB

    • for是关键字,而后面紧接着的是一个可以容纳“每一个元素”的变量名称,至于变量起什么名字自己定,但切记不要和关键词重名。
    • 在关键词in后面所对应的一定是具有“可迭代的”(ite「able)或者说是像列表那样的集合形态的对象,即可以连续地提供其中的每一个元素的对象。

    image_1d4q120ud1m7b1ko919fo188d1rpu4r.png-46.8kB

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  • 一个节点在prufer数列中出现的次数是这个节点的度数减一。 这样我们就知道这个数列...又因为我们知道了元素种类与出现次数。于是问题就变成了求一个有重复元素的全排列。 因为n最大有150.所以分解一下质因数就好了。
    一个节点在prufer数列中出现的次数是这个节点的度数减一。
    这样我们就知道这个数列中有哪些数了,因为一个prufer数列唯一对应一颗树。然后问题就变成了求有多少种prufer数列。又因为我们知道了元素种类与出现次数。于是问题就变成了求一个有重复元素的全排列。
    因为n最大有150.所以分解一下质因数就好了。
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  • 在一次遍历中,维护一个set集合,代表字符串S中S[0…i]中最长不重复子串中的元素种类,变量start为当前不重复子串的起始索引,变量end为当前不重复子串的结束索引,变量res表示S[0…i]中最长不重复子串的长度。...

    解题思路

    1. 遇到不重复首先要想到用set来解决问题

    2. 遇到字符串或者数组类的问题首先想在复杂度下能否解决问题,即在一次遍历序列的过程中,解决问题

    针对最长不重复子串的思路

    在一次遍历中,维护一个set集合,代表字符串S中S[0…i]中最长不重复子串中的元素种类,变量start为当前不重复子串的起始索引,变量end为当前不重复子串的结束索引,变量res表示S[0…i]中最长不重复子串的长度。

    当遇到S[i+1]在集合set中的情况时,在当前不重复子串的起始位置开始遍历,知道删除掉距离end最近的一个与S[i+1]相同的字符为止。

    以上是我的初始思路,但是其中有一个漏洞,就是当前S[start:end]代表一个不重复子串,所以不可能出现多个与S[i+1]相同的字符,因此删掉第一个就好了。

    代码

    public class TheLongestUnreaptebalSubString {
    
        public static int lengthOfLongestSubstring(String s) {
    
            if (s == null || s.length() == 0) {
    
                return 0;
    
            }
    
            int res = 0;
    
            int start = 0;
    
            int end = 0;
    
            Set<Character> set = new HashSet<>();
    
            for (; end < s.length(); end++) {
    
                char c = s.charAt(end);
    
                if (set.contains(c)) {
    
                    while (s.charAt(start) != c) {
    
                        set.remove(s.charAt(start));
    
                        start++;
    
                    }
    
                    start++;
    
                }
    
                set.add(c);
    
                res = Math.max(res, end - start + 1);
    
            }
    
            return res;
    
        }
    
    
    
        public static void main(String[] args) {
    
            System.out.println(lengthOfLongestSubstring("abcabcbb"));
    
        }
    
    }
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空空如也

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