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  • Qiime2 软件安装

    2020-06-14 11:58:30
    Qiime2 软件安装   近日开始学习Qiime2,本人是Windows10系统,但本次并没有选择安装双系统来安装Qiime2软件。而是在Microsoft Store中安装了Ubuntu 20.0 LTS来安装Qiime2。现将过程记录如下,以作纪念。 前言  ...

    Qiime2 软件安装

      近日开始学习Qiime2,本人是Windows10系统,但本次并没有选择安装双系统来安装Qiime2软件。而是在Microsoft Store中安装了Ubuntu 20.0 LTS来安装Qiime2。现将过程记录如下,以作纪念。

    前言

      整个安装基本参考Qiime2官网推荐方法和刘永鑫老师推荐方法

    1. Ubuntu安装

      Windows 10系统上安装Ubuntu较为简单,通过Microsoft Store搜索该软件,然后安装即可。
      Ubuntu安装需要持续几分钟,然后提示输入用户名和密码,输入密码过程中,屏幕上并不会显示字符,但实际已经输入。
      首次安装还需要在“开启或关闭Windows功能”选择“适用于Linux的Windows子系统”。具体的过程可以借鉴知乎网友方法

    2. conda安装

      本次安装主要基于conda安装,具体过程如下:

    wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh  
    #.sh文件相当于Windows下的.exe
    bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh 
    rm Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
    

      conda的安装较为简单,很容易完成。conda安装完成后,按照刘永鑫老师推荐,添加了清华镜像。

    site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
    conda config --add channels ${site}/pkgs/free/ 
    conda config --add channels ${site}/pkgs/main/
    conda config --add channels ${site}/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels ${site}/pkgs/r/
    conda config --add channels ${site}/cloud/bioconda/
    conda config --add channels ${site}/cloud/msys2/
    conda config --add channels ${site}/cloud/menpo/
    conda config --add channels ${site}/cloud/pytorch/
    

    3. Qiime2安装

    3.1 首先在用户文件夹下设置子文件夹,存放qiime 2安装程序

    mkdir -p 2020.2 
    cd 2020.2
    

    3.2 下载Qiime2安装列表

    wget -c https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml  
    

      这个真的很难完成,需要手动下载后,添加到qiime2文件夹下。但是可能没有权限的原因,即便添加到了qiime2文件夹,仍然无法识别,在ubuntu下输入ls命令,显示不存在.yml文件。这里我采用了两种方法解决这个问题:

    • 将.yml文件下载到其他文件夹下,比如E盘,然后通过在ubuntu输入
    cd /mnt/e/
    

    找到这个.yml文件,利用mv命令将其粘贴到qiime2文件夹下。

    mv qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml /home/so/qiime2/
    
    • 此外,还可以在Qiime2文件夹下,建立qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml这个空文件,代码如下
    touch qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml
    

    此后将下载的qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml内容复制到该文件中。此后,安装qiime软件:

    conda env create -n qiime2-2020.2 --file qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml
    

      该过程有时候安装特别缓慢,还容易存在部分文件下载不成功。推荐晚上安装,这时候网速较好,下载速度快(~ 30 min)。有时候会存在部分文件下载不成功,这时候再执行

    conda env create -n qiime2-2020.2 --file qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml
    

      下载完成后,需要安装,静待即可。
    最后通过,

    conda activate qiime2-2020.2
    

      可验证Qiime2是否安装成功。

    展开全文
  • 外部数据导入qiime2软件内部     序列、OTU(Feature) Table导入qiime2较为简单,可以按官方推荐方式进行导入。下面重点介绍taxonomy导入方式: 1. TSV格式     创建TSV表格...

    外部数据导入qiime2软件

        序列、OTU(Feature) Table导入qiime2较为简单,可以按官方推荐方式进行导入。其中,OTU table输入方法如下:

    biom convert -i table.txt -o table.from_txt_json.biom --table-type="OTU table" --to-json
    qiime tools import \
      --input-path table.from_txt_json.biom \
      --type 'FeatureTable[Frequency]' \
      --input-format BIOMV100Format \
      --output-path table.qza
    

    下面重点介绍taxonomy导入方式:

    1. TSV格式

        创建TSV表格,切记不能含有表头(qiime2会自己生成headline),内容按照OTUID和taxonomy两列排列。代码如下:

    qiime tools import \
    --input-path taxonomy.txt \
    --input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \
    --type FeatureData[Taxonomy] \
    --output-path taxonomy.qza
    

    2. Biom格式

    • 首先创建.txt文件,必须含有表头 Feature ID 和taxon,按照ID和taxonomy两列排列。
    • 利用biom将其转换为biom格式文档。
    biom convert -i taxonomy.txt -o taxonomy.biom --table-type="OTU table" --to-hdf5
    

        需要注意的是,这里必须是hdf5格式,不能为json格式。

    • 此后,按照如下代码导入:
    qiime tools import \
    --input-path taxonomy.biom \
    --input-format BIOMV210Format \
    --type FeatureData[Taxonomy] \
    --output-path taxonomy.qza
    
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  • 导入QIIME2 导入fastq到QIIME2中 这是QIIME2 使用总结 一共有四种方式导入fastq到QIIME2 下面的内容参考 只有fasta文件,如何导入到qiime2 由于从SRA中提取的Fastq文件没有其他辅助文件,需要自行建立一个清单文件 ...

    本文主要内容

    1. 从NCBI下载SRA文件,并转换fastq 文件
    2. 导入QIIME2

    导入fastq到QIIME2中

    这是QIIME2 安装和 使用总结

    一共有四种方式导入fastq到QIIME2

    下面的内容参考
    只有fasta文件,如何导入到qiime2

    由于从SRA中提取的Fastq文件没有其他辅助文件,需要自行建立一个清单文件

    在这里插入图片描述
    可是我们的序列,只有fastq,其他信息一概不知道,也就没办法设置方向什么的了

    这里再官网中发现了一种导入方式

    unzip -q se-33.zip
    
    qiime tools import \
      --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \
      --input-path se-33-manifest \
      --output-path single-end-demux.qza \
      --input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2
    

    其中se-33-manifest文件内容如下:

    # single-end PHRED 33 fastq manifest file for forward reads
    sample-id	absolute-filepath
    sample.1	$PWD/se-33/sample1.fastq.gz
    sample2	$PWD/se-33/sample2_S1_L001_R1_001.fastq.gz
    
    

    参考这个思路

    制作一个sample-meta.tsv
    内容如下:以tab 分割
    
    # single-end PHRED 33 fastq manifest file for forward reads
    sample-id	absolute-filepath
    sample.1	$PWD/SRR11192680.fastq
    

    运行下面的代码,导入到qiime2中

    qiime tools import
    --type 'SampleData[SequencesWithQuality]'
    --input-path sample-meta.tsv
    --output-path single-end-demux.qza
    --input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2
    

    在这里插入图片描述
    这里显示我们的fastq文件通过metadata导入成功

    希望进一步,可视化一下,先生成qzv文件,再上传到https://view.qiime2.org/visualization/ 显示出来

    qiime demux summarize \
      --i-data single-end-demux.qza \
      --o-visualization demux-summary-1.qzv
    

    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述

    基本信息都能显示出来,说明fastq文件成功导入到QIIME2 软件了,其他的工作流程可以跟着官网介绍来了

    tips:在linux中运行可视化qzv文件命令时,报错,因此目前只能先下载qzv文件,然后上传到网站进行显示。

    展开全文
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    使用的软件qiime2
    https://github.com/YongxinLiu/QIIME2ChineseManual讲得很详细,优先使用这个
    https://qiime2.org
    https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/77942745
    https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838
    https://view.qiime2.org/可视化网页
    序列比对: https://www.genome.jp/tools-bin/clustalw

    如何在NCBI上根据属名批量下载参考基因组https://github.com/kblin/ncbi-genome-download

    导入fastq文件
    https://blog.csdn.net/julse/article/details/111587818
    https://blog.csdn.net/zhihaoyi/article/details/102588522
    1、建立清单文件
    2、代码

    time qiime tools import \
    --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \
    --input-path metainfo.tsv \
    --output-path single-end-demux.qza \
    --input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2
    

    3、查看导入文件的统计信息,先生成qzv文件,再上传到https://view.qiime2.org/visualization/ 显示出来,或下载到本地解压查看

    time qiime demux summarize \
      --i-data single-end-demux.qza \
      --o-visualization single-end-demux.qzv
    

    训练分枝杆菌属(Mycobacterium)分类器

    教程https://mp.weixin.qq.com/s/K_4HhVCrCJuYePnsxgok6w
    Mycobacterium_16sRNA.fasta 数据来源:https://lpsn.dsmz.de/genus/mycobacterium(LPSN)
    LPSN每一种微生物属的16sRNA.fasta 都有,可以一次性下载
    分枝杆菌致病菌数据库https://mycobrowser.epfl.ch/
    分枝杆菌在全国分布的文章https://www.hindawi.com/journals/bmri/2016/2153910/tab2/

    展开全文
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