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  • f1= open(file1) f2= open(file2) for f1_line in f1: f2_line = f2.readline()
    f1= open(file1)
    f2= open(file2)
    for f1_line in f1:
        f2_line = f2.readline()
    f1= open(file1)
    f2= open(file2)
    for f1_line in f1:
        for f2_line in f2:

    以上两段代码我以为执行结果相同,但是并非这样。

    第一段代码是从 f1 中取出第一行的同时,用readline方法取出 f2 的第一行。从f1取第二行,再从f2取第二行,以此类推。

    第二段代码是从f1中取第一行后,分别与f2中取出的一二三四五......行比较。需要注意的是,由于文件指针的存在,在f2遍历一次后 ,文件指针指向末尾。此时从f1中取第二行将与空对象比较。

    for循环遍历文件内容时要注意文件指针的问题。将文件内容用list方法列表化后,再执行遍历应该能消除这个差别,不过我没试。

    运行第一段代码时发现了个问题。若f1中对象少于f2两个以上,则在f1取出最后一个后,再多抛出两个空对象for循环便终止。具体原理未知。

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  • \urs\bin\env python#encoding:utf-8 #设置编码方式import osimport reclass loop_file:def __init__(self, root_dir, short_exclude=[], long_exclude=[], file_extend=[]):self.root_dir = root_dirself.short_e.....

    #!\urs\bin\env python

    #encoding:utf-8 #设置编码方式

    import os

    import re

    class loop_file:

    def __init__(self, root_dir, short_exclude=[], long_exclude=[], file_extend=[]):

    self.root_dir = root_dir

    self.short_exclude = short_exclude

    self.long_exclude = long_exclude

    self.file_extend = file_extend

    def __del__(self):

    pass

    def start(self, func):

    self.func = func

    return self.loop_file(self.root_dir)

    def loop_file(self, root_dir):

    t_sum = []

    sub_gen = os.listdir(root_dir)

    for sub in sub_gen:

    is_exclude = False

    for extends in self.short_exclude: ##在不检查文件、目录范围中

    if extends in sub: ##包含特定内容

    is_exclude = True

    break

    if re.search(extends, sub): ##匹配指定正则

    is_exclude = True

    break

    if is_exclude:

    continue

    abs_path = os.path.join(root_dir, sub)

    is_exclude = False

    for exclude in self.long_exclude:

    if exclude == abs_path[-len(exclude):]:

    is_exclude = True

    break

    if is_exclude:

    continue

    if os.path.isdir(abs_path):

    t_sum.extend(self.loop_file(abs_path))

    elif os.path.isfile(abs_path):

    if not "." + abs_path.rsplit(".", 1)[1] in self.file_extend: ##不在后缀名 检查范围中

    continue

    t_sum.append(self.func(abs_path))

    return t_sum

    if '__main__'==__name__:

    root_dir = r'D:\harness\newshoppingcart\testcase\promo\single_promo'

    short_exclude = ['.svn', '.*_new.rb'] ###不包含检查的短目录、文件

    long_exclude = [] ###不包含检查的长目录、文件

    file_extend = ['.rb'] ###包含检查的文件类型

    lf = loop_file(root_dir, short_exclude, long_exclude, file_extend)

    for f in lf.start(lambda f: f):

    print f 给定一个主目录,循环其下特定过滤规则的文件,并传给自定义的处理函数,最后返回每一个自定义函数返回的结果内容的列表。

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  • so I've seen this done is other questions asked here but I'm still a little ... I've been learning python3 for the last few days and figured I'd start working on a project to really get my hands...

    so I've seen this done is other questions asked here but I'm still a little confused. I've been learning python3 for the last few days and figured I'd start working on a project to really get my hands dirty. I need to loop through a certain amount of CSV files and make edits to those files. I'm having trouble with going to a specific column and also for loops in python in general. I'm used to the convention (int i = 0; i < expression; i++), but in python it's a little different. Here's my code so far and I'll explain where my issue is.

    import os

    import csv

    pathName = os.getcwd()

    numFiles = []

    fileNames = os.listdir(pathName)

    for fileNames in fileNames:

    if fileNames.endswith(".csv"):

    numFiles.append(fileNames)

    for i in numFiles:

    file = open(os.path.join(pathName, i), "rU")

    reader = csv.reader(file, delimiter=',')

    for column in reader:

    print(column[4])

    My issue falls on this line:

    for column in reader:

    print(column[4])

    So in the Docs it says column is the variable and reader is what I'm looping through. But when I write 4 I get this error:

    IndexError: list index out of range

    What does this mean? If I write 0 instead of 4 it prints out all of the values in column 0 cell 0 of each CSV file. I basically need it to go through the first row of each CSV file and find a specific value and then go through that entire column. Thanks in advance!

    解决方案

    It could be that you don't have 5 columns in your .csv file.

    Python is base0 which means it starts counting at 0 so the first column would be column[0], the second would be column[1].

    Also you may want to change your

    for column in reader:

    to

    for row in reader:

    because reader iterates through the rows, not the columns to my understanding.

    This code loops through each row and then each column in that row allowing you to view the contents of each cell.

    for i in numFiles:

    file = open(os.path.join(pathName, i), "rU")

    reader = csv.reader(file, delimiter=',')

    for row in reader:

    for column in row:

    print(column)

    if column=="SPECIFIC VALUE":

    #do stuff

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  • 目录摘要for循环遍历文件使用方法方法一方法二总结 摘要 在日常生信分析过程,分析员或多或少会使用for循环批量处理样品或者分组。这里我简单整理一下自己常用的两种遍历方法。 for循环遍历文件使用方法 方法一 ...

    摘要

    在日常生信分析过程中,分析员或多或少会使用for循环批量处理样品或者分组。这里我简单整理一下自己常用的两种遍历方法。

    for循环遍历文件使用方法

    方法一

    对于在同一个文件内的所有样品,使用 ls 可以遍历该文件夹内的所有文件名。

    for i in ls ./;
    do
    echo ${i}
    done
    

    可能有时候还有一些脚本文件在里面, 我们可以使用 正则表达式 *来表示文件内的样品名

    for i in *_R1.fastq.gz;
    do
    i={i%_R1.fastq.gz} #获取样品名前缀
    echo  ${i}_R1.fastq.gz  ${i}_R2.fastq.gz
    done
    

    方法二

    如果样品数目不多,可以直接添加样品前缀

    for i in 18134R-104-01_S0_L001 18134R-104-02_S0_L001 18134R-104-03_S0_L001;
    do
    echo  ${i}_R1.fastq.gz  ${i}_R2.fastq.gz
    done
    

    或者设置数组,输入样品名

    group=(18134R-104-01_S0_L001 18134R-104-02_S0_L001 18134R-104-03_S0_L001)#使用括号,样品名用空格分隔
    for i in ${group[@]};
    do
    echo  ${i}_R1.fastq.gz  ${i}_R2.fastq.gz
    done
    

    总结

    shell的for循环和R,python还是有些区别,尤其是数组循环。好好利用可以解决批量样品的处理以及差异分组的分析。欢迎加群讨论,遇见二维码过期可添加VX:bbplayer2021 ,备注 申请加入生信交流群。请添加图片描述

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    2021-01-13 03:57:42
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    千次阅读 2021-03-06 01:36:34
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  • 如何提高python 中for循环的效率

    千次阅读 2020-12-24 05:29:44
    思路很简单:就是循环33210000条记录,将每辆车的数据搬运到它该去的文件中。但是对于3000多万条数据,一个一个循环太消耗时间,我花了2个小时才搬运了60万数据,算算3000万我需要花费100个小时,也就需要4-5天。...
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  • Python读取并遍历CSV数据

    千次阅读 2021-03-30 20:49:38
    数据读取 直接通过Python自带的包读取CSV文件,读进来都是字符...1.由于从CSV文件中读取的数据大多需要进行处理,所以转换为列表形式比较方便 # 遍历所有数据并存储到数组中 a = data.values.tolist() 2.统计该数据一
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空空如也

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python中for循环遍历文件

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