精华内容
下载资源
问答
  • Lammps实现甲烷与的竞争吸附-循环不同气体分子
    更多相关内容
  • lammps分子动力学模拟水分子,可以模拟任意数量级的水分子团簇,进行水分子的动力学研究。
  • purewater_lammps_lammps水分子模拟.zip
  • purewater_lammps_lammps水分子模拟_源码.zip
  • 如果lammps模拟体系中包含分子结构,最常见的流程是使用MS、packmol等软件建模,然后转换为lammps data文件,在lammps读入data文件。 其实,lammps也可以进行分子建模,对于一些比较简单的分子模型,使用lammps建模...

    大家好,我是小马老师。
    如果lammps模拟体系中包含分子结构,最常见的流程是使用MS、packmol等软件建模,然后转换为lammps data文件,在lammps读入data文件。
    其实,lammps也可以进行分子建模,对于一些比较简单的分子模型,使用lammps建模也比较方便。
    本文以水球模型为例,介绍lammps分子类结构建模方法。
    在这里插入图片描述

    lammps创建分子的原理是把分子当做一个原子添加到体系中,和添加原子的命令一样,也是create_atoms。
    命令语法规则为:
    create_atoms mol template-ID seed
    mol:添加分子的关键词
    template-ID:分子模板,等同于ms中分子单体
    seed:随机数种子,分子取向随机
    具体的步骤为:
    (1)创建分子模板(template-ID)文件

    分子模板描述了一个分子单体内原子的类型、原子坐标、键、角等信息。
    如下图为水分子的模板文件water.data部分内容,请加QQ群:754749935下载完整的water.data文件。
    在这里插入图片描述

    (2)编写in文件

    units real
    atom_style full
    #创建box
    region box block -20 20 -20 20 -20 20 units box
    #box内原子数量、键、角等信息
    create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 &
    			extra/special/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1
    #H2O的晶格,可调节晶格尺寸控制水分子数量或水的密度
    lattice 		bcc 3.92
    #设定区域
    region          H2O sphere 0 0 0 18 units box
    #设定分子模板id为water,对应文件water.data
    molecule		water water.data
    #在球形区域内填充水分子
    create_atoms	0 region H2O mol water 3453 units box
    #设置原子摩尔质量
    mass                1 16
    mass                2 1
    #保存模型文件
    write_data          H2O.data
    

    在这里插入图片描述
    公众号案例代码以及学习交流,请加QQ群:754749935
    在这里插入图片描述

    扫描关注微信公众号:lammps加油站。
    在这里插入图片描述

    展开全文
  • LAMMPS介绍与经典范例

    2020-09-27 16:02:14
    一般性分子模拟软件。 兼容当前大多数的势能模型,编程水平高,计算效率高。可以模拟软材料和固体物理系统。windows系统安装过程有事请联系95483431@qq.com。
  • 本文分享一个使用lammps模拟水分子在石墨烯狭缝内流动的案例。 案例由Simon Gravelle编写,Simon Gravelle已经发表了多篇lammps模拟论文,在其个人主页(https://simongravelle.github.io/)提供了lammps教程和案例...

    大家好,我是小马老师。
    本文分享一个使用lammps模拟水分子在石墨烯狭缝内流动的案例。
    案例由Simon Gravelle编写,Simon Gravelle已经发表了多篇lammps模拟论文,在其个人主页(https://simongravelle.github.io/)提供了lammps教程和案例代码下载,有兴趣的可以到他的个人主页看看。
    案例模型如下图所示:
    在这里插入图片描述

    该案例包括了流体模拟的关键技术,如:
    (1)水分子为tip4p类型水分子,在模拟中,使用fix addforce命令驱动水分子产生流动。

    fix 		kick wat addforce ${frc} 0.0 0.0
    

    (2)为防止石墨烯移动,使用以下命令保证石墨烯位置相对固定:

    fix mymum Car momentum 1 linear 1 1 1
    fix myrec Car recenter NULL NULL INIT
    

    (3)水分子温度计算中,去掉了流动方向速度对温度的影响

    compute 	ctN wat temp/partial 0 1 1
    

    替换模型和势参数可用于其它流体的模拟。

    案例下载地址:

    https://github.com/simongravelle/lammps-input-files/tree/main/interfaces/water-in-graphene-slit
    

    为方便不能下载的朋友,下面贴出in文件代码:

    # LAMMPS input file
    #变量设置
    variable	tem equal 300
    variable	frc equal 2e-4 # force to be applied to the water molecule
    #模型基本设置
    units		real
    atom_style	full
    #力场参数设置
    bond_style	harmonic
    angle_style	harmonic
    dihedral_style	opls
    improper_style	harmonic
    boundary	p p p
    pair_style  	lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.105 10.0
    kspace_style	pppm/tip4p 1.0e-4
    pair_modify	mix arithmetic tail yes
    special_bonds	lj/coul 0.0 0.0 0.5 angle yes
    #读取data文件和力场参数文件
    read_data	data.lammps
    include 	PARM.lammps
    #分组
    group		wat type 1 2
    group		Car type 3
    #固定水分子键角
    fix		myshk wat shake 1.0e-4 200 0 b 1 a 1
    fix		mynve all nve
    #对水进行控温,温度计算去除流动方向的速度影响
    compute 	ctN wat temp/partial 0 1 1 # only thermalise the water using ddl normal to the direction of the flow
    fix		myber1 wat temp/berendsen ${tem} ${tem} 100
    fix_modify	myber1 temp ctN
    #对石墨烯进行控温
    compute 	ctM Car temp
    fix		myber2 Car temp/berendsen ${tem} ${tem} 100
    fix_modify	myber2 temp ctM
    #水分子施加外力产生流动
    fix 		kick wat addforce ${frc} 0.0 0.0
    #保持石墨烯位置相对固定
    fix 		mymum Car momentum 1 linear 1 1 1
    fix 		myrec Car recenter NULL NULL INIT
    #输出设置
    dump		dp1 all atom 1000 dump.lammpstrj
    timestep	2.0
    thermo		1000
    run		50000
    

    公众号:lammps加油站

    展开全文
  • LAMMPS-Manual 2014.3

    2014-03-01 20:36:18
    LAMMPS stands for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.
  • 模型如下图所示,左侧部分为海水,主要成分为8000个水分子、800个Na+、800个Cl-,中间绿色部分为三层石墨烯。 案例仅演示建模方法,参数是随便取的,水分子及NaCl的个数可根据需要替换。 水分子类型为TIP4P,分子...

    大家好,我是小马老师。
    本文讲解lammps海水淡化模拟的建模方法。
    模型如下图所示,左侧部分为海水,主要成分为8000个水分子、800个Na+、800个Cl-,中间绿色部分为三层石墨烯。
    在这里插入图片描述

    案例仅演示建模方法,参数是随便取的,水分子及NaCl的个数可根据需要替换。
    水分子类型为TIP4P,分子模型文件为TIP4P.txt。
    下面为完整建模文件,新建一个文本文件如in.water,把代码粘贴到in.water中,同时把TIP4P.txt保存到同一文件夹,在lammps中运行lmp -in in.water即可得到模型文件all.data。

    #模型基本参数
    units		real
    atom_style	full
    boundary	p p p
    #自定义石墨烯晶格
    lattice custom 2.4768 a1 1.3727 0.0 0.0 a2 0.0 1 0.0 a3 0.0 0.0 1.732 &
    basis 0.0 0.0 0.33333 &
    basis 0.0 0.0 0.66667 &
    basis 0.0 0.5 0.16667 &
    basis 0.0 0.5 0.83333 
    #定义box尺寸
    region      box block 0 45 0 25 0 20
    #创建box
    create_box	5 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 &
    		extra/angle/per/atom 1 extra/special/per/atom 2
    #填充石墨烯原子
    region graphene block 90 100 INF INF INF INF units box
    create_atoms  5 region graphene		
    #创建海水区域
    region	water_region block 2 88 INF INF INF INF units box
    #定义TIP4P水分子
    molecule 	water TIP4P.txt
    #填充水分子,水分子个数8000
    create_atoms	0 random 8000 9090 water_region mol water 9567 units box
    #随机填充Na原子,个数800个
    create_atoms	3 random 800 8989 water_region
    #设置Na电荷,Na原子变为Na+
    set type 3 charge 1.0
    #随机填充Cl原子,个数800个
    create_atoms	4 random 800 8900 water_region
    #设置Cl电荷,Cl->Cl-
    set 		type 4 charge -1.0
    #设置摩尔质量
    mass 		1 15.9994
    mass 		2 1.008
    mass		3 28.990
    mass		4 35.453
    mass		5 12
    #保存轨迹文件
    write_data all.data
    

    公众号案例代码以及学习交流,请加QQ群:754749935
    在这里插入图片描述

    扫描关注微信公众号:lammps加油站。
    在这里插入图片描述

    展开全文
  • LAMMPS是一个经典的分子动力学软件;LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序 2、LAMMPS的功能;总体功能;可以串行和并行计算;分布式MPI策略;模拟空间的分解并行机制 一、简介 1、什么是LAMMPS LAMMPS是一个经典的...
  • 无论是对于新手还是有经验的操作者,LAMMPS输入文件的构建都是很费...它是一个通用的分子构建器和力场数据库系统,适用于LAMMPS建模。该程序创建了一种简单的文件格式来存储分子定义和力场,即模板LT。LT文件包含...
  • 用MATLAB仿真模拟水分子蒸发过程,通过imagesc函数和pause函数来模拟无规则动态过程
  • 分子动力学模拟软件lammps编程实例。
  • Lammps实现水分子在纳米颗粒球表面的吸附行为 1、吸附过程 2. 模拟定义 3. 定义颗粒球位置 4. 根据相对质量指定个数插入水分子 5. 力场设置 1. 采用“软势”推开体系中可能的重叠原子(常用技巧) 2. 这里定义silica...
  • nanodroplet_lammps_基板_

    2021-10-03 11:18:00
    lammps软件两种水分子文件、液滴建模、基板建模、液滴撞击Cu原子基板文件
  • LAMMPS分子动力学模拟技术及应用

    千次阅读 2022-03-17 10:25:57
    1.8分子动力学模拟流程 二、LAMMPS基础入门 2.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用 2.2 in文件结构格式 2.3 in文件基本语法:结合实例,讲解in文件常用命令 2.4 data文件格式 2.5 LAMMPS常见错误解决...
  • LAMMPS 中 molecule command 的分子模板

    千次阅读 多人点赞 2020-02-22 14:15:58
    LAMMPS分子模板详解
  • 模拟计算 -lammps.pdf

    2020-09-22 14:18:29
    LAMMPS分子动力学程序是一款开源而免费的软件,可以模拟成千上万甚至几百万个原子、分子,常用于模拟液体中的粒子,固体和汽体的系综,也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子,聚合物,生物,金属,粒状和粗料...
  • 该楼层疑似违规已被系统折叠隐藏此楼查看此楼1 分子动力学模拟入门理论——掌握LAMMPS的in文件中各命令的意义1.1系综理论1.2主要算法介绍1.3积分步长的选取1.4温度和压力控制1.5周期性边界条件1.6分子动力学模拟流程...
  • 分子动力学模拟入门理论——掌握LAMMPS的in文件中实现这些功能的命令 系综理论、主要算法介绍、单位制 积分步长的选取、温度和压力控制、 周期性边界条件 力场简介 分子动力学模拟流程 1 LAMMPS的基础入门——初识...
  • 1 分子动力学模拟入门理论——掌握LAMMPS的in文件中各命令的意义1.1系综理论1.2主要算法介绍1.3积分步长的选取1.4温度和压力控制1.5周期性边界条件1.6分子动力学模拟流程2 LAMMPS入门操作基础2.1 Linux命令入门基础...
  • 气体分子之间作用均采用单点Lennard-Jones(LJ)模型,气体分子与孔壁之间的作用势则用Steele10-4-3模型描述。研究结果表明:CO2相对CH4的平衡分离系数SCO2/CH4最初都是随着压力的增加而增加,直到达到峰值,然后随着压力...
  • 与一个以上的侧分子(例如+离子+ ...)一起使用。 接受Ryckaert-Bellemans二面体,直接转换为opls二面Lammps样式。 在“ top”文件的二面角接受#define标记。 接受不正确的二面体类型。
  • 学习lammpslammps小分子案例in文件,建立水分子可用
  • 分子动力学lammps核心实战班对知识进行系统讲解,由浅入深,配合案例解析边讲边练,让学员能 运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作;授课老师和助教现场解决学员提出 的各种专业问题,针对性的分析学员需求并提供...

空空如也

空空如也

1 2 3 4 5 6
收藏数 117
精华内容 46
关键字:

lammps水分子