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    生物学及生物信息学的发展现状

    关于1988年发起的人类基因组计划

     

    生物学(信息)学的发展

     

    生物信息学的发展

    中国的生物信息学的发展

    国内外基因组学的发展

    1998年中国人类基因组南方和北方基因组中心在上海和北京成立

    1999年华大基因在上海成立后迁往深圳

    2003年中科院基因组所成立

    863 和973 计划支持生物领域的发展

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    最早的生物信息学出现

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    我是生物工程专业出身,在大三保研时选择了生物信息的道路,到现在为止已经在行业里摸爬滚打了6年的时间,在这6年的学习之路上疑惑过,也迷茫过,特此把我学习的过程以及遇到的问题总结出来以让大家避免出现同样的问题。在我学习生物信息过程的基础上带着大家顺畅的走一遍。在学习生物信息学之前,我们先来了解一下什么是生物信息学。

    生物信息学,顾名思义,生物学和信息学的结合。生物学,这个对大家比较简单,基本入生信行的同学大部分是有生物学背景的,这个在生物信息学的学习中不需要过多强调,但需要更深入的了解一些测序有关的原理。信息学,可以理解为计算机,我们拿到了我们的基因组,转录组或者蛋白组数据之后,怎么从这些庞大的数据中找出某些生物学关系呢,这就需要计算机帮我们快速的实现了。生物信息学就是一门以计算机来帮我们解决生物学问题的科学。

    生物信息学的学习过程有一部分的时间是要学习编程语言和各种软件的。前面介绍了生物学知识我们基本了解,那如何来学习编程语言呐?自学编程,其实是个很简单的问题,我们有一些数据,希望数据经过一定的处理得到理想的结果。生物信息中的数据文本处理相对来说很简单,简单的几个需求:1,在一个数据文本中挑选出部分行或列,如挑出表达值大于多少的基因。2.两个或多个数据文本的比较,如一个基因列表file1,另一个全基因的表达值表file2,把file1中出现在file2中的基因及表达值取出。下面会有章节详细的介绍,打江山容易守江山难,学起来容易坚持下来难,所以对于自学来说最困难的是坚持下来,坚持着学下去并且在实战中进步。

    软件的学习这个没有什么技巧的,看说明文档,然后自己多加练习就可以了,一般的软件都会有一些基本的套路,这些套路可以帮忙我们学习新的软件。如search搜索功能,基本每一个软件都有;说明文档,基本每一个软件也有,而且比较常用的国外的软件的说明文档都会有中文版的。如果在使用过程中出现任何问题,百度或者google,基本都能够找到答案。

    大家有什么问题可留言哟

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    欢迎关注:生物信息学习

    目前为止生物信息有关的数据库非常多,不仅仅包括上面介绍‍的‍UniPro,UCSC,TCGA,KEGG,String等,还包括非常多的其他数据库,像我们比较常用的做pythway分析和GO分析等都有自己的数据库,当然任何我们感兴趣的物种几乎也都有各自的数据库,如果没有的话,恭喜你,可以自己做一个此物种的数据库并且发一篇数据库文章了。

    生物信息学的学习中除了一些常用的数据库外,还有一些常用的软件,像做序列分析的Blast;做聚类分析的Cluster/treeview,如果会编程R的话,可以用R里的函数heatmap一行命令就可以做出聚类图;做功能分析的David或者GSEA,以及做网络绘制的cytoscape,当然还有很多了。

    这次把这些数据库和软件都简单的给大家列出来,以后大家遇到相关的问题知道用什么软件来做就OK了,接下来如果有时间,可以把每个数据库和软件详细的给大家讲解一下。

    欢迎关注:生物信息学习

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