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  • 科研绘图软件

    2020-03-25 09:22:54
    科研绘图所涉及的软件种类繁多,有通用的制图软件,比如:Photoshop、Illustrator、Coreldraw、Visio、C4D、3DMax、Sketch、PPT、Excel等,也有各学科专业绘图软件,比如:Originlab、Matlab、R、Chemoffice、...

    科研绘图所涉及的软件种类繁多,有通用的制图软件,比如:Photoshop、Illustrator、Coreldraw、Visio、C4D、3DMax、Sketch、PPT、Excel等,也有各学科专业绘图软件,比如:Originlab、Matlab、R、Chemoffice、Diamond、Crystalmaker、VMD、Mercury等,以上列举的还仅仅是科研绘图软件的冰山一角。

    该问题里的这些插图,用PS或者AI,甚至是PPT就可以搞定。从这个问题引申出的另一个更深入的问题是「如何根据学科特色选择和快速学习所需要的绘图软件?

    在SCI插图中,我们粗略的将图分为两种:1、数据图;2、示意图(包括流程图)。下面针对这两类图,所使用的软件以及学习途经进行介绍。

    1、数据图:常见的软件有:Originlab、Graphpad、Excel、R、Python等。我们发现化学材料类科研人群更偏向于使用Originlab,生物、医学包括生命科学的科研人群更倾向于使用Graphpad(我们猜测可能是因为不同学科绘制的图不同,软件的便利程度也不同)。对于 R 和Python 绘图,都需要有编程基础,适合生信、地球科学、统计学等专业的科研人群。以上这五款软件都可以绘制出非常漂亮的数据图,相关的网络学习资源都非常丰富,通常系统学习一下官网的教程或者手册就可以入门和上手。使用这些软件时,碰到问题,百度一下基本就能找到答案。所以,根据自己的学科特色选择一款就可
    2、示意图:我们将SCI论文中的示意图再分为三类:2D,2.5D,3D。

    2D:主要指简单流程图、机制图,对于这类图形,PPT、PS、AI、Visio 都可以搞定。普适性最高的是 PPT。绘制这类图形的关键在于如何用最简单直接的方式将问题表达清楚。使用PPT绘制SCI图,有个绕不开的问题:如何导出高分辨率的图片?SCI论文中的图片分辨率一般要求300 dpi以上,而PPT的默认导出分辨率是 96 dpi。解决方法如下:如何让PPT导出的图片分辨率达到300 dpi?
    https://mp.weixin.qq.com/s/VawM7UUGSZaiGuTWifF4UQ

    2.5D:又称伪3D,这类图形在SCI插图中非常常见,特别是在生物、医学、生命科学等学科的SCI论文中。以下这些图都是典型2.5D的SCI插图。掌握PS或者AI中的其中之一(甚至是PPT)就足以应付。如果对于光效、特效要求不高,AI更适合一些。AI中有很多功能可以用于SCI科研图像的快速绘制

    3D:3D 图指插图中涉及三维建模的图片。如下图所示这些SCI论文插图或封面。这些图形的绘制的基本流程是先用3D软件建模并渲染(或者建模之后,用单独的渲染器渲染),然后用PS进行后处理。

    对于这类图形,要求至少熟练掌握一门 3D 建模软件和熟练使用PS。3D 建模软件类别也很多,比如:3DMAX,C4D,Maya,Blender,犀牛,Solidworks等。这些软件功能都非常强大,很多是用于制作大型科幻电影和大型游戏。学会任意一门就可以搞定3D科研绘图。但是这些软件通常都非常复杂,难以上手。没有个几个月的潜心研究,难以用于科研绘图(比如3DMax的专业培训班的时长是半年,C4D的专业培训班也有3个月之久)。对于材料、化学等相关专业的科研人群,首推 C4D,原因有三:1、相比较而言,C4D更容易上手,界面设计更友好(业内公认),而且,C4D 的功能极其强大。2、如果不装预置文件,C4D软件的大小不到 1G,合理使用,一个入门级游戏本就能够玩起来。3、C4D中的很多功能对科研绘图比较友好,比如:体积网格或体积生成器(R20及以上版本才有),可以用于快速生成无规则多孔结构材料。

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  • graphpad prism中文版是一款专为科学研究而构建的首选分析和图形解决方案,集生物统计、曲线拟合和科技绘图于一体的专业科研绘图软件,具有增强的数据可视化和图形自定义,更直观的导航以及更复杂的统计分析功能,...
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    千次阅读 2019-06-10 17:49:48
    十款主流科研绘图软件 | 科塔学术 https://www.sciping.com/12256.html 第10名:锯齿风Matlab Matlab只排在第十位是因为本来它就不是一个用来做画图的软件。人家的主要功能是矩阵操作、统筹优化、数学实验、...

    十款主流科研绘图软件 | 科塔学术 https://www.sciping.com/12256.html

    第10名:锯齿风Matlab

    Matlab只排在第十位是因为本来它就不是一个用来做画图的软件。人家的主要功能是矩阵操作、统筹优化、数学实验、仿真模拟(此处省略一万字)等等好吗?用matlab画图简直就是高射炮打蚊子——大材小用。如果非要只比较它的画图能力,只能说呵呵了,下面是Matlab的画风,淡淡的锯齿风一直被网友所吐槽。

    曲线图:

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    散点图:

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    多图:

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    曲面图:十款主流科研绘图软件

    三维图:

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    Matlab画图虽然锯齿严重,但这并不能掩盖它是一款极其优秀的科学计算软件的事实。每个人只有在适合自己的岗位上才能充分发挥自己的优势,每个软件也是一样。所以使用matlab画图功能时,最合适的用途是用来实施检查编程结果是否正确,并不做最后报告或论文输出。

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    第9名:清爽风Gnuplot

    Gnuplot是一个命令行的交互式绘图工具。用户通过输入命令,逐步设置或修改绘图环境,并以图形描述数据或函数。优点是画图速度快、画风清爽,软件开源且免费,图片质量相当专业。缺点是:需要写代码。下面是几个例子:

    曲线图:

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    曲面图:

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    三维图:

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    场图:

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    统计图:十款主流科研绘图软件

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    第8名:高冷风Matplotlib

    Matplotlib是著名Python的标配画图包,其绘图函数的名字基本上与 Matlab 的绘图函数差不多。优点是曲线精致,高贵冷艳;软件开源免费,支持Latex公式插入,且许多时候只需要一行或几行代码就能搞定。缺点是需要Python编程基础,而且三维绘图目前比较差。几个例子:

    曲线图:

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    频数图:

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    矢量分布图:

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    统计图:

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    极坐标:

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    第7名:简易风visio

    Microsoft Visio是Windows 操作系统下运行的流程图软件,它现在是Microsoft Office软件的一个部分。Visio可以制作的图表范围十分广泛,利用Visio的强大绘图功能绘制地图、企业标志等。最主要还是用来画流程图、示意图。

    流程图:

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    电路图:

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    电路图:

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    从matlab、gnuplot和matplotlib中选一个画曲线图的软件,并和画示意图的visio搭配,是画图初级阶段的标配。

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    第6名:SCI风Origin

    Origin是简单易学、操作灵活、功能丰富全面的画图软件,既可以满足一般用户的制图需要,也可以满足高级用户数据分析、函数拟合的需要。目前,它似乎已成为专业论文SCI的标配绘图软件。缺点是操作系统不太友好、易崩溃,只支持Windows系统。几个示例图:

    曲线图:

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    混沌图:

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    等高线:

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    地形图:

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    三维场图:

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    十款主流科研绘图软件第5名:统计风R-ggplot2

    ggplot2是R语言的一个包,最擅长统计数据可视化。ggplot2按图层作图,其核心理念是将绘图与数据分离。缺点是ggplot2功能没有Python或者Matlab全面,不过人家就是在统计方面做的最好最专业,其它的功能忽略掉好像也无所谓。

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    十款主流科研绘图软件十款主流科研绘图软件

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    十款主流科研绘图软件第4名:流场风Tecplot

    Tecplot从简单的二维曲线曲面图,到复杂的三维动态图都可以实现。它的特色在于可快捷的将大量数据资料转化为容易理解的图片,例如等高线、向量图、网格图、剖面图、流线图等等。它提供和CAD、CFD软件的接口,可以用于其它分析软件(如有限元、计算流体动力学等)的后处理工作。

    飞机表面应力云图:

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    机翼附近流场:

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    螺旋桨网格图:

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    女性内衣设计:

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    海上钻井平台:

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    第3名:矢量风Illustrator

    Adobe illustrator是一种应用于出版、多媒体和在线图像的工业标准矢量插画的软件,作为一款非常好的图片处理工具,Adobe Illustrator广泛应用于印刷出版、海报书籍排版、专业插画、多媒体图像处理和互联网页面的制作等,也可以为线稿提供较高的精度和控制,适合生产任何小型设计到大型的复杂项目。

    简单的示意图:

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    绚丽的原理图:

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    复杂的人像图:

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    复杂的人像图:

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    从Origin、ggplot2和Tecplot中选一个画图的软件,并和画示意图的illustrator搭配,是画图中级阶段的配置。

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    第2名:专业风Paraview

    Paraview除了可以画最基本的曲线曲面图等,也提供和CAD、CFD软件的接口,可以用于其它分析软件的后处理工作。Paraview支持多种数据格式和显示方式,目前包括网格绘制,面绘制,体绘制等方法。可视化包含:数据读取,数据过滤和数据渲染三个基本的步骤。Paraview提供开源可编程,貌似空客和波音都在使用该软件做后处理,缺点是难度较高,入门需花时间。

    赛车附近流场图:

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    正常红细胞和变异红细胞分布图:

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    全球气温分布:

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    第1名:LaTex 风Tikz

    Word是很目前很流行的排版软件。然而还有另外一种和它相媲美只是没那么流行的排版软件——LaTeX,它是一种基于TEX的排版系统。利用它能在短时间内生成很多具有书籍质量的印刷品,尤其是生成复杂表格和数学公式。因此它非常适用于生成高印刷质量的科技和数学类文档。Tikz是LaTex原生支持的图包来,可以画论文中的插图。用TikZ画可以做到完美,特别是与LaTeX文档的整体交互,比用一般绘图软件好得多。二维图、三维图、流程图、示意图都能实现。同样的,缺点也是难度较高,入门需花时间。

    散点图:

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    曲线图:

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    磁场分布图:

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    示意图:

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    逻辑图:

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    结构图:

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  • SigmaPlot 12.0安装包科研绘图软件
  • 科研绘图软件GraphPad Prism教程(一)

    万次阅读 2020-02-15 10:35:28
        GraphPad Prism 8破解版是一款为科研人员研发的优秀的科研绘图工具,GraphPad Prism 8破解版集成科学图形、综合曲线拟合,非线性回归、可理解的统计数据、数据组织等多项专业的数据统计绘图功能于一体,是科学...

    (一)GraphPad Prism软件介绍

    一、软件简介

        GraphPad Prism 8破解版是一款为科研人员研发的优秀的科研绘图工具,GraphPad Prism 8破解版集成科学图形、综合曲线拟合,非线性回归、可理解的统计数据、数据组织等多项专业的数据统计绘图功能于一体,是科学分析、统计、绘图的首选工具。
        GraphPad Prism 是一款高效易用的科研绘图工具,它可以将科学图形、综合曲线拟合(非线性回归)、可理解的统计数据、数据组织结合在一起。GraphPad Prism 最初是为医学院校和制药公司的实验生物学家设计的,尤其是药理学和生理学的生物学家。Prism 现在被各种生物学家以及社会和物理科学家广泛使用。超过110个国家的超过20万名科学家依靠 Prism 来分析,绘制和展示他们的科学数据。它也被本科生和研究生广泛使用。
    在这里插入图片描述

    二、软件功能

    (1)有效地组织您的数据
        与电子表格或其他科学图形程序不同,有八种不同类型的数据表,专门为您要运行的分析而格式化。这样可以更轻松地正确输入数据,选择合适的分析并创建令人惊叹的图形。

    (2)执行正确的分析

        避免统计术语。在清晰的语言中,提供了广泛的分析库,从常见到高度特异性非线性回归,t检验,非参数比较,单因素,双因素和三因子方差分析,列联表,生存分析等等。每个分析都有一个清单,以帮助您了解所需的统计假设,并确认您已选择适当的测试。

    (3)随时随地获得可操作的帮助

        Guides访问数千页。浏览图表产品组合,了解如何制作各种图表类型。教程数据集还可帮助您了解执行某些分析的原因以及如何解释结果。

    (4)一键式回归分析

        没有其他程序有简化曲线拟合。选择一个方程式,该软进行曲线的其余拟合,显示结果和函数参数表,在图形上绘制曲线,并插入未知值。

    (5)专注于您的研究,而不是您的软件

        无需编码。图表和结果会实时自动更新。对数据和分析的任何更改 - 添加遗漏数据,省略错误数据,更正拼写错误或更改分析选择 - 都会立即反映在结果,图形和布局中。

    (6)无需编程即可自动完成工作

        减少分析和绘制一组实验的繁琐步骤。通过创建模板,复制系列或克隆图表可以轻松复制您的工作,从而节省您数小时的设置时间。使用Magic一键单击,对一组图形应用一致的外观。

    (7) 无数种自定义图表的方法

        专注于数据中的故事,而不是操纵您的软件。它可以轻松创建所需的图形。选择图形类型,并自定义任何部分 - 数据的排列方式,数据点的样式,标签,字体,颜色等等。定制选项是无止境的。一键导出出版物 - 质量图

    (8)减少发布时间。
        它允许您自定义导出(文件类型,分辨率,透明度,尺寸,颜色空间RGB / CMYK)以满足期刊的要求。设置默认值以节省时间。

    (9)加强协作

        分享超过您的图表。软件对您数据的全面记录可以与其他科学家进行有效的合作。项目的所有部分(原始数据,分析,结果,图形和布局)都包含在一个文件中,您只需单击一下即可共享。现在,其他人可以在每一步都轻松地完成您的工作,提高您的发现的清晰度并简化您的协作工作。

    三、特色功能

    • 自动生成误差条:输入重复样本的数据后,软件自动计算并在统计图上生成误差条,而不需要人为操作。
    • 同时分析多个相关实验的数据。
    • 分析重复实验的效率高:任何一次分析都可以作为其重复实验的模板,导入重复实验的数据后。
    • 软件自动进行数据分析并作图。
    • 修正输入的数据,软件能自动对其分析结果和统计图进行同步修正。

    在这里插入图片描述

    四、官网介绍

    • 官网链接:
      https://www.graphpad.com/

    • 视频介绍:

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  • (评论区指出,常用的还应该有R/ggplot,origin) 存在这样一个现象,会有Python派的说MATLAB画图丑,也有MATLAB说IDL丑,总之没有任何一个科学数据绘图软件可以得到一致好评或者一致差评。其实有数据画图好不好看...

    点击上方“视学算法”,选择加"星标"或“置顶

    重磅干货,第一时间送达247bb1a5bb4a6930b5364ce75c2cd373.png

    来自 | 知乎 

    https://www.zhihu.com/question/29557377

    编辑 | AI有道 

    本文仅作学术分享,若侵权,请联系后台删文处理

    在看一些文章的时候,经常感觉有些概念图画的非常精致漂亮,但是不知道是用什么软件画的,各位大神都习惯使用什么样的软件呢?

    作者:丁香学术
    https://www.zhihu.com/question/29557377/answer/489326809
    来源:知乎


    可以用 AI,也就是 Adobe Illustrator 画图,尤其是有些自科文章里面的细胞图,信号通路图之类的。

    比如这样的图

    682117882247d8b70779bff483027daa.png

    我们打开软件后选择左边的「铅笔工具」,先从画线粒体开始,描出大致形状后可在图形选中的情况下修改线条,一直改至线条圆滑为止(初步看还是较为满意滴)。

    65d460fa4b5fd0c2e6ea0902df8d538a.png

    然后我们选择左侧「填色」,对颜色进行填充;首先选中图形,双击左侧「填色板」,调出「拾色器」,选择合适的颜色分别填充线粒体外膜和内膜,再将内膜移至外膜内(此时一个像样的线粒体就初步完成啦)。

    2ddebdbc63f29f9091bf6d718f331452.png

    接着通过「Ctrl+C」和「Ctrl+V」将已完成的线粒体复制两份,并旋转方向,如果此时觉得图形较大,可以通过右击,选择「变换」,选择「缩放」,适当将图形缩小(以自己满意为主)。

    17053db320deb351ddcab4f77d3295a8.png

    接着我们再进行画椭圆,选择左侧「图形工具」,本次选择「椭圆工具」,画好椭圆后将其填充为淡紫色。

    8fb0389c32f35f619f27e5fe7d9c4e82.png

    然后将椭圆形移至线粒体附近,此时由于处于不同图层,因此椭圆可能位于线粒体上方,别着急,此时只需右击,选择「排列」,「置于底层」,即可将椭圆形的位置置于底层。

    d95a0f57bdb91514886ea7d1543de4d7.png

    接着我们还是选择「铅笔工具」,将最外层的边框画好,然后加粗边框的线条;选择「描边」,选择 4 pt 粗的边框,接着将颜色填充好,将边框置于所有图层的最底层。

    d26e055ce6bb7d688578947f193cfd76.png

    初步看大致轮廓已经构建好了,接着我们将各项补齐,然后再添加文字,文字添加也很简单,选择「文字工具」,在小边框里将文字添加,然后移至图中对应位置。

    092a7e2d4d1e5a5f7e455bd84c83c709.png

    加完文字后接下来就是上升下降的箭头了,选择左侧「直线段工具」,添加直线后右侧点击「描边」,调出添加箭头的选项,默认的箭头过大,此时下方可进行缩放,将其缩放为 30%,此时完成箭头的添加;如果需要将直线变为虚线,则只需在「虚线」框中打勾,则可完成。

    需要画曲线的话,同样在左侧「直线段工具」中,长按,选择曲线。

    28f3abfd1a50b10fc2a27399c130b307.png

    接着添加转录因子,选择左侧的「圆角矩形工具」,将颜色填充为淡黄色,添加上基因名(一个转录因子由此生成,相当 easy)。

    33a9e0640f03f13fc92c61f5f9756d96.png

    添加文字和曲线后我们的第一部分则已经完成,归纳起来就是描边,填充颜色,添加线条和文字,总体来说很轻易能完成,而第二部分的画法则与第一部分完全相同。

    881b0315dbc90a3627fce5fd4e1cbcad.png

    画完后,则一副高清晰度的配图就出现在我们软件里,随时导出则可以使用

    c64bd7d73d22d4a20653246d56cb1abd.png

    作者:Pjer
    https://www.zhihu.com/question/29557377/answer/1112077913
    来源:知乎

    这里讲讲数据驱动的科研画图,就是有数据出图。

    软件主要是Python/matplotlib 和 MATLAB 偶尔偶尔万不得已了也得用一下IDL。

    (评论区指出,常用的还应该有R/ggplot,origin)

    存在这样一个现象,会有Python派的说MATLAB画图丑,也有MATLAB说IDL丑,总之没有任何一个科学数据绘图软件可以得到一致好评或者一致差评。其实有数据画图好不好看这事儿,还是看“定制化”的程度,定制化程度越高就会显得专业。所以不要批判哪个软件画图不好看,批判就是不会用~

    比如,同样是MATLAB里, 稍微调一下axes位置,能组合组合一下,线的颜色粗细什么的。看起来就会好一些

    78f086530207258deb2356c8726dbdbf.png

    但是如果直接一行

    plot(x,y)

    那画出来绝对看起来廉价,

    99bc89324c16dfbca7c281610550d81b.png

    也不好意思往文章里放。

    其实axes调位置是每次画图都要占据大量时间的事情,不要用subplot默认排布,那个间距不大好看,能共用x或者y的时候就合并合并,看着舒服,比如:

    98531472abbf61c65e10269cbb00b257.png

    刚才说到,定制化越高,图看起来越专业,其实这个定制化是需要时间投入和一定能力基础以及灵感的。

    就我2019年的一篇ApJ里面的一张图当时想了很久都到底如何在同一张2d图里面显示出所有对应点的2种属性。最终想出来的解决方案是colormap也用2d,效果是这样的(MATLAB作图):

    bd6ca15f0046f99a9461b38758faa4ec.png

    色温表示频率,亮度表示时标。所有点的两种属性就融合在同一张图里,趋势能体现的更明显,有利于我吧后面的物理机制讲清楚。

    评论区有问2D颜色表如何实现,简单说一下:

    核心是颜色映射,MATLAB里有个函数,

    rgb_arr = hsv2rgb(hsv_arr)

    可以用来建立从HSV色彩空间到RGB色彩空间的映射。在HSV色彩空间里H代表颜色相位也就是色温,S是饱和度,V是亮度。这里用H和V来表示两个物理量。先使用每个数据点的两个属性组织其HSV空间的颜色,然后hsv2rgb映射到rgb,散点图scatter的时候每个点指定上对应的rgb。最后colorbar就是在一个独立的axes里用imshow硬画出来的颜色表,

    例子:

    https://zhuanlan.zhihu.com/p/264137122

    a604c5c6c0883e029e21946dbad2a1fc.png

    结:

    各个画图工具都得会一点儿,因为门槛都不高,看一个例子就能上手,每个都会点儿就是图个效率,比如很多时候当整个工具链都在Python里的时候硬是用MATLAB画图就会很麻烦。

    图画的好不好,专业不专业,取决于定制化程度

    一张好的插图可以引导整篇文章的思路~

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    outside_default.png

    点个在看 paper不断!

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  • 科研绘图软件GraphPad Prism教程(三)

    千次阅读 2020-02-16 18:15:00
    (三)通过实例学习 GraphPad Prism 作图的流程    学术类图表不推荐用...GraphPad Prism 是一个简单易用的医学绘图软件。虽然简单,但是由于缺乏教程,所以依然让很多初学者在刚开始打开这个软件的时候不知道如何...
  • 科研绘图软件的选择

    2020-06-28 08:33:03
    Origin是简单易学、操作灵活、功能丰富全面的画图软件,既可以满足一般用户的制图需要,也可以满足高级用户数据分析、函数拟合的需要。目前,它似乎已成为专业论文SCI的标配绘图软件。缺点是操作系统不太友好、易...
  • 科研工作中,总会要画一些机制图片或模式图。然而,作图软件基本都...(2)到在线图库或是下段将介绍的科研绘图平台,以关键字搜索能够使用的图;(3)决定本次绘制图片的尺寸;(4)考虑是否需要彩色,还是黑白效果较
  • 来源:Graphpad prism 作者:Graphpad 本文继续讲解工具栏的各个用途。 9.默认设置 概述 使用Preferences对话框设置Prism的默认设置。 注意,某些默认设置是在Prism的... 已完结,期待我们以后对其它软件的调研与介绍~
  • Originlab软件安装包pjb【中文+科研绘图必备】.txt
  • 8款值得学习的科研论文作图软件

    千次阅读 2020-05-07 10:11:49
    8款值得学习的科研论文作图软件!写在前面科研绘图在国外已经非常流行,且被高度重视,国内科研人员也越来越重视科研方面的绘图。不少科研工作者,包括在读的博士生、研究生等可能都...
  • 常用的科研论文作图软件

    万次阅读 热门讨论 2019-11-23 19:25:29
    Microsoft Visio是Windows操作系统下运行的流程图和矢量绘图软件,它是Microsoft Office软件的一个部分。主要可以用来画 流程图 、 示意图 等。 版本: 1.0 (Standard, Lite, Home) 2.0 3.0 4.0 (Standard, ...
  • Python+Matplotlib科研绘图

    千次阅读 2020-02-08 00:17:06
    如何快速使用Python Matplotlib 科研绘图 文章目录如何快速使用Python Matplotlib 科研绘图1. 工作环境2. 读写Excel文件3. 绘图格式设置4. 绘制线图5. 更多绘图样式 写在前面: 最近学习和使用了Python Matplotlib ...
  • 科研数据统计绘图常用软件介绍【持续更新】
  • 写SCI论文常常会遇到一个问题——如何才能让读者通俗易懂地理解自己的研究?如果不能让读者了解研究过程,读者会对研究结果是否...后续推文,笔者会给大家带来几个经典的流程图,更多科研绘图内容,请关注投必得学术。

空空如也

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