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  • RNAseq_normalization_effect
  • rnaseq_2021_notas-源码

    2021-02-28 04:39:47
    rnaseq_2021_notas
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  • rnaseq

    2021-03-22 18:03:38
    done ###取前1000行来比对 (rna) root@PC-jj:/mnt/e/练习/rnaseq/test# hisat2 -p 10 -x ../人参考基因组/hg19 -U SRR957677_trimmed.fq.gz -S align.sam for i in `seq 77 79` do hisat2 -t -x ../hg19_index/hg...

    参考:http://www.bio-info-trainee.com/2218.html

    数据来源:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP029245&o=acc_s%3Aa

    prefetch SRRxxxxx
    

    下载sra
    SRAtoolkit也提供了prefetch命令用于下载SRA文件。
    格式

    ls ../sra/* |while read id; do (fastq-dump --gzip --split-3 -O ./ $id &);done
    **sra转fq --split-3**
    加上--split-3之后, 会把原来双端拆分成两个文件,但是原来单端并不会保存成两个文件. --gzip就能输出gz格式。
    
    ```bash
     ls *gz |xargs fastqc -t 10 -o ../QC/
     ##批量生成质量报告输出到QC文件夹
    
    
    ```bash
     multiqc ./
     ##再QC文件夹下运行multiqc 把所有qc统计为一个
    
    dir='../clean'
    cat $1 |while read id
    do
    	trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 -e 0.1 --stringency 3 -o $dir $id
    done
    ##创建一个trim脚本 把fq文件名放入名为1的文件中 
    
     bash trim.sh 1
     ##运行脚本 把文件1传入
    
    hisat2-build -p 4 hg19.fa hg19
    ####在hg19参考基因组目录下构建索引
    

    在这里插入图片描述生成8个.ht文件

    wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg19.tar.gz
    tar -zxvf hg19.tar.gz
    

    ####或者直接下载索引

    (rna) root@PC-jj:/mnt/e/练习/rnaseq/test# ls ../clean/SRR* |while read id ;do(echo $(basename $id)) ; done
    #####打印出fq文件名,basename是去掉前面的路径,ls列出的文件名含有路径
    
    (rna) root@PC-jj:/mnt/e/练习/rnaseq/test# ls ../clean/SRR* |while read id ;do(zcat $id |head -1000) > $(basename $id)) ; done
    ###取前1000行来比对
    
    (rna) root@PC-jj:/mnt/e/练习/rnaseq/test# hisat2 -p 10 -x ../人参考基因组/hg19 -U SRR957677_trimmed.fq.gz  -S align.sam
    
    for i in `seq 77 79`
    do 
    	hisat2 -t -x ../hg19_index/hg19/genome -U SRR9576${i}_trimmed.fq.gz -S ../aligment/SRR9576${i}.sam &
    done
    ###########对比方法二
    

    samtools


     samtools view SRR957677.sam
    samtools view SRR957677.sam -b >SRR957677.bam
    
    samtools sort SRR957677.bam -o SRR957677_sort.bam &  #按chr排序
    
    samtools index SRR957677_sort.bam &  
    #对排序后的序列建立索引,并输出为bai文件,用于快速随机处理。
    #在很多情况下,特别是需要显示比对序列的时候,bai文件是必不可少的,
    #例如之后的tview命令
    
    head -1000 SRR957677_sort.bam >test_sort.bam
    
    samtools view SRR957677_sort.bam chr1:1234-123456 |less -SN
    
    
     samtools flagstat SRR957677_sort.bam
     ##统计bam文件中的比对flag信息,并输出比对统计结果
    samtools view -b -f 0x10 SRR957677_sort.bam chr1:1234-123456 >mate_reads.bam
    
    ##使用-f或-F参数提取不同匹配情况的read。
    #flag是一种描述read比对情况的标记,一种12种,可以搭配使用。
    0x1    PAIRED    paired-end (or multiple-segment) sequencing technology
    0x2    PROPER_PAIR         each segment properly aligned according to the aligner
    0x4    UNMAP               segment unmapped
    0x8    MUNMAP              next segment in the template unmapped
    0x10   REVERSE             SEQ is reverse complemented
    0x20   MREVERSE            SEQ of the next segment in the template is reverse complemented
    0x40   READ1               the first segment in the template
    0x80   READ2               the last segment in the template
    0x100  SECONDARY           secondary alignment
    0x200  QCFAIL              not passing quality controls
    0x400  DUP                 PCR or optical duplicate
    0x800  SUPPLEMENTARY       supplementary alignment
    
    
    想用samtools筛选恰好配对的read,就需要用0x10
    
    6. tview
    
    作用
    以文本定位查看器的方式来展示各条reads的比对情况
    格式
    $ samtools tview [options] <排序后的bam文件> [参考基因组fasta文件]
    

    htseq

    htseq-count -f bam SRR957678_sort.bam  ../homo/gencode.v19.annotation.gtf.gz >SRR957678.count
    
    ###计数
    
    
    
     wc -l ls *.count
    paste *.count |cut -f 1,2,4,6,8 --output-delimiter $'\t' >countmatrix
    ##--output-delimiter $'\t'  指定输出分隔符为\t
    
     cat countmatrix |cut -f 1 |cut -d . -f 1 |head
     ##去除geneid名称的小数点,
     #gencode的注释文件中的gene_id(如ENSG00000000003.10)
    #在EBI是不能搜索到的,只保留ENSG00000000003这部分
    
     paste gene_id countmatrix |cut -f 1,3,4,5,6 --output-delimiter $'\t' > ../DEG/countmatrix1
     ###替换原来含小数点的geneid
    
    展开全文
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    2021-04-27 23:46:40
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空空如也

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rnaseq